4EXGA

Design and synthesis of potent hydroxyethylamine (hea) bace-1 inhibitors
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
386
structure length
377
Chain Sequence
VEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design and synthesis of potent hydroxyethylamine (HEA) BACE-1 inhibitors carrying prime side 4,5,6,7-tetrahydrobenzazole and 4,5,6,7-tetrahydropyridinoazole templates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 377
sequence length 386
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4exgA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4exgA02
3S43A 3EKQA 2WHHA 4X2LA 5P2KA 3O9LB 5SXNA 1DPJA 5P0LA 3URIA 5KAOA 1EPNE 2OHQA 2Q54A 5P7GA 5HE7A 5P0MA 5P84A 3D91A 5OZPA 1DW6C 5OZQA 3CICA 1EBYA 5P0JA 3PM4A 4OBZB 3RVIA 1FLHA 1BIMA 1E5OE 3LZVA 5P2SA 3CIDA 2I4QA 5P0IA 4GMIA 5P1EA 2G24A 4HE9A 1LYBA 2G26A 3U71A 3HAWA 1Q9PA 4GIDA 4D8CA 5KQFA 2F80A 5P40A 1C6YA 5P3JA 5DPZA 5AHCA 5P6HA 5P05A 1SMRA 3B7VA 5P4YA 3NR6A 1PPME 2OHLA 3HVGA 5P4EA 2BPYA 1HBVA 2ZHSA 5P8UA 3TOHA 5AHAA 3OU4A 3TPPA 3S7LA 3UQXA 5P30A 4ZEAA 3C9XA 3IN4A 5C9DA 4CPUA 5C9FA 2QZWA 3NU9A 1FQ6A 4YBFA 3BUHA 1EC1A 5HU1A 1PFZA 4CMSA 3URLA 5P5BA 3UDNA 2FS4A 2G1RA 2Q3KA 3R4BA 1MT8A 1GVVA 2WF3A 4M8XA 1FQ5A 5P1BA 5P8OA 3WZ8A 4H1EA 3L5DA 2OHTA 5P6ZA 5OZEA 4GZFA 2FXEA 4Y9WA 4GB2A 5P43A 2WKZA 4DJQA 2HC0A 1B6JA 1AZ5A 1HVIA 5P8DA 2JE4A 4L6BA 4Y5AA 4RVJA 5P3SA 1XN2A 5P5TA 1W6HA 2IGXA 5P1AA 5P7MA 4NJTA 5P7SA 1GVXA 3K4VC 3KM4A 4FRKA 1HIVA 4I0IA 4CPWA 5P0NA 4XXSA 5P5FA 3SPKA 5P1HA 2HB4A 3K5FA 4Y3RA 5JG1A 5P5MA 2ZJIA 2G1OA 5P2UA 5P4FA 2V10C 5P3GA 2HS1A 2BPWA 2JXRA 5P73A 3L59A 3MWSA 5HVPA 5P3DA 4ZSPA 5KQZA 5P1RA 1ODYA 4X7IA 1BILA 2BKSA 5AH6A 4RCFA 1LF3A 3EBZA 2I4DA 5P17A 5P57A 2QAKA 1ODWA 3URJA 4S1GA 3DCKA 5P8GA 1A8KA 1HSHA 2CEMA 5P39A 5P5ZA 1DMPA 4RLDA 5IVQA 4R93A 2V11C 3VSWA 4MC9A 3RTMA 5DR8A 3PBZA 1LYAA 3IVHA 5P3XA 2SAMA 3IXJA 3NU3A 3PB5A 4DJPA 2BJUA 1BWBA 3NU5A 4QJ9A 2HPEA 1HEGE 3O9IA 1A94A 5OZLA 9HVPA 1XE6A 1B6LA 2I4WA 1Z8CA 5KQXA 5P55A 3A2OA 3I6OA 3IXOA 2JYSA 5P8SA 4DJWA 3LIZA 2V0ZC 4Y3PA 2VNNA 1YM4A 2WF0A 4LAPA 3PRSA 5AHBA 4DJOA 1E81E 3OHFA 5OZGA 3HW1A 2ER0E 5P1TA 2Q15A 4Y4DA 2XFJA 5OZMA 1TW7A 5P7NA 3OXXA 4TRYA 2R5PA 1MT7A 4F75A 1AIDA 1TCXA 2QZKA 4FM6A 5P23A 5P2BA 3EL0A 2VIYA 2WEDA 4TVGA 3VSXA 3SKFA 3O9BA 5AH9A 4B00A 5P3KA 3SA8A 1W5WA 5P6VA 3EKPA 2PSGA 4DJRA 3OAGA 1SDTA 2QNQA 2QD7A 5OZ8A 4J0ZA 5HCTA 2PYNA 3GW5A 2AOGA 3EKXA 5P06A 3KMXA 1QBTA 4RYCA 1EBZA 5P1FA 2FGUA 5P5CA 5P2MA 4CPQA 3MSKA 4YCYA 2PH8A 3EMYA 5P82A 5P86A 5CLMA 1SMEA 4Y3DA 2HIZA 1ZSFA 4LBTA 1ZPKA 3O9FA 4Y39A 1OHRA 4RRSA 3SAAA 2O40A 4MC1A 2APRA 5P1IA 5P83A 1FQ4A 1MRWA 2FMBA 5OZUA 5P32A 7UPJA 1T7JA 5P2FA 5IVTA 3EL5A 3PBDA 3L5EA 4HDBA 2OHRA 5P58A 3OGPA 4K8SA 4PEPA 3INHA 3D1XA 5P3FA 2RENA 5P26A 1GKTA 4LXAA 5KR1A 3OUDB 2B60A 5P4LA 2ER7E 3VCMA 4J5JA 4YCKA 2ZYEA 3VLAA 3OOTA 4Y3JA 5P62A 3DV1A 3LHGA 1T7KA 3ZOVA 2Q5KA 5P5NA 1T6GA 3EKTA 3KFPA 5P37A 5P64A 3UDPA 3IAWA 5BWYA 5P6SA 3VFBA 2ZDZA 5P49A 2G69A 2PWCA 1HPSA 3EL9A 2P3AA 1W5XA 3GI5A 5P7VA 4AUCA 4Y3QA 5DQCA 2F3KA 4YD6A 5P0BA 3KF0A 2AVMA 4Q1WA 1B11A 4I0DA 5DQ2A 3S56A 1U8GA 1FGCC 4J54A 3O9HA 4B05A 3KDBA 1PSAA 5P1GA 4CPSA 5OZAA 5P4GA 3NWXA 1T3RA 5P6UA 2R3WA 3O9CA 3RTHA 1NPVA 3D1ZA 3EXOA 2I0AA 2NR6A 5AH8A 1BXOA 3QRVA 4YDFA 4YCTA 3DM6A 2I4UA 4FS4A 7HVPA 2PH6A 3EM6A 2IKOA 5OZRA 5P8FA 3BVBA 5P6PA 5P7AA 2HS2A 4Y3YA 5P6EA 1UH9A 1C6XA 5OYRA 1PPLE 2AOHA 3IA9A 5P1MA 2FXDA 3M9FA 4Y38A 1K2CA 3FIVA 5P54A 3SA7A 4Y57A 5P10A 3EC0A 1CMSA 5P18A 4J1IA 2ZJMA 5OZ0A 3NU4A 3OUDA 4H3GA 4KE1A 4Y4WA 1JLDA 5PEPA 3BGBA 4ZLSA 5F00A 1EBKC 1QBUA 2WEZA 2HB2A 2VJ9A 5OZ5A 5HDXA 1YT9A 3LIXA 2P3DA 3PCWA 3SKGA 4RVIA 2AZCA 2JJJA 3QBHA 5P3BA 3PWMA 5P6GA 3JVWA 5COKA 1EPPE 1XE5A 2BPXA 1F34A 2PWRA 3CYWA 5DR1A 4MC2A 2G1NA 3CKRA 2HPFA 3ZKXA 1LYBB 5P4RA 5P8BA 4JP9A 5P33A 5P2JA 4RZ1A 5P85A 3SM2A 5OZ3A 1BV7A 2B7ZA 3KN0A 2AVOA 4Z22A 2ZHTA 5P3PA 5P2ZA 5DGWA 5P7EA 2VNMA 5ISKA 5P7FA 2OHKA 4R91A 1IVQA 5P45A 2ZHVA 2ZJHA 2QU3A 1IVPA 2O4NA 5P7CA 5P4XA 1WBKA 5P0CA 3EKYA 3R1GB 4ZSMA 4FRJA 1HPVA 3INFA 4EQ0A 1HWRA 1SP5A 1T6EX 3OU4B 4OBHA 5P78A 2P8HA 5P7UA 5P4VA 4CPRA 5I3WA 4I0FA 1DAZC 1CPIA 4JOOA 1EPLE 2OHPA 4J17A 4U7VA 3QP0A 5P3ZA 2VA7A 3EM3A 4Q5MA 4Y35A 3OTSA 4H3JA 3NDTA 5P4MA 5P5UA 5P19A 2QZLA 4YE3A 3NUJA 1W51A 4R8YA 1FIVA 5P0VA 5OYTA 1MEUA 4TRZA 3NUOA 5P31A 1UH7A 5P41A 4WTUA 5ENMA 1HVCA 4U7QA 3WSJA 1QS8A 4EJLA 3Q70A 3KFRA 1LF2A 5P4PA 2R38A 3BXRA 4MC6A 3LPKA 5P0DA 4OD9B 1UPJA 2G94A 1BVGA 1TQFA 1IDBA 4Y4GA 1ZLFA 5P35A 1K6PA 1YTIA 5C9BA 5P6JA 3WB4A 1KJ4A 1FKNA 4GJAA 5BS4A 3GGXA 1E82E 4B70A 4EJDA 4Y5EA 1OEWA 5P81A 3HD8A 1LYWA 2PYMA 5OZJA 5P5AA 3Q3TA 4QJAA 4DJVA 1HTRB 3UDRA 1FG6C 3AUPA 5P5YA 2O4SA 5P4JA 4NPTA 3TKGA 5OZTA 1KJFA 1SGUA 3WB5A 4Y4EA 2QI6A 5OZFA 4D89A 2BKTA 4RRNA 5P1LA 5P3HA 4Y3NA 1HPXA 5DR4A 1LYAB 5OZZA 5P87A 3ER3E 5P8CA 1MPPA 4ZPFA 2VIEA 2FDEA 4KE0A 5OYYA 5P0PA 5P0XA 4ACXA 5P0GA 5P79A 4J1CA 1MESA 4Y44A 4F74A 3VYEA 4HDFA 3TTPA 2J9JA 4B72A 3FNUA 1YTHA 3VV7A 2QI5A 3LZUA 5P4DA 5P6YA 5I3YA 2WJOA 4B1EA 4A4QA 4FRSA 2ZJKA 5P4IA 3NXNA 5P2EA 3UDYA 3EKVA 2I4XA 1HEFE 5UPJA 2F8GA 4J0TA 1HPOA 3I25A 5P0ZA 4OD9A 2JJIA 5P4QA 2VJ7A 2OF0A 3VFAA 4KB9A 2OAHA 1Z1RA 3DCRA 1NH0A 2PC0A 4I10A 3UDQA 1HTGA 4APEA 4BFBA 2V13A 5OZHA 5P15A 4J1HA 4GJDA 4DVFA 4I1CA 4I8WA 5P7JA 2P3CA 1WBMA 3OAGB 5P6CA 2AOEA 4Q1NA 4DQBA 2MIPA 4QJ7A 5P5XA 4ZSRA 5P0EA 5COOA 3T3CA 4FLGA 2QZXA 3QN8A 3BGCA 3MXEA 5P8JA 2FLEA 3VLBA 5P3EA 3VF5A 4Y56A 5P4TA 5OZ9A 5P2OA 5P61A 3QS1A 2ZGAA 4D88A 4RGHA 1HSIA 2G1SA 3SFCA 1A30A 3PWRA 3PI5A 4IVSA 4E43A 2QHCA 3G72A 4CPXA 1EPME 2OHNA 5P8VA 1SGZA 4U8WA 2G21A 5OYVA 3HBOA 1GNMA 3BXSA 5P1CA 1Z1HA 3OADA 4Y5CA 5P48A 4I11A 4GJ8A 5P2VA 2ER9E 3APRE 3VF7A 3PVKA 1PSOE 4Y4XA 5P74A 2ANLA 3LIVA 2VA5A 4CPTA 1C70A 5P5RA 3EL4A 3OU1A 1AJVA 5ER2E 2B8LA 3PI0A 3QROA 1EEDP 5P36A 5P2TA 4LL3A 2PK5A 2QHYA 4B1CA 3D20A 1MIQA 3NDXA 1XDHA 3IVIA 4DPFA 5OZNA 5P1PA 4EPJA 5P1QA 5P0FA 4COEA 3VYDA 1IZDA 3GI6A 1EC3A 4Y3HA 2QMFA 5P6QA 1XN3A 1M4HA 1SDUA 5P51A 3PMYA 5DQ1A 4KUPA 3S8IA 4DJUA 2WL0A 2NMZA 4DV9A 5EZXA 5P5SA 5OZ6A 4EYRA 5ENKA 5OYQA 1D4JA 3QVCA 5P2NA 1HVLA 5P4AA 4L7HA 3FV3A 3IN3A 5P09A 1K6CA 4GJBA 5P5PA 3HVPA 3LPIA 3I7EA 5P0QA 4PPHA 1IZHA 3QIHA 3NDUA 5P1XA 5EZZA 4NJUA 1AXAA 1K1UA 5P0KA 1A9MA 5P8PA 3L3AA 2QI3A 4OBJA 5P44A 4Y3LA 5P6RA 5P2GA 4Y3AA 2QD6A 4DQFA 5P3VA 1XS7D 1FG8C 4Y4BA 2R8NA 1APVE 3S53A 3DV5A 3K5GA 3OQAA 5P00A 5OZSA 3HDKA 4GJ6A 2O4PA 2V00A 5P8HA 3HLOA 5P2DA 2F3FA 1B5FB 2QP8A 3FKTA 3DUYA 4B78A 5DR3A 2ZJJA 1YTGA 1AJXA 1BDLA 4YOBA 1B6KA 5P5EA 3APPA 5P7QA 5HU0A 2OHMA 4Y3SA 5P77A 3PLLA 3UF3A 5HTZA 2CEJA 4F73A 4J0PA 5P1SA 2I0DA 3CYXA 4QJ8A 5KR8A 2PMAA 1APUE 5P8QA 2AIDA 2P4JA 1SH9A 5P2LA 5P60A 1KZKA 2H6SA 5HD0A 5DQ5A 1BAIA 5P71A 1AVFA 5P4KA 3T7XA 4K4QA 2VKMA 3WZ7A 2IKUA 5KR2A 1GNNA 4PYVA 5P1UA 2IL2A 4I0ZA 3JVYA 1IIQA 3H0BA 3NLSA 4ZPEA 4A6CA 5P2XA 3ZMGA 1RL8A 4Z50A 4DUSA 5HE5A 1G35A 5P8RA 1WKRA 3L5FA 4Y5PA 4CKUA 5P66A 5IE1A 2PSVA 3TL9A 2WECA 3DOXA 3O9EA 4Y5MA 3FNTA 5P68A 4HEGA 3ZKIA 5OZCA 4RCEA 6UPJA 2ER6E 3S45A 2AOCA 2NNPA 3D1YA 1HIIA 2FDPA 4HZTA 3QAAA 4YA8A 4Y54A 4DFGA 3KMYA 2QCIA 1ENTE 3Q6YA 1K2BA 3UPJA 1TSUA 4ZE6A 3UDHA 2R43A 2AZ8A 3PMUA 2AZBA 1PROA 1NPWA 3KYRA 5IVSA 2NXDA 5P56A 1FQ7A 3NWQA 1QDMA 3K5CA 4Y45A 5P02A 1B5FA 1K6VA 2EWYA 3T11A 3LZSA 5P52A 4DQCA 5I3XA 5P7TA 4Q1XA 5OYUA 1XL5A 5P70A 5P42A 5KOSA 4I8ZA 4AZYA 5OYWA 5AGZA 4DI2A 4Z2ZA 4YD3A 4L7GA 5P89A 5SY2A 1MSMA 2PQZA 3TOGA 1D4YA 5P1YA 2VIZA 2WEBA 5P88A 5E5JA 1ZTZA 2FGVA 3OTYA 4I0HA 5P3LA 2V16C 3ECGA 3SA3A 1LYWB 3PSGA 5P8EA 5JFPA 4PZXA 2O4KA 5OZBA 3QRMA 3BUGA 3EKWA 2HB3A 2NMYA 3DK1A 3TOFA 3U7SA 4D83A 1D4LA 4YD4A 1D4SA 4OBKA 5HDZA 5P6IA 3BHEA 4DQHA 3QVIA 1LV1A 5P08A 2NNKA 3DJKA 2Q64A 1A8GA 1M0BA 4XX4A 4M8YA 5COPA 4YOAA 1ER8E 2WF4A 5P6KA 3O9AA 4R5NA 5P80A 4RROA 3ZKGA 3L5BA 3LNKA 1VIJA 2QI1A 3HAUA 5P2RA 1FFFC 2QU2A 4OBFA 5P2AA 3VUCA 5KR0A 5P3RA 4BELA 1TCWA 5OZ4A 3UDKA 4F76A 2IDWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3S43 A;  3EKQ A;  2WHH A;  4X2L A;  5P2K A;  3O9L B;  5SXN A;  1DPJ A;  5P0L A;  3URI A;  5KAO A;  1EPN E;  2OHQ A;  2Q54 A;  5P7G A;  5HE7 A;  5P0M A;  5P84 A;  3D91 A;  5OZP A;  1DW6 C;  5OZQ A;  3CIC A;  1EBY A;  5P0J A;  3PM4 A;  4OBZ B;  3RVI A;  1FLH A;  1BIM A;  1E5O E;  3LZV A;  5P2S A;  3CID A;  2I4Q A;  5P0I A;  4GMI A;  5P1E A;  2G24 A;  4HE9 A;  1LYB A;  2G26 A;  3U71 A;  3HAW A;  1Q9P A;  4GID A;  4D8C A;  5KQF A;  2F80 A;  5P40 A;  1C6Y A;  5P3J A;  5DPZ A;  5AHC A;  5P6H A;  5P05 A;  1SMR A;  3B7V A;  5P4Y A;  3NR6 A;  1PPM E;  2OHL A;  3HVG A;  5P4E A;  2BPY A;  1HBV A;  2ZHS A;  5P8U A;  3TOH A;  5AHA A;  3OU4 A;  3TPP A;  3S7L A;  3UQX A;  5P30 A;  4ZEA A;  3C9X A;  3IN4 A;  5C9D A;  4CPU A;  5C9F A;  2QZW A;  3NU9 A;  1FQ6 A;  4YBF A;  3BUH A;  1EC1 A;  5HU1 A;  1PFZ A;  4CMS A;  3URL A;  5P5B A;  3UDN A;  2FS4 A;  2G1R A;  2Q3K A;  3R4B A;  1MT8 A;  1GVV A;  2WF3 A;  4M8X A;  1FQ5 A;  5P1B A;  5P8O A;  3WZ8 A;  4H1E A;  3L5D A;  2OHT A;  5P6Z A;  5OZE A;  4GZF A;  2FXE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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