4FRSA

Structure of bace in complex with (s)-4-(3-chloro-5-(5-(prop-1-yn-1-yl)pyridin-3-yl)thiophen-2-yl)-1,4-dimethyl-6-oxotetrahydropyrimidin-2(1h)-iminium
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
389
structure length
386
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Discovery of an Orally Available, Brain Penetrant BACE1 Inhibitor That Affords Robust CNS A(beta) Reduction
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 106
structure length 386
sequence length 389
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4frsA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4frsA02
1SH9A 4Y45A 2QD6A 1D4LA 3LNKA 3NDXA 3NWXA 1B6MA 5P2BA 5P6EA 1XE5A 3PEPA 5P4GA 5P5YA 4B1CA 2V0ZC 3OU4A 3NU4A 4AA8A 4Y54A 5ISKA 2VJ6A 3VUCA 4F73A 2BPVA 4RRNA 3QRVA 3UDQA 4KE0A 5P2RA 2O4PA 3L38A 1MESA 1HIHA 5P22A 1W51A 5HE5A 4GB2A 2G1OA 4Y3NA 4K4PA 1KJ4A 2NMYA 5P5WA 2AVOA 2VA5A 5P0JA 3ZPSA 2Q3KA 2OHUA 3OTSA 1ZSFA 2QI1A 1FEJC 3OQ7A 5P8HA 2G24A 3VFAA 2O4LA 6UPJA 3VLBA 5P8VA 3OUBA 5P3BA 5OZSA 3EKYA 1FFFC 1CMSA 3Q3TA 4CKUA 1B6PA 5P8CA 1HIVA 2I4QA 4FCOA 5P38A 4Z2ZA 3SO9A 3OXWA 3D1XA 5P6WA 3KT5A 5P3JA 3EC0A 5P30A 2QMGA 1QRPE 3EM6A 2AVSA 2VA7A 3VCMA 1IIQA 1TZSA 5P5OA 5KR2A 2BPXA 5OYSA 4KUPA 3KFSA 3MXEA 2V00A 2ZYEA 5P83A 3L5FA 4FM8A 7HVPA 2RKGA 5P1JA 4Y43A 4Z4XA 1FQ5A 5P28A 5P0AA 5P18A 5P6XA 1IZIA 2HIZA 5P3RA 5P7FA 3UDMA 5P51A 5OZOA 1N49A 1A8KA 4Y38A 4H3IA 5P0RA 4R92A 4GJCA 1IBQA 4FRJA 5P01A 1HIIA 5P0NA 2A1EA 2AZ9A 3VLAA 4Y3JA 2WJOA 4OD9A 1NPVA 2PSGA 5P6DA 5CLMA 1B6LA 3U71A 3HAUA 4Y58A 4B70A 3T7XA 2P8HA 2ZE1A 5P6VA 2IGXA 1HTRB 4I12A 5P2TA 3SM1A 5OZEA 4I0GA 5P7TA 3EL0A 3IVHA 4J54A 3TOGA 4FSLA 3AUPA 5P10A 5P8UA 2P83A 1HOSA 1D4HA 4J17A 3TPJA 1OHRA 3OADB 2PMAA 4RVXA 4OBKA 4DJXA 1KJ7A 3O9DA 1T3RA 2Z54A 4FM6A 4GYEA 5C9DA 4HDBA 3OHHA 5KR0A 5P59A 5P44A 2HC0A 2PYMA 2QCIA 4Y4ZA 4HE9A 4FM7A 5P2JA 5P0CA 4E43A 5OZ2A 5P1TA 4EYRA 3B80A 2J9JA 4Y5NA 3BUFA 5P7MA 5DQ1A 3PM4A 1BDQA 5P5DA 5OZKA 3KF0A 5OZ7A 1BVGA 5P5ZA 4U7QA 5P3EA 1Z8CA 4RCFA 4MC1A 5P3KA 4GIDA 5P64A 5P3DA 3ZMGA 5JG1A 5DGUA 5P5HA 5P4UA 5KQFA 2G1YA 3URLA 3NXEA 2NXLA 5ER1E 2AOEA 3FNSA 3VV6A 3NLSA 1G2KA 3S85A 3UCBA 3R4BA 4YHQA 2FLEA 2B8LA 3BC4A 3U7SA 5I3XA 3ZPTA 1QBTA 4EQJA 5P68A 1C6ZA 1LF2A 5AH6A 1HWRA 3QPJA 1W6HA 5OZJA 5P6LA 1J71A 1W50A 5P7XA 2ZHVA 1E82E 4I11A 1RV7A 1Z1HA 4PPHA 5OYVA 2NPHA 2QI0A 5P6MA 2AOFA 4HDFA 4PZXA 3FX5A 3I25A 4ZSQA 1G6LA 2OHMA 2QI5A 5P1BA 5P1UA 4DJOA 3I8WA 5OYRA 3SM2A 3I2LA 4EHCA 3SA5A 2I4XA 4Y5BA 5P12A 5J25A 4Y4UA 5P8DA 4CPXA 4DQHA 4PHVA 1FGCC 3MXDA 5OZ3A 5P8EA 3IVIA 5AH8A 2HS1A 1KJHA 5P1WA 5SZ9A 3S54A 2I4DA 2ER6E 3EL5A 5P1EA 2QNQA 4DPIA 4DJQA 4UPJA 4BFDA 3MSKA 2H6SA 5P7WA 5P43A 2JE4A 4OD9B 5P7RA 2H6TA 4HLAA 4IVSA 5P73A 3O9CA 3UQWA 1ODWA 3BGCA 3FV3A 4YA8A 5P0OA 2QD8A 3EKVA 3PSUA 3L5BA 5I3VA 5P2FA 4Y5PA 3EM3A 3PMUA 5OZPA 5P31A 5P4VA 5P84A 5OZBA 5C9BA 5P6YA 4AMTA 2R43A 5P8MA 1B5FB 4I1CA 5P7EA 2B7FA 5P23A 4ACUA 5P4AA 1YT9A 1IZHA 5P1ZA 2ZHSA 3BXRA 3PCZA 4JPCA 1IDBA 2JJIA 4K4RA 3INDA 3IGBA 2ZJNA 1JLDA 2WL0A 2NTRA 5P0DA 5P81A 1EBZA 3ZKIA 4DJRA 5P37A 5P3TA 4Z50A 3RSVA 4H1EA 1BBSA 5HCOA 3TL9A 4OBHA 4Y50A 5C9FA 3D3TA 1GNMA 5KR8A 3HLOA 4A6BA 2VIEA 3UDJA 1BILA 4GJ5A 4QJ2A 3T7QA 3ZL7A 3EMYA 3PI5A 3QN8A 1BXOA 5P09A 4QJ7A 2FGVA 1T7KA 3GGAA 1EPNE 1AIDA 5P0FA 3ECGA 1ZTZA 2OHQA 8HVPA 3WB5A 3ZOVA 5P2LA 4RGHA 5P1LA 5COPA 2NMZA 3T6IA 1B6KA 1EEDP 3OQDA 5P4FA 1M0BA 1KZKA 1ZPAA 5P29A 2AOJA 3SFCA 5P60A 1MT8A 2FNSA 5AHBA 4I0JA 5IVSA 3ZPUA 5P4ZA 2P3DA 3R2FA 4YD7A 4DPFA 6APRE 5P76A 5OZ1A 2WHHA 1KJGA 2BQVA 4J0YA 5DGWA 1HSGA 1MTBA 1FQ4A 5OZMA 3DOXA 3T3CA 1GVTA 5P3UA 4AUCA 1K2CA 2OHSA 1HVKA 2I4UA 5P57A 2O4KA 5P08A 5P5GA 1U8GA 3LINA 5OYQA 1B11A 3AIDA 3UDHA 5HU0A 5COOA 3NU5A 4R8YA 5HD0A 2CENA 4H3GA 1MSNA 3K4VC 5P5QA 4Y3SA 5P7QA 5P00A 5P0ZA 4DVFA 1HVRA 4J0ZA 5P3GA 1HPOA 5P8PA 5P5XA 4YCTA 1C70A 5P6HA 5P1GA 1FMBA 1MRWA 3PSGA 3D91A 3QBFA 4Y37A 5P1AA 2FXEA 5P3IA 3PBZA 4EXHA 1FKNA 3N3IA 1MRXA 3LIVA 4EXGA 3EKPA 2Q15A 5P4CA 1EPME 5P14A 5P63A 1D4KA 2R5QA 4BEKA 4L1AA 1AZ5A 2QI4A 5OZQA 5P20A 3N4LA 3EL9A 1VIJA 3K5CA 2OHLA 5APRE 5P0UA 5P3HA 3KFNA 2QZWA 3TPRA 1DAZC 1ZAPA 1AJXA 2HPEA 4J1HA 3BVAA 2R8NA 2R5PA 3PSYA 3QI1A 5OZRA 5P5BA 4CPSA 3GI4A 3GI6A 2AVVA 4ZSRA 5P4PA 4RROA 5P1PA 1AJVA 5P8AA 4QJAA 2RKFA 4B0QA 3ZKXA 4Y3DA 3PBDA 1VIKA 4I0HA 5JFPA 1DP5A 4B78A 3Q6YA 3INEA 3QVIA 1W5WA 2ZDZA 4DJYA 2OAHA 5OZAA 5P58A 3WZ7A 4J0PA 1APUE 4COEA 5P7OA 5P0HA 1LF4A 4Y51A 2O40A 3BUGA 5P4DA 2QMDA 3EL1A 1EC2A 3DCRA 3M9FA 1HEGE 5P2OA 4Y6MA 4GJBA 2Q55A 5HU1A 3PVKA 5P3AA 4Y3AA 3LZUA 3ER5E 4Y3ZA 3D20A 1TQFA 5P5TA 1SIVA 5P4YA 3S7LA 2P3AA 4ZEAA 2WF0A 4Y57A 2VIZA 2AOGA 5I3WA 3NYGA 4RYCA 1ODXA 3HAWA 1PSNA 3SA7A 2PH6A 1QBUA 4WY1A 1SGUA 5P33A 3CIBA 1FQ8A 1MVPA 4I0DA 3HW1A 2QNPA 4ZPFA 3IAWA 1HXWA 1UPJA 3FNTA 3SA8A 3L59A 4QGIA 2ZJMA 5DQ4A 5P7NA 1SIPA 1K6VA 3L5CA 2V12C 2AQUA 2WF3A 1DIFA 4EJKA 3O9IA 5P0TA 4HZTA 5P2HA 1LV1A 2WEAA 4YBIA 3UHLA 1DW6C 5P79A 4Y4EA 5P5JA 2EWYA 5P3YA 5KQYA 3S45A 5P1OA 3BGBA 1HPSA 3UDRA 5OZGA 3QVCA 1FB7A 1HVSA 5P2NA 2IS0A 4Y5EA 5JODA 4RZ1A 4S1GA 1XS7D 5P3CA 3UQRA 4Y47A 5P5CA 4TVGA 3SQFA 5HCTA 1B6JA 5P3NA 5P6RA 3LZYA 3UFNA 4K9HA 3R0WA 4NJTA 4PZWA 5DR8A 4EQ0A 5P2CA 5OZ0A 3T7PA 4JECA 1Z1RA 3VF3A 3KM4A 2Q11A 5DQCA 4F76A 5P2ZA 3OUDB 5P4TA 4L1AB 3NDUA 1BV9A 1LF3A 3OWNA 1ZPKA 1M4HA 3EM4A 1YTHA 2WEBA 5KOQA 2F3FA 3OOTA 5OYYA 1BWAA 2ZHTA 4D89A 2XYFA 3VYEA 4X7IA 2QHYA 5P67A 2OHTA 3FKTA 4Y4TA 3KDCA 2ZJLA 3PLDA 5UPJA 4J0VA 5ISJA 3LZVA 5P56A 3HVPA 4QLHA 1B5FA 3SABA 2R9BA 3GGUA 5P4OA 3UF3A 5P4QA 5DR1A 3A2OA 2NXDA 5P24A 5P4NA 5P2WA 4RVIA 5AH9A 3DM6A 3KT2A 3VFBA 5P3QA 5DR4A 1OEXA 2HS2A 2B8VA 5P15A 2AVQA 5P0GA 3UQXA 1QDMA 3KA2A 5P0MA 5P06A 3NXNA 3RU1A 2PWRA 9HVPA 3LIQA 2AZCA 4J1FA 4H3JA 1MUIA 3L3AA 2G22A 5P5SA 2IKUA 2QK5A 2FMBA 1FQ7A 1LYBA 2RENA 3Q5HA 4H3FA 2WF2A 5PEPA 2ASIA 1YX9A 1BIMA 3VF5A 3QS1A 2IQGA 1HVIA 2WEZA 5P70A 2QU2A 2I1AA 4Y3EA 2ZJKA 3R0YA 5P0XA 4D85A 5HTZA 3I6OA 5P6OA 5P1XA 4APRE 1XDHA 1PPKE 3PCWA 2NNPA 5P0LA 2QI6A 5P1DA 2BKTA 2OHNA 3CIDA 5OZFA 1M43A 3OTYA 4J1EA 1SBGA 4Y44A 1LYWA 3KMYA 4GJ8A 4DQEA 3LHGA 2PSUA 3L5DA 3UDYA 1YM4A 5P0KA 5P8NA 1XN2A 3NU3A 3IXJA 5SXNA 3EKTA 1IZEA 1LZQA 4WY6A 3RVIA 5P5IA 2FNTA 1XL5A 2G1NA 5P8OA 4EWOA 3TNEA 5P8FA 1PSOE 2ZHUA 3NU9A 3EBZA 4JP9A 5HDXA 5P32A 5T4SA 3O9EA 1HRNA 2ZHRA 3PMYA 4J1KA 4ZSMA 4DJUA 2SAMA 1FG6C 4IVTA 1IDAA 1SMEA 5P1RA 1K1UA 4B1EA 5OZIA 5P4BA 5P36A 3EKXA 4YD4A 1FF0C 4M8YA 5JFUA 5P8RA 1IVQA 4L7GA 5OYWA 1HVHA 2XFIA 1FMXA 5P50A 4HDPA 4K4QA 4EP3A 5ENKA 5P7CA 5P35A 4Q5MA 5ENMA 5P7GA 3O9GA 3S53A 5OZ9A 4Y4XA 3OK9A 3K5DA 5E5KA 2IDWA 1QS8A 4A6CA 5P4MA 4GZFA 4D88A 7UPJA 4YDFA 1T7JA 4ER4E 5P2YA 1QBSA 3TOFA 5P1IA 5E5JA 2IL2A 4ZPGA 4RCEA 2AOCA 3S8IA 1GVVA 5P4KA 4J1IA 4YOBA 5P6PA 4FGXA 5P6ZA 3KDDA 3URIA 4RYGA 2J9KA 5P2XA 4B77A 1K6TA 3EKWA 1T7IA 4B1DA 4DV9A 1EC1A 4OBGA 2PH8A 4LXKA 3WZ8A 4FAEA 4Y5GA 3KDBA 3TH9A 2VKMA 5P47A 3CICA 3HZCA 4L7JA 4FLGA 2B60A 3DK1A 5P1QA 1CPIA 4OBZA 4Q1WA 3EXOA 4I0EA 1LYBB 5DPZA 2ZJHA 5P71A 4ZPEA 5F01A 4XX3A 4DQGA 2F80A 2PYNA 3KN0A 4D8CA 3O9FA 3PJ6A 1FLHA 2Q63A 4Y41A 3HD8A 5P4IA 4Y5CA 2Q64A 5P6GA 1ME6A 3HDKA 3NU6A 3QP0A 4ACXA 1BVEA 3NWQA 1SDUA 2BKSA 4GJDA 4YCKA 1G35A 1OEWA 3PGIA 5SY2A 2PK5A 4Y4GA 3KYRA 5P13A 4F75A 2AOHA 5P7JA 1LYWB 1TCWA 5P69A 4CPTA 3HVGA 5P1CA 3CYXA 4Q1YA 3INHA 4JOOA 1NPWA 2F8GA 3NDTA 5P34A 3H5BA 4Y3RA 2Q54A 1HTGA 5ER2E 1MT7A 3EL4A 4ER1E 4DQFA 5OZ8A 2ZGAA 1AAQA 1HSIA 1HXBA 1EBKC 3O9AA 3IN4A 4I10A 5P5MA 3VV8A 2JYSA 5P4WA 3URJA 4R95A 2XYEA 4CMSA 5P46A 2G27A 4PEPA 5OZHA 4K8SA 2WKZA 3KMXA 1GNOA 5P6NA 4TRWA 4DJWA 5P85A 4HEGA 1XE6A 5P0YA 3UTLA 5OZ5A 5P05A 3O9LA 3ER3E 4TRZA 1RQ9A 5OYXA 5P89A 5P5UA 4Y3FA 3S56A 1LYAA 3SKFA 5OZTA 3APRE 4Y48A 5P3PA 4DQBA 2RSPA 3VV7A 3OUDA 4WTUA 4Y3LA 3U6AA 5P02A 5P8TA 3JW2A 4YCYA 2AZ8A 3ZKNA 3ST5A 4LHHA 2R38A 4GJ9A 3O99A 4EP2A 3D1YA 1BDRA 3OXXA 4Y3MA 2I0DA 1PPLE 3S2OA 4R91A 2QD7A 5P0BA 5P82A 5I3YA 4YOAA 4XKXA 3K5GA 3SPKA 4NPUA 3EKQA 3OGQA 2AOIA 4Q1XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SH9 A;  4Y45 A;  2QD6 A;  1D4L A;  3LNK A;  3NDX A;  3NWX A;  1B6M A;  5P2B A;  5P6E A;  1XE5 A;  3PEP A;  5P4G A;  5P5Y A;  4B1C A;  2V0Z C;  3OU4 A;  3NU4 A;  4AA8 A;  4Y54 A;  5ISK A;  2VJ6 A;  3VUC A;  4F73 A;  2BPV A;  4RRN A;  3QRV A;  3UDQ A;  4KE0 A;  5P2R A;  2O4P A;  3L38 A;  1MES A;  1HIH A;  5P22 A;  1W51 A;  5HE5 A;  4GB2 A;  2G1O A;  4Y3N A;  4K4P A;  1KJ4 A;  2NMY A;  5P5W A;  2AVO A;  2VA5 A;  5P0J A;  3ZPS A;  2Q3K A;  2OHU A;  3OTS A;  1ZSF A;  2QI1 A;  1FEJ C;  3OQ7 A;  5P8H A;  2G24 A;  3VFA A;  2O4L A;  6UPJ A;  3VLB A;  5P8V A;  3OUB A;  5P3B A;  5OZS A;  3EKY A;  1FFF C;  1CMS A;  3Q3T A;  4CKU A;  1B6P A;  5P8C A;  1HIV A;  2I4Q A;  4FCO A;  5P38 A;  4Z2Z A;  3SO9 A;  3OXW A;  3D1X A;  5P6W A;  3KT5 A;  5P3J A;  3EC0 A;  5P30 A;  2QMG A;  1QRP E;  3EM6 A;  2AVS A;  2VA7 A;  3VCM A;  1IIQ A;  1TZS A;  5P5O A;  5KR2 A;  2BPX A;  5OYS A;  4KUP A;  3KFS A;  3MXE A;  2V00 A;  2ZYE A;  5P83 A;  3L5F A;  4FM8 A;  7HVP A;  2RKG A;  5P1J A;  4Y43 A;  4Z4X A;  1FQ5 A;  5P28 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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