4GZFA

Multi-drug resistant hiv-1 protease 769 variant with reduced lrf peptide
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Ligand modifications to reduce the relative resistance of multi-drug resistant HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2012-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gzfA00
3NU3A 1NPAA 3UTLA 1RV7A 4XKXA 5P6FA 3QPJA 5APRE 1KJ7A 5P28A 4OBFA 5P5BA 4RROA 5KQFA 2NMZA 4Y36A 3KDDA 1FGCC 4FAEA 2QI3A 2G1SA 2SAMA 3QVIA 2PK6A 1IZDA 4H3IA 3S8IA 3HD8A 1DAZC 1G2KA 5OYZA 3PMUA 5OZFA 4BELA 4QJ7A 3K1WA 5P1CA 5P3CA 3NR6A 5P5AA 2IGYA 2IGXA 5OZ2A 4EJDA 5P6OA 4ACXA 5KQZA 1QRPE 3LIXA 4Y3HA 3Q5HA 4L7HA 1EPOE 2VA6A 5P7MA 2H6SA 4L1AB 3NSHA 4M8XA 1AVFA 5P2RA 2R5QA 1VIKA 2Q5KA 3DCKA 5P4WA 2J9KA 3DUYA 1ZP8A 3UDYA 2WF0A 4J1EA 4B00A 2IDWA 4KE1A 3TNEA 4DJPA 4I0FA 2ER0E 3EM3A 4L1AA 1MSMA 4D88A 3INHA 1WBMA 5P5YA 1D4KA 4LC7A 1QDMA 1SMRA 2V00A 3OXCA 4DFGA 3EMYA 2ZJNA 3L3AA 1EC3A 2IEOA 2AVQA 3EKTA 3VV7A 3VF3A 5P22A 5P6QA 5P60A 4LXMA 5OYSA 4DPFA 3HAWA 2JYSA 4AUCA 2R8NA 2VNNA 4J1KA 3KF0A 4GJ9A 3PB5A 5P5JA 5P4UA 5OYVA 5AGZA 4LP9A 5P75A 2Q55A 5P38A 5P08A 2PYNA 5HU0A 5AHBA 2G26A 4J54A 5P6VA 1M0BA 3FNSA 5P2GA 2BPWA 4R93A 5P8JA 5P66A 4CP7A 4J0VA 5P6KA 5P8SA 2ZDZA 1PPKE 3SO9A 5OZ0A 3CYWA 4E43A 4Y43A 1APUE 4TRZA 4FM7A 5DR4A 2NNPA 1YM4A 3EKPA 4NJVA 1DP5A 3S56A 1HOSA 4FS4A 3PBDA 4LBTA 4DPIA 3JVYA 5P0WA 3QRMA 5P2WA 4Q1WA 1FMXA 3OXXA 5KR0A 3TPPA 3AIDA 1VIJA 3ZKXA 1HVJA 3LIZA 4DH6A 5P4EA 1LYWB 2VJ6A 5C9BA 4YHQA 4H3JA 1HSHA 1UH8A 5P7AA 1ODYA 1ENTE 3CICA 4I8ZA 4EJLA 1A8GA 3R2FA 4ZEAA 4I0IA 4Y3TA 2I1AA 3TKGA 5P0AA 1LYBB 5P3RA 1HEFE 3OUAA 4BFBA 1GVTA 4K9HA 1Z8CA 5P4JA 1LYWA 4J1IA 2V11C 1HVIA 5P1SA 3NDTA 3PGIA 4YA8A 5P7QA 4I12A 3OHFA 3ZPSA 3BGCA 4I0DA 4J0TA 2A4FA 1LYBA 4Y37A 4Y5AA 4ZSRA 5AH6A 1KJHA 5OZLA 4OD9B 5P1WA 4HDPA 1SIPA 3EKVA 5P05A 3TH9A 5P5ZA 4Y3QA 3D1XA 5P7WA 3RTHA 4A6BA 4EQ0A 4DUSA 4YOAA 3O99A 1SMEA 5P2XA 4OD9A 5P0OA 5P8BA 4NKKA 1ZPAA 5P8HA 5DQ1A 4Y4BA 3SPKA 5P6PA 2WKZA 1IZEA 5P0YA 4YBFA 5P55A 1W6IA 1RPIA 1META 4AA9A 2AZBA 1XN2A 1K1TA 5P53A 3L5FA 4XX4A 5P42A 4B1DA 2QU2A 3D3TA 2F81A 5EZXA 3PI5A 3O9HA 2FGVA 1GVWA 2HPFA 5P6EA 2HPEA 5P4CA 5P7IA 2F8GA 2VA5A 1HIHA 5HCOA 5P7RA 3LZUA 4WTUA 4NPTA 1D4IA 3QAAA 1Z1HA 5P0TA 5P4BA 2O4LA 1HPOA 5KR2A 1QBSA 5IS4A 2FNSA 1HVKA 2F3EA 5P5RA 1AJVA 4X2LA 3VV8A 1K6TA 6APRE 3VF5A 3MSKA 5P6TA 2VIYA 3H0BA 2ASIA 1PFZA 5KR1A 4XXSA 5P4FA 3DM6A 5P1UA 3T6IA 5HTZA 1GVUA 3O9AA 4YD6A 3DV5A 5P74A 5IVRA 5P3TA 3URIA 5P47A 4JECA 1EBWA 1HTGA 3INEA 2ER6E 1EPRE 4R91A 5OZ5A 5KOSA 4RGHA 1RNEA 4J0ZA 1NPVA 3RVIA 3VYFA 5P50A 4L6BA 3TOFA 4Y4EA 3S7MA 3L5CA 2ZJHA 4Y5BA 4YCTA 4MC6A 1EPPE 3WB5A 3GI5A 3S43B 4NJSA 1OD1A 5I3VA 2QNNA 3WB4A 2VNMA 2Q15A 3IAWA 5P0GA 2AVOA 2PH8A 4Y44A 1W51A 2AOFA 4CPSA 5P5XA 3EL0A 2OF0A 3PI0A 4Y58A 5P1FA 4B1CA 4ZSPA 2I4WA 5IE1A 4JPCA 3S43A 4Y41A 3BXSA 5P6XA 3ZMGA 2B42A 5P23A 5P3ZA 5P1VA 3ZKQA 3APRE 3OU1B 2NPHA 3Q6YA 1HPXA 5P16A 3HBOA 4H1EA 2G27A 3ZPUA 5P78A 1K6VA 5P6NA 3D20A 3QIHA 5P5KA 4FCOA 2Z54A 3AUPA 2V0ZC 4OBGA 1NSOA 2VJ9A 1B6MA 5HE4A 3OU1A 3BXRA 1FF0C 3OHHA 2B60A 2V10C 4Y4XA 5P7BA 3NDUA 5P29A 1YTJA 3SA4A 2QMFA 4BFDA 4CPWA 5P7ZA 5P20A 5C9FA 4LXKA 3NU5A 1HIVA 3T11A 4YCKA 5P24A 1BDQA 2ER9E 3D1YA 5P06A 4ZPGA 2QHZA 5P6YA 3CYXA 5P6GA 4K4PA 1PROA 4R95A 2BPZA 1SGZA 1W5XA 2ZJMA 4I10A 5P5FA 3SLZA 5OZVA 3FIVA 2MIPA 5OZ3A 5P0BA 3S7LA 5P5SA 2FNTA 5OZPA 1KZKA 3IN3A 3MSJA 4HVPA 2ZHRA 3RTMA 4PEPA 4Y4TA 5P56A 4Y3WA 5DQ4A 5P4VA 5P1IA 5P1TA 2O4SA 2F3FA 3I8WA 5P6CA 2WHHA 1Q9PA 1JLDA 2XYEA 4FLGA 2HIZA 1SP5A 5SY2A 5P34A 5P8RA 5KQYA 3OXWA 4YD7A 2CEMA 2I4XA 3QBHA 3OTSA 5P26A 2QI6A 2ZJJA 4F73A 4Y3MA 1BWBA 2QMDA 1FFIC 3I25A 3UF3A 2O4PA 5P6UA 4RRNA 1LF2A 4GJ8A 4Y3SA 2FDDA 1EPNE 1HSGA 3PLDA 3MSLA 2FS4A 4I8WA 4Y47A 5P3UA 1FB7A 4J0PA 5OYTA 3G6ZA 4OC6A 2G24A 5OZSA 2G20A 2ZJIA 3O9CA 4FM6A 3IA9A 5P7OA 5JFPA 1YG9A 5P0UA 3BUGA 1PPME 3LPKA 1B6PA 4DQBA 4DJYA 3UPJA 5P5EA 5P6IA 4S1GA 3QRSA 3NUJA 5P5CA 3K4VC 4FE6A 3IGBA 1ZBGA 4Y3JA 4L7GA 3TPLA 2I0AA 5JODA 5HDUA 4B78A 3O9FA 1EAGA 3Q70A 5P3EA 7HVPA 5P52A 1K2BA 4Q1XA 1WBKA 3LHGA 3OXVA 5P6DA 3ZKSA 4QJ6A 4WY6A 4A6CA 5P85A 2JE4A 5P31A 5ENKA 1OHRA 5HCTA 5OZRA 4Y5NA 4H3GA 3K5CA 2BQVA 4FGXA 1T7IA 2QAKA 3QS1A 4F76A 4B77A 2QP8A 2OHRA 4I0HA 4RVJA 2I4UA 2B8LA 2PSUA 5P48A 4RZ1A 3URLA 1W6HA 3EL1A 1K2CA 2R3WA 5P51A 2OHPA 3WZ6A 3KT5A 5P7TA 5P17A 5OZNA 4Z2ZA 4NJTA 5P13A 4EXHA 2WECA 5P0PA 4Y3AA 5OYWA 3D1ZA 1HVSA 3F9QA 1YTHA 5P0CA 1MPPA 1DMPA 1G0VA 3BUFA 3NXEA 5OZWA 1XL2A 4AA8A 2JJIA 2H6TA 3PWMA 3UFLA 5P5WA 2G94A 3FNTA 4ZSMA 1SDVA 5P0RA 3IVIA 5SXNA 2RKFA 5COKA 3PHVA 5P84A 2FIVA 1UH9A 3OADB 2G1OA 3N4LA 3BRAA 3OWNA 4Z4XA 3PWWA 2AVVA 5P4QA 4Y5KA 5IVQA 2P8HA 4Y9WA 2QNPA 4EHCA 2VIZA 5P5LA 3N3IA 2R9BA 4I11A 5BS4A 3VYDA 3OQKA 5P0JA 3TOGA 4EP3A 2G21A 4QJAA 1FIVA 3OADA 4DJXA 4KE0A 4TVGA 2PH6A 5P33A 2NXMA 5P4YA 5P7NA 3OUBA 5P6SA 1FQ8A 3B7VA 4ZPEA 5P6MA 1HIIA 2UPJA 1HVRA 5P6AA 2P3BB 2FLEA 3NXNA 3VG1A 1BV9A 4K4QA 5OZ6A 5OZTA 2QK5A 5P2VA 5P3XA 2QI7A 4Y3DA 3T7XA 4YDFA 2P3BA 1ME6A 5P35A 2FMBA 3EM4A 1E5OE 3U7SA 2V16C 2I0DA 5P0EA 4EXGA 3EL9A 5OZZA 5BRYA 3CKPA 5P65A 3PSGA 5P1NA 1DPJA 1G6LA 4DV9A 3A2OA 5P70A 3CKRA 1MT9A 5DR1A 5P8CA 2QI1A 3QRVA 5CONA 5ER1E 2QZXA 5P7CA 5HDVA 2QZLA 5OZ4A 2FXDA 2IENA 3BVAA 3FKTA 3CIDA 4I0GA 2WF2A 2WF4A 3VF7A 5P5HA 5P2OA 2FXEA 4HA5A 2BKSA 5P1XA 4NPUA 4ER1E 3UDRA 1HTFA 2APRA 1MT8A 1QBUA 3ZLQA 5P8QA 5P8EA 4K4RA 4LXAA 5P57A 3K5GA 5P0KA 2G1RA 4LHHA 5AHCA 3KA2A 1XN3A 3FNUA 4J1CA 1C6ZA 4Y35A 5P37A 5P59A 3DK1A 6FIVA 2PC0A 4RVXA 4Y3ZA 5OZKA 5ENMA 5P3BA 1XS7D 2BPYA 5P1JA 2RKGA 1EC0A 3EM6A 5J25A 4ER4E 3PVKA 3UQPA 5BWYA 1EPQE 1AXAA 4LAPA 4J0YA 3RSXA 3S85A 2NNKA 5DR3A 3Q3TA 2AOGA 3HW1A 3PWRA 4OBKA 3SAAA 3QVCA 3PBZA 2BPVA 2WF3A 3VLBA 4CPUA 5P11A 3TPJA 1AAQA 1IDBA 3EL4A 1U8GA 5ER2E 4B70A 1YM2A 5P58A 1LV1A 5P89A 1MERA 3OQFA 5P5VA 1HVCA 3APPA 3SA6A 5P18A 3OU4B 5P4MA 3VSXA 5P72A 3SQFA 8HVPA 2OAHA 3BGBA 2AIDA 4DVFA 5P4XA 3FSMA 5CLMA 3PM4A 2B8VA 3KFRA 4I0JA 5P1YA 5P3NA 5P2ZA 3DV1A 3VSWA 3IXJA 2R3TA 3RSVA 1ODXA 3T7PA 2OHMA 5P1PA 5OZAA 5P7GA 3L5DA 3R4BA 3OU4A 4BEKA 5P87A 5B18A 5KQXA 4GIDA 5AH8A 4K8SA 5P3IA 1GVVA 5I3XA 2QU3A 2QHYA 5E5KA 1B5FB 2O4NA 1HEGE 3C9XA 1IVPA 5P1OA 5OYUA 5P1ZA 5IVSA 5ISKA 5OYXA 4RLDA 4I0ZA 2ZHTA 4B72A 4Q5MA 1QBRA 3KDBA 5P00A 3BUHA 1MRWA 3SKFA 1E80E 5OYQA 1PSNA 5P80A 2AOJA 5P88A 1HTRB 3NWXA 2IS0A 4Y4DA 5COPA 1BWAA 3JW2A 1B5FA 2Z4OA 2CENA 4KUPA 5P0FA 3ZKMA 5P6ZA 1W5VA 5P6RA 5P0LA 4YD3A 2AVMA 5P2LA 2AODA 4FRIA 4Y5LA 4Y5GA 5KR8A 1DW6C 3L5BA 1CZIE 5P63A 2I4DA 1MRXA 2PSGA 5P64A 3SA5A 5OZIA 2PQZA 5COOA 5FIVA 4FIVA 2PMAA 5P8AA 5P86A 2XYFA 4NJUA 4HZTA 4GZFA 2XFIA 3SM2A 1HTEA 5P01A 2Q11A 4D85A 5P1GA 3ST5A 3IVHA 5P7SA 1IBQA 5P8FA 3WZ7A 5P5PA 3DCRA 5P0SA 1UH7A 2G22A 4PPHA 3OUDB 1BV7A 3KMXA 5P7JA 4Y4ZA 2JXRA 2IKOA 5DR8A 1FMUA 5HE7A 3SACA 1YT9A 5P02A 1ZAPA 4F75A 1YX9A 4YBIA 4JP9A 4CPRA 1HBVA 5P2FA 5DGWA 5P6LA 1F34A 4U7VA 4U7QA 3OUDA 5P2YA 1TSQA 4XX3A 2HB4A 5OZCA 3LIQA 1W5WA 3UDPA 1M43A 1QBTA 2J9JB 2NXDA 5HE5A 3FX5A 3QBFA 4ZPFA 7UPJA 3EBZA 3ER5E 2HB3A 2BJUA 5P62A 4APEA 1IIQA 1PSOE 2OHLA 2VA7A 1ZLFA 1Z1RA 3VCMA 3ZPTA 4EJKA 1G35A 1XE5A 4EWOA 1LF4A 5P7PA 2PSVA 1D4LA 4J55A 4EJ8A 5P3YA 2A1EA 4HEGA 1FEJC 3PLLA 3QP0A 5DQ5A 5P2AA 3O9EA 3BVBA 4UPJA 5P4IA 3U71A 5P12A 2FDEA 5OZOA 2AZ8A 1IDAA 5JFUA 2HB2A 5P4PA 4GJDA 4H3FA 5P2TA 3PJ6A 3LINA 3VUCA 5JG1A 3G70A 5P82A 4N00A 5HDZA 4CPTA 3PCZA 3G72A 3S54A 5P3AA 3OQAA 1HPSA 4ZLSA 5P54A 1UPJA 3HDKA 3TPRA 4KB9A 1EBKC 5P1DA 1KJFA 2PK5A 1MESA 4DQFA 1XL5A 3VLAA 1IZHA 3INDA 4FAFA 5P0ZA 4CKUA 3ZKNA 2NXLA 3EKWA 1BILA 1AZ5A 1TW7A 5P0QA 2QD7A 3KYRA 5P40A 3HAUA 3D91A 2R43A 4FM8A 3KFSA 5P5UA 4PZWA 4EP2A 2PYMA 5AH9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NU3 A;  1NPA A;  3UTL A;  1RV7 A;  4XKX A;  5P6F A;  3QPJ A;  5APR E;  1KJ7 A;  5P28 A;  4OBF A;  5P5B A;  4RRO A;  5KQF A;  2NMZ A;  4Y36 A;  3KDD A;  1FGC C;  4FAE A;  2QI3 A;  2G1S A;  2SAM A;  3QVI A;  2PK6 A;  1IZD A;  4H3I A;  3S8I A;  3HD8 A;  1DAZ C;  1G2K A;  5OYZ A;  3PMU A;  5OZF A;  4BEL A;  4QJ7 A;  3K1W A;  5P1C A;  5P3C A;  3NR6 A;  5P5A A;  2IGY A;  2IGX A;  5OZ2 A;  4EJD A;  5P6O A;  4ACX A;  5KQZ A;  1QRP E;  3LIX A;  4Y3H A;  3Q5H A;  4L7H A;  1EPO E;  2VA6 A;  5P7M A;  2H6S A;  4L1A B;  3NSH A;  4M8X A;  1AVF A;  5P2R A;  2R5Q A;  1VIK A;  2Q5K A;  3DCK A;  5P4W A;  2J9K A;  3DUY A;  1ZP8 A;  3UDY A;  2WF0 A;  4J1E A;  4B00 A;  2IDW A;  4KE1 A;  3TNE A;  4DJP A;  4I0F A;  2ER0 E;  3EM3 A;  4L1A A;  1MSM A;  4D88 A;  3INH A;  1WBM A;  5P5Y A;  1D4K A;  4LC7 A;  1QDM A;  1SMR A;  2V00 A;  3OXC A;  4DFG A;  3EMY A;  2ZJN A;  3L3A A;  1EC3 A;  2IEO A;  2AVQ A;  3EKT A;  3VV7 A;  3VF3 A;  5P22 A;  5P6Q A;  5P60 A;  4LXM A;  5OYS A;  4DPF A;  3HAW A;  2JYS A;  4AUC A;  2R8N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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