4GJ6A

Crystal structure of renin in complex with nvp-ayz832 (compound 6a)
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
339
structure length
333
Chain Sequence
TLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSQSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Discovery of Novel Potent trans-3,4-Disubstituted Pyrrolidine Inhibitors of the Human Aspartic Protease Renin from in Silico Three-Dimensional (3D) Pharmacophore Searches.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Renin
total genus 85
structure length 333
sequence length 339
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.15: Renin.
pdb deposition date 2012-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gj6A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gj6A01
3U6AA 3UDRA 2R5QA 3O9BA 3NDWA 4J0YA 3OU1B 3UDKA 4LXMA 2NNPA 2I0AA 3VF7A 4COEA 1EC2A 3OXVA 5P7EA 2BB9A 3BUGA 4QJ8A 5P2OA 2ZYEA 3PB5A 4EP2A 1LYBB 2WL0A 4ZLSA 5BRYA 1YG9A 5P1YA 5P8FA 1LYAA 2O4LA 3SA8A 3DJKA 3NU6A 4Y5EA 8HVPA 2FLEA 2APRA 3PLLA 1MSNA 2FS4A 3AIDA 4J0TA 4DQEA 3OU3A 2FDEA 2CEMA 5P5FA 4F75A 2QZWA 2HB3A 1UH9A 3U71A 2HM1A 5P2CA 1B5FA 2V16C 2WF2A 2WF0A 5P47A 1QRPE 3Q5HA 4RCDA 5CONA 5P8RA 5P1PA 3SABA 4K4PA 2VA7A 2ZHVA 2R38A 3IXOA 3OU4B 1HPOA 5HE5A 1ER8E 5P6PA 2AOHA 5P7KA 2VIYA 2XFIA 3PMYA 3ER5E 5P5UA 2IEOA 3K4VC 4PPHA 3KFNA 1G35A 2AVVA 3QBFA 5P05A 4I0GA 1Z1HA 5P25A 4Z2ZA 1D4YA 4FM6A 5P6IA 4L7HA 5KR1A 3SQFA 5P8JA 5P56A 4ZE6A 2FNSA 4B77A 2Q15A 5P7UA 5P4OA 4EHCA 4ZSPA 3I8WA 3OUBA 4HDPA 1XN2A 3CKRA 3NU3A 3FSMA 2PC0A 3PSGA 4PYVA 4J1IA 3ZPSA 3PWRA 1HSIA 2F3FA 3EKPA 4Y4JA 2IENA 3OHFA 5P3YA 5DPZA 3QS1A 1C6YA 1KJHA 4H3GA 5P3PA 2AOIA 2BKTA 3EL0A 5P14A 1EPLE 2I4DA 4Y4TA 5P7TA 1YT9A 4FSLA 5P1NA 2AVQA 1TCWA 3CKPA 4EJKA 5P1CA 2NXDA 5I3YA 5P8KA 3QRMA 5P27A 5P38A 4DPIA 1BAIA 3R0WA 5P6UA 5P5TA 3NU4A 5P1LA 1APVE 3KN0A 4ER1E 4QJ9A 5P8DA 3IXKA 2IS0A 2WF3A 3UPJA 3JVYA 5P0WA 5F01A 1J71A 5P7ZA 3S53A 2BPYA 4J1KA 5P2RA 5P4MA 1A8GA 3EM6A 1A30A 5P7PA 1U8GA 5P3CA 2Q11A 1D4HA 1F34A 5P53A 1LYWB 1VIKA 4Y38A 5P3MA 5AH7A 5P86A 5ENMA 3S2OA 2QI1A 4MC6A 4ZSQA 2AOGA 5P7JA 3UTLA 5P3TA 1UPJA 4Q1XA 3UFLA 3VLBA 5P80A 4K4QA 2QNNA 5P57A 5OZDA 3TH9A 3HD8A 5OZTA 5P4FA 1E82E 2VJ6A 5P8MA 2NMYA 3GI6A 5P3AA 3SM2A 3ZKSA 5OZXA 5P6XA 3K5FA 3VYDA 3SA6A 2HB4A 4H3JA 1MSMA 1BV7A 5OZ1A 1BVEA 5KAOA 1EBKC 1E80E 4Y3SA 4X2LA 5P61A 4Y43A 3UDJA 3VV8A 3S7MA 5OYYA 5P62A 5P1WA 1GVXA 5P74A 1RPIA 5P7YA 3RSVA 2OHQA 3ZKMA 2PK5A 2V12C 3GGAA 3KFPA 3SA4A 4GJDA 5KQXA 1AIDA 5P6BA 1EC1A 4JPCA 5P87A 3PBDA 5P6FA 5P1FA 5P1BA 3MXEA 4CMSA 5P0LA 1BV9A 3CMSA 3PSYA 5P3WA 3WZ8A 5COPA 1IVQA 1DIFA 5OYZA 2QU3A 1PROA 5OZ0A 5P2YA 4Y9WA 4R5NA 3FNUA 3VYEA 3IN4A 3WB5A 5KQZA 5P18A 5I3XA 4DJWA 1OEWA 2G1SA 4GJ8A 1BBSA 5P5HA 1TZSA 5P5GA 4AZYA 2Q54A 3EL9A 4D83A 2O4PA 3BGBA 4I0DA 1W5XA 2HB2A 1BVGA 5P2VA 2PH6A 1A9MA 4MC2A 4Y4WA 1HXWA 2G26A 1EPRE 1AJXA 1DW6C 5P8OA 4QJAA 5P4YA 3G6ZA 3OXXA 2QZLA 4Y5NA 5P5OA 5P1QA 1K1TA 2ZJLA 1UH8A 3L5CA 5P52A 2G24A 3OXCA 5P68A 5P6HA 3UHLA 1ZAPA 4ZSRA 4EXHA 3URLA 1HIVA 5P60A 2P83A 5P50A 1Z1RA 4OBFA 3HZCA 4FE6A 5ER2E 2PYMA 2IDWA 4GJ7A 1FB7A 2F3KA 4OD9A 1QBTA 2VIJA 4YE3A 2H6TA 2G94A 3SA5A 1ODWA 5P69A 5P16A 2FGUA 2ZJNA 1PSAA 5P0TA 3DCKA 1SDUA 5E5KA 2IKOA 3EKQA 3GI4A 4Z50A 3I2LA 1BDRA 5P7XA 3QBHA 3VSWA 3KYRA 5P8VA 1GKTA 3GI0A 1MVPA 5P85A 4FRJA 4YCYA 2VA6A 3A2OA 3JVWA 5P23A 3KT5A 4XXSA 1BWBA 4R93A 4HE9A 5P7QA 3FV3A 4X7IA 5P11A 3EBZA 2AZCA 2EWYA 4LL3A 2PWRA 4B72A 1HVKA 5P0EA 2PH8A 3R0YA 2JYSA 4ZSMA 1ZSRA 3EL1A 2AVMA 5P3IA 5P4TA 4Y3XA 4ZPEA 2VKMA 3T7QA 4KUPA 2I4WA 5P0QA 4Y3HA 5P5AA 4EXGA 5ISJA 1ZSFA 4YD6A 4LXAA 5P1EA 5P0OA 5P54A 2XYFA 2QMDA 5EZXA 4R91A 3PI0A 1Z8CA 5P02A 3UDHA 1SBGA 1N49A 2G1OA 3EMYA 3LZUA 3IAWA 3LPIA 3HVPA 4OBZA 1EPQE 5P7CA 4H3FA 2V11C 2ZHRA 5HE4A 1T6EX 5OZ5A 5P65A 3EKXA 1MESA 5KOQA 5HD0A 4RRSA 3TNEA 5KR0A 1YTJA 1OEXA 3D1ZA 4KE1A 4OBZB 2QHZA 5P32A 2IGYA 4R8YA 5HU0A 3JW2A 3SPKA 2I0DA 1Q9PA 2PSUA 3O9DA 5OZ8A 5P3OA 3ZL7A 1HHPA 5P8HA 4CP7A 2Q3KA 3VV6A 3OAGA 1B11A 4H3IA 3UDYA 3OGPA 5P3UA 1IZDA 4K4RA 4Y3TA 5P4AA 4QJ6A 2R43A 4Y45A 4J0VA 1EC3A 5P4KA 4Y3AA 3OUAA 4DJPA 3TTPA 4B0QA 5P58A 4HDFA 5P8GA 1ODYA 4Z22A 3HLOA 5P4HA 3UQPA 1B6KA 1HEGE 1WBMA 5P7DA 2QNPA 4FAFA 3LZVA 5OZ9A 3SKFA 4APRE 1RL8A 2QZXA 2HIZA 5P8AA 3L38A 5P03A 1AM5A 3UFNA 4YD7A 5AH6A 4GJ5A 2OHMA 5P30A 1D4SA 2QI6A 2O4KA 1XE6A 1SMEA 4NJUA 1EPME 1W51A 3QI1A 4KE0A 4FIVA 5P5MA 1AZ5A 3VUCA 5SZ9A 4QJ7A 5P7NA 5P4SA 3Q70A 2QI0A 2WF4A 1HPVA 3CICA 3MSLA 1LZQA 5OZLA 5E5JA 5P67A 1RV7A 3BC4A 5P64A 4EQJA 4Y4UA 4Y3LA 4Y48A 4TVHA 4DQBA 3EKTA 5P4UA 4Y4GA 1IDBA 4FGXA 5P6RA 4RVIA 3FKTA 4IVTA 5BS4A 2QNQA 3EKWA 1XL5A 3VCMA 5P89A 5P04A 1IVPA 3O9HA 4FRSA 3EM4A 3OU1A 5P8QA 3ZMGA 3LPKA 1OHRA 2AVSA 4J1EA 3PMUA 4AUCA 2WJOA 3C9XA 3WZ7A 3OQDA 4OBDA 3VLAA 4Y3WA 1MIQA 4RCEA 5P37A 3GI5A 4Y3NA 4FM7A 4YD3A 4GJAA 3TPRA 3ZKIA 4L7GA 3NSHA 5P2UA 2V00A 4Y3YA 1MEUA 1MRXA 3PCZA 1F7AA 4R95A 2QD8A 3T3CA 4Y3ZA 1K6TA 2AZ8A 5P2QA 3R1GB 5P2JA 3QVIA 1FFIC 3OUDA 5HU1A 5P1KA 2ANLA 2BKSA 3S85A 1NPAA 1HTRB 2ZJJA 5P0GA 4H1EA 5OYVA 3SKGA 3OUDB 5CLMA 1HPSA 5KOSA 3UDPA 1JLDA 3OU4A 4OBKA 5OZEA 2R3WA 5OYRA 2J9JA 2OHKA 5P0XA 5SXNA 3BUHA 5OZ6A 4K9HA 2G22A 4U7VA 5P00A 4J1CA 1YTHA 5OYXA 3ZKQA 4FLGA 5HDVA 2J9JB 2QMPA 2QZKA 1PPLE 5P5ZA 4F73A 2QU2A 2P3BB 4Y53A 5P1IA 5P6KA 4RZ1A 1HVSA 5P31A 3QRSA 1SDTA 3NWQA 5TOLA 2V10C 5P2HA 3BVBA 5P0JA 4U7QA 5P44A 5P79A 5DR8A 3KMYA 3ZOVA 4DQHA 3NLSA 3HDKA 4CPRA 5P0PA 3OHHA 5P5DA 2OHSA 2NPHA 4A4QA 1ME6A 2I4UA 3EC0A 4Q1NA 3DV5A 5OZQA 2UPJA 5P7AA 5P4DA 4Y4XA 5P5XA 4R92A 2H6SA 1FFFC 3TPLA 3K5CA 5P2GA 4DJOA 2WECA 4EP3A 4GB2A 2HS2A 3OOTA 2PWCA 2BJUA 3FNTA 4Y41A 4DJUA 5OZHA 2AOCA 3INFA 4XKXA 3F9QA 3OOZA 3TOHA 5P7RA 4Y5KA 2QI4A 2FXEA 3SM1A 3Q6YA 3QIHA 5P17A 4BELA 3R2FA 3LINA 5P36A 1C70A 5FIVA 4B1EA 2QI7A 2AOFA 4B05A 1FQ7A 1BILA 1HVHA 4JPEA 4YDFA 4B00A 4Y3GA 3NU5A 5DQ2A 5P8NA 5KQYA 4Y51A 3PWWA 5P2EA 5OZZA 5P77A 2AODA 1IBQA 1LYWA 4NJVA 1B6JA 1BWAA 3EKYA 3CIDA 3RTMA 2G20A 5P1VA 5OZWA 1ZBGA 1APUE 2OHLA 5P8PA 1IZHA 2I4QA 3QPJA 5J25A 4Y54A 4DI2A 5JODA 3VEUA 1FMBA 2FMBA 1HSHA 2OHUA 3LZSA 4JP9A 1BDLA 5P3BA 5P6GA 2FDPA 1W5VA 2JJJA 4Y3EA 5P6OA 1FIVA 3NWXA 1AJVA 2VIEA 5P3HA 5P73A 4YD5A 5B18A 2AIDA 4HLAA 1FKNA 2VS2A 4YOAA 3I25A 4RCFA 2G21A 5P1ZA 3UDQA 3APPA 1FGCC 1XDHA 5P6NA 1DP5A 3PBZA 1W5YA 1FMXA 1EBWA 2P3DA 5KQFA 3KDDA 3RSXA 4DFGA 1ODXA 3VFBA 4OC6A 4IVSA 5P2MA 1HVCA 4DJVA 2ZGAA 3KM4A 1M0BA 4Y4BA 1MTRA 1K2BA 2WF1A 3KDCA 1HBVA 2QI3A 3S56A 5P59A 1XS7D 4ZPGA 3MSJA 3EL4A 2XFKA 4I0HA 5P45A 5P6JA 3H5BA 1SIPA 4OC6B 2VNMA 4EPJA 5P09A 5P0BA 4DJQA 3TOGA 2OHNA 5P82A 4B1DA 4FS4A 5P4XA 1D4KA 3APRE 5DR4A 3BHEA 3MXDA 3HW1A 3I7EA 5P84A 1G6LA 5AHCA 5P4BA 6UPJA 4Y5GA 5P0HA 5P6QA 3D1XA 2QMFA 3BXRA 1GVVA 3FIVA 3TKGA 1YTGA 1FEJC 1LF4A 5P1HA 3RTHA 1TW7A 1BDQA 5KR2A 4MC1A 4J5JA 1T7IA 5I3WA 3ZKXA 1CPIA 3O9FA 3OK9A 2ZHUA 3ZLQA 1W50A 3IA9A 4Q5MA 2BPVA 2RKFA 4DUSA 5OZVA 1IZEA 4Y37A 4J1HA 2IKUA 3KA2A 5DGUA 5P4IA 5JFUA 5HDXA 4EJDA 3O99A 5P2BA 3T11A 3DM6A 3CIBA 3PI5A 1IDAA 5P40A 3OQAA 3PRSA 5OZPA 4D85A 4PZWA 5P24A 3SLZA 4Y3DA 3OY4A 3VSXA 4F76A 2UXZA 4Y58A 4Y5LA 2G27A 2HPEA 1WKRA 2RMPA 3S45A 4YDGA 4GZFA 5P10A 4DH6A 3K5GA 5IE1A 4I8ZA 5OZAA 5OYWA 2F8GA 1DPJA 2WEBA 5OZRA 5P7IA 1EEDP 4FAEA 4PHVA 5P4GA 3T7XA 2PSVA 5P7FA 2IGXA 2I1AA 4WTUA 2G69A 7UPJA 3KDBA 1RNEA 1FQ5A 1KJFA 2B42A 5P33A 4PEPA 3L5BA 1M43A 5P2XA 4MC9A 3O9LA 3UCBA 5HTZA 4I0FA 2CEJA 3B80A 5P08A 2Q64A 2ER9E 5P6LA 5P5CA 5OZJA 1BIMA 1T3RA 4Y5CA 5P0CA 5P0KA 5C9DA 2UY0A 1HTGA 2R8NA 3I6OA 2ZJIA 3L5EA 2IRZA 4TVGA 5ER1E 3PSUA 2B7ZA 1AXAA 4DQCA 4Q1WA 4DJXA 5P1TA 1EBZA 3O9LB 1QDMA 3S43A 5AH8A 5P1OA 5OYSA 5P2ZA 4D88A 3FNSA 2RKGA 3QP0A 2F80A 5P3EA 1SH9A 4OBGA 4Y5PA 4DJRA 1PPME 4Y3RA 2ER0E 1ZLFA 5OZBA 1KZKA 4J17A 1XN3A 5OZFA 3S43B 7HVPA 5P8EA 4CPUA 4S1GA 5HDZA 3NXNA 4YHQA 2PQZA 1MT7A 5P2AA 1IIQA 3UQWA 1D4LA 4Y57A 3M9FA 5OZCA 1ZJ7A 3L58A 5P3GA 4I0IA 2QI5A 4LBTA 5P5WA 1TCXA 5OZ2A 5P5LA 5P2WA 3PGIA 5P1XA 5OZ3A 4DQGA 4Y6MA 1XE5A 3UDNA 4ZEAA 3RTNA 5P12A 1APTE 5OZMA 5P3ZA 5P6SA 3R4BA 1HRNA 3BXSA 5P3DA 2CENA 2BPWA 5P7GA 1K6CA 4FSEA 5AHAA 1M4HA 1PSOE 3T6IA 1EPOE 5P0MA 3EL5A 4TRWA 5P4VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3U6A A;  3UDR A;  2R5Q A;  3O9B A;  3NDW A;  4J0Y A;  3OU1 B;  3UDK A;  4LXM A;  2NNP A;  2I0A A;  3VF7 A;  4COE A;  1EC2 A;  3OXV A;  5P7E A;  2BB9 A;  3BUG A;  4QJ8 A;  5P2O A;  2ZYE A;  3PB5 A;  4EP2 A;  1LYB B;  2WL0 A;  4ZLS A;  5BRY A;  1YG9 A;  5P1Y A;  5P8F A;  1LYA A;  2O4L A;  3SA8 A;  3DJK A;  3NU6 A;  4Y5E A;  8HVP A;  2FLE A;  2APR A;  3PLL A;  1MSN A;  2FS4 A;  3AID A;  4J0T A;  4DQE A;  3OU3 A;  2FDE A;  2CEM A;  5P5F A;  4F75 A;  2QZW A;  2HB3 A;  1UH9 A;  3U71 A;  2HM1 A;  5P2C A;  1B5F A;  2V16 C;  2WF2 A;  2WF0 A;  5P47 A;  1QRP E;  3Q5H A;  4RCD A;  5CON A;  5P8R A;  5P1P A;  3SAB A;  4K4P A;  2VA7 A;  2ZHV A;  2R38 A;  3IXO A;  3OU4 B;  1HPO A;  5HE5 A;  1ER8 E;  5P6P A;  2AOH A;  5P7K A;  2VIY A;  2XFI A;  3PMY A;  3ER5 E;  5P5U A;  2IEO A;  3K4V C;  4PPH A;  3KFN A;  1G35 A;  2AVV A;  3QBF A;  5P05 A;  4I0G A;  1Z1H A;  5P25 A;  4Z2Z A;  1D4Y A;  4FM6 A;  5P6I A;  4L7H A;  5KR1 A;  3SQF A;  5P8J A;  5P56 A;  4ZE6 A;  2FNS A;  4B77 A;  2Q15 A;  5P7U A;  5P4O A;  4EHC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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