4FAEA

Substrate p2/nc in complex with a human immunodeficiency virus type 1 protease variant
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Higher desolvation energy reduces molecular recognition in multi-drug resistant HIV-1 protease
rcsb
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2012-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4faeA00
3S45A 2QNQA 4X7IA 2O4LA 4AMTA 2R43A 4HVPA 3LPJA 3APRE 3IN3A 3SA8A 3VF7A 3QRVA 5P48A 5IVRA 4K4PA 2AZBA 3OAGA 1LF3A 3IXJA 5P32A 5KR8A 3INDA 2ZJMA 3VSWA 5P2YA 5P4HA 2WECA 5P4QA 4EQJA 3K4VC 1ZPKA 5OZTA 1A30A 2JE4A 5IVTA 3LZSA 3PWRA 3UHLA 4MC6A 5P6TA 5P49A 3S8IA 3O9HA 5P7PA 4DVFA 1GVXA 1HOSA 4FS4A 3OHFA 1MUIA 3CMSA 1AZ5A 2A1EA 2FXEA 2FDEA 5ISKA 1PPME 2XFIA 1ZPAA 4J0ZA 3EKQA 1M43A 3L5DA 4Y5CA 1BDRA 1UPJA 2I4XA 1T7KA 3VUCA 1ME6A 5P3NA 3QVCA 2FNTA 4RYGA 5P3MA 3ER3E 4D88A 4TRZA 2HC0A 4APEA 5OZOA 5P0JA 3MSJA 2PMAA 2BKSA 5COPA 4DJXA 2AOFA 1IZDA 5HU1A 1ZLFA 2VIZA 4GB2A 5P8PA 1ZP8A 2BJUA 1ENTE 3O9DA 1FKNA 3H0BA 1IVPA 2XFJA 5P0VA 3BC4A 4GJ6A 2CENA 1F34A 4CPXA 3TPRA 3WZ6A 4KE1A 4Y3ZA 5DPZA 3MSLA 2VNMA 5P4VA 3LNKA 4U7QA 4U8WA 4XX3A 1BV7A 4Y5LA 5OZGA 2ZJNA 1YTJA 5ER2E 5P2GA 2I0AA 2VJ9A 5P1DA 3QAAA 5P23A 4QJ9A 5P0FA 2WF2A 2FGVA 1QDMA 3PHVA 4ZSMA 4Y43A 2O4SA 1OEWA 4IVSA 4CPWA 4YDFA 5P6UA 3EKVA 5P7TA 5P71A 4L7JA 4ER1E 4Y4WA 2VJ7A 1E80E 4YD3A 2PSUA 1W6IA 5PEPA 2AODA 4YCKA 4DQEA 4XX4A 1BV9A 5HDXA 5P3WA 2HM1A 3GGVA 3SA7A 5OZHA 1ZAPA 3HAWA 4J0YA 2XYFA 4JECA 1XDHA 1HVKA 4F75A 5OZJA 3SAAA 2B7FA 1HTRB 5P0SA 4M8XA 3KT5A 5P76A 2VKMA 4KB9A 5OZYA 5P8DA 3KA2A 4JPCA 5P1CA 4YD4A 1TW7A 1MT7A 2PSVA 4ZSRA 4GJBA 4CKUA 1NSOA 3BUGA 4DQBA 1GKTA 4I0JA 3LIQA 4AUCA 4PEPA 3IA9A 2ER9E 5P63A 3LPIA 2ZHVA 3OUDA 3VFBA 2G1RA 4XKXA 1K6CA 2WF4A 5P4XA 4WY6A 1LF4A 4FAFA 2VA5A 1Q9PA 5P50A 2AOEA 1MIQA 2J9JB 4Y4GA 5P17A 1AAQA 1OD1A 5HDVA 4Y3FA 1PFZA 2WEAA 4LAPA 4R91A 3SA9A 4Z2ZA 2ZGAA 3B80A 1TCXA 1B6LA 5IS4A 5P26A 3PSYA 5P8JA 4OBHA 3NU4A 5P0GA 4LL3A 4HDBA 3OTYA 2OHLA 3S56A 3LZUA 5P2HA 1MSMA 1G0VA 3L5FA 1K6TA 4I11A 5P5OA 5P5AA 3LITA 4J17A 2I4VA 3SKFA 2FLEA 1FQ5A 5P2IA 3O9FA 1ZSRA 3VV6A 4GJAA 1LZQA 3OK9A 3QBHA 5P61A 4EXHA 3SFCA 4Y3EA 4F74A 3VLAA 1PSAA 2QP8A 3QN8A 5P30A 1ODWA 5P8CA 2A4FA 3EBZA 5P8MA 5P3UA 4H3IA 3MXDA 5DGUA 5P3TA 2HS2A 3RSXA 1YTGA 3LIZA 3CIBA 4QGIA 1AVFA 3PCZA 4Q1NA 5P3JA 3IVIA 2J9KA 5P24A 5OZ2A 3NDWA 5P4DA 5P5NA 5HD0A 4I0FA 2P3BB 4RCFA 5OZAA 2F3EA 3CYXA 4J5JA 5DR4A 2ZE1A 4Y4TA 2F80A 2NXMA 5P0IA 5P1IA 4LXKA 4Y3GA 4Y3TA 4YA8A 1EBWA 3URLA 2OHTA 3KFSA 4GJ7A 4Y3WA 4Q1WA 1K6PA 5COKA 5P1XA 4OBJA 4B70A 5P2ZA 4WY1A 3O9LB 3EM4A 5OZPA 1RNEA 3VCMA 1OEXA 1HPOA 5DQ1A 3O99A 3OU1A 1XE6A 2OHQA 5P0KA 3Q5HA 5P2MA 1K1UA 1QRPE 5P6MA 4AA8A 5C9BA 2OHKA 3VYDA 4BEKA 3KT2A 5P8OA 3S53A 2WEDA 4DV9A 2MIPA 3NDTA 4Y54A 5BRYA 2XFKA 5P4RA 5P8AA 1W6HA 3OQFA 1SMEA 5P2SA 5P66A 5P3EA 5P7OA 5P44A 4Y5NA 4XXSA 1KJHA 5E5KA 2HAHA 1HEFE 4B77A 2NNPA 1Z8CA 1DIFA 2HB4A 3G6ZA 3UDHA 5P2QA 1QBRA 6FIVA 5P52A 3OQAA 2G21A 1D4KA 3O9EA 4A6BA 3PB5A 1FIVA 1GVUA 3D1XA 1C6ZA 3LHGA 2Q54A 5P85A 1HVHA 3RTNA 5P09A 3PEPA 5DQ4A 5P06A 5P1YA 3ZMGA 5P41A 5P37A 5CLMA 5HE7A 4I0GA 4L7GA 1FFIC 1FB7A 4MC2A 3G70A 5P4MA 3EKXA 2Q3KA 1EPME 1MSNA 1K2CA 3OY4A 1PPKE 3TKGA 5DR3A 4AZYA 5P1NA 3QRMA 1LS5A 4WTUA 5P1JA 5P77A 3L5BA 5IVQA 5HCTA 1XL5A 3VLBA 1T3RA 3OOTA 4DJPA 2ZHRA 5P1HA 1EBZA 4Y4XA 5OZ0A 5P1BA 1SDTA 3VYFA 5P8GA 3HW1A 5P5VA 4CP7A 1C70A 2QAKA 3VFAA 3U71A 4YDGA 1K2BA 4E43A 1AIDA 5P7SA 3D3TA 1EPQE 1KJ4A 1W5WA 4CPRA 4X2LA 5P7XA 1WBMA 4FIVA 1SDUA 1SP5A 5P4TA 3UDPA 3UF3A 5P0LA 5P8SA 5P3AA 3KMYA 4OBZB 2FDDA 4Y3JA 1SGUA 4DJWA 3HVGA 5P7FA 1QS8A 5P65A 5P5UA 4OD9B 3GGUA 2V12C 1EAGA 5P45A 4ZPFA 5P4WA 3ZPUA 3BVBA 4L1AA 2EWYA 3BUHA 3NLSA 5P8LA 5F00A 3Q6YA 3JVWA 3PCWA 5DQ2A 1KJFA 2AOGA 5AH7A 2AVSA 5P1AA 5P2CA 5OYRA 5OYUA 5KOSA 3SQFA 5P1GA 3R0YA 1HIVA 3DJKA 3HBOA 5P15A 2APRA 1VIJA 5OYVA 4Y50A 1LF2A 5P25A 1N49A 2QMDA 4LC7A 6APRE 3NU9A 3NWQA 2V00A 1FG6C 2Z54A 3CKTA 4I0DA 3ZKNA 3LIXA 3UDMA 3I25A 1HPXA 2Q5KA 4QLHA 5OZBA 1PPLE 3NWXA 5P1PA 1IZIA 5HDZA 5FIVA 1GVTA 4Y38A 5DR8A 5P62A 4L6BA 2BBBA 3UDRA 3JW2A 5OZ8A 4YD7A 5P40A 2NPHA 4CMSA 5P1KA 5P6VA 2IEOA 3IN4A 5ENKA 3VEUA 2P3DA 5P4YA 1FF0C 2QZLA 4K4QA 4Y4BA 5P4GA 3EL9A 4A6CA 4RRNA 4EWOA 4R5NA 5P7JA 3KF0A 3S2OA 3I6OA 1LYAB 2FS4A 4D85A 4D83A 5P2OA 4DJVA 5P83A 5JODA 4Y3RA 2ZHUA 7HVPA 2G24A 1QBTA 4GYEA 5I3YA 4Y35A 5P0ZA 2VIEA 5P89A 5OYXA 5P8UA 1JLDA 3CKPA 2FIVA 5P6HA 4TRYA 1W5VA 3PBDA 3OU4B 2HB2A 2F81A 5P7YA 1IDBA 3K5CA 5P4ZA 2BPVA 4Y3SA 1NH0A 3L59A 4YHQA 3I7EA 1ODXA 5OYZA 2AOJA 4HA5A 3GGXA 4ZPGA 4CPSA 5P3HA 2ER7E 1EPNE 5P7VA 2IRZA 1QBUA 3UDYA 4TVHA 5P67A 1TCWA 1EBKC 3ZOVA 3OUBA 2QI3A 1CPIA 3K5GA 5OZUA 5P5JA 1HTGA 5P22A 1HTFA 5P5MA 3OQ7A 5C9FA 3T11A 5P60A 2QMPA 1DMPA 1LYAA 5P7UA 1Z1RA 4DJRA 3VG1A 1IVQA 2CEMA 2I4UA 5J25A 2PK6A 2NMZA 5P5PA 2NNKA 4BFBA 2ZJKA 3QI1A 1FEJC 3TTPA 5P88A 5P6CA 2NXLA 5P68A 3K5FA 5P2TA 4F76A 3OU4A 2Q64A 4RCDA 1NPVA 3IGBA 5IVSA 1UH7A 2PC0A 3IAWA 1FG8C 1KZKA 2JJIA 5SY2A 5P43A 4YCYA 4B1CA 4FCOA 5P8HA 5P8NA 3K1WA 5P01A 1B6JA 5OZCA 3IXOA 1B6MA 1DP5A 2ANLA 2G26A 1DPJA 4B00A 1GNNA 4RROA 5P5TA 2PYNA 2AOIA 4D8CA 2QNPA 5P6DA 3NU6A 1M4HA 2AOCA 4QJ2A 2WHHA 4GZFA 5P5KA 3L5EA 5EZZA 2NR6A 3TPJA 5P1RA 1D4LA 4Y3MA 1BILA 3S43B 3A2OA 1EPOE 1G35A 2UY0A 1B6PA 1ODYA 3VF5A 1WBKA 3EL5A 3IXKA 5DQ5A 3QS1A 4R93A 4GIDA 1ER8E 1XS7D 1YTHA 3HZCA 4DQGA 5OZ4A 1B5FB 2G69A 5P1ZA 1OHRA 5P4FA 5P1TA 5DR1A 5HVPA 1C6YA 1BIMA 4QJ6A 5OZWA 2G1YA 5DGWA 1MTBA 2ZYEA 3OXWA 4QJ8A 5P2NA 5P1SA 8HVPA 5P2LA 5P2XA 1G2KA 5ER1E 2P8HA 5P8QA 3T7PA 3TLHA 3QRSA 3FNTA 3LINA 3SA4A 1TQFA 3Q3TA 3TPPA 3UQXA 3NDXA 4YBIA 2PSGA 5P04A 4EHCA 3PM4A 5P3FA 5AHBA 4N00A 4APRE 5HTZA 4RRSA 5KQZA 2IQGA 5AH8A 5HE4A 4I0HA 3RSVA 2PK5A 3DV5A 3OHHA 4Y37A 2IDWA 4Y44A 4FE6A 3KDBA 5P1LA 3HD8A 2VIYA 4I8WA 4DI2A 5P1UA 3PWWA 7UPJA 3UTLA 2ZJLA 1MESA 5I3WA 1HHPA 1E5OE 4KUPA 4NJSA 5P57A 3FNUA 1MTRA 3UQRA 1XN2A 2HB3A 3I8WA 1ZTZA 4KE0A 3KM4A 4GJDA 2I4WA 3OWNA 3EKPA 3SM1A 4K9HA 5P13A 2QI7A 2R3WA 1BAIA 4MC1A 6UPJA 4RVIA 3KN0A 2QI6A 3HDKA 4FM7A 3OGQA 2B8LA 3O9IA 3BGCA 5P0MA 5P2AA 4Y5MA 2RSPA 5P4IA 1XN3A 1HTEA 1YG9A 4I0EA 2R38A 3ZKXA 2PYMA 5P7EA 2J9JA 2QD8A 5P58A 4ZPEA 5P6AA 1EEDP 1IDAA 5P69A 2R3TA 5OZEA 4HEGA 3EL1A 5P10A 2QU3A 2QZWA 5P35A 5P5RA 4COEA 3BHEA 3SM2A 1HVJA 3NUJA 5P59A 5P3OA 5OZ9A 1HBVA 3GI4A 2PWCA 2WEBA 3BUFA 1G6LA 4GJCA 5P8FA 5P8IA 1LYBB 2AIDA 3UDNA 2SAMA 2I4DA 3RTHA 1MT8A 2R5QA 5P0PA 5P0BA 1RV7A 2FXDA 5P5BA 3OXCA 1ZBGA 5P3RA 2FMBA 1MT9A 5P36A 2BB9A 1D4HA 4YD6A 4ZLSA 1FMBA 3EMYA 1TSUA 4BELA 1GVWA 3OOZA 5P0DA 5P3YA 2VNNA 4EXGA 4Y4JA 4B72A 5OZ1A 5UPJA 2VA6A 5OZSA 2PQZA 5P2VA 4PZXA 3FV3A 4OC6B 3KDCA 1U8GA 5P7GA 2RMPA 5P74A 4Y3NA 3UQWA 5KAOA 5P31A 1IIQA 2BQVA 5P4UA 5P73A 4ZIPA 2Z4OA 5OZ5A 5P2UA 3EKWA 4Y5KA 1FGCC 2G22A 3DUYA 3AUPA 3CICA 2G1OA 1BXQA 2O4KA 3EM3A 5DR0A 5P84A 1K6VA 5P33A 4Y4EA 2G20A 1HSIA 5P3GA 4OBDA 2NXDA 1HVIA 5C9DA 2P3BA 3FKTA 1LYBA 2WJOA 4DQCA 3BXRA 2XYEA 4J1CA 5P4JA 4NPTA 4EYRA 1META 1EC1A 5SZ9A 3R0WA 3LIVA 1AM5A 5P0NA 5P3KA 3WB5A 3SPKA 4H3GA 3IVHA 2WL0A 4DQFA 3O9LA 5DQCA 3OADB 5HE5A 5P7QA 1PSNA 4FSEA 3PSUA 3DCKA 1LV1A 3FSMA 1IZEA 3LPKA 5P6NA 3EKTA 5OZNA 4EJDA 2WKZA 3UPJA 3GGAA 4GMIA 5P5GA 1FFFC 3VV8A 5P5QA 5P6IA 4Z4XA 3DM6A 4Q5MA 5JFPA 4Y4DA 2IKUA 4GJ8A 3UQPA 5P6RA 3PSGA 5P6FA 2ZJIA 1F7AA 3URJA 1MRXA 3BRAA 3ECGA 5OZ6A 3S7MA 2R9BA 3ZKGA 5P7AA 4DH6A 1BXOA 2BPYA 5P2JA 3ZLQA 2V11C 4YE3A 4RCEA 5P81A 5OZ3A 5OZDA 4F73A 5P7MA 5JFUA 4Q1YA 4D89A 2AVOA 3T7QA 4R8YA 1GVVA 3QVIA 3CIDA 4ER2E 4NJVA 2IS0A 1RQ9A 1APUE 5P0TA 4DJQA 3MWSA 5OZMA 2P83A 5P4CA 4LP9A 2RKGA 5P02A 2AZ8A 3OADA 5P8RA 2G27A 3PLDA 1BWBA 5P42A 5P5LA 3BGBA 5ISJA 5P3SA 3O9GA 3ZKIA 4Y3HA 3GI5A 3L38A 3C9XA 2QCIA 1NPWA 2Q63A 5P8TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3S45 A;  2QNQ A;  4X7I A;  2O4L A;  4AMT A;  2R43 A;  4HVP A;  3LPJ A;  3APR E;  3IN3 A;  3SA8 A;  3VF7 A;  3QRV A;  5P48 A;  5IVR A;  4K4P A;  2AZB A;  3OAG A;  1LF3 A;  3IXJ A;  5P32 A;  5KR8 A;  3IND A;  2ZJM A;  3VSW A;  5P2Y A;  5P4H A;  2WEC A;  5P4Q A;  4EQJ A;  3K4V C;  1ZPK A;  5OZT A;  1A30 A;  2JE4 A;  5IVT A;  3LZS A;  3PWR A;  3UHL A;  4MC6 A;  5P6T A;  5P49 A;  3S8I A;  3O9H A;  5P7P A;  4DVF A;  1GVX A;  1HOS A;  4FS4 A;  3OHF A;  1MUI A;  3CMS A;  1AZ5 A;  2A1E A;  2FXE A;  2FDE A;  5ISK A;  1PPM E;  2XFI A;  1ZPA A;  4J0Z A;  3EKQ A;  1M43 A;  3L5D A;  4Y5C A;  1BDR A;  1UPJ A;  2I4X A;  1T7K A;  3VUC A;  1ME6 A;  5P3N A;  3QVC A;  2FNT A;  4RYG A;  5P3M A;  3ER3 E;  4D88 A;  4TRZ A;  2HC0 A;  4APE A;  5OZO A;  5P0J A;  3MSJ A;  2PMA A;  2BKS A;  5COP A;  4DJX A;  2AOF A;  1IZD A;  5HU1 A;  1ZLF A;  2VIZ A;  4GB2 A;  5P8P A;  1ZP8 A;  2BJU A;  1ENT E;  3O9D A;  1FKN A;  3H0B A;  1IVP A;  2XFJ A;  5P0V A;  3BC4 A;  4GJ6 A;  2CEN A;  1F34 A;  4CPX A;  3TPR A;  3WZ6 A;  4KE1 A; 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 1VIK A;  4I1C A;  2B8V A;  5P18 A;  4EJ8 A;  2O4N A;  3CYW A;  1YM2 A;  2OHS A;  2UXZ A;  4I10 A;  5P6B A;  2AVV A;  5P1O A;  2AZ9 A;  2FDP A;  3NU3 A;  1HSG A;  3PJ6 A;  5P80 A;  2JXR A;  2BPX A;  5E5J A;  4B1D A;  4DPF A;  5P0O A;  1XL2 A;  5P5X A;  3GW5 A;  2QI0 A;  3BVA A;  2ZJJ A;  1HWR A;  5APR E;  1MPP A;  4YOA A;  1LEE A;  1E81 E;  4FL8 A;  5P7N A;  5OYT A;  3OTS A;  5P7W A;  1W5Y A;  2AVM A;  4HDF A;  4RLD A;  5P05 A;  5COO A;  4Y5B A;  4J54 A;  5P4K A;  5DR7 A;  1BBS A;  2V16 C;  3QBF A;  1CZI E;  5P11 A;  3WSJ A;  2RKF A;  4J0P A;  5P6O A;  1D4S A;  3EM6 A;  5P29 A;  4YBF A;  4I12 A;  2I4Q A;  4HE9 A;  5B18 A;  5P4L A;  3UDQ A;  1NPA A;  2I1A A;  5P4O A;  5P53 A;  5P46 A;  5P6E A;  2OHP A;  4FLG A;  1AJV A;  2P3C A;  5P5Z A;  4QJA A;  9HVP A;  3KFP A;  2HS1 A;  5P5I A;  1BVE A;  5P2B A;  4J1K A;  4Y41 A;  2QI5 A;  2AZC A;  3OXX A;  4A4Q A;  3QRO A;  1HXW A;  1FLH A;  5AHC A;  1TSQ A;  3O9C A;  2QZX A;  5OYQ A;  4Y53 A;  4Y3Y A;  5P6K A;  2B7Z A;  5P3L A;  5AHA A;  5P47 A;  2UPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1VIK A;  4I1C A;  2B8V A;  5P18 A;  4EJ8 A;  2O4N A;  3CYW A;  1YM2 A;  2OHS A;  2UXZ A;  4I10 A;  5P6B A;  2AVV A;  5P1O A;  2AZ9 A;  2FDP A;  3NU3 A;  1HSG A;  3PJ6 A;  5P80 A;  2JXR A;  2BPX A;  5E5J A;  4B1D A;  4DPF A;  5P0O A;  1XL2 A;  5P5X A;  3GW5 A;  2QI0 A;  3BVA A;  2ZJJ A;  1HWR A;  5APR E;  1MPP A;  4YOA A;  1LEE A;  1E81 E;  4FL8 A;  5P7N A;  5OYT A;  3OTS A;  5P7W A;  1W5Y A;  2AVM A;  4HDF A;  4RLD A;  5P05 A;  5COO A;  4Y5B A;  4J54 A;  5P4K A;  5DR7 A;  1BBS A;  2V16 C;  3QBF A;  1CZI E;  5P11 A;  3WSJ A;  2RKF A;  4J0P A;  5P6O A;  1D4S A;  3EM6 A;  5P29 A;  4YBF A;  4I12 A;  2I4Q A;  4HE9 A;  5B18 A;  5P4L A;  3UDQ A;  1NPA A;  2I1A A;  5P4O A;  5P53 A;  5P46 A;  5P6E A;  2OHP A;  4FLG A;  1AJV A;  2P3C A;  5P5Z A;  4QJA A;  9HVP A;  3KFP A;  2HS1 A;  5P5I A;  1BVE A;  5P2B A;  4J1K A;  4Y41 A;  2QI5 A;  2AZC A;  3OXX A;  4A4Q A;  3QRO A;  1HXW A;  1FLH A;  5AHC A;  1TSQ A;  3O9C A;  2QZX A;  5OYQ A;  4Y53 A;  4Y3Y A;  5P6K A;  2B7Z A;  5P3L A;  5AHA A;  5P47 A;  2UPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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