4FSEA

Crystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (bace-wt) complex with n-(n-(4-amino-3,5- dichlorobenzyl)carbamimidoyl)-3-(4-methoxyphenyl)-5- methyl-4-isothiazolecarboxamide
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
387
structure length
387
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Acyl guanidine inhibitors of beta-secretase (BACE-1): optimization of a micromolar hit to a nanomolar lead via iterative solid- and solution-phase library synthesis
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 99
structure length 387
sequence length 387
chains with identical sequence B, D, E
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fseA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fseA02
3TPRA 4B0QA 4R95A 1BV7A 2AZ8A 3O9HA 3L5FA 3BXRA 5P5KA 4YD3A 4RCDA 4GJ9A 3BVBA 2RKFA 5P0PA 5P4XA 5P3XA 3EM4A 3NXNA 2J9KA 5P2NA 4GJBA 4EQJA 1SDUA 3D20A 3LPIA 4ZPEA 3R1GB 1PPME 5P8UA 5DR7A 1HXWA 5P6LA 3LPJA 3U7SA 5OZ0A 5P89A 2WF0A 2ZHRA 5P46A 5P2XA 5P6VA 4CPXA 1FLHA 5OYRA 4JPCA 4DUSA 5ISJA 5HVPA 5AH9A 3CYXA 4J1EA 2ZJLA 5P7CA 5OZLA 5P7OA 5HD0A 3UDRA 4DI2A 5P2VA 4KE1A 5OZ3A 3H5BA 3S7LA 2QMGA 2WKZA 5P7HA 1K6PA 4YHQA 3FNTA 4YCYA 4Q1XA 4DQBA 1E81E 5OZDA 4Y4WA 1BILA 1EPRE 2BQVA 3OXWA 3OGQA 5P3KA 3ECGA 2EWYA 5P0ZA 5P15A 1RL8A 2QU3A 5OZ2A 3IVHA 4OBGA 3WSJA 5P2RA 1W5WA 3G6ZA 5P3MA 3ZKMA 1RV7A 3LIVA 3ZKGA 3KDCA 4JOOA 4Y3WA 5P7AA 2P4JA 3NU6A 5P2EA 2QMPA 4HA5A 5P5VA 1BAIA 4MC6A 4Y3NA 1YM2A 3PLDA 2HB2A 3URIA 5P34A 3ZKNA 1IIQA 1B5FB 5P3SA 1HVRA 2Z4OA 2WEZA 1HVLA 3UQWA 5EZXA 5P42A 5HU0A 1MT8A 5P73A 5SXNA 1IDAA 5I3XA 1F7AA 5P18A 4YD6A 1XN3A 5P17A 1FQ5A 3R0YA 4CPSA 2OHRA 2OHMA 5P65A 1GNNA 4KB9A 3GW5A 5P3YA 3TKWA 5P3FA 1Z8CA 3VV8A 5P12A 4GJDA 1SIPA 5P6MA 3QRVA 3G72A 3O9LA 5P0BA 3EL1A 2F80A 2IRZA 2HIZA 4K4RA 5P4KA 3R4BA 2AOJA 3O99A 4Y5MA 1K6CA 5P1NA 3KT5A 3ZL7A 3F9QA 4PHVA 2PSVA 3L38A 3PM4A 5COPA 3HVGA 5P7YA 4CPRA 3OUAA 5P56A 2QI6A 3IGBA 4ACXA 4EQ0A 1D4KA 3DCKA 5BWYA 4KUPA 1LYAB 3ER5E 2AOGA 3ER3E 5P71A 1MT7A 1HVCA 2Z54A 3L5DA 5P3LA 2I4WA 4B05A 3HBOA 2AIDA 3BRAA 2R3TA 1EC0A 3QP0A 2QAKA 5P1QA 5I3VA 2JJJA 1E82E 3OXXA 2QI0A 1MTRA 2AZCA 4J0VA 5DGUA 1HVJA 3BUGA 5P40A 5OZKA 4X2LA 1APUE 4J1FA 4J0YA 3KFSA 2ZYEA 1IZEA 2PWCA 4Y4GA 3TL9A 1MESA 2G1RA 4BFDA 1AZ5A 2ZGAA 3GGUA 4OBZA 4L1AA 4RZ1A 1LYWB 5P84A 4J17A 2I4VA 3PLLA 1T7JA 1SBGA 3SM2A 4FRKA 2QNPA 5P66A 4FM7A 1K2CA 1GVUA 1YG9A 5P8IA 1GVTA 3A2OA 2ER9E 3GI5A 1IZIA 5OYYA 5P72A 2O40A 4OBFA 3EBZA 3LNKA 1A30A 2AQUA 5P3UA 1EPLE 2QMFA 1TZSA 1CZIE 2Q3KA 5JFUA 3MSKA 2PH8A 4I0GA 4B72A 4ER4E 5OZZA 5P0EA 1FMBA 3S2OA 1BBSA 1QDMA 5P50A 1K2BA 4Y3EA 2V12C 5P01A 2G69A 5ENKA 3SLZA 2CEJA 1HIIA 5OZIA 4R93A 5BS4A 2P3CA 4Y39A 5P06A 5P0AA 1FEJC 1MRWA 3IN3A 3VF3A 1BDRA 2PC0A 3OU3A 3EKPA 4LXMA 2AVQA 5P6DA 1HPOA 3OHFA 4LL3A 4Q1YA 5P60A 3WZ8A 3K5CA 2I4XA 4Y47A 4B1CA 4I0FA 4CKUA 2V16C 1HXBA 2G94A 5P2HA 4QJ8A 4Y4EA 5P41A 5HE7A 3UDYA 2IQGA 1MUIA 5P5FA 5P3HA 3QAAA 5OZ5A 4Y4AA 4I0ZA 5IVTA 4NJUA 5P6UA 3OQ7A 1YTJA 4XKXA 2PK5A 4DJXA 2FXDA 3UDPA 4A6CA 3TKGA 4Y3TA 5P47A 5JG1A 2V13A 5P7NA 3UQPA 3RSXA 3PSYA 4FAEA 4HLAA 5P3DA 4RRSA 3OTYA 2QD6A 3VLBA 2IGYA 5P19A 3UDJA 3NWXA 4J54A 5ENMA 2NTRA 1OD1A 5OZNA 4WY6A 5P6GA 1RNEA 1MTBA 2FLEA 1E5OE 1LYBA 3T6IA 4HDBA 3UPJA 5OZFA 3ZPUA 4DPFA 5P1KA 5HTZA 2F3FA 1GNOA 1BDQA 1OHRA 5P1AA 4TRWA 2R5QA 4Y58A 2J9JA 3LPKA 5P7UA 1E80E 1ZP8A 3H0BA 4Y5GA 5P37A 5P1JA 1HVSA 2WL0A 1ZJ7A 1BVGA 3B7VA 4TVHA 5P11A 3HVPA 4TRZA 4NPTA 2OHUA 4Z22A 3LZYA 3C9XA 2QZLA 5OZPA 3K4VC 5P31A 2PK6A 3VYEA 4FCOA 4JPEA 4Y3MA 3UFNA 4A4QA 1ZLFA 4Y35A 4Y4ZA 2BPZA 2OHNA 1BVEA 5P6SA 2O4SA 3UQUA 3SA7A 2HPEA 5P03A 5AH7A 3KDDA 5P5GA 3CIBA 3APRE 4Y5EA 4GJAA 1B6LA 2I0AA 3CIDA 4Y38A 1FG6C 6FIVA 1MPPA 2FS4A 2UY0A 4EHCA 2JE4A 4LXKA 5HU1A 5P4FA 4I0JA 2PYMA 3PSGA 4I12A 5P8HA 3PSUA 4J5JA 4YOBA 5P7JA 2VA6A 2WEBA 4XX3A 1W6HA 3OU1A 3BXSA 3CKRA 5P7DA 4ZSRA 5ISKA 2ZHTA 4D8CA 3MXDA 5P1BA 1EPME 3HLOA 4HDFA 4AUCA 2QI1A 3KFRA 2NPHA 4YBIA 2XFKA 3MXEA 4OC6B 2QI5A 3QRMA 5P22A 4QJAA 9HVPA 4DVFA 5OYSA 5HE4A 5P2OA 1Z1RA 4LXAA 4YE3A 2AOHA 5P2CA 5P4EA 5P1DA 3TOHA 5AH8A 2QK5A 3SA8A 1WBKA 5P7KA 4Y44A 1FB7A 2QI7A 2AOFA 1HEGE 4PEPA 5P4NA 3VSWA 1FFIC 3OXCA 1EAGA 5P1CA 3SACA 3UQRA 4R91A 2VKMA 2PH6A 4YD4A 3GGAA 1XS7D 3NDUA 2O4LA 1DPJA 1EBZA 3LHGA 3PHVA 5P8FA 4DJYA 3LINA 5P88A 4Y37A 3ZKIA 3LIQA 1EBYA 5P10A 4FE6A 1B6KA 5HE5A 3PWMA 4COEA 1FQ8A 2NXMA 2I4UA 5P7FA 3SKFA 1KZKA 5P1YA 3KFNA 3QBFA 5P83A 4H3GA 1APWE 4J55A 3D1YA 4D83A 3NDTA 4J0TA 4IVSA 4J0PA 5P1ZA 4FSEA 4FL8A 3O9LB 5P7XA 2H6TA 2Q55A 4QJ6A 3KFPA 5IVQA 3UFLA 5P4SA 4H3IA 3QVIA 4EXGA 7UPJA 1D4SA 3PMYA 4B70A 1M4HA 4GJ8A 1HPSA 5P4MA 5C9BA 4N00A 5P7EA 2XYFA 4DQFA 5P7ZA 3EC0A 4TVGA 1XN2A 3PI5A 1F34A 3S56A 1G35A 2QD7A 4QJ9A 4DQEA 2I4DA 1SP5A 3HAWA 4Q1WA 2OHSA 1C6ZA 4D89A 3HD8A 5P3CA 5SY3A 1LV1A 1HTEA 2HC0A 1AAQA 2IGXA 2QNQA 4LBTA 2IEOA 5P38A 5AHAA 5P7QA 4OBKA 3QS1A 5P1XA 1EPOE 3VYDA 3CKTA 5P13A 2BPXA 2WF2A 5DR0A 5P4YA 1MSMA 4Y3HA 3T7XA 4Z2ZA 5P1VA 4Q5MA 5P7RA 2R5PA 2B8LA 5P4LA 2V0ZC 5DR4A 1ZTZA 5P0XA 5P0YA 1SMEA 5P5EA 5P0KA 5PEPA 2OHPA 4OBZB 3NYGA 4L1AB 2B7FA 1OEWA 1ODYA 4EPJA 3PVKA 4ZEAA 2AVMA 3OAGB 5P6RA 5P7VA 1EBKC 3DJKA 1BXQA 5P0VA 5OZYA 1BIMA 3OQFA 3I25A 5P27A 3VV6A 3G70A 5P3BA 1B11A 5P59A 4B78A 5IVSA 3JW2A 5P4IA 4DJQA 1IVQA 4ZSMA 3L5BA 4I10A 4Y53A 3VFBA 4ER2E 5P6XA 3TPJA 2JXRA 2HB4A 3Q70A 1W5VA 4B1EA 4RGHA 5P82A 5P63A 4Y4JA 4RVJA 5P62A 4JP9A 3WB4A 3QVCA 3OU4A 5P8AA 1PFZA 5P8CA 1D4YA 2ER7E 4FRIA 5P16A 5P5IA 5P6NA 2AVSA 1WBMA 5EZZA 1XE6A 2ZHVA 3EM6A 1DIFA 4OBHA 3R0WA 5KR1A 4L7GA 5P8OA 3JVYA 4Y5KA 5AH6A 5P2GA 3S7MA 1BV9A 4DQCA 1D4HA 5P4OA 4L7HA 5P5XA 5P5AA 1HIVA 4WY1A 4Y3RA 3INEA 3BGCA 3GGXA 1B6MA 4I0EA 3OXVA 1ME6A 3T3CA 1C6YA 4K9HA 5P5OA 5AGZA 2F81A 5P6BA 5DR3A 4YBFA 3APPA 3SAAA 5P2UA 5P4AA 2WHHA 3O9BA 4Y56A 3O9EA 5P2TA 5P3TA 1B6JA 4F74A 1DAZC 3VYFA 4DQGA 5P5CA 4YOAA 4A6BA 2P3BA 3O9AA 5KR8A 3PRSA 5KQZA 5OZRA 1SGZA 5P64A 5P79A 2I4QA 3VF7A 2G27A 1A9MA 2I1AA 3SA4A 1ZSFA 4U8WA 5P0HA 2H6SA 1YTIA 3KN0A 1AJVA 1LYBB 1LF3A 5P4PA 1SMRA 4EP2A 2G1NA 2JJIA 5P5DA 4Y3AA 5SZ9A 1TSUA 5P8TA 3UQXA 1UH9A 5P77A 1G0VA 3DV5A 5P7WA 3OADA 3LZSA 1APTE 2P3AA 5P35A 4U7QA 5P1OA 5DPZA 2J9JB 4WTUA 3UDKA 5P3EA 4MC9A 4Y3DA 5OZHA 5P8EA 2VIJA 5P54A 2O4PA 3S54A 5P2JA 4J1CA 1SDTA 2WECA 3DM6A 1KJ4A 4RRNA 2RMPA 2SAMA 2BPVA 4GB2A 1NSOA 2PSGA 1MERA 3SKGA 4E43A 1NPAA 4I8ZA 1FF0C 2HPFA 2R38A 5P6QA 5P8NA 3EKQA 5P1HA 1QBUA 4BELA 3VUCA 1TCWA 5HDXA 5P69A 2B8VA 5P2IA 2FXEA 3VF5A 2R43A 2QZXA 3NR6A 4HEGA 3UDHA 2XYEA 3ZMGA 5P0WA 5OZUA 5P04A 5P8GA 3OUDA 5P1PA 2O4NA 5P55A 3O9DA 2I0DA 1FQ4A 5E5KA 5P8RA 4RYCA 2AOEA 5OYZA 5IVRA 2Q54A 4Z4XA 1K6VA 3I2LA 4Z50A 4APEA 5P6JA 1FQ6A 5P5YA 3NSHA 4GYEA 5P2QA 4GJCA 4RVIA 1QBSA 2WEAA 1AIDA 1SGUA 5P4JA 4HVPA 5F01A 1MEUA 5P5WA 4GJ5A 4RCEA 4NJSA 4Y51A 1BDLA 3OU1B 3ZKQA 2G1OA 2FIVA 4FIVA 4GZFA 4HZTA 2PWRA 2UXZA 4DJOA 5KR2A 2QHYA 5OYXA 5KAOA 3L58A 4ZLSA 5P14A 5OYTA 3VEUA 2QMDA 5P30A 3IXJA 4Y3JA 1NPWA 5P1RA 5P4BA 3NXEA 5P7PA 4EJ8A 3PEPA 2ER0E 4LAPA 5P00A 5APRE 5P48A 4H1EA 5P44A 4J1HA 3WZ7A 3OQKA 1HTFA 2NNPA 4Y3GA 4Q1NA 2F3EA 2Q11A 5P5RA 4AMTA 2G22A 1C70A 2G21A 3HAUA 1ODWA 2G1YA 1G6LA 1EC3A 3URLA 3OUCA 4DJPA 5P8JA 5JFPA 5P2DA 5P78A 1T6GA 1W6IA 1XE5A 3LIZA 5DQ1A 4Y36A 3AIDA 5P33A 4DJUA 2BB9A 1EEDP 5P0CA 5P4RA 1LEEA 5P76A 3BVAA 2QZKA 2B42A 3EKVA 3OHHA 4H3FA 2Q64A 2VS2A 5P7SA 4I0DA 1GVVA 3ZPTA 2PSUA 2IDWA 5OYVA 1DP5A 5P74A 1FFFC 3ZPSA 6APRE 5P61A 1YTHA 4FM6A 5P80A 2MIPA 3BHEA 5P3NA 5P3VA 3EL4A 3S45A 5B18A 5OZGA 3SFCA 2CENA 3GI6A 4CPTA 5P1SA 3EKYA 4PZWA 4GJ6A 3T11A 3PCZA 5DQ2A 4OD9A 4ZIPA 1D4LA 5P0QA 2QCIA 3PI0A 3M9FA 1M43A 1SDVA 5P2YA 1T3RA 3RVIA 5I3YA 3PGIA 2AZBA 1EC1A 1MRXA 4EWOA 1YX9A 1W5XA 2QHZA 4DV9A 3UCBA 5P39A 3I7EA 1ENTE 4NJVA 5P07A 1UH8A 4NPUA 1TCXA 4YD5A 5P0TA 4EJKA 5J25A 4PPHA 5P0NA 5COOA 5P1WA 1YT9A 1BWAA 3NU4A 5P49A 5DQCA 2ZHUA 3PWRA 1FQXA 5P05A 1UH7A 4BFBA 5HCOA 3KDBA 3LIYA 1FKNA 4APRE 2RSPA 3NU3A 1RPIA 2V00A 4CP7A 4DJRA 1HTRB 4DPIA 3WZ6A 3TH9A 3FNUA 3OOTA 3QN8A 3EKTA 2NXDA 5P4GA 4RROA 5P6CA 3URJA 5P5PA 3INDA 3SA3A 3MSLA 1T7IA 1IZDA 3SA6A 5P57A 5P7MA 3KYRA 3ST5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TPR A;  4B0Q A;  4R95 A;  1BV7 A;  2AZ8 A;  3O9H A;  3L5F A;  3BXR A;  5P5K A;  4YD3 A;  4RCD A;  4GJ9 A;  3BVB A;  2RKF A;  5P0P A;  5P4X A;  5P3X A;  3EM4 A;  3NXN A;  2J9K A;  5P2N A;  4GJB A;  4EQJ A;  1SDU A;  3D20 A;  3LPI A;  4ZPE A;  3R1G B;  1PPM E;  5P8U A;  5DR7 A;  1HXW A;  5P6L A;  3LPJ A;  3U7S A;  5OZ0 A;  5P89 A;  2WF0 A;  2ZHR A;  5P46 A;  5P2X A;  5P6V A;  4CPX A;  1FLH A;  5OYR A;  4JPC A;  4DUS A;  5ISJ A;  5HVP A;  5AH9 A;  3CYX A;  4J1E A;  2ZJL A;  5P7C A;  5OZL A;  5P7O A;  5HD0 A;  3UDR A;  4DI2 A;  5P2V A;  4KE1 A;  5OZ3 A;  3H5B A;  3S7L A;  2QMG A;  2WKZ A;  5P7H A;  1K6P A;  4YHQ A;  3FNT A;  4YCY A;  4Q1X A;  4DQB A;  1E81 E;  5OZD A;  4Y4W A;  1BIL A;  1EPR E;  2BQV A;  3OXW A;  3OGQ A;  5P3K A;  3ECG A;  2EWY A;  5P0Z A;  5P15 A;  1RL8 A;  2QU3 A;  5OZ2 A;  3IVH A;  4OBG A;  3WSJ A;  5P2R A;  1W5W A;  3G6Z A;  5P3M A;  3ZKM A;  1RV7 A;  3LIV A;  3ZKG A;  3KDC A;  4JOO A;  4Y3W A;  5P7A A;  2P4J A;  3NU6 A;  5P2E A;  2QMP A;  4HA5 A;  5P5V A;  1BAI A;  4MC6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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