4EQJA

Crystal structure of inactive single chain variant of hiv-1 protease in complex with the substrate rt-rh
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
203
structure length
200
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGSDFTVLEEMNLPGKWKPKMIRGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNFGGPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGSDDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
molecule keywords protease, tethered dimer
publication title Structural, kinetic, and thermodynamic studies of specificity designed HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 43
structure length 200
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4eqjA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4eqjA02
1HXBA 5DR8A 4GZFA 5P5HA 5UPJA 4OD9B 4Y3PA 1FFFC 3TPJA 5P29A 3SO9A 5P5XA 5P3ZA 3DCRA 1YTIA 3S7MA 4YD5A 3DJKA 1BAIA 3A2OA 5P8GA 4DPIA 4QGIA 5DR1A 4FRSA 1YX9A 1SDVA 1AM5A 5JG1A 1LF4A 4XKXA 5HCTA 5P0YA 1HPSA 2I0AA 2J9KA 2G1RA 1B6JA 3K1WA 4J0YA 4I1CA 5P2LA 3UF3A 3PGIA 3WZ7A 1EBWA 3IVHA 3IXKA 5P5AA 5AH8A 1BWBA 2Z4OA 1JLDA 3APRE 5P71A 3T11A 1K1TA 4KE0A 2QMGA 2VA5A 3EL0A 4YHQA 4NJTA 1T3RA 5P0TA 2P3BA 5OZRA 1W6HA 5KR8A 5P3MA 2B7FA 2WF3A 1G0VA 5HVPA 4Y3JA 2VIJA 2V12C 4NJSA 3EKPA 5P20A 5P4OA 4WTUA 4Y3GA 1E82E 3G6ZA 5OZ4A 3ZPUA 5P66A 5FIVA 2Q54A 5P3BA 1LF2A 1HTFA 1W5WA 3OXVA 4F75A 2EWYA 3BUFA 4DJXA 5P6NA 5P51A 3WZ6A 2RMPA 4YOAA 5DGWA 3MSJA 4D8CA 4PZXA 4DFGA 3OK9A 4CPXA 2QK5A 2QI0A 1SMRA 3OQDA 2UXZA 1FG6C 3OQFA 5P4HA 3UTLA 3N4LA 2WJOA 3LZUA 5P5TA 5P8LA 3U6AA 1C6YA 1D4HA 1IDBA 3UQXA 1SMEA 3LPIA 3VUCA 5P7MA 1K6CA 1A9MA 3GW5A 4U7VA 4Y5BA 5E5JA 1EPOE 3VLAA 2VIYA 1YM4A 5I70A 3OOTA 5KQYA 2RENA 3WB5A 2PSVA 1RV7A 4DJWA 5PEPA 3PWMA 4DJYA 1EPNE 3OUBA 5P64A 5OZGA 5P0UA 1EPRE 2HS2A 4GJ7A 3NXEA 1EBYA 5P7AA 1T6GA 4DH6A 1MIQA 2QI5A 3QN8A 2I4VA 2J9JB 5P0BA 3NXNA 4DJUA 1YTJA 3O9LA 4GMIA 5P7YA 1HEFE 4J54A 5P7QA 5P7IA 4CPSA 3TTPA 5P1KA 5COPA 4APRE 3KA2A 5P0LA 1LEEA 2JYSA 5P0GA 5P2HA 5P10A 2XFKA 5P8JA 5P76A 1EPLE 2B60A 5P4UA 4DUSA 2QCIA 1MPPA 1AAQA 4Y43A 4YCKA 1ZSFA 3HAUA 4I0IA 3AUPA 4FM6A 1HIVA 3O9GA 3VF3A 4PPHA 5P2GA 4FE6A 1XS7D 2G1NA 1EPPE 1NH0A 2ANLA 3UDQA 5HE7A 1ZP8A 5P1VA 4A6BA 3SA3A 2O4KA 5OZHA 2H6TA 1LYBB 2R5PA 3S56A 4D83A 3OOZA 1AIDA 3B7VA 5P22A 4RYCA 1D4YA 5P0EA 3DK1A 3L38A 5P8AA 2ZYEA 3R1GB 5P6AA 5P11A 5P74A 5I3YA 1HVKA 4YD4A 3OXCA 5DQ2A 4NJUA 3OTSA 1M43A 2OHSA 3L5CA 4B1CA 1MESA 5P7OA 1BV9A 5P0DA 2V11C 4PHVA 2NMZA 5P8IA 8HVPA 5OZNA 5HD0A 3PBDA 3S2OA 4HDFA 5P5NA 4FRJA 5P3YA 2O4PA 5P4FA 5P0RA 2PQZA 5P62A 1ZAPA 1MEUA 3NWQA 4X7IA 3SA4A 2PSUA 1FMXA 1AVFA 5P6KA 3PMUA 3BUHA 3NU4A 4J1IA 4Y3AA 4BFDA 3S8IA 5P86A 4LXMA 2FGVA 2APRA 5P34A 3MWSA 5DQCA 5OZZA 2O4LA 1D4LA 2OHTA 2ZHTA 5P7CA 3DV5A 1SBGA 3OU1A 2BPVA 4EP3A 4OC6A 5P1TA 3SQFA 4RVXA 3K4VC 5OZ0A 1YG9A 3HD8A 2AIDA 4YOBA 4MC1A 2Q3KA 2G27A 5AHAA 5P39A 2FNTA 3O9LB 5P3WA 4ZPFA 1EPME 1EC1A 3MSLA 4I8ZA 1GNOA 4FRKA 1MT8A 1HSGA 1PSNA 3SM1A 1DIFA 5P4AA 5P63A 1B6PA 2QHYA 4QJ7A 4U7QA 2P8HA 5P7EA 3TOHA 4J0VA 5P3SA 5OYQA 4YA8A 5ER2E 4DPFA 3ZPSA 4GJ6A 5OZDA 3O9HA 2HM1A 1SIVA 3FIVA 5DGUA 3KFNA 4Y4EA 5P75A 1FGCC 4QJ2A 5I3VA 3R4BA 4Y51A 1TZSA 5T4SA 3OU4B 3PI0A 5IVQA 4TRZA 3OY4A 4FAEA 2AOFA 3PLLA 5P38A 2VJ9A 3SPKA 3TPLA 2G24A 5F01A 4MC2A 5P5ZA 1T7KA 3D1ZA 2AZBA 2I0DA 4Y3LA 3VSWA 5AHCA 5P4QA 4GJ8A 4YDFA 3R2FA 4EYRA 1RNEA 2O4NA 5P69A 2JE4A 3KM4A 1FQ7A 3EKWA 4H3IA 5ER1E 4DJVA 4I0DA 4I0HA 1K2BA 4B1EA 5E5KA 3PI5A 4YDGA 5P6UA 2QP8A 3FX5A 1DMPA 3L3AA 3OQ7A 5P68A 2PC0A 1UH8A 5P3JA 3INHA 4CKUA 3IXOA 3H5BA 5C9BA 3LIZA 3LZVA 3VEUA 1KJHA 3VCMA 1HVHA 1AXAA 5P0OA 3KT5A 3TPPA 2OHPA 1MT9A 4I8WA 4ER1E 2AVMA 4KB9A 5P8EA 3T6IA 3URIA 3OU1B 4HEGA 5P6IA 1KJ4A 2FMBA 3PRSA 5P0KA 2QMPA 4Q1YA 4K8SA 3RTNA 3NYGA 3PSUA 5P0AA 3ZKSA 2QMDA 3SA9A 5P07A 5P42A 3U71A 4ZPEA 5HDUA 1HVJA 1FF0C 4Y39A 1FMBA 5P02A 3BHEA 2VNMA 5AGZA 3EC0A 5HCOA 7UPJA 3O9CA 3ZKNA 3KDCA 4OBJA 4Z50A 4M8YA 5P7XA 4Y3XA 3NDWA 3IVIA 3LPJA 4Z2ZA 5P36A 2ZJKA 1SP5A 5P0SA 3HDKA 1BVGA 1K6TA 1ODXA 4Y4DA 2UY0A 1C70A 5P6YA 2WEDA 3D1YA 5KR1A 1BILA 4LXKA 5P2DA 5P1IA 5OZCA 2HB2A 4TRWA 5P7NA 4ZIPA 1EEDP 1FQ6A 3ER5E 2FNSA 5P4IA 4Y5NA 5P2RA 2FDEA 1QDMA 3HLOA 2PK5A 5P19A 4CMSA 3EBZA 3K4VA 3EM4A 5P6FA 4J0PA 5P1BA 4Y48A 2IQGA 1FQ5A 4AA8A 3I7EA 3IN3A 5HDXA 5P1RA 4NPUA 4LBTA 2NNKA 2QU3A 2JJJA 3IAWA 5P0MA 3VYEA 5P1GA 2Q63A 5P3GA 1QBUA 3IXJA 5OZFA 3LIVA 3IGBA 3VF7A 1MUIA 5P60A 1B6MA 4PZWA 2QI1A 3TH9A 5P2QA 3HZCA 4Y3SA 4ACUA 1BDRA 5P5MA 3LIXA 4FS4A 4YD7A 4BELA 3ZKGA 1PROA 5P3RA 4QJ6A 2QI7A 1SDTA 2IEOA 5P89A 3PJ6A 2V00A 4F74A 5P26A 4Y47A 4Y53A 3BXRA 5AH6A 4RCFA 4ZSRA 5P1ZA 1BWAA 1HVRA 2WEBA 4Y5GA 2ZJJA 2I1AA 5OZBA 2G69A 1IVQA 4GJDA 1IZHA 2IL2A 3VV7A 4GJAA 2F81A 4XXSA 2BKTA 2OHUA 1TSQA 1B6KA 1FEJC 5P4TA 2QZWA 1MSMA 1GVVA 1HTEA 4DQGA 7HVPA 4J1KA 2G20A 3CYWA 3SA5A 1XN3A 1YT9A 5P5YA 3OTYA 2WECA 4ER2E 5P0NA 4J17A 4MC9A 4CPQA 2J9JA 3NDUA 1D4JA 3BRAA 1LZQA 5P7WA 2OHLA 3OXXA 4PEPA 1CPIA 1APWE 5P5SA 5IE1A 3O9BA 3HW1A 5P7HA 2XYFA 1W50A 1HHPA 3VLBA 3NWXA 5P49A 3TNEA 2QAKA 3UQWA 3KFRA 4RVJA 3R0WA 5P1EA 2ZHRA 3ZKIA 3BXSA 5OYSA 5P3XA 4BFBA 2RSPA 3TOFA 4YE3A 5KR0A 2P3AA 4Y3DA 1K1UA 2WL0A 3EL4A 5P04A 4EQ0A 5P14A 4B78A 1GKTA 5OYYA 5P8HA 1OHRA 5P01A 4B77A 1IZIA 3MXDA 2P4JA 4DVFA 5P05A 3TPRA 3GGVA 4DV9A 3NSHA 5P54A 4Y36A 1BIMA 1LYBA 2BJUA 1GVTA 1C6ZA 1LV1A 2F80A 4ACXA 4YCTA 4I12A 3ZPTA 4YBFA 4ZSQA 3I8WA 3T7XA 1HVSA 3FSMA 5P6JA 5P8FA 3HBOA 1W5YA 3PSYA 5P1JA 2VIZA 1EPQE 2CENA 2PWCA 5P6RA 3S53A 5P0CA 5P6PA 1ZPAA 5P2OA 4EPJA 4Y3FA 3OAGA 2G94A 5CONA 5OYWA 5P77A 2OHMA 4HZTA 5OZVA 4HVPA 3RTMA 1MRXA 4CP7A 5P1FA 2PSGA 4Y50A 5DR7A 4HLAA 2I4XA 3O9EA 5P8RA 1ZPKA 2O40A 2XFIA 1RQ9A 2I4QA 5OZOA 4I0ZA 5P5FA 3UDJA 5DQ1A 1NSOA 3IA9A 3PWWA 3EKQA 5P24A 5JODA 4B00A 4GB2A 3KDBA 4L1AB 5P2EA 3PBZA 5OYXA 3OUAA 3ER3E 5P4ZA 2AVSA 1ENTE 3S54A 3LIYA 4DQFA 3VV6A 5HU0A 4Y56A 3OGQA 1K6PA 5P5DA 4ZE6A 4CPTA 1W5VA 5OZPA 5P50A 4E43A 4HA5A 2V16C 4K4PA 1DPJA 1PPLE 1QBRA 5P59A 5P6GA 5KOSA 3VF5A 3K5CA 4DQBA 1QBSA 2B7ZA 1FKNA 2RKGA 5P1SA 3EL9A 5BS4A 3CKTA 5P5OA 5P2IA 5P31A 5EZZA 4J1HA 5P3AA 3D91A 3OU3A 3VYDA 2AZ8A 2FDPA 2VJ6A 3OU4A 5P4DA 1QBTA 2IRZA 3L5EA 5P7BA 4Z4XA 1XDHA 4Y5KA 3UDHA 1MT7A 5P2ZA 4RVIA 5P5UA 4APEA 3KFPA 3T7QA 5P3PA 4OBDA 5P5PA 3OADB 3QAAA 4XX3A 2B42A 3NLSA 2PMAA 2ASIA 3RU1A 4GIDA 3C9XA 1F7AA 5P61A 1UH9A 5IVTA 5KR2A 1U8GA 4CPUA 3HAWA 5P88A 4OBKA 3LITA 3Q4BA 5P6MA 5P5BA 3QBHA 5P7JA 1EAGA 5P7LA 3D1XA 4RCDA 3PM4A 3OAGB 1T6EX 1E5OE 3GI0A 3NDTA 1MTRA 5P3EA 2XFJA 2G22A 2ZE1A 6FIVA 4EXGA 3VFAA 4J0ZA 5P09A 5P44A 1AJXA 4Y41A 2H6SA 4COEA 1C6XA 2F3KA 1B6LA 4DQCA 1APUE 4Y4JA 4Y57A 2WEAA 3L59A 5F00A 3OUDB 2AOGA 1LYAA 3D3TA 3KFSA 5HTZA 3ZLQA 5P58A 4ZSPA 1SGZA 3Q6YA 3UDMA 1ME6A 4Y3NA 5P15A 4ZPGA 3B80A 4I11A 2OHRA 4B05A 4ZLSA 5P0QA 5P7GA 4Y45A 4DQEA 5P5KA 2WF4A 5P7PA 1AZ5A 5P7UA 3UDKA 5P6BA 2IGXA 2NMYA 3M9FA 2HPEA 5P6ZA 2AOJA 3NU3A 1FMUA 2QI3A 2P83A 4JECA 2VNNA 2RKFA 4FSEA 5P1AA 1AJVA 2ER7E 3I25A 1D4KA 3CKPA 5P7RA 3SA8A 2PWRA 1T7JA 2PYNA 3NU6A 2R9BA 3L5FA 4PYVA 4I0JA 5SY2A 1HXWA 2ZJMA 4Y44A 1BVEA 2AVVA 3QS1A 3D20A 3QIHA 4IVTA 5P27A 2WF0A 3VYFA 5P2XA 1W51A 3LINA 3UFLA 3NUOA 3O9DA 1FQ4A 3SABA 1TCXA 5JFUA 3MXEA 1GVUA 3EXOA 5P56A 2R43A 3EL5A 5P70A 3H0BA 4L6BA 3UHLA 1EC2A 3QRSA 1BXOA 1UH7A 1E80E 1HPXA 2FIVA 5KQZA 5APRE 3O9FA 5P0HA 3QRMA 4Y5EA 1YTHA 4AA9A 5P6DA 3PSGA 2ZJHA 3EKYA 2NXDA 4FGXA 3GI4A 5HDZA 5P30A 3LZYA 4K4RA 3KYRA 3JVWA 3S45A 5OYUA 1IBQA 3MSKA 3S43A 4J1FA 5P4RA 3PWRA 1LYAB 5OZ8A 5P7KA 5AH7A 5P18A 2V10C 5P4YA 5KQFA 5P2WA 4Y4UA 1FIVA 2QZKA 4FAFA 2Q15A 3BGBA 5P4SA 5OZQA 3FNSA 2F3FA 2WF2A 5P7DA 3LIQA 3OUCA 4JPEA 1HVLA 4R8YA 5P3OA 5P1UA 5P3NA 5P2CA 3T3CA 5P06A 4Y58A 1XE5A 5P1NA 5OZWA 1APTE 4FLGA 2QD8A 3KMXA 1VIJA 4LHHA 5P0IA 2HIZA 1TSUA 3ST5A 1FFIC 1SGUA 4LP9A 1WBMA 4CPRA 3PHVA 5P2JA 3QI1A 5P8CA 1CMSA 5DR4A 4Y54A 1NPWA 3F9QA 3DV1A 1B5FB 1SH9A 3OHFA 3VSXA 5OZ6A 3CMSA 3PLDA 1QS8A 3SFCA 1RPIA 5P08A 5SY3A 4I10A 3URLA 5P4XA 5DQ5A 5C9FA 5P0ZA 4J0TA 5P2FA 5P82A 4Y3RA 5P1OA 5OZEA 2XYEA 3KF0A 3UFNA 1META 4FM7A 5KAOA 4L7HA 4LL3A 1BV7A 1A8GA 5P57A 1HSIA 2QZLA 5P4CA 5ISJA 3UDRA 4RCEA 5P8DA 2AZ9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HXB A;  5DR8 A;  4GZF A;  5P5H A;  5UPJ A;  4OD9 B;  4Y3P A;  1FFF C;  3TPJ A;  5P29 A;  3SO9 A;  5P5X A;  5P3Z A;  3DCR A;  1YTI A;  3S7M A;  4YD5 A;  3DJK A;  1BAI A;  3A2O A;  5P8G A;  4DPI A;  4QGI A;  5DR1 A;  4FRS A;  1YX9 A;  1SDV A;  1AM5 A;  5JG1 A;  1LF4 A;  4XKX A;  5HCT A;  5P0Y A;  1HPS A;  2I0A A;  2J9K A;  2G1R A;  1B6J A;  3K1W A;  4J0Y A;  4I1C A;  5P2L A;  3UF3 A;  3PGI A;  3WZ7 A;  1EBW A;  3IVH A;  3IXK A;  5P5A A;  5AH8 A;  1BWB A;  2Z4O A;  1JLD A;  3APR E;  5P71 A;  3T11 A;  1K1T A;  4KE0 A;  2QMG A;  2VA5 A;  3EL0 A;  4YHQ A;  4NJT A;  1T3R A;  5P0T A;  2P3B A;  5OZR A;  1W6H A;  5KR8 A;  5P3M A;  2B7F A;  2WF3 A;  1G0V A;  5HVP A;  4Y3J A;  2VIJ A;  2V12 C;  4NJS A;  3EKP A;  5P20 A;  5P4O A;  4WTU A;  4Y3G A;  1E82 E;  3G6Z A;  5OZ4 A;  3ZPU A;  5P66 A;  5FIV A;  2Q54 A;  5P3B A;  1LF2 A;  1HTF A;  1W5W A;  3OXV A;  4F75 A;  2EWY A;  3BUF A;  4DJX A;  5P6N A;  5P51 A;  3WZ6 A;  2RMP A;  4YOA A;  5DGW A;  3MSJ A;  4D8C A;  4PZX A;  4DFG A;  3OK9 A;  4CPX A;  2QK5 A;  2QI0 A;  1SMR A;  3OQD A;  2UXZ A;  1FG6 C;  3OQF A;  5P4H A;  3UTL A;  3N4L A;  2WJO A;  3LZU A;  5P5T A;  5P8L A;  3U6A A;  1C6Y A;  1D4H A;  1IDB A;  3UQX A;  1SME A;  3LPI A;  3VUC A;  5P7M A;  1K6C A;  1A9M A;  3GW5 A;  4U7V A;  4Y5B A;  5E5J A;  1EPO E;  3VLA A;  2VIY A;  1YM4 A;  5I70 A;  3OOT A;  5KQY A;  2REN A;  3WB5 A;  2PSV A;  1RV7 A;  4DJW A;  5PEP A;  3PWM A;  4DJY A;  1EPN E;  3OUB A;  5P64 A;  5OZG A;  5P0U A;  1EPR E;  2HS2 A;  4GJ7 A;  3NXE A;  1EBY A;  5P7A A;  1T6G A;  4DH6 A;  1MIQ A;  2QI5 A;  3QN8 A;  2I4V A;  2J9J B;  5P0B A;  3NXN A;  4DJU A;  1YTJ A;  3O9L A;  4GMI A;  5P7Y A;  1HEF E;  4J54 A;  5P7Q A;  5P7I A;  4CPS A;  3TTP A;  5P1K A;  5COP A;  4APR E;  3KA2 A;  5P0L A;  1LEE A;  2JYS A;  5P0G A;  5P2H A;  5P10 A;  2XFK A;  5P8J A;  5P76 A;  1EPL E;  2B60 A;  5P4U A;  4DUS A;  2QCI A;  1MPP A;  1AAQ A;  4Y43 A;  4YCK A;  1ZSF A;  3HAU A;  4I0I A;  3AUP A;  4FM6 A;  1HIV A;  3O9G A;  3VF3 A;  4PPH A;  5P2G A;  4FE6 A;  1XS7 D;  2G1N A;  1EPP E;  1NH0 A;  2ANL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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