4GYEA

Mdr 769 hiv-1 protease in complex with reduced p1f
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Ligand modifications to reduce the relative resistance of multi-drug resistant HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2012-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gyeA00
2G27A 4JOOA 3WZ8A 3QS1A 1QS8A 5AH7A 1NSOA 5P8TA 1OD1A 5P3LA 1T6GA 4E43A 4KE0A 2B8VA 1ZLFA 4ZSQA 1E80E 1GNNA 1B6JA 1ZPAA 2IDWA 3EKYA 4H3GA 3LZUA 5OZNA 2PWCA 2RSPA 1SGZA 1G2KA 2VA7A 2WKZA 4AA8A 4Y5BA 5P3ZA 2PMAA 5SXNA 2FDDA 4GZFA 3CYWA 2FNSA 1LF4A 4XX4A 4Y3LA 4YD5A 3OY4A 3PB5A 2AOGA 5IVTA 4H3JA 4DQHA 5P7ZA 1SIPA 3L3AA 4ZSPA 5P57A 4RRSA 3SA6A 3IXOA 4Y3SA 5P7XA 3QBFA 4J54A 5P3WA 1T3RA 2Q64A 3HAWA 4FM6A 3OGQA 1QDMA 1KJ7A 3KM4A 4Y51A 2ZJMA 3O9HA 4Y43A 3RTHA 4ACXA 4ZPEA 6APRE 5P0GA 3U6AA 5P8CA 5JG1A 3NU6A 1FGCC 5P83A 3H0BA 5SY2A 1FF0C 2RKGA 5P42A 5P7KA 3INHA 4I0FA 4YE3A 5I3YA 3OU1A 4Y48A 3JW2A 5HE4A 5P1NA 4APEA 4OBDA 5P1CA 2QMPA 5P5HA 4Y56A 1OEWA 4MC6A 1W50A 2R3TA 5P0XA 3KMYA 5P04A 5P1FA 5P2HA 2ZHSA 1DW6C 3AUPA 1EC0A 4OBZB 5P78A 3SO9A 5P6KA 5I3XA 4RYGA 4Y58A 1BVGA 3OHFA 4Y5LA 3TKGA 4ZIPA 5P4OA 2R9BA 3GGUA 4J17A 3GW5A 4U8WA 4AZYA 1FQ7A 4RVJA 1CMSA 5I3VA 4Y4JA 3U7SA 2B7ZA 2V16C 3GGXA 2VIEA 5BS4A 5P1IA 5OZGA 1D4LA 1TZSA 1HVHA 5P6AA 3NXNA 4GYEA 1FQ8A 4I10A 5P3YA 5SY3A 1HIVA 4NPUA 5CLMA 5KR0A 3PLLA 1SH9A 2QU3A 1XN3A 3QP0A 2BKTA 3OXXA 4RCEA 2VKMA 5P14A 4Y5KA 1BDRA 4Y57A 1M4HA 5P4YA 4RYCA 1YX9A 3UQXA 1NPAA 1Z1HA 3OU1B 4Y3HA 4Y9WA 1LZQA 2Z54A 2H6SA 3L5DA 3UCBA 3K5FA 4D88A 3OOTA 2I4WA 1BWAA 1MUIA 5P7MA 4NJSA 1HVCA 2PSVA 1IBQA 2PYMA 2G69A 4Y4EA 5JFUA 4Y39A 5P5FA 3L5CA 3OUCA 1J71A 1EPME 2QZWA 4LXAA 4GJBA 4NJVA 5P33A 4A4QA 3KT5A 3OOZA 4EP3A 1ER8E 5P3VA 4HZTA 5P2MA 5P1PA 4L7GA 5P5GA 2AVQA 5COPA 5P0TA 3VF5A 5P27A 2NNPA 1KJ4A 5DPZA 3R0WA 2NXLA 3EXOA 5E5JA 5P85A 3LZVA 5P6UA 5COKA 3Q5HA 5P4TA 1FG6C 5P8FA 4OBFA 3D1ZA 4JP9A 5OYZA 5P8RA 2PK5A 5P19A 3CKRA 5OZWA 4M8YA 4QJAA 5P09A 5P66A 3B80A 3VSXA 5F01A 5P15A 2BPYA 1ZPKA 1GVXA 1IZDA 5P2ZA 5P0HA 5HDVA 1C6ZA 3LITA 5DGUA 5P4HA 2XFKA 2OHQA 2AOHA 2QAKA 2ZJNA 3TPLA 3LIXA 5P0YA 1PSAA 4D89A 2QI3A 4CP7A 3DCKA 5P7TA 5P4SA 5DQ2A 5P4NA 4DJOA 5P24A 1LYAB 5P0QA 3D3TA 5P30A 5P69A 3QVCA 5AH8A 1SDUA 2V12C 4H3IA 4MC2A 2EWYA 2FDEA 3KYRA 1C70A 2FGUA 1PSOE 1W51A 2ZHTA 1KJGA 4EJ8A 5P28A 1FIVA 4GJ6A 3OU4B 4FRIA 5ENKA 4Y36A 4I0DA 2FXDA 3UFLA 1AVFA 5P1JA 5P8MA 5P0BA 2IKUA 2NR6A 4Y3FA 4K9HA 3QVIA 1B11A 2PK6A 4HVPA 1W5VA 5P89A 4HA5A 4GJAA 5P8UA 5P0MA 2O4KA 1HTRB 3I8WA 4B77A 5P0KA 2HAHA 4PYVA 5P4DA 3URIA 4FM8A 5OZDA 2QU2A 3HDKA 4I0EA 4TRWA 5P7YA 4H3FA 3APPA 5P07A 3S7MA 4QJ7A 5BWYA 1AZ5A 3BUGA 3K5GA 1IDAA 5P3MA 1Z8CA 3RTNA 5P76A 3SKFA 1D4SA 1HSHA 5P2RA 5P8LA 2HS1A 1PPME 3FNUA 3M9FA 1HOSA 2IQGA 2OHMA 3U71A 1HEGE 1GKTA 4Y5MA 4Y4BA 3LPKA 4L7JA 5P3KA 2HS2A 4DI2A 2NMZA 2JE4A 1BILA 5P60A 5P65A 4X7IA 3ZKIA 3GGVA 3OTYA 5IVQA 4B1EA 5COOA 2Q54A 5P2NA 5P5XA 2CENA 3VSWA 5KOQA 2HB4A 4DJXA 5ENMA 5P6GA 2FS4A 5P0UA 4EJLA 4FLGA 2BKSA 4EPJA 4DQBA 1SDVA 3ECGA 2QZKA 3OADB 5P8OA 5P5OA 3UF3A 5OYQA 2JJJA 5P6PA 2FLEA 5P3FA 1ZSFA 1ODWA 5P3DA 3ZPUA 4BFDA 3O9FA 3DK1A 4HDBA 5P34A 2Q63A 5J25A 2UXZA 5P5ZA 5P32A 5P3OA 4ZE6A 5P6BA 5P1EA 3HD8A 3LIQA 1M0BA 1RV7A 4YCYA 7UPJA 4PHVA 1TSQA 5HE7A 2BB9A 5P8PA 3T11A 1XL2A 5P3HA 4FM7A 1LYWB 3ZPSA 3PSUA 1WBKA 1PPLE 4QJ8A 5F00A 3PM4A 1MSNA 3QRMA 2JJIA 2AODA 5P8IA 2WJOA 5P1DA 4RGHA 3S53A 1DMPA 3D91A 3OQKA 1RNEA 3EM6A 2Q3KA 5P47A 3ZL7A 1BXQA 3K5CA 2AOJA 5P7SA 3OAGB 4LBTA 3SA8A 3UDYA 5P58A 4B72A 5P3UA 4KE1A 3BVAA 5P4ZA 4J1IA 5P7RA 3Q70A 4Y3XA 3NU4A 2QI1A 4DFGA 1RL8A 4Y45A 1FFIC 2P3DA 2IL2A 5P3GA 4JPEA 1A8GA 5SZ9A 5HDZA 5APRE 5P4QA 4ZSMA 3VEUA 4NKKA 5OZTA 5P0FA 1HIIA 1PSNA 3S8IA 1WBMA 4FGXA 5KQZA 5P2XA 5OZPA 1ODYA 4Y3EA 4J1HA 3VYFA 4Q5MA 4CPWA 3NDWA 3OTSA 5KAOA 4U7VA 3LIZA 1PPKE 3KF0A 2WEAA 4HDPA 3NWXA 3GI4A 1HPVA 5P25A 2WF3A 3QRSA 4AMTA 1W5YA 5P2KA 3ER5E 3UDQA 4DQCA 3ZKXA 3ZOVA 4LXMA 5P6SA 4B1DA 4OC6A 4DH6A 5P2SA 5P29A 5P1WA 3LNKA 2P3AA 5P2DA 3L38A 5P2BA 1U8GA 4DJPA 1C6XA 5P4PA 5P7BA 3QRVA 3ZKSA 2O4LA 1ZJ7A 2UPJA 5ISJA 4K4QA 2AQUA 4K8SA 4Q1WA 5P31A 1AM5A 1FKNA 3PMUA 2VA6A 4Y3TA 2Q55A 4QGIA 4PZWA 5P68A 2P3BA 3AIDA 4FSLA 5DR1A 3PSGA 3OHHA 5P5QA 3SABA 1K2BA 3SA4A 2QP8A 5P1RA 2FXEA 5P2AA 5P4FA 3ZKNA 3G72A 4TRYA 3TKWA 2G21A 5HCOA 5OZHA 5P4MA 2ZHUA 5OZ1A 5P7VA 3UPJA 4I8ZA 1UH8A 3LIVA 2JXRA 3UDJA 2BJUA 2IGYA 4CMSA 1MIQA 3LINA 4Y5NA 1G35A 5P00A 4GJ9A 1HIHA 3VG1A 1QRPE 2F81A 3RU1A 5DR8A 8HVPA 2MIPA 1XN2A 5P7UA 5P3CA 5P12A 5P2QA 1GVVA 4CPRA 1HRNA 3NU9A 3T6IA 3FNSA 5P8DA 5DR4A 5AHBA 3O9BA 3MSLA 5P3SA 1APTE 2I4DA 5P46A 5OYTA 4EJDA 2NMYA 5P59A 1BIMA 4OD9A 5P67A 5P4BA 4NPTA 5HVPA 3F9QA 3L5FA 3S2OA 5P26A 4F74A 5P52A 5P77A 1EEDP 1FMUA 3VCMA 5DR3A 2QZLA 2AVOA 5P2JA 4J0YA 4CPQA 5P08A 2A1EA 1DAZC 1EPOE 4DVFA 3SA9A 1BVEA 3GGAA 4EWOA 3APRE 1ZAPA 5P50A 5P01A 2CEJA 2P3BB 1K1TA 5P0AA 2PQZA 4FRKA 1Q9PA 3PRSA 2AOCA 2Q5KA 3EL9A 5P20A 1A9MA 3EMYA 5P3QA 5P6ZA 2ZYEA 3EKQA 4J0VA 3SM1A 4Q1XA 5OZRA 4I12A 5HDXA 5OZCA 4Y37A 5P4AA 4MC1A 5P3PA 2NTRA 1HPXA 4JECA 2ZJLA 2XYFA 1FQ4A 5P1BA 4J1FA 1CPIA 1YT9A 2PSUA 2VJ6A 4H1EA 2HPFA 5P84A 4HEGA 4RCDA 4WY6A 3S43A 4R95A 1ZTZA 5OZLA 2F3FA 1XE5A 5P5EA 3BUFA 1MESA 4BELA 5P5JA 2I4VA 4WY1A 3H5BA 3SA5A 2HB3A 2R5QA 5OZSA 5OZXA 3HZCA 3TLHA 1OHRA 1IZIA 5P1AA 5P0NA 5P7GA 5P1KA 1HHPA 3PBZA 2ZHRA 1K1UA 1MVPA 1G6LA 4OBJA 1UH7A 2VNNA 4OD9B 2QZXA 3VFAA 3O9DA 5P0WA 1N49A 2NNKA 5AH9A 1MRWA 1CZIE 5P1VA 2J9KA 2OHKA 4DPIA 5P82A 5P3BA 4RCFA 4YA8A 3CMSA 1YTJA 4YOAA 3MWSA 2PSGA 3ZKMA 4YDFA 2ZJKA 3NXEA 1YTHA 3QPJA 3TPJA 1IDBA 5P1HA 4QJ2A 1SBGA 1BWBA 4F76A 1YM4A 5P2IA 3KFSA 4R5NA 2OHRA 3EKTA 4Y41A 3K4VC 3OUDA 5P49A 3O9AA 5P5RA 3HAUA 5OZ2A 5P2TA 4K4PA 5P0IA 5P54A 5OZQA 4AUCA 5OZ6A 4Y3ZA 4R93A 3LHGA 3GI5A 5P87A 4YD7A 1FG8C 3PWWA 3O9EA 1VIKA 5OYXA 1ME6A 3T3CA 4GB2A 3EKXA 3KA2A 1LV1A 5P6EA 3S43B 5OZFA 3QROA 5P1YA 3URJA 1W6HA 2G22A 1A8KA 5P06A 3KN0A 2QD7A 2BQVA 5EZZA 1LF3A 5P8HA 3R1GB 5P7AA 4Y5EA 2ER0E 5P35A 3PEPA 3VYDA 3O9IA 5P79A 3I2LA 5OZ9A 2P4JA 4GJCA 3EKPA 5OYUA 3C9XA 3EC0A 4RRNA 2WL0A 5OZBA 5ER1E 3T7QA 2QI0A 1HPOA 1QBRA 3ZKQA 5P1LA 3GI6A 5P3IA 2I4UA 4KUPA 4CPTA 5IVSA 3SQFA 1EC1A 5P55A 1EBYA 2HIZA 5AHAA 2O4NA 3EL0A 4K4RA 4I11A 5DQCA 4J55A 2WF1A 4XXSA 1C6YA 3DOXA 3TOGA 4FS4A 3L58A 5OYWA 5P6YA 1TW7A 4Y3PA 4D8CA 5DR0A 3R2FA 3EL5A 3EKWA 2BPXA 5OYYA 1NPWA 4KB9A 5OZ0A 5OZUA 1D4IA 5P88A 3LPJA 4Y35A 2VS2A 2ZJIA 4BFBA 1B6KA 4L7HA 5P6HA 5P03A 5HU0A 1KZKA 3PSYA 3PCZA 5P13A 5KOSA 1AXAA 1LEEA 5P4KA 5P5WA 3QN8A 5P4JA 4ZPGA 4ZPFA 5P1ZA 6FIVA 5DR7A 5P0OA 4FAFA 2R38A 4FRJA 2VIYA 3N3IA 3UQRA 4Y54A 1YTIA 3WZ6A 1XDHA 2CEMA 4DJYA 4TVGA 5P1OA 5P22A 5P7IA 4IVTA 3SPKA 4M8XA 1SMEA 1GVUA 3INEA 1HBVA 1HTGA 2XFJA 2I0AA 1DPJA 1IIQA 3BUHA 2ANLA 3KFRA 5OZ8A 2R5PA 5P7QA 3PMYA 2FDPA 3EL4A 5P7NA 5P2GA 3SAAA 5P6DA 4YD3A 1TCWA 2G20A 3OGPA 4Q1NA 3UQUA 5P7LA 1EC3A 2H6TA 1APVE 5P7WA 3FIVA 3UDKA 4QLHA 5P7PA 4R8YA 2BPVA 2QMGA 4DJVA 4HLAA 5ISKA 3OXCA 1E5OE 3OWNA 4YBFA 3S54A 5DQ1A 1MT8A 4DJQA 2VIJA 5P44A 5P8VA 5P7JA 3CIBA 2P8HA 3O9LA 3UDHA 3NSHA 3IN4A 2B8LA 3Q3TA 1WKRA 5P6FA 9HVPA 4Y44A 4XX3A 5P63A 3BXSA 3PI0A 1QBUA 4DQEA 5P5YA 4PPHA 3PCWA 1APUE 1PFZA 3MSJA 5P2UA 5P10A 2G94A 5P6WA 2IKOA 5P1UA 1UH9A 1FLHA 5P1XA 3OQAA 3BVBA 1FFFC 4N00A 5P64A 1HVIA 3EBZA 1HEFE 3R4BA 2OHTA 4Y3JA 1K6PA 5P05A 3K5DA 1GVTA 2WF4A 4GIDA 2G1RA 1B6PA 5P8GA 2R8NA 4I8WA 3SFCA 5P0VA 4X2LA 4RLDA 5UPJA 4EJKA 3JVYA 4NJTA 1GVWA 3UTLA 5KR8A 3VFBA 4EHCA 1FEJC 1GNMA 2AZCA 5P6MA 4FL8A 4J1CA 5P3JA 2G1SA 3FV3A 2QI4A 2QHCA 3S7LA 2QNNA 1T7KA 3BC4A 2B7FA 5IE1A 4Y38A 3CKPA 4FSEA 4A6CA 3SACA 1Z1RA 3VUCA 2OF0A 2QI7A 3O9LB 4QJ9A 5AH6A 5P2VA 2Z4OA 1RPIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G27 A;  4JOO A;  3WZ8 A;  3QS1 A;  1QS8 A;  5AH7 A;  1NSO A;  5P8T A;  1OD1 A;  5P3L A;  1T6G A;  4E43 A;  4KE0 A;  2B8V A;  1ZLF A;  4ZSQ A;  1E80 E;  1GNN A;  1B6J A;  1ZPA A;  2IDW A;  3EKY A;  4H3G A;  3LZU A;  5OZN A;  2PWC A;  2RSP A;  1SGZ A;  1G2K A;  2VA7 A;  2WKZ A;  4AA8 A;  4Y5B A;  5P3Z A;  2PMA A;  5SXN A;  2FDD A;  4GZF A;  3CYW A;  2FNS A;  1LF4 A;  4XX4 A;  4Y3L A;  4YD5 A;  3OY4 A;  3PB5 A;  2AOG A;  5IVT A;  4H3J A;  4DQH A;  5P7Z A;  1SIP A;  3L3A A;  4ZSP A;  5P57 A;  4RRS A;  3SA6 A;  3IXO A;  4Y3S A;  5P7X A;  3QBF A;  4J54 A;  5P3W A;  1T3R A;  2Q64 A;  3HAW A;  4FM6 A;  3OGQ A;  1QDM A;  1KJ7 A;  3KM4 A;  4Y51 A;  2ZJM A;  3O9H A;  4Y43 A;  3RTH A;  4ACX A;  4ZPE A;  6APR E;  5P0G A;  3U6A A;  5P8C A;  5JG1 A;  3NU6 A;  1FGC C;  5P83 A;  3H0B A;  5SY2 A;  1FF0 C;  2RKG A;  5P42 A;  5P7K A;  3INH A;  4I0F A;  4YE3 A;  5I3Y A;  3OU1 A;  4Y48 A;  3JW2 A;  5HE4 A;  5P1N A;  4APE A;  4OBD A;  5P1C A;  2QMP A;  5P5H A;  4Y56 A;  1OEW A;  4MC6 A;  1W50 A;  2R3T A;  5P0X A;  3KMY A;  5P04 A;  5P1F A;  5P2H A;  2ZHS A;  1DW6 C;  3AUP A;  1EC0 A;  4OBZ B;  5P78 A;  3SO9 A;  5P6K A;  5I3X A;  4RYG A;  4Y58 A;  1BVG A;  3OHF A;  4Y5L A;  3TKG A;  4ZIP A;  5P4O A;  2R9B A;  3GGU A;  4J17 A;  3GW5 A;  4U8W A;  4AZY A;  1FQ7 A;  4RVJ A;  1CMS A;  5I3V A;  4Y4J A;  3U7S A;  2B7Z A;  2V16 C;  3GGX A;  2VIE A;  5BS4 A;  5P1I A;  5OZG A;  1D4L A;  1TZS A;  1HVH A;  5P6A A;  3NXN A;  4GYE A;  1FQ8 A;  4I10 A;  5P3Y A;  5SY3 A;  1HIV A;  4NPU A;  5CLM A;  5KR0 A;  3PLL A;  1SH9 A;  2QU3 A;  1XN3 A;  3QP0 A;  2BKT A;  3OXX A;  4RCE A;  2VKM A;  5P14 A;  4Y5K A;  1BDR A;  4Y57 A;  1M4H A;  5P4Y A;  4RYC A;  1YX9 A;  3UQX A;  1NPA A;  1Z1H A;  3OU1 B;  4Y3H A;  4Y9W A;  1LZQ A;  2Z54 A;  2H6S A;  3L5D A;  3UCB A;  3K5F A;  4D88 A;  3OOT A;  2I4W A;  1BWA A;  1MUI A;  5P7M A;  4NJS A;  1HVC A;  2PSV A;  1IBQ A;  2PYM A;  2G69 A;  4Y4E A;  5JFU A;  4Y39 A;  5P5F A;  3L5C A;  3OUC A;  1J71 A;  1EPM E;  2QZW A;  4LXA A;  4GJB A;  4NJV A;  5P33 A;  4A4Q A;  3KT5 A;  3OOZ A;  4EP3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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