4GIDA

Structure of beta-secretase complexed with inhibitor
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
387
structure length
387
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based design of highly selective beta-secretase inhibitors: synthesis, biological evaluation, and protein-ligand X-ray crystal structure.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 103
structure length 387
sequence length 387
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-08-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gidA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gidA02
3KFRA 1KJHA 5DGUA 2QNPA 5OZHA 3MXDA 1BVEA 3K5GA 5P0OA 4YD4A 2WF1A 5P2LA 4DJPA 5P1AA 5P0ZA 4MC9A 1TQFA 3HDKA 1HTFA 3PMYA 5HCTA 5P2AA 4Y5KA 5P3AA 1SDVA 5OZSA 3OQDA 1HVJA 5P48A 3KT5A 5OZEA 1DPJA 5HDZA 5ISJA 1HTGA 2BB9A 4EXHA 2OHKA 3TTPA 4Y3XA 4PZWA 4D83A 2BPYA 5KR2A 4H1EA 4J55A 5P1HA 4J0PA 4R93A 4FAFA 5P5RA 4ER1E 5P69A 3KYRA 1ER8E 3GGVA 2HS2A 4QJ2A 1FEJC 1DAZC 1T7IA 3VV7A 5P3DA 2FIVA 2JJIA 2B8VA 5P72A 2P3BB 5P0YA 1HPXA 3S7LA 2G1YA 3RTHA 1T6GA 3OK9A 5KR8A 4Z22A 3SM2A 2VJ7A 4GYEA 2CENA 1MTRA 3GI5A 3SA5A 4M8YA 1EPME 2VIZA 3FNTA 4RRSA 5P2MA 4I8ZA 5P32A 3R1GB 2BPZA 3VLAA 3UDPA 3ZKXA 1UPJA 5IVSA 2NPHA 4MC1A 3BVAA 5COOA 2ZJNA 4ZPEA 5P4RA 2BQVA 1EEDP 5P6NA 5P3EA 3T7PA 3NDTA 4CMSA 9HVPA 5P8CA 2JXRA 4ER2E 3DUYA 4Y37A 3OHHA 1EPOE 2AOEA 5P0WA 1OD1A 4DPFA 1QBUA 4DJYA 4OBKA 5P1OA 2QCIA 3MSJA 3PBDA 5OZFA 3D20A 3FKTA 3OU3A 5ENMA 2ER0E 3UPJA 2HB2A 3LIZA 3BC4A 3PSUA 2FNSA 3PVKA 1FMXA 5P6HA 5P8QA 1FGCC 1PPME 2WF4A 3IVHA 5P1TA 5I3WA 5P1RA 3NR6A 3SO9A 1AAQA 2I0DA 1HIIA 4GZFA 5P70A 5P78A 1F7AA 5HDVA 3IGBA 2WEZA 4K8SA 2NNPA 3OUAA 5P83A 3LPKA 4FM8A 5DR4A 3JW2A 4OBZB 1EC0A 1FQ5A 5P3GA 5P7DA 5P4KA 5P49A 4H3GA 5DQ2A 1TCXA 5AHCA 5P03A 3TPRA 5P4OA 1W5WA 4Y4DA 4I0ZA 2AZBA 3VEUA 5AH6A 4F73A 5HE5A 4FSEA 1SIVA 3I25A 4XXSA 2G22A 5P14A 3S43A 2QI0A 5P5KA 5P34A 5P5EA 3ER5E 3R0WA 3L5DA 5OZ2A 3UDKA 5P4CA 3LIYA 3QI1A 3SKFA 4D8CA 3OU1B 3NU6A 4Y3EA 4FSLA 5P16A 4GJCA 5P4PA 4WTUA 2FXEA 1C70A 3D3TA 4GJ9A 3K4VC 3NSHA 5P0GA 4Y3YA 2V10C 5KR0A 2V11C 2FXDA 2F81A 1EC2A 3GI4A 2J9JA 2V16C 4YD5A 4J1IA 5P2JA 2IL2A 1G35A 2VKMA 4L1AB 1E82E 5OZPA 5P7MA 2VA7A 3NU9A 4COEA 4GJAA 4E43A 5P0AA 1NPWA 5P7ZA 2NR6A 3SFCA 3FX5A 2OHSA 3TNEA 3S56A 5P2XA 3FV3A 2ZHRA 5P0HA 1YM2A 4LBTA 2PK6A 4EYRA 4H3IA 3KFSA 5P5TA 5P7FA 4CPTA 1LYBA 5P4SA 4FRJA 5P1BA 3LZUA 5DR3A 5OYVA 5HCOA 1FB7A 1GVTA 5P5OA 3GI0A 4HDPA 5P4YA 2HIZA 1C6ZA 5TOLA 4A4QA 5P3XA 4CKUA 5P7VA 3OUDA 4RROA 3SA6A 3OOTA 1FMUA 1XN2A 4RLDA 3NXEA 4B00A 4Y57A 5P7LA 3L5CA 1FFFC 4J1EA 4Y43A 4FL8A 4R92A 2WF3A 1JLDA 1K1UA 3K5CA 4Y3ZA 5P8EA 4B77A 1ME6A 1HPSA 4DQBA 4YHQA 5ENKA 5SY3A 3PM4A 1AZ5A 4RYGA 5I70A 4K4RA 4Y58A 1CMSA 2OF0A 2QD7A 2QI6A 3TOFA 3D1YA 3O9LA 5OYWA 5P1NA 3KA2A 1LYAB 3PSGA 5OZDA 1APWE 4ZLSA 1ENTE 5DQCA 5P2EA 5KR1A 5P8SA 5P37A 4FLGA 5P55A 3QVIA 3L59A 3QAAA 5C9DA 4Y47A 2AZ8A 4AZYA 1QBTA 3L38A 3LZSA 5P0SA 2Q15A 5P6BA 2QZKA 3OTYA 5P5QA 4D89A 4CPWA 3OXXA 3L5FA 4ZPFA 3VSXA 3OXCA 1HVKA 1DW6C 6UPJA 2R38A 3HBOA 3IVIA 1MIQA 5P1YA 3SACA 5P88A 4OD9A 4YOBA 4I0EA 4Y48A 5P4LA 5P35A 3L5BA 4RZ1A 1E5OE 5P2VA 4I0IA 4F76A 5AGZA 2B8LA 2PWCA 3S53A 3PCZA 5P59A 3OTSA 4B05A 3VCMA 1BXOA 2O4KA 3EL1A 1FQ7A 4QLHA 1EC3A 5P5NA 4R5NA 4H3FA 3UCBA 3QRSA 3NDXA 4Y50A 5OZVA 5P8HA 1NPVA 4L7GA 5P8LA 1TW7A 2FDPA 1SDTA 5P1ZA 5OYQA 1MUIA 4S1GA 5HVPA 2XYEA 4RGHA 5P8OA 5P23A 1HIVA 2QMGA 5P01A 5P5VA 2QMPA 3SKGA 1BILA 4Y3PA 5P4ZA 2F3KA 2QZLA 4DJUA 4J1CA 4Y9WA 3VF7A 1KZKA 2NNKA 2QD6A 3MXEA 2MIPA 1T6EX 1W6IA 3Q3TA 2OHUA 3EL0A 5BS4A 4FRIA 1IZEA 5P0LA 5P5WA 2PYMA 3URLA 5P1GA 2QHYA 4TVGA 2VNMA 1FIVA 3OXVA 1ZPKA 5P0NA 1GVVA 1QBSA 2V13A 1EBZA 3UDJA 5P43A 4GJ8A 5JG1A 5BRYA 1B6LA 2AOJA 3PWRA 3BUGA 5FIVA 1PPKE 3GGXA 2B42A 3EM4A 4I0FA 3G72A 4Y3LA 4R91A 5P6YA 1Z1HA 3LIQA 3O9IA 3UFNA 2G27A 5KQFA 1Z1RA 5P42A 2XYFA 3APPA 5P8UA 3SABA 5P18A 5P6VA 4Y4EA 3BXSA 4QGIA 5P07A 5P6CA 3DV1A 2ER6E 3T7XA 2PH6A 5F01A 4JP9A 5DR8A 5P61A 1QRPE 5DQ5A 2QNQA 5OZ3A 2F3FA 5B18A 4BEKA 1FMBA 2PYNA 1B5FB 1IVQA 4Y3FA 2B60A 5P1VA 1TSQA 3VSWA 3MSLA 3Q70A 5P57A 5P4HA 5P8PA 1ZBGA 1FF0C 5P5GA 4I12A 2AOCA 5I3VA 5P6UA 1LF4A 5P6XA 4LHHA 2IGYA 1K2CA 3OUBA 2HPEA 3KDBA 2WEAA 5SXNA 5P09A 2JJJA 2WEDA 1HVSA 4AA8A 2NXMA 5P4GA 1M43A 1G6LA 3KFPA 5P1KA 5P3LA 7UPJA 2PWRA 3NLSA 5KQZA 1LYWA 5P66A 5P2HA 2FDEA 2QK5A 1GVWA 3DK1A 5P4FA 2AODA 3JVYA 2P83A 1M4HA 2CEJA 3TPJA 4J1FA 2AOHA 5P6EA 4YE3A 4A6CA 3QS1A 2QMFA 4Y3AA 1ZTZA 5P53A 5P68A 1XDHA 2WECA 4B78A 3EKYA 3NWQA 2O4SA 5P3HA 4Y5LA 3KMXA 3ZKNA 1D4KA 1HTRB 3QRVA 4APEA 5P0FA 4Q1NA 3CYXA 4KB9A 3NU5A 4Y3GA 4L1AA 3ZKQA 4OBGA 1W50A 5BWYA 5P6TA 3IXOA 5P5ZA 3VYFA 1SGZA 3ZMGA 4Y5AA 4TVHA 5UPJA 4Y56A 5P62A 5P7QA 3F9QA 2I4DA 3GGUA 3I2LA 2IRZA 4QJAA 5P05A 8HVPA 2RKGA 3O99A 3ZOVA 4L7JA 2QI7A 1RL8A 1HWRA 1BDQA 4Y3JA 2Q11A 3HD8A 4YA8A 5P3OA 3D1ZA 4DJVA 1T3RA 5P2OA 2WHHA 3CMSA 5P0TA 5P3YA 5P3IA 5P7RA 1DP5A 2ZJHA 3UQUA 5P5IA 2HS1A 4LXMA 2O4PA 1FQ8A 2QAKA 4Y3WA 5P4BA 1HVIA 5P63A 5P80A 2VJ6A 4QJ7A 2ZHVA 2ASIA 4GB2A 3NWXA 5P1CA 5P7IA 5P4JA 4PEPA 3IXJA 3NDUA 3S54A 4JECA 1SH9A 4YD6A 3ER3E 2JE4A 1IZDA 4YBIA 2UXZA 5HE7A 3GW5A 1AVFA 5P7JA 4YD7A 3L3AA 4BELA 2R3WA 5P76A 4H3JA 1ODWA 5OYRA 2P4JA 4F74A 5P1EA 3VFAA 3QP0A 1HVCA 3UHLA 3SA3A 2PSGA 1NPAA 3R2FA 1TZSA 5P2IA 1FQ6A 3TL9A 2WEBA 3GGAA 5P13A 5COPA 2FDDA 1HHPA 5P4MA 4CPQA 5OZUA 3ZKMA 1FG8C 2IENA 2Z4OA 4EJ8A 1AJXA 2B7ZA 5AHBA 3EKXA 4L7HA 3UQRA 3O9FA 3WZ6A 4Y3TA 3OOZA 3VF3A 1AJVA 1GKTA 1BDRA 3VF5A 4JPEA 5P8AA 3RSVA 1K6CA 5P79A 4JOOA 3CIBA 5P45A 3VG1A 1HSIA 1APTE 3LITA 5P6OA 5P8JA 5P8BA 2QNNA 5P12A 3URJA 5P5JA 4Z4XA 5P3RA 5P06A 5P5DA 2RENA 5P3NA 1D4JA 5EZXA 4AUCA 5P1SA 1HSHA 5OZOA 4DJRA 1Q9PA 4Q1YA 4K4PA 2IEOA 3OAGA 5P44A 5OZIA 5P74A 3FIVA 3KT2A 5P5PA 3INFA 5P0EA 2P3AA 2UPJA 4IVTA 4F75A 4XX4A 5KOSA 2ZDZA 4U7QA 4U7VA 1QBRA 5P86A 2ANLA 2BPXA 2AVSA 4I11A 4I1CA 4Y4XA 1BAIA 3VYEA 4EJKA 1IDAA 1BVGA 5P29A 1YG9A 3SLZA 4M8XA 3PMUA 3Q6YA 1ODXA 5HD0A 4Y3DA 4EXGA 5P41A 3UF3A 1SP5A 4QJ8A 4GJDA 3OXWA 3PHVA 3QBHA 4J17A 5P0QA 4YBFA 5OZLA 2FNTA 2I4UA 1ZSFA 3H5BA 3DCKA 3NU3A 4Y4TA 2H6TA 1AIDA 1C6YA 4Y4ZA 4NPUA 1IBQA 3LNKA 2FLEA 3BUFA 4YOAA 2VIJA 5P4VA 1D4HA 4EQJA 1SBGA 5OZZA 3FNSA 1HEGE 5P3WA 3UDHA 5P58A 3EKTA 2QZWA 2G20A 3PRSA 1Z8CA 3K1WA 4Q1WA 4A6BA 4L6BA 3ZKGA 5P2SA 4NJTA 2AIDA 3INEA 5KAOA 2G26A 3ZLQA 4R8YA 1E81E 3D1XA 3FNUA 3UDNA 1A9MA 2ZJJA 3PI0A 5P56A 1XL5A 3O9EA 4Y5MA 5P0MA 5J25A 1K2BA 5OZ8A 4XKXA 3CYWA 3NYGA 1MPPA 2PSVA 3VUCA 3RVIA 4YCKA 1DIFA 1PFZA 3ZPUA 1A8GA 4Y45A 2PC0A 1YT9A 5P5UA 3IN4A 5C9BA 2OHNA 3SAAA 5IVTA 2PQZA 5P73A 5DPZA 2RMPA 1G0VA 2BJUA 3OWNA 5P15A 4CPRA 4NPTA 4AMTA 1VIJA 5P8TA 5P8IA 3QIHA 5P0PA 1WBKA 3DJKA 5P4QA 4Y6MA 5P25A 3CKPA 4R95A 5P2YA 5I3YA 4GIDA 4DH6A 5P64A 3EM3A 5P04A 1MTBA 1FQ4A 1KJ4A 5P28A 2ZHSA 2R3TA 4GJBA 4DJWA 3KN0A 1MVPA 1FKNA 1LF3A 4J1HA 5OYXA 4Y3RA 3IXKA 4Q1XA 4Y4UA 1PSOE 1T7JA 5P1WA 5P5XA 5P8MA 2FGUA 3UQWA 4Q5MA 1HPVA 5P3VA 3RTMA 5P4UA 4OBHA 5P7SA 2CEMA 5OZJA 5P5MA 4B1CA 3WZ8A 1K1TA 1QDMA 1EPPE 5P7PA 2IQGA 1LEEA 5JFPA 5T4SA 3UDQA 3VFBA 3S85A 3L5EA 3URIA 3N4LA 3PWWA 1RV7A 5DR0A 3OADB 5P38A 1XL2A 4FS4A 5P24A 5P7UA 4CPXA 1EPNE 4Y54A 3S2OA 5P4WA 5ISKA 3BGCA 1LF2A 3WZ7A 1XE5A 4YDGA 5P5BA 5P7XA 5OZMA 2AOFA 4Z2ZA 2QU3A 4J1KA 5P11A 3UQPA 1PSNA 1SMRA 4EJLA 3SPKA 4NKKA 5P77A 5P1FA 2P3DA 2HB3A 4GMIA 3NU4A 1GVUA 1BXQA 1BDLA 5AH8A 3T7QA 5P1LA 5P3JA 1CZIE 5P19A 2I4XA 4K4QA 1APVE 5OZ5A 5OZ0A 3QPJA 5P3SA 2NXDA 4ZSQA 3O9BA 3UDYA 1K6VA 2I4WA 5P2BA 1BWAA 4I0HA 5P5FA 4Y4GA 2PMAA 1N49A 3B80A 3Q4BA 2G1OA 1YM4A 1FG6C 2QU2A 2ZGAA 5JODA 1META 1KJGA 5P7KA 5P7GA 2P3BA 5P3ZA 5P8GA 3G70A 5P1PA 2VIEA 3CIDA 3CKTA 2NXLA 3SA4A 2JYSA 4OBFA 1OEXA 1PSAA 3NUOA 4EP3A 1B6MA 4TRZA 1AXAA 1W5VA 2HM1A 1C6XA 2V0ZC 4ZE6A 3WSJA 5OZGA 4DJXA 2ZYEA 5P8RA 5P3FA 3OUDB 4Y5CA 2AVVA 2BPWA 4Z50A 4EP2A 1SIPA 5P89A 1ZP8A 1HVRA 2ZJMA 4Y53A 2OHLA 4QJ9A 5P30A 1MERA 2WKZA 3U6AA 5P65A 4OBJA 5E5JA 1MRWA 3CKRA 4TRYA 3C9XA 2WF2A 3VYDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KFR A;  1KJH A;  5DGU A;  2QNP A;  5OZH A;  3MXD A;  1BVE A;  3K5G A;  5P0O A;  4YD4 A;  2WF1 A;  5P2L A;  4DJP A;  5P1A A;  5P0Z A;  4MC9 A;  1TQF A;  3HDK A;  1HTF A;  3PMY A;  5HCT A;  5P2A A;  4Y5K A;  5P3A A;  1SDV A;  5OZS A;  3OQD A;  1HVJ A;  5P48 A;  3KT5 A;  5OZE A;  1DPJ A;  5HDZ A;  5ISJ A;  1HTG A;  2BB9 A;  4EXH A;  2OHK A;  3TTP A;  4Y3X A;  4PZW A;  4D83 A;  2BPY A;  5KR2 A;  4H1E A;  4J55 A;  5P1H A;  4J0P A;  4R93 A;  4FAF A;  5P5R A;  4ER1 E;  5P69 A;  3KYR A;  1ER8 E;  3GGV A;  2HS2 A;  4QJ2 A;  1FEJ C;  1DAZ C;  1T7I A;  3VV7 A;  5P3D A;  2FIV A;  2JJI A;  2B8V A;  5P72 A;  2P3B B;  5P0Y A;  1HPX A;  3S7L A;  2G1Y A;  3RTH A;  1T6G A;  3OK9 A;  5KR8 A;  4Z22 A;  3SM2 A;  2VJ7 A;  4GYE A;  2CEN A;  1MTR A;  3GI5 A;  3SA5 A;  4M8Y A;  1EPM E;  2VIZ A;  3FNT A;  4RRS A;  5P2M A;  4I8Z A;  5P32 A;  3R1G B;  2BPZ A;  3VLA A;  3UDP A;  3ZKX A;  1UPJ A;  5IVS A;  2NPH A;  4MC1 A;  3BVA A;  5COO A;  2ZJN A;  4ZPE A;  5P4R A;  2BQV A;  1EED P;  5P6N A;  5P3E A;  3T7P A;  3NDT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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