4H3IA

Structure of bace bound to 3-(5-((7ar)-2-imino-6-(3-methoxypyridin-2-yl)-3-methyl-4-oxooctahydro-1h-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-7a-yl)thiophen-3-yl)benzonitrile
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Design and Validation of Bicyclic Iminopyrimidinones As Beta Amyloid Cleaving Enzyme-1 (BACE1) Inhibitors: Conformational Constraint to Favor a Bioactive Conformation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 104
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4h3iA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4h3iA02
5P3JA 1MT7A 5P0AA 3ZLQA 4F75A 3KN0A 1EC1A 1B5FA 2WF0A 5P03A 2AOGA 3HAWA 3PSUA 5P6MA 4Y4DA 5P5UA 5APRE 3BGCA 5P87A 1HSIA 1PPKE 5P00A 3DOXA 4Y4AA 5P49A 4HA5A 1NSOA 3FNUA 1AJVA 3R1GB 5P6IA 1G2KA 3NUJA 4KUPA 4RRNA 2QHZA 4B1DA 4Y3GA 4Y5GA 1IZDA 4J1FA 1KJGA 5OZAA 5P0WA 1EC0A 5OZ1A 3PCWA 1APWE 1HPSA 4ZLSA 5CLMA 5P7TA 3QN8A 1YX9A 5P5EA 5P5LA 4Y45A 2VJ6A 5HE5A 2R9BA 2B7FA 3EKVA 4I0IA 2WF2A 2I1AA 3FIVA 3K5GA 1BXQA 1XL5A 3MSJA 3K5CA 3R2FA 3G70A 2FNSA 4Y3FA 5KQFA 1TQFA 2AVSA 1DPJA 3S43B 1ZAPA 3O9LB 4DJOA 4D83A 2AVOA 5P8NA 5P0VA 2NNPA 2NR6A 3IXJA 5BRYA 5KR8A 4Y3EA 5OZCA 2A1EA 3D20A 5HDUA 4GJDA 5DQ2A 4Y3TA 4ER4E 5P3MA 3PWRA 1KJFA 3BXSA 5P0GA 2JE4A 4L6BA 3LIXA 2PK6A 1WBMA 4BEKA 3OK9A 3KT2A 5OZOA 5HE4A 5KAOA 4LXAA 4DQEA 5P7GA 4YBIA 2I4VA 3R0YA 3OUBA 5I3VA 5P6WA 3VCMA 1K6PA 5P65A 4NPTA 1MESA 4D8CA 5P0RA 3NU5A 5P17A 5P29A 3PEPA 1XDHA 4NJSA 4QLHA 2JXRA 2WF4A 3DM6A 5P8SA 2B60A 6UPJA 3CIBA 4GZFA 1HTFA 5P1PA 4RZ1A 5TOLA 2AOIA 3QI1A 1SGZA 5C9FA 5P3XA 5P3IA 5P77A 3PWMA 3T7PA 1GVTA 4Y5PA 5P7ZA 4H3GA 1UPJA 4TRZA 5OZDA 5P5PA 1EPNE 5P51A 2PK5A 5J25A 5AH7A 2QD6A 1FG8C 1LF2A 5HU0A 2XFKA 4J1EA 3KT5A 5OZEA 1OHRA 5COOA 3VLAA 3TH9A 3IVIA 4HDBA 2FGVA 5P6LA 1SBGA 3QAAA 3O9EA 1MRXA 3OUDA 5P1UA 4EQ0A 5OZZA 3ST5A 3UQPA 1ZTZA 4YBFA 2G1OA 3BRAA 1YM4A 5P2CA 2PYNA 3VV8A 1HPXA 3OU4B 4GJ6A 4IVTA 5P89A 3LIYA 5HDXA 3OU1A 4Y3QA 5OZUA 4EXHA 4GJAA 5P1RA 5P31A 4Y3XA 3NDUA 4I8WA 5P75A 2OHSA 5KR0A 5P3CA 3KMXA 3OU3A 4ZSMA 1K2CA 3OQAA 3SAAA 5DR0A 1B5FB 3QVCA 2IRZA 1NPWA 5P47A 1WKRA 1QRPE 2R5PA 4Y4EA 5P71A 3ER3E 4U7QA 3I6OA 4NKKA 3EKPA 4YOBA 5P8OA 1W51A 3L38A 3K1WA 4OBKA 5P6RA 5P6YA 3EL1A 4XKXA 4B0QA 5OZ0A 3O9BA 2AODA 5P2UA 2PSUA 4J0VA 4Y4XA 4Y58A 5P32A 2AOJA 1LF4A 5P6PA 3OHHA 2QU2A 4Y5NA 2ZJLA 3LIZA 3IA9A 3UDMA 5P4WA 5OZ4A 4QJ2A 4Y48A 1KJ4A 1EBKC 5OYWA 1IVQA 4FCOA 4EJLA 4PZXA 3EKXA 1CZIE 5ENKA 5P39A 2G22A 3LHGA 1TSQA 2VNMA 2F3EA 2QNNA 5P4TA 2FMBA 1RL8A 4FIVA 5P1QA 4RCFA 2BPVA 3BXRA 3VUCA 5ENMA 5OZRA 5P19A 1BV9A 3GW5A 2WEZA 4Y3ZA 3O9DA 5KQYA 4A6BA 2WF1A 1LYAA 2VJ7A 5P6HA 4J0YA 4YCTA 2VIJA 2HB4A 4F73A 5P0TA 5P3FA 3EL0A 2I4XA 5HD0A 3QRSA 5P2LA 3UDKA 4YDGA 2BPYA 3L5FA 4BELA 3OQKA 1FIVA 3HLOA 4FGXA 3Q6YA 3PLLA 5P4JA 3OUCA 3TNEA 4NJUA 2ZGAA 5P5SA 1SP5A 1LV1A 5P4RA 3LZSA 2R43A 5P2GA 3IVHA 5P45A 3OHFA 3OQ7A 3NYGA 5P7BA 1BXOA 5P5DA 5P7UA 4GJ9A 5I3YA 2IGYA 5OZNA 5P69A 4HLAA 5P3ZA 4WY1A 2O4LA 5OZPA 2Q54A 5HCOA 3ZPUA 4H3JA 2R8NA 4FSLA 5P6KA 3UQXA 3OGQA 3KYRA 5P8HA 5P07A 3OTSA 4Y3MA 3KMYA 1MIQA 4YD5A 5P8QA 3F9QA 1AM5A 4R5NA 1D4HA 2QMDA 4WTUA 5HU1A 5P73A 4RVJA 1DIFA 2G1YA 4LBTA 1HSHA 5HDZA 2OHMA 5OYQA 2HC0A 5ISJA 4Y53A 4MC2A 4OC6B 4FM6A 3NDTA 4J54A 2F8GA 4YCKA 2IL2A 5P3EA 4MC9A 5P7PA 1ZLFA 2Q55A 2FDPA 2BPZA 2V10C 5P27A 5P5YA 1M4HA 2B8LA 5AH6A 2HAHA 3I8WA 3NU3A 2FS4A 1YTJA 4Y3YA 3T7QA 1FMUA 1HPVA 3DCKA 5P3DA 2G94A 5P8BA 5P2BA 4A4QA 3L58A 4Y5AA 4CPQA 3HZCA 4EXGA 3LZVA 5OZ6A 3MSKA 3FNTA 1IVPA 5IVSA 1TZSA 4J1IA 3CKRA 2RSPA 4ACUA 3LPIA 3NUOA 1HHPA 5P66A 5P4HA 4Y3PA 3BUHA 3SA6A 4R91A 2ZHTA 4FM7A 2I4QA 4I1CA 4K9HA 3FNSA 1HTEA 5P05A 5P1MA 3GI5A 1HEGE 5IE1A 5P33A 3PM4A 5P8RA 4ZPGA 1B6PA 1FQ4A 4A6CA 1FQ5A 1BILA 5OZ5A 2IEOA 2G27A 1MTRA 3ZOVA 2F80A 5P3HA 4DJVA 2AOFA 3OOTA 3PWWA 3OXVA 2NXMA 5P6UA 2AVMA 3U7SA 2FLEA 4I0JA 4Y5EA 2PSVA 4DJWA 4Y43A 5P4IA 5P54A 3CICA 5DGWA 4DVFA 1A8GA 3NU9A 3OQDA 1IZIA 5HE7A 4I11A 3I25A 5P3YA 2Q15A 3RSVA 5P2YA 3WZ7A 4GYEA 1APTE 2BJUA 2QNQA 1HVKA 3EKTA 2PH8A 3DV5A 3QROA 5P6QA 2PQZA 1HRNA 3KFRA 5P64A 1TCXA 1LYAB 4Y4WA 3VF3A 1GNMA 3PGIA 1UH7A 2G1SA 5P4XA 3RVIA 4MC6A 5P55A 3NR6A 4Y57A 1SMRA 5P3GA 1M0BA 4ZSRA 3Q70A 1BWBA 3UQWA 5P4LA 2Q5KA 5P0CA 1BDQA 5P4NA 1PPME 5P2RA 5P41A 3M9FA 4Y6MA 3QVIA 1K1UA 3CKTA 5P3OA 5P3KA 5P8VA 4DJRA 4PEPA 1C6ZA 4GIDA 1KJ7A 2O40A 4J0ZA 2V16C 1A94A 3GGAA 4DPIA 3PSGA 5P2MA 5BS4A 2ZDZA 1Z1HA 2OHRA 5P1ZA 5P1XA 5HTZA 5P7LA 3CKPA 4B1EA 4DQBA 5OZWA 3GGVA 2UPJA 5P2XA 3OU4A 5P5HA 2JJIA 3R0WA 3UQRA 3L59A 3S7MA 4CPRA 3KDBA 2HS1A 4YD4A 1UH9A 3VFAA 2WJOA 4KE0A 4CKUA 4DH6A 5P1YA 1XN2A 5P6ZA 1AJXA 3UDJA 2PC0A 2BPXA 2RENA 5P81A 5P2AA 3PLDA 4H1EA 1VIKA 2B42A 4HVPA 5OZ8A 4GJCA 3BHEA 4U8WA 2IGXA 5JFPA 4EJKA 4GJ7A 3KFSA 2EWYA 3PBDA 2WF3A 1QS8A 5P15A 1SDUA 6APRE 3NLSA 5AHAA 1HXBA 2P3CA 5OZVA 3ZL7A 3SA8A 5P60A 5I3WA 5P6FA 1IBQA 4B00A 3URJA 2QI6A 3S56A 4YE3A 5C9DA 3S54A 5OZKA 4EHCA 5OYRA 3MXDA 4AMTA 3G72A 2IS0A 1EPPE 5DR1A 3EKYA 4YD6A 5KOSA 1D4KA 1EC3A 3O9CA 5ISKA 5P0HA 2VA6A 5P70A 3LZYA 3QPJA 3BC4A 4ZIPA 4CPUA 3CYXA 2OHLA 3PMUA 3DJKA 5OYXA 1XN3A 4Y4GA 1W50A 1GVXA 4APRE 5P3AA 4FSEA 3GI0A 2QU3A 1D4LA 5P53A 1HVSA 1TSUA 4Q1NA 4B70A 1EBZA 2B7ZA 5P6NA 5P5ZA 2P83A 5P0MA 2Q64A 5HDVA 4ZEAA 1B6KA 3KFNA 3VF5A 4FRSA 5JFUA 4AA8A 4RYCA 5ER2E 3VSXA 1EBYA 1RPIA 4L7HA 4FAFA 3EMYA 5P79A 5P26A 1SMEA 4Y54A 1GVUA 5P8MA 1HTGA 5DQ4A 1KZKA 4CPSA 2A4FA 1EEDP 1APVE 4Y4TA 5P6VA 5P4GA 5DR7A 5IVTA 5P2FA 3D1YA 5P8UA 5P5OA 1EPQE 3EM3A 4DJYA 3UPJA 1GNNA 3HD8A 5P1NA 4Z4XA 4FRJA 5P2HA 5OZ2A 1MERA 1NH0A 5F00A 3ZMGA 5P7YA 2IKUA 5P0LA 5P5WA 5P14A 4JP9A 5P72A 1HIVA 2IKOA 4Y3DA 4OC6A 4JECA 1XE6A 4Y44A 3VG1A 1HWRA 5KOQA 3OADA 4OBZB 3SKGA 1PSOE 5COKA 4OBFA 5P85A 5P8FA 4HDFA 2ZJNA 4Q1YA 5P6AA 4WY6A 1QBUA 3SPKA 1FF0C 7HVPA 3PJ6A 5OZSA 3S85A 5P1KA 1HBVA 1APUE 3O99A 4EWOA 3OUAA 1C70A 4Y9WA 2V11C 2QD8A 4YD7A 2JYSA 5P0DA 1WBKA 2V12C 2ZHVA 1B6LA 5OZ9A 5P8PA 5P37A 5P8DA 4RRSA 5P24A 4E43A 4Y3WA 3VYFA 4B1CA 3L5DA 3PRSA 3U6AA 4Y3LA 5P52A 4DJUA 2BB9A 5P42A 1C6YA 5P2KA 2F3KA 3B80A 2QD7A 4JPEA 3EM4A 2PWRA 5DQ5A 5P5GA 1MTBA 4DUSA 4Z22A 5P0PA 4DQGA 1FQ7A 6FIVA 2G21A 3AUPA 3GGUA 4Y41A 4ZPFA 5AH8A 5P1HA 4S1GA 1MPPA 5IVQA 1CPIA 4J1CA 5P83A 1J71A 3O9AA 3PCZA 4J55A 3C9XA 2IENA 4J5JA 4OBHA 3LPKA 3MSLA 2Q63A 4QGIA 5P1FA 5P6DA 2IQGA 3UDRA 1T7IA 4DJPA 2BPWA 3SABA 2BQVA 4X2LA 1HXWA 5P3SA 4L7GA 5AHBA 2QZXA 3SLZA 3KF0A 2I4DA 5DR4A 1BBSA 1FG6C 2HB3A 3T3CA 1HVCA 2NXDA 1ODXA 5P7CA 3GI4A 1BIMA 3QP0A 3H5BA 1U8GA 5P61A 4CPXA 4BFBA 1IZEA 1A8KA 3PSYA 5HVPA 3D3TA 5P5IA 3LPJA 1JLDA 1LF3A 1E81E 3VYEA 5P0ZA 5P34A 1ER8E 1ZBGA 3AIDA 1HVLA 4GMIA 3N4LA 3TTPA 5P02A 3ZKNA 3PMYA 5OZTA 1K6VA 5P10A 3TLHA 5P7NA 4Y5MA 3OQFA 5P6OA 2WECA 4FM8A 5P1TA 4LAPA 1AZ5A 1HTRB 2QCIA 5P4QA 3MWSA 5P76A 3IXKA 4B05A 5ER1E 3VV7A 1YG9A 1ZP8A 3O9HA 5P20A 3TL9A 4Y4JA 3OXWA 5B18A 1HVHA 5P86A 3Q4BA 4Y5LA 4PHVA 3H0BA 4JPCA 4LXMA 5KR2A 4FE6A 4TRYA 3OXCA 2HPFA 2AQUA 1XE5A 3NU6A 2AVQA 1SDVA 2XFJA 1GVVA 2VS2A 1KJHA 5SXNA 1FB7A 4Z50A 5P5FA 2P3AA 2V00A 2ZHRA 1QBTA 4ZSQA 4I0HA 3UFLA 2BKTA 4XXSA 1MSNA 4N00A 3TOGA 3FSMA 5P1SA 1XS7D 2J9KA 5OYTA 2PMAA 3EBZA 5P04A 4EJ8A 5P4OA 3RTMA 2WHHA 5P5AA 1W6HA 2P3DA 5P1JA 3OADB 3KA2A 5P1AA 3URIA 3WB4A 3EL4A 5P63A 1ODYA 3QRMA 5P59A 4Q1XA 1Z8CA 1W5WA 5DR3A 4RVXA 5P0NA 3TPRA 2OHTA 3VYDA 4F76A 5P4ZA 5SZ9A 5P0JA 5P7RA 1B11A 4B77A 3LNKA 4CPWA 3JW2A 3QBHA 4FRIA 4XX4A 1AAQA 4Y56A 2I4WA 2NXLA 1YT9A 2Z54A 4HEGA 3T6IA 5SY2A 1B6MA 3NU4A 4D88A 4J0PA 4F74A 4EQJA 1K6CA 4M8XA 4UPJA 3Q5HA 5P5VA 5P1BA 3Q3TA 2ZJJA 3U71A 2PSGA 3RU1A 4IVSA 4Y3AA 4J0TA 1D4SA 4ZPEA 3UDQA 1F34A 1QBSA 2G1RA 5P8LA 5P2NA 4RVIA 4QJ9A 4ER1E 4B78A 3PHVA 4M8YA 5P7WA 5OYSA 1T7KA 5UPJA 5P2SA 4FLGA 5P8AA 3LIQA 4NJTA 3JVWA 5P0EA 5P23A 1A9MA 3S8IA 4R92A 4I12A 3UDHA 3S7LA 1IDBA 1AXAA 5P08A 5P0BA 5P1WA 1E80E 3K5FA 5P4FA 3PI5A 3EL9A 4Y39A 3A2OA 1HSGA 5P7IA 4YDFA 4Y4UA 5OZXA 1FKNA 2ZE1A 3T7XA 1AIDA 5P88A 5P80A 2QHYA 3WSJA 4NJVA 1K6TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3J A;  1MT7 A;  5P0A A;  3ZLQ A;  4F75 A;  3KN0 A;  1EC1 A;  1B5F A;  2WF0 A;  5P03 A;  2AOG A;  3HAW A;  3PSU A;  5P6M A;  4Y4D A;  5P5U A;  5APR E;  3BGC A;  5P87 A;  1HSI A;  1PPK E;  5P00 A;  3DOX A;  4Y4A A;  5P49 A;  4HA5 A;  1NSO A;  3FNU A;  1AJV A;  3R1G B;  5P6I A;  1G2K A;  3NUJ A;  4KUP A;  4RRN A;  2QHZ A;  4B1D A;  4Y3G A;  4Y5G A;  1IZD A;  4J1F A;  1KJG A;  5OZA A;  5P0W A;  1EC0 A;  5OZ1 A;  3PCW A;  1APW E;  1HPS A;  4ZLS A;  5CLM A;  5P7T A;  3QN8 A;  1YX9 A;  5P5E A;  5P5L A;  4Y45 A;  2VJ6 A;  5HE5 A;  2R9B A;  2B7F A;  3EKV A;  4I0I A;  2WF2 A;  2I1A A;  3FIV A;  3K5G A;  1BXQ A;  1XL5 A;  3MSJ A;  3K5C A;  3R2F A;  3G70 A;  2FNS A;  4Y3F A;  5KQF A;  1TQF A;  2AVS A;  1DPJ A;  3S43 B;  1ZAP A;  3O9L B;  4DJO A;  4D83 A;  2AVO A;  5P8N A;  5P0V A;  2NNP A;  2NR6 A;  3IXJ A;  5BRY A;  5KR8 A;  4Y3E A;  5OZC A;  2A1E A;  3D20 A;  5HDU A;  4GJD A;  5DQ2 A;  4Y3T A;  4ER4 E;  5P3M A;  3PWR A;  1KJF A;  3BXS A;  5P0G A;  2JE4 A;  4L6B A;  3LIX A;  2PK6 A;  1WBM A;  4BEK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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