4GB2A

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a bicyclic pyrrolidine inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cocrystallization of potent pyrrolidine based HIV-1 protease inhibitors
rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-07-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gb2A00
4Y3MA 5P5VA 3PSGA 3UQXA 3I25A 3SM1A 5P1ZA 1C6YA 5P0JA 3LIYA 3L5CA 4Q1YA 4PPHA 4CPTA 2A4FA 3BGBA 2Q64A 1HVRA 1GNNA 1ZPAA 5P0PA 1D4LA 4Y4AA 5P3PA 4GIDA 1T7JA 2QI1A 5P48A 2WL0A 4BFDA 3EKTA 5P1OA 1M4HA 4IVTA 4J55A 2IL2A 5P45A 5P7DA 3IXJA 3TPJA 3NLSA 3OQDA 3VV8A 5OZIA 5P4IA 4D8CA 2NXDA 2FS4A 4LXAA 4YD6A 3O9AA 3O9CA 4OBKA 2OHUA 1K2BA 5P20A 4S1GA 3EL9A 3TNEA 2F80A 5P6HA 1EC2A 1ZJ7A 2QZWA 5P80A 3D20A 1FG8C 2AQUA 2ER9E 2QI5A 5DR3A 4Y3SA 5P5DA 3F9QA 2V10C 5OZGA 5OZRA 2FXEA 4Q1NA 3OOZA 4DJQA 4TVHA 2AOJA 5OZCA 4JP9A 4QJ6A 4I0HA 5P04A 4OBDA 5P4UA 5P3IA 3OU3A 2P3CA 1SGZA 1BDQA 4DQGA 5P89A 3OY4A 4RCFA 5P2XA 3LIZA 3NDXA 1EPME 5ENKA 5J25A 1D4HA 5IS4A 3LPJA 3LINA 1B5FA 2HC0A 1W5YA 2FDEA 2VNMA 3OOTA 2WF4A 4RCDA 4PEPA 2HPEA 4Z22A 4YBIA 3ZKQA 5P8PA 4B05A 2ZDZA 4ZSMA 1D4KA 5IE1A 3NDUA 5P7EA 4QLHA 4I0GA 4YD3A 5P2QA 4YOBA 4M8YA 4NJUA 5KQXA 5TOLA 3CYXA 1LYAB 3VFBA 1AVFA 4Y57A 5P8IA 1LF4A 4TRYA 3FKTA 1HEGE 4I0DA 1HTGA 1TCWA 5PEPA 3FNUA 5OYXA 3ST5A 1K6CA 3VV7A 4B77A 4CKUA 4Z4XA 3L5BA 4YCKA 4I0FA 4DJYA 5P3KA 4MC2A 5P3TA 4GJ9A 3NXEA 3INFA 2QI0A 5P8KA 4Y50A 1MSNA 4Y3AA 1TW7A 1AJXA 5OZAA 5P7LA 5P33A 4QJ2A 1MRWA 4RYCA 1PSOE 1EBYA 4RVIA 5AHAA 3WZ6A 4H3IA 1PROA 5P7JA 3SFCA 4R93A 3RSXA 4LXKA 4MC1A 5P71A 3DV5A 2OAHA 5P37A 5OZFA 4A4QA 5OZWA 2ZJMA 3HZCA 5P77A 4AA8A 2FGUA 1HPOA 5P7HA 4DQHA 3GGUA 3SABA 3AIDA 3ER5E 4ZPEA 4DJRA 5P5UA 5P2RA 4FAFA 4Y9WA 1HPSA 3S2OA 3VG1A 1TSQA 5E5JA 2APRA 3ZPTA 7HVPA 1APUE 4Y5LA 3LHGA 5CONA 3GI6A 5P5PA 4Y5BA 1FQ5A 4Y5PA 3I7EA 5P0VA 4J0YA 3OQKA 3O9DA 5F01A 5P6PA 2IGXA 3PBDA 5ER2E 3NU3A 2PMAA 4FGXA 4J1KA 1TZSA 5P5OA 5HCOA 3WZ8A 5P65A 5P2EA 5P4HA 3EL1A 3K1WA 4QGIA 3IN4A 1BV9A 3NU6A 4KUPA 1KJFA 2R5QA 2ZE1A 5P70A 5P1XA 4DJWA 3QI1A 5P3BA 2V0ZC 4CP7A 2I4DA 4AMTA 2O4NA 8HVPA 5P32A 3MSJA 5P8LA 1G2KA 5P7MA 5OZ1A 2H6TA 1EAGA 4J1IA 4QJ8A 5P8RA 1KJ7A 4HZTA 5P3NA 2EWYA 2R3WA 4CPUA 3NU4A 4XXSA 5OZXA 3SAAA 5BWYA 3EKYA 1NH0A 2HB4A 1HTFA 3NU5A 1LEEA 2MIPA 3IVHA 2R3TA 1DIFA 5P5YA 1LYBA 5P7AA 5P07A 5P5SA 5P6RA 1FQ4A 2NPHA 3BC4A 5P1CA 1HEFE 3GW5A 5OZNA 1UH8A 3EL0A 2NXMA 4Y45A 3TOGA 2AOHA 2QHCA 5P5MA 5P5EA 4Y4XA 5P8TA 5P2BA 2F3FA 2NMYA 2V11C 2FDPA 5P6GA 4YBFA 4I8ZA 5P0CA 4A6BA 2Q15A 5EZXA 1NPAA 1TSUA 5P3OA 1YT9A 2WF0A 5P8SA 1HTRB 2PYNA 5P3GA 4J0ZA 5OZ8A 2UY0A 3K5FA 3OAGB 4WY1A 4AZYA 3UDJA 4R5NA 5C9BA 5OZ7A 5HDXA 1FLHA 4LP9A 5P2VA 1HVLA 5P76A 4ACUA 3AUPA 2AOIA 1LYWA 5HVPA 1LZQA 1AJVA 2RKFA 4GJAA 4HVPA 4I10A 5P68A 2H6SA 1AXAA 4E43A 4Y48A 4OBJA 1K2CA 5P7CA 3BRAA 5BS4A 1EPOE 2OHMA 1FQ8A 3S7LA 1EPRE 3RTHA 2OHSA 4COEA 4FSLA 4Y4JA 4FIVA 4JOOA 1B6PA 1IZIA 4I8WA 3O9HA 3LZVA 3LZSA 5P8BA 4R92A 1FMXA 5P5CA 1E80E 4Y3PA 1BIMA 3WB5A 4JPCA 2Q54A 5P6JA 3FX5A 1SBGA 1RPIA 1MRXA 3EL5A 5P5GA 1XE5A 3OUBA 5P5HA 4Y44A 3R1GB 4GJBA 1T6EX 2QU3A 2AZBA 1EPLE 3RTMA 5SY2A 3KFNA 1FF0C 5I3VA 1HHPA 5JG1A 1K6PA 5P61A 1EPPE 5P4FA 1FIVA 1MESA 1B6MA 3SACA 1DW6C 5P3CA 3B7VA 2V00A 4RLDA 3KFSA 3OUDB 4Y3WA 5UPJA 1Z1RA 3UDMA 3APRE 3INDA 1D4JA 3UF3A 1MT8A 4Y35A 3CKPA 5I3WA 5P4EA 2QZXA 2Z4OA 4EXHA 3TKGA 2P3AA 4ZPGA 5P63A 4Y51A 5P58A 4D85A 4CPSA 1HIVA 1FFFC 5COKA 5P2WA 1GVXA 3K5DA 3PVKA 4Q5MA 1ZP8A 3L38A 3PCWA 2G1RA 2AVVA 5P24A 4Y39A 1SMEA 2ASIA 5P4YA 1EC3A 1NPVA 2JJIA 4EXGA 4IVSA 1ZLFA 3L5FA 5P5XA 3K5GA 5P0GA 4Y3RA 2J9KA 5P5RA 2CEMA 4H1EA 5P5JA 2P4JA 2XYFA 3NWQA 2VNNA 5P6SA 4DJVA 5P15A 5P1GA 2RENA 1XL2A 5P82A 3OWNA 5P4MA 3NU9A 5P4RA 2V16C 4GJCA 4D83A 3SM2A 3ZPSA 4RRSA 3ZKSA 1A30A 1G35A 4YCTA 3NYGA 3TH9A 3DCKA 3ZLQA 3FV3A 1KZKA 4ZSRA 4J1CA 4Y38A 5P1YA 3PCZA 2QNPA 5P09A 4YD5A 5P0LA 2NTRA 5DR0A 3KDDA 3UQWA 1FMBA 2G21A 3PMUA 4FLGA 2P3DA 1LYAA 1CZIE 5P02A 3D1ZA 2ER7E 5OYSA 4GMIA 2BKSA 2G1NA 4NJSA 1IDBA 4Y4EA 2ANLA 1MT9A 4B70A 5P7YA 3CKTA 1LF2A 3PRSA 4Y47A 2IEOA 4JECA 1EPQE 1PPKE 3HDKA 3PWRA 5P1MA 2WJOA 2Z54A 3NUJA 5P0QA 5HE4A 3HAUA 4YA8A 3HW1A 4N00A 2O4SA 2G22A 3Q3TA 1QBRA 4U7VA 3BVAA 5P7XA 4HDBA 1XL5A 1MTBA 3OGPA 3KFPA 5P51A 4U8WA 2WEAA 4GB2A 1ZBGA 2PYMA 1RQ9A 2QI4A 4EHCA 3URJA 3LIXA 3MSKA 5P6DA 4Y53A 2HB3A 5P27A 1ODXA 4B00A 5P6YA 1QDMA 4GZFA 1G0VA 1W51A 5P0EA 4Y3LA 3OXVA 5P7TA 3KT5A 1SDUA 4BFBA 5P2IA 5P8JA 5EZZA 5P6ZA 2QMGA 3NDTA 2VJ9A 1MVPA 3WB4A 5P5IA 2R9BA 3TLHA 4Y54A 2IS0A 3NR6A 2AOEA 3FSMA 5P2DA 3D91A 1BDLA 4Q1WA 5DR1A 6APRE 1QS8A 5P1DA 2BPXA 1HPXA 3Q6YA 5APRE 3DCRA 5AHBA 5P7FA 5P50A 1Z1HA 3RVIA 2QMFA 3KDBA 5P1FA 4RVXA 2V13A 3KA2A 4K4QA 4Y37A 3L5EA 1GVUA 2BPVA 2ZJIA 1BILA 3MXEA 1XN3A 3HBOA 5P1BA 2QI3A 2VIJA 3VV6A 5DPZA 5P2UA 4Y36A 5P2AA 4TRWA 2CEJA 1AZ5A 1KJ4A 3OHHA 5P57A 1BV7A 5P13A 4Y3FA 3H5BA 5IVSA 5P2FA 5P3DA 2PSUA 4DQCA 4YDGA 3TTPA 4Y3NA 3QBHA 5P2OA 2HM1A 5IVQA 1ENTE 1VIJA 3OU1B 5P05A 1A8GA 1UPJA 2QU2A 5COPA 4GJ6A 4MC6A 1BAIA 1SDTA 2PH6A 2PC0A 4CMSA 3CICA 5P1AA 5P5LA 4QJ9A 1BDRA 2FDDA 1PPME 3K5CA 3EMYA 3CKRA 5P0FA 1FB7A 1SGUA 2AVOA 3VYFA 4K9HA 5P4ZA 1UH7A 3OADB 5C9DA 3TPRA 1HXWA 2WEDA 3NWXA 4EYRA 1IVPA 2FGVA 2I4UA 4Y4UA 6FIVA 5P2YA 1E5OE 2QAKA 5P5FA 4B1DA 3VFAA 1T3RA 3OGQA 4NJTA 3HD8A 3LPKA 2WKZA 5P4DA 5P8OA 3PWMA 5P52A 5OZPA 1NPWA 3IXOA 2PH8A 5KR8A 1OD1A 5P8UA 4EQ0A 4XX3A 1LS5A 4PZXA 2HS1A 2ZHUA 4RYGA 3EM4A 5P0ZA 3EM3A 4Y4GA 3EKXA 4HA5A 3JW2A 3R0WA 3OAGA 5P36A 1W5VA 2ZHVA 4CPXA 1HVSA 2QI6A 5HE5A 5P1UA 4AA9A 2G20A 2RKGA 3APPA 4Y5MA 4EPJA 2WEZA 5B18A 5P8HA 5P3AA 3WZ7A 5OZHA 3RSVA 1MUIA 5P41A 5P3HA 5P5TA 3UFLA 5P6LA 4FS4A 5JFPA 3VYEA 3BUFA 1APVE 3SKFA 3UQRA 2RMPA 4WY6A 2OHTA 3OK9A 3U71A 1ZSRA 5P0MA 1IZEA 1HSHA 5P2HA 2HB2A 5P17A 1WKRA 5SZ9A 5P86A 5COOA 4K4RA 2AOCA 3SQFA 2NR6A 5P30A 5DQ5A 5P22A 3IXKA 4J1FA 5OYZA 1BVEA 3PB5A 1EBZA 1HVJA 1F7AA 2OHRA 5P7UA 1JLDA 5OZEA 1DMPA 1FQXA 2QHYA 3S45A 1T7IA 1PFZA 3K4VC 3U6AA 2BB9A 2O4KA 3JVYA 3OUDA 3R0YA 1W6IA 3SO9A 4GJ8A 1EBKC 5P6XA 1YM4A 5P2JA 4ACXA 3EL4A 4OBZB 5P0KA 4OBGA 1DAZC 1BWAA 1HSIA 2O4PA 4OC6B 5DGWA 3PM4A 3ZKIA 4J1HA 3PI5A 5P67A 5P4AA 4EQJA 2Q3KA 3M9FA 3PSYA 3VSXA 5P6TA 5P2TA 3S53A 5P66A 3VF3A 1WBMA 1W5WA 5P47A 5P6KA 3PBZA 1SMRA 4DFGA 4EP3A 2BBBA 4Z2ZA 1J71A 1FQ7A 5P1HA 5OZDA 1SH9A 2G94A 3OQ7A 3O9IA 5P4LA 3S8IA 3TPPA 1KJGA 5P8VA 3SLZA 3D1YA 4DQFA 2BKTA 4TVGA 5P26A 4YE3A 1GNMA 3R4BA 3QAAA 1W5XA 4F73A 5I70A 1W6HA 1HPVA 1F34A 4MC9A 3PSUA 5P0DA 2G1SA 2QMPA 5P01A 1LF3A 4HLAA 4EJLA 2QI7A 4FRJA 5P0UA 1FFIC 3S56A 5P3XA 5P1RA 2I1AA 5P42A 5P38A 1ZAPA 3SA9A 2BPWA 4K4PA 5OZVA 4HDPA 5OZQA 3DJKA 5P53A 2QK5A 4XKXA 5P2CA 4UPJA 4RRNA 4ZEAA 3QIHA 5OZZA 4DI2A 1N49A 5P4CA 3UPJA 4KB9A 3QP0A 5P2GA 3PGIA 2OHPA 2ER6E 3ER3E 3JVWA 3GI0A 5P2SA 5KQZA 3O99A 3SA5A 4Y5KA 3QS1A 2AVQA 1B6KA 3T7PA 4R8YA 1BBSA 2AOGA 1EC1A 4RROA 4FM8A 2PK6A 3ZMGA 4QJAA 1HSGA 5P59A 2FMBA 2OHNA 3LITA 3PHVA 5P6VA 5P44A 5P4PA 1MT7A 3B80A 4L7HA 2P3BB 4RVJA 2I0DA 3T7XA 3FIVA 3IA9A 4H3JA 3BVBA 1YM2A 4ZIPA 4R91A 2ZJNA 5P4QA 5AHCA 5P69A 4FSEA 5P81A 2P83A 1GVTA 3GI5A 3LNKA 1VIKA 2IGYA 1B11A 4I11A 1IZHA 2ZJHA 5OZMA 3VSWA 3SA6A 2FXDA 1HIIA 2BQVA 5OZ0A 2ZHTA 3OU4B 5P0XA 1YG9A 5P6NA 5P87A 3MXDA 5P6MA 3S43A 5P4OA 2SAMA 3OQFA 5P3EA 2XFIA 4ZPFA 1FEJC 3KM4A 3VF5A 3SA3A 3L5DA 1GKTA 1HWRA 5T4SA 4L1AA 5I3XA 5P60A 5P3RA 4Y41A 4CPQA 5P4WA 1HIHA 3O9GA 4LXMA 1ODWA 5P1VA 1YTGA 5P75A 5AH6A 4Q1XA 5P0OA 4ER2E 4DJUA 4YD4A 3TOFA 5P4XA 3ZKMA 2HS2A 1CMSA 3EKPA 4ZSQA 3UFNA 3HAWA 3OUAA 2AZ9A 5P2MA 4A6CA 4DPFA 1B6LA 4DPIA 4CPWA 4DQBA 3QRSA 3UDYA 1OHRA 2I0AA 3OXWA 5P5WA 3OU1A 5P2NA 4BELA 4ER4E 5P7NA 5KQYA 5P55A 2AIDA 4GJDA 5P6BA 2WF1A 2QNQA 3GI4A 1MEUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y3M A;  5P5V A;  3PSG A;  3UQX A;  3I25 A;  3SM1 A;  5P1Z A;  1C6Y A;  5P0J A;  3LIY A;  3L5C A;  4Q1Y A;  4PPH A;  4CPT A;  2A4F A;  3BGB A;  2Q64 A;  1HVR A;  1GNN A;  1ZPA A;  5P0P A;  1D4L A;  4Y4A A;  5P3P A;  4GID A;  1T7J A;  2QI1 A;  5P48 A;  2WL0 A;  4BFD A;  3EKT A;  5P1O A;  1M4H A;  4IVT A;  4J55 A;  2IL2 A;  5P45 A;  5P7D A;  3IXJ A;  3TPJ A;  3NLS A;  3OQD A;  3VV8 A;  5OZI A;  5P4I A;  4D8C A;  2NXD A;  2FS4 A;  4LXA A;  4YD6 A;  3O9A A;  3O9C A;  4OBK A;  2OHU A;  1K2B A;  5P20 A;  4S1G A;  3EL9 A;  3TNE A;  2F80 A;  5P6H A;  1EC2 A;  1ZJ7 A;  2QZW A;  5P80 A;  3D20 A;  1FG8 C;  2AQU A;  2ER9 E;  2QI5 A;  5DR3 A;  4Y3S A;  5P5D A;  3F9Q A;  2V10 C;  5OZG A;  5OZR A;  2FXE A;  4Q1N A;  3OOZ A;  4DJQ A;  4TVH A;  2AOJ A;  5OZC A;  4JP9 A;  4QJ6 A;  4I0H A;  5P04 A;  4OBD A;  5P4U A;  5P3I A;  3OU3 A;  2P3C A;  1SGZ A;  1BDQ A;  4DQG A;  5P89 A;  3OY4 A;  4RCF A;  5P2X A;  3LIZ A;  3NDX A;  1EPM E;  5ENK A;  5J25 A;  1D4H A;  5IS4 A;  3LPJ A;  3LIN A;  1B5F A;  2HC0 A;  1W5Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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