4FM6A

Hiv-1 protease mutant v32i complexed with reaction intermediate
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Capturing the Reaction Pathway in Near-Atomic-Resolution Crystal Structures of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fm6A00
2OHSA 2CENA 4PZXA 1MTBA 5P6GA 5P2XA 1RPIA 3ZKNA 1WBKA 3EM6A 5HE5A 1ZBGA 4DQGA 3QIHA 5CONA 5OYSA 1MRWA 1FQ7A 5P1WA 5KQXA 5P6MA 5P3XA 5P79A 2HB3A 3PLDA 2F8GA 5P3LA 1K6TA 5P54A 3NSHA 2R3WA 4Y3SA 2I0DA 1OEXA 3T7PA 5P3KA 5P7SA 4TRZA 1AJVA 3CYWA 4RYGA 5P5AA 2QAKA 1W50A 4I8ZA 2NR6A 4Y4BA 1PSOE 5OZNA 1K6CA 1E82E 2WL0A 3IN3A 5P63A 2ZE1A 4Y6MA 1XE6A 3WZ8A 2QZXA 5P1TA 3S43B 1QBRA 5DQ2A 3PHVA 4OD9A 1LYBB 5P64A 3H5BA 3OUBA 1FG8C 1ODYA 4NPTA 1XS7D 3Q5HA 3SM1A 2AOGA 1BDLA 5P5IA 3PWRA 5P3ZA 3OADB 3UQRA 4ZSQA 5OZTA 2P3DA 1XDHA 3OHHA 3EL9A 1GVWA 4CPSA 3D3TA 3B80A 1ZTZA 4LXMA 1RNEA 1SGUA 3NXEA 5OZZA 4A4QA 2V11C 5P1VA 1HIVA 4B78A 4LAPA 5P15A 1ZSRA 2AZCA 5P8GA 4GIDA 5P7UA 1FMXA 1W5YA 2G1OA 5DQ5A 4RROA 3QRSA 2HAHA 4LP9A 3TOHA 3FV3A 4CKUA 4DJYA 3QVIA 1MERA 2IRZA 3DUYA 1HVSA 3S7MA 2G27A 3IVHA 2OHQA 2PMAA 2VA5A 3PJ6A 5P2KA 3TOFA 1C6XA 4Y56A 3ZKXA 4IVTA 1BIMA 2ER0E 2VIJA 3TL9A 5P5WA 5CLMA 4HLAA 5P5FA 2IL2A 5AHCA 5P1UA 1D4KA 3LIVA 4K4QA 5P3FA 5COKA 5P0ZA 3ZKGA 3VLBA 1LV1A 4Y3XA 1BV7A 2BQVA 2VA6A 3L38A 4YD6A 2QZLA 5P0HA 2MIPA 2WECA 5P8EA 5P5RA 1NH0A 5P5NA 4A6CA 3DCRA 3O9DA 4Q1XA 2QI5A 4Q1WA 4Y5AA 4Y5EA 4GJAA 4Y3HA 3R1GB 3HZCA 1ZP8A 5ISJA 1FG6C 5JFUA 4FLGA 5P6XA 1HPOA 2BKTA 4L7HA 5P0LA 3NDXA 4K4RA 2PYNA 3CYXA 2FNSA 4D85A 3GI4A 3EKQA 5P3UA 5P1RA 1W5XA 3PGIA 5HDZA 5P8PA 3SKGA 2QNPA 4H1EA 2VIZA 1LF2A 5P3GA 2XYEA 5FIVA 5OZVA 3QBFA 3PSUA 2CEJA 1IBQA 5ISKA 2OHRA 3UCBA 1K1TA 4TRYA 3S43A 3BUGA 1ZSFA 5OZ7A 3KMXA 2AOHA 3NUJA 4DQFA 3FNUA 1CZIE 5P5VA 2OF0A 1T7KA 3D1YA 3OADA 2HM1A 1FQ5A 4Y4TA 3O9BA 2FNTA 2P8HA 2HPEA 4DJWA 1YTHA 2XFJA 1TCXA 2Z54A 4TVHA 2JXRA 2O4KA 4YBIA 1UH8A 5HCTA 3T3CA 4J0PA 3IXKA 4Y3EA 5I70A 2HPFA 5P45A 3VF5A 3MSLA 1HTFA 3VCMA 4APEA 3K4VA 5OYYA 2ER7E 1B6PA 3R0WA 4Y4WA 2G1YA 1LYAB 5P46A 1EC3A 5P2OA 5P56A 4HDPA 1HBVA 2VNNA 4Y3FA 3MXDA 4DJOA 3R4BA 2P3AA 5P80A 5APRE 5OZ5A 1HHPA 3PSYA 7HVPA 2G1SA 2ZYEA 5P1NA 4Q1NA 4ZSMA 4I0ZA 3L5FA 4QJ9A 4F75A 5P0XA 4J0TA 4QJ7A 5P8IA 5P4WA 3OWNA 2RMPA 2NXDA 2VJ6A 5JG1A 5P77A 3DK1A 1BXOA 4CPXA 5P0RA 5P4KA 1DMPA 1HXBA 2ER6E 5OYTA 4DJRA 5OZRA 4FCOA 3ZKMA 4Y5MA 5P7QA 5COOA 4YD5A 4XX4A 5P75A 5P6FA 3O9AA 4Y53A 5P03A 1FQ8A 2BPYA 3BVAA 1A9MA 2G1RA 4Y5CA 3QROA 1EBWA 1HTEA 5P6TA 1LYWB 3PI5A 2FXEA 1D4IA 3EL1A 5P2CA 3SLZA 2Q64A 1VIJA 5P7AA 2WF3A 3TKGA 2BJUA 4J1KA 3ZPUA 5P8OA 3CKTA 2QI7A 2F3FA 5P8BA 5OZPA 2ZJJA 2Z4OA 5HTZA 1TZSA 5P59A 5OZ1A 3OGQA 5P62A 2WF2A 5OZBA 4EJ8A 3UDNA 4ZSRA 4DJXA 3BUFA 4Y37A 3N3IA 5KR1A 3PBDA 5P20A 4APRE 5AHAA 1EPNE 5COPA 2IKUA 4HDFA 5P29A 3T11A 5P1YA 5DR3A 2G22A 3K5DA 5P6IA 3LIQA 4J0VA 1XE5A 3EM4A 5KQYA 5P2HA 1IZHA 4GMIA 5OZ3A 2VIYA 5P1CA 3UQUA 1BXQA 1EC1A 1GVTA 3ST5A 5OZ9A 1T6GA 5P41A 5P6QA 3ZPTA 5P5OA 5P3BA 1MVPA 3OXXA 5P81A 2RKFA 3NU4A 2IENA 2BBBA 1DP5A 5P35A 2VA7A 1M4HA 5P3EA 2R5PA 1YM2A 2OHLA 4Y3NA 1A30A 2WJOA 5P05A 4DJPA 2WEDA 3EKWA 3INDA 3KT2A 2BPVA 1ENTE 2FS4A 3JW2A 5P3SA 5P4EA 3TTPA 4EJKA 5P06A 3PCZA 4KUPA 3LZVA 5HD0A 3SAAA 2PQZA 3INFA 3FKTA 1MPPA 4EHCA 1FF0C 1OHRA 2G21A 1MT7A 1IZDA 4RRSA 1SIVA 5P6JA 5OYWA 4Y9WA 2AQUA 5P6HA 4JP9A 1WKRA 3L59A 4U8WA 3EXOA 4CPWA 2UXZA 5P4MA 3PMUA 5P1PA 3IAWA 3R2FA 3O9FA 2APRA 1D4LA 5DR7A 3KYRA 3PMYA 4PEPA 1GNOA 5P1HA 5P4RA 3URIA 5P3JA 3S2OA 5P53A 3S56A 4S1GA 5P5EA 1LF3A 5P8TA 5TOLA 1C70A 3PB5A 5P73A 3OXWA 5P7ZA 4OBGA 3D20A 3HDKA 4EWOA 5P87A 3OQFA 1LYWA 5P32A 2AOIA 5P6WA 3L5CA 5P8SA 1EPRE 3Q3TA 3RTMA 1FGCC 3I8WA 1E80E 5P4BA 4Y45A 3D1ZA 3OAGA 5P4JA 1NPAA 4GJ7A 5P36A 3TKWA 4QLHA 4RCEA 5OZYA 3L5EA 3G72A 4AMTA 5AGZA 4FSEA 5P2DA 1BWBA 4DQEA 2I4DA 3VYFA 3KDDA 4MC2A 1HTGA 5P6ZA 4DPIA 5P7TA 4I0HA 3EKYA 4YA8A 5P1SA 4YD4A 3LIYA 4MC1A 4Y43A 5P5TA 5BS4A 4LC7A 4B1EA 5J25A 1HSHA 3TLHA 2IQGA 4Y41A 3DM6A 2PSUA 4YDFA 4X7IA 4CPRA 3OOZA 4NPUA 1HVLA 4Y50A 2ZJLA 4QJ2A 2HS2A 1TQFA 5P48A 5P1GA 5C9FA 5P6VA 5HDVA 4TRWA 4OBFA 2JE4A 5F00A 4EQJA 2QHYA 2VS2A 2AVVA 4RGHA 1G2KA 4GJDA 4J55A 5OZGA 4Y5GA 2AVSA 5P33A 2FDPA 5P1ZA 2FDDA 3OU1B 5P3DA 5DGUA 2R9BA 3HAUA 4R91A 5OZKA 4ZPFA 3INEA 5P8RA 3UDKA 1RQ9A 4I0FA 2VJ7A 3TPPA 1HVRA 1T7JA 5P1FA 5P4AA 5P2RA 4I0JA 5P4YA 3AIDA 1Z8CA 3SQFA 2O4PA 3SPKA 3KT5A 1CMSA 2BPXA 5P6NA 5P7LA 5P6OA 4I0DA 1D4YA 1OEWA 2AVOA 5P47A 3K5FA 5P4XA 5P7PA 5P4DA 1GVUA 2QK5A 3VLAA 2VIEA 4J1FA 4Y3TA 5I3WA 3CIBA 3D1XA 4LBTA 4QJ6A 2IKOA 3O9HA 4ZPEA 5OZHA 1GNMA 5PEPA 5P78A 1B6JA 5P6DA 2ZHUA 1FQXA 1KZKA 3S45A 3C9XA 3OQDA 5P7FA 2B42A 2B60A 3WSJA 5P52A 3RSVA 3EBZA 2B7FA 2ZJHA 4Y47A 2ZJKA 2R8NA 4LL3A 5P7GA 5P7CA 3QRVA 1IZIA 5P31A 2AZ8A 3OQAA 3WZ6A 1PFZA 5P0VA 2FMBA 3L58A 4FRKA 1UH7A 1D4JA 4EP2A 1ZLFA 5DR1A 2NTRA 4ZSPA 3AUPA 3EL5A 1W5WA 5ER1E 3BGBA 3HBOA 5P71A 1GKTA 5IVQA 2OHMA 3NDUA 5P0KA 4COEA 3SA5A 1LF4A 5P2JA 4OBZB 5P1BA 2WF1A 2I4UA 3KDBA 2BKSA 5P7HA 4Y3ZA 3T7XA 1M43A 1D4SA 4JPEA 4GYEA 4J1EA 5OYVA 5P3AA 4AA9A 4OBKA 3APPA 5OZ4A 1TSUA 4BELA 3U71A 1G6LA 4I10A 1K1UA 1MSNA 5HU1A 5P50A 1RL8A 3NWQA 3OU1A 3S85A 3QN8A 4J1HA 2J9JA 1APUE 2G69A 2VNMA 5P0FA 3BHEA 1EC2A 5P2MA 3KA2A 4L7GA 2IGYA 3OXCA 5P0OA 2I1AA 3UDPA 3EKVA 1TCWA 2JJIA 3VV6A 1HPXA 3BGCA 4GJBA 5P0NA 3NDTA 4RCFA 2PSVA 3HVGA 4YHQA 3ZPSA 4QJ8A 5AH9A 3HD8A 1AVFA 1YX9A 5P8JA 5P8MA 2Q11A 2OHKA 1HSIA 1MSMA 5I3VA 3L5BA 3NXNA 5OYXA 5P7MA 1B5FB 1LEEA 1YG9A 1BDRA 1BVEA 3DCKA 2O4SA 2V00A 2A4FA 5SY2A 3IA9A 1SP5A 5P14A 3T7QA 3KFPA 3BUHA 3NR6A 5P38A 1DIFA 5DPZA 1EBZA 3TPRA 5I3YA 5P7XA 5P0DA 5OZMA 1FIVA 2B7ZA 4DFGA 3ZKQA 5P3PA 3ZL7A 2AVMA 5P10A 4J54A 2F80A 3EKPA 3RTNA 1AAQA 1EC0A 4R92A 1QRPE 3L3AA 5P7IA 1E5OE 1HPVA 4RRNA 4NKKA 5P6LA 3U7SA 2QI3A 3N4LA 6APRE 2ZHRA 3ER5E 5P3RA 1SDVA 4I0EA 3NLSA 4JPCA 1HVCA 4Y5NA 4Q5MA 2G1NA 3PEPA 5OZIA 1K2CA 2O4NA 3VG1A 1KJ4A 4B1CA 3LHGA 5P1OA 1U8GA 3ZLQA 3IN4A 4K8SA 2PK5A 4EPJA 1AZ5A 3APRE 5P0JA 4OBZA 3UDQA 4YCYA 3LZYA 5BRYA 3BRAA 4XKXA 4EXGA 2F3EA 5P1IA 4RVXA 4CMSA 4Y3AA 1EPLE 5P68A 1YTJA 2JYSA 4R5NA 4Y58A 7UPJA 4ACXA 1EPQE 1HTRB 5P60A 3QVCA 4L1AB 5IE1A 4Y4XA 3KDCA 5P4OA 3EC0A 2ZDZA 5OYZA 3SA4A 3UQXA 5P1DA 3VSXA 4CP7A 2QZKA 5HVPA 5P26A 4Y3RA 1GVXA 5P0UA 4Y3PA 4XX3A 5P57A 5B18A 2QI6A 5P4QA 3CMSA 5P82A 5P6CA 5KR8A 1F7AA 5P2TA 3TNEA 5P6KA 4KE1A 4I1CA 3FNTA 1AM5A 3FNSA 2QMFA 3OAGB 5OYRA 3LNKA 3NYGA 2B8LA 1ER8E 4CPQA 3UDYA 2H6TA 4DVFA 5P6PA 3SKFA 4Y48A 5OZSA 5P1XA 5P00A 1B5FA 5OZDA 3BXSA 3SA3A 1W51A 3KN0A 2NMYA 1FEJC 4OC6B 5HDUA 4Y3JA 1QBSA 3VUCA 3MSKA 5P4PA 1PPME 5P0PA 3NU3A 3OQKA 2SAMA 5P5GA 2I4QA 3PLLA 1SMEA 5P3HA 2G26A 3U6AA 5UPJA 5P6UA 3VV8A 5E5JA 5T4SA 4YD7A 3K4VC 1C6ZA 2I4WA 3A2OA 2RENA 2AODA 3OTYA 4Y54A 3FX5A 5P66A 5P0CA 1SH9A 2AOCA 2R43A 5P3OA 4Y4UA 4HVPA 4B72A 1APTE 1OD1A 3EL0A 1T6EX 5P1KA 3TOGA 2QNNA 3IVIA 1SDUA 2WHHA 5P6YA 5P2LA 1DW6C 3PRSA 5P2SA 5P5HA 4KE0A 4WTUA 5P76A 2PC0A 3LINA 3SM2A 2IS0A 5ENMA 4MC9A 4TVGA 4H3JA 4Y4GA 5P5YA 5P6EA 1A8KA 1IVQA 5P7BA 5P0IA 2QI0A 2FLEA 3K1WA 2G20A 5P5SA 5DR4A 1GVVA 5P61A 4K9HA 4BFBA 4D83A 3VFBA 3QPJA 5KQZA 4EQ0A 4B77A 3I2LA 5P5PA 1BAIA 5ER2E 5OZ8A 4L1AA 5BWYA 1HVKA 3KFNA 3M9FA 4CPUA 1EBKC 3WB4A 1HOSA 5JODA 4PHVA 3UTLA 4B0QA 3INHA 3ZOVA 3JVWA 5P39A 3SFCA 1BILA 5P3YA 2QMDA 1K6VA 5SY3A 5HE4A 1EPPE 2Q63A 2I0AA 4B00A 3EL4A 5DQCA 5OZ6A 5P72A 3UPJA 3GGAA 3SA8A 5P7DA 4DH6A 2O40A 5P2NA 4EXHA 1EEDP 2R3TA 5P85A 1W6IA 5P12A 4ER1E 5P7VA 1FMBA 4J1CA 3LPIA 5P5CA 3S53A 5P4FA 1XL5A 1XN3A 4YOAA 5P1EA 5SZ9A 3O9IA 5P13A 1FQ4A 4L7JA 1YT9A 5P43A 2ZJIA 4D8CA 1HRNA 5OZWA 1W6HA 4OC6A 3GGUA 1EPOE 4Y5KA 3ZKIA 4ZLSA 5P28A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OHS A;  2CEN A;  4PZX A;  1MTB A;  5P6G A;  5P2X A;  1RPI A;  3ZKN A;  1WBK A;  3EM6 A;  5HE5 A;  1ZBG A;  4DQG A;  3QIH A;  5CON A;  5OYS A;  1MRW A;  1FQ7 A;  5P1W A;  5KQX A;  5P6M A;  5P3X A;  5P79 A;  2HB3 A;  3PLD A;  2F8G A;  5P3L A;  1K6T A;  5P54 A;  3NSH A;  2R3W A;  4Y3S A;  2I0D A;  1OEX A;  3T7P A;  5P3K A;  5P7S A;  4TRZ A;  1AJV A;  3CYW A;  4RYG A;  5P5A A;  2QAK A;  1W50 A;  4I8Z A;  2NR6 A;  4Y4B A;  1PSO E;  5OZN A;  1K6C A;  1E82 E;  2WL0 A;  3IN3 A;  5P63 A;  2ZE1 A;  4Y6M A;  1XE6 A;  3WZ8 A;  2QZX A;  5P1T A;  3S43 B;  1QBR A;  5DQ2 A;  3PHV A;  4OD9 A;  1LYB B;  5P64 A;  3H5B A;  3OUB A;  1FG8 C;  1ODY A;  4NPT A;  1XS7 D;  3Q5H A;  3SM1 A;  2AOG A;  1BDL A;  5P5I A;  3PWR A;  5P3Z A;  3OAD B;  3UQR A;  4ZSQ A;  5OZT A;  2P3D A;  1XDH A;  3OHH A;  3EL9 A;  1GVW A;  4CPS A;  3D3T A;  3B80 A;  1ZTZ A;  4LXM A;  1RNE A;  1SGU A;  3NXE A;  5OZZ A;  4A4Q A;  2V11 C;  5P1V A;  1HIV A;  4B78 A;  4LAP A;  5P15 A;  1ZSR A;  2AZC A;  5P8G A;  4GID A;  5P7U A;  1FMX A;  1W5Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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