4EWOA

Design and synthesis of potent hydroxyethylamine (hea) bace-1 inhibitors
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
386
structure length
377
Chain Sequence
VEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and synthesis of potent hydroxyethylamine (HEA) BACE-1 inhibitors carrying prime side 4,5,6,7-tetrahydrobenzazole and 4,5,6,7-tetrahydropyridinoazole templates.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 377
sequence length 386
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ewoA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ewoA02
3NU5A 4A6BA 3LPKA 5F00A 1GVUA 4Y5AA 5ISJA 2ZJKA 4Y3QA 1DP5A 4Y5MA 5P14A 1YTJA 3HLOA 4J54A 1J71A 3K5DA 4YCTA 4RYCA 2JYSA 5P3BA 3VSXA 5P32A 2B8VA 4Y56A 3PLDA 3RVIA 2Z54A 1YTIA 5P16A 4HLAA 3PRSA 5OYZA 4LHHA 3SA4A 5DR7A 5P6UA 1CZIE 5KR2A 1A8GA 5P5EA 2IKOA 5P45A 2R3WA 3LPJA 4I0GA 1TCXA 3OAGA 3L58A 5P7VA 2ZHTA 1TSUA 3VV7A 4DJXA 3OUDA 5P53A 2WF3A 3QBFA 4J0PA 4NJSA 1PROA 5OZLA 4ER4E 4Y53A 5P0EA 2BPWA 1EBKC 3IGBA 3UDYA 2WEDA 4Y5LA 3APPA 5BRYA 1YM2A 3PMUA 2P3DA 5P4PA 2G69A 5P1OA 1PPME 2QD7A 4RROA 2FIVA 4U7VA 1MERA 3LHGA 5P3YA 5P1KA 3ZKNA 1HTEA 4Y36A 4Y3FA 4JOOA 5HU0A 5P1MA 3TPLA 1EPNE 2UPJA 3D1ZA 4OBZA 4Y5BA 4QJAA 1EPOE 3MSJA 2OHLA 2QP8A 2J9JA 4CPQA 5JG1A 4APEA 1HTFA 3O9IA 2ZDZA 5P5AA 5P7FA 1K2CA 4R95A 1HSIA 3FX5A 3KMXA 3L5DA 4I0FA 5P2DA 1A30A 3PI0A 5P23A 4YOAA 2WECA 2ZHSA 3GI5A 5P5GA 1QBSA 1CPIA 1HEGE 5OYRA 3SACA 1IZEA 1ODXA 6FIVA 3LIVA 3VF3A 3UDRA 5OZXA 3S8IA 4GJCA 4AA8A 2MIPA 5P64A 5P3TA 4I0EA 5P57A 4PZXA 2AODA 4DUSA 5P4YA 4L7GA 1XL2A 2ASIA 5OZFA 1BDRA 1W51A 2QZWA 1LYBB 3EKWA 5P6DA 1IBQA 3VYFA 4E43A 1FQ5A 2QD6A 4Y3JA 5P00A 5KQZA 3CMSA 5P3JA 3T6IA 5JFPA 3NDXA 5BWYA 1MRXA 2NNKA 3A2OA 3L5FA 5HE5A 5P2SA 2IGXA 4Y5PA 5P1JA 5SY2A 5OZNA 2WEZA 1HTRB 1ME6A 5P7TA 4D85A 3ZMGA 1HVLA 4B70A 1EPRE 3URJA 5OZQA 5P7EA 3S53A 5P5FA 4H1EA 5P7PA 3JVYA 5OYUA 1EAGA 5P2CA 3K5GA 2R3TA 2I4DA 5P7SA 4XX3A 1DPJA 2P3CA 5P7HA 5P1XA 4FIVA 4KUPA 1B6KA 3R1GB 4ZSRA 4B00A 3CIBA 1SMEA 4H3IA 3GI0A 1IZDA 2BPVA 1KJ4A 4FAEA 3SAAA 1KZKA 2AQUA 5P6RA 5P25A 4B05A 3EL5A 5KOQA 5CONA 3PWWA 2ZGAA 4Y3AA 5P3NA 4D88A 5DQCA 2VA6A 3EM4A 4DJYA 1EBZA 5P74A 3OADB 5OZ9A 4Y3PA 4RLDA 5P08A 4OBGA 4DQCA 3IAWA 2I4UA 4ZPGA 4DJUA 3PB5A 2OHPA 4GJ6A 5P3DA 5DR8A 2IENA 2RENA 3EM3A 4Y4JA 2A1EA 3BXSA 4J1IA 3KF0A 1TW7A 3SPKA 3LITA 5C9FA 3SA7A 5OZRA 4DFGA 4YDFA 2PK5A 1KJ7A 4CKUA 2Q15A 5P04A 2IRZA 3WB5A 4FSEA 5C9DA 5P24A 1HPXA 5P3AA 3EKPA 1MRWA 5OZCA 3O9CA 5P5UA 5OZ1A 4Y3WA 1FG6C 4ACXA 4U8WA 2ER0E 2V10C 3HW1A 3KDDA 2G22A 2V11C 4OBFA 3SA6A 4DQGA 1D4LA 5P4EA 5P0HA 2WF1A 1MTRA 1OEWA 5P10A 3QROA 4Y48A 2VJ6A 1OEXA 3VF5A 2FMBA 3CIDA 5P2NA 5P48A 1LYBA 3OUBA 4EPJA 3NUOA 1ODWA 1PSNA 4DJVA 4Y3DA 4PPHA 4H3FA 5DGUA 5P27A 5P41A 5P8KA 1GVTA 1PFZA 3EBZA 3OXVA 4FRIA 3S56A 1F7AA 5P7DA 3S54A 1GNMA 3B7VA 4JP9A 1EC1A 4KE1A 5AH9A 3DV5A 5OZ6A 3TNEA 5P6BA 3ZPTA 5P6AA 3PHVA 3H0BA 3CKTA 3AIDA 2SAMA 5P63A 4X2LA 3RU1A 2VIEA 4D89A 4X7IA 4YBFA 5P18A 5P3WA 2O4SA 3L38A 2AZCA 1FG8C 2FXEA 3OQDA 3I2LA 1ZSRA 3DCRA 4I0ZA 3UF3A 3Q3TA 5TOLA 3HAUA 5P6XA 3HDKA 4FRJA 1EBYA 3SA8A 4DH6A 5P59A 5P8FA 5P3LA 2G1YA 4COEA 3OADA 3I25A 3NWQA 2G1NA 2PSVA 2AVVA 4YD6A 5P1ZA 5EZZA 5AHAA 3U7SA 5P7XA 5P73A 5P7AA 4FE6A 1BXQA 5P76A 3OHHA 5P0YA 1G0VA 2NNPA 5HE4A 2Q11A 2G1SA 5DGWA 3BXRA 3IXKA 1EPPE 1FEJC 3OHFA 5P5NA 5P6KA 3BVBA 5P0MA 1FLHA 5OZPA 1T7IA 1EC2A 4GJDA 4J0VA 3QS1A 3I8WA 3EM6A 5I3WA 1META 5P6PA 3O9LB 5P81A 3ZPSA 5HCOA 5P4XA 5P0KA 2VA5A 4FRSA 5P60A 4Y5NA 4GJ5A 5P6WA 5P1FA 2A4FA 5P50A 2ER9E 5OZZA 2G24A 5OZHA 2RKFA 1FIVA 4TVHA 5P4WA 1D4KA 3ZL7A 4K4QA 1HHPA 4JECA 3S2OA 2WF4A 4ZSQA 3DJKA 5P4ZA 1XE5A 1A9MA 5P5TA 3EKXA 5OZ3A 1SMRA 2IEOA 2QNPA 3ST5A 3D91A 3LINA 5OZ0A 3QVIA 5ISKA 2WJOA 2AZ8A 4Y3LA 2F8GA 3ZKSA 1D4IA 1WBKA 5P01A 5P5MA 2FDDA 5KAOA 4EXHA 3S43B 3OGPA 4A6CA 5P6VA 1UH8A 2OF0A 3UHLA 3FKTA 2G1OA 1C6XA 1M4HA 5P05A 3D1XA 9HVPA 2AOEA 1F34A 4EHCA 3URIA 3NDTA 5P1DA 4RRNA 5P8VA 4YD5A 3IXOA 4Z50A 5P2UA 3OXWA 1CMSA 3BGBA 5P5BA 2FNTA 2HB3A 5ER2E 2QZKA 5P0QA 1D4JA 5P2XA 2B7ZA 4ZPEA 3DK1A 5P8RA 3SQFA 5CLMA 3CKRA 4Q1WA 4ZIPA 3R0WA 4J5JA 3Q70A 4GZFA 5IVSA 2I4VA 5COOA 3WZ6A 2FDPA 2PH8A 1QBUA 4Y3NA 3MSKA 4D8CA 1FQ7A 4J0TA 5IE1A 4H3JA 5I3XA 1QDMA 2VKMA 2NTRA 5P07A 3IN4A 1ZTZA 3KDBA 5OZIA 5P67A 2ZYEA 5P1LA 4TRWA 4CP7A 1A94A 5OZBA 4DJOA 2AOIA 4FGXA 2QHYA 1EPME 3Q6YA 4Y3GA 1SDTA 4Z2ZA 3EMYA 5P3ZA 3N4LA 5P35A 2HB2A 1EPQE 2QU3A 4Y4BA 1XN2A 5P1IA 3ZKQA 4DQBA 3PJ6A 1HTGA 2UY0A 3HVPA 3O9LA 5DQ1A 1BV9A 3FV3A 4CPSA 5P2BA 2PYNA 3NU9A 3OOTA 5OZUA 3SLZA 4H3GA 2WHHA 4I8WA 4EYRA 5P79A 4J1CA 4OC6B 1ENTE 1U8GA 4PEPA 1C6ZA 1EC3A 2WEAA 3NLSA 4YOBA 5P4AA 4R92A 4KB9A 4Y3XA 4LAPA 3VFAA 5P58A 2BJUA 5P8MA 4F75A 1TZSA 5P5XA 3NUJA 2R38A 2RSPA 1FQ8A 4GYEA 2PC0A 1SIPA 4JPEA 3LIQA 1DAZC 2WKZA 1B6LA 2G21A 1G35A 3QN8A 5P3KA 5OZSA 7HVPA 5P62A 5P8SA 5P31A 3U71A 5P4DA 5P88A 3S85A 3WZ8A 5P87A 4ZSMA 3SM2A 2WF2A 5P2EA 1AJXA 1T7JA 3SA3A 3S43A 1JLDA 3N3IA 5P5JA 5P8TA 3AUPA 1T3RA 4Y47A 3EKYA 3B80A 4DV9A 4YCYA 2O4PA 2P3BB 2H6TA 1FB7A 3GGXA 5OZVA 4I1CA 2PWRA 2WL0A 2NXMA 1HVJA 5P7MA 4OBKA 5P6HA 4NKKA 5P39A 2AIDA 4I0DA 5SZ9A 5P8HA 4B77A 3O99A 1D4SA 2AOCA 3UQPA 3VSWA 5P2WA 1K2BA 3OGQA 5P6GA 3SKGA 3HVGA 5P6MA 5P46A 1HVSA 4NJUA 3VLBA 1YX9A 4MC6A 3T7QA 5P4JA 4DVFA 4BFBA 2G26A 1NPAA 3L59A 3RTMA 1BDQA 3D1YA 4HDBA 3SA9A 1IDAA 5P1VA 2NMYA 5P4HA 5P83A 5P1TA 2CENA 3O9FA 3UDQA 4L7HA 4J0ZA 5P2ZA 1IZIA 4RVJA 3QPJA 4FLGA 1IDBA 5P56A 4IVTA 2F3KA 2G20A 3FNSA 4J1KA 3MXDA 3INEA 4Y4GA 5HDUA 4I0HA 1FGCC 1SGZA 1SDUA 3RTNA 5OZ5A 3TKWA 2P3AA 3O9BA 4WTUA 2BPXA 2ER6E 1BDLA 4HE9A 5P5WA 5P44A 4GJAA 4OC6A 4QGIA 2B42A 1LS5A 3R2FA 4YD3A 3TOHA 5P3XA 5E5KA 5OZ2A 3KM4A 3BGCA 3QBHA 5P77A 3C9XA 2AOJA 4NJTA 5ENMA 5P8LA 3NU4A 4Y4WA 3G6ZA 5P8JA 4YDGA 1APUE 4HEGA 4Y5GA 3KDCA 3G70A 3KT5A 1HSGA 1ODYA 2G27A 2F81A 2QNNA 5P0CA 4GB2A 1W5VA 4L6BA 2QMDA 5P3VA 2VJ7A 1ZP8A 5UPJA 2BKTA 3PBDA 3VLAA 4R93A 4OD9B 5SXNA 3S45A 3IVIA 4DJPA 5P4KA 5OYQA 1APVE 4Y58A 5P4RA 5P7CA 1HPSA 5P0SA 3ECGA 4CPXA 3D3TA 1GNOA 1MT8A 2P3BA 1IZHA 2VIJA 5OYWA 3EKQA 2QK5A 3DCKA 2B7FA 5P2YA 3RSXA 2FS4A 3MSLA 1APWE 4ZPFA 2APRA 1QRPE 1K6VA 4EQJA 5P11A 5P51A 3PSYA 4J1EA 5OZMA 4B1DA 4ZE6A 5P4QA 4QJ2A 1MPPA 5P2AA 4UPJA 5KQFA 3K4VA 4Y5CA 4PZWA 5P0BA 1IVPA 5OZ4A 1HVIA 3QP0A 4YE3A 1NSOA 4A4QA 4LXKA 2HS1A 1RL8A 2P83A 1SH9A 3O9AA 4Y3ZA 3LIXA 3K4VC 4Y35A 3KFNA 3VYDA 3R4BA 3PM4A 1WKRA 1AZ5A 1AVFA 4RRSA 2JJJA 5P5DA 2NXLA 4TVGA 3QRSA 5P26A 4Y4UA 1YTGA 5P7RA 1WBMA 1KJHA 4ER1E 3OY4A 4Y5EA 5P70A 2VNMA 2FLEA 1Q9PA 5IVRA 1Z8CA 5P69A 3BUGA 3PMYA 1YG9A 2OHUA 2F80A 5P8OA 1E82E 5P4UA 3ZKMA 2EWYA 5P8DA 2VNNA 4Y5KA 1E80E 2QI0A 2R5QA 3NXEA 3O9DA 1W50A 3MWSA 5P7KA 2Z4OA 3INFA 4CPTA 3OQFA 5P2JA 4EXGA 1D4YA 5P5IA 5P6OA 4RZ1A 3SKFA 5P43A 5P0ZA 4QJ6A 2PK6A 4OBJA 5P65A 3S7MA 1GKTA 5P13A 3GGAA 4Y51A 2Q3KA 3VYEA 4Y3MA 3K5FA 4RVIA 5HDZA 5P2HA 2PSGA 2ER7E 3ER5E 2HPEA 5P4IA 4OD9A 2AVMA 3VG1A 3OXCA 1YM4A 2WEBA 3EC0A 3T7XA 4Y39A 1DMPA 1PPKE 5P06A 4KE0A 2PQZA 5P7WA 5P6ZA 1UH7A 4Y9WA 2QCIA 1PPLE 2VJ9A 3KA2A 3OTSA 5P6JA 2ZHRA 3KFPA 3VF7A 3U6AA 4RGHA 2IQGA 1BWBA 4DJQA 3LZSA 5P8CA 5KQXA 4Q1XA 4DJWA 1SP5A 1HXBA 2QHCA 2HB4A 3L5CA 2BQVA 5AGZA 2UXZA 2FNSA 2QD8A 2QI6A 5P1CA 5OYTA 4I0IA 1BILA 3LZUA 2OAHA 1LYWA 3LPIA 3UDMA 2VA7A 2G1RA 2V00A 1MIQA 1ZBGA 5P47A 5AHCA 3UDKA 1QBRA 5P61A 1TQFA 1ZSFA 5P4VA 1LZQA 1FF0C 3HD8A 4DJRA 5P3MA 4ZLSA 1MT7A 1NH0A 5P6FA 5AH8A 1KJFA 5OYYA 5P1NA 5HTZA 4Q1YA 5P8IA 5HVPA 2B8LA 3UDJA 5P0LA 1FKNA 3MXEA 4Y3SA 1HIVA 4Y6MA 1K6PA 2P4JA 4Y3RA 5HDVA 4WY6A 3OOZA 2R43A 4J1HA 2PWCA 1XE6A 5DR4A 3UCBA 4Y38A 1ZPKA 5P1AA 3I6OA 1HWRA 2OHKA 5P82A 5P5SA 3NSHA 4Y3HA 3OQAA 5P3GA 5P4OA 4L7JA 2JXRA 1MUIA 1QS8A 3TLHA 3PEPA 1BVGA 3WSJA 4EJLA 3D20A 5KR0A 2BPZA 4LBTA 2HS2A 4I0JA 5P1YA 5P29A 5P7LA 5P3UA 1M0BA 1Z1HA 1LF2A 4Y45A 4I12A 4Y4ZA 5P6TA 4YD4A 4B72A 5DPZA 2PH6A 2ANLA 2VIYA 2XFKA 1DIFA 5HU1A 3PWMA 1ZJ7A 4ZEAA 5P19A 3ZPUA 5P0XA 2QI4A 5P5OA 5P34A 4YBIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NU5 A;  4A6B A;  3LPK A;  5F00 A;  1GVU A;  4Y5A A;  5ISJ A;  2ZJK A;  4Y3Q A;  1DP5 A;  4Y5M A;  5P14 A;  1YTJ A;  3HLO A;  4J54 A;  1J71 A;  3K5D A;  4YCT A;  4RYC A;  2JYS A;  5P3B A;  3VSX A;  5P32 A;  2B8V A;  4Y56 A;  3PLD A;  3RVI A;  2Z54 A;  1YTI A;  5P16 A;  4HLA A;  3PRS A;  5OYZ A;  4LHH A;  3SA4 A;  5DR7 A;  5P6U A;  1CZI E;  5KR2 A;  1A8G A;  5P5E A;  2IKO A;  5P45 A;  2R3W A;  3LPJ A;  4I0G A;  1TCX A;  3OAG A;  3L58 A;  5P7V A;  2ZHT A;  1TSU A;  3VV7 A;  4DJX A;  3OUD A;  5P53 A;  2WF3 A;  3QBF A;  4J0P A;  4NJS A;  1PRO A;  5OZL A;  4ER4 E;  4Y53 A;  5P0E A;  2BPW A;  1EBK C;  3IGB A;  3UDY A;  2WED A;  4Y5L A;  3APP A;  5BRY A;  1YM2 A;  3PMU A;  2P3D A;  5P4P A;  2G69 A;  5P1O A;  1PPM E;  2QD7 A;  4RRO A;  2FIV A;  4U7V A;  1MER A;  3LHG A;  5P3Y A;  5P1K A;  3ZKN A;  1HTE A;  4Y36 A;  4Y3F A;  4JOO A;  5HU0 A;  5P1M A;  3TPL A;  1EPN E;  2UPJ A;  3D1Z A;  4OBZ A;  4Y5B A;  4QJA A;  1EPO E;  3MSJ A;  2OHL A;  2QP8 A;  2J9J A;  4CPQ A;  5JG1 A;  4APE A;  1HTF A;  3O9I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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