4FCOA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
389
structure length
374
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVETSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Flexibility of the Flap in the Active Site of BACE1 as Revealed by Crystal Structures and MD simulations
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 97
structure length 374
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-05-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fcoA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fcoA02
2IL2A 3LNKA 4OD9B 4ACUA 2O4SA 5AH6A 4HE9A 4Y3TA 2FGVA 3K5GA 3R0WA 3FNTA 2B7FA 2VJ9A 2QD8A 5PEPA 4AA8A 3I6OA 4RLDA 5P3KA 2FNSA 1G2KA 3MWSA 3KF0A 1A9MA 4OBFA 5I3YA 5P0AA 2FLEA 4BEKA 3FV3A 4A4QA 3OY4A 3TKWA 1HTFA 3SACA 2VJ7A 5KOQA 1EBYA 3LZVA 3ER5E 5SY3A 1HTEA 1HVRA 1K1TA 3SABA 5P1WA 2R5QA 5P27A 5P62A 2IKUA 2QD6A 2G22A 4NJUA 2AVOA 1ZP8A 5P15A 3S2OA 3VLBA 3TPPA 3KFRA 1XE5A 1IVQA 2IENA 2QNNA 4Y53A 1FQ7A 4K8SA 2RMPA 2ZGAA 5P5WA 5P0GA 5P13A 4LP9A 3FX5A 3OXXA 4HDFA 3BGCA 4BFBA 2AVQA 1DAZC 5P4DA 3ZKMA 4APEA 4Y4BA 4I0EA 5HDUA 3KMXA 4X7IA 3VCMA 4Y45A 2OHQA 4KE0A 1G6LA 4DJOA 5OZNA 5P7CA 1AM5A 2HB3A 5P7UA 1BDRA 5P55A 5HDVA 1YTIA 2J9KA 2VIYA 3PBZA 5P3SA 3QBFA 1MT8A 5P89A 5DQ4A 5P6IA 3NWXA 3INFA 1K1UA 5C9DA 1SDUA 1Q9PA 1FEJC 5P6LA 4MC6A 2AVSA 1K6PA 5P8QA 5P8MA 5P16A 1D4YA 5P3IA 4GB2A 5P23A 5HD0A 5P66A 5P80A 1OHRA 1MSMA 3EKXA 3TPRA 5OZ4A 3OAGB 4DJXA 1F34A 4Y3EA 3HW1A 5P76A 5P1PA 1EPQE 5P6TA 3DV1A 5P35A 4Y4EA 5P43A 1E82E 5EZZA 3LZYA 3SLZA 5P6GA 2I4XA 1BIMA 2R38A 4GYEA 3T3CA 3L38A 4R91A 4YD5A 2WF1A 5P1QA 1B6KA 5OYZA 1LF2A 3OQKA 3S7MA 3KFPA 4J1FA 3SO9A 5P34A 1WKRA 2VIEA 4TVGA 5P28A 4EWOA 5OZKA 5B18A 3PSYA 3UDHA 1C70A 2G94A 5P29A 5P41A 5P6PA 5P0JA 3PJ6A 2IDWA 5P30A 4B1EA 4QJ8A 5P8DA 5P6MA 3VF5A 1B11A 5P5UA 4I0HA 5COPA 4DQCA 5P3ZA 3EL1A 3QVCA 3CYXA 3OUCA 1TCWA 5AHCA 5P67A 1SGZA 5COKA 4I1CA 2VA6A 4QJ6A 1FIVA 3QS1A 5CONA 5HE4A 2HM1A 2ZE1A 2PC0A 4B78A 4J0VA 4NPTA 3OQFA 5SXNA 5P7WA 3UDYA 2IEOA 5P4QA 1HTRB 5P74A 5P73A 5DR8A 4ZPFA 5P3WA 4GJDA 3K4VA 5DR0A 5P60A 5P7LA 2VIJA 2OHPA 3SA5A 4Y38A 5P6BA 5P38A 4RRNA 2PH8A 3PLDA 1DIFA 4EJLA 2APRA 3NU9A 1PSAA 2V10C 4FSEA 1XN2A 4Y4ZA 4XKXA 3R4BA 3CKRA 5P64A 2NMZA 1B6LA 2PWCA 2QP8A 5P3YA 1HVJA 2F3FA 4J0TA 3TLHA 1YTGA 3C9XA 2OHUA 2NXMA 5P2NA 5OZUA 3IA9A 4DQGA 5P78A 2VKMA 1KJFA 2I4DA 3HLOA 2IS0A 4D8CA 4Y57A 4F74A 2FIVA 3OUDB 4DJRA 5P4VA 4DUSA 1QS8A 1ODYA 5OZWA 3VF3A 5P3NA 5P69A 5P0NA 3ZL7A 3HZCA 5P0DA 4Y37A 1LZQA 5P0EA 5P85A 4YDGA 2F81A 2UY0A 2Q54A 2AZCA 1HSGA 2PH6A 4GJ5A 3FKTA 3Q6YA 1M43A 5P1RA 5P49A 4FAFA 1W50A 2I4WA 4NPUA 4Y3QA 2R9BA 4FM7A 3UQPA 1NPAA 3SFCA 5P07A 5KOSA 1YX9A 6FIVA 4Y4AA 3SA9A 4IVSA 3URJA 1IZEA 4K4QA 3A2OA 5OZFA 5P42A 2XYEA 3O9DA 3D1YA 5P6ZA 5P5JA 5P7YA 3JVWA 2NXLA 4FRIA 1G0VA 2B42A 5JFUA 1E81E 2CEMA 3OADB 4CP7A 2PSVA 5P4CA 4Q5MA 2ZJMA 5TOLA 4I0FA 1HWRA 4Z2ZA 4Y5AA 5P2TA 1SDVA 1FMUA 2ZYEA 3D1ZA 2QHYA 1ODXA 5HE5A 4JPCA 5HCTA 5P01A 5P6OA 5OZQA 2AVVA 4HA5A 3LIXA 5P4UA 5DQ2A 5EZXA 4ZSPA 4GJ6A 2WECA 4Y47A 5ER1E 4R95A 3NLSA 4WY6A 3OK9A 2OHSA 3OGPA 4I12A 3OQDA 1XE6A 2BPXA 2O40A 4UPJA 3PRSA 1KJ7A 3Q4BA 3EM4A 4D89A 2WF4A 3NDWA 7UPJA 1FQ8A 2P3DA 2BBBA 2OHRA 3IGBA 1HSHA 4DQEA 3VG1A 1LYWB 3NSHA 3UF3A 3TH9A 5OZVA 3OU1A 2CENA 1Z1HA 5P2SA 1LYBB 4YOAA 2QZLA 5P8OA 3O9LA 4FL8A 3K5CA 5P1BA 5P5YA 2B8LA 5APRE 3EKTA 1GNNA 5P79A 5P6XA 1EPRE 2RSPA 3QIHA 5P65A 4DFGA 4L7JA 5P0VA 3UQUA 5P6AA 3IVHA 4NKKA 4D85A 4Y5PA 3OHFA 3OUBA 4FIVA 3KFSA 1HXWA 3DM6A 1C6YA 2QI7A 5KR1A 3GGAA 2O4KA 4R92A 2XYFA 4L1AA 5AGZA 2PK5A 2P83A 4Y3MA 3T7QA 3D20A 5OZOA 2ER0E 3UQWA 4RVIA 3VF7A 2O4NA 1HVCA 1SIVA 3KDDA 5P7DA 2QNPA 5P7GA 2BKTA 5AH8A 5P4RA 4KB9A 1HPVA 5P0BA 3TPLA 1BAIA 1AZ5A 5P40A 5P7PA 5P1IA 3SA8A 4Y3LA 4LL3A 4FM8A 2G21A 2PSGA 1B6MA 5P2YA 1W5XA 2PWRA 2B7ZA 1HVIA 2ER9E 3KN0A 4B70A 4Y4JA 4QGIA 1YTHA 5P50A 5P2FA 1QDMA 4Y36A 4QJAA 1BWAA 5P77A 4J1KA 3R2FA 3T11A 3O9FA 1FG8C 3VYDA 5I70A 5KQZA 1HIHA 3S43A 5P5FA 4MC1A 2IGXA 2J9JA 1MESA 2G26A 2G1RA 3K5FA 4PYVA 1SGUA 5IVSA 5P8FA 2OF0A 2WEDA 1D4SA 3QRVA 4EHCA 5P82A 1IZHA 5P5TA 5P8VA 4DQHA 2WKZA 5P25A 1ME6A 4L7GA 5OYUA 3S53A 1EBZA 3VV6A 1NSOA 3PI0A 2FGUA 3OUAA 3MXEA 5P3GA 1AIDA 1OEWA 4D83A 4DH6A 3B80A 1K6VA 5P8HA 1BILA 5P7MA 5OZHA 3TTPA 1HHPA 5P0IA 5P37A 5P3AA 2MIPA 1FMXA 1XN3A 4GJBA 4QJ9A 3UDRA 4DJUA 5OYVA 5P5VA 1UPJA 3ZKQA 3L5BA 3ZKIA 4Y5GA 1A94A 5P5CA 2FXEA 2AODA 5P2CA 4QJ2A 5J25A 5BS4A 2AZBA 3SA7A 5P5SA 1YG9A 3O9GA 1META 4MC2A 3HAWA 1A8GA 2R3TA 3QRMA 1FFFC 5P1NA 5IVQA 5KR2A 1EPOE 3U6AA 4EP2A 4FRJA 1VIKA 4QLHA 4Y3YA 1MEUA 4X2LA 2HPFA 4HDBA 1QBRA 2ZDZA 1K6CA 1EC0A 1EPME 4APRE 4OBDA 5P75A 3NDTA 3AIDA 5ISKA 5P44A 4Y3XA 4Y4TA 4Z50A 3PSGA 5OZGA 3LINA 4E43A 4NJVA 5OZ3A 2QNQA 1HPSA 3DJKA 1HEFE 5P5NA 1CMSA 5P8RA 3UFLA 2R3WA 5P31A 4Y3ZA 5P0XA 4J1HA 5P4OA 4DI2A 5DR7A 5P2RA 1BVEA 4PZWA 1IZDA 4FRKA 5FIVA 5P86A 5OZJA 1AJVA 3QVIA 5P7FA 5OZRA 2NMYA 4RCEA 2I0DA 3IXJA 5P39A 5P0MA 2AOJA 2V11C 4RVJA 2G1SA 5P87A 3DV5A 3L5DA 1GNOA 4J17A 5P0UA 3L59A 4XXSA 4Z4XA 2HPEA 5F01A 5P4HA 1W5WA 5P1UA 1SMRA 4RZ1A 4Y3RA 4LAPA 4DPFA 5P0KA 4COEA 2BPVA 4B1CA 4OC6B 1TCXA 3BC4A 2HAHA 4Y4GA 4HZTA 1APTE 5P8BA 5P2MA 5P3QA 5P7EA 3UDPA 2NNPA 3OXWA 4I10A 4FAEA 4Y3PA 4RVXA 3UDQA 4LC7A 2QU3A 3WB5A 3HD8A 5P5HA 5ISJA 3RTNA 4L6BA 4CPTA 4EPJA 3EKQA 3NU4A 3S85A 4YD3A 3EL5A 3MXDA 5OYSA 5P1TA 1AXAA 3UTLA 3S8IA 4EQ0A 5COOA 1KZKA 1FQ6A 3GI0A 3BHEA 5P1HA 5P57A 1NH0A 1DP5A 2OHKA 1TSQA 4Y9WA 2QCIA 4B1DA 2P3BA 3TOFA 5P61A 1GVVA 3OU3A 1HEGE 3VV7A 4Y5NA 5P03A 4PHVA 1SDTA 2HS1A 5P1FA 4Y4UA 5HU1A 1D4KA 2BQVA 4RROA 1W5YA 4FGXA 3APRE 4Y54A 4I0DA 2A4FA 3BUGA 5P2EA 3LZUA 5P8IA 3TPJA 5OYWA 5OZZA 3VSWA 5F00A 4EJKA 3EXOA 5P20A 5P3EA 1B5FA 1MVPA 3NDUA 1EC1A 1FQXA 2AOHA 3O9BA 1MPPA 3QI1A 5P06A 5P4ZA 5P1MA 3EL0A 2FXDA 3KDBA 4Q1WA 3LHGA 5DQCA 4IVTA 1MT7A 1GVXA 1BDQA 3INDA 1FG6C 4A6CA 2ZJIA 5P81A 2QHCA 5P4JA 4F73A 2ZJKA 5P2IA 1MRWA 3H5BA 2QMGA 4J54A 1TW7A 1XS7D 2G20A 5P14A 2HIZA 2ASIA 1HPXA 5SY2A 5P4GA 5P22A 3PEPA 4JP9A 1APWE 3OQ7A 4GJ7A 1PPKE 3DOXA 5P17A 3UQXA 4ZEAA 3OU4A 2RKGA 2G1NA 5P5ZA 5P7OA 4LBTA 5P3TA 1PPLE 5HTZA 1A30A 4J1IA 5P7BA 3OHHA 4Y3GA 3EL9A 4RYGA 1EPNE 1HBVA 1E80E 5P04A 4GMIA 1ZAPA 4Y58A 3OXCA 3D91A 5P6DA 5P1KA 5OZ8A 3Q3TA 5I3XA 4B72A 1T6EX 2V12C 3HVPA 3SKFA 5AHBA 3PB5A 5KR8A 4RCFA 4ZSMA 1APVE 4S1GA 1ODWA 3ZPTA 5P5PA 5P32A 5P5LA 5P11A 1B6JA 3WSJA 4AZYA 5JFPA 2NPHA 1ZTZA 1IIQA 1DW6C 1BDLA 4Y5LA 1BXOA 5P2GA 2ZHSA 1U8GA 2PK6A 2F3EA 4EJDA 5P2KA 4PPHA 2ZHVA 3N3IA 5E5JA 2ER6E 2QI1A 2WHHA 1MTBA 6APRE 4GJ8A 2RKFA 3O9EA 5P5KA 3T6IA 3GGXA 5P53A 5P1DA 5OYTA 4Y43A 3ECGA 5CLMA 4ER2E 4DPIA 2QMFA 4ZPGA 1EC3A 1ZPKA 3GI6A 4I0IA 3GI4A 3PHVA 4J5JA 1A8KA 3GGVA 3KDCA 3OOTA 5P6VA 1JLDA 1T7JA 2QI5A 4J0PA 3B7VA 5IVTA 3LPIA 2BPZA 1GKTA 4H3IA 1HIVA 2PSUA 5P8NA 3URIA 2ANLA 5P6JA 4B0QA 3WB4A 3I2LA 4Y4DA 1HXBA 5P8LA 1K6TA 5HU0A 1OEXA 2ZJHA 4OBZA 4GJCA 1ZJ7A 1FQ5A 3ZKXA 3PWMA 4PZXA 2QMDA 5OZ6A 5P8JA 2CEJA 2OHTA 5P1OA 2QI0A 1C6XA 1HTGA 3ZKNA 2WEZA 1EBWA 3K5DA 4OD9A 2WEBA 3QPJA 5P2DA 1LF4A 5P3FA 2ER7E 5OZSA 4Y48A 3I25A 1PSOE 3FNUA 5P3DA 3LIYA 5P1AA 4DQBA 5HDZA 3NDXA 5HDXA 1T6GA 3NU3A 5P6UA 4YDFA 2F3KA 5SZ9A 3KA2A 2Z54A 4TVHA 2P3CA 2FS4A 5P1EA 5P1LA 5P68A 2EWYA 1YM2A 3L3AA 4I0JA 2HC0A 4H3JA 5P83A 2QMPA 3R1GB 3SKGA 4Y4XA 4M8XA 5OZ5A 3NUOA 5P0PA 3F9QA 2QZWA 5P2VA 3PM4A 1K2CA 5P3CA 2BJUA 1KJ4A 5DR4A 4DJWA 1GVWA 2IQGA 4GIDA 3MSJA 2P3AA 5P5BA 3VYFA 3PGIA 1IDBA 5P47A 5P19A 2V13A 4I8WA 3RVIA 4H3GA 5KQYA 3SA4A 2H6TA 1PPME 2AQUA 5P5OA 5P70A 3RTHA 2AOCA 4Q1NA 5P46A 3BUFA 3JW2A 5ENKA 5E5KA 1APUE 5P2WA 1W6IA 2OHMA 5P45A 5P8EA 2QAKA 5DR1A 3ZPSA 1E5OE 3SA6A 3VV8A 5P7KA 5IVRA 2FDPA 5P0CA 5P6WA 5KQXA 2O4PA 5P7AA 4HVPA 4DV9A 5P1GA 5P1CA 5P4BA 5P4AA 2JJJA 4EP3A 7HVPA 5P5AA 3FNSA 2AZ8A 3GGUA 2QD7A 5P00A 2V00A 3R0YA 5HE7A 4JOOA 3NUJA 2I1AA 5P5DA 1M4HA 5P6HA 3EM3A 2B8VA 5P6RA 5OYRA 3ZMGA 3BRAA 3K1WA 3GW5A 5P24A 3OAGA 4Y5BA 1G35A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IL2 A;  3LNK A;  4OD9 B;  4ACU A;  2O4S A;  5AH6 A;  4HE9 A;  4Y3T A;  2FGV A;  3K5G A;  3R0W A;  3FNT A;  2B7F A;  2VJ9 A;  2QD8 A;  5PEP A;  4AA8 A;  3I6O A;  4RLD A;  5P3K A;  2FNS A;  1G2K A;  3MWS A;  3KF0 A;  1A9M A;  4OBF A;  5I3Y A;  5P0A A;  2FLE A;  4BEK A;  3FV3 A;  4A4Q A;  3OY4 A;  3TKW A;  1HTF A;  3SAC A;  2VJ7 A;  5KOQ A;  1EBY A;  3LZV A;  3ER5 E;  5SY3 A;  1HTE A;  1HVR A;  1K1T A;  3SAB A;  5P1W A;  2R5Q A;  5P27 A;  5P62 A;  2IKU A;  2QD6 A;  2G22 A;  4NJU A;  2AVO A;  1ZP8 A;  5P15 A;  3S2O A;  3VLB A;  3TPP A;  3KFR A;  1XE5 A;  1IVQ A;  2IEN A;  2QNN A;  4Y53 A;  1FQ7 A;  4K8S A;  2RMP A;  2ZGA A;  5P5W A;  5P0G A;  5P13 A;  4LP9 A;  3FX5 A;  3OXX A;  4HDF A;  3BGC A;  4BFB A;  2AVQ A;  1DAZ C;  5P4D A;  3ZKM A;  4APE A;  4Y4B A;  4I0E A;  5HDU A;  3KMX A;  4X7I A;  3VCM A;  4Y45 A;  2OHQ A;  4KE0 A;  1G6L A;  4DJO A;  5OZN A;  5P7C A;  1AM5 A;  2HB3 A;  5P7U A;  1BDR A;  5P55 A;  5HDV A;  1YTI A;  2J9K A;  2VIY A;  3PBZ A;  5P3S A;  3QBF A;  1MT8 A;  5P89 A;  5DQ4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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