4FLGA

Hiv-1 protease mutant i47v complexed with reaction intermediate
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Capturing the Reaction Pathway in Near-Atomic-Resolution Crystal Structures of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4flgA00
5P3QA 4OD9A 3L38A 4J1FA 5P6CA 3VCMA 4YDFA 5P5QA 5P7PA 7HVPA 1AM5A 2FDEA 4Y3XA 2ASIA 5P1QA 2OHQA 4JPCA 5OZBA 5P1SA 4N00A 1ME6A 2OHKA 3I8WA 4PZXA 5P32A 2VJ6A 5P54A 2B7FA 2QI3A 5P5YA 3R4BA 2G20A 3U7SA 5P6YA 1IZEA 4ZIPA 5P45A 5P60A 1PSNA 4Y5LA 4GJ7A 3NU4A 5EZXA 5HU1A 1C6YA 2FS4A 2ZHTA 3RU1A 1ER8E 4OBJA 1WKRA 1A30A 1ZP8A 1QBTA 5OZOA 5KQZA 4DJUA 4NPUA 1SGUA 3R2FA 4D88A 3I2LA 4Y43A 1LYWB 1HTEA 1ZJ7A 1ZTZA 3HVGA 3PCZA 4AMTA 5P6RA 3PEPA 2PK6A 5P2OA 4TVHA 5P6ZA 4GJ8A 3VYEA 2NNKA 1W6HA 6UPJA 4Q5MA 4GJCA 5HDVA 5C9BA 2ZHSA 4Y54A 1PROA 5P4QA 4Y5KA 5P2XA 4K8SA 1FF0C 5P5TA 1KJGA 4YCKA 5P77A 1T3RA 5P0HA 3NU9A 1KJFA 5P24A 3S7LA 1U8GA 1FQXA 4I0JA 5OZSA 1EEDP 1EPNE 3QIHA 1BXOA 5P3JA 5P5FA 5P7ZA 3UHLA 5P01A 3IVHA 4QJ7A 2PC0A 5P52A 4S1GA 3S7MA 1M43A 4COEA 2FXDA 2ER9E 2UPJA 2FLEA 5OYQA 4OBZB 4Y53A 4Y3WA 5IVSA 5P31A 5P3KA 3VUCA 4NPTA 5P1KA 4WY1A 5P2SA 5P15A 1HVIA 2PSGA 3ZL7A 5P83A 3ZLQA 3TPRA 3URIA 5OZGA 4Y4GA 1TCXA 3UDHA 2AVOA 5P5MA 1PPLE 3PHVA 3INFA 3Q4BA 1QBUA 2P4JA 2QD7A 4R8YA 3L5BA 3TKGA 4GZFA 3LZUA 5P1XA 4MC2A 5OZJA 5OZ5A 2I4DA 3MSLA 1HVRA 4DH6A 2QMGA 5OZ7A 5P3TA 5OZMA 3EKTA 1LYWA 4RRSA 1FKNA 5OYXA 1C6XA 4H3FA 1ZPKA 3OAGB 4YDGA 4U8WA 2AQUA 1DAZC 1XE6A 3LPKA 5P2EA 3SO9A 2A4FA 3HLOA 3O9CA 4DPIA 5P5SA 1BVGA 1SDVA 4H3IA 5P7NA 3WZ7A 4PHVA 5SY2A 3ZKSA 2CEMA 3PI0A 2WF3A 4J54A 3VLAA 2HS2A 5P82A 2ZJKA 2IDWA 5P1EA 4J1EA 5UPJA 5P5HA 2AOFA 3PWMA 1AVFA 5P7MA 2QCIA 1BDRA 2ER6E 4ZSRA 4LXMA 3ZPUA 3OXVA 3ZKXA 1EBKC 4B0QA 3NDWA 5AH6A 2AZ9A 2G1OA 1OHRA 5P6LA 5HDXA 5P5EA 1BVEA 4YHQA 2HS1A 5P49A 4J0PA 1A9MA 3GGUA 3UDYA 2NNPA 1FMXA 2VKMA 1B6MA 3K5GA 5P5PA 5KQXA 5P8PA 2BPWA 2Q64A 5P22A 1HXWA 3WSJA 4Y3QA 5P3SA 1T7IA 1FQ6A 2NXDA 3QN8A 4X7IA 5P3UA 1W51A 4KE1A 1RQ9A 1UPJA 4YCYA 3VV7A 5IVRA 5KOSA 5P09A 3PBZA 2XFIA 3OU1A 4OBGA 2P3AA 2JJJA 5P2UA 1B6KA 1MRXA 1T7KA 5P2FA 3OAGA 2P3DA 4RCEA 5P1MA 2FIVA 3VYFA 1KJHA 5P2AA 3QS1A 5P79A 3HBOA 3OHFA 3TL9A 3HZCA 5P35A 5P2DA 3ZMGA 5P0FA 5P43A 4L6BA 4R93A 4R92A 2PWRA 5P13A 3HAUA 3PMUA 4TRWA 5APRE 5P8JA 5P7DA 1DMPA 4Z50A 5P38A 3UFLA 1A94A 1K6VA 4Y3PA 5P73A 2AOEA 5P0VA 3T7XA 1ZAPA 5P8TA 4HDFA 4CPSA 5P5GA 4HEGA 5FIVA 2AOHA 3ZPTA 3DUYA 3PSGA 1KJ4A 4RYCA 2G1SA 3RTHA 4DUSA 5P3MA 1YTHA 2BPXA 3BXSA 1EC3A 3JW2A 5P6DA 2P3BB 1FGCC 4DJYA 1HPVA 3IN3A 5P5NA 5OZCA 5P5ZA 5P8KA 4FAEA 1BBSA 5OYSA 5P56A 4FS4A 1KZKA 3KMYA 2AOIA 3PSYA 3SQFA 1MT9A 3CKPA 5P4OA 2V12C 4Q1NA 1J71A 1MSMA 4Y56A 3N4LA 3IVIA 1CPIA 3G6ZA 3CYWA 1BXQA 3IGBA 3NXEA 1NSOA 5P3ZA 1T6GA 3A2OA 3GI5A 1E80E 3HD8A 5P6XA 3QVIA 2CEJA 3GI4A 3OQFA 5HE7A 5P8SA 1EBZA 5P1GA 1DW6C 4Y4DA 4Y4JA 5P46A 5P8MA 3ZKGA 5P4TA 3UDKA 5HVPA 2PWCA 5JG1A 5P6SA 4GB2A 3FV3A 1GVXA 5P2IA 2Q3KA 5P27A 5P6WA 5KOQA 3H5BA 3QROA 5C9FA 2QK5A 3S85A 3S8IA 5CONA 4MC6A 3FIVA 1HTFA 2WEZA 4Y35A 4RYGA 5P0KA 4XXSA 5E5JA 5P6MA 2QU2A 5P7KA 4RLDA 4AA9A 4I0HA 5P5DA 1D4YA 4I0GA 4Y3TA 3S43B 3OUAA 5P7OA 5P1RA 5P04A 5DQ4A 4GMIA 5KR1A 2R8NA 3OQDA 3UQPA 1SIVA 3LHGA 5P5KA 1IIQA 5P1TA 2HPFA 3SA6A 1B6LA 5OZNA 2I4XA 5P08A 5P4RA 2B7ZA 5P50A 5P6BA 5P4HA 2OHLA 4H3JA 5P3XA 5P6KA 4DQBA 5P30A 3VF5A 4YD6A 1MT7A 1F7AA 5P8RA 1ZLFA 5P88A 3SACA 3D1XA 5HE4A 2QMDA 2O4PA 1AAQA 1Z1HA 3UCBA 5DGUA 1PSAA 2AVMA 5P0RA 3C9XA 2ZJMA 4L7JA 5P2MA 1GVWA 1HEFE 3SKGA 1IVPA 5P62A 5P2CA 5P7CA 1HVLA 4EQJA 5P7EA 1MSNA 5P8HA 4DFGA 3I7EA 4GJBA 3EXOA 3QAAA 2QP8A 5P1VA 5P6GA 5P6PA 2V16C 2WF1A 2H6SA 4B05A 1FQ4A 4Z22A 1IZHA 5DQCA 1PSOE 4K4PA 4Y3DA 5P66A 4RVIA 4HVPA 4U7QA 4YCTA 1W5WA 5P1NA 1AXAA 1UH7A 2BQVA 5P2NA 3GI0A 3U71A 5OYRA 3BUFA 5OZKA 5P87A 2H6TA 2IGYA 3VF3A 3IXKA 2G1RA 3S43A 9HVPA 5DR7A 4M8YA 5P42A 4Y58A 1UH9A 1B6PA 4LAPA 5P3BA 5P67A 5OZ2A 3DOXA 5OZ1A 3R0WA 4EWOA 1TW7A 1EPME 5P4EA 4NJVA 2PMAA 2PQZA 3L58A 3CICA 3D20A 4KUPA 2IRZA 1XE5A 1AJXA 2VIJA 2HPEA 4I0ZA 2V0ZC 4ACXA 5P2ZA 5P4UA 4Y5GA 3TLHA 3UPJA 1QS8A 1FG8C 2QNQA 3LIXA 3N3IA 5P33A 2B8VA 3VLBA 1SGZA 3LIYA 5P4SA 1C6ZA 1HIHA 3OADA 4ZSMA 5ER2E 4D8CA 2RKFA 4YOBA 4XKXA 2F8GA 5P7SA 4DJRA 3EL1A 1M0BA 4J1IA 4ZPEA 5P1LA 3U6AA 2WHHA 4H3GA 5P7JA 3SM1A 4OBDA 3MSJA 3EL4A 3PMYA 2PH8A 4ER2E 1G0VA 4XX4A 2ZJJA 1YM4A 1HXBA 2AIDA 4NKKA 5P7BA 1EBWA 3D3TA 5P4VA 4J1KA 5P19A 3VV8A 4CPTA 1A8KA 5DR3A 5P0ZA 3T11A 4B1DA 1LYBA 4DJOA 2AVQA 2VS2A 2J9KA 1MTRA 4A4QA 2O40A 3CMSA 3VF7A 5P12A 3BVBA 1TCWA 4I0EA 2QD8A 4D89A 4I12A 2QAKA 4JECA 1DP5A 4RGHA 1BWBA 3OGPA 1HVKA 2F3FA 3INDA 3B80A 1IZDA 1SIPA 2G69A 5DR8A 2Q5KA 2WF4A 4DJWA 3EKVA 5P37A 3T6IA 5DR0A 3PI5A 3VG1A 3OWNA 3KT2A 3UDMA 5P41A 5SXNA 3QRSA 5HDUA 2UXZA 3O9BA 1FB7A 1XS7D 5P0NA 2QMPA 4Y3YA 2AOGA 1FG6C 5B18A 4X2LA 3BUGA 5P0LA 5HTZA 2APRA 2NR6A 2VJ9A 5P3EA 2PH6A 3KFRA 4HZTA 5P7QA 2F3EA 5P6NA 5P78A 5P61A 3QBFA 4L7GA 4RCFA 2Z54A 1XL5A 1ODWA 1BV9A 3FKTA 5P25A 2B60A 3AUPA 5OZUA 2FNTA 3Q70A 2PYNA 2QNNA 3O9AA 1FFIC 3JVYA 4CPWA 4R95A 4MC1A 5P81A 5P6OA 3O9LA 1TSUA 4HDPA 4DVFA 4J17A 5P4GA 1K2CA 1G2KA 5OZYA 4KB9A 5DR4A 5P40A 4NJUA 1ZSFA 5P1YA 3LIQA 1RV7A 3OU1B 5P5UA 6APRE 4Q1XA 4UPJA 5ENMA 4PZWA 3INHA 1XN2A 2VNNA 5P8QA 1ODXA 3SKFA 4Y51A 1QDMA 2ZJNA 3IXOA 5P34A 3KYRA 4YBIA 3BHEA 2ZDZA 5P70A 5F00A 3CIBA 3K4VC 3KM4A 3TOHA 4CPQA 5P5BA 3LIVA 2NPHA 3NWQA 2UY0A 1HRNA 3EC0A 3WZ8A 1RL8A 5OZ6A 2XYEA 2VA6A 4PYVA 5P57A 1D4KA 4BELA 5BRYA 2RMPA 3EKPA 2O4SA 2PYMA 3KA2A 1UH8A 2QI7A 4HE9A 4OC6A 3OU3A 5P7FA 2NTRA 3IN4A 3L5CA 5DGWA 1FMUA 3PBDA 1OEWA 2PK5A 4TRYA 1Z8CA 2MIPA 3GGAA 1LEEA 1HWRA 4I8WA 5COKA 1IDAA 4J0VA 4GJAA 1MT8A 2AZBA 4B1EA 3DJKA 1YT9A 3BC4A 4Y3JA 5P47A 3FNSA 5P3YA 8HVPA 3FSMA 2AODA 3INEA 1K1TA 2WEAA 5P76A 2J9JA 5P7XA 3PSUA 4F75A 3NDTA 5KAOA 3URJA 4LXKA 1APVE 2BKSA 5P3WA 5P5XA 3EBZA 4QJ9A 1HHPA 1HPSA 3L3AA 5P1BA 5OZWA 5P6AA 1GNNA 1B5FA 2BPZA 5P2WA 1XL2A 5P85A 1LV1A 5P58A 4ZPGA 5I3VA 5P3OA 3IA9A 3JVWA 3LNKA 5P20A 3T3CA 2Q55A 3MXEA 3KMXA 1ENTE 5P3IA 4CP7A 5P4DA 4PPHA 3OXXA 1DPJA 3DCRA 3TPLA 3DK1A 3T7PA 4J5JA 3LINA 2NXLA 3EL5A 3UQRA 3KF0A 1K2BA 4WTUA 1DIFA 5OZEA 5P0EA 4Y5EA 4Y5NA 5P0YA 3IAWA 3I25A 5P4JA 1D4JA 1K1UA 4ZPFA 2FXEA 3SA8A 3ZKQA 1LF4A 4DJQA 1YTGA 2Z4OA 5AHBA 5P5LA 1D4SA 1F34A 4NJTA 4EQ0A 5P0TA 4Y6MA 5P00A 5P8OA 5P4NA 3CKTA 4CKUA 1FEJC 2G27A 4A6CA 5OYUA 1HEGE 1TQFA 2I4WA 2R9BA 5P7HA 5JODA 2IKOA 4RRNA 1HIVA 5P80A 5TOLA 3O9IA 5P48A 1K6CA 3L5EA 4Y44A 2QI4A 3NUOA 2NMYA 5P2HA 5P1FA 5P71A 3ZKIA 2I0DA 5J25A 4Y38A 4ER4E 3TPPA 3L5DA 2BB9A 2VIEA 5HE5A 2I1AA 2I4QA 2ANLA 2RSPA 3BGCA 3QVCA 4DJXA 5P29A 3NUJA 4BFBA 5JFPA 4QJAA 2QZXA 5OZRA 3EKYA 1ZPAA 1TZSA 4APRE 1M4HA 2QI0A 4Y3SA 4JP9A 5I3WA 3K5FA 5DQ1A 5OZ4A 1MPPA 5P0BA 5P51A 4Y5CA 3B7VA 5P0GA 4Y36A 4EP2A 5P4KA 3EL0A 4Z4XA 2AVVA 1A8GA 1MTBA 1HVCA 4FGXA 5P84A 4QLHA 1EPOE 4FAFA 5P3NA 4LXAA 4EJLA 5KR0A 5P4YA 3OTSA 5P36A 3UF3A 3WB4A 2G21A 1W50A 4KE0A 4RCDA 4Y3NA 5OYWA 4TVGA 4B1CA 1YX9A 4Y47A 5P2QA 2G22A 2ER7E 2WJOA 1YM2A 5P0XA 1QBSA 3H0BA 3DV1A 5P07A 5P0CA 4Y3ZA 4Y3EA 5P0PA 4EJDA 5OYTA 5P23A 5COPA 1META 4YD3A 4ACUA 5P1CA 3RSVA 3KDBA 1EPLE 2ZHRA 4J1CA 3O9FA 3UFNA 4EXHA 4FM6A 3NYGA 2RENA 5SY3A 2R43A 3UQXA 1Q9PA 3FNUA 4CPUA 3L5FA 2FGVA 2VA7A 4FL8A 4OBHA 3SA5A 4Y3HA 2IEOA 3WB5A 3OXWA 4Y41A 4FLGA 4YA8A 4FRKA 4L7HA 3GGVA 5OZTA 3LIZA 3APPA 1MERA 1SDTA 2IS0A 5P86A 1C70A 5OZFA 2Q15A 1T7JA 4ZSQA 4HA5A 5P18A 3UQWA 1FFFC 2XFKA 5OZQA 5P64A 3ER3E 4I8ZA 4YE3A 5P7WA 1NPWA 2O4LA 5P7UA 4OBKA 2B42A 3OADB 5DR1A 5P3AA 5P5IA 2QHCA 2QI6A 5P8IA 4Y45A 3EKWA 3OTYA 4FRIA 5P0WA 3SPKA 3O9GA 5P6JA 1MVPA 1YG9A 1W6IA 2BKTA 5P1OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3Q A;  4OD9 A;  3L38 A;  4J1F A;  5P6C A;  3VCM A;  4YDF A;  5P5Q A;  5P7P A;  7HVP A;  1AM5 A;  2FDE A;  4Y3X A;  2ASI A;  5P1Q A;  2OHQ A;  4JPC A;  5OZB A;  5P1S A;  4N00 A;  1ME6 A;  2OHK A;  3I8W A;  4PZX A;  5P32 A;  2VJ6 A;  5P54 A;  2B7F A;  2QI3 A;  5P5Y A;  3R4B A;  2G20 A;  3U7S A;  5P6Y A;  1IZE A;  4ZIP A;  5P45 A;  5P60 A;  1PSN A;  4Y5L A;  4GJ7 A;  3NU4 A;  5EZX A;  5HU1 A;  1C6Y A;  2FS4 A;  2ZHT A;  3RU1 A;  1ER8 E;  4OBJ A;  1WKR A;  1A30 A;  1ZP8 A;  1QBT A;  5OZO A;  5KQZ A;  4DJU A;  4NPU A;  1SGU A;  3R2F A;  4D88 A;  3I2L A;  4Y43 A;  1LYW B;  1HTE A;  1ZJ7 A;  1ZTZ A;  3HVG A;  3PCZ A;  4AMT A;  5P6R A;  3PEP A;  2PK6 A;  5P2O A;  4TVH A;  5P6Z A;  4GJ8 A;  3VYE A;  2NNK A;  1W6H A;  6UPJ A;  4Q5M A;  4GJC A;  5HDV A;  5C9B A;  2ZHS A;  4Y54 A;  1PRO A;  5P4Q A;  4Y5K A;  5P2X A;  4K8S A;  1FF0 C;  5P5T A;  1KJG A;  4YCK A;  5P77 A;  1T3R A;  5P0H A;  3NU9 A;  1KJF A;  5P24 A;  3S7L A;  1U8G A;  1FQX A;  4I0J A;  5OZS A;  1EED P;  1EPN E;  3QIH A;  1BXO A;  5P3J A;  5P5F A;  5P7Z A;  3UHL A;  5P01 A;  3IVH A;  4QJ7 A;  2PC0 A;  5P52 A;  4S1G A;  3S7M A;  1M43 A;  4COE A;  2FXD A;  2ER9 E;  2UPJ A;  2FLE A;  5OYQ A;  4OBZ B;  4Y53 A;  4Y3W A;  5IVS A;  5P31 A;  5P3K A;  3VUC A;  4NPT A;  5P1K A;  4WY1 A;  5P2S A;  5P15 A;  1HVI A;  2PSG A;  3ZL7 A;  5P83 A;  3ZLQ A;  3TPR A;  3URI A;  5OZG A;  4Y4G A;  1TCX A;  3UDH A;  2AVO A;  5P5M A;  1PPL E;  3PHV A;  3INF A;  3Q4B A;  1QBU A;  2P4J A;  2QD7 A;  4R8Y A;  3L5B A;  3TKG A;  4GZF A;  3LZU A;  5P1X A;  4MC2 A;  5OZJ A;  5OZ5 A;  2I4D A;  3MSL A;  1HVR A;  4DH6 A;  2QMG A;  5OZ7 A;  5P3T A;  5OZM A;  3EKT A;  1LYW A;  4RRS A;  1FKN A;  5OYX A;  1C6X A;  4H3F A;  1ZPK A;  3OAG B;  4YDG A;  4U8W A;  2AQU A;  1DAZ C;  1XE6 A;  3LPK A;  5P2E A;  3SO9 A;  2A4F A;  3HLO A;  3O9C A;  4DPI A;  5P5S A;  1BVG A;  1SDV A;  4H3I A;  5P7N A;  3WZ7 A;  4PHV A;  5SY2 A;  3ZKS A;  2CEM A;  3PI0 A;  2WF3 A;  4J54 A;  3VLA A;  2HS2 A;  5P82 A;  2ZJK A;  2IDW A;  5P1E A;  4J1E A;  5UPJ A;  5P5H A;  2AOF A;  3PWM A;  1AVF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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