4FRKA

Crystal structure of bace1 in complex with aminooxazoline xanthene 11a
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
387
structure length
369
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure- and Property-Based Design of Aminooxazoline Xanthenes as Selective, Orally Efficacious, and CNS Penetrable BACE Inhibitors for the Treatment of Alzheimer's Disease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 98
structure length 369
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4frkA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4frkA02
2PH6A 3OUAA 2BPVA 5DQ1A 4HDPA 1PSNA 2HAHA 3A2OA 3D1YA 2OF0A 3KDBA 5P4EA 4OBZB 3BC4A 4QJ9A 5OZYA 2HB4A 3PCZA 1GVUA 4Y3EA 5P3XA 3OTYA 3SFCA 3PM4A 3UQXA 3FNSA 4NJUA 5P2AA 4ACXA 2VA6A 1EPQE 1PFZA 3JVWA 1MUIA 4J54A 3I25A 5P3HA 1AAQA 3ZMGA 1TSUA 1RNEA 3LIXA 3MSLA 5DQ5A 2R3WA 4OBZA 3URIA 3MWSA 3URJA 2AQUA 5P4MA 3LINA 4Y3GA 5P0NA 5P5GA 5P72A 5P7IA 2BPZA 3UDYA 5OYYA 5P4HA 5P5UA 3T6IA 5P5SA 4RRSA 5P19A 4LAPA 1HPVA 3I7EA 1BXOA 5OYWA 4NPTA 1EC1A 5I3YA 4Y4EA 4I0DA 1GNOA 1VIJA 3KFNA 5OZZA 4FRJA 4Y4XA 5P77A 2VS2A 3O9HA 4L6BA 3BVBA 3EM4A 5P1QA 3CYWA 5P4PA 2QP8A 3NDTA 4J1CA 2G1YA 3RTHA 2IENA 1FIVA 2WF0A 1C6XA 4DPIA 1ZPKA 3EKTA 5P63A 3SO9A 1M0BA 3SA6A 5P6NA 1HSHA 5P5DA 3LIZA 2AVVA 2AZ8A 2B8VA 5P85A 1DP5A 2WEAA 5P7QA 2FXDA 3SA8A 4Q1NA 5ISKA 5OZ2A 4TVHA 3IXKA 4Y39A 1EPME 3HVGA 1BVEA 1HEGE 4D85A 3PWRA 4HA5A 3UCBA 5P1XA 5P1GA 4PZWA 1T7IA 2B7FA 1J71A 2G24A 5AGZA 4ACUA 4RYCA 2AZCA 3WB5A 3PSUA 4A6BA 4Y5KA 4KE1A 1FQXA 1QBTA 3JVYA 4CPTA 1EC2A 5P20A 3UDQA 2OHTA 1AJXA 2R5QA 4YD3A 5P2YA 5DR3A 4EJKA 2WEDA 2XYEA 3L5FA 4Z2ZA 4N00A 4LP9A 3O9CA 3R1GB 1GKTA 5P1MA 3DCRA 1JLDA 3EM6A 3QAAA 4DQFA 3OK9A 4Y57A 4J0PA 4Y5CA 3PWWA 3OQFA 2F3EA 5P7LA 2JJJA 2I4XA 3OOTA 2ZHVA 5P3GA 1OEXA 2PSGA 4XX4A 4FIVA 4AA8A 2WJOA 4Y9WA 3UTLA 5P4AA 4YD6A 4JECA 1APVE 3TTPA 1T6EX 5P1UA 3UQPA 4Y4ZA 1LYBB 1BDLA 2AOIA 5P1TA 4YDGA 3DV1A 2VIEA 2FMBA 5HCTA 5P74A 3PBDA 5P3LA 2AVQA 3NUOA 1TZSA 5P1PA 4AUCA 1HEFE 5OZ8A 4D83A 3K5FA 1ZAPA 5IVQA 4DJOA 2JE4A 4I0GA 5P6CA 3TH9A 3DCKA 1HIVA 7HVPA 3K5DA 5ENMA 5OZNA 1HRNA 2QAKA 5P2LA 1AIDA 2O4LA 3IVIA 4X2LA 2NTRA 5P3WA 2G27A 1BV7A 5P8LA 4U7VA 5P46A 3OU1A 4Y5NA 3U6AA 5P17A 3C9XA 1K6VA 5HE7A 4E43A 5F01A 4Y3FA 1UH7A 4ZSQA 1MERA 3TPRA 4FGXA 3EXOA 4EHCA 3VSWA 3KFPA 1SDTA 3D91A 5P0BA 3NXNA 2IGXA 4J0ZA 5P32A 2PYMA 5P1RA 2HPFA 3IGBA 5AH9A 3Q4BA 4Y4AA 4Y4DA 3TLHA 1FFFC 1VIKA 3NYGA 1LF4A 3HVPA 5P8DA 4RYGA 1HTGA 4B1EA 5OZTA 5P7ZA 1IVQA 2V10C 4B72A 5P86A 3NDXA 5P3RA 4Y4TA 3SA5A 4J1EA 3TL9A 4YOBA 5OZVA 5P49A 1ZTZA 2XFJA 3DJKA 1APUE 4GJ9A 4FRSA 5P59A 1FKNA 1SGZA 3EL1A 3PI0A 4A4QA 4Y51A 1K6CA 1HPSA 3PEPA 5P34A 5P2VA 5ISJA 1NPVA 5DR0A 5P3TA 5P65A 2BJUA 3LPKA 1B11A 3KMYA 5HU1A 5OZIA 5P8JA 4AMTA 1QBUA 3T3CA 3GI5A 3PMYA 5BS4A 5P5QA 2QCIA 2ER7E 5P3FA 3AUPA 1MIQA 4RVJA 5AH6A 5HDXA 1C6YA 1YM2A 1EPOE 1GNNA 2AOGA 4I0FA 4LXMA 4Y47A 5P7GA 5P3CA 1BILA 2EWYA 1ER8E 3T11A 3K5GA 5P57A 5OYTA 3MXEA 5P2RA 1QBSA 5P0JA 3ZPTA 2VKMA 5OZAA 1W5VA 4LBTA 4Y3XA 1FFIC 1SBGA 1BWAA 4R95A 1QRPE 4Y54A 5DR1A 5P28A 3PRSA 4XXSA 1E80E 3DK1A 5P83A 2P3AA 3NWQA 1G2KA 4B0QA 2V00A 3GI6A 4I0ZA 3BUGA 1QS8A 5P42A 5OZLA 2BKTA 2Q11A 4Y5GA 3FNTA 3HAWA 1SIPA 4Q1YA 2IRZA 3VLBA 3INEA 4K4RA 1HSGA 2ASIA 1W6IA 3Q70A 4ZPFA 3VG1A 3SA9A 1FMUA 3CKTA 2I4WA 3UDRA 3S7LA 1GVWA 3OOZA 1LYWA 1OD1A 3O9IA 3ZKGA 1HVSA 4YHQA 5P2TA 2Q64A 1MT8A 4J0VA 5P4WA 1APWE 5P6UA 5P1EA 4CMSA 1HPXA 4J1IA 2RMPA 5P0KA 2ZHUA 1DW6C 2QU3A 3H0BA 1LEEA 2BPXA 1AXAA 4J1FA 3OQDA 5P71A 2IEOA 4Y4JA 4Y58A 4YBIA 4H1EA 3EKWA 1XN2A 5P56A 4L1AA 4DV9A 4YCKA 2UY0A 4F73A 4LL3A 3IN3A 3L5CA 5OZ1A 4QJ7A 5P3KA 3LZUA 4OC6B 2MIPA 2ZJNA 3VYEA 5P2HA 5C9DA 3QBHA 2AZBA 5P2OA 5P1ZA 5P12A 5P7PA 4K4PA 5P6XA 5P3SA 2IKUA 3OU4B 4HDBA 3UDHA 1YTJA 3SQFA 3KDDA 4NJTA 4D89A 3UDPA 4JP9A 4M8YA 4OC6A 1E5OE 4EP3A 5P0UA 4Y3TA 4YCTA 5OYSA 2OHUA 5P0MA 5P76A 2OHSA 5P0LA 5IVRA 2IS0A 5P1BA 5DR4A 3CYXA 3WSJA 4NPUA 3OU4A 4ZSMA 3HZCA 5P8TA 4ZLSA 4GJ5A 5P1AA 3S85A 4Y3YA 1MTBA 1HVKA 2F81A 5P22A 3QVCA 2XFIA 4B05A 4DJYA 3OADB 5HDUA 3EKPA 3F9QA 4DJQA 3INFA 1N49A 5B18A 3K4VC 1G6LA 1BAIA 4YD4A 5P1DA 1D4IA 3I8WA 1TSQA 4OBHA 2IL2A 3APPA 5P0DA 5P5MA 5P16A 5P1LA 3IVHA 3BUHA 2QI6A 5P7SA 3NU9A 5P5ZA 2B7ZA 3NU6A 1WBMA 5P60A 5P7RA 4XX3A 1TQFA 1B6LA 5P5RA 5I3WA 3OUCA 1YX9A 4RCDA 3OADA 4Y37A 3HAUA 3NDWA 5P7KA 2G1NA 1F34A 4YD5A 2I4UA 2PH8A 4RZ1A 5P4TA 2ZJLA 3FNUA 5SZ9A 4H3JA 5P3JA 3CICA 3PWMA 2RENA 4R8YA 1E81E 3SA4A 4Y3ZA 3PSGA 5AH7A 4GJDA 2HIZA 5P8MA 3OGPA 5P4CA 1CMSA 5UPJA 1HXBA 4TRYA 5P0OA 5P1VA 4PEPA 2ZE1A 3QBFA 2BB9A 2PWCA 5P0EA 3HDKA 5OZMA 1OHRA 3LITA 5OZHA 5P7VA 2I4QA 4B77A 5P3YA 3PHVA 4DJRA 4Z4XA 2IGYA 5P73A 2H6SA 4LC7A 5P0AA 5P5BA 2F80A 2Z4OA 1YTIA 4FL8A 5OZ0A 5P44A 3QN8A 4PPHA 5P5LA 5OZUA 1PPLE 4COEA 4RLDA 5P3PA 5P6KA 5P6ZA 5HE5A 1ODWA 5P6WA 4FRIA 5KQZA 5P8OA 2WF4A 1PSAA 1MRXA 5P01A 4OD9B 3NLSA 4ZIPA 5P5YA 4NKKA 3TPPA 5OYVA 1HXWA 3OQAA 5EZZA 4DJUA 4DQBA 5P0RA 4CPRA 5FIVA 1HIIA 3EM3A 5P8BA 4DJXA 5P7YA 5P25A 4WY6A 3SKFA 3L5DA 4Y3WA 5P2WA 3VUCA 4QGIA 3PMUA 4Y3MA 4ZSPA 5P6YA 5OZEA 3R4BA 1MT9A 3GI0A 2I4VA 1FMBA 4OD9A 5P8GA 3GGUA 3GW5A 2NMYA 5JFPA 4GMIA 4I8ZA 4Y56A 4ER4E 1K6PA 1SDVA 3INHA 5P53A 1Z8CA 1B6JA 5P05A 4FAEA 4Q5MA 5P6LA 4DJWA 2APRA 5P3MA 5P8QA 2WKZA 2Q5KA 1MTRA 2ZHRA 1D4LA 5P41A 5P38A 3OXVA 1EPNE 5P4RA 1YTHA 5OZRA 2ZJIA 3PLDA 5P3BA 5P5WA 2G69A 5AHAA 1F7AA 5P8IA 3DV5A 4OBKA 3S2OA 1IZIA 2JJIA 3H5BA 5HD0A 5AH8A 3CKPA 5P3EA 1UPJA 4QJ8A 5P47A 3UQWA 5OZFA 5KAOA 4I0IA 2FDEA 2P3CA 4DPFA 3DUYA 5P37A 3PCWA 4CPWA 5P5IA 1HBVA 1LZQA 3O9EA 2OHRA 1E82E 1AJVA 5P6HA 1SDUA 3KT5A 4BEKA 1A8GA 5IVSA 5P3QA 3L5BA 4GJ7A 4L7GA 4PYVA 1FQ4A 2ZHTA 5CLMA 1MSMA 5P5JA 4F76A 5P3IA 1SGUA 1Q9PA 4K4QA 4F75A 5P8SA 3IN4A 5DQ2A 3VF3A 3VF7A 5T4SA 4KUPA 4Y44A 2B42A 1KJ4A 2P4JA 2QI1A 3QRSA 4I0EA 3INDA 2NXDA 5P06A 1G0VA 2PC0A 4Y4GA 1B5FB 6FIVA 2RSPA 1HVHA 2I0AA 4X7IA 5COPA 5P4GA 3D3TA 4PZXA 4B1CA 5BWYA 5SY2A 2ZHSA 4Y41A 4Y5LA 2FIVA 2ZGAA 5P7DA 1HVRA 1ZP8A 5P33A 2OHPA 2O40A 3LHGA 4IVSA 5OZPA 3R0YA 2QZXA 1ZLFA 2VNNA 3SABA 1B5FA 1PSOE 3RVIA 4J0YA 5P2JA 3OU1B 5P2MA 5P31A 3O9GA 4OBJA 5P48A 4CPXA 2HS2A 1FQ8A 1HVCA 2PWRA 1K6TA 2OHNA 5P07A 4YCYA 1HVIA 4RVIA 5P5AA 3QPJA 3G72A 5SY3A 3MSJA 3VV6A 1W6HA 2I0DA 3VSXA 2B60A 1FQ5A 5P70A 4Y3JA 2R5PA 5P6QA 3LZYA 3NXEA 5P45A 2Q54A 5IE1A 1FQ7A 1B6KA 3NR6A 1QDMA 4Y3RA 4Y48A 3TNEA 5KQXA 3IA9A 2AOHA 3ECGA 4U8WA 2I4DA 1KZKA 5P67A 2R3TA 4I0HA 3D20A 5P3VA 5C9BA 2CEJA 5P6MA 4OBFA 5P64A 3LZSA 2ZJJA 1EEDP 1XL5A 4FM7A 4J5JA 1MVPA 5E5KA 3T7XA 5P0GA 1HTEA 1QBRA 1LF2A 5ENKA 2FNTA 5P08A 3KYRA 5OYXA 3BGBA 1ENTE 3D1ZA 5KQFA 5P69A 1YTGA 3NU5A 5HTZA 2QI0A 5P4BA 3OY4A 3LNKA 3QIHA 3K5CA 2V11C 5OZJA 1FG6C 5IS4A 2NXMA 3OUDA 3ZPSA 5P8VA 1AZ5A 3LPIA 2G1SA 1YT9A 2PYNA 1OEWA 3BHEA 1UH9A 4EQJA 3VV8A 5P11A 4DUSA 5P61A 3VEUA 3HD8A 4OBDA 3L58A 2Q55A 3O9LA 4EWOA 1D4JA 5HDVA 2AOFA 1EC3A 2Z54A 2R38A 4QJ2A 3VYFA 3VFAA 5P89A 2P83A 2VJ7A 4EJDA 4I0JA 2XFKA 5OYZA 3UDKA 5P81A 4Y43A 4APRE 1GNMA 2PQZA 5ER1E 4EP2A 5P2UA 1LYWB 1T3RA 1ZJ7A 4Y3NA 2QNPA 3WZ6A 5P14A 1MPPA 2P3DA 4GJBA 2V0ZC 3UF3A 2AZ9A 4Y5EA 2F8GA 2NNKA 3SKGA 2IDWA 4QJAA 5OZ5A 3ZKMA 3OGQA 1HTRB 3PLLA 3OUBA 5OYUA 5P78A 5COKA 4L1AB 4R92A 2BQVA 3UPJA 1EPRE 4J55A 4ER2E 1XE6A 5P4XA 4TRZA 1Z1RA 4RVXA 1T6GA 1T7JA 1XS7D 3QROA 3UFLA 5AHCA 3ST5A 3IXJA 4Y3LA 3U7SA 7UPJA 3BXRA 1META 2G21A 5P4FA 1FG8C 4HVPA 4DVFA 4EJLA 1HIHA 3BGCA 5P1NA 1HVLA 5P1WA 4DQCA 2AOEA 3KN0A 4B00A 5P29A 2QHYA 4RRNA 5P0PA 5OZWA 2G1OA 5P2IA 1K2BA 4D8CA 3CKRA 2VA5A 5DQCA 3ZKIA 6UPJA 1A8KA 4Y5PA 3CMSA 3O9FA 3PJ6A 1W50A 2A4FA 3SPKA 4H3IA 3S43A 1SMRA 2QHCA 1LS5A 3KFRA 2FDPA 5P66A 5OZDA 5P7BA 5P1FA 5P5XA 4R5NA 1GVXA 2UXZA 4DJPA 1ODYA 1NH0A 3PBZA 2CEMA 1RPIA 3KM4A 1AM5A 5P1CA 5P30A 5HCOA 2WEBA 5DPZA 1A94A 2FLEA 3M9FA 5P52A 5P2SA 2QMPA 3GGXA 1EBYA 5DQ4A 5KQYA 5P0XA 3NU3A 5P5VA 2OHMA 5P55A 5P0IA 2QZWA 5SXNA 5P6AA 1Z1HA 2CENA 3EL5A 5P23A 2QI5A 1RL8A 3SA3A 3OXWA 5P8FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PH6 A;  3OUA A;  2BPV A;  5DQ1 A;  4HDP A;  1PSN A;  2HAH A;  3A2O A;  3D1Y A;  2OF0 A;  3KDB A;  5P4E A;  4OBZ B;  3BC4 A;  4QJ9 A;  5OZY A;  2HB4 A;  3PCZ A;  1GVU A;  4Y3E A;  5P3X A;  3OTY A;  3SFC A;  3PM4 A;  3UQX A;  3FNS A;  4NJU A;  5P2A A;  4ACX A;  2VA6 A;  1EPQ E;  1PFZ A;  3JVW A;  1MUI A;  4J54 A;  3I25 A;  5P3H A;  1AAQ A;  3ZMG A;  1TSU A;  1RNE A;  3LIX A;  3MSL A;  5DQ5 A;  2R3W A;  4OBZ A;  3URI A;  3MWS A;  3URJ A;  2AQU A;  5P4M A;  3LIN A;  4Y3G A;  5P0N A;  5P5G A;  5P72 A;  5P7I A;  2BPZ A;  3UDY A;  5OYY A;  5P4H A;  5P5U A;  3T6I A;  5P5S A;  4RRS A;  5P19 A;  4LAP A;  1HPV A;  3I7E A;  1BXO A;  5OYW A;  4NPT A;  1EC1 A;  5I3Y A;  4Y4E A;  4I0D A;  1GNO A;  1VIJ A;  3KFN A;  5OZZ A;  4FRJ A;  4Y4X A;  5P77 A;  2VS2 A;  3O9H A;  4L6B A;  3BVB A;  3EM4 A;  5P1Q A;  3CYW A;  5P4P A;  2QP8 A;  3NDT A;  4J1C A;  2G1Y A;  3RTH A;  2IEN A;  1FIV A;  2WF0 A;  1C6X A;  4DPI A;  1ZPK A;  3EKT A;  5P63 A;  3SO9 A;  1M0B A;  3SA6 A;  5P6N A;  1HSH A;  5P5D A;  3LIZ A;  2AVV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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