4FAFA

Substrate ca/p2 in complex with a human immunodeficiency virus type 1 protease variant
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Higher desolvation energy reduces molecular recognition in multi-drug resistant HIV-1 protease
rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fafA00
1EPLE 4ZSQA 3O9FA 5P8OA 1C70A 1J71A 5OYZA 2ER0E 1BDLA 4JP9A 1VIJA 3SAAA 2ZJMA 4NJSA 5P3HA 2FDPA 4L7GA 1HEGE 1T7KA 3PLLA 3SABA 5P83A 5P2TA 3UQXA 5P1KA 5P15A 3NR6A 1WKRA 5P0QA 5P5GA 4QJ7A 3EKXA 5HE4A 5AH8A 5P2QA 3S85A 5OYQA 5P0UA 3OADA 3DCKA 3AUPA 2AVQA 5P5LA 3U7SA 5P2BA 5DQ1A 5P8CA 2AZCA 3KFPA 3VLBA 5KOSA 3EKQA 5P4VA 5P8RA 2F3FA 5P4YA 3S43A 1ZP8A 1Q9PA 3QRMA 5P24A 1B6MA 1APUE 4K4QA 1SP5A 2ANLA 2VNMA 5EZXA 3K5DA 1T6EX 5P68A 3WB4A 5AH9A 2NNKA 4EPJA 1OD1A 4CPUA 1DW6C 5OZHA 4J1CA 5P4QA 2ZHTA 3M9FA 2JJJA 2UPJA 4ER1E 5OZ7A 2BPXA 2HC0A 4MC6A 2PSVA 5P8HA 1IDAA 1HPXA 4Y3QA 1RQ9A 3PB5A 2G27A 2OF0A 3UQPA 5DQ5A 2PH6A 1QS8A 2QU3A 5UPJA 1EC1A 3O9EA 2WF0A 3S56A 1D4LA 4FRIA 3EM6A 2IEOA 2P3DA 3O9IA 5P16A 5P7HA 3BHEA 5P8QA 4XX3A 5P1MA 5SY3A 3BXRA 2QI3A 1HPVA 3NSHA 2A1EA 1EPME 2AODA 5P7ZA 4I0GA 5P7OA 2G1SA 1ME6A 2Z4OA 3HZCA 4Y3DA 2QCIA 1D4KA 1LYWB 3FIVA 3HW1A 3DJKA 1YTJA 2PK5A 4CPRA 2R5PA 5B18A 1HVLA 4QJ9A 3VF5A 5P45A 3VF3A 2QMFA 1HBVA 5P1IA 3OHFA 3JVWA 3GI5A 3K5GA 5P60A 5P2WA 2HAHA 1LF3A 3O9BA 4Y5CA 4DJRA 5P5MA 4MC9A 5I3WA 1ZAPA 5P1AA 3S7MA 4WY1A 4D83A 5P0YA 5P51A 2PYMA 3VYDA 4I1CA 4Y45A 5KQXA 4Y3GA 5P6AA 5P48A 1META 2IENA 5P5EA 3SM1A 2BPZA 4RCDA 2OHMA 5P7YA 5P3FA 3MSLA 5OYRA 3ECGA 2I4VA 3VSXA 1K2BA 3UDMA 5OZGA 2AZ8A 1MT9A 5KAOA 5P63A 4Y3ZA 3URLA 5P1OA 4Y4AA 4TVGA 5P0ZA 1FFFC 4A4QA 5P3YA 5P6BA 1EAGA 3D1XA 1GNMA 5OZOA 5P6DA 8HVPA 3LINA 3RTHA 3FNUA 4Y4UA 2IKOA 3KFSA 4R91A 5P32A 5P11A 2G21A 2P3BB 1HWRA 1IZHA 5P0AA 2WF3A 4DQCA 2A4FA 3QVCA 5P8JA 3ZKMA 5P2YA 3NDTA 3OK9A 2XFKA 5P8UA 3LPKA 4AMTA 1F34A 4Y5NA 5HVPA 5P5TA 3KMXA 1EC3A 1ZBGA 1UH7A 2VS2A 1LYAA 3TPJA 3A2OA 1BDRA 2NXDA 1Z8CA 3PCWA 5OZTA 5P44A 3B7VA 3IVIA 2QI5A 5P8GA 4RCEA 1ZSRA 2FLEA 1BV7A 4HLAA 3PMYA 3G6ZA 4NPUA 3DOXA 3UHLA 3ZL7A 2B7ZA 1K1UA 3PRSA 4FRKA 4TRWA 3UDJA 3OOTA 1LYBA 4YDFA 4B77A 2WEDA 3GGXA 4JOOA 5IVQA 5ER1E 5OYUA 3SA7A 2I4WA 4DJQA 4H3FA 3VF7A 2QHZA 2RENA 3BUFA 3OADB 1DAZC 3CYWA 3PWMA 5OZEA 2IDWA 3UDRA 2I4DA 5OZ3A 4B1DA 5OZ8A 1CPIA 3S2OA 3SFCA 5P53A 5P4DA 2R3TA 5P41A 5P2DA 4Y3YA 5P4JA 2RKGA 3K4VA 5KOQA 4Y5BA 3HBOA 3KDDA 3L59A 3SA3A 4ZPEA 3S43B 3U71A 4PZXA 3ZLQA 3PCZA 1IDBA 3O99A 3QP0A 4XKXA 5P6FA 1FQ5A 5P01A 5KR1A 2QZXA 1G35A 3Q70A 4ZPFA 3CKTA 1GVTA 4YOBA 1FG8C 1M4HA 2R5QA 2APRA 3HAWA 3PSUA 1FMUA 3O9HA 3WZ6A 5DR3A 5P87A 4LXAA 5P3CA 1K6TA 4MC1A 1BVEA 3LHGA 5P74A 1XL2A 5P3XA 2WECA 2PYNA 5P84A 4YOAA 2HB4A 1ODWA 5IS4A 5HDUA 1HRNA 3OUCA 4Y43A 4OBGA 5DQ4A 5DR7A 3L3AA 2AVOA 4S1GA 5P88A 1FG6C 4R92A 3HDKA 3DV5A 5HE5A 4Y54A 3DUYA 1ZSFA 4QGIA 3QVIA 2JXRA 3EKVA 3VFBA 1UH8A 2WKZA 4I0ZA 2V12C 4B0QA 5IVSA 5ER2E 4FCOA 3K5FA 4B78A 5HDXA 3D3TA 4RZ1A 1C6ZA 2AOGA 1YM2A 3EBZA 2ER9E 3H0BA 4H3GA 1AAQA 3OQKA 2G1YA 4D8CA 2F80A 5ENKA 5P2ZA 5P5VA 4DJXA 5P5PA 2VIZA 4Y3WA 1NPAA 1RNEA 2FIVA 3L5CA 5DGUA 5P6NA 1YT9A 5KR0A 5P55A 1IVQA 4NPTA 3RU1A 2AOEA 5P6VA 5P1GA 2O4KA 4ZSMA 5P82A 3OAGA 1AXAA 3QBFA 1KJGA 1Z1RA 4DJOA 5P33A 2Q15A 1C6XA 6UPJA 5DQCA 1EBYA 5P2HA 4Y57A 3OXVA 5P8LA 4R93A 5P2AA 5P10A 4CPTA 3PSGA 2O4LA 4LC7A 1EBWA 5AHAA 5P4TA 2ZE1A 3PHVA 5OZBA 4YBIA 3EL4A 2IL2A 5P0HA 2AVVA 3I25A 1BIMA 1YX9A 3PM4A 5OZAA 4J54A 1EEDP 1EBZA 1E81E 2XYFA 3LITA 1B6PA 5P3BA 5P3JA 3LZYA 2AVSA 4A6BA 5P52A 2R8NA 5P5AA 4DH6A 2UY0A 4YD6A 6APRE 2OHPA 2VA6A 5P6SA 5I3XA 1QBRA 3PEPA 3PWWA 4X7IA 4Y58A 1APVE 2ZJJA 1LF2A 1FMXA 3T7PA 2QNNA 5P0WA 4N00A 3SLZA 1GKTA 3UCBA 1LYAB 4Q5MA 5COPA 1W50A 5AH6A 5C9DA 1SDTA 4QJ2A 4DJWA 4RVJA 5P09A 5P7QA 3QI1A 4NJTA 2FNTA 5P5YA 2NR6A 3OWNA 5P59A 4Y5MA 3ZPUA 5ISJA 1A30A 2NMYA 5I70A 4GIDA 4Y3NA 1M43A 3NLSA 3S54A 3DCRA 3TNEA 4Y6MA 5JFPA 4J1HA 2V0ZC 5P6EA 4PYVA 4DJVA 2PMAA 1DIFA 2ZGAA 5OYXA 1FFIC 1XN3A 3D1YA 5P49A 5P17A 1LYBB 3EKWA 5P6PA 3UDNA 3HVPA 5P56A 3MXDA 2G1OA 3IN3A 4YBFA 3LPJA 1HVCA 3KDBA 1BDQA 5OZWA 5P7LA 5P7MA 5P2JA 1W51A 5OZPA 5P57A 5P7RA 5ISKA 5P26A 4A6CA 5P7BA 2VJ6A 3L38A 5P0OA 3MXEA 1LS5A 3PMUA 5AH7A 5P6RA 2I4UA 1N49A 5P4UA 3UFLA 3KFNA 5OZZA 4I12A 4NKKA 4EWOA 1A9MA 4J0VA 5ENMA 5P61A 5P5KA 1IZEA 3VV6A 3TOGA 4YCKA 1TW7A 5DPZA 5P20A 1G6LA 4LP9A 4CPXA 2XYEA 5P5WA 4OBJA 2WEAA 1HIIA 4EQ0A 5P58A 5P6OA 2ZDZA 4DQGA 5P89A 4F76A 3OGPA 5P4ZA 3O9GA 3HVGA 6FIVA 4D89A 1AM5A 3VYFA 1MESA 1W5YA 3L5BA 1FQ6A 2PH8A 4FAEA 5KR8A 1BBSA 5P3VA 1GVXA 3NU3A 5P3GA 4EJLA 1SBGA 5P40A 1TCWA 2JJIA 5P5XA 1BVGA 3QIHA 5P79A 3LZSA 3EKTA 5IVTA 1A94A 4KUPA 3S8IA 3VCMA 2HB3A 5HE7A 2AOHA 4Y39A 2BKSA 1HTEA 3T7XA 5HDVA 3VLAA 4MC2A 5P2XA 4I0EA 5P12A 5C9BA 2Z54A 5HCTA 4XXSA 2AZ9A 3AIDA 5BWYA 3T7QA 5P5ZA 3NU9A 3OU1B 4EJDA 5DQ2A 1EC2A 2Q5KA 2O4NA 3PLDA 3B80A 3QN8A 4Y5PA 5AHBA 5P0DA 1T3RA 3SA9A 2VA5A 2F3KA 2G26A 4Y3EA 3OOZA 3RTNA 3NDWA 3FNSA 5I3VA 2B8LA 1FQ7A 2VNNA 3Q3TA 2I1AA 1B6LA 3KN0A 3UQRA 2OHTA 5C9FA 1BWBA 3NUOA 1BILA 3BVAA 2PK6A 4ER4E 1XL5A 4Y35A 3L5FA 5P2CA 5P4AA 3C9XA 4Z2ZA 3OAGB 4CMSA 4FL8A 1MEUA 2QU2A 5P0CA 5P5IA 3ZPTA 5P1CA 5P3LA 5APRE 1C6YA 4K4RA 1YG9A 1FIVA 2PSUA 4Y5GA 2QD7A 2P3AA 4FSLA 5P7PA 3Q4BA 1HIVA 4GJ5A 5P0RA 5P7NA 1PPKE 5OZJA 1D4IA 5P1PA 4DJYA 2BPYA 5P6UA 5E5JA 2I0DA 3G70A 5P6IA 4PPHA 3IXJA 3TTPA 2HPFA 2ER6E 3VV8A 2G20A 2QZKA 4Y4GA 4Y3JA 4CPSA 4QLHA 5P4CA 5P70A 3UPJA 3SA4A 4Y3FA 4Y53A 1HXWA 1EBKC 3WZ7A 3QROA 4TRZA 3OTYA 3KT5A 5OYSA 5IE1A 1ZPAA 4FLGA 4OBZA 4FRJA 1MSNA 3UQWA 5P4HA 5BRYA 2QI6A 5P1VA 2Q54A 5HU1A 5P4LA 2QZLA 5P2EA 3GI6A 3OXXA 3SACA 2J9JA 1EPOE 5OZIA 1HPSA 3O9LA 2OHQA 4Y48A 4OBHA 3VFAA 1BXQA 2Q63A 1FQ8A 1ER8E 3SQFA 1UPJA 2AVMA 2VIEA 4K4PA 5P1LA 1AIDA 5T4SA 4OC6B 5P7CA 3I8WA 4I0JA 5HDZA 5P7UA 1HVJA 4LBTA 4PEPA 1HSGA 4Y9WA 5DR1A 3HAUA 4QJ8A 4ZE6A 4DI2A 4YD3A 5P5BA 4R95A 5P85A 1IIQA 4Y5KA 2ZJLA 1HOSA 3KFRA 5P22A 4DQEA 2P8HA 5P6JA 4J17A 5P3WA 4DV9A 3TH9A 4RRSA 4FIVA 4Y36A 5P0VA 5P69A 4LL3A 4HZTA 1AVFA 5P1UA 1FGCC 5OZ1A 4DJPA 4OD9A 3ER3E 2HS2A 4K8SA 1JLDA 3ZOVA 5OZYA 3I2LA 4CKUA 1K6CA 5OYTA 2R3WA 4I8ZA 3IXOA 5P05A 1MUIA 5P1XA 2B7FA 5P8AA 3ZKSA 3WSJA 5P38A 4YE3A 1HPOA 3EL1A 4EP3A 5P31A 3PI0A 1FKNA 2IS0A 4YHQA 5P64A 2FDDA 5OZQA 4FS4A 3OQDA 3NU5A 3CKRA 5P00A 1MRWA 3F9QA 1LZQA 2BJUA 5OZRA 5P1BA 2ZHVA 4YA8A 5P4GA 4Y3TA 5P19A 5P67A 1MERA 5OZDA 5P1FA 5P6WA 4D88A 4F73A 4H1EA 3OU4A 1LV1A 4LAPA 5P7XA 5OZ4A 5P0IA 1DP5A 5OZSA 4BELA 5BS4A 3SPKA 5OZUA 7HVPA 2VKMA 1NPVA 3EC0A 3KYRA 4RCFA 1APWE 2P4JA 3CICA 4Y50A 3TLHA 1IBQA 4WY6A 3DK1A 4TVHA 4GJ8A 5P4OA 5P2RA 3RSXA 1OEXA 1B11A 5F00A 2QI4A 3HLOA 1UH9A 3LIQA 4DPIA 1YTHA 1B6JA 3RSVA 2QK5A 1NSOA 2XFIA 5P8FA 5OZ6A 5P5DA 2P83A 1T6GA 2AZBA 5HU0A 3EL9A 3KDCA 3OQFA 5HTZA 1SGUA 2G24A 4DFGA 5P13A 2F8GA 2RKFA 2UXZA 1AJXA 1KZKA 1VIKA 3PI5A 3FX5A 4Y4WA 4AA8A 3OU1A 5P7KA 4Y5LA 5P8VA 1PSOE 5P4MA 1M0BA 3OUBA 4GYEA 4GZFA 5OZCA 1FF0C 3CIDA 3INEA 3OY4A 4J0YA 4DUSA 1SIPA 3L58A 2V10C 2HM1A 2ZJKA 5P71A 4Y5EA 2BBBA 5P7IA 3EMYA 1KJFA 5P7DA 2QD8A 3APRE 4Y38A 3LPIA 3NWQA 4FE6A 3EM3A 3S45A 3FSMA 5P18A 4RROA 4Y3PA 4WTUA 4YD4A 3OUDA 4ZSPA 5P34A 4OBZB 3UDQA 5P4RA 2AQUA 5P6LA 5P65A 2FGUA 2OHLA 2PC0A 4M8YA 4I8WA 1FB7A 3PBZA 5DR0A 4IVTA 5P7TA 4FM7A 3JW2A 9HVPA 4L7HA 5P6ZA 3URJA 2NPHA 5J25A 1T7IA 1YM4A 1APTE 3IAWA 5P1YA 2J9JB 4U7VA 4L6BA 1IZDA 5DGWA 3O9LB 1A8KA 5P2SA 1ODYA 3CYXA 4GJAA 2ZHUA 3LZUA 4CPWA 3QRVA 1KJ7A 5OZKA 3I7EA 4Y4BA 4GJ9A 5P03A 2WEBA 3QS1A 4J55A 1PPLE 5OZXA 3IVHA 1W5XA 3NDXA 5EZZA 3BVBA 1KJ4A 2QNQA 1PFZA 4LXMA 5P0EA 1MTRA 1HTRB 3OQAA 2QHCA 4AUCA 4D85A 3CMSA 2HB2A 3IXKA 1MVPA 1HTFA 2WHHA 5KQYA 4BFDA 4J1IA 1FLHA 5P2UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EPL E;  4ZSQ A;  3O9F A;  5P8O A;  1C70 A;  1J71 A;  5OYZ A;  2ER0 E;  1BDL A;  4JP9 A;  1VIJ A;  3SAA A;  2ZJM A;  4NJS A;  5P3H A;  2FDP A;  4L7G A;  1HEG E;  1T7K A;  3PLL A;  3SAB A;  5P83 A;  5P2T A;  3UQX A;  5P1K A;  5P15 A;  3NR6 A;  1WKR A;  5P0Q A;  5P5G A;  4QJ7 A;  3EKX A;  5HE4 A;  5AH8 A;  5P2Q A;  3S85 A;  5OYQ A;  5P0U A;  3OAD A;  3DCK A;  3AUP A;  2AVQ A;  5P5L A;  3U7S A;  5P2B A;  5DQ1 A;  5P8C A;  2AZC A;  3KFP A;  3VLB A;  5KOS A;  3EKQ A;  5P4V A;  5P8R A;  2F3F A;  5P4Y A;  3S43 A;  1ZP8 A;  1Q9P A;  3QRM A;  5P24 A;  1B6M A;  1APU E;  4K4Q A;  1SP5 A;  2ANL A;  2VNM A;  5EZX A;  3K5D A;  1T6E X;  5P68 A;  3WB4 A;  5AH9 A;  2NNK A;  4EPJ A;  1OD1 A;  4CPU A;  1DW6 C;  5OZH A;  4J1C A;  5P4Q A;  2ZHT A;  3M9F A;  2JJJ A;  2UPJ A;  4ER1 E;  5OZ7 A;  2BPX A;  2HC0 A;  4MC6 A;  2PSV A;  5P8H A;  1IDA A;  1HPX A;  4Y3Q A;  1RQ9 A;  3PB5 A;  2G27 A;  2OF0 A;  3UQP A;  5DQ5 A;  2PH6 A;  1QS8 A;  2QU3 A;  5UPJ A;  1EC1 A;  3O9E A;  2WF0 A;  3S56 A;  1D4L A;  4FRI A;  3EM6 A;  2IEO A;  2P3D A;  3O9I A;  5P16 A;  5P7H A;  3BHE A;  5P8Q A;  4XX3 A;  5P1M A;  5SY3 A;  3BXR A;  2QI3 A;  1HPV A;  3NSH A;  2A1E A;  1EPM E;  2AOD A;  5P7Z A;  4I0G A;  5P7O A;  2G1S A;  1ME6 A;  2Z4O A;  3HZC A;  4Y3D A;  2QCI A;  1D4K A;  1LYW B;  3FIV A;  3HW1 A;  3DJK A;  1YTJ A;  2PK5 A;  4CPR A;  2R5P A;  5B18 A;  1HVL A;  4QJ9 A;  3VF5 A;  5P45 A;  3VF3 A;  2QMF A;  1HBV A;  5P1I A;  3OHF A;  3JVW A;  3GI5 A;  3K5G A;  5P60 A;  5P2W A;  2HAH A;  1LF3 A;  3O9B A;  4Y5C A;  4DJR A;  5P5M A;  4MC9 A;  5I3W A;  1ZAP A;  5P1A A;  3S7M A;  4WY1 A;  4D83 A;  5P0Y A;  5P51 A;  2PYM A;  3VYD A;  4I1C A;  4Y45 A;  5KQX A;  4Y3G A;  5P6A A;  5P48 A;  1MET A;  2IEN A;  5P5E A;  3SM1 A;  2BPZ A;  4RCD A;  2OHM A;  5P7Y A;  5P3F A;  3MSL A;  5OYR A;  3ECG A;  2I4V A;  3VSX A;  1K2B A;  3UDM A;  5OZG A;  2AZ8 A;  1MT9 A;  5KAO A;  5P63 A;  4Y3Z A;  3URL A;  5P1O A;  4Y4A A;  4TVG A;  5P0Z A;  1FFF C;  4A4Q A;  5P3Y A;  5P6B A;  1EAG A;  3D1X A;  1GNM A;  5OZO A;  5P6D A;  8HVP A;  3LIN A;  3RTH A; 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 1IVQ A;  4NPT A;  3RU1 A;  2AOE A;  5P6V A;  5P1G A;  2O4K A;  4ZSM A;  5P82 A;  3OAG A;  1AXA A;  3QBF A;  1KJG A;  1Z1R A;  4DJO A;  5P33 A;  2Q15 A;  1C6X A;  6UPJ A;  5DQC A;  1EBY A;  5P2H A;  4Y57 A;  3OXV A;  5P8L A;  4R93 A;  5P2A A;  5P10 A;  4CPT A;  3PSG A;  2O4L A;  4LC7 A;  1EBW A;  5AHA A;  5P4T A;  2ZE1 A;  3PHV A;  5OZB A;  4YBI A;  3EL4 A;  2IL2 A;  5P0H A;  2AVV A;  3I25 A;  1BIM A;  1YX9 A;  3PM4 A;  5OZA A;  4J54 A;  1EED P;  1EBZ A;  1E81 E;  2XYF A;  3LIT A;  1B6P A;  5P3B A;  5P3J A;  3LZY A;  2AVS A;  4A6B A;  5P52 A;  2R8N A;  5P5A A;  4DH6 A;  2UY0 A;  4YD6 A;  6APR E;  2OHP A;  2VA6 A;  5P6S A;  5I3X A;  1QBR A;  3PEP A;  3PWW A;  4X7I A;  4Y58 A;  1APV E;  2ZJJ A;  1LF2 A;  1FMX A;  3T7P A;  2QNN A;  5P0W A;  4N00 A;  3SLZ A;  1GKT A;  3UCB A;  1LYA B;  4Q5M A;  5COP A;  1W50 A;  5AH6 A;  5C9D A;  1SDT A;  4QJ2 A;  4DJW A;  4RVJ A;  5P09 A;  5P7Q A;  3QI1 A;  4NJT A;  2FNT A;  5P5Y A;  2NR6 A;  3OWN A;  5P59 A;  4Y5M A;  3ZPU A;  5ISJ A;  1A30 A;  2NMY A;  5I70 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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