4GMIA

Bace-1 in complex with hea-type macrocyclic inhibitor, mv078571
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
389
structure length
380
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGALASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Design and synthesis of novel BACE-1 inhibitors
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 103
structure length 380
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gmiA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gmiA02
4GJBA 5P73A 1HVJA 5OZYA 2QI7A 4MC2A 3EXOA 1RV7A 3Q4BA 5P4BA 5P0EA 3R2FA 3EM4A 3UQPA 2ZJJA 5P1WA 5P4MA 4YA8A 3PBDA 5P82A 4A6BA 5OZ4A 4FRJA 5OZZA 3PI0A 5P75A 1HWRA 2PSVA 4F75A 3MSJA 3L38A 2FS4A 4CMSA 4J1IA 5P0FA 2JYSA 1HVHA 3ST5A 3ZMGA 4M8YA 5P4SA 5EZXA 5P79A 5KQZA 4FE6A 1WKRA 3LIVA 3R0WA 5P3NA 4Y44A 3EL9A 5OYRA 1K6CA 5P1NA 5P28A 4ZPFA 1MSNA 2P3DA 4JPEA 5P5HA 3OWNA 1T3RA 4Y4JA 5P4FA 5OYTA 4ZSMA 5P3BA 4JP9A 5OYVA 5P26A 2J9JB 4Y5EA 1LEEA 3K5CA 1FFIC 3FX5A 2G24A 4Y3NA 5BWYA 5HCTA 3NDWA 4X2LA 1UPJA 1EC0A 5P3YA 5P5WA 3URJA 4HLAA 4QLHA 1EBYA 5DR7A 2WF4A 5P4LA 5AH9A 1HEGE 2ZGAA 1SMRA 5P66A 5OZMA 4D85A 1DW6C 4PHVA 4I0DA 3SACA 2PK6A 1HSIA 3VEUA 1MTBA 3UQUA 3PVKA 1NSOA 5P5ZA 3EM6A 4FRSA 2OHSA 4UPJA 5P1PA 3JVWA 3OOTA 2PC0A 5E5KA 2PWCA 3PLDA 4EJKA 3D1YA 2ZHSA 4L6BA 3EBZA 5OYWA 4Y4WA 1KZKA 3A2OA 4E43A 2ZHVA 3FSMA 3LIXA 2G1RA 3ER3E 1AXAA 2IKOA 2ER7E 5P2TA 5OZAA 4HDBA 3LNKA 3VF5A 2WF1A 2AVQA 1ER8E 3HDKA 2AVSA 3PLLA 1K1UA 5SY3A 5P83A 4QJAA 5OZ3A 5P0RA 3NDXA 1EPRE 1OHRA 1TQFA 3APPA 5P1SA 5P84A 5P7MA 3SKGA 3B7VA 3K4VC 2R43A 2G94A 2OHUA 4DPFA 2FNSA 5P3GA 3RTHA 5P2IA 1T7IA 4QJ8A 4OD9B 2VA6A 5P3LA 1GKTA 2QCIA 5T4SA 3EKWA 5P67A 4B00A 3OHHA 2WEDA 2XFJA 5P4GA 3PBZA 1G6LA 3KMXA 3URLA 4DQCA 3FV3A 5P1TA 3UQXA 4DVFA 3GI5A 5P64A 4FRIA 2PK5A 5P8JA 1EPQE 1FKNA 4PYVA 2VA7A 3I2LA 3IXKA 4AA9A 1AJXA 2NPHA 3QIHA 3M9FA 3GI4A 4FSLA 5P7XA 1ZTZA 1TSUA 5P09A 3CKRA 5OZUA 4Y3ZA 3VSXA 4WY1A 4Y56A 3SO9A 1SBGA 4CKUA 2QI5A 5P1ZA 1HVRA 1XDHA 5P3SA 1IBQA 5P32A 4XXSA 3D1ZA 1D4IA 1UH9A 5P5KA 2QNQA 4RRNA 5P22A 3EKVA 2CEMA 2QMGA 4Y3TA 3EL4A 3AUPA 5P8GA 5BRYA 4GYEA 5P86A 2OAHA 5P07A 3UDKA 5C9DA 2AIDA 1TCWA 1KJFA 2QU3A 5OYXA 3WSJA 4U8WA 1B6LA 1OEWA 3QVIA 2BPZA 3WZ6A 4FL8A 1YT9A 3OQ7A 5OYYA 3ZLQA 4EP2A 5P49A 4JOOA 3L5CA 4Y3YA 3ZKXA 5P33A 4BEKA 4MC1A 3QRMA 4U7QA 1EPPE 4YCKA 1D4LA 4CPUA 4GJAA 1EEDP 3KA2A 5P4PA 3TPJA 1ZAPA 3GI0A 4FCOA 4I1CA 4M8XA 1YTJA 5HDVA 5P7PA 3VF3A 2PQZA 5P60A 5P1DA 1TSQA 2O4SA 4DQEA 2WJOA 3UDMA 3NU9A 5P8VA 3KM4A 5DR8A 5ENMA 2O4LA 5OZWA 4OD9A 5P3FA 2FIVA 4IVTA 1KJ4A 5P04A 4R8YA 5P0JA 5P30A 3KYRA 1BILA 3CYXA 4Y4EA 5P52A 4H3JA 2XYEA 5IVSA 5P0IA 1ENTE 4B1EA 5P25A 3BUGA 3SM1A 5HD0A 4GJCA 5P1KA 2UPJA 3S7LA 5I3YA 5P3CA 4HZTA 3QAAA 4J0VA 1C6YA 3PGIA 5OZ0A 3INHA 3LIYA 4DJQA 5P16A 5OZ8A 5P5EA 1HPVA 2ZJIA 1IDAA 1IZIA 5P8OA 1MT7A 2AZCA 5P1AA 5P6GA 5HU1A 5P0XA 2JJJA 1PSAA 1IZEA 5KQFA 5P5LA 1MUIA 4Y38A 3ZKMA 5P85A 4Y3GA 2ZHUA 2OHRA 2BPYA 4GJ5A 3UFLA 5OYSA 5DQ1A 2XFKA 1EC2A 3JW2A 3EKYA 3Q6YA 5P5JA 3CKPA 5P4TA 2BPWA 3CKTA 3TPRA 2HC0A 2G1NA 4AUCA 5P6JA 4RCEA 1FQ7A 3I25A 5AH6A 4B77A 1QRPE 1FMXA 5P1EA 2AOIA 3O9GA 1M43A 5P78A 5I70A 4EXGA 1HBVA 3RTMA 1KJGA 5P0GA 3HD8A 2ASIA 6APRE 5P2ZA 2B8LA 1FG6C 1ODXA 1XS7D 1YTHA 1SDUA 5P23A 4LC7A 5OZ7A 1DMPA 4Y39A 3QN8A 5P6DA 5P6WA 1PFZA 2VIJA 1MRWA 3DV1A 3EKTA 3INEA 3OUDB 5P8QA 3VV8A 1W5VA 5P05A 2VS2A 5F01A 5DGWA 3VLAA 5P8TA 3KDBA 2VKMA 3GW5A 4L1AA 1APWE 1HTRB 4OBHA 4J0PA 3OU1B 1C70A 4I12A 1YX9A 2OHKA 5P7SA 1GVWA 2BQVA 3EKPA 4TRWA 5HE4A 3BHEA 5P5XA 3SA5A 4Y4XA 3DM6A 3OXWA 2OHPA 3SPKA 4ZIPA 3OQKA 4Y57A 3VCMA 3NUOA 2NMYA 4J0ZA 2I0AA 3LHGA 3GGAA 3HZCA 5P2NA 4ER4E 2QMFA 2R5PA 3GGXA 3KT5A 4QJ9A 1EPNE 3LZUA 5P4YA 1W50A 5OZOA 5P63A 4K8SA 1YM2A 1FMUA 5P14A 1HVKA 4HVPA 5P4XA 5P3TA 5CONA 1W6HA 5P7EA 3DOXA 2A4FA 4HDPA 5P6LA 5P0TA 5P1MA 3VFBA 4B0QA 5COOA 5P70A 1EC3A 3PMUA 5OZQA 3UFNA 3L59A 3OTSA 3NLSA 3PI5A 4Q1XA 5KQXA 2BKTA 1A9MA 2BPXA 5P4QA 2QNPA 5P68A 4RROA 2IQGA 1BIMA 4ER1E 2WEAA 4Z2ZA 5KAOA 2ER6E 2QZWA 3O9DA 2R9BA 2I4XA 5P27A 4Y51A 3VYEA 4LBTA 2FXEA 1XN2A 3OQAA 5HDXA 4NPTA 5P1XA 2ZE1A 2AOCA 5P7JA 5P1YA 1FIVA 1ODYA 2BBBA 2WEBA 1W51A 3ZKNA 5DQ2A 5P5RA 3KF0A 4EQ0A 2V13A 5P19A 5P0WA 3EL5A 5AHAA 5P5GA 2XFIA 3Q70A 2Q64A 2WL0A 4Q1YA 1B6KA 5P10A 4AA8A 5P0PA 1FQ8A 5P4JA 4DFGA 2R3WA 3OUDA 5HDUA 2FGVA 1GVTA 4Y5MA 3UQWA 3PWWA 3OAGB 4Y36A 3S45A 2OHTA 5P6FA 1K6TA 4J17A 2QI4A 2RSPA 3BUFA 3OU1A 2EWYA 2G69A 5DQ5A 1GVVA 3KFRA 3OK9A 3TLHA 1EPME 5F00A 3UCBA 5P7HA 5PEPA 5P7LA 1MTRA 5P1GA 3N4LA 1LZQA 5EZZA 1E5OE 5OZRA 2BPVA 1LF2A 4Y37A 5P41A 4WTUA 1EPLE 2Q55A 5P2YA 4EXHA 5P6EA 5P3VA 5SZ9A 3MSKA 5P7YA 4BFDA 3Q5HA 4L7GA 3UDYA 5OZLA 5P02A 5JFPA 1MSMA 4GJ8A 1FG8C 5OZIA 1IVPA 1HPXA 4WY6A 3WZ7A 5DQCA 5P2HA 3T7XA 2HAHA 4DPIA 1E82E 1WBMA 2JXRA 4U7VA 3Q3TA 5P0ZA 3T7QA 4ZEAA 4K9HA 3O99A 1E80E 4Y4DA 5P3XA 1OEXA 2I0DA 1LYAB 3HVGA 3L5DA 4I8ZA 2AVMA 4TRZA 5P1BA 2G1OA 5P4IA 3TTPA 3VSWA 4DJPA 3S56A 4FAEA 3L58A 1MRXA 4CPWA 5P7WA 4GIDA 5HTZA 4DJOA 5P0HA 5IVTA 3O9FA 2QHZA 4AMTA 4RVJA 5P29A 5P8BA 2H6TA 1FEJC 2Z4OA 4RLDA 1W6IA 3B80A 3EKXA 3CYWA 3WB5A 4Y5PA 3D20A 1BDLA 4YOBA 2SAMA 5HU0A 5ISKA 2QMDA 4Y3DA 4RVIA 1SIPA 2AODA 3OGPA 1FFFC 5KR0A 4FIVA 5DGUA 5P51A 3NXEA 3CIDA 1HTEA 4Q1NA 5KR2A 1K1TA 2I4UA 4YOAA 5P4RA 4Y3LA 5P4WA 5AH7A 3OAGA 5P7UA 5P7IA 3D3TA 1LYWB 3U71A 5P8SA 4Y48A 5P4NA 3L3AA 2NXDA 2QZKA 1HPSA 4J0TA 5P4CA 4Y3RA 1HTGA 5P2UA 2Z54A 4GZFA 5P18A 3KDCA 4LXKA 4H3FA 5SXNA 1VIKA 4LHHA 4Y3AA 4DQFA 4B05A 4RCFA 5P6SA 2G21A 4Y41A 2P3AA 3U6AA 2G1SA 3TH9A 4PPHA 5HE5A 3QVCA 1ZPKA 5P61A 5P7CA 5P8HA 5P7BA 3N3IA 3SA7A 5P72A 5P0CA 3PHVA 4Y47A 1MEUA 2AVOA 5I3XA 5P3ZA 2WF3A 5P4EA 2NNKA 3LPIA 2VIYA 1IZDA 1UH7A 1B6PA 5KOQA 1LV1A 2OF0A 5P5VA 3VG1A 4I10A 1QBRA 5P36A 3KFSA 4RCDA 4TVGA 2PYNA 2Q63A 5P7QA 4DQGA 4KB9A 2VNNA 1LYAA 3PM4A 4TVHA 1FQ5A 1Z1HA 5P46A 5P7NA 3I7EA 1K6PA 3MWSA 4KUPA 5OZKA 1EC1A 2AQUA 2F8GA 1UH8A 4BELA 2AOFA 5P39A 1EBKC 4Y5BA 5P7OA 1A30A 1SGUA 4OBKA 4Y4GA 2PSUA 4K4PA 2FDPA 1U8GA 5P24A 5P5BA 3WB4A 5P2OA 1FQXA 3RSXA 3VF7A 4EJDA 2QI1A 1BVGA 3UTLA 3JVYA 4Y5LA 5P69A 4J1FA 5P1CA 5P1IA 5P6TA 2P3BB 3UDQA 1NPWA 1K2CA 1SH9A 2QHCA 4YD5A 1TW7A 4Y50A 1LF4A 4LXAA 3T7PA 3ZPUA 3ZL7A 5OZSA 1LYBA 3O9LB 1K2BA 3BVBA 4CPSA 2O4PA 1QS8A 3HVPA 4EHCA 4Q5MA 1LYWA 1A8KA 2AOJA 3VUCA 2I4QA 5P47A 3S53A 4Y3FA 4DJVA 1D4JA 4PEPA 5P2DA 5P6XA 4ZSPA 1T6EX 2IS0A 2PYMA 5I3VA 1E81E 1M4HA 4Y35A 5CLMA 2IEOA 1FB7A 1HIHA 2G1YA 1D4YA 5DPZA 3ZKGA 1RL8A 1IVQA 3EM3A 4L1AB 1VIJA 4MC9A 1CZIE 5P34A 3NUJA 4ZLSA 1PROA 3ZOVA 5P1RA 3AIDA 5P5TA 1AVFA 1BAIA 1RPIA 3I8WA 4Y3XA 4Y4UA 2HB4A 3OQDA 3DCKA 3OU3A 2BB9A 3U7SA 2BKSA 3D91A 4H3GA 5DR1A 3VFAA 2FXDA 1HTFA 5P3EA 4I11A 1XE5A 4NPUA 5P5UA 1FGCC 3IN3A 2B42A 5P0LA 3ZKSA 1HIIA 5P8MA 5P6RA 5COKA 3TPLA 2JJIA 1ZSFA 1Q9PA 2FDDA 2WHHA 4D8CA 1CPIA 5P55A 2AZ8A 4I0JA 3GI6A 5TOLA 5P2BA 3MSLA 3PSUA 2P3BA 5KR8A 5OZ6A 3S8IA 5DQ4A 2ANLA 4CPXA 1MT9A 4OBGA 5P2XA 4ACUA 4GJ9A 3QI1A 2ZJNA 4DJYA 5AHCA 5P0KA 2R5QA 3O9LA 4YHQA 2FMBA 5P65A 1XE6A 1MERA 3NWQA 3I6OA 5ENKA 1SDTA 3K5GA 4YCYA 3BC4A 5OZHA 2ZHRA 5JG1A 3FNUA 3IVHA 3T11A 4B78A 1KJHA 3TOFA 3EL1A 1HVLA 3LZSA 5OZ9A 4GB2A 2QU2A 2RKGA 1W5YA 5P3KA 3OUAA 2OHNA 5P11A 5P7TA 5P2AA 4Y5KA 3OU4B 5E5JA 1BV7A 5P0VA 5KQYA 1BDRA 1LS5A 3BXRA 1IDBA 3NU5A 3LINA 2ZJMA 2IGYA 5P5QA 5P00A 5I3WA 4ZPGA 1FMBA 3S7MA 3K4VA 1QBSA 3S43B 5P0DA 3NU4A 2OHMA 5OZ5A 5AH8A 1ZLFA 4DJXA 7UPJA 3D1XA 1LF3A 1W5WA 4I0HA 3VLBA 4MC6A 5P4HA 1K6VA 3OXVA 3PRSA 3SFCA 5P8AA 4L7JA 2NNPA 1M0BA 4R5NA 4ACXA 1GVUA 2PH6A 3FNSA 4Z22A 5P2QA 5OZXA 2QI0A 2NMZA 5DR0A 4BFBA 4H3IA 1QDMA 1NPVA 4ZSRA 4EJ8A 5P50A 2F3FA 5ISJA 2AOEA 2F3KA 5IE1A 2CENA 2AOHA 5JFUA 5P3UA 3O9BA 2VJ7A 1YM4A 4DJRA 3DV5A 5AHBA 3HBOA 2V12C 3DCRA 2RKFA 4OBFA 2Q3KA 1D4KA 3BGCA 4Y5AA 5DR3A 3LIZA 4TRYA 2QI6A 5P5YA 1EAGA 1EBWA 3O9IA 3R4BA 3KT2A 5OZDA 3L5FA 5OYQA 1HVSA 1GNMA 4J0YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GJB A;  5P73 A;  1HVJ A;  5OZY A;  2QI7 A;  4MC2 A;  3EXO A;  1RV7 A;  3Q4B A;  5P4B A;  5P0E A;  3R2F A;  3EM4 A;  3UQP A;  2ZJJ A;  5P1W A;  5P4M A;  4YA8 A;  3PBD A;  5P82 A;  4A6B A;  5OZ4 A;  4FRJ A;  5OZZ A;  3PI0 A;  5P75 A;  1HWR A;  2PSV A;  4F75 A;  3MSJ A;  3L38 A;  2FS4 A;  4CMS A;  4J1I A;  5P0F A;  2JYS A;  1HVH A;  3ST5 A;  3ZMG A;  4M8Y A;  5P4S A;  5EZX A;  5P79 A;  5KQZ A;  4FE6 A;  1WKR A;  3LIV A;  3R0W A;  5P3N A;  4Y44 A;  3EL9 A;  5OYR A;  1K6C A;  5P1N A;  5P28 A;  4ZPF A;  1MSN A;  2P3D A;  4JPE A;  5P5H A;  3OWN A;  1T3R A;  4Y4J A;  5P4F A;  5OYT A;  4ZSM A;  5P3B A;  4JP9 A;  5OYV A;  5P26 A;  2J9J B;  4Y5E A;  1LEE A;  3K5C A;  1FFI C;  3FX5 A;  2G24 A;  4Y3N A;  5BWY A;  5HCT A;  3NDW A;  4X2L A;  1UPJ A;  1EC0 A;  5P3Y A;  5P5W A;  3URJ A;  4HLA A;  4QLH A;  1EBY A;  5DR7 A;  2WF4 A;  5P4L A;  5AH9 A;  1HEG E;  2ZGA A;  1SMR A;  5P66 A;  5OZM A;  4D85 A;  1DW6 C;  4PHV A;  4I0D A;  3SAC A;  2PK6 A;  1HSI A;  3VEU A;  1MTB A;  3UQU A;  3PVK A;  1NSO A;  5P5Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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