4EYRA

Crystal structure of multidrug-resistant clinical isolate 769 hiv-1 protease in complex with ritonavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the mechanism of drug resistance: X-ray structure analysis of multi-drug resistant HIV-1 protease ritonavir complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4eyrA00
5P6ZA 3BRAA 3UDYA 1D4KA 4DQBA 4YDGA 1HEGE 5P66A 3TTPA 3KFPA 3NXNA 1D4YA 3KMXA 5P84A 3FIVA 2F3EA 2I0AA 5P4MA 5IVQA 5P32A 1EPNE 2BJUA 3L5FA 1MRWA 3I7EA 4Z4XA 5P8AA 5AHBA 5P07A 1SP5A 5P5PA 2NMYA 5P1FA 5P4KA 1HVLA 5OZQA 2R9BA 4ZSPA 2QI6A 1EBKC 4B78A 4Y35A 3KA2A 5P1AA 4J1EA 1IDAA 4Y6MA 5COKA 4FGXA 2F3FA 2G1SA 2AODA 2IS0A 4M8XA 3HLOA 2BPZA 1LYAA 2APRA 3HVGA 3SA5A 2A1EA 1MT7A 2HB3A 3EL5A 3OHFA 3OXXA 5P4LA 1FF0C 3OTYA 2AOIA 4QJ6A 2QHCA 5OZ2A 1PSAA 3K1WA 1FGCC 3SKFA 5P1QA 4LP9A 5P6TA 3S45A 4EJDA 4U7QA 4BFDA 3O9GA 3RU1A 5P1IA 4EJKA 3PGIA 1BDLA 3LNKA 1EPPE 1EPQE 5P78A 2FGUA 4J0YA 3HD8A 1G0VA 3PBZA 1XL5A 4PHVA 4DJYA 3AIDA 4K4QA 4LBTA 1FEJC 3KMYA 2OF0A 4FS4A 5OZMA 3S85A 1HBVA 2QZLA 4Y3WA 4Y3TA 1HSGA 1EC2A 5ENMA 3NDUA 1HVJA 5P3EA 1LS5A 3QS1A 4I0EA 5SY2A 4YD5A 4U7VA 3DUYA 3OAGB 3K4VA 3EMYA 1QDMA 3ZKNA 5P3RA 3TPJA 3KDDA 4COEA 4AZYA 5OZTA 5P88A 1K2BA 5P5RA 5P2RA 3VSWA 3AUPA 3SAAA 3D1YA 4OBFA 3UDHA 2ZHVA 1XN2A 3BVBA 1FQ8A 2P83A 3C9XA 5P85A 2AQUA 3R4BA 1YTGA 5KR2A 4HA5A 1ZP8A 1KJHA 5P0IA 1AVFA 3KT5A 3EKYA 1W6IA 1B11A 3ER3E 2B60A 2ZJMA 3OU1B 4NJVA 4XXSA 4GJ5A 2B7ZA 5P24A 4FAEA 4DQFA 4PPHA 1XL2A 3WZ8A 2OHNA 5J25A 4I8WA 4EQ0A 3BXSA 4DVFA 4Y3NA 4Y3XA 5T4SA 2XYEA 4Y5GA 5P0BA 3K5FA 1RPIA 5P8UA 5OYSA 1HIVA 4DQEA 3O9AA 5P8QA 5P19A 5P5EA 5IE1A 1SDVA 1LEEA 5P5DA 3L3AA 2R3TA 1QBRA 5P42A 3LPJA 5HDUA 4WTUA 4EJLA 3MSJA 3OGPA 4B72A 3R0YA 5P2MA 4UPJA 2Q54A 3PCWA 2NXLA 4QGIA 1BDRA 3FNUA 5P3SA 2ZE1A 1M0BA 2F80A 2AZCA 4Y4UA 4R91A 1SMEA 5P4FA 4DQHA 4FSEA 1BWAA 2AZBA 4YE3A 1IVPA 3QRSA 3PSGA 1ZSRA 3B7VA 4JECA 2XFKA 5HCTA 1LYAB 4R92A 5P7TA 3ZKMA 1XN3A 3IGBA 1MUIA 4YCYA 1FMXA 2WF4A 5P5TA 4L1AA 1QBUA 5TOLA 1PSNA 1NSOA 5P22A 5P8SA 2OHTA 3TH9A 3WZ7A 5AH7A 4FM6A 1LF4A 5P46A 3O9FA 5P77A 5P3TA 4FLGA 3K4VC 4ZSRA 4DJWA 4EPJA 3LZUA 1D4LA 3T11A 5P36A 2V12C 1HPOA 1QRPE 5KR1A 4Z22A 3PVKA 5P3BA 3NR6A 3PRSA 2WF2A 1LYWA 2WF1A 4CPSA 2OHUA 5P5LA 5IS4A 5P04A 4APEA 4R95A 3DOXA 3SACA 5P06A 5DQ4A 2Z54A 3VSXA 5P8DA 2V10C 3PI0A 3UDJA 3WSJA 4A6CA 1EPOE 3INFA 4RRSA 4R93A 3ER5E 2VJ7A 1LZQA 3S54A 3R0WA 4J17A 5OZIA 3APRE 3OUCA 3QI1A 4FL8A 4MC6A 5COPA 4XKXA 4HE9A 3HW1A 3EL9A 1XDHA 3G6ZA 5P59A 4RGHA 4DH6A 2B8VA 4Y3SA 5DQ2A 3R2FA 4YA8A 4RROA 3RSXA 5P5SA 1W51A 2VA6A 3GI4A 4K4PA 5P0CA 4Y5AA 3D1ZA 1XE5A 3RTHA 4Y3JA 4GJ6A 5P8RA 5P0SA 5P58A 5FIVA 4MC9A 2WF3A 1HPVA 4JOOA 4BELA 1EBYA 5P15A 1B5FA 4FM8A 2WHHA 3TL9A 3SO9A 3OOTA 5P72A 2P3DA 1E81E 3KT2A 5P87A 1BVEA 3ZMGA 1N49A 2VA7A 1D4SA 1UH8A 2VNNA 3N3IA 4LAPA 4RCDA 4D85A 5OZYA 2WECA 4CKUA 5P73A 2OHRA 1PPKE 4Y43A 4GJAA 1UH7A 2WL0A 4H3GA 3GW5A 3FNSA 3NU5A 5P2UA 3QROA 4Y9WA 4AA9A 4GZFA 4Y54A 3VV6A 4OD9A 1A9MA 2PWRA 7HVPA 1NPAA 3Q4BA 5IVRA 3K5CA 6UPJA 3PLLA 1BVGA 4L7HA 5P54A 5P2XA 5JODA 5P48A 3OQ7A 5P69A 4GJDA 5P7WA 5P3NA 1B6PA 4TVGA 3HZCA 3OK9A 2UXZA 4LC7A 3Q6YA 3O9LA 5P0HA 1DP5A 3I2LA 6APRE 4L1AB 1DW6C 5P0NA 5DQCA 4F73A 2WEAA 3CKTA 5OZHA 5P31A 1G2KA 4QJ9A 9HVPA 3UDQA 2V0ZC 1FQ7A 3I6OA 4YD7A 5KQYA 3ZLQA 4Y5BA 1LYWB 1HHPA 1GNMA 3APPA 3D3TA 4ZLSA 1LYBA 5P27A 5P1RA 3Q70A 1SIPA 2OHPA 1SGZA 5P2VA 1SDTA 4Y3QA 5OZGA 2UY0A 3EBZA 4Y57A 4OBDA 2V11C 1ZSFA 2PK6A 3PHVA 3T3CA 4QJAA 5P4RA 4YD6A 2V00A 2BQVA 2ZYEA 5P2BA 5P5ZA 3SM1A 1ODYA 4JPCA 4AUCA 3UQUA 3OUDA 5P1TA 4NJTA 1FFFC 4Y48A 5P1JA 3ZKQA 3SA6A 2AOCA 5P7YA 2QI4A 1DIFA 5P3PA 3QIHA 3QPJA 5OZCA 1EBWA 3RVIA 3VF3A 1KJFA 4RVIA 3H5BA 3FV3A 2I4XA 1J71A 2QI7A 1QBTA 2RKGA 1Z1RA 5DPZA 3UPJA 5B18A 2QD8A 2WKZA 1FQ4A 3EL4A 5P0OA 3KF0A 2WEZA 2B7FA 5P2YA 1A94A 1ME6A 3NSHA 5OYQA 5P35A 4DV9A 4CPWA 5BRYA 5P5AA 2NXDA 2G1RA 5P2CA 4FE6A 4I1CA 2ZDZA 3IXOA 4I11A 3SABA 4EP3A 1NPVA 3KDBA 1QBSA 6FIVA 2OHMA 2QI0A 3QRVA 4RCEA 5P8NA 4ACXA 2AOEA 1HIIA 4H3FA 2VIEA 5P5JA 3VG1A 4F76A 1F7AA 1HVCA 1ENTE 3LZVA 1EEDP 2VIJA 4X7IA 4I0IA 5P25A 3DCRA 4FRSA 4TVHA 5P1SA 2R8NA 3INHA 1MERA 5P1LA 4OD9B 4L7JA 5OZEA 2IRZA 5P3IA 1VIJA 2BB9A 1GNNA 4DJPA 2Q55A 2G24A 3CIDA 2QHZA 4J0VA 2I4DA 4J1IA 5P81A 5P53A 5P1VA 2O4KA 1ZTZA 5HD0A 1AM5A 5P1PA 3LZYA 2PH8A 5AHAA 4H3JA 1TZSA 2F81A 2F3KA 1NPWA 4DPIA 5P3AA 3JVYA 2AOHA 5HE5A 2OAHA 2QCIA 3OQAA 5P50A 3O9LB 4Y45A 5P2KA 1OHRA 4Y3ZA 1BXOA 2AVOA 3I8WA 3OUAA 4U8WA 3TNEA 1ZPAA 5P6CA 5P1GA 5KR0A 5P7PA 5P8IA 5P3OA 5P76A 3PWRA 1ODXA 5P5KA 3CICA 1RQ9A 4LXAA 4S1GA 2G69A 4ZIPA 4Y36A 5P2OA 1MSNA 5P2AA 4PZXA 1W5VA 1EC3A 4Q5MA 3TOGA 2NMZA 5P6IA 1HWRA 4Y3RA 5P7HA 5JFPA 4J5JA 5P7SA 3UQWA 4ZPGA 3IAWA 4K8SA 2P3AA 5P0GA 1EAGA 3O99A 3U6AA 1D4JA 5P44A 2ASIA 3OU4A 3PWMA 5P7IA 5P89A 3DCKA 1YG9A 4I0JA 1HTRB 2BPYA 4YDFA 1W5YA 5P4CA 4B70A 3TKGA 4RCFA 1E82E 1A8KA 1G35A 5OYZA 3EM4A 5P6HA 4Y3HA 3LIYA 3OUDB 2F8GA 1TQFA 3I25A 3CKRA 5DR0A 3RTMA 1AJVA 3OQDA 4RVJA 3HDKA 4RRNA 3HAWA 5P1KA 3VV8A 2Q5KA 3QBHA 3UQXA 2BPVA 2FXEA 2IKOA 4Y3FA 3L38A 5CONA 2PC0A 1A8GA 2QI1A 5P3XA 5AH6A 3PEPA 2O40A 3ECGA 1HXBA 5P1ZA 5KQZA 5P6MA 5P6AA 5OZ0A 1HXWA 1BWBA 1ZLFA 5P3MA 3CMSA 5ISKA 2NXMA 5P4PA 1HPSA 2NTRA 3RSVA 3UDPA 5P71A 4YBIA 1MSMA 3K5DA 5P64A 5P79A 2WEBA 5P4OA 2HIZA 4AMTA 5HU1A 5P03A 5P5BA 2P8HA 4I0ZA 2ZJLA 1MEUA 2FLEA 1HVIA 5P8OA 1EPLE 2AOFA 3VLAA 5P51A 4HDFA 4B1CA 3MXEA 1BAIA 4TRWA 1K6CA 2UPJA 2FXDA 4I8ZA 3JVWA 5P23A 3VYFA 3PM4A 3RTNA 5P4TA 1JLDA 1B6KA 4ZSQA 3R1GB 2ER7E 5P28A 1DAZC 4X2LA 4YOBA 2IQGA 1C70A 4CPUA 5P7JA 2ZJKA 4HDBA 3L5BA 4Y4EA 5P62A 3T7PA 5OZ7A 4QJ2A 1SDUA 5F00A 3QVCA 2QI5A 4Y3EA 4I0DA 4LHHA 4J0PA 3O9EA 5P6OA 1IDBA 1PPLE 4EYRA 5HE4A 5P6WA 1AJXA 2ZHTA 3BGCA 4FCOA 2FIVA 4Y3YA 1IZDA 5P18A 2JE4A 5P5XA 3UF3A 1EPME 2HS1A 3OY4A 5C9DA 4TRYA 1ER8E 1K6TA 2PQZA 3G72A 5P49A 5P8MA 1MIQA 3ZKXA 2O4LA 5OZPA 5BS4A 5P4SA 5P0EA 4MC1A 5P8FA 5KOQA 4ACUA 1LV1A 4LXKA 1TW7A 5ER1E 1HOSA 5OZ9A 5P82A 1IZHA 4ZPFA 2V13A 3IA9A 3SM2A 5DR3A 3PMYA 3H0BA 2AVMA 2Q64A 4YD4A 1BV7A 1YT9A 2PSUA 5F01A 1MT8A 2IDWA 4D83A 2IGXA 3NU3A 2P4JA 3DV5A 2G27A 1HEFE 5P83A 2HAHA 4CP7A 5OZ5A 5P4UA 5P86A 3FSMA 5OZWA 4Y4WA 2ER0E 3LINA 4Y4TA 1ZAPA 5OZZA 4Y5EA 3NYGA 3ZOVA 1AAQA 2ER9E 3LITA 3UHLA 1CMSA 2QP8A 4Y5PA 5P7VA 3PSYA 3NU4A 3DJKA 1K1UA 1FB7A 3VYDA 5C9BA 5P6VA 1D4IA 3NDTA 3S7MA 4CMSA 5P7BA 5P6QA 4A6BA 5P3ZA 2AIDA 2VJ6A 3JW2A 5P0YA 3ZPUA 4Y3LA 2G22A 3UDNA 5OYXA 4MC2A 4K9HA 3WB4A 3PMUA 1HVKA 3NXEA 1XS7D 3GI6A 5P38A 1F34A 5P2JA 5P40A 2FDEA 4Q1XA 5P16A 4Y4BA 4D89A 5P2GA 5P4JA 2IKUA 1BXQA 5P7AA 4Y3AA 3ZKIA 1MESA 3CIBA 5I3YA 4Y47A 5DR1A 2B42A 3KFRA 3QN8A 5KOSA 3SA9A 5P09A 4I0GA 2Q3KA 1RV7A 3VLBA 1MVPA 4K4RA 4XX3A 2I4UA 3NU9A 3VUCA 5HU0A 2HM1A 2VJ9A 3CYXA 4PEPA 5P56A 5P4VA 4ZSMA 5P17A 4Y4DA 4KUPA 1EBZA 1GVUA 3LHGA 2RMPA 2Q11A 5P6BA 5P8VA 1E80E 5AH9A 2VA5A 2BBBA 2G94A 3LIXA 4J1HA 1ZPKA 2QK5A 4R5NA 2BKSA 5JG1A 4B1DA 5P6EA 4B00A 3SA3A 2OHKA 4KE0A 1G6LA 3TOHA 3UDRA 1FQXA 5P7CA 2ZJNA 3L5DA 4RZ1A 4Y58A 3Q5HA 5P2NA 4QJ8A 1MPPA 5P2QA 3LPIA 5P20A 5DGWA 3OUBA 2P3CA 3QBFA 2FDPA 2I4WA 1SH9A 2JJJA 2QZKA 5OYRA 1FLHA 4L6BA 5P8LA 4Y51A 2G1OA 4J54A 5P3FA 5P39A 5OZLA 3NUJA 3EKQA 1W6HA 5P4HA 5P3VA 1HVSA 5PEPA 3O9DA 5P5QA 4FSLA 2MIPA 3MSKA 3OQKA 5P7QA 1MT9A 3VF7A 2VNMA 5P4XA 4NJSA 2QAKA 4Y5MA 3L5CA 4CPQA 2J9KA 4H1EA 1TCWA 4DUSA 2R5PA 1WBMA 5CLMA 4ZEAA 2FS4A 1HRNA 5P0LA 4CPTA 2PSVA 2QZXA 5HDXA 5P3YA 2BPWA 2QD6A 1GKTA 3L5EA 1FMBA 4Q1NA 3KYRA 3EKWA 4HZTA 1FG6C 1T7KA 1C6XA 1HSIA 2I1AA 1KJGA 4GIDA 4DFGA 3ZKGA 3EL1A 4Y3DA 5P67A 3O9BA 5P2IA 5P2EA 3S56A 3ZL7A 4LL3A 3GGVA 5P1XA 5P29A 2HB4A 4Y4ZA 5OZVA 3U71A 5P5YA 5P00A 2PWCA 5P41A 5IVTA 3VFBA 4RVXA 1KZKA 5P6FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6Z A;  3BRA A;  3UDY A;  1D4K A;  4DQB A;  4YDG A;  1HEG E;  5P66 A;  3TTP A;  3KFP A;  3NXN A;  1D4Y A;  3KMX A;  5P84 A;  3FIV A;  2F3E A;  2I0A A;  5P4M A;  5IVQ A;  5P32 A;  1EPN E;  2BJU A;  3L5F A;  1MRW A;  3I7E A;  4Z4X A;  5P8A A;  5AHB A;  5P07 A;  1SP5 A;  5P5P A;  2NMY A;  5P1F A;  5P4K A;  1HVL A;  5OZQ A;  2R9B A;  4ZSP A;  2QI6 A;  1EBK C;  4B78 A;  4Y35 A;  3KA2 A;  5P1A A;  4J1E A;  1IDA A;  4Y6M A;  5COK A;  4FGX A;  2F3F A;  2G1S A;  2AOD A;  2IS0 A;  4M8X A;  3HLO A;  2BPZ A;  1LYA A;  2APR A;  3HVG A;  3SA5 A;  2A1E A;  1MT7 A;  2HB3 A;  3EL5 A;  3OHF A;  3OXX A;  5P4L A;  1FF0 C;  3OTY A;  2AOI A;  4QJ6 A;  2QHC A;  5OZ2 A;  1PSA A;  3K1W A;  1FGC C;  3SKF A;  5P1Q A;  4LP9 A;  5P6T A;  3S45 A;  4EJD A;  4U7Q A;  4BFD A;  3O9G A;  3RU1 A;  5P1I A;  4EJK A;  3PGI A;  1BDL A;  3LNK A;  1EPP E;  1EPQ E;  5P78 A;  2FGU A;  4J0Y A;  3HD8 A;  1G0V A;  3PBZ A;  1XL5 A;  4PHV A;  4DJY A;  3AID A;  4K4Q A;  4LBT A;  1FEJ C;  3KMY A;  2OF0 A;  4FS4 A;  5OZM A;  3S85 A;  1HBV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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