4F76A

Crystal structure of the active hiv-1 protease in complex with the products of p1-p6 substrate
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase product
molecule keywords Protease
publication title Crystal Structure of the active HIV-1 Protease in Complex with the products of p1-p6 substrate
rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4f76A00
4FCOA 5P1DA 2P83A 1LYWB 1D4HA 5P3DA 3GI5A 3G72A 5P0FA 5P2OA 3BRAA 1HPSA 1FQ7A 3EXOA 1SMEA 3VYEA 3RSVA 5HCTA 5P7SA 4QJAA 3I6OA 2V11C 3ER5E 5P0KA 3JVWA 5P7BA 4I0DA 5P7ZA 2G69A 3IXJA 5P4EA 5P4ZA 5P0IA 4RVJA 5P4TA 5P8QA 4OC6A 2ZYEA 5P3FA 5P87A 2PYNA 3GW5A 3UHLA 2O4NA 4ZPEA 5P0NA 3UDJA 3OUCA 5OZBA 4LXAA 3B7VA 3L59A 5P5SA 5CLMA 1BXOA 2B7FA 4N00A 1GKTA 5COOA 5P6UA 5OZKA 1SBGA 1YM4A 1M0BA 4J1IA 3WB4A 4B70A 5P54A 4B05A 1E81E 2VJ6A 2I4XA 3IN4A 4GIDA 5P38A 5P4AA 4J0YA 5P5IA 5P51A 4B00A 4Y4ZA 3NDWA 5P5TA 1U8GA 3BUGA 4B78A 5P0XA 3S43B 1HWRA 1K1TA 5P7PA 3VG1A 4RCFA 3IXKA 5P7WA 3BXSA 1DP5A 5P1FA 4EP3A 4M8YA 3MXEA 4Y5AA 3K5FA 4YCTA 5P3HA 4B72A 4CPWA 4NPTA 4K4QA 1YTIA 1D4LA 5FIVA 3T3CA 3BXRA 5IVRA 5P1QA 5P8CA 3T7PA 1LF3A 2PC0A 4DJWA 5P1KA 1PFZA 5AHAA 1MT7A 3EL9A 3GI0A 3EKVA 4Q1YA 2R9BA 2WEZA 4NJUA 5P20A 4EQ0A 1HHPA 1XE6A 4L7JA 5P75A 3IVHA 5P82A 5P2XA 1HEGE 3K4VC 2I4UA 5P56A 2QMPA 2FDDA 2B7ZA 3IXOA 3SA8A 2QP8A 5P0BA 3EL0A 1D4KA 2ZJMA 2BKSA 2QU2A 4HDBA 4UPJA 5EZXA 1QBTA 1IVQA 1EAGA 4LC7A 5P7KA 2QCIA 3OADA 5DQ2A 2FDEA 1K1UA 3LIVA 3D1ZA 5P8EA 5UPJA 4DVFA 5P2KA 4QJ2A 2PMAA 1WKRA 4DUSA 5HU1A 1FG6C 5P6YA 4Q1NA 2AOGA 3KFNA 2RMPA 3NU5A 5OYTA 1E82E 1MUIA 1RV7A 4Y35A 4Z22A 3KM4A 2WEBA 5P48A 5P50A 4M8XA 3R2FA 5HE4A 5P8KA 4PZWA 5P41A 5P4RA 3SA5A 5P3BA 5P43A 5AH9A 5P81A 5P10A 1IBQA 3R0YA 4Y45A 1WBMA 5HCOA 5ISJA 5P2VA 4J0TA 1XE5A 4Y48A 4EJLA 4YD6A 8HVPA 4R5NA 5P3SA 5P11A 4MC6A 5P32A 5P17A 2NNPA 4S1GA 5P2GA 3OU4B 4EPJA 4A4QA 3FKTA 3QIHA 4J54A 3SFCA 3UDMA 3FV3A 3IAWA 1XDHA 2HC0A 4Y54A 1ZSRA 3NU9A 5P0AA 3CYXA 5OYVA 4JP9A 5EZZA 1GVXA 3AUPA 2Q15A 5P0OA 3HAWA 5P70A 4L7HA 2BKTA 4B0QA 3TOGA 3DV5A 4Y41A 5P0SA 1RNEA 1NH0A 5P25A 2ZHRA 5P6CA 4FM8A 1B6PA 1BVEA 2ANLA 1GVTA 2PH8A 5P1XA 6APRE 3R4BA 2FMBA 3KYRA 3OQ7A 5KAOA 4COEA 1W6HA 4DQBA 5OZWA 5P4VA 4I0HA 5ENMA 5OZCA 5P4SA 1PSAA 3UDPA 4Y3AA 1Z1HA 3GGVA 3WSJA 1IIQA 3DJKA 5C9BA 1AM5A 5APRE 5P35A 2V12C 4Y4WA 5P3EA 3KDDA 1DAZC 5P2YA 4ER2E 3ZMGA 3HLOA 5HD0A 1KJ7A 1HVJA 3VFAA 5P71A 5P6WA 5P88A 4Y4JA 4EWOA 3SQFA 4Y4GA 1KZKA 4GJ9A 4DJYA 1HXWA 3HBOA 4CP7A 4U8WA 4RRNA 4J0VA 2ZDZA 1BDLA 2AZBA 4Y3WA 4Z4XA 5P14A 4Y39A 5P6NA 2QNPA 1M43A 4ZE6A 4JECA 4RYCA 4HDPA 2G1NA 5P53A 4B1DA 2AVOA 3EM3A 3NDXA 4NJVA 2ZJKA 1PPLE 1EPQE 5P67A 1HPVA 1TCWA 6UPJA 1FKNA 5P5YA 5P0TA 2QI3A 5P3AA 1DMPA 4I0ZA 4BFBA 3LZVA 1BV9A 5SY2A 2SAMA 5P8HA 3NLSA 5OZ2A 4XX3A 3Q3TA 2IKUA 5OZHA 5P4CA 5C9DA 4Y43A 5JFUA 3IA9A 2G1RA 1TQFA 3S45A 1PSOE 3Q6YA 2VA5A 5P2HA 1YTJA 2AZ9A 2AOEA 5P80A 1HOSA 4Y38A 4CPUA 2ZJNA 3KFRA 1K6PA 4R91A 1W6IA 4OD9A 5ER1E 1HVHA 1LV1A 2FGUA 2FIVA 5P1WA 5OZRA 4EYRA 5T4SA 5P65A 2CENA 2OHQA 2VIYA 5COPA 2ZJJA 3PBZA 1GVVA 2J9JA 3WZ8A 4Y4DA 5P46A 2BJUA 5P52A 5P7AA 4Y36A 3EL5A 3UFLA 5HE5A 4F73A 5P0UA 1LS5A 4Y5PA 3QI1A 5P5OA 1ZPKA 5P6JA 2IQGA 2ASIA 4J1FA 1B6KA 1HIVA 1JLDA 5P5JA 2WF1A 1BXQA 3SKFA 2HM1A 5P6HA 2VA7A 4KE0A 3TPJA 4PHVA 1YG9A 4H3FA 1HIHA 1LYBA 1ODWA 2I4DA 1SGUA 3LNKA 5P2SA 5P3LA 1MVPA 4CMSA 5P23A 1FQ6A 4H3IA 4I10A 3VYFA 4CPQA 1LYAB 5P1MA 3G6ZA 3FIVA 2B8LA 5DQ1A 4RCDA 5OZ6A 5P00A 1EEDP 3D20A 4Z50A 2FDPA 4GJ6A 4YD4A 4EXGA 3Q4BA 3OADB 3ST5A 4Y5CA 2VKMA 3ZPSA 1ENTE 2QNQA 4NKKA 1IZDA 1GVUA 2WF4A 4J55A 3PVKA 2G1YA 5P47A 5DR1A 1ZBGA 1B6MA 3KMYA 1IVPA 5P2MA 5P66A 3CIDA 5P3KA 3OU4A 2I1AA 4D88A 5HTZA 5OYXA 4MC1A 1B5FB 3EM6A 5P4MA 3LPIA 4D85A 3PCWA 3PI5A 4Y4BA 5P5ZA 3T11A 3UDNA 5OZPA 5P0GA 5P12A 3ZPUA 4FIVA 4CKUA 2P3BB 1FMBA 5P0HA 1BAIA 3FNTA 5P4QA 1HVSA 4DQEA 5P5DA 3K5GA 2ZJLA 1UH8A 3ZL7A 5JFPA 4Y3MA 2AOIA 3B80A 3DK1A 3L5FA 2APRA 5HDVA 5IVTA 3PSGA 1ER8E 5P78A 3RTMA 2UPJA 3LZUA 1B11A 3SA9A 4Y44A 4APRE 3MSKA 3LIYA 1TZSA 5F01A 5HE7A 5P2UA 5P7GA 5P7FA 1HVRA 4I1CA 4EJKA 2NMZA 4HLAA 5OYWA 4B1EA 5P8RA 4Y9WA 3VSXA 1DW6C 1NPWA 3NWQA 1EPME 1PROA 5P0CA 5P26A 5P4BA 5P6RA 3OQKA 2AVSA 5P7NA 4EHCA 2MIPA 5P2AA 3NDTA 1T7IA 4I0GA 4YOBA 5P1UA 5P6LA 4QJ8A 2QI1A 3UF3A 2QD7A 1N49A 3UQXA 1B6JA 4FAFA 1NSOA 1MERA 4Y58A 1SH9A 2ER6E 3FX5A 2BQVA 3NU6A 4NJSA 5P8GA 2F8GA 3OXWA 2FNSA 2Z4OA 3H5BA 3PB5A 5P2TA 1ME6A 4FGXA 3S85A 5P8SA 4FSEA 2FGVA 3HZCA 2WECA 3SA4A 5P6SA 5P5WA 5P7IA 5P8AA 5KOSA 3D91A 5P4XA 5P5QA 4Y3EA 5C9FA 1K6VA 1XL2A 1TSQA 4I8ZA 1IZEA 3DUYA 4EP2A 3O9AA 5HDZA 2G27A 3LHGA 4U7QA 4Y4EA 5P0PA 3KMXA 2WF3A 3OWNA 1C6ZA 5DQ4A 4RLDA 5IS4A 1SIVA 4I0FA 2I0AA 5HVPA 4Q5MA 3ER3E 5DQ5A 4R93A 3OGQA 3ZKGA 3EL1A 1YM2A 2PQZA 4ZSQA 1K6TA 2ZHSA 3UFNA 4B77A 5OYSA 1BIMA 1ZP8A 3TKGA 3F9QA 5OZFA 3EKWA 5OZ0A 5P8TA 2OAHA 2AZ8A 1EC1A 4Y5EA 3FNUA 1A9MA 1SDVA 1QBSA 5BS4A 2G26A 4K4PA 5P5RA 2I0DA 1HVIA 5P1IA 3UQUA 5OZ8A 4H3JA 1BVGA 3SACA 4EJDA 1C6XA 3U71A 3PCZA 1VIJA 5DR8A 5OZUA 3ZKNA 3DV1A 6FIVA 1FFFC 1TCXA 4I8WA 2Z54A 1VIKA 4J1HA 4FRSA 4GJAA 2I4WA 3M9FA 4HVPA 4Y4AA 4Y5LA 4FLGA 4OD9B 3NR6A 1ZPAA 3NDUA 2IENA 5OZ9A 4L7GA 9HVPA 5P06A 1AIDA 1E5OE 5P5MA 1FLHA 3PGIA 5P5HA 2NNKA 1YTHA 3RSXA 4ZIPA 4QJ9A 5P42A 2J9JB 4J17A 4K4RA 3MWSA 3RTNA 4OBFA 3O9HA 4KUPA 3K4VA 4YA8A 3TLHA 4D8CA 4YHQA 2Q11A 2QAKA 1OHRA 1D4SA 2O4KA 1LYAA 5P5AA 5P0VA 4AA9A 1W50A 5P4GA 5P39A 4Y4TA 5P3TA 1SP5A 4FSLA 3QN8A 5IE1A 2PSGA 5P15A 5P5XA 3QVIA 4Y3NA 1LYBB 4Y5MA 5OYQA 1IDAA 3TH9A 1KJHA 4Y3GA 1FEJC 5KQZA 3S8IA 5P62A 3BGCA 3PSUA 5P40A 4I0IA 3SA3A 5P33A 5P1PA 5P44A 4Q1XA 5P28A 3TTPA 2F3FA 2WF2A 2CEMA 2F3KA 1FQXA 5AHCA 2RKFA 3KDCA 3OOZA 2XFIA 5P07A 2H6SA 2PK5A 7UPJA 2OHKA 1BWBA 3QRSA 1B5FA 3I7EA 3BVBA 1G2KA 4F75A 1PPME 2PYMA 2B60A 5P2QA 4YD3A 4J1EA 3UCBA 5P8PA 3OU1B 2P3BA 7HVPA 3WZ6A 1GNOA 1AAQA 1F7AA 1MTBA 1GNMA 2QZXA 4GJ5A 4J5JA 4DPIA 5P1AA 3O9EA 3KFSA 4RRSA 2WHHA 4QGIA 3URJA 4DJXA 2OF0A 2QI6A 4Y3FA 1HPXA 4PPHA 1MEUA 3TPLA 4FM7A 3KA2A 5HU0A 1ZSFA 3QRMA 5P1VA 3GGXA 2IGYA 3ZPTA 2IRZA 1UH7A 5P3IA 3ZKQA 4DPFA 2Q5KA 3S7MA 1MRXA 2HB2A 2QZKA 2QMGA 5P6GA 3UDQA 4MC2A 2OHLA 3OQAA 2ZE1A 3ZKMA 1HVKA 1G6LA 4EQJA 3SABA 1OEWA 4CPTA 3LITA 4Y3LA 5P6OA 5P2ZA 2WKZA 2QU3A 1HRNA 2QHYA 3DM6A 5B18A 2ER7E 1META 1HSHA 5P0ZA 4YE3A 5P0DA 2HB4A 3OAGB 2JE4A 3HDKA 3NXNA 3PEPA 5P7RA 1ZJ7A 3EMYA 5P4IA 2PH6A 4KB9A 5P57A 4ZPFA 5P05A 5OZ4A 2QI7A 5P83A 3KDBA 4MC9A 5I3VA 5OZAA 5OZYA 4RVIA 5P1BA 1IZHA 1HSGA 2R43A 5P22A 2HS2A 5COKA 3ZKIA 3CIBA 2G24A 3PBDA 1FIVA 4DJPA 5P77A 3L38A 5OZIA 2IKOA 5P89A 4YDFA 2QI4A 3K5CA 5PEPA 5P4NA 5JODA 1AJVA 3O9CA 4XXSA 3DCRA 3INFA 5ISKA 2NXDA 5P5GA 1HTEA 2VIEA 3D1YA 5OZZA 2OHPA 3S2OA 3LIQA 4FM6A 1J71A 3INDA 4DFGA 5P68A 2ZHTA 1EPNE 5P3QA 1HXBA 5J25A 2WL0A 1APWE 4FL8A 5P13A 1HTGA 4Y3RA 1W51A 2PWRA 1W5VA 5P30A 1GNNA 2AVVA 1XN3A 4Y5KA 2R3WA 4FRJA 1ZTZA 3RU1A 1G35A 1HEFE 1AJXA 1NPAA 5P7VA 4GJCA 4DQHA 1C70A 4YBFA 3S7LA 1RQ9A 5P5PA 4Y5NA 1YX9A 5DPZA 5OZSA 3ZKXA 4FRKA 4Y56A 4XX4A 1EPRE 1EPOE 4Y3HA 3NU4A 5P7DA 5P6VA 5OYYA 3WB5A 2G21A 4OBZA 1EC3A 4L1AA 3VLBA 1W5YA 1AVFA 1QBUA 2QD8A 3CMSA 5P01A 3VV6A 5P1HA 2ZGAA 3NU3A 3CKPA 1ODYA 4Y53A 5OZTA 4EJ8A 3NUOA 5P5LA 3KF0A 2QHCA 4WY1A 3LPKA 3GGUA 2EWYA 3D1XA 1W5XA 5P7YA 1LEEA 3LIZA 2B8VA 1MTRA 2BPYA 4PEPA 3VF3A 5P8VA 4H1EA 1D4YA 3BC4A 1UH9A 2ZJIA 5DR0A 5P6EA 2A4FA 1YTGA 1CPIA 3S54A 4LHHA 4JPCA 2V16C 3VCMA 5P03A 5OZQA 4OBGA 3L58A 1QBRA 1EC2A 4QLHA 4LXKA 5OZEA 2H6TA 5P2RA 1D4JA 3BUFA 2Q3KA 3DOXA 1W5WA 5P31A 2NXMA 2B42A 1LZQA 4TVGA 1MIQA 4JPEA 1UPJA 2WF0A 5IVSA 5P08A 4DJQA 4IVSA 3HVGA 1SDTA 4AZYA 3UPJA 4NJTA 3U7SA 4OBKA 3EM4A 3TL9A 1QDMA 5AH8A 2QI5A 4RZ1A 5P3CA 2IGXA 5P2NA 5P19A 3RTHA 5P5VA 3Q70A 3HVPA 1APTE 1APUE 3SA7A 2G22A 1FGCC 4Y5GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FCO A;  5P1D A;  2P83 A;  1LYW B;  1D4H A;  5P3D A;  3GI5 A;  3G72 A;  5P0F A;  5P2O A;  3BRA A;  1HPS A;  1FQ7 A;  3EXO A;  1SME A;  3VYE A;  3RSV A;  5HCT A;  5P7S A;  4QJA A;  3I6O A;  2V11 C;  3ER5 E;  5P0K A;  3JVW A;  5P7B A;  4I0D A;  5P7Z A;  2G69 A;  3IXJ A;  5P4E A;  5P4Z A;  5P0I A;  4RVJ A;  5P4T A;  5P8Q A;  4OC6 A;  2ZYE A;  5P3F A;  5P87 A;  2PYN A;  3GW5 A;  3UHL A;  2O4N A;  4ZPE A;  5P0N A;  3UDJ A;  3OUC A;  5OZB A;  4LXA A;  3B7V A;  3L59 A;  5P5S A;  5CLM A;  1BXO A;  2B7F A;  4N00 A;  1GKT A;  5COO A;  5P6U A;  5OZK A;  1SBG A;  1YM4 A;  1M0B A;  4J1I A;  3WB4 A;  4B70 A;  5P54 A;  4B05 A;  1E81 E;  2VJ6 A;  2I4X A;  3IN4 A;  4GID A;  5P38 A;  5P4A A;  4J0Y A;  5P5I A;  5P51 A;  4B00 A;  4Y4Z A;  3NDW A;  5P5T A;  1U8G A;  3BUG A;  4B78 A;  5P0X A;  3S43 B;  1HWR A;  1K1T A;  5P7P A;  3VG1 A;  4RCF A;  3IXK A;  5P7W A;  3BXS A;  1DP5 A;  5P1F A;  4EP3 A;  4M8Y A;  3MXE A;  4Y5A A;  3K5F A;  4YCT A;  5P3H A;  4B72 A;  4CPW A;  4NPT A;  4K4Q A;  1YTI A;  1D4L A;  5FIV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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