4EWOA

Design and synthesis of potent hydroxyethylamine (hea) bace-1 inhibitors
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
386
structure length
377
Chain Sequence
VEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design and synthesis of potent hydroxyethylamine (HEA) BACE-1 inhibitors carrying prime side 4,5,6,7-tetrahydrobenzazole and 4,5,6,7-tetrahydropyridinoazole templates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 377
sequence length 386
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ewoA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ewoA02
3ZKGA 3N3IA 4GJDA 4GJ8A 3PMUA 5P4QA 4NJUA 3UPJA 2AVVA 2V0ZC 1W51A 5P7YA 2QHYA 1VIKA 3KN0A 3M9FA 4Z2ZA 4Y44A 2R5QA 3HAUA 5P03A 2ZJJA 1SBGA 1ER8E 5DR0A 3NXEA 4YCYA 2NXMA 4Y3EA 4S1GA 5OYYA 5P3XA 1W5VA 2IKUA 2QHCA 4YOAA 2PK6A 3QRVA 1XN3A 4ZPGA 5OZIA 5P4HA 2SAMA 2NMYA 1HOSA 3UDHA 3O9GA 3KA2A 2FMBA 5P0GA 5P5UA 5P86A 5HE4A 2QD7A 4YOBA 5P0SA 5P05A 4DJPA 5P4NA 5AHBA 4CPXA 2J9JA 5P1QA 5P5FA 3KFRA 3OHHA 3I7EA 3JVWA 5P5PA 4Y4UA 4OBJA 2ZJNA 4M8YA 5P50A 4YCKA 2Z4OA 3SACA 3L5DA 4HLAA 1A94A 3EXOA 5OYUA 3INEA 3HD8A 3OAGB 2HC0A 4L1AA 2CEJA 2OHLA 5P74A 5OZ0A 3GGVA 5P2YA 5JG1A 5P6EA 3S53A 3NUOA 5P2BA 3SA9A 2AOFA 4F73A 3DUYA 5P7AA 4B70A 5BS4A 5P5KA 5P8FA 4Q1YA 2WF4A 5P0IA 4BEKA 5P3EA 1J71A 1T6GA 5DGUA 3WSJA 2O4SA 4EJLA 3R1GB 5SZ9A 2FLEA 3QAAA 4QGIA 4B1CA 1BV7A 1IVQA 2F81A 1C70A 2O4NA 1MUIA 3PSGA 1IZHA 2BPZA 5P73A 4YD6A 3IAWA 4J1KA 2AOJA 5P6MA 4ACXA 4QJ6A 3IXKA 3UHLA 4WY6A 3UQPA 5P0CA 1NPAA 5FIVA 3NDTA 5HTZA 5P6HA 1KJ4A 3SLZA 3PVKA 5P1OA 5F01A 1MVPA 1YM4A 5P8CA 1ODWA 5OZWA 4RVXA 1HTRB 1HXBA 3HAWA 4WTUA 5P59A 3ZKQA 2AZ9A 5P1TA 4HEGA 2VS2A 5P19A 4PEPA 3FKTA 2ZHVA 5P3CA 5P2GA 2WF3A 5P1DA 3TOGA 4GJAA 2CEMA 4YDFA 4YE3A 4AA8A 3PCZA 3S7MA 3OOZA 4H3FA 4Y3HA 2UXZA 5OYWA 5P3WA 4I8ZA 1UPJA 4TVGA 5P8MA 1T7IA 3ZKSA 1CPIA 2QMPA 4CPUA 2Q3KA 1A9MA 4J1CA 2I1AA 5P5VA 5EZXA 5I3YA 1XE5A 2JJIA 4KUPA 2QZXA 5IS4A 5APRE 2VJ7A 4YDGA 4FLGA 3S7LA 4Y9WA 1UH7A 5I3WA 3EM4A 2QK5A 3ZPUA 3HW1A 4Y50A 5P5LA 4TRYA 2XFJA 5P06A 4MC2A 4CPTA 4RVIA 1ZPKA 4TRZA 5P3IA 4ACUA 2FXEA 3GGAA 3RTNA 3QRSA 3NU9A 5P5WA 1APTE 1HBVA 1NH0A 5P7LA 5P5ZA 5P07A 1D4LA 2APRA 3UQXA 3UDMA 4OBFA 4EQJA 3L5FA 1LEEA 2BB9A 3UTLA 3IVIA 4Y5GA 3PM4A 3OU4B 5HDXA 3FSMA 3UDNA 3SABA 4I1CA 1SMEA 5P1ZA 3OUCA 5I3VA 2HIZA 5P4YA 5COKA 1K1TA 5P5NA 2WECA 4U7QA 1HSIA 5P1MA 5P5SA 1SIVA 4K9HA 3OHFA 5P01A 2FIVA 2PK5A 5P3KA 4ZPEA 2CENA 1KJ7A 3O9BA 5P40A 5E5JA 3IVHA 5BRYA 1ZSRA 5P1UA 1PROA 2G20A 5P6WA 4M8XA 3G6ZA 5P0HA 2G27A 3PBZA 1CZIE 5P5RA 7HVPA 4GJ5A 3O99A 4RYCA 5P6QA 1FQ6A 2BBBA 5P0RA 4DH6A 2QU2A 1FFIC 5P5JA 1Z8CA 4B78A 3GW5A 5P0MA 3SKFA 2P3BB 5HU1A 2G94A 4YD4A 4B1DA 1ZSFA 1APVE 1FQ7A 1C6YA 5P1PA 5P24A 4Y39A 1K1UA 2V13A 4DJUA 1F7AA 3VG1A 2F3KA 4JECA 3L5CA 1LYWB 2QI6A 3G70A 3U71A 1BWBA 4MC9A 1HPSA 1EBZA 1B6KA 1HRNA 5P1LA 4L6BA 5P30A 5P5QA 1K6PA 5OYTA 4RZ1A 3CIDA 1LZQA 2QI3A 1G2KA 5P8HA 5P2LA 3NU4A 2G1RA 4Y48A 4DQEA 4YA8A 5P38A 5P8DA 4YD3A 1ZPAA 3OGPA 5P71A 5HE7A 1FG6C 3D3TA 1ODXA 5P1NA 3KMYA 3TNEA 2F8GA 2NXDA 2FNTA 3TL9A 3OU4A 3PSYA 1ME6A 5P49A 5P4VA 1B6PA 5P7FA 4JPEA 5P6DA 1MSNA 4D83A 5P6XA 2G22A 3FV3A 5P8LA 4Y4TA 2PSVA 5P02A 3FNUA 5P3GA 5P7EA 1FQXA 4I0IA 3PBDA 3OUDB 3LZUA 3ZKIA 4Y3PA 5P7VA 4DJOA 4ZSPA 5P3JA 2I4VA 1IBQA 3ZKNA 3LPIA 3QRMA 3OTSA 3UF3A 2OAHA 1HVJA 1OD1A 2UPJA 3VCMA 5P2VA 3WZ8A 5P4BA 2Q64A 5P0FA 2ZJMA 3PWMA 5P7OA 2OHUA 4Y3SA 5AH7A 2B7ZA 5P2HA 1EBYA 5P65A 4B05A 1W5YA 2NMZA 5P78A 1FFFC 5P6BA 5ENMA 1AAQA 2QMGA 5P85A 4CP7A 1HEGE 1A8GA 5P6VA 2BPYA 2QNQA 2G1NA 5P0BA 5P2SA 2XFIA 3IN4A 4QJ9A 1HWRA 1D4SA 3PI5A 3MSJA 4FRJA 2RKGA 1KJGA 5P69A 3RSVA 2VIYA 3LITA 3T3CA 3WB5A 1EPQE 5P6KA 5P7DA 3UDRA 2BPWA 2OHPA 1BWAA 3CKRA 5P7NA 1T6EX 3TTPA 3FIVA 1ZTZA 5P32A 5P1SA 3EMYA 4DJQA 2ZHSA 5COPA 4B1EA 3URLA 5P6LA 2ZYEA 4FRIA 1IIQA 3D1YA 3EKYA 2WEZA 4GB2A 2RMPA 5P4CA 4GZFA 4CMSA 3WB4A 4Y5NA 1D4YA 4NKKA 2XYFA 5HVPA 3SA4A 1UH8A 5OZKA 4JP9A 3OK9A 3T7QA 1HTEA 4R5NA 4I0ZA 3EC0A 3O9IA 4EHCA 5P7MA 5OZDA 5KQXA 5P54A 2QAKA 1T3RA 2Q5KA 4D85A 2H6SA 3OUDA 3KFNA 5OZ8A 4Y4GA 3S8IA 5IVTA 2BKTA 5KR2A 2I0AA 3S56A 3NLSA 4APRE 5P4WA 2QMDA 4Y37A 1QRPE 5JODA 1EC3A 4OBKA 4Z4XA 3LPJA 4X2LA 3JW2A 4ZSRA 4I0HA 4Y41A 5P46A 5P8EA 3DCRA 5P7CA 3S85A 1HVCA 3EL4A 1FQ4A 2HB3A 4I0GA 5OZXA 1EPNE 1TCWA 5DR3A 2ZHRA 3VYFA 5P2CA 5OZZA 3IGBA 3CKPA 4Y3FA 1MEUA 4J1HA 5P33A 2IL2A 4ZEAA 5P3NA 3ST5A 1BBSA 5DGWA 2QI5A 4NPTA 5COOA 4EQ0A 5P5TA 1E5OE 5DR8A 1MTBA 2PMAA 3K4VA 1SDTA 5OZPA 3T7PA 5IVRA 3EKPA 1HVIA 5P8SA 3UFLA 3TPLA 2R5PA 1HVRA 1ZJ7A 3S2OA 3CYWA 1EC0A 1DW6C 1FIVA 4CPSA 5OZSA 2BKSA 1B5FB 2PQZA 4EP2A 4R91A 5P8KA 5P0EA 1ZLFA 3NDXA 5P23A 5P7UA 3QBFA 1B6JA 3KFPA 1BDLA 2VA7A 5P5IA 3ER5E 5OZMA 4Y5BA 4J54A 5P7ZA 4HZTA 4RCFA 5P3UA 1LV1A 5P6IA 4DJYA 4GJ7A 4Y4WA 2FDDA 2WEAA 5P61A 3BXRA 3HZCA 5P4XA 1KZKA 4Y3MA 5P77A 1HEFE 5P4AA 1EPRE 1SMRA 3I8WA 3QI1A 3KMXA 3TLHA 2IRZA 2G1YA 4DJXA 2HB4A 3T6IA 4J0YA 2A1EA 2NXLA 3IXJA 2FS4A 2ZGAA 3B80A 5P5EA 5P43A 3VSXA 3VF3A 2Q15A 2JYSA 3RTMA 3OGQA 4HA5A 3EM3A 4DPFA 1LYBB 5P8JA 2ASIA 4FS4A 5P7PA 2B60A 3ECGA 1EAGA 6FIVA 5P0VA 4B00A 2V11C 3K5FA 3INHA 1SDUA 3NU6A 4FAFA 2AZ8A 4HE9A 3PWWA 2ER7E 1MT8A 4Y51A 4RLDA 2PSGA 4Y3QA 1QS8A 2QMFA 1XE6A 4FIVA 3TPPA 3OWNA 5P8VA 4I0DA 1UH9A 2G69A 4I0FA 3R0WA 4F74A 3BRAA 2AOCA 1FMUA 4MC1A 1BIMA 5P22A 3S43B 4DFGA 5P6RA 1W6HA 3UQUA 4DPIA 2HAHA 2QD8A 3OXCA 4GMIA 4I0JA 3ER3E 3PSUA 1HVKA 4K8SA 2ER0E 4COEA 5KR1A 2F3FA 5JFUA 4RGHA 1B5FA 3O9LB 2HPEA 2WEDA 2ZE1A 5OZYA 3Q5HA 2RSPA 2WL0A 1IZIA 4I0EA 3N4LA 4OC6B 3QVCA 5P11A 5PEPA 1MSMA 5P04A 4DUSA 2VKMA 2ZJLA 4FM7A 4Y3ZA 5ER2E 5P6GA 5UPJA 4PYVA 4Y58A 5P8UA 3SA6A 4Y4ZA 1U8GA 1YX9A 2WHHA 3O9HA 5P2ZA 2R3WA 5HCOA 2FGVA 5P3ZA 1AZ5A 4TVHA 4Y54A 4Y3YA 5AH9A 4L7HA 2XFKA 2QHZA 4H3IA 1RV7A 3ZPTA 4J1EA 4JOOA 5KOSA 2P4JA 2VNNA 5OZBA 2NTRA 2AVSA 4J1FA 3RTHA 1RNEA 3OAGA 3HBOA 3ZKXA 4AA9A 1WBMA 4LBTA 5P75A 1FLHA 1W50A 5P63A 5OZFA 3SO9A 3NWQA 4ZLSA 5C9DA 1G6LA 4DQGA 2PH8A 5P55A 3Q4BA 5P7TA 1LYBA 1B6MA 1MIQA 3D91A 5P4FA 1GVXA 4PZXA 4EWOA 5P2OA 2BPVA 5P1GA 5P7XA 3QROA 6APRE 1MT9A 1IVPA 2OHSA 1QDMA 4FRSA 4YD5A 5AGZA 3EKWA 1SIPA 2AVOA 2HM1A 5P0XA 5P4GA 5P8TA 3OU3A 4LL3A 4ZSQA 4WY1A 3WZ7A 3ZMGA 5P4UA 4NJSA 2PYMA 1LF2A 2OHQA 5OZ3A 5ISJA 3S43A 3NDWA 3ZL7A 1W6IA 4FE6A 5P1VA 3IXOA 1LS5A 1G0VA 3O9LA 4Y3JA 3VYDA 1MRWA 2IKOA 1M43A 5P2WA 3VF7A 4OC6A 3PJ6A 5OZUA 5P1IA 2VA6A 2IQGA 3O9DA 4J55A 4GYEA 1E82E 5SY2A 2R43A 2HS1A 3L3AA 5P25A 2BJUA 3QBHA 1BAIA 2MIPA 4D8CA 5P00A 3NWXA 5P4ZA 1GVUA 5OZ2A 5OZ7A 1WBKA 5AH8A 4Y47A 5P4LA 2AOIA 5KQFA 1EPLE 3OADB 5OZGA 1D4HA 4GJ6A 5P88A 3UFNA 1NPWA 2V12C 3L58A 3UDKA 3D1XA 1K2CA 2Q63A 5P6NA 5P5DA 5P6FA 3GI4A 2V16C 2FXDA 5P0TA 1GNMA 5P87A 5KQZA 3UCBA 1DIFA 4CPRA 1IZDA 4FSLA 5P2IA 4BFBA 2AZBA 1RL8A 3H0BA 3PRSA 4R95A 5P0JA 4OBZB 3PB5A 4ZIPA 3K4VC 4I10A 5P0YA 3PHVA 2P8HA 3VUCA 5P7KA 3NSHA 3CMSA 5C9BA 3SPKA 4IVSA 4XKXA 2I0DA 3EL0A 5IVQA 3PCWA 5DR7A 3TOFA 3U6AA 4LHHA 5P72A 3KDCA 2P83A 3CIBA 5P5MA 3A2OA 5P37A 3BVAA 1EC1A 5P42A 2V10C 2ER6E 5OYXA 4FGXA 3OQDA 5KR8A 2P3DA 3PGIA 3MXEA 3KF0A 1TQFA 2F80A 4U7VA 5P60A 4K4PA 5P0UA 3KT5A 4N00A 4OBGA 1E80E 5SXNA 4I12A 4Y3DA 5P5AA 4BELA 4PZWA 3Q70A 3OOTA 5P6CA 5P8RA 2VIJA 1FQ8A 4H1EA 1HPVA 2Q54A 5P5OA 3T11A 3WZ6A 4HVPA 1ZP8A 2ZDZA 3EM6A 5P0KA 5P6UA 2NNKA 4EP3A 4JPCA 3QP0A 5P48A 1B6LA 5OZ4A 2QZLA 4LAPA 5OZCA 2FDEA 5P2TA 1M4HA 2J9KA 2Q11A 5P7IA 2P3BA 5OZ6A 5P8GA 3LPKA 4ZSMA 5OZJA 5P8QA 5P3HA 5F00A 2JXRA 4GJBA 1XS7D 3OADA 1SDVA 5P3DA 5P3RA 3I2LA 2QZKA 2AOHA 5P4OA 1LYWA 5P76A 3NU5A 3TKGA 1BDRA 4DQFA 2QNNA 3R4BA 5P4TA 2ANLA 3BUFA 4Y5PA 7UPJA 3QIHA 4DVFA 5JFPA 4B77A 1QBRA 2HPFA 1GKTA 5P0AA 5DQCA 2R38A 1FF0C 2JE4A 5C9FA 2HS2A 1EEDP 3JVYA 1JLDA 2RENA 3PMYA 3PLDA 1TW7A 5OZVA 5B18A 4R8YA 2P3AA 3TPJA 3K5GA 2RKFA 1YT9A 1QBSA 4YHQA 3INDA 2AOEA 3CICA 3MSLA 4L7GA 4Y6MA 2OHKA 1HIHA 3AUPA 5P18A 5P26A 3VV6A 5P17A 5P8NA 4R92A 5OYQA 4Y57A 2QP8A 1EPME 2WF1A 3EL5A 3UDQA 5P82A 2OF0A 5ISKA 5P0LA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ZKG A;  3N3I A;  4GJD A;  4GJ8 A;  3PMU A;  5P4Q A;  4NJU A;  3UPJ A;  2AVV A;  2V0Z C;  1W51 A;  5P7Y A;  2QHY A;  1VIK A;  3KN0 A;  3M9F A;  4Z2Z A;  4Y44 A;  2R5Q A;  3HAU A;  5P03 A;  2ZJJ A;  1SBG A;  1ER8 E;  5DR0 A;  3NXE A;  4YCY A;  2NXM A;  4Y3E A;  4S1G A;  5OYY A;  5P3X A;  1W5V A;  2IKU A;  2QHC A;  4YOA A;  2PK6 A;  3QRV A;  1XN3 A;  4ZPG A;  5OZI A;  5P4H A;  2SAM A;  2NMY A;  1HOS A;  3UDH A;  3O9G A;  3KA2 A;  2FMB A;  5P0G A;  5P5U A;  5P86 A;  5HE4 A;  2QD7 A;  4YOB A;  5P0S A;  5P05 A;  4DJP A;  5P4N A;  5AHB A;  4CPX A;  2J9J A;  5P1Q A;  5P5F A;  3KFR A;  3OHH A;  3I7E A;  3JVW A;  5P5P A;  4Y4U A;  4OBJ A;  2ZJN A;  4M8Y A;  5P50 A;  4YCK A;  2Z4O A;  3SAC A;  3L5D A;  4HLA A;  1A94 A;  3EXO A;  5OYU A;  3INE A;  3HD8 A;  3OAG B;  2HC0 A;  4L1A A;  2CEJ A;  2OHL A;  5P74 A;  5OZ0 A;  3GGV A;  5P2Y A;  5JG1 A;  5P6E A;  3S53 A;  3NUO A;  5P2B A;  3SA9 A;  2AOF A;  4F73 A;  3DUY A;  5P7A A;  4B70 A;  5BS4 A;  5P5K A;  5P8F A;  4Q1Y A;  2WF4 A;  5P0I A;  4BEK A;  5P3E A;  1J71 A;  1T6G A;  5DGU A;  3WSJ A;  2O4S A;  4EJL A;  3R1G B;  5SZ9 A;  2FLE A;  3QAA A;  4QGI A;  4B1C A;  1BV7 A;  1IVQ A;  2F81 A;  1C70 A;  2O4N A;  1MUI A;  3PSG A;  1IZH A;  2BPZ A;  5P73 A;  4YD6 A;  3IAW A;  4J1K A;  2AOJ A;  5P6M A;  4ACX A;  4QJ6 A;  3IXK A;  3UHL A;  4WY6 A;  3UQP A;  5P0C A;  1NPA A;  5FIV A;  3NDT A;  5HTZ A;  5P6H A;  1KJ4 A;  3SLZ A;  3PVK A;  5P1O A;  5F01 A;  1MVP A;  1YM4 A;  5P8C A;  1ODW A;  5OZW A;  4RVX A;  1HTR B;  1HXB A;  3HAW A;  4WTU A;  5P59 A;  3ZKQ A;  2AZ9 A;  5P1T A;  4HEG A;  2VS2 A;  5P19 A;  4PEP A;  3FKT A;  2ZHV A;  5P3C A;  5P2G A;  2WF3 A;  5P1D A;  3TOG A;  4GJA A;  2CEM A;  4YDF A;  4YE3 A;  4AA8 A;  3PCZ A;  3S7M A;  3OOZ A;  4H3F A;  4Y3H A;  2UXZ A;  5OYW A;  5P3W A;  4I8Z A;  1UPJ A;  4TVG A;  5P8M A;  1T7I A;  3ZKS A;  1CPI A;  2QMP A;  4CPU A;  2Q3K A;  1A9M A;  4J1C A;  2I1A A;  5P5V A;  5EZX A;  5I3Y A;  1XE5 A;  2JJI A;  4KUP A;  2QZX A;  5IS4 A;  5APR E;  2VJ7 A;  4YDG A;  4FLG A;  3S7L A;  4Y9W A;  1UH7 A;  5I3W A;  3EM4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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