4FL8A

Hiv-1 protease complexed with gem-diol-amine tetrahedral intermediate
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Capturing the Reaction Pathway in Near-Atomic-Resolution Crystal Structures of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fl8A00
1BDLA 1NSOA 4U7QA 5P7WA 2P3CA 5P2TA 2P83A 3DV1A 3TPPA 1B6PA 2WEAA 5P0DA 2APRA 1GVUA 5P79A 1E80E 5OYQA 1BVGA 4GJ9A 2O4PA 3FNSA 4I0DA 4UPJA 2WEZA 1ZPKA 3DUYA 3SFCA 4PHVA 3U6AA 4Q1XA 1EBZA 3S7LA 5P1NA 3OAGA 2PWCA 4TVGA 1EC3A 3KDBA 5P8IA 1EC0A 1AAQA 5OZNA 2I4QA 5P41A 2ER7E 4FL8A 4FSEA 3QBFA 4Y3DA 1ODYA 5HVPA 2Q63A 5P2QA 1T7KA 3WZ6A 1XN2A 1APWE 3VYEA 1ZP8A 1LYBA 4JECA 2G94A 4N00A 4ZE6A 5P78A 5P8UA 4FAEA 2VA7A 3ER3E 2ER0E 5SZ9A 2QMPA 4OBDA 1ENTE 5P64A 2OHRA 5P7OA 1A8KA 5P3HA 5OZQA 3UDHA 3OHFA 3EC0A 3KT5A 5KOQA 5I3YA 3RU1A 4QJ6A 3D1ZA 3SQFA 1T6GA 4LXAA 1FG8C 3AIDA 3BRAA 4MC2A 2PYNA 5P4YA 3WB4A 3KFRA 1HTGA 2FDPA 4YBIA 5P4ZA 3SA9A 5P3SA 3S85A 2V0ZC 3VV7A 1XS7D 5AH7A 2G1RA 3I6OA 1HHPA 3URIA 5P3MA 5P2OA 2NNKA 1MRWA 3SACA 3ZKMA 5P0MA 1TW7A 4RRSA 3OUBA 4Y5LA 3IVHA 5P5GA 4CPXA 4RGHA 4H3IA 4IVSA 2V12C 3S43A 1EBYA 2QP8A 5P3UA 4ACUA 5OZ4A 2QHYA 2IENA 2G1NA 2WJOA 5P3XA 5C9BA 3PM4A 2XFIA 4R93A 1TCXA 4QJ2A 3MXEA 2I4XA 3O9AA 5P6BA 4ZSMA 1RL8A 5OZ7A 4Y47A 1QBTA 4J54A 3A2OA 4M8XA 1PROA 5P71A 3PI5A 5P6DA 2B8VA 3PGIA 2WF4A 2ER6E 4KE0A 1BXQA 3SKGA 3L3AA 5P8EA 3UQRA 5OZDA 3NSHA 4PYVA 2PYMA 3IXOA 1VIJA 2AVOA 3I2LA 3GI5A 2O4LA 1GKTA 2Z4OA 4Y45A 3BVBA 5COPA 3WB5A 5P0AA 5OZZA 5EZZA 2VJ7A 2O40A 4OBZB 4FRKA 4Y6MA 4ZSQA 4EPJA 5P0RA 5P4RA 3PWWA 3PLDA 4HVPA 3D1YA 1EAGA 2OF0A 2ZJJA 1ER8E 4B78A 2G24A 3KN0A 3LIZA 2G27A 2ZJHA 4B70A 4LXKA 5P7MA 2QMGA 4DQCA 3INHA 3T7PA 3EM3A 1A8GA 1HVRA 4CPSA 1HEFE 2NXDA 5P8LA 1OEXA 4EXHA 2P3DA 1D4LA 2QI4A 4KE1A 4Q1WA 4Y56A 2ASIA 5OZUA 5P3BA 5SXNA 3LIYA 4YOAA 5P6PA 1UPJA 5P7KA 5P27A 5P36A 2ZHTA 5P6HA 3INEA 4FIVA 4WY1A 1HVKA 1F34A 1B5FB 1HIVA 3HLOA 5DQ2A 5P6YA 4CP7A 5AH6A 2I0AA 2P3AA 1FGCC 4RRNA 5OZKA 4APEA 1TZSA 3APRE 3UDNA 5P0WA 5P2ZA 1HPOA 5OZOA 2FNTA 4I10A 3EKYA 4GMIA 4RZ1A 1Z1HA 2F3FA 1XL5A 3PCWA 5P4KA 2ZHVA 2ZGAA 4Y4XA 3B7VA 1HWRA 4COEA 1W5WA 4Y39A 5P1QA 1SMEA 3OXXA 5P62A 1OEWA 3C9XA 5P0BA 3UCBA 5P76A 2HIZA 3TPLA 5P57A 5P4HA 2G1SA 2CEJA 5P1BA 5P5JA 2A4FA 5P5MA 1ODWA 2Q5KA 5P0VA 2VS2A 1BVEA 5HDVA 4K9HA 4NPTA 1HSIA 3ECGA 5P37A 4DJQA 2O4SA 5P4TA 4DJXA 5KR1A 5CONA 2FGUA 2R43A 4CPWA 5P2DA 5OZVA 5P3QA 3OU3A 5P2WA 3NXEA 2R38A 3OXWA 4Y5PA 3ZPSA 3G6ZA 3NU6A 5P51A 3DM6A 1K2BA 5P2CA 3OAGB 1G2KA 3KDCA 1QS8A 5HE4A 3EKTA 2R5QA 5JG1A 1LS5A 3HVPA 5P0CA 2Q55A 4HE9A 3DK1A 3PMUA 5P24A 2AVSA 2AOJA 3OK9A 3O9IA 5OZRA 3H0BA 4NJTA 4Q1YA 2WHHA 2ANLA 1EC2A 5P1WA 3UQXA 5P0KA 5P13A 5P7BA 3UFNA 4CKUA 5P6NA 1T6EX 1A9MA 3TOGA 4I8ZA 9HVPA 1GVTA 4YDFA 3ZKXA 1FQ7A 5P6SA 5P4GA 3RSXA 2BB9A 3LITA 4Y4BA 2PWRA 3TOHA 1DPJA 5ENMA 3ZL7A 5P0EA 2VIYA 3PI0A 4EXGA 1LEEA 5P7XA 4Y5GA 4YHQA 3INDA 4DJOA 5P49A 2AZ9A 5HCTA 5I3VA 5P5FA 5P2MA 5P0TA 2Q64A 1Z8CA 2UXZA 5P2IA 3OXCA 2RKGA 5P2KA 1MVPA 3QN8A 5P55A 5P8NA 3VYFA 4Q1NA 2OAHA 2QCIA 5P5KA 5OYXA 4Y41A 4J1IA 4OD9B 2ZDZA 3UHLA 3K4VA 5P8QA 1W5YA 2NTRA 3EM4A 5ER2E 3TKWA 1OD1A 2OHPA 5OZ5A 5P65A 5P3YA 5P6WA 1IBQA 2QNPA 4DJVA 5P7AA 5P1AA 5P40A 4Y5KA 5P6LA 5DR4A 3SA5A 1MT8A 2B8LA 5ER1E 3PMYA 1K6CA 3EKWA 2AVMA 1YM2A 2QZLA 5P7SA 3UDPA 1B6LA 3BUHA 2OHNA 3T11A 3K5DA 4APRE 2EWYA 5P0XA 4J1EA 3PBDA 1MUIA 3OUAA 5P20A 2BPWA 3BXRA 3QRVA 1HOSA 3LIVA 3QPJA 5P6XA 4WY6A 1SGZA 5P35A 2HB3A 4R95A 1IVQA 1IDBA 4AA9A 1YG9A 1XDHA 1HBVA 3TH9A 2R8NA 1PPLE 3DCRA 1ZTZA 4Z4XA 5P8BA 3HAWA 4H3FA 3R4BA 2V10C 1BDQA 5P0LA 7UPJA 5HDUA 4DUSA 2ZE1A 5P25A 1MT7A 2NMZA 4QJ9A 3QIHA 4EJDA 4Y36A 1SGUA 4PZWA 3CICA 2HS2A 5P2UA 1IDAA 3PSGA 5DQ4A 5P1RA 1G6LA 1ZJ7A 3DJKA 4QJAA 1MEUA 5HE7A 4NPUA 1LF4A 5P33A 1GNOA 5P0UA 3OADA 3TPRA 4YD7A 2AOFA 4PEPA 1FIVA 4YCKA 2OHMA 3O9HA 1PSNA 1ZBGA 5KR8A 5P4OA 5P6AA 2OHLA 2OHTA 5P23A 2ZHSA 4B1EA 5P1EA 2BKSA 1CPIA 2PSGA 3KMYA 4JP9A 3VCMA 2PC0A 5P3KA 4L7GA 4Q5MA 2FNSA 1EPLE 1RQ9A 4I0ZA 4EP3A 4DPFA 2Q15A 4YD5A 5DR7A 2V16C 4RVIA 4FRJA 5P31A 3EKXA 3VLAA 5P0NA 2AQUA 3TL9A 5P5TA 7HVPA 5P0JA 3TKGA 4H3GA 4GYEA 5P2FA 3ZKGA 2VIJA 2QNQA 3NYGA 1C6ZA 4LP9A 5P2JA 3D20A 2HAHA 5HU1A 5HE5A 3VF7A 3RTHA 2NR6A 2BBBA 3BC4A 1AIDA 3K4VC 4L7HA 5P34A 5P5DA 4Y3YA 5P72A 4EJ8A 5P4IA 4J0YA 5P10A 4Y51A 5C9FA 4K4QA 5IVTA 1SBGA 4I11A 5P3LA 1BWBA 3GI0A 4NJUA 3CKPA 4Y3QA 3S8IA 4Y3EA 4Y37A 5B18A 5P4SA 4Y4AA 2HM1A 5ISJA 2AOGA 5P53A 2AOCA 4AA8A 5OZ6A 1DW6C 1FQXA 5P7NA 3PSYA 5P02A 2F81A 5OYWA 5P75A 5F01A 5P7RA 2PK5A 1AM5A 5P43A 1TQFA 4K4PA 1IZIA 3OU1A 3ZKQA 4EJLA 1IZHA 5P8VA 3OU4B 1EPME 1MRXA 5P2LA 5P3PA 4X2LA 5P4MA 3NUJA 2JXRA 3INFA 5P6EA 3IAWA 1MESA 5KR2A 5P11A 4OD9A 3VYDA 4BFDA 4HEGA 3R1GB 3TPJA 3U71A 2G22A 1TCWA 4HDFA 2IL2A 4EWOA 5P88A 5JODA 3D3TA 4GJ6A 4JPCA 1BILA 1SMRA 3BGBA 1APVE 5OZ0A 6APRE 5OZWA 5P8TA 3OQKA 2WF3A 1CMSA 4ACXA 3BVAA 3HVGA 3OOZA 5HDZA 5P59A 2BPVA 2B42A 5P6TA 1EC1A 3Q3TA 4GJ5A 4XX4A 5P3TA 3WZ8A 4YCYA 5P4WA 3ZPTA 5P00A 2PMAA 4Y4UA 1META 4XX3A 1ZPAA 2ZJIA 5P39A 5OYUA 5P1IA 4ZPFA 5P87A 5P4LA 6UPJA 1ZAPA 1C70A 4QLHA 1MSNA 3LIQA 4TRWA 4RCDA 3PHVA 3OGQA 3FIVA 1KJ4A 5P2HA 5IS4A 4ER1E 3ZKIA 3VUCA 3VSXA 5P7FA 1NPVA 5P38A 1K1TA 4ER2E 2F3KA 1D4IA 3LZVA 3SA7A 5P8JA 3RTNA 5I3XA 1BXOA 5P0ZA 2VJ6A 5KOSA 4F76A 1DAZC 1APTE 2G21A 5AH9A 3T3CA 1BWAA 5P8DA 2Q54A 3SPKA 4Y3RA 2I0DA 3VV6A 5HTZA 2XYEA 4L1AA 3OTSA 2B7ZA 3BHEA 5P0IA 2F80A 1WBKA 3S7MA 5FIVA 5P77A 1TSUA 3O9DA 5P3GA 3DV5A 5SY2A 3D91A 2RMPA 5P5CA 4R5NA 1IVPA 2ZHRA 4Y4DA 1B11A 4Z2ZA 2XFJA 3VF5A 3JW2A 2HC0A 5P5UA 4Y5MA 4LXMA 2OHQA 4Y3SA 3TLHA 1MERA 5P2VA 3QROA 5P1TA 2CEMA 1YM4A 5P5HA 2R3TA 5P5NA 4FS4A 4J1HA 3IXKA 4BEKA 5BS4A 4Y5EA 2FLEA 3NLSA 2HPEA 1FLHA 3R2FA 5P4EA 4FM8A 5P03A 1HVHA 2FGVA 4DV9A 5P29A 1MPPA 1SDVA 1T3RA 3IXJA 2R5PA 4QGIA 2QI5A 3OUCA 5P5YA 5P5PA 1E81E 3PB5A 1HVIA 1B6KA 5DR8A 3OADB 5P8MA 1D4YA 2P8HA 3GW5A 5P52A 1HIHA 2AOEA 3NU9A 3IGBA 5P5QA 5I70A 5P2YA 4F74A 2PH8A 2G26A 5DGWA 2IRZA 5P5LA 6FIVA 1QRPE 1QBRA 4Y50A 5P8GA 5DQ1A 3KMXA 2H6SA 5OZBA 3LZSA 5P3JA 5IE1A 3O9FA 3KYRA 3MWSA 4I1CA 5JFPA 4QJ7A 2JE4A 1SH9A 3QVCA 1N49A 4K4RA 3CKTA 3OQ7A 3EL0A 5P14A 5P1MA 3VEUA 5P0OA 1TSQA 4YCTA 4ZIPA 2AZCA 3VSWA 1HXWA 4Y3GA 4A6BA 4I0JA 5OZTA 5OYRA 4LBTA 3R0WA 1M0BA 3OUDB 4YD3A 1XL2A 3IA9A 3CYXA 2JJJA 5JFUA 5P67A 3OGPA 1LF2A 3I7EA 3L58A 5P3DA 4FCOA 4Y3WA 4EHCA 5P61A 3G70A 2IEOA 5P1GA 5OZXA 4FRIA 5AHAA 1YX9A 1MIQA 2QAKA 4HLAA 3OU4A 3CMSA 3KFSA 5P60A 3ZLQA 4Y4GA 5P4FA 3I25A 5APRE 5P1PA 5P7QA 1HSGA 4K8SA 3UDRA 4OC6B 3RVIA 1DMPA 4B72A 1EPOE 5P3IA 1W50A 4L6BA 3MSKA 5P09A 1D4SA 1W51A 1FB7A 3FV3A 1YT9A 3CIDA 1K2CA 5KQZA 5P4CA 4BELA 3FNUA 5OYVA 3OU1B 4OBHA 3GI4A 1FF0C 2FDDA 2P4JA 5P84A 4Y3TA 5P46A 4I0IA 5P8FA 4CPUA 1PPKE 4JOOA 5P69A 5P6RA 5P7DA 4Y5NA 1UH9A 5IVRA 2R3WA 1E82E 4Y3XA 5P3AA 4OBKA 4Y3FA 1T7IA 4U8WA 4YE3A 2FMBA 4ZSRA 4GJAA 5OZ2A 1FQ6A 2QI3A 2VNNA 5P58A 1QBSA 4I8WA 5P15A 5P7TA 3OY4A 1SIVA 2XYFA 2RENA 5P5BA 3ZKNA 5P66A 5P4DA 5P17A 2UY0A 5P6MA 4TVHA 4GB2A 5P1XA 1HRNA 3Q4BA 2ZJKA 5AHBA 5OZ9A 5P5WA 5P6OA 4B0QA 1LYWB 4RCFA 2V13A 3L38A 2I4VA 1HTFA 5P4UA 5P5EA 2Q3KA 5P0FA 3UDJA 2WF0A 5DQ5A 2G1YA 5SY3A 2QMFA 2IS0A 3GGUA 2AVVA 1QBUA 3G72A 4R91A 4I0EA 1LYAA 1LZQA 2AOIA 1EPQE 3LINA 5ENKA 2PSVA 4B00A 3K1WA 3SAAA 3QP0A 4FE6A 3HZCA 4Z50A 3PSUA 3UPJA 1PFZA 1HPVA 1MSMA 1W5XA 5P73A 1GNMA 4Y3AA 3FSMA 5P4VA 2FXEA 5P6KA 5P7CA 3KFPA 2I4DA 4Y3ZA 4L1AB 3PRSA 1YTGA 5P7ZA 2NNPA 3QBHA 5P5XA 5C9DA 1D4HA 2AODA 3PJ6A 2VA6A 5P0QA 5P6VA 4YA8A 1HXBA 2R9BA 5P1YA 5UPJA 3SM2A 3KF0A 5CLMA 2ER9E 4GJCA 5P1JA 4YDGA 4FGXA 3LNKA 1HVCA 5P3ZA 1W6IA 3OQDA 1DP5A 1RPIA 2WEDA 3L5BA 5P3FA 3EMYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BDL A;  1NSO A;  4U7Q A;  5P7W A;  2P3C A;  5P2T A;  2P83 A;  3DV1 A;  3TPP A;  1B6P A;  2WEA A;  5P0D A;  2APR A;  1GVU A;  5P79 A;  1E80 E;  5OYQ A;  1BVG A;  4GJ9 A;  2O4P A;  3FNS A;  4I0D A;  4UPJ A;  2WEZ A;  1ZPK A;  3DUY A;  3SFC A;  4PHV A;  3U6A A;  4Q1X A;  1EBZ A;  3S7L A;  5P1N A;  3OAG A;  2PWC A;  4TVG A;  1EC3 A;  3KDB A;  5P8I A;  1EC0 A;  1AAQ A;  5OZN A;  2I4Q A;  5P41 A;  2ER7 E;  4FL8 A;  4FSE A;  3QBF A;  4Y3D A;  1ODY A;  5HVP A;  2Q63 A;  5P2Q A;  1T7K A;  3WZ6 A;  1XN2 A;  1APW E;  3VYE A;  1ZP8 A;  1LYB A;  4JEC A;  2G94 A;  4N00 A;  4ZE6 A;  5P78 A;  5P8U A;  4FAE A;  2VA7 A;  3ER3 E;  2ER0 E;  5SZ9 A;  2QMP A;  4OBD A;  1ENT E;  5P64 A;  2OHR A;  5P7O A;  1A8K A;  5P3H A;  5OZQ A;  3UDH A;  3OHF A;  3EC0 A;  3KT5 A;  5KOQ A;  5I3Y A;  3RU1 A;  4QJ6 A;  3D1Z A;  3SQF A;  1T6G A;  4LXA A;  1FG8 C;  3AID A;  3BRA A;  4MC2 A;  2PYN A;  5P4Y A;  3WB4 A;  3KFR A;  1HTG A;  2FDP A;  4YBI A;  5P4Z A;  3SA9 A;  5P3S A;  3S85 A;  2V0Z C;  3VV7 A;  1XS7 D;  5AH7 A;  2G1R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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