4GYEA

Mdr 769 hiv-1 protease in complex with reduced p1f
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Ligand modifications to reduce the relative resistance of multi-drug resistant HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2012-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gyeA00
5P1LA 3UHLA 5IVSA 5P31A 2RMPA 2XYFA 3CMSA 5DR1A 3VF3A 5P10A 4ZPFA 4Y57A 4NKKA 4Y3MA 5P5FA 5JODA 4YD4A 1D4SA 5P7HA 4FRKA 4Q5MA 5P24A 2CENA 5P85A 4L1AB 5P6JA 1E5OE 1DIFA 3KDBA 4X7IA 5P1HA 5P45A 1E81E 3G70A 4F73A 5P34A 4DUSA 3LNKA 5P38A 3K5GA 2QHZA 1W50A 4ZSQA 3O99A 2B7FA 4FCOA 3Q4BA 3LZUA 2VNNA 1LYAB 3T11A 1XE5A 1E80E 2ZJIA 2I0DA 4Y5CA 3G6ZA 5P19A 2AODA 5P4FA 1MRWA 3GGAA 3DJKA 1T6EX 3D1XA 1FQ8A 4TRZA 3L59A 5P18A 3LIXA 4DQGA 4GJBA 5P7YA 5P4RA 3WZ7A 4LL3A 5ENKA 5OYVA 3UQUA 5COOA 2QZXA 3INFA 5P60A 5APRE 1B6PA 2OHQA 5AGZA 4I0ZA 1M0BA 1QBTA 4CPTA 2QI3A 1EPNE 1HWRA 3VUCA 4D83A 1SGUA 1PROA 4DJVA 3VCMA 3TLHA 1G2KA 1ODWA 3OQ7A 2V12C 5P3FA 1J71A 2HB2A 5KQFA 5P5UA 4QJ8A 2IDWA 2BPZA 4Y3AA 1F34A 4R91A 1FMXA 3QROA 3T6IA 4A6CA 2RKGA 3Q3TA 5KR1A 1ZPKA 2I4UA 3GI5A 1EPOE 3NU4A 4YE3A 3UFNA 3QBFA 4R8YA 4N00A 5P5GA 4YHQA 2HPFA 5P6UA 3TTPA 3MWSA 4QJ6A 5P7KA 1K6TA 3URLA 2ER9E 4QLHA 5P3MA 4AA8A 2WJOA 5KOSA 3IGBA 5P8OA 4LXMA 3VYDA 5P4IA 2NNKA 3I2LA 3VYEA 1FB7A 4DVFA 4Y3GA 3PGIA 4OBHA 5P6VA 5P2AA 1LF2A 4S1GA 3OK9A 3CIBA 3D20A 1AM5A 5JG1A 4GJ8A 4FS4A 2NXDA 4I8ZA 2QD8A 2BQVA 3NUJA 5P66A 3NDTA 3FSMA 4IVSA 2QU3A 3GI4A 3ER3E 1KJ7A 2AZBA 5OZHA 3K5DA 3PSUA 2XFKA 4H3IA 5P2JA 3WZ8A 4YDGA 3O9LA 5P2XA 2HPEA 2PSVA 5P4AA 1MT8A 5P30A 1HOSA 2R9BA 4R95A 5CONA 4YD6A 5P63A 5P1FA 5P3IA 3ZL7A 4YBFA 1XL2A 3PM4A 4WY1A 5P4TA 4HZTA 5P6WA 3SABA 2H6TA 3A2OA 3ER5E 4J0ZA 3ST5A 3Q5HA 5P62A 3IXKA 2OHNA 5DQ5A 1FGCC 2AZCA 3L58A 3T7QA 2F3FA 3L5CA 3F9QA 1GVVA 5P0XA 3TPPA 1K6VA 4M8YA 5P3RA 5JFPA 1WBMA 1META 2G22A 5E5JA 2FIVA 4Y4ZA 4J0YA 1B11A 5P09A 1HEFE 2V0ZC 4PEPA 5OZXA 4Y3EA 5P7RA 1W5VA 5P8VA 4TVGA 4FM7A 3IVHA 1HVCA 2V16C 5P1IA 4I1CA 5OYUA 3PMUA 1ER8E 5EZZA 1A8GA 3HZCA 3OXWA 4Q1YA 1KJ4A 4GJ7A 1TCWA 3K4VA 2G1SA 4Y4JA 2Q54A 2AZ9A 2P83A 4Y51A 4DJXA 5HDVA 5P6HA 4F75A 1D4JA 4XX3A 1PSAA 3LZYA 3BHEA 3NR6A 5P0AA 2AOHA 1HSIA 1B6LA 2P3BA 3NDXA 3PMYA 5P1GA 3UQRA 2AOJA 3WB4A 5DQ1A 4DQFA 4Y4DA 2O4SA 4CPWA 5OZ5A 2JYSA 2IGXA 4Y43A 5C9FA 2FXEA 1HVKA 4Y39A 5P2SA 2BPWA 1JLDA 3ZKXA 1C6ZA 4YCKA 1OHRA 4DQCA 1NPAA 5P5BA 4Z4XA 4NJUA 4U7QA 4YBIA 2ASIA 3UQPA 2P3DA 5OZBA 1E82E 3R4BA 5P39A 1RV7A 5P08A 5P5QA 4OBGA 5KQYA 4Y5LA 4PZWA 3SAAA 2FGUA 3TNEA 5P0SA 3U71A 4QJ9A 4OD9B 4GZFA 2QD6A 3CYWA 4GIDA 4OC6A 1BXOA 5P7TA 3L5EA 3UQXA 4Y58A 5TOLA 2QU2A 3KT5A 2HS1A 5P1JA 3VEUA 3EL5A 1LYBB 4TRYA 3NU5A 1LYWB 1MVPA 4FAFA 2P3CA 2QI0A 4LC7A 2BKSA 5P6PA 2QI6A 3PBDA 5P4WA 1K1UA 3IXJA 1D4YA 5P6CA 5P4KA 1NPVA 5DR7A 5OZGA 5P6BA 4CPQA 2AIDA 1GVWA 4Y3NA 4CMSA 4EPJA 5P5TA 3SACA 2WF4A 2PMAA 5KR2A 5COPA 1BWBA 5P5JA 4Y56A 5P3EA 5P05A 2BJUA 3OUDB 4HLAA 5P7DA 2Q55A 4LBTA 3PI0A 2ZE1A 2PH8A 4CPXA 1APUE 1AXAA 1DAZC 1LZQA 4YD7A 3BUHA 4J1CA 5P80A 5P06A 1OD1A 4QJ7A 3MXDA 3RVIA 3TH9A 3EM3A 1TSQA 5P3AA 1K6CA 3PSYA 3VSWA 5P1YA 1U8GA 5P54A 5P7AA 3QN8A 3OGQA 5P3TA 5OZOA 3MSLA 3BVBA 3GGUA 2JJJA 4K4PA 2PK5A 1TSUA 1A30A 3D1YA 1OEWA 1YTHA 2NXLA 3T3CA 5P42A 3OU3A 4HE9A 1RNEA 1TQFA 3OUBA 3RTNA 3EL4A 4YA8A 3OWNA 2IKUA 2V00A 2JE4A 1HHPA 2QI7A 2BB9A 4DQBA 1PPME 4L7HA 3VV6A 1EBZA 3FNSA 2IL2A 1HTEA 3U7SA 1W5WA 4Y53A 4I10A 5P8AA 5ER2E 3T7XA 5JFUA 5P0GA 2VNMA 1BAIA 3LIYA 3I25A 1HPSA 5HDXA 1GVUA 1CZIE 2J9JA 3R2FA 2Q3KA 5P3UA 1MPPA 1YTJA 3FIVA 2FNSA 3NUOA 5IVTA 5OZLA 1TW7A 5P5PA 4FGXA 4OBKA 1HXWA 4MC2A 1HIIA 3FKTA 5E5KA 2B8VA 2QI4A 5DPZA 5P0HA 4ER2E 3PLLA 5C9BA 2P3AA 5P2WA 5P1BA 4BFDA 5DQ4A 3SLZA 3HVGA 3OU1B 4QGIA 2IKOA 4I0IA 1HVRA 2IEOA 2UY0A 3UTLA 2PSGA 3KMYA 4J0TA 5OZRA 4Y36A 5P4MA 1TCXA 5P2LA 4I0FA 3BGCA 5P0MA 1XS7D 5P1XA 4M8XA 5P7CA 2G1RA 5P48A 5P6GA 5P36A 5P1RA 1DMPA 5ISJA 1D4HA 4Q1WA 3B7VA 1UH8A 1T7IA 1K2CA 5P1TA 5SZ9A 5P5KA 3O9FA 4JPEA 4Y5NA 5OZ2A 3ZKIA 3H5BA 2Q5KA 3LIZA 5OZTA 2G20A 4RYCA 3PEPA 3OAGA 3NLSA 1B5FA 1BDLA 1ENTE 3S43A 3WSJA 2BPVA 4K8SA 4RZ1A 1IZDA 1D4KA 2I4QA 1HIVA 5P3HA 3R0YA 4D85A 4DJWA 1QBRA 4OBFA 5P87A 4B0QA 4B1DA 1FFFC 5P3LA 3NWXA 2FGVA 5OYSA 3OADB 4EJLA 5OZQA 5P27A 2HC0A 5P8CA 3O9AA 5P81A 5P7JA 4I0EA 5P57A 3UDQA 1XE6A 3EKYA 1FIVA 3RU1A 2XYEA 4J1FA 3HLOA 2AZ8A 3GGVA 2AVQA 3SKFA 4Y5PA 5P7SA 2F3KA 2PYNA 1FQXA 4XXSA 1Z1RA 3EM4A 5P40A 1HSHA 4RLDA 4Y44A 5P3WA 3SM2A 4JP9A 1W5XA 5OYWA 5P65A 2OAHA 5DR3A 3OUCA 3SPKA 1YM4A 4NJVA 4WY6A 4KE1A 5P2FA 4GJAA 1SP5A 4FSEA 1IVPA 5P4EA 3QS1A 3UPJA 4Y3WA 3UDNA 4GJ6A 5P3YA 4Y5AA 5P6YA 1C70A 5P7VA 4FE6A 4LXKA 1RPIA 3EL9A 5P5EA 5OZ8A 5P2NA 4AUCA 4DJRA 2IRZA 2IQGA 2UPJA 2ZDZA 2HAHA 5P1ZA 4UPJA 5P6SA 5P1WA 3KFPA 5P22A 2SAMA 3AIDA 3O9LB 4RRSA 5HCTA 3ZLQA 3QBHA 3LHGA 4Y3FA 3QVIA 5P23A 3S56A 4DI2A 3LIQA 2P4JA 3UFLA 3KDCA 2AOGA 2QHYA 3S8IA 5P1VA 3BC4A 3SFCA 4EJDA 3OQKA 2R38A 4Y3LA 5EZXA 3ZKSA 1VIJA 3EMYA 5P5HA 3BXSA 5PEPA 1SDUA 5P8HA 3BUFA 5OZ0A 2QMDA 2WEDA 5BWYA 5OZ6A 1MIQA 1AIDA 2ZGAA 1EC2A 1EBKC 5P86A 1IDBA 1T6GA 2I4VA 3INHA 5P03A 5P4ZA 5P4YA 2PQZA 3SA7A 1K6PA 1M43A 4OBZB 4Y3QA 5P4OA 4DPFA 5P44A 5P7QA 2QP8A 1WBKA 5B18A 3VG1A 5OYQA 2OHPA 3C9XA 3HAUA 5P5SA 1YTGA 5P1DA 4EWOA 4MC1A 4I12A 4J0PA 5P1NA 3SA9A 2P8HA 4FSLA 1EC1A 1LYAA 5SXNA 3SA8A 1QBSA 4RROA 5HD0A 5OZ1A 4Y4WA 3INDA 2ZHSA 2EWYA 5DQCA 2AVSA 4B05A 2PYMA 4Y5MA 1HRNA 4Y3SA 5P0QA 2BPXA 4ZPEA 2P3BB 5OZIA 5HU1A 4BFBA 2VKMA 4R93A 5OZSA 4BEKA 5P07A 3NXEA 1BDRA 1BBSA 3OUAA 4KB9A 4J1KA 5P2DA 4K4RA 2ZJJA 4FM8A 5P0BA 2AOEA 4GB2A 3NWQA 4DJPA 1W6HA 1FEJC 5P2VA 4DPIA 5P52A 3TOGA 1IVQA 4Y45A 4DH6A 2ZHVA 5P4QA 5P72A 1EPQE 2PWCA 5P00A 1FLHA 3HBOA 1ODYA 5ENMA 4FRSA 3EBZA 3O9CA 5SY2A 6FIVA 2OHUA 5P7PA 4FM6A 1RL8A 5P4XA 3IA9A 4Y4BA 3GW5A 4DV9A 3UDYA 3JVYA 5OZAA 5HE7A 1SH9A 7HVPA 3O9EA 3S45A 2R5PA 3APRE 1NSOA 3L5BA 1A94A 1SMEA 1ODXA 3JW2A 2WF2A 2O40A 1IZEA 4OBJA 4NPUA 1FG8C 2IENA 3ZPTA 5P7GA 1BILA 5P02A 5P5YA 1MT7A 1MTBA 5P1OA 5I3YA 4Y3XA 3OXXA 4Y4AA 2F80A 4A4QA 5P2UA 5OZWA 5P6AA 4H3GA 2B60A 5P0UA 4YD3A 5P83A 5P0EA 3ZKQA 5P69A 3SM1A 3OHHA 3QPJA 3QVCA 3OQFA 3PWRA 5OYTA 2PWRA 3T7PA 4B1EA 1HSGA 3DUYA 1W6IA 5P0OA 5P3CA 5C9DA 1SIPA 5P6OA 4ZPGA 2F81A 2AVOA 5OZEA 5P2EA 5P77A 2QI5A 3VFBA 3PBZA 3URIA 5P1MA 2BPYA 5BS4A 2G69A 2CEMA 2PH6A 4J54A 2OHLA 4EHCA 5P79A 4Y4EA 5P78A 5CLMA 5P35A 4PZXA 4DQEA 1XDHA 4APEA 5P1SA 1TZSA 1G0VA 2VIEA 3Q70A 3OGPA 3K5FA 1FQ4A 5P6TA 5IS4A 1PSOE 5P6KA 2ZHTA 4EQ0A 3DM6A 4J5JA 5P3VA 2H6SA 2R3TA 3SA4A 1MSNA 1ZJ7A 5P68A 1FKNA 2ZJMA 3PRSA 4DJYA 4ZE6A 6APRE 3DCKA 3OOTA 5P4JA 3D91A 1G6LA 1C6YA 4B77A 5P3KA 3LZSA 4XKXA 1HBVA 5P6DA 4NPTA 4B78A 3LITA 5KAOA 5P51A 1HTFA 5P8TA 5P8RA 3TKGA 3RSXA 1ME6A 3L38A 4RVXA 4ZIPA 5P46A 2J9JB 4LXAA 1UH7A 2NNPA 3NU6A 2OHRA 5P58A 3DCRA 2R43A 3OXCA 5P2BA 1HTGA 4PYVA 2ZJLA 5OYYA 3ZKNA 1EC0A 4FRJA 3PLDA 1T3RA 1K1TA 5P2TA 3LPIA 5AHAA 2NTRA 5IVQA 4ZSMA 1ZTZA 4H3FA 3OU4B 2WEZA 4ZEAA 2HB3A 2G1OA 3PB5A 5P8PA 3EKXA 5HDUA 1QRPE 5P0LA 3CKRA 4I0HA 3IVIA 5HCOA 1IBQA 3N4LA 1XL5A 1GNMA 3TL9A 3BVAA 3U6AA 3QAAA 4Y6MA 2Z54A 4I0DA 5P8KA 1SMRA 4EP3A 2FMBA 4K9HA 5P12A 2VIYA 3O9GA 2HM1A 1BV9A 4YD5A 4HEGA 5I3VA 2XFIA 4OD9A 4HVPA 1ZBGA 3UCBA 3CYXA 4A6BA 1B6KA 2WECA 6UPJA 5P59A 4Y3JA 5P75A 1FMBA 4HDPA 3KFSA 1MSMA 1B5FB 5P2CA 1KJGA 4Y3TA 4D8CA 3S85A 3GI0A 5P6QA 5P53A 4PHVA 3SKGA 3S7LA 3FNUA 4J1IA 5OZZA 5P3SA 3ZMGA 1B6JA 5P16A 5OZCA 3K4VC 3PJ6A 2NR6A 2HS2A 3HVPA 5P7IA 5AH8A 5P84A 2G21A 4LAPA 2Q11A 2AVMA 5P50A 3BUGA 3LZVA 3FNTA 4JOOA 3HDKA 2AQUA 3MSKA 4RYGA 2FDDA 2A1EA 5P4HA 2QMPA 5P8JA 3KMXA 3NDUA 3OQDA 5P5CA 3OUDA 3MXEA 4RCEA 1DW6C 3R1GB 1LF4A 5DR8A 3VLBA 4IVTA 3PCWA 5P47A 5P6EA 2VJ6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1L A;  3UHL A;  5IVS A;  5P31 A;  2RMP A;  2XYF A;  3CMS A;  5DR1 A;  3VF3 A;  5P10 A;  4ZPF A;  4Y57 A;  4NKK A;  4Y3M A;  5P5F A;  5JOD A;  4YD4 A;  1D4S A;  5P7H A;  4FRK A;  4Q5M A;  5P24 A;  2CEN A;  5P85 A;  4L1A B;  5P6J A;  1E5O E;  1DIF A;  3KDB A;  4X7I A;  5P1H A;  5P45 A;  1E81 E;  3G70 A;  4F73 A;  5P34 A;  4DUS A;  3LNK A;  5P38 A;  3K5G A;  2QHZ A;  1W50 A;  4ZSQ A;  3O99 A;  2B7F A;  4FCO A;  3Q4B A;  3LZU A;  2VNN A;  1LYA B;  3T11 A;  1XE5 A;  1E80 E;  2ZJI A;  2I0D A;  4Y5C A;  3G6Z A;  5P19 A;  2AOD A;  5P4F A;  1MRW A;  3GGA A;  3DJK A;  1T6E X;  3D1X A;  1FQ8 A;  4TRZ A;  3L59 A;  5P18 A;  3LIX A;  4DQG A;  4GJB A;  5P7Y A;  5P4R A;  3WZ7 A;  4LL3 A;  5ENK A;  5OYV A;  3UQU A;  5COO A;  2QZX A;  3INF A;  5P60 A;  5APR E;  1B6P A;  2OHQ A;  5AGZ A;  4I0Z A;  1M0B A;  1QBT A;  4CPT A;  2QI3 A;  1EPN E;  1HWR A;  3VUC A;  4D83 A;  1SGU A;  1PRO A;  4DJV A;  3VCM A;  3TLH A;  1G2K A;  1ODW A;  3OQ7 A;  2V12 C;  5P3F A;  1J71 A;  2HB2 A;  5KQF A;  5P5U A;  4QJ8 A;  2IDW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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