4FIVA

Fiv protease complexed with an inhibitor lp-130
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
VGTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGVGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLIQPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Toward a universal inhibitor of retroviral proteases: comparative analysis of the interactions of LP-130 complexed with proteases from HIV-1, FIV, and EIAV.
pubmed rcsb
molecule tags Aspartic protease
source organism Feline immunodeficiency virus
molecule keywords FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE
total genus 28
structure length 113
sequence length 113
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 1998-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fivA00
2R3WA 1BDLA 4ZPEA 3HVPA 2G1SA 5P0NA 2AZ8A 1BBSA 5P4GA 4J54A 1GVWA 5P7XA 3QVIA 5P8NA 5HE4A 3PSYA 1MRWA 1IBQA 1PPKE 1D4HA 2AOFA 2R43A 2VKMA 5P82A 4Y56A 1Z1HA 4WTUA 3OU4A 4Y38A 3L5EA 4J0ZA 3QRMA 5P3RA 5P6ZA 3OWNA 4RYGA 5OZKA 3GI4A 3INFA 4FM7A 3EKYA 2F8GA 5IE1A 2HB4A 5P47A 5OZYA 3MSLA 5IVQA 3JW2A 3UQWA 4AUCA 3LHGA 1ODXA 3WSJA 3UQRA 4NPUA 2PQZA 4Y3WA 4B1EA 4LP9A 5P28A 5P05A 2R5QA 4JPEA 2PSVA 4I11A 5P5ZA 1RV7A 1ZBGA 3CYXA 2P4JA 4APRE 3LZUA 1T7IA 2AOCA 1ENTE 3UQUA 5P6SA 3PBDA 3I25A 2I4UA 5P1IA 2B7FA 3L59A 4Y3AA 4D83A 5P75A 4FRIA 4U8WA 5COOA 3OADB 1MEUA 3F9QA 4QJAA 3INDA 1AAQA 5P09A 4I12A 4U7QA 5P4AA 5C9FA 5P4IA 4OBFA 3UQPA 4Y3NA 4EYRA 3FNTA 5P7YA 4LBTA 1EPQE 4Y4WA 1TSQA 3OAGB 3IXOA 1PROA 2Z4OA 3PSUA 1EEDP 1IIQA 3SKGA 5KR2A 1UPJA 5P8UA 2BPWA 2PSGA 2XFIA 5DGWA 1W50A 1G6LA 1W6HA 5J25A 5P7DA 2ZE1A 5P25A 5P3WA 3S54A 2QZKA 4TRZA 5P15A 3VYDA 4Y37A 5P1XA 2Q11A 5P4BA 4GJAA 5IVSA 5P74A 3S2OA 3CKPA 3URIA 3VCMA 3TKWA 4U7VA 4EJ8A 5P4TA 5TOLA 2ZHTA 4EP3A 4GJDA 5P62A 4RRSA 3DCRA 2P83A 5F01A 3DV5A 5P1HA 1AM5A 5P70A 1Q9PA 5JFPA 5P6OA 1TZSA 3PWWA 5P5BA 4CKUA 3DK1A 1SDUA 1LYBA 1AZ5A 4JPCA 3TTPA 5P6RA 2R38A 5OZ7A 4LC7A 5P3DA 2Q54A 3ZMGA 2NMYA 5P0BA 1HXWA 4F74A 2I0DA 2UXZA 4Y3SA 3U7SA 4B72A 1HSHA 4WY1A 1EPOE 4Q1YA 5P7KA 5P7BA 3EL5A 5PEPA 5OZVA 2AVMA 5P0DA 4QJ8A 3R1GB 2OHQA 3EM6A 5KAOA 3UF3A 5P8SA 2I4VA 2QZLA 5COPA 3QVCA 4DJPA 2XFKA 4K4QA 1CMSA 3TPJA 1BVEA 5P61A 2B42A 1SH9A 5OZSA 4Y3RA 4ER2E 4B1DA 3PI0A 1W5XA 1TSUA 5C9BA 3RVIA 5P7CA 3LPIA 5P2CA 4CPRA 1HEFE 3DM6A 2FS4A 2QI0A 1SBGA 4E43A 4YCKA 4CPTA 5P34A 1GVUA 1XN2A 1E82E 1SMRA 2P8HA 3OADA 3EXOA 4LL3A 3O9FA 4R93A 4L7JA 2BPZA 2FMBA 4OBHA 4L1AB 4YCYA 4A6BA 5P5CA 3OTYA 5P2AA 5P5UA 3RTNA 5IS4A 5P37A 4ZPFA 2NPHA 5P24A 3Q6YA 5P3IA 5P0CA 1K1UA 2I4XA 4Y35A 5P6MA 3OOTA 3OAGA 3FIVA 1OEXA 5P3XA 1NPVA 5OYWA 5DGUA 2NNPA 5P1DA 5P6YA 5OZWA 2ZGAA 5P43A 2A4FA 3VV6A 5DQ5A 1G35A 3DOXA 5P17A 4OBKA 5P18A 4Y4XA 5P6KA 2JJIA 2ZJKA 2BKSA 2I1AA 4J0TA 4J17A 2WF4A 4YE3A 5P08A 3KFPA 5P0IA 3GW5A 1LF2A 1VIJA 2I4QA 4I0GA 2RMPA 1MESA 4RVIA 3MXDA 3FNSA 2IGXA 4Z2ZA 3NU6A 5P2NA 4TRYA 1FEJC 2OAHA 3IGBA 2BPXA 1SDTA 4EQ0A 1KJHA 4RROA 1HXBA 5P29A 5P6UA 4TVGA 2ER7E 5P5DA 5BWYA 3BC4A 4ACUA 4Y5AA 5HCOA 1SIPA 1E5OE 5P0VA 4EP2A 2WF3A 4I0ZA 4YD3A 2BQVA 3FNUA 3NWXA 2PYMA 4ZLSA 3O9LA 5P2SA 1JLDA 2IKUA 3PSGA 5P6JA 4I0DA 5APRE 4J1CA 4Y3GA 2NXMA 5OZBA 1HIVA 3N4LA 4B77A 3NXNA 1C70A 3GI5A 3PMYA 4I10A 3IXJA 3DCKA 3T11A 2B60A 3L5DA 3O99A 5P4VA 5P5NA 1GVTA 1K6PA 2ER6E 1LS5A 5SY3A 3ZKNA 5COKA 4I0JA 5P3AA 2RKFA 2UPJA 3GGAA 5OZ4A 3GGUA 5P1UA 3PRSA 1IDBA 1CZIE 5OZ0A 8HVPA 3L38A 3VG1A 4XXSA 5E5KA 2QP8A 3PLDA 5I3XA 2JE4A 3LIVA 4COEA 1E81E 5P5GA 5P3HA 5P4SA 2O4SA 5P6CA 5P4EA 1IZHA 4HDBA 4L1AA 4APEA 3SA8A 4F76A 3B7VA 4DJYA 1C6YA 3MSJA 5ISJA 3INEA 1META 4DJQA 4FE6A 4Y36A 5P2TA 5P0YA 4EXHA 3WZ8A 2QMDA 3ZOVA 4YDGA 5P72A 4Y4UA 1AIDA 3AIDA 4K4RA 2VIJA 5P39A 3Q4BA 3OQKA 3I2LA 3BUHA 3INHA 3C9XA 3NLSA 3SABA 3UTLA 5P1MA 3OXXA 5ENKA 4Y3TA 3ZPTA 3OQDA 4RYCA 3KT5A 2ZJHA 1PSAA 4ZSQA 3K4VC 1A8GA 5OZ9A 4EHCA 2O40A 3L5BA 2CEJA 2XYEA 4FRKA 1FQXA 5OZHA 3OQ7A 2NXLA 1IVQA 1LZQA 3UDJA 3PM4A 5P7AA 3TLHA 3CMSA 2FIVA 4EPJA 3ZKSA 2AOIA 3KF0A 4DFGA 3VF5A 1BAIA 3RSXA 5P8FA 3NU4A 5DQ4A 4XX3A 5P3OA 2FXEA 5CONA 1FMXA 2B8VA 2HPFA 4RVXA 3KA2A 4Y4JA 4GJ9A 5P8VA 5P7PA 2BB9A 3PCZA 5P81A 5P4YA 4KB9A 4CPWA 1D4LA 5DR1A 2FXDA 3B80A 3S7MA 5P8DA 4EQJA 5P4OA 5P3KA 3OOZA 1YTGA 2CENA 1EPLE 3QROA 1FFFC 2JXRA 1XL5A 5OYTA 4DJVA 2V12C 5P8BA 4D89A 2QZWA 3NR6A 3OXVA 1AVFA 3S8IA 1D4IA 1HPOA 4YBFA 5P8KA 2F81A 5P59A 1HWRA 4J0VA 5EZZA 3KDBA 4R92A 4I0FA 3UDNA 1Z1RA 1ZSRA 2O4LA 3LZYA 3RU1A 4AA9A 1AXAA 5P6PA 5OZEA 3K5FA 5P33A 2ZYEA 5P8JA 2P3BB 3CICA 3NU9A 1SMEA 1BVGA 3NU3A 2VNMA 5P4FA 1T7KA 5P69A 4Q1NA 5P01A 2OF0A 4Y44A 3BGBA 4Y5EA 4DQCA 5P83A 3R0WA 5P06A 1HVLA 3UDHA 3R4BA 1IZEA 1MT7A 1HVKA 3NWQA 5P0SA 5P38A 3EKTA 2ZHUA 3IAWA 2OHLA 2ER9E 4WY6A 1HTRB 3A2OA 3WB5A 5OYVA 2G1YA 2G94A 2QHZA 3BGCA 3IN4A 3G72A 3PCWA 5P2EA 2Q15A 5P3YA 5P5YA 4KE1A 3UFLA 1MPPA 5SY2A 3R0YA 5HU1A 4Y3DA 2VNNA 1KJFA 3VUCA 3TOGA 2O4KA 5P1GA 5P67A 2QNNA 1OD1A 3PEPA 1AJXA 4J1HA 4HA5A 1EPNE 1PPME 3QPJA 1FQ4A 3UDPA 1EBZA 5OYSA 5P66A 1FIVA 4YOBA 2P3DA 3KDCA 4FIVA 3CKTA 3GGXA 5OYXA 4ZIPA 5P0PA 5P8GA 1MIQA 5P0JA 5P4JA 4FSEA 5P49A 4F73A 2AODA 3IXKA 1LEEA 1EAGA 3VYFA 1YG9A 4BFBA 2G1NA 2IS0A 4GJ7A 5P42A 1VIKA 4ZPGA 4GZFA 2PK5A 5OZ8A 4DQFA 4YD6A 3UCBA 5P56A 4MC9A 1ZLFA 1ZP8A 5DR3A 4ZE6A 5P54A 3S53A 1EC1A 3EKVA 1HBVA 2AZ9A 5P6VA 1T3RA 3NYGA 4CPQA 3EKPA 4DJOA 5P40A 3CIDA 4Y57A 5CLMA 4DH6A 4H3GA 2O4NA 4PZWA 2JJJA 2BJUA 5P44A 3T6IA 3QBFA 3SA4A 3D1XA 4B05A 2VA7A 3APPA 3L5CA 1EPRE 4HDPA 4CMSA 4X7IA 1YTHA 3KFNA 1K2BA 3CKRA 3QIHA 4FRJA 3L5FA 3SA9A 4Y54A 1T6EX 5P0WA 2QNPA 2P3BA 2ZHRA 5P11A 2G1OA 2EWYA 4NJUA 3OUCA 2ZJLA 4J0YA 3NXEA 3PWMA 5DR4A 2Z54A 2PH6A 3EL1A 3HDKA 1F34A 3TPLA 1YM4A 1N49A 1PSOE 1XE6A 5P2JA 3D3TA 5P8CA 3UFNA 2AVVA 6APRE 2I0AA 3UQXA 3SM1A 4Y4ZA 5P3LA 2IL2A 1HVJA 5E5JA 1QBSA 3NUOA 5P0TA 3LIZA 5P3CA 2ZJJA 4DJWA 4OBGA 1XDHA 2FLEA 4DV9A 5P5XA 3TPPA 3PBZA 2VA5A 5DQ1A 3HD8A 4CPUA 3OQAA 4ZSMA 2QU3A 5P2OA 3MSKA 2HM1A 5P1OA 5P4WA 3EMYA 3VFAA 3LZVA 1LYAB 4D88A 5OYQA 5IVRA 5P04A 1DAZC 3OY4A 3OK9A 5JFUA 2QMPA 5JG1A 4Y5NA 3IVIA 4ER4E 3ZKQA 3LPKA 2FDDA 2AQUA 1FFIC 1B5FB 1NPAA 2P3CA 2R9BA 3HLOA 5P0MA 4NPTA 1YTIA 5P4PA 2QCIA 3L58A 3U71A 2PK6A 3O9CA 5P00A 1D4SA 2J9JB 5KQFA 1HRNA 4TVHA 1TCWA 1ZPAA 2HC0A 5P7VA 4Y3LA 5P8LA 5P7GA 1BXOA 4AMTA 3D1ZA 3VSXA 3T7PA 3I8WA 3VYEA 5P7ZA 4B78A 1LF4A 2VIZA 6UPJA 4Y4EA 5P78A 2SAMA 5P3TA 3EKWA 1MUIA 3GI6A 5P4LA 1UH8A 1BDQA 5AHCA 4K4PA 5HE5A 4XKXA 3VEUA 1HVRA 5P8IA 1MRXA 2FDEA 1PFZA 1MTBA 1FKNA 4A4QA 5P6HA 2Q3KA 4IVSA 1WBKA 4PHVA 3VF7A 5P3EA 4Y3HA 2IENA 5BRYA 4BELA 3NUJA 3K5GA 3BUGA 4GMIA 1E80E 1F7AA 2ANLA 4OD9B 4LAPA 2HB2A 1EBWA 2FGVA 5OZAA 4ER1E 5P73A 4Y5PA 3N3IA 2P3AA 5P86A 4Y51A 4GJ8A 4DUSA 2B8LA 4FM8A 3QP0A 5P6NA 5P6QA 3HW1A 2OHUA 5UPJA 2QK5A 3Q3TA 4YDFA 4Y53A 5P2VA 1EBKC 5OZXA 3ZKMA 4AA8A 2G26A 3BRAA 5P4QA 2QZXA 5P8EA 4FCOA 1HPXA 4D85A 4EXGA 3D20A 1FLHA 1BILA 1MVPA 2HS2A 4HEGA 5P52A 4J55A 3R2FA 1XS7D 5P0ZA 3EL4A 5P1YA 2F3FA 5P8HA 4ACXA 3OXCA 3UDQA 2QI1A 4J5JA 3EKXA 5P5RA 3GGVA 1YM2A 3QN8A 1EC2A 5P22A 3QRSA 5P4KA 5P3SA 5HDZA 3O9GA 2QD8A 2QMGA 5P76A 4JOOA 1LV1A 5P0HA 3KM4A 1IVPA 1ZSFA 3HVGA 5P1RA 3ZPSA 5P1AA 3SKFA 5P19A 4FRSA 5AHAA 5KQYA 5P5OA 4I0IA 3K5CA 5P8PA 1D4KA 5HDXA 1APUE 4FAFA 5DQ2A 2G69A 2J9JA 4JP9A 4Y4DA 5DQCA 3CIBA 4YD7A 1M4HA 1Z8CA 4Y58A 3CYWA 3BVAA 3DV1A 5P6TA 2WEZA 5P0QA 3T7XA 4Z50A 5HD0A 3KDDA 3G6ZA 1FQ7A 5P5FA 5P6GA 1BIMA 5OYRA 2AOEA 2MIPA 5P03A 4CPXA 1XE5A 1BV9A 5P3ZA 1IDAA 5P6FA 1RPIA 3EL9A 3OGQA 4FGXA 5AH8A 5P89A 2RSPA 5AH6A 3SLZA 5ENMA 5P6WA 1T7JA 5P3VA 3JVWA 4Y3EA 5P31A 3TOHA 5KOQA 4MC1A 2V16C 2R3TA 5AHBA 4NJVA 5C9DA 5P1NA 4JECA 3OXWA 5B18A 4DVFA 5P0UA 4OD9A 3BXSA 2I4WA 3PVKA 2WF2A 1MTRA 1SGUA 1G0VA 3NDUA 3S45A 3SQFA 2V13A 4H3FA 3I6OA 2OHPA 2IGYA 5P5AA 4RLDA 1MERA 1D4YA 5P41A 5DR7A 3WZ7A 3PHVA 4LXKA 4DQHA 5SZ9A 2WF0A 3SAAA 1ODYA 3UDYA 1KJ4A 3BUFA 1SP5A 1FG8C 1MT8A 3KT2A 3QAAA 4HZTA 5P5QA 1HOSA 5P63A 4IVTA 5KQXA 5P2XA 5HU0A 3UDKA 5P68A 5P07A 4RZ1A 3RTMA 3MWSA 5P4HA 4DPIA 5P7LA 5P8OA 2R5PA 5OZPA 2PC0A 1SGZA 4Z22A 3O9AA 3AUPA 5P5IA 4EJDA 3LNKA 4S1GA 3UHLA 3GI0A 5HDUA 4GB2A 5P35A 3ECGA 3OUBA 3LIQA 4H1EA 5P1TA 5P2IA 3VV8A 1W6IA 1QDMA 5P50A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2R3W A;  1BDL A;  4ZPE A;  3HVP A;  2G1S A;  5P0N A;  2AZ8 A;  1BBS A;  5P4G A;  4J54 A;  1GVW A;  5P7X A;  3QVI A;  5P8N A;  5HE4 A;  3PSY A;  1MRW A;  1IBQ A;  1PPK E;  1D4H A;  2AOF A;  2R43 A;  2VKM A;  5P82 A;  4Y56 A;  1Z1H A;  4WTU A;  3OU4 A;  4Y38 A;  3L5E A;  4J0Z A;  3QRM A;  5P3R A;  5P6Z A;  3OWN A;  4RYG A;  5OZK A;  3GI4 A;  3INF A;  4FM7 A;  3EKY A;  2F8G A;  5IE1 A;  2HB4 A;  5P47 A;  5OZY A;  3MSL A;  5IVQ A;  3JW2 A;  3UQW A;  4AUC A;  3LHG A;  1ODX A;  3WSJ A;  3UQR A;  4NPU A;  2PQZ A;  4Y3W A;  4B1E A;  4LP9 A;  5P28 A;  5P05 A;  2R5Q A;  4JPE A;  2PSV A;  4I11 A;  5P5Z A;  1RV7 A;  1ZBG A;  3CYX A;  2P4J A;  4APR E;  3LZU A;  1T7I A;  2AOC A;  1ENT E;  3UQU A;  5P6S A;  3PBD A;  3I25 A;  2I4U A;  5P1I A;  2B7F A;  3L59 A;  4Y3A A;  4D83 A;  5P75 A;  4FRI A;  4U8W A;  5COO A;  3OAD B;  1MEU A;  3F9Q A;  4QJA A;  3IND A;  1AAQ A;  5P09 A;  4I12 A;  4U7Q A;  5P4A A;  5C9F A;  5P4I A;  4OBF A;  3UQP A;  4Y3N A;  4EYR A;  3FNT A;  5P7Y A;  4LBT A;  1EPQ E;  4Y4W A;  1TSQ A;  3OAG B;  3IXO A;  1PRO A;  2Z4O A;  3PSU A;  1EED P;  1IIQ A;  3SKG A;  5KR2 A;  1UPJ A;  5P8U A;  2BPW A;  2PSG A;  2XFI A;  5DGW A;  1W50 A;  1G6L A;  1W6H A;  5J25 A;  5P7D A;  2ZE1 A;  5P25 A;  5P3W A;  3S54 A;  2QZK A;  4TRZ A;  5P15 A;  3VYD A;  4Y37 A;  5P1X A;  2Q11 A;  5P4B A;  4GJA A;  5IVS A;  5P74 A;  3S2O A;  3CKP A;  3URI A;  3VCM A;  3TKW A;  4U7V A;  4EJ8 A;  5P4T A;  5TOL A;  2ZHT A;  4EP3 A;  4GJD A;  5P62 A;  4RRS A;  3DCR A;  2P83 A;  5F01 A;  3DV5 A;  5P1H A;  1AM5 A;  5P70 A;  1Q9P A;  5JFP A;  5P6O A;  1TZS A;  3PWW A;  5P5B A;  4CKU A;  3DK1 A;  1SDU A;  1LYB A;  1AZ5 A;  4JPC A;  3TTP A;  5P6R A;  2R38 A;  5OZ7 A;  4LC7 A;  5P3D A;  2Q54 A;  3ZMG A;  2NMY A;  5P0B A;  1HXW A;  4F74 A;  2I0D A;  2UXZ A;  4Y3S A;  3U7S A;  4B72 A;  1HSH A;  4WY1 A;  1EPO E;  4Q1Y A;  5P7K A;  5P7B A;  3EL5 A;  5PEP A;  5OZV A;  2AVM A;  5P0D A;  4QJ8 A;  3R1G B;  2OHQ A;  3EM6 A;  5KAO A;  3UF3 A;  5P8S A;  2I4V A;  2QZL A;  5COP A;  3QVC A;  4DJP A;  2XFK A;  4K4Q A;  1CMS A;  3TPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1RNE A;  1K1T A;  4DQB A;  5P5J A;  5P5M A;  2QI7 A;  4OC6 A;  1DPJ A;  3U6A A;  1HPS A;  3SO9 A;  2R8N A;  2G22 A;  5OZC A;  3SPK A;  5P4X A;  5P3N A;  4J1I A;  1GNN A;  4Y5B A;  4L7H A;  1APT E;  3OU4 B;  5SXN A;  3EKQ A;  4J1E A;  2AID A;  4Q1X A;  4H3I A;  4LHH A;  3IN3 A;  5P02 A;  5P5V A;  1BDR A;  1LF3 A;  4R5N A;  1MT9 A;  1FQ6 A;  5P51 A;  5P2F A;  3PWR A;  3RSV A;  5P2G A;  2V0Z C;  5OZ1 A;  5OZI A;  5P23 A;  3HAW A;  1GNM A;  2ZJI A;  5P1W A;  5P0F A;  5OZG A;  3IA9 A;  4I1C A;  4HDF A;  5OZU A;  4J1K A;  1OEW A;  2VJ6 A;  5HCT A;  2QHC A;  3K5D A;  2PMA A;  5P7M A;  2PWC A;  2Q64 A;  4YD5 A;  2FGU A;  5P7E A;  1LYW A;  1A8K A;  3S7L A;  1B11 A;  2G24 A;  5P14 A;  5P7S A;  2FNT A;  4Y3P A;  1HII A;  3EC0 A;  3HZC A;  3SA5 A;  3OTS A;  2HIZ A;  5OZQ A;  4Y3Y A;  4OBJ A;  5P2R A;  1QBU A;  2NR6 A;  5KR0 A;  4UPJ A;  4Y5M A;  2REN A;  2Q55 A;  3DJK A;  2WKZ A;  1W51 A;  3EBZ A;  5EZX A;  3PB5 A;  1HVC A;  5P10 A;  4PPH A;  4J0P A;  5P4C A;  3QBH A;  5P0O A;  2VJ9 A;  3PJ6 A;  3PLL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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