4FRIA

Crystal structure of bace1 in complex with biarylspiro aminooxazoline 6
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
388
structure length
372
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure- and Property-Based Design of Aminooxazoline Xanthenes as Selective, Orally Efficacious, and CNS Penetrable BACE Inhibitors for the Treatment of Alzheimer's Disease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 96
structure length 372
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4friA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4friA02
4I10A 5P7CA 3URIA 3OUDA 1SMRA 5P13A 5P61A 4OC6B 3ZMGA 3HW1A 4AMTA 3G6ZA 5P4MA 5P5XA 5P8LA 5ENKA 3O99A 5P8TA 2XFJA 4Q1NA 1EPQE 5P7JA 2I1AA 2VA6A 2QHZA 4QJ8A 5OZ6A 5P2QA 3TPPA 5P2DA 4Y3DA 5P59A 3IAWA 1G0VA 5P8UA 4YCKA 4Y54A 2QD7A 2IENA 4I8WA 3TNEA 1VIJA 2AZBA 1EPRE 4BFBA 2PYMA 3UFNA 3NU4A 2QI6A 2ZHSA 3VG1A 1Z8CA 2G1OA 4DJPA 2APRA 3ZKMA 3VCMA 5I3VA 3B80A 5OYZA 2ZJJA 3BXRA 4YCYA 1PPLE 1UH7A 5P5PA 3EKYA 3EL1A 2AOIA 5P3TA 1M4HA 1HVLA 3EL9A 4Y50A 4GJ6A 4L1AB 5OZMA 4OBKA 3VSWA 3VLBA 5SY2A 4EYRA 3SA6A 3ZKXA 1MT9A 5CLMA 3NDWA 5P1WA 1IZIA 4ZPGA 1D4JA 2NXMA 2IS0A 4PEPA 5IVTA 5T4SA 3NYGA 4FLGA 5P6AA 5P4KA 2BBBA 1MT7A 4Y5MA 4F74A 1YM4A 5P6BA 5HU0A 2R5QA 1WBKA 3HD8A 3OK9A 2FXDA 3PLDA 3DK1A 1MTBA 4S1GA 4ZLSA 1BXOA 2AVVA 5P0OA 4I0FA 2Z54A 2JE4A 3L5EA 4J0TA 3GI6A 1TCXA 4B78A 4I0EA 4J55A 3S43A 3PRSA 5P3RA 3VYEA 5OZOA 3JVYA 4YD4A 1HXWA 3RTHA 2QHYA 1LV1A 3CICA 2R43A 2ZGAA 1FQ8A 4OBFA 4RYCA 4TRYA 3EMYA 4Y51A 4DFGA 1D4YA 3BUHA 4WTUA 3LIQA 2G69A 5HD0A 2FS4A 3WB4A 1XE5A 3DUYA 1FG6C 1ZJ7A 5P7BA 5P71A 3TPJA 4K4QA 3VF3A 2F3EA 5AH7A 4Y4UA 2JJIA 3EKPA 4YOAA 3URJA 4Y4AA 3T7QA 3K1WA 2PSGA 2NPHA 3O9LA 2WF2A 1C6YA 3OU4B 5P33A 1HVCA 2NTRA 4HLAA 1GVXA 3EKXA 3S85A 3OU3A 4OBDA 4OBZB 3EL4A 2B7ZA 4FRJA 3NU5A 3OOZA 5P53A 5P0PA 5P1DA 5DR7A 5AH9A 3SAAA 4YD3A 1OEWA 3QBHA 5AH8A 1FMXA 5P4ZA 2O4KA 4H3FA 2P4JA 4Y3EA 3PSGA 4YD6A 3TOGA 3VLAA 5C9FA 3SA3A 3NR6A 5P5NA 1FGCC 4DJYA 2VS2A 4YE3A 5P3QA 3UDPA 5IS4A 3TOHA 3EL5A 1BVEA 3EC0A 4DQFA 1TQFA 4M8XA 2ZJIA 1IZEA 2QI4A 1D4KA 5P1PA 4RVXA 4FGXA 5P8RA 3GGUA 3N3IA 1DP5A 5P8HA 2FNSA 1SMEA 3UDHA 4DQBA 5E5KA 5P8DA 4WY1A 5DPZA 2R38A 3DCRA 4D83A 5P47A 2WEDA 1K1UA 4Y3RA 1GVVA 4Y3AA 2PH8A 5P2IA 5P5OA 5HDZA 1MUIA 3PGIA 3WSJA 5P73A 4KE0A 3PWWA 5P1CA 1RL8A 5P1ZA 1HIIA 4I11A 4CPQA 5P7FA 3NWQA 5KQFA 5P4IA 5OZRA 5P4BA 1HVKA 1XL5A 5P7GA 4DPFA 1F34A 4H3IA 4OBHA 5P0JA 4APRE 4Y4JA 1FMBA 1JLDA 3PVKA 2WJOA 3O9EA 2FNTA 3MXEA 4K4RA 3R4BA 4JPCA 1META 4Y48A 4Y9WA 2I4UA 2OF0A 3LITA 1EC3A 3PMUA 4DVFA 4I0DA 1GVUA 4I12A 4PPHA 2Q55A 5P58A 1ZP8A 4B72A 1HPXA 4ER2E 2WF1A 4Y57A 5P2MA 3MWSA 2ER7E 1K6CA 5I70A 5HE4A 3OAGB 5P7HA 4YHQA 5OZUA 5OZEA 2MIPA 1KJ7A 5P28A 5KOQA 4Y4EA 4PYVA 3KYRA 4HA5A 2RMPA 2G22A 4XXSA 5P85A 3EKTA 3T3CA 3LIVA 2OHMA 2AZCA 1BAIA 1HVRA 1EEDP 3OUBA 4Y3JA 3KMYA 3JVWA 5IE1A 5P4GA 2QD6A 1HOSA 3IA9A 1ZPAA 5BWYA 4FAEA 1K2BA 5DQ1A 3VV8A 1DAZC 4QJ7A 4E43A 5IVRA 1HTEA 2QNPA 1DMPA 2BJUA 5P7XA 1FKNA 2AODA 4JP9A 3APRE 5P1NA 4CPRA 4Y44A 1BWAA 2QMPA 1ME6A 4Y3MA 5JFUA 2I4DA 1FEJC 2QNNA 3ZL7A 5AHBA 2G1SA 1HIHA 4ZSPA 1LF4A 3FNTA 2O4SA 4L6BA 2AVMA 5JG1A 3ZPUA 5OZCA 5KAOA 1QDMA 2PSVA 2QU3A 4Y4XA 1TZSA 3EM3A 5P45A 3VYFA 5UPJA 1MPPA 1WKRA 3UQPA 3K5GA 4R8YA 1BBSA 4R95A 5ISKA 4DJOA 3PI0A 5P7OA 9HVPA 2CEMA 7HVPA 4Q1XA 2Q63A 5P8MA 5P52A 3R2FA 3L58A 4Y5GA 2A4FA 3LPJA 5F01A 4OC6A 3U7SA 5P12A 3KDCA 1HBVA 2I0DA 4Y3XA 2RKGA 2EWYA 4EJKA 3BGBA 3LHGA 2WF3A 3JW2A 3LZSA 1FIVA 5P6KA 3S53A 1UPJA 5P22A 4D85A 4AA8A 1G2KA 3VFAA 4XX3A 1E80E 1SIVA 2PSUA 5P2BA 5P2GA 3VF7A 3H0BA 5OZVA 1W6HA 5P6MA 2B7FA 5P0EA 2AIDA 4Y5NA 3BUGA 1VIKA 3CMSA 5DGUA 2Q54A 4YBFA 4B77A 3CKPA 5OZTA 4GJ5A 2OHKA 2AVOA 3K4VA 4L1AA 4PZWA 3NUJA 5P6DA 3I2LA 3SLZA 2XFIA 1PROA 5P1YA 1FB7A 2ZHTA 5P36A 1SGUA 5P7WA 2QZKA 3O9HA 3EBZA 1B5FB 3SA4A 3RU1A 5KQYA 2QMDA 5ER1E 5P5IA 3OADB 5F00A 1PPKE 1NPVA 3ZKIA 3UQRA 5P3YA 1BDLA 2OHUA 1HWRA 3NUOA 2IL2A 3N4LA 1QRPE 2BPZA 1D4HA 3BXSA 1YTGA 3IN4A 2RKFA 5P15A 2NNPA 4FS4A 2VIZA 4Y43A 2A1EA 5P56A 4J1EA 5P54A 1EPNE 5P3CA 1NSOA 3R1GB 3FX5A 5KR8A 1T6EX 4U8WA 1DIFA 2AOGA 5P09A 4H3GA 5P05A 3WZ6A 5I3WA 3HVGA 5OZ9A 1HIVA 5P2LA 3I6OA 4NJSA 5P8VA 5HU1A 3GGXA 4KE1A 5P7KA 4AA9A 5P78A 3IGBA 2ZJMA 1EAGA 5P0DA 4YDGA 2B8LA 1B6PA 4LHHA 1BV9A 2HM1A 1LYAB 5P8KA 2Q5KA 2QCIA 5P6JA 5HVPA 1EC1A 4I1CA 2JXRA 5P11A 4RVJA 3QBFA 3OU4A 3VV6A 3RVIA 5JFPA 3PMYA 2I4WA 3T11A 5P5SA 5OZQA 5P6RA 3OY4A 4OBGA 4J1CA 4I0HA 5P6QA 1SGZA 3I7EA 3UDMA 2AVSA 5P7RA 4CPUA 4L7GA 3PI5A 3EKVA 1MESA 2G27A 1LF3A 5P3SA 3O9BA 5P63A 3G70A 5P3FA 3L5BA 5DQCA 5P07A 2PH6A 2Q15A 1CPIA 4ACXA 3CIDA 1SIPA 4GYEA 1TW7A 3L3AA 3UPJA 5P1HA 3VV7A 5P77A 1T3RA 5P0RA 5P8CA 3NLSA 1J71A 1K6PA 1ER8E 4B1CA 4Y37A 3TLHA 2VA7A 4K8SA 1QBSA 1HSGA 1HXBA 4MC1A 5P3MA 5P8IA 4QJ6A 3NXEA 5COPA 2HC0A 5P4DA 3ZKQA 5P6GA 1MVPA 4Y3HA 4BELA 5P2AA 1XN2A 4GB2A 4Y3SA 5OZHA 1GNOA 1K2CA 3HBOA 3QRSA 4J17A 4A6CA 4LAPA 4Y4DA 3L38A 5P4WA 5P3KA 3O9CA 1YTJA 2WEAA 5P2TA 3O9FA 5P04A 5P1KA 5P6YA 3EM4A 3FIVA 3RSVA 4F73A 4B1EA 5P14A 1EC2A 3UF3A 1XL2A 3Q5HA 5P1UA 3UDRA 3IXJA 4CPWA 3UQUA 5AHAA 4LXMA 4Y5EA 2OHQA 1ZPKA 5P1RA 4L7HA 4Y5LA 4EHCA 2QK5A 5P3JA 3SABA 5P83A 2IEOA 4Z22A 1APWE 5P69A 2AQUA 5P3VA 1FF0C 3T7PA 5P5UA 1TCWA 5P8OA 1A94A 5P0NA 5P7PA 5OYYA 2NNKA 3SA8A 2G20A 5JODA 1LZQA 2ER6E 2VKMA 3OAGA 5P5FA 3QAAA 4PZXA 3O9AA 3QVIA 4HEGA 4DV9A 2BPXA 3S45A 5OZKA 2P3AA 5P6FA 5P84A 4B0QA 3PCZA 4I0GA 3PEPA 1FQ6A 1EC0A 5P62A 5P40A 3I8WA 4DQGA 4MC2A 1IDAA 2HS1A 3I25A 4R91A 1APVE 3QN8A 7UPJA 3SM2A 1YTHA 4J0YA 5P0CA 4I0IA 5P3NA 4OD9A 1B6MA 5P6VA 4Y3PA 5P5MA 5P1XA 3BGCA 2BKTA 5P03A 3ZOVA 3LPIA 4H1EA 1QBTA 5P1LA 4CPTA 5J25A 3PB5A 1CMSA 5P2YA 1FQXA 2ZE1A 2ZJLA 3NXNA 4APEA 5P5WA 1M0BA 3VUCA 2XYEA 3ECGA 5P29A 2AZ8A 4WY6A 3BVAA 3FV3A 3DM6A 3AUPA 3A2OA 2VIEA 1AM5A 2BKSA 1FLHA 2HIZA 5P3UA 4EP3A 1HVHA 1K6VA 5P31A 4BEKA 2R5PA 5P49A 4CKUA 2V0ZC 4Y3LA 4DJVA 4FRKA 5P44A 5P5VA 4RVIA 4JPEA 4GZFA 4EJ8A 4Y47A 4DJQA 5OZDA 1PPME 2AOFA 2AOCA 1OHRA 4CP7A 4NJVA 2F81A 3CYWA 4NJTA 5P3IA 5P2VA 4ZSMA 3SA9A 3VFBA 5P80A 4UPJA 3TKWA 1ZBGA 3LPKA 2PMAA 2F3FA 5P7VA 3BUFA 4RCFA 2QNQA 5P5KA 1FQ4A 1EBKC 3PM4A 3VEUA 4RZ1A 3SO9A 5P6IA 3OXCA 5P6WA 1C70A 5HCOA 4B00A 5AGZA 2HAHA 2ZHUA 1RPIA 3INHA 5P51A 2AZ9A 3KM4A 1IZHA 2RENA 4AZYA 2G1RA 4GJ8A 1YG9A 3MSJA 4Y5AA 4FM7A 4LXAA 2IKOA 1Z1HA 4J1KA 2IKUA 1B11A 3UDYA 4Q1WA 3OQDA 1FFFC 2B60A 5P0MA 3KFNA 1EBYA 1K6TA 2FIVA 2R8NA 4Y53A 1B6KA 5P7DA 3NU6A 4Y3TA 1BVGA 1B5FA 5P7UA 4Y3FA 2FXEA 1G35A 5P79A 4BFDA 4J5JA 3OADA 4ZPFA 3RSXA 5P5JA 1D4IA 4Y3YA 3OHFA 5P4JA 5P7NA 4B1DA 3D1ZA 4EQ0A 2J9JA 5P1SA 4YD7A 4Y56A 1W5YA 2IDWA 3PBDA 3QP0A 2P3BA 5P72A 3R0WA 3PWRA 1HEGE 4LXKA 4CPXA 1IZDA 3UDKA 3LINA 3OQKA 5P7LA 3O9LB 3OUAA 2P8HA 2V16C 5P6ZA 1YT9A 3PBZA 3ER3E 2P3DA 5OZ5A 2Z4OA 5P34A 2VNNA 2PQZA 2ZDZA 5P0ZA 1ENTE 4QJAA 1SDVA 5DR1A 4J0ZA 3PLLA 5AHCA 5P50A 4J1FA 1TSUA 1LYAA 2OHPA 5P1AA 3BRAA 3UTLA 5C9BA 4PHVA 1B6JA 3HVPA 1ZAPA 1FQ7A 5P74A 5P8PA 4ER1E 5DQ4A 5OYRA 4Y4ZA 3GI5A 3O9IA 5P66A 2OHLA 2WF0A 5P23A 3LNKA 3NU3A 5COOA 1HSIA 3IVHA 5IVQA 5OZAA 1Z1RA 5OYWA 4M8YA 1DW6C 1QBRA 2V10C 3L5FA 5OZ8A 4Y3WA 2UPJA 1UH8A 3OU1B 1AAQA 3VSXA 5P88A 5OZXA 5P3PA 4D88A 4Y38A 2QMFA 3QPJA 4Y4WA 3M9FA 4FL8A 3L59A 2VJ7A 2F80A 4YDFA 3UFLA 5P1OA 5P1GA 3QS1A 3OUCA 2HPFA 4LC7A 5P1IA 5P10A 4Q1YA 4GMIA 1MT8A 1QS8A 3KFSA 2PK5A 3SA5A 5P0SA 5P3BA 3OXWA 3SKGA 4K4PA 4RYGA 3D3TA 4U7QA 2Q3KA 2QI7A 3LIXA 4DUSA 2V12C 4N00A 3UQWA 5P30A 2CEJA 3FNSA 5P65A 3OQAA 5P4XA 1HVIA 3UHLA 1QBUA 1XDHA 5P4RA 1XE6A 4Y6MA 1OEXA 4YA8A 5P0IA 5P2KA 5P4EA 3HZCA 4Y45A 4Y5CA 1SP5A 3NDUA 4J0PA 5OZWA 3D1YA 3T7XA 5P4CA 3QROA 5P17A 2QU2A 2VIJA 4IVTA 5I3XA 5OZLA 5CONA 1YX9A 2HB4A 3WZ8A 4GJ9A 4DQEA 3OTYA 2ER0E 5BS4A 2QAKA 5OZ4A 3ZLQA 2H6TA 2NR6A 5P2UA 2B8VA 4FSLA 4EPJA 1MRXA 2IGYA 3EXOA 1PFZA 1AIDA 5P7IA 3S7MA 1MSNA 4DQHA 5P3WA 1APUE 1RQ9A 1KJGA 1FG8C 4LP9A 5HDXA 5P0KA 3UCBA 4DJUA 3DJKA 4Z50A 1MRWA 2BB9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4I10 A;  5P7C A;  3URI A;  3OUD A;  1SMR A;  5P13 A;  5P61 A;  4OC6 B;  3ZMG A;  3HW1 A;  4AMT A;  3G6Z A;  5P4M A;  5P5X A;  5P8L A;  5ENK A;  3O99 A;  5P8T A;  2XFJ A;  4Q1N A;  1EPQ E;  5P7J A;  2I1A A;  2VA6 A;  2QHZ A;  4QJ8 A;  5OZ6 A;  5P2Q A;  3TPP A;  5P2D A;  4Y3D A;  5P59 A;  3IAW A;  1G0V A;  5P8U A;  4YCK A;  4Y54 A;  2QD7 A;  2IEN A;  4I8W A;  3TNE A;  1VIJ A;  2AZB A;  1EPR E;  4BFB A;  2PYM A;  3UFN A;  3NU4 A;  2QI6 A;  2ZHS A;  3VG1 A;  1Z8C A;  2G1O A;  4DJP A;  2APR A;  3ZKM A;  3VCM A;  5I3V A;  3B80 A;  5OYZ A;  2ZJJ A;  3BXR A;  4YCY A;  1PPL E;  1UH7 A;  5P5P A;  3EKY A;  3EL1 A;  2AOI A;  5P3T A;  1M4H A;  1HVL A;  3EL9 A;  4Y50 A;  4GJ6 A;  4L1A B;  5OZM A;  4OBK A;  3VSW A;  3VLB A;  5SY2 A;  4EYR A;  3SA6 A;  3ZKX A;  1MT9 A;  5CLM A;  3NDW A;  5P1W A;  1IZI A;  4ZPG A;  1D4J A;  2NXM A;  2IS0 A;  4PEP A;  5IVT A;  5T4S A;  3NYG A;  4FLG A;  5P6A A;  5P4K A;  2BBB A;  1MT7 A;  4Y5M A;  4F74 A;  1YM4 A;  5P6B A;  5HU0 A;  2R5Q A;  1WBK A;  3HD8 A;  3OK9 A;  2FXD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5P82 A;  5P8J A;  4Y5B A;  1LYB A;  4Y3Z A;  5P4F A;  4EJL A;  4HDF A;  2PWR A;  2G1Y A;  5P0Q A;  5P6X A;  5P68 A;  5P4Y A;  3IND A;  2OHR A;  4XKX A;  1KJ4 A;  1D4L A;  4EP2 A;  4F75 A;  5KR0 A;  5P5H A;  5P42 A;  5OZN A;  2ZJH A;  3GI4 A;  3TOF A;  4FM8 A;  3SA7 A;  5P4U A;  1LEE A;  2UXZ A;  3Q6Y A;  5P0A A;  4GJB A;  4X7I A;  1RNE A;  5P7T A;  5KQZ A;  2G24 A;  2UY0 A;  3FKT A;  2J9K A;  2HPE A;  5P0U A;  3ZKN A;  4LBT A;  4K9H A;  3AID A;  5P8N A;  3IXO A;  3S2O A;  3IVI A;  5SXN A;  4R5N A;  3O9D A;  4ZSQ A;  1ODW A;  3INE A;  4QGI A;  1BWB A;  2BPY A;  4AUC A;  1HPO A;  2AVQ A;  1XN3 A;  5P3L A;  2FGV A;  2QZL A;  5P6T A;  1GVW A;  5BRY A;  5P19 A;  5P26 A;  2I4Q A;  3KT2 A;  5P7Z A;  3QIH A;  5P5E A;  1SDU A;  5P6C A;  5P41 A;  1HSH A;  4J0V A;  5KR1 A;  2JJJ A;  3G72 A;  2I4X A;  2G26 A;  2J9J B;  5OYX A;  5P7E A;  5HDV A;  5HTZ A;  2P3B B;  3K4V C;  2Q64 A;  5P4N A;  4EJD A;  1LYW A;  2ZHV A;  3CKR A;  5P0V A;  3SM1 A;  1HTR B;  4TRZ A;  2FGU A;  1NPA A;  2R9B A;  3SFC A;  2HB3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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