4F75A

Crystal structure of active hiv-1 protease in complex with the n terminal product of the substrate rh-in
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase product
molecule keywords Protease
publication title Crystal Structure of active HIV-1 Protease in Complex with the N terminal product of the substrate RH-IN
rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4f75A00
4ZPEA 3OXWA 1GVWA 5DR3A 5P1FA 5P70A 3LZSA 4QJ6A 5P33A 3INHA 5P3DA 5P41A 4R91A 2ASIA 2G1NA 2F3EA 1K6PA 2I0DA 4CMSA 3EL9A 1XS7D 4I1CA 2CENA 3BUFA 3EL0A 1MTBA 1XL5A 5P8FA 2NXMA 3D1XA 3OXXA 1HIHA 5HDXA 2F81A 1HBVA 3EKTA 3Q4BA 2AQUA 3B80A 3NDWA 3ST5A 5P5JA 4EXGA 2FXDA 2NNPA 4J54A 4Y3GA 5P1KA 1BV9A 5OZCA 5P4SA 2QD8A 4Y38A 4F73A 3OXCA 1HHPA 3ZPTA 5HD0A 3A2OA 5P27A 1BVGA 3OQAA 1HVSA 2WF3A 3NDTA 2VA7A 1LZQA 3N4LA 1HVCA 3SACA 1LYWA 2FDDA 5P8QA 1PSOE 2WF1A 4I0IA 5P0IA 5OZFA 3S53A 1AJXA 3BUGA 5P47A 1HIVA 5P68A 4FIVA 1G6LA 4RZ1A 2O4SA 5P1JA 2UY0A 3APPA 1FGCC 3HD8A 3TOHA 5P3YA 5P8VA 5OYZA 1EBYA 5P15A 5P5DA 5JFPA 2NMYA 1ZLFA 2G21A 4EP2A 5P4FA 1QBSA 3TPJA 1G2KA 2O4KA 4RCFA 5P2LA 1SP5A 4Y3YA 1LF3A 4DJWA 2I4DA 2G1RA 3D3TA 5OZWA 5P0RA 4Y9WA 2JXRA 3K4VA 2QHZA 4H3JA 1ZBGA 5P54A 1PPKE 3LIZA 2AVOA 5P7MA 2G27A 3VSXA 4GJ5A 3PLDA 2WF4A 2B60A 3S2OA 3IN3A 4H3GA 3INDA 3S54A 4OC6A 3QS1A 4GB2A 5P56A 2APRA 3VYDA 5KQYA 1ODYA 4PZXA 4J0ZA 3L5CA 5OZ8A 1PPLE 5P75A 1ZPKA 3VSWA 2R5QA 4J1CA 5BS4A 2FS4A 5P1GA 1HVLA 5OZJA 5OZMA 1EC2A 4MC2A 2B7FA 4H1EA 4EYRA 3LZUA 5P6OA 1T6GA 2ZE1A 3NUOA 5P85A 3VV6A 4A4QA 4Y43A 5P7IA 5OZDA 5I3VA 4DQCA 3KMYA 1BIMA 2R3WA 3OUDB 2WJOA 5P0GA 4R92A 5P2DA 2WKZA 4DQGA 5P6SA 3IXOA 3H5BA 3LIVA 5P11A 5P4QA 3KFNA 1HXBA 4RRNA 2G1SA 5OZBA 3ECGA 3SA9A 1XN3A 3ER5E 4Y3TA 5DR0A 3HW1A 4HE9A 5OYUA 1E81E 4YBFA 5P0PA 4PEPA 4Y41A 1FIVA 3PRSA 5P7WA 2ZDZA 1B11A 4TRZA 4L6BA 5JFUA 1XN2A 4J17A 5P1BA 2QI4A 4GJBA 1YG9A 1FQXA 1TCXA 3L3AA 3TKGA 5BWYA 5DR8A 4ZSMA 3UQUA 3LZVA 1W5WA 4Y3QA 4GJ7A 5P32A 1B6KA 5P1NA 5P4CA 3EKXA 3PWRA 3UDYA 4S1GA 2VJ9A 4Y5AA 2R8NA 1D4LA 5P59A 1KJ4A 3EKWA 5P6HA 2QMFA 4DI2A 2WHHA 3PM4A 2AZCA 3RSVA 3CIBA 2QI1A 1TW7A 5I3YA 2PSVA 2Q55A 3QVIA 2PK5A 3KMXA 2ZJHA 4HVPA 3VF7A 5P4KA 5P36A 3EM6A 4I0GA 5P1YA 4EWOA 2HPEA 2IQGA 2F8GA 3NDUA 4DJXA 3KA2A 3SQFA 5P4GA 1EBZA 3EL5A 3ZOVA 5P2FA 3OXVA 1APVE 2JJIA 4Y4ZA 4BFBA 4YD5A 2ZJMA 5IVRA 5ENKA 5OYQA 1K1UA 4DJVA 2VS2A 4A6BA 1YM2A 4GJ9A 4JP9A 4Z22A 2FIVA 3QP0A 5P37A 2VJ7A 5P25A 5P1LA 5P3FA 5P5TA 1PPME 1PFZA 5P2AA 4LXKA 5P8DA 2P3BB 4FLGA 5P4AA 1K2BA 3I8WA 3RTNA 3T7PA 5P5XA 1RNEA 3BVAA 3TNEA 2RENA 5OZYA 3OUDA 4B1CA 1FFIC 5HE5A 2Q5KA 1KJFA 5P5UA 5P8PA 2FDEA 4X2LA 4AA8A 1K6CA 5P8TA 4Y5CA 1RL8A 4Y4XA 5P4IA 2IRZA 5P78A 2VIYA 1YM4A 5P48A 4JPEA 4CPRA 5P7DA 4Y35A 5APRE 4J1IA 5P63A 4GJDA 4Y39A 5P8KA 3KFSA 8HVPA 3SM2A 4Y4JA 1HWRA 5P1IA 3UPJA 3IVIA 5P61A 1QBUA 1QBRA 5JODA 3TPPA 3Q5HA 5P6KA 3Q6YA 1K6VA 4LXAA 5P4OA 3K5CA 5E5KA 5P05A 2P3DA 2EWYA 5P3PA 3UHLA 1FLHA 3ZPUA 1PROA 3KYRA 4CPXA 2XFKA 5DQ2A 4Y5GA 3CKTA 3VF5A 5P2RA 3NDXA 4APRE 4OBDA 3UDMA 2V10C 4PPHA 4Y4UA 2AVSA 2VIJA 4EQ0A 2VJ6A 2ZHSA 5P7GA 5P6QA 2O4NA 1HVHA 4NJTA 4QJ2A 2I4VA 3QRSA 4ZE6A 1META 5P4UA 3PHVA 1FF0C 5DQCA 5P60A 3OK9A 3PLLA 4FAEA 5P2VA 2OHQA 5P2TA 5P1OA 5P0QA 1MSMA 5TOLA 5IVSA 5P4XA 2G20A 1KZKA 5KR8A 4J0VA 5P28A 5P6WA 1NPWA 1HSHA 5P8RA 5P4VA 1UH9A 4RYGA 5OZEA 3LIYA 1SDTA 3OTYA 3PWMA 2JJJA 3WB4A 5IVQA 5P6NA 4YCTA 2BPWA 5P09A 5P51A 6FIVA 5P4BA 1JLDA 4I0HA 1ZTZA 3INFA 4Y3SA 4Y47A 1YTHA 1M0BA 3UDJA 2P3BA 1OEXA 3OOTA 4QLHA 1B5FB 3EXOA 3DUYA 4QGIA 4D8CA 3WZ8A 3UF3A 5P26A 3UCBA 4YD3A 1KJHA 4Y5MA 4B1EA 5P35A 1YTGA 5P0VA 5P6PA 5P39A 3ZLQA 2HM1A 5P2JA 1HRNA 3CKRA 1LF2A 1YTIA 1HTEA 5P16A 1ENTE 3URIA 5P3NA 5P22A 3R2FA 5OZRA 3NXEA 4RLDA 1APUE 1U8GA 1FMBA 5P3AA 1W50A 5P0JA 5P45A 2QMPA 3EL4A 3PCWA 3QN8A 5DQ5A 4EXHA 3I6OA 3K5FA 4Q1YA 5SZ9A 1BXQA 1E82E 2ANLA 5OZKA 5AH7A 2F3FA 2I4XA 1HEGE 5DGUA 1EBKC 1BILA 5P2MA 3QPJA 2V13A 3QI1A 4Y37A 4I0ZA 1T7KA 3S43B 5P0XA 4J1KA 4RVJA 4YHQA 1XDHA 2QZWA 2PYNA 5P6ZA 2VIZA 3LINA 1B6MA 4WTUA 5P66A 2VA5A 3VYEA 3OADB 2OAHA 2I4QA 5P4PA 2B7ZA 1IDAA 5P3LA 5AH9A 1MTRA 3KFRA 1NH0A 4R95A 4YOBA 3O9FA 4Y3WA 3RTHA 5P0WA 2BBBA 2QU2A 5P43A 5P6LA 3UFLA 5OZ3A 5P6AA 5P6XA 2PK6A 3IAWA 2R38A 3HAWA 4XKXA 3UFNA 4Y3EA 5DPZA 5P3ZA 5OYVA 5P1EA 2ER6E 2PQZA 1ME6A 5P6VA 1LS5A 4B78A 4E43A 4ZIPA 4CPSA 3KDBA 4LL3A 4Y3JA 5P62A 5P2YA 4Y6MA 3SO9A 2OHMA 4I0JA 1GNOA 3BHEA 4Y53A 5P6JA 4H3FA 5P3JA 2OF0A 5P5BA 4RRSA 3EKYA 3GGAA 3ZKQA 3OAGB 1K2CA 3NU6A 5HVPA 3NU3A 1SIPA 4LC7A 3VUCA 2O40A 5E5JA 4Y50A 2WEDA 4J0YA 5P7CA 1TZSA 4YBIA 4DQHA 4DJRA 4PZWA 1SMRA 4MC9A 5P2EA 2JE4A 1W6HA 4NPUA 2NMZA 2QD6A 5FIVA 5P5OA 3KFPA 1B5FA 1UH7A 2G1OA 5P8JA 3I7EA 3UDPA 5P17A 5P12A 4Q1XA 1SMEA 1AXAA 3K5DA 4M8YA 3EKPA 1RPIA 5P5YA 3JVWA 2Z4OA 1VIJA 5P31A 5P06A 3U7SA 3D1YA 5C9FA 3QAAA 4Y36A 3PJ6A 4KUPA 3VEUA 3RVIA 1XE6A 1IZEA 3CYWA 1FG6C 5P6TA 5OZHA 4GJCA 5P5QA 5P89A 1MT9A 3GGXA 5P2QA 5P8CA 1D4JA 4RCEA 4L1AB 3LHGA 2G26A 4FM8A 5P08A 3U71A 5OZNA 5OZGA 3PEPA 2VIEA 4Y3HA 3S43A 1OEWA 5I3WA 4LP9A 1MIQA 1QBTA 2HB3A 3AUPA 4PYVA 1C6ZA 2UXZA 3BVBA 5P3VA 1C6YA 1WBKA 5P4WA 5P6BA 4L7JA 2QHYA 5P50A 3OADA 5P00A 4GMIA 4Y57A 5P1UA 3S45A 3OUBA 5P8SA 2H6TA 4Y3RA 4Y58A 5CONA 5P0NA 1IBQA 4XXSA 2BPXA 1Q9PA 4DVFA 5P38A 2QI7A 2I4WA 3L5EA 3L38A 1HSIA 4R5NA 3JVYA 5KR0A 1T7JA 3FNUA 1FQ6A 5OZ1A 4DQFA 1AAQA 5P6GA 1APWE 3T11A 5P3IA 5P0MA 4D83A 3NYGA 5OYRA 5IS4A 5OZQA 1HPVA 1SGUA 2BKSA 4HA5A 1SIVA 5P5HA 5P5WA 2OHNA 2HIZA 5P8UA 2OHRA 3QBHA 5P44A 3DOXA 3IVHA 1FQ7A 5P3OA 2A4FA 3GI4A 3OAGA 2V11C 4Y3XA 5COPA 3CMSA 3S8IA 5OZLA 1DMPA 4GJAA 3TOGA 3EKVA 3EM3A 1D4SA 5P1RA 5P5NA 5P8EA 3OUAA 2F80A 5B18A 2I0AA 4Y3ZA 4D88A 2Q54A 4J1EA 3OQFA 4YD6A 1D4KA 3PSGA 3BXRA 4TRWA 1NPAA 2R3TA 3MWSA 1FQ8A 1K1TA 5P0OA 1RQ9A 4Y4TA 2FGVA 2WF0A 3O9HA 5OZPA 3PVKA 1UH8A 5P7NA 4Y3PA 4YCYA 4Y54A 3OU3A 5P5EA 5P5MA 4EJDA 5P6UA 1QS8A 5P1AA 2FDPA 4Y3NA 1GVVA 4JECA 3IXJA 3PSUA 5P4YA 3VFAA 4GJ6A 4BELA 1HVRA 1XL2A 2VKMA 3EBZA 4EJLA 5P18A 3FNTA 2R43A 1C70A 5P2WA 3NU4A 2BPZA 3CYXA 3SLZA 5P7LA 2QD7A 1IVQA 3IXKA 5P64A 5C9BA 1FFFC 4L1AA 5OYYA 2RSPA 3UQRA 1G0VA 1EEDP 4H3IA 1BDQA 1KJGA 5P1XA 1BDRA 4I10A 4D85A 3EC0A 5P79A 2IS0A 2V12C 5KR2A 4DJYA 1ZAPA 4ER2E 4YDGA 3T7XA 2FNSA 3I2LA 1HVKA 4EHCA 4XX4A 5P2XA 2RKGA 4YDFA 3OU1B 3T6IA 3GW5A 7HVPA 4EP3A 3QIHA 2ZHTA 2RMPA 4ZSPA 2QI3A 2HC0A 1LYAB 3S7LA 5F00A 2PYMA 4MC6A 5P1DA 5HDUA 1G35A 2FXEA 1MT8A 5P2HA 1GKTA 5P2OA 3GGVA 5P01A 4CPUA 5OYSA 2R9BA 2P83A 5P73A 4Y4EA 3BXSA 3L59A 5ER1E 5AH6A 4AUCA 5P8HA 4FRSA 3OOZA 4Y44A 4RVIA 3S56A 2G69A 5F01A 1TQFA 1OHRA 5P1VA 2O4PA 5KQZA 2B8LA 5P81A 1EPPE 1BAIA 3Q3TA 4I0EA 3PI5A 1J71A 4J55A 2IEOA 3K1WA 5P0UA 1UPJA 2P8HA 1ODWA 2IENA 1HSGA 1HEFE 2WEBA 1MSNA 5P5AA 5P3SA 3UQXA 2WF2A 5P0HA 5KOSA 4FSLA 3EM4A 3G70A 3OQKA 4Y45A 5P1QA 2V00A 4RCDA 5P7QA 2ZYEA 3TOFA 1E80E 3L5BA 5P1ZA 1A30A 5P2GA 3U6AA 2HAHA 1MERA 5AHBA 5I3XA 3PMYA 2QI6A 5P6MA 5P3HA 5DR7A 5P29A 4B70A 4Y4BA 3UTLA 3KDCA 1NSOA 5P8MA 1QRPE 3BC4A 4COEA 1TSUA 5DR1A 1HTGA 1B6PA 4FE6A 5HCOA 1W51A 1CPIA 4J5JA 5P6EA 3SA6A 2QZKA 4DFGA 1FQ5A 5ENMA 1PSAA 5KQFA 5OZ0A 2OHLA 1HIIA 4K9HA 4B72A 2HS2A 3LITA 5P7ZA 1FMXA 1WBMA 2ZHUA 5SXNA 1IZIA 1MESA 3KT5A 2QI0A 5P5ZA 3TPRA 3DV5A 3OU1A 1FKNA 1Z1HA 4FRKA 1QDMA 3T3CA 4LHHA 3O9AA 1DIFA 1DAZC 2ZHRA 1LYAA 2AOIA 3FKTA 1GVUA 2QU3A 5P4LA 3R4BA 5P7KA 5P55A 5P0AA 5P3EA 5P4DA 1A9MA 3TL9A 3KN0A 5P83A 4N00A 5I70A 3OGQA 3O9LB 1MVPA 5BRYA 4Y3MA 1TCWA 2G1YA 5HCTA 5AHAA 1SGZA 4Y3AA 3DM6A 3NUJA 5OZZA 5HE7A 3T7QA 5P13A 3FV3A 5P46A 4ER4E 4TVHA 2QNPA 5OZ5A 5P1TA 5P7FA 4B0QA 3B7VA 4OBZB 2G22A 1SDUA 2NXDA 3PSYA 3R0WA 3SA7A 5KOQA 3BRAA 4DPFA 4NJVA 5HTZA 2QMDA 3I25A 5P6DA 1DP5A 3SA8A 4I8WA 3LZYA 2AOEA 3LNKA 3ER3E 4RROA 4GYEA 1F34A 2QHCA 1MUIA 2AZBA 1AJVA 5P0ZA 2SAMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ZPE A;  3OXW A;  1GVW A;  5DR3 A;  5P1F A;  5P70 A;  3LZS A;  4QJ6 A;  5P33 A;  3INH A;  5P3D A;  5P41 A;  4R91 A;  2ASI A;  2G1N A;  2F3E A;  1K6P A;  2I0D A;  4CMS A;  3EL9 A;  1XS7 D;  4I1C A;  2CEN A;  3BUF A;  3EL0 A;  1MTB A;  1XL5 A;  5P8F A;  2NXM A;  3D1X A;  3OXX A;  1HIH A;  5HDX A;  2F81 A;  1HBV A;  3EKT A;  3Q4B A;  2AQU A;  3B80 A;  3NDW A;  3ST5 A;  5P5J A;  4EXG A;  2FXD A;  2NNP A;  4J54 A;  4Y3G A;  5P1K A;  1BV9 A;  5OZC A;  5P4S A;  2QD8 A;  4Y38 A;  4F73 A;  3OXC A;  1HHP A;  3ZPT A;  5HD0 A;  3A2O A;  5P27 A;  1BVG A;  3OQA A;  1HVS A;  2WF3 A;  3NDT A;  2VA7 A;  1LZQ A;  3N4L A;  1HVC A;  3SAC A;  1LYW A;  2FDD A;  5P8Q A;  1PSO E;  2WF1 A;  4I0I A;  5P0I A;  5OZF A;  3S53 A;  1AJX A;  3BUG A;  5P47 A;  1HIV A;  5P68 A;  4FIV A;  1G6L A;  4RZ1 A;  2O4S A;  5P1J A;  2UY0 A;  3APP A;  1FGC C;  3HD8 A;  3TOH A;  5P3Y A;  5P8V A;  5OYZ A;  1EBY A;  5P15 A;  5P5D A;  5JFP A;  2NMY A;  1ZLF A;  2G21 A;  4EP2 A;  5P4F A;  1QBS A;  3TPJ A;  1G2K A;  2O4K A;  4RCF A;  5P2L A;  1SP5 A;  4Y3Y A;  1LF3 A;  4DJW A;  2I4D A;  2G1R A;  3D3T A;  5OZW A;  5P0R A;  4Y9W A;  2JXR A;  3K4V A;  2QHZ A;  4H3J A;  1ZBG A;  5P54 A;  1PPK E;  3LIZ A;  2AVO A;  5P7M A;  2G27 A;  3VSX A;  4GJ5 A;  3PLD A;  2WF4 A;  2B60 A;  3S2O A;  3IN3 A;  4H3G A;  3IND A;  3S54 A;  4OC6 A;  3QS1 A;  4GB2 A;  5P56 A;  2APR A;  3VYD A;  5KQY A;  1ODY A;  4PZX A;  4J0Z A;  3L5C A;  5OZ8 A;  1PPL E;  5P75 A;  1ZPK A;  3VSW A;  2R5Q A;  4J1C A;  5BS4 A;  2FS4 A;  5P1G A;  1HVL A;  5OZJ A;  5OZM A;  1EC2 A;  4MC2 A;  2B7F A;  4H1E A;  4EYR A;  3LZU A;  5P6O A;  1T6G A;  2ZE1 A;  3NUO A;  5P85 A;  3VV6 A;  4A4Q A;  4Y43 A;  5P7I A;  5OZD A;  5I3V A;  4DQC A;  3KMY A;  1BIM A;  2R3W A;  3OUD B;  2WJO A;  5P0G A;  4R92 A;  5P2D A;  2WKZ A;  4DQG A;  5P6S A;  3IXO A;  3H5B A;  3LIV A;  5P11 A;  5P4Q A;  3KFN A;  1HXB A;  4RRN A;  2G1S A;  5OZB A;  3ECG A;  3SA9 A;  1XN3 A;  3ER5 E;  4Y3T A;  5DR0 A;  3HW1 A;  4HE9 A;  5OYU A;  1E81 E;  4YBF A;  5P0P A;  4PEP A;  4Y41 A;  1FIV A;  3PRS A;  5P7W A;  2ZDZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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