4FM7A

Crystal structure of bace with compound 14g
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
400
structure length
394
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Spirocyclic sulfamides as beta-secretase 1 (BACE-1) inhibitors for the treatment of Alzheimer's disease: utilization of structure based drug design, WaterMap, and CNS penetration studies to identify centrally efficacious inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 103
structure length 394
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fm7A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fm7A02
1B5FA 3GI5A 4EQJA 5P3EA 4FAEA 2Q64A 5P40A 5P1XA 3T7PA 4OBGA 1VIKA 3K4VA 3PHVA 4D8CA 1B5FB 4J54A 2I4QA 2VIEA 2ZJNA 2PWRA 4B77A 2WF3A 4YBFA 3VV7A 5P4OA 3NU4A 3KFPA 3WZ7A 3PVKA 4EWOA 5OZWA 5P14A 3OXCA 5P7DA 4OBDA 3NU5A 2A1EA 4I0GA 4Z22A 3ZPTA 4A4QA 4YBIA 3IGBA 3UDRA 3GGXA 4Y3WA 3SA4A 2QHCA 1GNOA 3D20A 1HEFE 5P5IA 1NPVA 2QHZA 2I4DA 2FGVA 3B80A 2F8GA 4DQEA 1BIMA 5P2UA 5KOQA 2PQZA 5P66A 5P3JA 1A9MA 4H3FA 3NLSA 3JVWA 4K4PA 4CPRA 2AOEA 2Q15A 1JLDA 4L7GA 5P80A 1RQ9A 3NU9A 3K5GA 4DQCA 3T6IA 4GJ8A 1FFFC 3ZKNA 1ER8E 4L1AA 4Y47A 4NJUA 3SA8A 5P1NA 3VUCA 1MRXA 3CKTA 3S54A 1YG9A 1XN2A 4L1AB 1MT9A 3L5CA 1ZLFA 5UPJA 1DP5A 5P4AA 3WB5A 3S43B 4XX3A 4ER2E 2ER7E 4Y3EA 2AVOA 2XFIA 5P1CA 2V10C 5P45A 9HVPA 2IDWA 2G24A 5P0ZA 5JFUA 4BFDA 4LP9A 2V11C 5OZ9A 2ZJLA 4Y3AA 5P6FA 5DR0A 3IXJA 5P6GA 5OZYA 5ENKA 3GI6A 1M0BA 4ZPGA 2QAKA 4Y5NA 5P05A 4J1CA 5P0AA 3ZMGA 5P59A 5HE4A 4DUSA 4ZE6A 3UQWA 5P49A 3GGUA 3T11A 5ISKA 5P7GA 1FKNA 1EC2A 5P6SA 3IXOA 4FM8A 1FQ4A 5P8PA 3S8IA 2FNSA 5C9BA 3O9AA 4Y3YA 1PFZA 1EBYA 5OZKA 4GJ6A 1BBSA 5P5UA 1NSOA 3KFSA 4YD3A 2BKTA 3BVAA 2UY0A 3ZLQA 5P6ZA 5P1JA 2F3FA 2VNMA 3INEA 8HVPA 2H6TA 4B00A 1AJXA 3EM6A 1EPME 2Z54A 5HDVA 1IIQA 2AOIA 2QI6A 3IAWA 3UDQA 5DR4A 2I4WA 4OBJA 1FQ5A 5T4SA 1BV7A 2G20A 3LIVA 5P3UA 4F76A 2FLEA 1OD1A 2AZ9A 3NYGA 3L5BA 2O40A 1MTBA 1HTRB 5HD0A 4KB9A 1N49A 4I11A 2OHSA 5P3MA 5P11A 1W5YA 3CMSA 3URLA 3NWXA 3OQDA 3UQRA 4DJVA 2IKOA 5P2XA 5P8VA 2G1RA 4LC7A 1AXAA 4ZSMA 1HVIA 4Y4UA 5P2TA 1SDVA 4Y3TA 1ME6A 5P89A 4RCDA 4RCFA 2P3BB 4YA8A 4J0TA 1MERA 5DR8A 5P1EA 2AQUA 2IEOA 5P53A 3OK9A 4YD4A 2AZBA 1SIPA 4Q1XA 4J0YA 5P56A 3UHLA 3ER5E 5P1HA 4DVFA 1PSOE 2J9JA 3NDUA 1NPWA 2XFJA 3PBZA 5CLMA 1VIJA 5P1VA 1HPVA 4GJ5A 1SMEA 2Q5KA 3LZUA 2FXEA 5P4KA 5FIVA 1YTJA 5SXNA 4Y3MA 5DQ2A 4QJ8A 3I7EA 2G1OA 4YD6A 4Y37A 2NXDA 4RVXA 3EKTA 5COOA 4Y4XA 3UF3A 5P2SA 1FF0C 5OZSA 4FM7A 5I3XA 3CKRA 2PMAA 5P8OA 3ZPUA 1EBKC 1PROA 4J17A 5P76A 1QBTA 3PCWA 4Y58A 1M4HA 3N4LA 3NDTA 3SKGA 3VYFA 4YOBA 4CP7A 2MIPA 3HVPA 2AODA 3OQ7A 4Y3SA 4ER4E 5P7LA 5P7CA 1BVGA 4EYRA 3APRE 1HWRA 4OC6B 3G70A 2ZJIA 5P6OA 1G35A 5P4XA 1EBZA 5ER2E 5F01A 4Y51A 1LYWA 1META 5P31A 5P0XA 4DJPA 4DQHA 4HDBA 3ZKSA 4Y3DA 2SAMA 4PZWA 1SBGA 4GB2A 4Y3ZA 4EXGA 3OU4A 5AH9A 1ODXA 2AOFA 2QZKA 3BHEA 5DR1A 2WHHA 3OU4B 5P3SA 3S56A 2Q54A 5P8RA 1IDAA 1A94A 6UPJA 5P8CA 1TW7A 3KF0A 4H3JA 5P3IA 4ZPEA 5P33A 3LZVA 5P5NA 5OZGA 5P6DA 4Y43A 4HDFA 3SM1A 5P3FA 5BS4A 1ZSRA 1HOSA 4B1EA 4LXAA 4GZFA 4GJAA 4J55A 3EL0A 5P5EA 2QI0A 1IZEA 3KDCA 5IS4A 4Y5BA 5AHAA 2AOCA 3ZL7A 3UDYA 5P0MA 2IKUA 4DJOA 3BGBA 3TOGA 3HD8A 3L38A 2QK5A 3OTSA 4YHQA 1FIVA 5DQ5A 4Y3PA 1FMUA 5DPZA 4Y4EA 4NPUA 1QDMA 3UFNA 3TKWA 1T7IA 4FRKA 1NH0A 1W6IA 4LHHA 5DR3A 7UPJA 1GVUA 1A8KA 4COEA 4CMSA 3DCKA 5P6XA 1HIIA 4K4QA 3N3IA 4RGHA 1YT9A 3DV1A 2CEJA 4F75A 3LHGA 2OHRA 3D1XA 3OHFA 5P3VA 3PLLA 2IGXA 2UXZA 3QI1A 2R8NA 4DFGA 4Y9WA 3HZCA 4WY6A 3QRSA 3ZPSA 3EMYA 5AH6A 3KMYA 5P5GA 5P5AA 3OU3A 4Y4DA 3QS1A 5P20A 1W50A 5HDUA 5IVTA 4B1DA 3EL5A 3U6AA 2VNNA 4Y5PA 3TPLA 4R91A 4Y6MA 5P2ZA 3UDPA 4ZSRA 5P0KA 3S45A 1DPJA 1MTRA 1UH9A 5P0OA 5I3WA 4Z50A 5EZXA 1HVJA 5P5LA 3CIDA 5BRYA 1YTIA 3O99A 4F73A 4EJ8A 4FIVA 3I6OA 3LZSA 5P1OA 1LEEA 5P3KA 1T6EX 2VJ9A 5P2KA 2RSPA 5I3YA 2ZJMA 5OZRA 2HS1A 5P39A 5P30A 5P26A 5P7IA 5OYVA 2PSUA 2Q11A 5P2GA 1CPIA 5P32A 3EXOA 3KDBA 5AH8A 3KMXA 3KFRA 5P22A 1HVHA 2CENA 3GW5A 2BPZA 3QN8A 5P82A 2WECA 3O9HA 5OZNA 5OZ4A 4Y3LA 2AOGA 5P3OA 1MT7A 3KT5A 1WBMA 1EAGA 2XYEA 1FEJC 1BXQA 5P4GA 3NXEA 2IENA 3ZKQA 2FDPA 4M8XA 4Y3FA 5P3WA 5P64A 1ZPKA 1EC0A 3AIDA 1G2KA 2NXMA 4YD7A 3TL9A 4Y4WA 1KZKA 5P71A 4OBZB 5P87A 5TOLA 4D85A 1QBSA 1E82E 2AVQA 5P28A 4RZ1A 2O4KA 2WF4A 1UPJA 3VFAA 5P55A 5P41A 2B7ZA 2I4XA 4K4RA 3LNKA 3DV5A 2ZHSA 1KJ4A 5P1GA 2BQVA 3UDHA 1M43A 3IXKA 4IVSA 3F9QA 4Q1YA 3ER3E 2JJIA 2OAHA 2ZDZA 5P5TA 2FDDA 5OYTA 3O9BA 5P2AA 1T7JA 5P5DA 5P8SA 2RMPA 1FFIC 5P7FA 5P0QA 5P29A 2PSGA 4N00A 5OZHA 1MESA 1RL8A 1B11A 4MC2A 4J0ZA 3PRSA 3U7SA 5P4YA 3VV6A 1PPLE 5P7JA 2ZHUA 2CEMA 4LXMA 5OZTA 1LF3A 2FS4A 2WF1A 2QI5A 5P2FA 5P4RA 1C6YA 4EJLA 1MEUA 1C6ZA 1AVFA 5OYSA 3L59A 4HZTA 1XE5A 4FGXA 3LIYA 1HTGA 2V00A 1RPIA 3G6ZA 3QROA 3LPKA 3NU6A 2OHQA 5F00A 2OHPA 5KR0A 4AA8A 2JJJA 2QZWA 1Q9PA 4Y35A 5P58A 5P4DA 3HVGA 5P8EA 1FQ8A 1IVQA 4GJ7A 5KQFA 3JVYA 3SM2A 2HIZA 3SPKA 2FDEA 1ODYA 3OXWA 2HM1A 2WKZA 2QI7A 1B6JA 1HPXA 1QBUA 3OGQA 1D4SA 2PSVA 3HAWA 1PSAA 5KR2A 4LL3A 5P4UA 4OBKA 5OZXA 3VCMA 3PSUA 5P5KA 5P2OA 5OYRA 3EL1A 4TRZA 4CPXA 1APWE 1T6GA 2QU2A 5P27A 3NDXA 2ASIA 4JPEA 3VEUA 4FS4A 5P6LA 2B8VA 3OQAA 2J9KA 3BUGA 3RU1A 2I4VA 2RKGA 1MVPA 2AOJA 5AHBA 5P8GA 5P3QA 2IL2A 5P2MA 4Y4GA 2FGUA 4J1EA 2V16C 4PYVA 5P2JA 1HIHA 3O9CA 4ER1E 2BPXA 1ZAPA 4RYCA 4D89A 4J1FA 5P1SA 3MXEA 5P6WA 3ZKIA 5HVPA 5P8DA 3LPJA 2QD6A 5P1UA 3TTPA 3LPIA 1HBVA 5KQZA 3IN3A 2PWCA 3OXXA 5P06A 5P2RA 5P0SA 2F80A 3WZ8A 5P78A 5P2EA 5P25A 1MUIA 4FCOA 1ZPAA 4Y4AA 5P8MA 1APVE 1BDLA 5P4TA 3EKXA 3OY4A 3UDJA 1GNNA 5P1IA 2NNKA 3URJA 5IVSA 3INDA 3C9XA 5P3CA 5P5RA 1WBKA 5P0CA 2G26A 5P0GA 4Y44A 4B70A 1ZP8A 3VG1A 1FG6C 4DQFA 4Y5LA 5P1LA 2JXRA 5KR8A 5P5HA 3QRVA 2FNTA 3VFBA 3LIXA 5P0NA 5P0LA 5OYZA 4CKUA 5P6NA 1BWBA 5HU1A 2A4FA 2OHTA 4YD5A 3VLBA 3QP0A 4R5NA 3K5FA 5P3YA 4Y5AA 4RLDA 1HTEA 3FV3A 4PZXA 3HLOA 1T3RA 2I1AA 5J25A 2OHUA 3OUCA 4GMIA 4I0FA 3QVIA 2VIYA 3O9IA 2WEBA 5P2HA 3MXDA 5P67A 4UPJA 5P7EA 4FRIA 1WKRA 2ZYEA 2ZJHA 5AH7A 3Q5HA 5P08A 3UQPA 5P1FA 4HVPA 3LIZA 4CPWA 3PWMA 4Y41A 2B60A 4YCYA 3MWSA 3NUJA 4M8YA 2VA7A 4APRE 4QJ2A 2Z4OA 1FLHA 1G0VA 5P62A 4ZEAA 3VF3A 5P6BA 5P7KA 1TCXA 5P03A 4I8ZA 4NJTA 1K6TA 3HDKA 5P7QA 5ISJA 3OGPA 5P3LA 5DQ4A 5P4HA 2J9JB 4DV9A 1BVEA 2UPJA 2HS2A 4ACUA 2QZXA 3PBDA 2ZHRA 4S1GA 3LIQA 4DJUA 3KDDA 3QBFA 3SABA 5AGZA 2HB3A 1BWAA 1W5WA 3UTLA 2QP8A 2WF2A 5P1YA 2QNPA 5P69A 4GJ9A 4Q1NA 5P5BA 5OYWA 2NMZA 1DMPA 1TCWA 3CYWA 5P8LA 3QRMA 4LBTA 4NPTA 5P10A 3BXRA 4FSLA 4DJYA 4RRSA 4I10A 4H1EA 1QBRA 5OZVA 3PSYA 2O4PA 5P43A 4DJWA 1K1TA 5PEPA 4Y3QA 3TKGA 1K6PA 3GGVA 3SA5A 3D91A 5P38A 2G69A 2HB2A 4EXHA 5P5SA 3TH9A 4IVTA 3PB5A 4HLAA 4I8WA 4DI2A 5P09A 1D4IA 3FNSA 3K4VC 1LYWB 3SAAA 3D1ZA 4YCKA 2R43A 1FQ7A 3INHA 4R95A 4Y38A 2QD8A 3VF5A 5P01A 5JFPA 4FRJA 3S85A 4GJCA 3T7QA 3RSXA 5OZDA 4EJKA 2WF0A 1QRPE 1AJVA 5OZ5A 5OZ0A 5P84A 1XL5A 1XS7D 5P0HA 2NR6A 5P4WA 1OEXA 4ZIPA 4Q5MA 5P0BA 2ER6E 3PCZA 3VSXA 3VSWA 5P4FA 1HVRA 2NMYA 1GNMA 5P6CA 5P04A 4AMTA 3NU3A 2F3KA 5E5KA 2R5PA 2NXLA 3NXNA 4Y4TA 5P4SA 4J0VA 5DQ1A 5P1BA 3URIA 1RNEA 3ZOVA 4QGIA 5P8TA 1HVSA 1E80E 1FMXA 5P15A 2RENA 5HDXA 1LF4A 6APRE 2FXDA 3BXSA 1KJGA 2FMBA 3EM4A 5APRE 3TNEA 1YM4A 3QBHA 4WY1A 4Y36A 5P6JA 5HCTA 5P6KA 5P4LA 4LAPA 4ZPFA 1D4KA 4FM6A 4A6BA 5P6EA 1IZIA 3G72A 3R2FA 3KM4A 1BDQA 5P2QA 3MSLA 3EL9A 1HXBA 2OF0A 4MC9A 1APTE 4J0PA 1HVKA 5CONA 3VLAA 5P7UA 3FIVA 4NJSA 1ODWA 3S7MA 5HCOA 1PPME 1YTHA 3KFNA 5OZLA 5P16A 5P5WA 4TRWA 5P5ZA 1HXWA 5IVRA 2ZGAA 3EC0A 5P7NA 3EL4A 5P8JA 4LXKA 1ZJ7A 5P70A 3SO9A 5OZJA 5P4CA 3Q70A 5P7SA 3OQFA 3IVIA 4ZLSA 5P5VA 2VKMA 4A6CA 3L3AA 2WL0A 3I8WA 4ZSQA 1SDTA 1GVWA 4DJXA 1HSIA 2G21A 4HDPA 5HTZA 3GI0A 3O9GA 2P4JA 3IN4A 2BBBA 5P13A 2V0ZC 5OYYA 2I0AA 2WJOA 5P8NA 5P37A 3QVCA 3NWQA 5ER1E 1LS5A 4EHCA 3TPRA 2VIJA 4L6BA 5HU0A 3EKQA 4PHVA 1TSUA 2JYSA 1W6HA 5P7VA 1KJFA 3OXVA 4RROA 5P83A 2VJ6A 3RSVA 3HW1A 5P3TA 5P8BA 3SFCA 4L7JA 3OQKA 2HC0A 3SA6A 5P0DA 5HE7A 4EPJA 4BELA 3T3CA 4JOOA 1SDUA 2Q63A 4GJBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B5F A;  3GI5 A;  4EQJ A;  5P3E A;  4FAE A;  2Q64 A;  5P40 A;  5P1X A;  3T7P A;  4OBG A;  1VIK A;  3K4V A;  3PHV A;  4D8C A;  1B5F B;  4J54 A;  2I4Q A;  2VIE A;  2ZJN A;  2PWR A;  4B77 A;  2WF3 A;  4YBF A;  3VV7 A;  5P4O A;  3NU4 A;  3KFP A;  3WZ7 A;  3PVK A;  4EWO A;  5OZW A;  5P14 A;  3OXC A;  5P7D A;  4OBD A;  3NU5 A;  2A1E A;  4I0G A;  4Z22 A;  3ZPT A;  4A4Q A;  4YBI A;  3IGB A;  3UDR A;  3GGX A;  4Y3W A;  3SA4 A;  2QHC A;  1GNO A;  3D20 A;  1HEF E;  5P5I A;  1NPV A;  2QHZ A;  2I4D A;  2FGV A;  3B80 A;  2F8G A;  4DQE A;  1BIM A;  5P2U A;  5KOQ A;  2PQZ A;  5P66 A;  5P3J A;  1A9M A;  4H3F A;  3NLS A;  3JVW A;  4K4P A;  4CPR A;  2AOE A;  2Q15 A;  1JLD A;  4L7G A;  5P80 A;  1RQ9 A;  3NU9 A;  3K5G A;  4DQC A;  3T6I A;  4GJ8 A;  1FFF C;  3ZKN A;  1ER8 E;  4L1A A;  4Y47 A;  4NJU A;  3SA8 A;  5P1N A;  3VUC A;  1MRX A;  3CKT A;  3S54 A;  1YG9 A;  1XN2 A;  4L1A B;  1MT9 A;  3L5C A;  1ZLF A;  5UPJ A;  1DP5 A;  5P4A A;  3WB5 A;  3S43 B;  4XX3 A;  4ER2 E;  2ER7 E;  4Y3E A;  2AVO A;  2XFI A;  5P1C A; 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 1EC0 A;  3AID A;  1G2K A;  2NXM A;  4YD7 A;  3TL9 A;  4Y4W A;  1KZK A;  5P71 A;  4OBZ B;  5P87 A;  5TOL A;  4D85 A;  1QBS A;  1E82 E;  2AVQ A;  5P28 A;  4RZ1 A;  2O4K A;  2WF4 A;  1UPJ A;  3VFA A;  5P55 A;  5P41 A;  2B7Z A;  2I4X A;  4K4R A;  3LNK A;  3DV5 A;  2ZHS A;  1KJ4 A;  5P1G A;  2BQV A;  3UDH A;  1M43 A;  3IXK A;  4IVS A;  3F9Q A;  4Q1Y A;  3ER3 E;  2JJI A;  2OAH A;  2ZDZ A;  5P5T A;  2FDD A;  5OYT A;  3O9B A;  5P2A A;  1T7J A;  5P5D A;  5P8S A;  2RMP A;  1FFI C;  5P7F A;  5P0Q A;  5P29 A;  2PSG A;  4N00 A;  5OZH A;  1MES A;  1RL8 A;  1B11 A;  4MC2 A;  4J0Z A;  3PRS A;  3U7S A;  5P4Y A;  3VV6 A;  1PPL E;  5P7J A;  2ZHU A;  2CEM A;  4LXM A;  5OZT A;  1LF3 A;  2FS4 A;  2WF1 A;  2QI5 A;  5P2F A;  5P4R A;  1C6Y A;  4EJL A;  1MEU A;  1C6Z A;  1AVF A;  5OYS A;  3L59 A;  4HZT A;  1XE5 A;  4FGX A;  3LIY A;  1HTG A;  2V00 A;  1RPI A;  3G6Z A;  3QRO A;  3LPK A;  3NU6 A;  2OHQ A;  5F00 A;  2OHP A;  5KR0 A;  4AA8 A;  2JJJ A;  2QZW A;  1Q9P A;  4Y35 A;  5P58 A;  5P4D A;  3HVG A;  5P8E A;  1FQ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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