4EXHA

The crystal structure of xmrv protease complexed with acetyl-pepstatin
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
EPPPEPRITLKVGGQPVTFLVDTGAQHSVLTQNPGPLSDKSAWVQGATGGKRYRWTTDRKVHLATGKVTHSFLHVPDCPYPLLGRDLLTKLKAQIHFEGSGAQVVGPMGQPLQV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Putative gag-pro-pol polyprotein
publication title Inhibition of XMRV and HIV-1 proteases by pepstatin A and acetyl-pepstatin.
pubmed doi rcsb
source organism Dg-75 murine leukemia virus
total genus 20
structure length 114
sequence length 114
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4exhA00
3NYGA 1LZQA 1MT8A 4Y51A 3S7MA 4Q1XA 5P0GA 1MT9A 1FMXA 5P58A 1G6LA 2AOIA 2P3DA 2ZJLA 4Y5GA 1AZ5A 3VV8A 3O9CA 1Z8CA 4H3JA 3ZKQA 2RSPA 3PGIA 4ZSMA 4FM7A 1W6IA 4DV9A 1HIHA 2I4XA 4I0ZA 2VS2A 5P25A 1SIPA 2VJ6A 4WY6A 5OZGA 5P62A 5OZYA 3SQFA 5P4XA 1T7KA 4HZTA 5P84A 3BHEA 1YTHA 2ZHTA 2Q55A 5IVTA 4Y3YA 1ZSRA 5P7BA 4WTUA 3URJA 4FM8A 3Q70A 4R93A 4I0GA 3UDNA 1BXQA 4CP7A 5P5EA 5I3VA 2HAHA 1W5XA 4LXMA 3GGVA 3OXCA 4Y3RA 5P51A 2JJIA 5P7CA 1HSIA 1GVVA 5P2BA 3VLBA 3D91A 4YOAA 2HIZA 3SA4A 2BKTA 3UQPA 3TPJA 4Y6MA 2J9KA 4YHQA 5OZ3A 3LZSA 2O4KA 1PPLE 1XL5A 4LBTA 3QRSA 5P1UA 4M8YA 5P42A 3QRMA 5P4LA 5HU0A 3NXEA 5P7FA 1FFFC 1F34A 4FL8A 4H3FA 5P73A 1K1TA 3VUCA 1PPME 2VKMA 5P18A 2R9BA 5P6RA 5P8SA 4Y36A 1HPSA 3U7SA 3T11A 5P3XA 2SAMA 5P79A 1B6JA 4LP9A 2G1SA 1HWRA 1T6GA 1AM5A 1MT7A 3TPLA 3K5FA 3TTPA 4RRSA 1BILA 4HA5A 5P89A 5AHBA 3CMSA 5P0ZA 1LYAA 3AIDA 5P3SA 5P66A 3MSKA 4RVJA 5P3MA 2IS0A 1EC1A 4J1EA 1UH9A 4FAEA 5P54A 5OYVA 1FQ8A 5P04A 5P3RA 1BIMA 7UPJA 1MTBA 2VIYA 3MXEA 5HCOA 5AH9A 5P5MA 3SFCA 3GI4A 5KOQA 4EJKA 2G1YA 1FG8C 5P8UA 1FQ4A 1LYAB 2FS4A 2QZKA 2PYMA 3FIVA 4YCKA 4ZSQA 5P2VA 4DVFA 4B1EA 4IVTA 4ZPEA 5P7KA 3DCKA 5P2HA 3UCBA 5P6EA 3S85A 3T7PA 1AJXA 3OGQA 5C9BA 5DR0A 3O9GA 1C6XA 4J0ZA 5IE1A 2FNSA 5P1CA 4JPCA 3SLZA 2XYFA 1A30A 2P8HA 5P0FA 2B7FA 1XE5A 2Q54A 5P16A 3UDQA 3IXOA 2AZ9A 5P6QA 3NU9A 4ZEAA 3EKPA 1HVJA 3K5DA 2G24A 3G6ZA 2OF0A 5HDVA 3RU1A 2Q11A 1DPJA 4B1CA 1TCXA 2Q63A 5P7MA 2RKGA 5P2QA 2QAKA 5P2FA 2FDDA 1FMUA 5P64A 5P0TA 1FQ5A 5P07A 4B72A 4I0DA 4Y4BA 3UDJA 5P7OA 1BDLA 1FIVA 4Y43A 1K6VA 5P4OA 5P70A 4HE9A 2FXDA 4TRWA 1IZDA 3QRVA 1HTEA 3OK9A 5P8VA 2QU3A 4KUPA 3PWMA 4TVGA 3NR6A 1GVUA 2NXDA 4DQHA 1TSUA 3ZPUA 4DJRA 4AUCA 5P1LA 4YD6A 2PK6A 5P3EA 3MSLA 2ZYEA 5P36A 1K6CA 5P5SA 1B11A 4JECA 1YX9A 3UDMA 4UPJA 2F8GA 1LYBA 3QIHA 3OOZA 5OZ0A 5P6YA 5KOSA 3S53A 3PSYA 2UXZA 1YM2A 8HVPA 3PI0A 5P0KA 5P5IA 1B6KA 3NU6A 3LZVA 1KJFA 5P03A 1KZKA 1LEEA 2AVVA 2PSGA 1HSHA 4WY1A 1HEFE 4JPEA 5P57A 1IVPA 5BRYA 1NSOA 1LYBB 3RTHA 1ZLFA 3QN8A 3H5BA 2JYSA 3L5FA 5P0QA 5P6HA 1HPOA 3TPPA 1IZEA 5C9FA 2B8VA 5J25A 2Q3KA 2Q64A 4M8XA 2XFIA 5P3DA 5P3VA 3BGBA 1B6MA 2WF2A 5P1DA 5P5FA 5P7JA 5P5TA 1ENTE 5P27A 2A4FA 2I4UA 1EC2A 5P1ZA 1NPVA 4YD7A 1UPJA 5P63A 5P71A 1FQ7A 3NWXA 5P24A 4BFBA 2HPFA 1UH7A 4XX3A 5P2TA 1XS7D 5P53A 3ZOVA 1QBRA 4NKKA 5P43A 4Y54A 5P2DA 1D4LA 5P2YA 5P6TA 5COPA 5P0IA 4DPFA 4RGHA 5P10A 3ZMGA 3HVPA 3OQFA 5P88A 2BBBA 2NNPA 5P15A 1ODXA 3O9LA 5COKA 5E5KA 3KDDA 3O9DA 2HB4A 1IVQA 3KFSA 5P60A 1EAGA 3FX5A 5P4TA 5P1GA 3TOGA 5P72A 2QZWA 1T6EX 3OU4A 3VV6A 4J1IA 4GJ5A 3FSMA 1FF0C 5P0LA 3PI5A 3LIZA 4Q1WA 2QI1A 2WHHA 1KJ4A 4L7HA 1FB7A 5DQCA 5JFPA 3NSHA 2AQUA 4EP3A 4FRIA 4YD5A 5P1VA 4NJSA 1XN2A 5P7RA 4Z22A 3A2OA 1SGZA 5P5KA 5P8PA 3GI5A 5P7QA 5P37A 5P69A 3TOFA 5P5XA 3VYEA 2WJOA 2QMDA 1HVIA 3C9XA 2VNMA 4DPIA 2PWCA 3PMYA 4HDFA 1K6TA 4OBHA 3RVIA 2IQGA 3IVIA 3S43A 4FSEA 1D4IA 5P2RA 2ZHRA 5P41A 3ZKMA 5EZXA 1DAZC 2G94A 3H0BA 3SKFA 2OHTA 2G69A 5P30A 3PCZA 3UQWA 4Y3SA 5P4ZA 4I8WA 2JXRA 3BVAA 3SM2A 5OZLA 3SAAA 3PMUA 5P2WA 3PCWA 1TSQA 4J0YA 1MRXA 3PHVA 5JG1A 4J1HA 3HAWA 3NU5A 4L7JA 1DW6C 5P6WA 3PB5A 2I0AA 5P2GA 5OYQA 5P3BA 5HD0A 5SZ9A 1DMPA 1TZSA 5AH7A 3DK1A 3RSXA 4HDBA 4Y5NA 5IVQA 5P1FA 5OZWA 1MIQA 2PSVA 3EKXA 1YG9A 1LF2A 4H3GA 4I1CA 1W6HA 1ER8E 3UDYA 4OBJA 2AVOA 4OBZB 3OU3A 5P5QA 2OHSA 4YBFA 3KYRA 1M4HA 2J9JA 3SA7A 1IIQA 4PPHA 3KFPA 5OYZA 3KT2A 5P7PA 1NH0A 3RSVA 4Y56A 4Y48A 5P7ZA 4XX4A 2V11C 2EWYA 1BV7A 5P5HA 3PM4A 2QP8A 3L3AA 1KJHA 1ZP8A 5P2ZA 2NXLA 2AOEA 2PH8A 5SY3A 2V12C 5KQFA 4HEGA 3CICA 3S54A 4I0FA 2V00A 3UDRA 5KR8A 3LPJA 2AOFA 5P1TA 3WB4A 1A8KA 3L5DA 4Y3NA 5P0BA 3DCRA 5P1IA 3OXXA 5P6IA 3TH9A 5OZ2A 4Y4UA 1ODWA 3KMYA 5P1HA 4GZFA 4DFGA 3HVGA 4LC7A 5P4MA 4J1CA 1HRNA 3VYFA 5F00A 1K1UA 2VJ9A 1SMEA 5OZBA 4D85A 5HDZA 3HD8A 1HSGA 2P83A 1HPVA 3NDTA 5P2NA 1PFZA 1YTIA 3EKWA 4YBIA 2B8LA 3D1XA 5HE5A 1XE6A 2O4SA 3G70A 4BFDA 3ZKXA 5P22A 2VA5A 4Y3WA 3R2FA 4B05A 2APRA 2WKZA 4L1AB 4Y3LA 1APVE 3L38A 2IGXA 1GKTA 5P6NA 1AAQA 5P1YA 4ZLSA 3PLDA 2WF4A 3VEUA 3LZYA 4FLGA 3IN4A 3O9HA 5OZNA 3OADA 5OZSA 1UH8A 3EL0A 5P4SA 4F75A 3Q5HA 5P1QA 3S8IA 6FIVA 1BBSA 3LHGA 5P0VA 4ZPGA 4X2LA 5IVRA 5P1EA 1YTJA 5P7EA 5COOA 5P5WA 5P7IA 4AA8A 5P11A 1C70A 2AIDA 4YOBA 1E80E 1LV1A 2PMAA 2WF1A 4RVXA 1BAIA 3IN3A 5DQ5A 4FAFA 3ER3E 5P56A 3OADB 4Y3HA 3APPA 3NUOA 5P6LA 1PROA 3QI1A 3MWSA 4Y39A 5P8QA 2ZHSA 4DJQA 1QRPE 2FMBA 1FQ6A 1RQ9A 2XFJA 3VFBA 1FQXA 5HE4A 1W5VA 4Y4JA 5P3ZA 3UFLA 4QLHA 4R91A 3PJ6A 1BVGA 4D83A 2G27A 2Q15A 2ZJHA 1LF3A 3SM1A 1QBSA 1MPPA 2G22A 2PC0A 2O4LA 4NJVA 4L7GA 5UPJA 3LIYA 3OUDA 3VLAA 2H6SA 3N3IA 5P2UA 3T6IA 4AA9A 1QBUA 4APRE 3DV1A 2QMGA 5P5ZA 4TRYA 4CPXA 4Y3FA 2QI3A 5P4UA 5P5OA 1ODYA 5HDXA 5P3FA 5P8JA 3BUGA 1RNEA 5AH6A 4RLDA 3LPIA 3OTSA 5P0SA 4RZ1A 3UDHA 2I4VA 4EXGA 5P8DA 4K4RA 5FIVA 1JLDA 4X7IA 4AMTA 1W5WA 3TKGA 5P0MA 3OUDB 3MXDA 4S1GA 1GNMA 4QJ9A 4XXSA 4U8WA 5DR3A 1HVLA 2R38A 3O9EA 3QPJA 5P83A 5DPZA 3OTYA 3PSUA 1B5FB 3GGXA 5P59A 3INFA 3OHFA 5P87A 2QNNA 5HTZA 3RTMA 3HW1A 4U7VA 2F80A 2I4WA 4KB9A 1EC0A 4QJ6A 2WEDA 2Z4OA 4B1DA 5P6FA 1D4JA 3UHLA 3VYDA 4B70A 4NJTA 5OZUA 1IZIA 1MVPA 5P3CA 5P7GA 4GYEA 5P01A 4ZIPA 2ER7E 2VIZA 2OHNA 1SBGA 5APRE 2O4NA 1EPPE 3ECGA 5OZPA 5HE7A 5P76A 3O99A 5P33A 2BPVA 1K6PA 3OXWA 5E5JA 5JODA 1HTFA 4Y4XA 3NDXA 3LZUA 5P1KA 4GJ7A 4Q1YA 1OEWA 2IENA 3QP0A 1EBKC 5DGWA 4GJBA 2OHKA 1MTRA 3K4VA 4ER4E 4CPQA 5P85A 4JP9A 2ASIA 3IXJA 5OZTA 2HC0A 4Y47A 3UF3A 4ZPFA 5P8MA 3R0YA 4BEKA 2FLEA 3KDBA 3BUHA 2NPHA 3PLLA 4MC2A 1W51A 5P0EA 5OZZA 2Q5KA 1HTRB 3UDPA 5P6KA 1C6YA 2G1NA 5ER2E 1EEDP 4K4PA 1OHRA 3WB5A 3K1WA 3I2LA 2BQVA 1HTGA 3SPKA 3PWWA 3VV7A 5P0JA 3PSGA 4OBDA 2P3BB 5P0OA 5P3PA 3OQAA 4Y4AA 2I1AA 2QK5A 3FNSA 1HOSA 2AOGA 3SKGA 5P3JA 1IBQA 3I25A 3TPRA 3CYWA 4EWOA 1RV7A 2JJJA 5DQ2A 5OZOA 5P8RA 2BPXA 4B77A 2O4PA 3BRAA 2HB3A 3KM4A 4HDPA 1QS8A 3OGPA 1MEUA 2ZJIA 4YD3A 2BPWA 5P2JA 3OWNA 5P4YA 3OOTA 3OU1B 3DM6A 3CKPA 4Y3ZA 3IGBA 3QBFA 5P4IA 2FDEA 5P3OA 4GIDA 2IKOA 4GJCA 3SA3A 5P3KA 3HBOA 2RMPA 2V0ZC 2OHMA 4BELA 2PWRA 1XN3A 4Y3JA 2G20A 3TNEA 5DQ4A 3NLSA 3TOHA 3EL9A 5P46A 4I12A 5P1SA 3QVCA 5PEPA 5P7SA 4DJPA 2QCIA 3IAWA 5P5GA 5C9DA 4U7QA 2BPYA 4Y45A 1E5OE 4OC6A 3INHA 1SDUA 4GMIA 2QNPA 3EM6A 5P61A 2FIVA 4FRKA 2AZCA 5P08A 2HM1A 5P2XA 1BWBA 4F74A 3UTLA 5P4DA 1HXBA 3LIXA 4F76A 1MRWA 1APTE 3URLA 3DUYA 1GVWA 4Y35A 3I8WA 3IVHA 1Z1HA 1MESA 3WSJA 3SA8A 2H6TA 3KFRA 4OC6B 3QBHA 4I0EA 1HPXA 1RPIA 2WL0A 2QNQA 3OUAA 3UQXA 4Y5CA 5OZVA 5P0UA 5P47A 4OD9A 5P8TA 4RYCA 2NMZA 3BC4A 5P4EA 4RCFA 5DQ1A 4QJ8A 5P5JA 4Y5AA 4I11A 4Y3EA 1RL8A 5I70A 5P6XA 5P3UA 1BDQA 4TVHA 4GJ6A 2ZGAA 5P5RA 5P12A 5P5YA 5DR1A 5DR4A 2R5QA 5P48A 3ST5A 4QJAA 5P0HA 1HVKA 4OD9B 4J55A 5P8HA 5P7HA 2IRZA 5P20A 5OZCA 4Y4TA 4FRSA 1APWE 5ER1E 5P6JA 5P6SA 9HVPA 3OHHA 4ER1E 5P0CA 2I4DA 4Q1NA 2PH6A 2ZJNA 4R92A 3DOXA 3SABA 4KE0A 5P7LA 1CMSA 3OXVA 4Y3XA 3FV3A 3G72A 1APUE 1HEGE 5SXNA 3D3TA 5P1AA 5P3AA 5P7TA 1B6PA 1DP5A 2HPEA 1KJGA 3MSJA 3U71A 2OHQA 4OBZA 4FS4A 2FDPA 3KMXA 5P6OA 1AXAA 1N49A 2FXEA 1AIDA 2R3TA 3SA9A 2JE4A 3ZPSA 2OAHA 2PSUA 4GJDA 3VF5A 4H3IA 2G1RA 3R4BA 2R8NA 2RKFA 1HVHA 1EPME 5P1BA 3IA9A 4Y58A 5OZ5A 3SO9A 3I6OA 4Y3PA 5HDUA 2OHPA 1OD1A 3INDA 3DJKA 5P28A 4Y37A 1A94A 5P2AA 3GI0A 2B7ZA 1ZAPA 5KAOA 5B18A 4YD4A 2F3FA 3NU4A 5P6ZA 5P32A 5P0RA 5P5PA 3FNTA 4YDGA 1MERA 4CPUA 3BUFA 5P1JA 4DJUA 3ZKSA 1EPOE 2I4QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NYG A;  1LZQ A;  1MT8 A;  4Y51 A;  3S7M A;  4Q1X A;  5P0G A;  1MT9 A;  1FMX A;  5P58 A;  1G6L A;  2AOI A;  2P3D A;  2ZJL A;  4Y5G A;  1AZ5 A;  3VV8 A;  3O9C A;  1Z8C A;  4H3J A;  3ZKQ A;  2RSP A;  3PGI A;  4ZSM A;  4FM7 A;  1W6I A;  4DV9 A;  1HIH A;  2I4X A;  4I0Z A;  2VS2 A;  5P25 A;  1SIP A;  2VJ6 A;  4WY6 A;  5OZG A;  5P62 A;  5OZY A;  3SQF A;  5P4X A;  1T7K A;  4HZT A;  5P84 A;  3BHE A;  1YTH A;  2ZHT A;  2Q55 A;  5IVT A;  4Y3Y A;  1ZSR A;  5P7B A;  4WTU A;  3URJ A;  4FM8 A;  3Q70 A;  4R93 A;  4I0G A;  3UDN A;  1BXQ A;  4CP7 A;  5P5E A;  5I3V A;  2HAH A;  1W5X A;  4LXM A;  3GGV A;  3OXC A;  4Y3R A;  5P51 A;  2JJI A;  5P7C A;  1HSI A;  1GVV A;  5P2B A;  3VLB A;  3D91 A;  4YOA A;  2HIZ A;  3SA4 A;  2BKT A;  3UQP A;  3TPJ A;  4Y6M A;  2J9K A;  4YHQ A;  5OZ3 A;  3LZS A;  2O4K A;  1PPL E;  1XL5 A;  4LBT A;  3QRS A;  5P1U A;  4M8Y A;  5P42 A;  3QRM A;  5P4L A;  5HU0 A;  3NXE A;  5P7F A;  1FFF C;  1F34 A;  4FL8 A;  4H3F A;  5P73 A;  1K1T A;  3VUC A;  1PPM E;  2VKM A;  5P18 A;  2R9B A;  5P6R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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