4EXGA

Design and synthesis of potent hydroxyethylamine (hea) bace-1 inhibitors
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
386
structure length
377
Chain Sequence
VEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Design and synthesis of potent hydroxyethylamine (HEA) BACE-1 inhibitors carrying prime side 4,5,6,7-tetrahydrobenzazole and 4,5,6,7-tetrahydropyridinoazole templates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 99
structure length 377
sequence length 386
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4exgA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4exgA02
4K8SA 4R5NA 3O9IA 1META 5P7IA 3PEPA 5P4BA 2OHRA 1YTHA 2QNPA 3CKTA 3LIQA 2WF4A 1TSQA 5OZJA 5OZCA 5F00A 4AA8A 1GVTA 2QNQA 4YDFA 2ER9E 2A1EA 4FIVA 5P6WA 5OYUA 3ZKXA 2PH8A 5P1LA 3TPLA 5P8FA 5OYYA 3JW2A 4NJTA 4L7JA 4H3GA 3LNKA 4CPXA 1XS7D 5P5ZA 3WB5A 5P10A 4BELA 5P8UA 5J25A 2OAHA 2G20A 2QAKA 3OOZA 5P1XA 3UDMA 5P4VA 5P4QA 1EAGA 3C9XA 1N49A 3OAGA 3HD8A 3SA8A 2NXLA 4DJPA 5P5BA 5P0VA 2ZJLA 1ZTZA 4YBIA 5P1DA 1C6XA 1LF2A 4QLHA 2V10C 2WKZA 1OD1A 5P57A 5P0SA 3LZUA 5HVPA 4IVSA 3K5GA 2QZLA 1HIIA 1HVJA 2IEOA 3TLHA 3OUDA 3UQPA 4GZFA 1MPPA 3UDPA 5P3FA 4ZE6A 1BXQA 5P6QA 5P2RA 5P7PA 3LIZA 4R8YA 3RTNA 2AVQA 2WJOA 5P7QA 5P1TA 2I4XA 1HVCA 3ZOVA 2UXZA 3ZLQA 2B42A 3SKGA 5P7FA 3SM1A 4QJ2A 2ZJNA 3NUOA 5OYQA 1DW6C 4ZPFA 5P3AA 2QHYA 4DH6A 2IENA 5P1WA 5P6AA 2FGVA 5P61A 3SFCA 5P1QA 2O4LA 1PSAA 5DGWA 1M43A 1AVFA 2PWCA 3URJA 2XFJA 2QHZA 3T7PA 5OZBA 2VA6A 3SA6A 3L5FA 3PGIA 3EKQA 4DI2A 3SQFA 3O9LB 4LXKA 5P68A 3OUAA 3KFSA 2OHMA 5P3IA 4Y4AA 3TPPA 5CONA 3SA5A 3TPRA 5P4GA 1AAQA 1EEDP 5P56A 5OZXA 1ZPKA 3NLSA 5P73A 2ZJJA 4D88A 3HLOA 5P39A 3UQRA 5P2KA 4Y50A 2V00A 4FRIA 5P5OA 3BXRA 2WF1A 3UDYA 4HDFA 5P2MA 5P08A 1W5VA 3ZKMA 1QBUA 5P19A 1YG9A 3N3IA 1FFFC 3WZ7A 3OY4A 3UPJA 5P6BA 5P1OA 3WSJA 2NXDA 4Y56A 2I4QA 2BKTA 2FDDA 2HC0A 1FLHA 3EL1A 4Y5KA 2AOFA 4Y3WA 3NXNA 3ZKIA 3I25A 5AH9A 3ZKQA 3RSVA 1UH7A 4DJXA 3FSMA 3O9GA 4QJ7A 5P2TA 3TH9A 4YD4A 1TCWA 1HPOA 3NR6A 4OC6A 1GVWA 4Y3HA 1UPJA 5P5YA 5P84A 3CYXA 5P2QA 2R8NA 5P62A 1ZBGA 5P8NA 4DQGA 3R0WA 2VIJA 5P1JA 5P4LA 4LXMA 2O4SA 3GGVA 4J0PA 3UQXA 2QD8A 5P1HA 4L1AB 5P1CA 2R5PA 3DUYA 3UDHA 3IXKA 1LYAB 5P1MA 1T6EX 1G0VA 4Y6MA 1ZAPA 3PHVA 5OZ8A 1HTRB 4OBZB 3NSHA 2ZJMA 5P8KA 2AVOA 5P20A 1OHRA 5SZ9A 1FQXA 3RVIA 3O9CA 4Z4XA 5P5AA 3DCRA 1FB7A 5P0BA 4D8CA 6APRE 5P80A 4PPHA 3ZL7A 3SAAA 4Y5AA 5OZ2A 3OWNA 5OZLA 3UDQA 4B78A 4I10A 4EP3A 2AOIA 5P7CA 3QI1A 4FS4A 5DQCA 4LP9A 2J9KA 3O9AA 4Y3EA 2FDEA 4KUPA 4MC9A 2R3WA 3PWMA 4HDPA 4QGIA 5KOSA 4EWOA 3QROA 4Y53A 5P8OA 3NU5A 5P7OA 5KQFA 5P59A 5JFUA 5P45A 3RSXA 4Y58A 5P0MA 1MT8A 1PPKE 4GJ9A 3K4VC 3A2OA 1KZKA 5P3NA 4Y3QA 1B6LA 1HWRA 3BGBA 4DVFA 1D4YA 4CPSA 5KR2A 3LPJA 3L58A 2AIDA 5P48A 5P1BA 4R91A 1LZQA 5APRE 5P33A 4U7VA 3EKVA 2ANLA 1F34A 2RENA 4ZSRA 4EYRA 2AQUA 2G1SA 1BDRA 2JJIA 3B80A 1TW7A 2Q54A 1EPOE 4K4RA 1GNMA 4Y5LA 3UTLA 3RTHA 2VJ9A 3S56A 4Y5CA 5JODA 2AODA 4XX4A 5P25A 3QRMA 1B11A 5P1IA 2PYMA 3URLA 4D89A 4J1KA 5P1GA 2BPVA 3HAWA 3O9FA 4Y4TA 2OHPA 2FNTA 4FE6A 5P0JA 5P0ZA 2IKOA 2OHNA 2FXEA 4B70A 4EPJA 1SIVA 4LC7A 5ENMA 5P74A 5P3EA 5P05A 5P4SA 3TOFA 2HB4A 4OBGA 4YA8A 3LINA 5P12A 5P5SA 4BEKA 3OU4A 3R4BA 5P2OA 1PPLE 1LF3A 5HCOA 5P35A 5AH8A 2AZCA 1G2KA 5P8HA 2QMPA 5UPJA 4H3JA 1XN3A 3O9BA 4NJVA 4DQEA 1PFZA 5P31A 5KR0A 1LS5A 3D1YA 2NTRA 1IDAA 5P6FA 1SGUA 4Z50A 4GJ7A 5B18A 4CKUA 3VEUA 5P7YA 4J0TA 1SMRA 2JE4A 4H3IA 1GKTA 1MSMA 3GGUA 2B7FA 5OZZA 2P3BA 5P6NA 5P7BA 5P4NA 1SMEA 4MC6A 4GYEA 4YOBA 3KN0A 1ZP8A 2G1RA 3PLDA 5P4RA 2BPZA 2QI7A 3L59A 1IZEA 1T6GA 2WL0A 5JG1A 5P6ZA 4YHQA 4EXGA 2HAHA 3BUHA 5P2GA 4B77A 4RRSA 5P4OA 5P6CA 2Z54A 4E43A 4Y5PA 3NU6A 5OZ5A 5P89A 3U7SA 5OZFA 3BVBA 5P0PA 3QVIA 5P4EA 2QK5A 5P8LA 3HVGA 3OAGB 3I7EA 3FV3A 5HD0A 4I0ZA 1ZLFA 5P5RA 5OZGA 5OZQA 1IZIA 5P8RA 5C9DA 2QZWA 5P3HA 5P1UA 5P71A 1B6MA 1GVVA 5P0NA 4YD3A 4I0DA 5P7GA 5ER1E 3DOXA 5P3TA 5P4KA 5DQ1A 5P29A 2V0ZC 5P2EA 4BFDA 4PYVA 4Y5BA 3VYEA 1BAIA 5P5JA 5P3DA 2OHQA 2FS4A 1K2CA 3DCKA 1BVEA 3OUDB 4JPEA 3L5EA 1T7JA 3BVAA 5P02A 5P27A 3S2OA 5P5MA 5P37A 5P7MA 4I11A 3IAWA 1QDMA 2I4VA 5P0YA 5P7EA 4RZ1A 2Q5KA 5P1ZA 4Y3DA 3PWRA 2VIYA 4Z22A 5P3WA 2WEAA 3VFAA 2AOJA 1C6ZA 3O9HA 2IQGA 5KQYA 3ER3E 4ACXA 3T11A 3S43B 2XYFA 2QCIA 4TRZA 1FEJC 5HE5A 3NWXA 5P04A 4M8XA 5P8GA 2ER0E 2OHUA 4AUCA 1MIQA 3NU4A 5P16A 4ZSPA 2VIZA 3UF3A 5OZMA 3OK9A 4CP7A 2ZE1A 5IE1A 3N4LA 4I0IA 2BPYA 1BBSA 4DQCA 2OHKA 4FRSA 3TTPA 1FQ6A 1DAZC 3ZPUA 5P5NA 4L7GA 3EXOA 1HSIA 4K4QA 5E5JA 2G1NA 5I3WA 3LHGA 5TOLA 3D3TA 3INEA 5P3VA 1E80E 3EM4A 3D1XA 1HVLA 1QRPE 2F80A 3OADA 1MRXA 1XE6A 2G69A 1NSOA 2F8GA 3UCBA 3ZPSA 5P32A 4ER1E 4LXAA 3PMUA 2QZXA 4GJBA 5F01A 4EQJA 1MSNA 1E82E 5P6IA 5P18A 2ZYEA 4DPIA 3PVKA 4RVXA 5OYWA 5COOA 5P7TA 2ASIA 2HM1A 4Y36A 1T3RA 1SBGA 2B7ZA 1B6JA 3OQFA 1BILA 2OF0A 4LHHA 3SABA 5P43A 3KFNA 3D20A 5P38A 2VKMA 2WF0A 3OQAA 3VF3A 2R3TA 5OZ1A 4J54A 5P36A 4EQ0A 3L3AA 4OC6B 3BGCA 3FNTA 3OUCA 4F73A 5OZIA 4Y3TA 3VFBA 5OZNA 5P3ZA 3EKXA 5OZ4A 1EPNE 4I0HA 4A6BA 2AOEA 4NPUA 1K1TA 5P8AA 2ZDZA 1E5OE 3D91A 3KFPA 3EKYA 5SY3A 5P22A 1LYWA 3I6OA 3OU1A 1HXBA 1GNOA 4Q1NA 1ODXA 3SACA 5DR0A 2O4NA 5P69A 5P5PA 5OZEA 2APRA 5P6OA 3I2LA 4DFGA 2IRZA 4Y9WA 1APTE 3APRE 5P8SA 5P0KA 2Q63A 3PM4A 3VV7A 5P82A 4ZPEA 3H0BA 2QMDA 2BQVA 3R2FA 2ZHSA 5P1SA 5HDXA 1E81E 3VYDA 1A8GA 1FG6C 4DJQA 5IVRA 2PYNA 1MTBA 2WECA 2G1YA 2HPFA 3GW5A 3OXWA 5P8IA 1ZPAA 4GMIA 4OBKA 5P4UA 1C6YA 2QZKA 5P4PA 5AH7A 5P2CA 5OYRA 1DIFA 2IDWA 4FRJA 3PI5A 5DR4A 4S1GA 4J1HA 5P50A 4I1CA 4APRE 4DV9A 2FLEA 4Y3MA 5P51A 4J0ZA 3EKTA 4Y5NA 3MXEA 4R93A 4Y39A 4QJAA 5AHBA 4OBJA 5P7ZA 4XKXA 5P4CA 3OOTA 3SO9A 4OBDA 4APEA 4PZXA 2ZHTA 3ST5A 2HB2A 1AZ5A 5P5IA 1CMSA 5DGUA 4EJKA 2WHHA 4GJDA 5P0FA 4J17A 5P23A 3IGBA 2QD7A 4Y4XA 3SLZA 5P0TA 5HTZA 3MSLA 5P2LA 1EC1A 3BXSA 4Y3RA 4EJ8A 1HPXA 5P11A 4Y54A 5P2VA 4B1CA 4I0EA 5P3LA 2O40A 3IA9A 1A30A 5P1EA 2PK5A 4FGXA 3D1ZA 1MESA 5P3BA 3G70A 5P8QA 2R43A 5P7JA 3MXDA 1HVSA 5HE7A 2FIVA 4H1EA 3UFLA 4B05A 3KM4A 4Y4UA 5P4HA 5P6KA 4TRYA 2ZHVA 3NDXA 5P8TA 1G35A 3BHEA 3ZKGA 3FKTA 5P85A 3QBHA 4Y4WA 4Y45A 4Y4ZA 3S54A 4YCTA 3OUBA 4OBHA 5P09A 1HHPA 2V12C 1EBZA 3MWSA 2AOGA 3G72A 2H6TA 5ISKA 4TVGA 5P88A 2V11C 2PC0A 1K6CA 5P7WA 3Q5HA 4GJ6A 4HZTA 5T4SA 2VS2A 3B7VA 4Y3PA 5P2AA 4Y3GA 1Q9PA 2JJJA 4GIDA 4WY6A 1D4KA 4Y37A 2B8LA 2BJUA 5P3OA 1XL2A 5P7KA 2R9BA 2OHTA 5P03A 4DJVA 5HU0A 3O9LA 1YTIA 2Q64A 4K4PA 5P28A 4FAFA 1DP5A 1GNNA 3U6AA 4FCOA 2Z4OA 1J71A 4J55A 1PROA 1Z8CA 2P3BB 4Q1XA 5ENKA 3HAUA 1MUIA 5P6XA 3PWWA 4F75A 2RKGA 1HTFA 3EL9A 2VNMA 1XL5A 5P7RA 2F3FA 2O4PA 4Y5GA 1AJVA 3QIHA 3QRVA 3TKWA 3LPKA 3Q6YA 5P2FA 3OQ7A 3TKGA 1PSNA 1APVE 1EC0A 5P6GA 3O9DA 2UY0A 3IN4A 3LZVA 1YM2A 3CKPA 2AVSA 3INDA 5HDVA 3URIA 4PEPA 5P7DA 3VF5A 2FNSA 2G94A 4XX3A 2Q11A 4DJWA 2BPWA 1W5XA 3O9EA 4J1CA 3EL4A 4U7QA 4HE9A 5P6LA 1SIPA 1FF0C 1B5FA 1D4JA 5P2XA 4FSEA 4DJUA 5P0RA 4PZWA 4Y3YA 4B00A 3IXJA 3DV5A 2AZBA 5OZPA 4L7HA 2PQZA 1BDQA 3L5CA 5P1RA 5HDZA 1QBSA 2B60A 5P52A 5P6RA 5P3MA 3EM6A 3Q4BA 4Z2ZA 1SP5A 5P7SA 5P5XA 2QI0A 5P2BA 5KAOA 5KOQA 2QP8A 2XFIA 2A4FA 2JXRA 5P6HA 3EM3A 4A4QA 1AM5A 1HSHA 1BDLA 4X2LA 5P6YA 5P06A 3LITA 3OTSA 5P3SA 3EKWA 5OYSA 2P3AA 1KJ7A 2CEJA 5P64A 3I8WA 5OZ6A 4JP9A 5P87A 5P30A 3LZYA 5OZ9A 1YM4A 1HSGA 5OZWA 3NDWA 5P2WA 3NYGA 3LPIA 5P4WA 2J9JA 4ZSQA 2QMFA 5IS4A 1HIVA 3SKFA 4Y3ZA 5P7HA 3VCMA 4FRKA 5P65A 3EBZA 2FXDA 2EWYA 1W50A 2PSVA 4ZSMA 1AJXA 4Y41A 3INHA 4Y3AA 3SA7A 3UDJA 3EL5A 5P0UA 3TL9A 1D4IA 1U8GA 4EHCA 4I0GA 4COEA 4PHVA 6FIVA 2P83A 4DQHA 2O4KA 5P5VA 3FIVA 2FMBA 4AMTA 4Y5EA 1OEWA 4A6CA 5IVQA 4YE3A 3OADB 3ECGA 5BS4A 3K5DA 2SAMA 1LYBA 5P0CA 5ER2E 2Q3KA 2WEBA 3OQKA 2P8HA 4H3FA 1A94A 1D4LA 1HEFE 5P2NA 5P5FA 5P6SA 4IVTA 4GJ8A 2QU2A 5P66A 2G27A 3NU9A 3IVHA 5I3XA 5P15A 4YD5A 5EZXA 3JVWA 5P8DA 5P47A 5P0EA 5P1AA 1SDTA 4Y3FA 5P34A 8HVPA 3KMXA 1RQ9A 1BWBA 4FSLA 5SY2A 4WY1A 5P46A 1KJFA 5IVSA 5OZUA 1ZJ7A 5DQ5A 5P42A 5P54A 1HIHA 4J0VA 5P3JA 4N00A 2PMAA 4DPFA 4RGHA 3ER5E 3LIVA 2HPEA 4R95A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4K8S A;  4R5N A;  3O9I A;  1MET A;  5P7I A;  3PEP A;  5P4B A;  2OHR A;  1YTH A;  2QNP A;  3CKT A;  3LIQ A;  2WF4 A;  1TSQ A;  5OZJ A;  5OZC A;  5F00 A;  4AA8 A;  1GVT A;  2QNQ A;  4YDF A;  2ER9 E;  2A1E A;  4FIV A;  5P6W A;  5OYU A;  3ZKX A;  2PH8 A;  5P1L A;  3TPL A;  5P8F A;  5OYY A;  3JW2 A;  4NJT A;  4L7J A;  4H3G A;  3LNK A;  4CPX A;  1XS7 D;  5P5Z A;  3WB5 A;  5P10 A;  4BEL A;  5P8U A;  5J25 A;  2OAH A;  2G20 A;  2QAK A;  3OOZ A;  5P1X A;  3UDM A;  5P4V A;  5P4Q A;  1EAG A;  3C9X A;  1N49 A;  3OAG A;  3HD8 A;  3SA8 A;  2NXL A;  4DJP A;  5P5B A;  5P0V A;  2ZJL A;  1ZTZ A;  4YBI A;  5P1D A;  1C6X A;  1LF2 A;  4QLH A;  2V10 C;  2WKZ A;  1OD1 A;  5P57 A;  5P0S A;  3LZU A;  5HVP A;  4IVS A;  3K5G A;  2QZL A;  1HII A;  1HVJ A;  2IEO A;  3TLH A;  3OUD A;  3UQP A;  4GZF A;  1MPP A;  3UDP A;  5P3F A;  4ZE6 A;  1BXQ A;  5P6Q A;  5P2R A;  5P7P A;  3LIZ A;  4R8Y A;  3RTN A;  2AVQ A;  2WJO A;  5P7Q A;  5P1T A;  2I4X A;  1HVC A;  3ZOV A;  2UXZ A;  3ZLQ A;  2B42 A;  3SKG A;  5P7F A;  3SM1 A;  4QJ2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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