4F74A

Crystal structure of active hiv-1 protease in complex with the n terminal product of the substrate ma-ca.
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of active HIV-1 Protease in Complex with the N terminal product of the substrate MA-CA.
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase product
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4f74A00
4Y3EA 5P0BA 2CENA 2AOJA 3NU4A 3SA8A 2IKOA 3VSXA 1HVKA 1ZPKA 4GJBA 5P18A 5OZDA 1ODWA 4J0YA 9HVPA 2V12C 3QIHA 5EZZA 5P61A 3RTNA 2ER6E 1KJFA 4FLGA 5P3ZA 5F00A 2HAHA 4GZFA 5P4KA 5COKA 3ZKNA 1SBGA 4J1EA 4J17A 1EPRE 1LYAA 5P87A 2I0AA 3DV1A 2Q63A 1BV9A 1PROA 5P60A 5OZHA 5P27A 5P0EA 1B5FB 1AZ5A 4RYGA 4YHQA 2QMPA 1ZSRA 5P0JA 5OZBA 2QU3A 5E5KA 3LIXA 3GI0A 3EM3A 5HE7A 1CZIE 1EBWA 4DV9A 4KB9A 5P8OA 2OHQA 5P8EA 5HU1A 2P8HA 2CEJA 1AJXA 4Y3WA 3LZYA 2OHKA 5P2YA 1Z1RA 5DQ2A 5OYXA 1APTE 1D4LA 5P6ZA 1HWRA 8HVPA 2PSGA 5P4GA 4Y57A 5P1RA 4JECA 5UPJA 5OZJA 5P46A 5P6OA 1EBYA 1IVQA 2IGYA 4B1CA 4IVTA 3EL5A 3UDJA 5P0CA 5P5BA 5P07A 4Y3DA 5P5WA 5P1SA 3HZCA 3U7SA 1BXQA 3S43B 1RL8A 1VIJA 2HB3A 1HVHA 5P4CA 5FIVA 3PSGA 1SDVA 3OADB 5P72A 2R3TA 3KFSA 4K4RA 3CKRA 4OBGA 4F75A 3O9GA 5KR8A 4HEGA 2H6SA 4QLHA 2XYEA 4YDFA 4DJQA 5P51A 2BKTA 5AHAA 5P6PA 4J0ZA 3MXEA 2BJUA 2QD7A 2AVSA 3SA6A 3PBDA 4J5JA 3OXXA 5P2VA 3ZKIA 1MTBA 5P74A 1TCWA 4Y3FA 2ZGAA 4JP9A 5IVQA 4RROA 3NDXA 5OZYA 5P62A 5P4AA 4FAFA 4FM6A 3URLA 5COOA 5C9FA 3VFAA 4ZSQA 3L5FA 5JFUA 4EJ8A 5P77A 4QJ9A 1AJVA 1T7IA 3BUFA 3FIVA 5P7RA 1BDLA 2NR6A 4I0HA 5P1CA 3C9XA 5P8CA 5P6FA 1PPLE 2B7ZA 5P4YA 2IENA 1W6HA 5P4TA 2ER7E 2HB2A 3EKPA 1K6VA 3OTSA 3HAWA 3VF7A 5E5JA 3OU4B 5P0NA 1RNEA 3KMYA 3TPLA 3I7EA 5OZ4A 5SY3A 4FSEA 4L7GA 4XXSA 3UQRA 5KQXA 4Y4BA 3BHEA 4AA9A 4Y56A 1QBTA 5P7CA 4CPXA 3HDKA 5IVRA 5DQ4A 5P4HA 5P63A 1D4YA 5P5CA 2PK5A 5P3SA 1FLHA 4Y5CA 1FQ5A 4Y58A 5P0GA 3BXSA 2G1OA 3OQAA 5DR8A 3PEPA 3VYEA 2OHPA 3QBHA 4NPUA 5P84A 5OYWA 2JJJA 3MXDA 3TLHA 3VV7A 4YBFA 4LXMA 3VG1A 1FG6C 5P10A 3ZPTA 1B5FA 5OZ5A 3D1XA 2P3BB 5P70A 1XL5A 5I3YA 3DUYA 4J1KA 4EWOA 5P3OA 5OYTA 3IVHA 3R2FA 2FGUA 3PLLA 2XFJA 4Y4UA 2FDDA 1HOSA 4MC9A 4TVGA 5P2UA 1FQ6A 5P8LA 4GB2A 3H5BA 3SM2A 4CKUA 5P12A 2PSUA 3SA3A 2ZHUA 3UDQA 1WBKA 5P2MA 4J1FA 5P35A 2VJ7A 5P3BA 1QBRA 5P8GA 1EPME 3NDTA 5P41A 2ANLA 1BVEA 3LITA 1T7JA 5F01A 2O4LA 3ZKXA 3EMYA 2I1AA 4I0FA 1GVWA 5P8SA 5P1AA 3HLOA 4CPQA 1ZLFA 2ZJIA 3EKTA 4F76A 5P2FA 2HC0A 5SZ9A 5P20A 5P5XA 5OZ1A 3FSMA 2ZJHA 5OZVA 4L1AA 3I2LA 2ZHVA 3WSJA 1FMBA 2VA6A 3VYDA 2VKMA 4Z50A 2OF0A 2WEZA 3ZPUA 2AVMA 3UF3A 5P4WA 5P3YA 1FMXA 5AH7A 5P57A 4ACXA 4Y53A 2BB9A 3EKWA 4RCFA 5CONA 4HLAA 4FRSA 4Z4XA 5P8HA 4DJWA 1DW6C 3UQUA 5OZLA 4N00A 1FB7A 4I0GA 4I12A 5P6KA 4L7HA 4Y4DA 1HVRA 1MSMA 3SAAA 1IZEA 5DQ1A 3PJ6A 5P3NA 3QAAA 4Q1NA 1T6GA 2UPJA 5P3XA 1DAZC 1MUIA 2BBBA 2AOGA 5P00A 3S54A 2WHHA 3VLAA 1FFIC 1XS7D 4I0ZA 1QBSA 2PH6A 1HTRB 1A30A 4MC2A 1YTIA 1XE6A 2NXLA 5P0RA 5P83A 1PSNA 4Y3ZA 5P4XA 5P1WA 4Y4XA 3OU4A 4B05A 2I4VA 3KT2A 4Y4AA 5P28A 1D4JA 3KYRA 3QBFA 1HHPA 5P8BA 1HSGA 1IVPA 2PSVA 1FQ4A 3T7XA 5P1PA 4EJLA 5HDUA 1HPOA 3INHA 2PH8A 4Y4EA 3NR6A 3KDCA 5P4IA 4EQ0A 2R8NA 4BELA 2I4QA 5BWYA 1BILA 3K5DA 5P2DA 3UFLA 5P75A 4YD5A 2QI0A 3EKQA 5P6BA 5P47A 1LS5A 2AODA 2A1EA 5P44A 2G26A 4RCEA 4TVHA 3K5FA 5P7ZA 5P8UA 3SLZA 1YX9A 3KDDA 3PBZA 4GIDA 5P6CA 4PEPA 5P01A 4ZLSA 3Q6YA 4YD7A 3S45A 5P7UA 1UH8A 1MRWA 5P6UA 1TW7A 1XL2A 1B11A 3APPA 2HS1A 3DM6A 4Y3NA 3PMUA 5DQCA 1PSAA 4GJCA 4CPSA 5P5NA 3VF3A 5P1IA 1DPJA 4H3FA 2BPVA 1SDUA 3NU3A 3LHGA 3KDBA 4GJ8A 1OEXA 5P67A 3IN3A 1B6KA 4OBZA 4KE0A 5OZ9A 1EC0A 3L38A 5P16A 4LBTA 3AIDA 1GKTA 1MT8A 2NNPA 5P09A 4U7QA 2RENA 2G1SA 3R1GB 1SMEA 3INEA 3KN0A 3NXEA 5OZ6A 1EBZA 1HBVA 4L7JA 4RVIA 4GMIA 4FM7A 3PWMA 2WEAA 2IDWA 3DCRA 4Y3RA 5P7XA 5I3XA 5P30A 3G70A 4DPIA 2QNPA 3Q5HA 5P03A 5P1HA 1A94A 4HVPA 5P7AA 5ER1E 5P80A 4ZSMA 1K6TA 5P7SA 3UQPA 4J0VA 4R93A 5P29A 3QS1A 4Q1YA 4B72A 3O9AA 1Z1HA 1BIMA 3TPJA 4EXHA 4IVSA 2VIYA 2Q15A 2I0DA 4FSLA 3RSXA 5P38A 1HIHA 1A8KA 5T4SA 4FRJA 2ER9E 4X2LA 4JOOA 1GNOA 3EKYA 3PCZA 3ZLQA 2VNMA 2ZHSA 5P7JA 5IVSA 5OZPA 2F3KA 5OZWA 5P1GA 3IXOA 4LXAA 3QVCA 1C6XA 4B1EA 5P7IA 4ER1E 3KFRA 5P0IA 3UDHA 4QJ7A 3OUCA 4AUCA 3SQFA 1FIVA 3O9BA 3WZ8A 1VIKA 1HIVA 3G72A 1HPVA 4HDFA 3ZKSA 1ODYA 4WY1A 5P37A 1GVXA 1FKNA 3OQFA 2I4WA 2WEDA 3OAGB 1ZSFA 5P1YA 3DOXA 4BFDA 4Y50A 1BAIA 5JODA 1YG9A 1OEWA 1FMUA 3I6OA 1SH9A 1ZPAA 4NKKA 3S7LA 5OZ3A 4EPJA 3LIYA 3D3TA 1SP5A 5P2JA 1EPLE 3EKXA 5KOSA 5P05A 5OZXA 1F34A 3L59A 2BPWA 3PM4A 1W5VA 1T6EX 4YA8A 5P17A 4ZIPA 1APUE 1KJ4A 3UHLA 2WECA 5P0SA 3OQDA 3BVBA 4Y54A 3TPRA 3U71A 1BDRA 5P0MA 2AQUA 2FS4A 2ZJMA 4Y35A 5OYVA 5P4PA 2G21A 1TZSA 3QRMA 3NLSA 3OY4A 4RGHA 1GVTA 5P4VA 3GI6A 3OK9A 1FFFC 2QU2A 5P82A 2QNNA 2NMZA 5P45A 1ZBGA 4BFBA 5P3CA 4QGIA 3WB5A 1BDQA 5P0HA 5P8IA 3D91A 2G20A 3NSHA 3VF5A 3TNEA 5P5TA 4B77A 4F73A 1YT9A 4PZWA 6APRE 5I70A 5P8JA 3GI4A 3NU6A 2IL2A 2WL0A 5P5FA 3BUHA 4CP7A 3LPJA 4I0DA 1TQFA 3ZKMA 5P65A 3NU9A 2AIDA 2Q3KA 2ER0E 3L5BA 5P0YA 4HZTA 1ZP8A 3NUOA 5BS4A 4HDBA 4FRIA 4YOAA 3Q3TA 1ME6A 4Y3AA 5P39A 4AZYA 4FAEA 2IEOA 3O9EA 5P2OA 3SPKA 3CIDA 2F3FA 1B6JA 2HB4A 5P78A 3OHHA 4XKXA 4ACUA 1IZIA 4GJ6A 4EYRA 3BC4A 2VIEA 3EL9A 5KOQA 3ZKQA 5ENMA 3GGXA 3K4VA 5P2SA 2V10C 3KT5A 4YOBA 2OHTA 4NJUA 5P7KA 2QHYA 1W5WA 1FGCC 3UDMA 4DVFA 5OZAA 5P4SA 4J55A 5P0QA 1BXOA 2XYFA 1HVIA 5HD0A 3RSVA 5P2XA 2JJIA 5P88A 3OOZA 1NSOA 3RU1A 5P1DA 5P11A 1NPVA 2R43A 2I4DA 3OAGA 4YD6A 5P8RA 3TOGA 3VLBA 5P33A 2NNKA 2FMBA 2G94A 3PRSA 5P0XA 1HTFA 1T3RA 2P3DA 2V16C 2XFKA 4QJ8A 3BGCA 1W50A 4TRWA 1UPJA 1WBMA 4GJDA 5P8FA 4D8CA 4DH6A 1LYWB 5P2QA 3UPJA 2G24A 3R4BA 3O9IA 2NMYA 4Q1XA 5P42A 4CMSA 3HW1A 1JLDA 1AXAA 3O9DA 5P49A 2AVOA 1ODXA 3BVAA 2P3CA 3K4VC 4K8SA 3JW2A 3OUAA 1DP5A 1FF0C 4YCKA 5P58A 3PVKA 5P3TA 2VNNA 1SDTA 3INFA 2WF1A 4B78A 3N4LA 4LL3A 2VJ6A 4Y3TA 3FNSA 3UQWA 4J1CA 5P4FA 4OBFA 5P7LA 4I10A 4FM8A 1D4SA 3T7QA 1UH9A 1HVLA 3OXVA 4TRZA 5OZGA 5P5AA 1FQ8A 4Y4TA 5HVPA 3WZ6A 4R91A 3FX5A 4JPEA 4GJ7A 4Y3MA 5KAOA 5P1VA 4M8YA 4Y43A 1YTHA 4H3IA 5P2WA 5P8NA 1E5OE 2AOIA 1QRPE 5OZKA 1D4HA 3LZUA 1WKRA 5P50A 3EXOA 4Y4ZA 5AHCA 1GNMA 3INDA 5P4UA 1EPQE 4RCDA 3WZ7A 4APRE 5P8VA 5OZ0A 4Y5GA 3S43A 5P5SA 3OADA 2ZDZA 5P02A 2G69A 2PQZA 5P1NA 1Z8CA 5P2LA 5P34A 5P2TA 4Y44A 2FDPA 5P5ZA 3LZSA 3BRAA 5P8DA 1DIFA 5P7VA 5P6MA 5P1MA 1EC3A 1G6LA 4EP2A 1OD1A 3UTLA 1HPSA 5AGZA 5OYZA 5OZSA 3EKVA 3KM4A 3OGQA 4Y3SA 5P1KA 4YBIA 1M43A 3F9QA 5P5VA 5C9BA 5P24A 5P4EA 5P19A 3K1WA 4J1IA 4RZ1A 2R5QA 3EBZA 2ZHRA 4Y5AA 5P2GA 1MESA 3NWXA 4Y39A 5OZ8A 4Q1WA 5OZIA 1PPME 5HU0A 5APRE 5P7WA 2QI7A 5P5IA 4TRYA 2O40A 2PC0A 3PWRA 1BWAA 1SIVA 3OU1B 4RVXA 2UXZA 2Z54A 3PI5A 4Y3GA 2QNQA 2SAMA 5P26A 5P5LA 4OD9B 4Y5BA 3RTMA 3NYGA 3GGAA 3URJA 2WF2A 1TSQA 5P8QA 5ENKA 4K4QA 5P71A 4E43A 2HS2A 5P85A 3CIBA 4B1DA 3VFBA 2QD8A 7HVPA 4LAPA 1LYWA 4Y5PA 1K2CA 5P4OA 5P0KA 5P6YA 5BRYA 1G2KA 5P23A 1M0BA 4DQHA 1LYBB 1W51A 3QI1A 4D83A 1MVPA 3CYWA 2J9KA 4DJRA 2AOEA 5AHBA 3CMSA 5AH8A 2ZJNA 5P56A 3SA4A 5P6TA 2Q11A 2HM1A 1B6PA 2Q5KA 3PI0A 3FNTA 3IAWA 1K1TA 4S1GA 4Y3QA 1YTJA 2B42A 3QVIA 2P3BA 5P5MA 3UCBA 2WF3A 4R92A 1K1UA 2B7FA 2G22A 5P3VA 2IS0A 2FXDA 4FE6A 4ZPEA 1MT7A 4Y41A 2G1NA 5KQZA 4BEKA 3BXRA 3O9LB 1HXBA 2PWCA 5P5RA 4J0PA 1G35A 3B7VA 4Y4GA 4NJTA 1ZJ7A 5P6JA 4ER4E 2FNSA 3PHVA 4YD3A 1IBQA 2BKSA 2OHSA 1LYAB 1K6CA 5P4LA 5P3AA 4Y5LA 5J25A 5P6IA 5P7TA 4Y51A 3SO9A 3OHFA 1AVFA 5CLMA 5SY2A 5KR2A 1MTRA 1SIPA 1A8GA 5IS4A 4J0TA 2RSPA 3VV8A 4EJKA 3SFCA 4Y3HA 5P7OA 1LZQA 5DGUA 2APRA 5P3UA 5P8PA 5P2RA 2P4JA 1CMSA 5P6AA 4YCTA 3QROA 5P1LA 4H1EA 5P3IA 1HVSA 3RTHA 2IQGA 5P7NA 5P32A 3UDYA 4DJYA 1EEDP 4D88A 4Z22A 5P0FA 2RKGA 2Q54A 5I3WA 5P3LA 3A2OA 1EAGA 4RYCA 4DPFA 3TKWA 2QP8A 4RVJA 4QJAA 3NDUA 2AZBA 5P5DA 3JVYA 5P4BA 2V13A 3TKGA 1A9MA 4OD9A 5P1QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y3E A;  5P0B A;  2CEN A;  2AOJ A;  3NU4 A;  3SA8 A;  2IKO A;  3VSX A;  1HVK A;  1ZPK A;  4GJB A;  5P18 A;  5OZD A;  1ODW A;  4J0Y A;  9HVP A;  2V12 C;  3QIH A;  5EZZ A;  5P61 A;  3RTN A;  2ER6 E;  1KJF A;  4FLG A;  5P3Z A;  5F00 A;  2HAH A;  4GZF A;  5P4K A;  5COK A;  3ZKN A;  1SBG A;  4J1E A;  4J17 A;  1EPR E;  1LYA A;  5P87 A;  2I0A A;  3DV1 A;  2Q63 A;  1BV9 A;  1PRO A;  5P60 A;  5OZH A;  5P27 A;  5P0E A;  1B5F B;  1AZ5 A;  4RYG A;  4YHQ A;  2QMP A;  1ZSR A;  5P0J A;  5OZB A;  2QU3 A;  5E5K A;  3LIX A;  3GI0 A;  3EM3 A;  5HE7 A;  1CZI E;  1EBW A;  4DV9 A;  4KB9 A;  5P8O A;  2OHQ A;  5P8E A;  5HU1 A;  2P8H A;  2CEJ A;  1AJX A;  4Y3W A;  3LZY A;  2OHK A;  5P2Y A;  1Z1R A;  5DQ2 A;  5OYX A;  1APT E;  1D4L A;  5P6Z A;  1HWR A;  8HVP A;  2PSG A;  5P4G A;  4Y57 A;  5P1R A;  4JEC A;  5UPJ A;  5OZJ A;  5P46 A;  5P6O A;  1EBY A;  1IVQ A;  2IGY A;  4B1C A;  4IVT A;  3EL5 A;  3UDJ A;  5P0C A;  5P5B A;  5P07 A;  4Y3D A;  5P5W A;  5P1S A;  3HZC A;  3U7S A;  1BXQ A;  3S43 B;  1RL8 A;  1VIJ A;  2HB3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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