4H3JA

Structure of bace bound to 2-fluoro-5-(5-(2-imino-3-methyl-4-oxo-6-phenyloctahydro-1h-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-7a-yl)thiophen-2-yl)benzonitrile
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design and Validation of Bicyclic Iminopyrimidinones As Beta Amyloid Cleaving Enzyme-1 (BACE1) Inhibitors: Conformational Constraint to Favor a Bioactive Conformation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 104
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4h3jA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4h3jA02
2WEAA 4XKXA 3CIBA 2QHYA 5APRE 5P2LA 9HVPA 3LITA 4EPJA 3R0WA 4Y4JA 4YDFA 3U71A 2O4PA 2WF3A 4GJ9A 3EKYA 5P2MA 3SABA 3OU3A 2JXRA 3LHGA 3IVIA 3UDRA 3OXCA 5P75A 3UDKA 1DPJA 3TNEA 5P66A 5P2UA 4I0DA 2QZKA 4FM8A 5P4LA 2WL0A 4JOOA 3DOXA 5P20A 1BBSA 1A8KA 3PBDA 1EBWA 3EL5A 4FGXA 3LPJA 5P1AA 5P4DA 5P08A 4NJVA 3EKVA 3MXEA 5P80A 3BHEA 2VNNA 5P30A 1IZEA 5OZ9A 3KFPA 3S43B 1FF0C 1K6CA 5P7FA 5OZSA 1J71A 2I4UA 1FQ7A 3SKFA 1TCWA 3TPJA 2IENA 5P1PA 5P7WA 3OADB 5AHCA 1B5FB 5P68A 2V11C 1Z1HA 4J0PA 1NPAA 5P89A 4Z4XA 3PLDA 4F73A 3QPJA 1LYWB 1IZHA 5OZUA 4I0ZA 1FQ4A 1HVIA 4JECA 3L5EA 5DQ4A 5P3RA 1APVE 3EL4A 5P71A 3WSJA 2O4SA 5P7HA 1CPIA 1B6MA 5P40A 4BELA 3ECGA 1PPKE 2FDPA 3VLBA 5OYRA 3VEUA 2PC0A 3G6ZA 3VLAA 4DH6A 4ER2E 5OZVA 3NU3A 2BPZA 1MVPA 2HPEA 2WEDA 4PZWA 3QVIA 3GGVA 3HAUA 1G6LA 5HDVA 2XFIA 4QJAA 2Q15A 4S1GA 1XE5A 5P19A 5COPA 4I8ZA 5P13A 4LHHA 4MC9A 2QHZA 5P4RA 2RENA 2G1YA 2VJ6A 6UPJA 3DV5A 5P1LA 4Y4XA 5P6TA 4B78A 5P1CA 1KJHA 3VF5A 4CPUA 2I4XA 4RYCA 1IIQA 5SXNA 4Y5GA 5P6BA 5HE7A 5P02A 1TSUA 2VNMA 1BVEA 3HAWA 2Q54A 3TL9A 1AXAA 2ZJHA 4Y58A 5P6JA 1BVGA 5EZZA 4EHCA 2J9KA 3DCKA 3AIDA 3VFAA 5P86A 4CPQA 4QLHA 4I0EA 4CMSA 3ZOVA 4FSLA 1FEJC 2G1RA 2QMFA 5P45A 1GVVA 4ER4E 2OHRA 2Z54A 3S85A 3EBZA 3OXVA 3OTYA 1MT8A 5P4IA 1BILA 3T6IA 1G35A 2BBBA 3BVAA 3SKGA 5P7MA 1OHRA 4EJLA 4J5JA 5SY2A 4Y44A 5P65A 2VJ9A 5P12A 5P5MA 3LIYA 3QAAA 5ENKA 3N4LA 4GZFA 2ER9E 1HTGA 5P1JA 3PMUA 4Y4EA 3GI0A 5HE4A 1LYBA 5P2OA 5P8AA 1HIVA 4EWOA 2APRA 4R8YA 4XXSA 1OEWA 3SA5A 1IDBA 5OYUA 5OYTA 5P4PA 2G1NA 1EC3A 4PPHA 5P07A 3OUDA 4Y3QA 3O9GA 5DQ5A 1HVRA 3PJ6A 1D4HA 4B72A 4FRIA 5DQ1A 3ZKNA 5SY3A 3URIA 2ZJJA 2ZJKA 1EBZA 2QCIA 3PSUA 5OZTA 5OZXA 5P1XA 1TQFA 2FLEA 3O9LB 4YCKA 5P0ZA 5BRYA 3EKWA 2OHSA 4K4QA 1AVFA 1F34A 3CKPA 3T3CA 3OGQA 2QI3A 5OZNA 4FRJA 5P4KA 1HSIA 1PSOE 1YG9A 1FFIC 4Z22A 5P0QA 5P1KA 1QBUA 5P8KA 3URJA 3KT5A 3LZYA 5F00A 3WZ8A 1XDHA 4L7GA 1UH8A 4M8YA 4YD5A 3S43A 3VYFA 3K5FA 3GI4A 2NNKA 5P3QA 5P69A 5KR8A 1B5FA 2ZHUA 4YOBA 1AIDA 1NPWA 1LYWA 3PVKA 1MRXA 1WBKA 5P7YA 4EP3A 4OC6A 4OBZA 1K6TA 3IXKA 4Y54A 3NR6A 2IDWA 5I70A 3NDXA 5P0UA 4ZEAA 2EWYA 5P1QA 4A6CA 5P5EA 2F81A 2UXZA 3O9HA 5P2TA 1FQ8A 5TOLA 3UDJA 1K6PA 4Y3RA 2V16C 2HC0A 5P58A 6APRE 3S7MA 4Y3SA 4J0VA 5P6QA 3OOZA 5P6MA 2ASIA 5P16A 2V00A 4FIVA 1HPOA 1RL8A 3EKQA 1D4JA 3RSXA 5P5DA 2Q64A 5P36A 5P59A 5P7DA 5DGWA 1XN2A 2O4NA 4TVGA 5OZLA 2AZ9A 2WF2A 4B00A 1BDQA 4Y3YA 3NUJA 3D20A 1RV7A 1W6IA 2HM1A 1IZIA 5E5JA 3QBHA 1FFFC 3CYWA 5P6CA 5P3YA 2JJJA 1LEEA 1ZPAA 1RQ9A 4PHVA 2PSGA 1D4LA 2BB9A 5P2YA 3JW2A 2R9BA 4JPCA 4Y39A 2B7FA 5P04A 2MIPA 4QGIA 5P0SA 3HBOA 2VIEA 4DJQA 4NJUA 5P6RA 3FSMA 5P2AA 4DFGA 3NLSA 5P2RA 3VV8A 2IGXA 4GMIA 1IDAA 3VG1A 3FIVA 3ZKIA 5P4TA 4K4PA 4DJWA 5P5OA 2NXDA 2IKOA 5P2XA 3R1GB 3PSYA 1PSAA 4TRWA 3HD8A 5P6LA 5OZQA 1HVJA 4ZSPA 5P6GA 4RRSA 5P2SA 1D4IA 2QNNA 5OZIA 4PZXA 3OWNA 4DV9A 3GI6A 1T7IA 4FM7A 1T7KA 5P1TA 2V10C 3UQRA 3D91A 4DJOA 2RKGA 2NMYA 3B80A 3VCMA 1ZSRA 4Y3DA 4H3IA 3KM4A 4YE3A 5P0NA 1KJ7A 2ZHVA 3QBFA 3ZLQA 4F74A 4YOAA 4L1AB 5JODA 4Y4BA 2WECA 3O9LA 1UH7A 5P31A 3KFNA 4CKUA 4B70A 3ZKSA 4DQBA 2FS4A 3R4BA 1ODXA 1GNMA 5P2JA 3S7LA 2QNPA 1MIQA 1GNOA 2FDDA 5KQYA 4AUCA 4WTUA 3PBZA 1FQ6A 5OZFA 3VV7A 4LP9A 5P5SA 3PB5A 2UPJA 5P4XA 3TKWA 4Z2ZA 2AZ8A 5P53A 2VA5A 4UPJA 4Y4AA 1SDVA 4COEA 1HIHA 2R3WA 3O9IA 5ENMA 3NU5A 2AOIA 1ZPKA 1LYAB 4I0FA 4Y4UA 3BXRA 1W51A 3HZCA 3K4VC 4DJVA 3APPA 4GJ7A 1Z1RA 5F01A 1DW6C 5P8LA 4Y35A 2F8GA 2XYFA 5P1YA 5C9FA 1TCXA 2UY0A 3UTLA 3OQFA 1QRPE 5P0HA 3PWRA 4RROA 4CPRA 3LIXA 2JJIA 4HDPA 4XX4A 1WBMA 1SIVA 2PSUA 4GJ8A 5I3YA 2QP8A 4ACXA 3SA6A 3UQWA 3IN4A 3LNKA 4RCFA 5P6NA 1IVQA 3Q5HA 4D89A 1W6HA 4DQEA 4I11A 4I12A 5P5XA 4Y5MA 4Y51A 2PYNA 4MC1A 5COOA 1HOSA 4I0GA 4EQJA 3ZKXA 4APEA 5OYQA 5P6FA 1T6EX 4OBGA 1YTJA 5P8FA 3OUAA 4EJ8A 5P6XA 2A1EA 1D4KA 4B77A 3ZMGA 1FMBA 2O4KA 5P7AA 1GKTA 4M8XA 4OBHA 5OZYA 5P6AA 1K1TA 3INHA 1UPJA 1MSNA 1XL2A 5OZAA 1T3RA 3RTHA 3Q6YA 5P4VA 3R0YA 4JPEA 5P0CA 2ZJNA 3KF0A 5P6IA 1SBGA 5P0JA 1APWE 5P0KA 1A30A 3TPRA 4GJBA 5P8CA 5P4NA 2R5PA 3LIQA 2ZJMA 4OD9A 4YD6A 5CLMA 5P10A 4FRSA 5P3DA 1T7JA 3EM6A 1MESA 1SMRA 2HIZA 3NUOA 1ZBGA 1E81E 5P5NA 2BPYA 5P43A 5P35A 3DM6A 4Q5MA 5OZBA 5P8OA 4FRKA 2WHHA 4L1AA 2G22A 4DJXA 3LINA 2AVOA 5P1RA 4B0QA 3NU9A 5P85A 3L5CA 3GW5A 3JVWA 4NJTA 5P8GA 3TPLA 3O9BA 5P8MA 5P2ZA 4JP9A 5P42A 5P25A 2QNQA 5DR8A 5P2KA 2B60A 1PROA 4AA9A 5P7EA 3BC4A 5P7XA 2XYEA 5P6PA 4GYEA 2AIDA 2PMAA 3QP0A 2G26A 3T7XA 1UH9A 4X2LA 5P72A 1FMXA 2VKMA 3LZUA 3NXNA 3NXEA 3QI1A 2ZHTA 1FB7A 3EMYA 4CPWA 2R43A 2P3DA 5OZDA 4ZIPA 1GVUA 7HVPA 3PCZA 5KOSA 5P52A 5P1SA 4RCDA 5IS4A 5P0PA 5P4CA 3NWXA 4Y3AA 2VA6A 3SA9A 1LV1A 2Q3KA 1FG8C 5P7NA 5P5IA 5P3TA 2NTRA 4WY1A 5P0RA 2AVQA 5P34A 3R2FA 3ZPTA 4GIDA 4Y5EA 5P7LA 4GJ6A 5P0FA 2VIZA 4ER1E 5ISJA 3L38A 5P3VA 4AMTA 3L5BA 5P3SA 5B18A 3BUHA 5P5BA 2FNSA 5P64A 3U6AA 5P4YA 6FIVA 2G24A 2BKSA 4FAEA 5HU1A 2AZBA 2O40A 5AH6A 4B05A 2RSPA 3DK1A 1K6VA 2VA7A 4Y6MA 4EYRA 2VIJA 4B1CA 2AOGA 2CEJA 1YM4A 4Y37A 5P3GA 1PPME 2AOEA 3OY4A 1PSNA 2G1SA 2Q11A 3ER3E 4RVJA 2XFJA 1EC1A 3BGBA 2R3TA 5P8JA 5P1GA 4Y4TA 1B6KA 3Q4BA 1D4SA 3CIDA 3I8WA 3FNSA 5ER1E 4IVTA 4RRNA 2P3AA 5P5TA 1HVKA 5P7JA 1ZP8A 1YTIA 4OBDA 5KR1A 2PH6A 2FXEA 4TRZA 3NU4A 5P84A 1EPRE 2G1OA 5IVQA 1VIJA 4Y5NA 3BVBA 3UDPA 3K5CA 2AVMA 2ZE1A 2QI0A 3I25A 3O9DA 3URLA 4LXKA 4AA8A 2Q5KA 1PFZA 3L59A 4LC7A 4Y38A 5JFPA 2JE4A 3VV6A 3PSGA 5P41A 4KUPA 5UPJA 4MC6A 5P2QA 5P51A 5P8VA 4J55A 2AOFA 3VSWA 4FAFA 5P23A 5P0AA 5E5KA 1TZSA 5P6VA 1MTBA 5P3NA 1IZDA 3CICA 5P0VA 4QJ7A 2JYSA 3UFNA 5ISKA 1FQXA 3HDKA 2QI6A 4TRYA 1HVCA 2WKZA 2P8HA 2F3FA 4N00A 1A8GA 1BWAA 2O4LA 2NR6A 2PSVA 4DQCA 4EP2A 3KDBA 5BS4A 5P3XA 4HDBA 1YT9A 2G21A 5P1ZA 5P01A 4ZSRA 4GJAA 3OADA 3WZ7A 2AOHA 4R92A 5P83A 1Q9PA 3QIHA 3OXXA 5P18A 2OHMA 5DR4A 5C9DA 5P4MA 3WB5A 4BFDA 4A6BA 3QRMA 3KMXA 5KOQA 1HIIA 2I4VA 4YD4A 5P1UA 1E5OE 2QI1A 5AH8A 5P1DA 4D88A 4TVHA 1QBTA 1SIPA 2I0AA 3INFA 2I4DA 1FIVA 3TTPA 3I6OA 2NXMA 4F75A 4Y36A 2ZGAA 3K1WA 1EBYA 4YA8A 4NPTA 2F3KA 5P70A 5P77A 5P8UA 5P0MA 1FKNA 3SLZA 1BDLA 5P5KA 4Q1WA 1SGZA 5P3EA 2NXLA 3EM4A 5P73A 5OZ2A 5P54A 3KDCA 3TH9A 4H3FA 3IXJA 1IVPA 3INEA 2OF0A 4Y4GA 5OZPA 4GB2A 3NDWA 1HSGA 2QI7A 3SO9A 3EL1A 3UQUA 5P03A 2ER7E 1MRWA 4FLGA 4YCYA 1ODWA 3OHFA 2QMGA 2RMPA 5P3KA 2IGYA 3UDNA 5OZRA 2XFKA 3TOFA 2AOJA 3I2LA 2R5QA 5P4HA 2P3BB 2FXDA 5P8TA 4Y5CA 2PH8A 5P33A 3LIVA 4H3JA 1ME6A 4J1FA 3F9QA 2QHCA 2OHQA 1B6PA 2FGUA 3D1ZA 5P7BA 1D4YA 3NU6A 1C6YA 5P37A 1EAGA 2I4WA 1OEXA 1K2CA 3GI5A 2AVVA 2I4QA 5C9BA 1W5WA 3RTNA 4Y4WA 4Y3WA 3DCRA 1A94A 5OYWA 2I0DA 4Y3LA 1MUIA 5P29A 4I8WA 3G70A 5P5QA 2HAHA 4LXAA 4EJDA 1MTRA 5P39A 2WF1A 3TOGA 4RVXA 4LXMA 3PM4A 2HS1A 2IRZA 4Y3JA 3IGBA 3QRSA 4ZPFA 3OK9A 3KMYA 2B8LA 3UDQA 4Y5AA 3ZPUA 2WF4A 1M43A 2P83A 3T7PA 1JLDA 3APRE 4Y3PA 4DUSA 3KA2A 5P2IA 5P6UA 2QZWA 4H1EA 2Z4OA 5AH7A 5I3WA 1SDTA 3GGUA 5P17A 1MERA 3S2OA 2F3EA 5P4EA 1OD1A 4EXGA 5P2FA 5OYZA 3FX5A 1XE6A 3S53A 1RNEA 4WY6A 1AJXA 3OQKA 5P3CA 3EC0A 5P5AA 4Y43A 3HVGA 1GVWA 3LPIA 5P27A 2AZCA 4Y4ZA 2IS0A 3WB4A 4EQ0A 5P63A 1DP5A 3NDUA 1AJVA 2QAKA 1MSMA 1B6JA 1DMPA 4DVFA 1FGCC 4MC2A 1HSHA 1BV9A 2NNPA 4L7JA 1BIMA 4L6BA 1W5VA 1NH0A 5P6DA 5P0GA 5P1IA 1HTFA 1SDUA 5P7PA 1NPVA 3UDYA 4DQGA 5AHBA 5P1OA 4NJSA 2CEMA 2G20A 2WJOA 5SZ9A 3M9FA 1HPXA 1APUE 5P6HA 3S54A 2ER6E 5OYSA 4Y41A 1LF2A 1B11A 5P3OA 4X7IA 2BKTA 5P61A 4Y3EA 5P2DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WEA A;  4XKX A;  3CIB A;  2QHY A;  5APR E;  5P2L A;  9HVP A;  3LIT A;  4EPJ A;  3R0W A;  4Y4J A;  4YDF A;  3U71 A;  2O4P A;  2WF3 A;  4GJ9 A;  3EKY A;  5P2M A;  3SAB A;  3OU3 A;  2JXR A;  3LHG A;  3IVI A;  3UDR A;  3OXC A;  5P75 A;  3UDK A;  1DPJ A;  3TNE A;  5P66 A;  5P2U A;  4I0D A;  2QZK A;  4FM8 A;  5P4L A;  2WL0 A;  4JOO A;  3DOX A;  5P20 A;  1BBS A;  1A8K A;  3PBD A;  1EBW A;  3EL5 A;  4FGX A;  3LPJ A;  5P1A A;  5P4D A;  5P08 A;  4NJV A;  3EKV A;  3MXE A;  5P80 A;  3BHE A;  2VNN A;  5P30 A;  1IZE A;  5OZ9 A;  3KFP A;  3S43 B;  1FF0 C;  1K6C A;  5P7F A;  5OZS A;  1J71 A;  2I4U A;  1FQ7 A;  3SKF A;  1TCW A;  3TPJ A;  2IEN A;  5P1P A;  5P7W A;  3OAD B;  5AHC A;  1B5F B;  5P68 A;  2V11 C;  1Z1H A;  4J0P A;  1NPA A;  5P89 A;  4Z4X A;  3PLD A;  4F73 A;  3QPJ A;  1LYW B;  1IZH A;  5OZU A;  4I0Z A;  1FQ4 A;  1HVI A;  4JEC A;  3L5E A;  5DQ4 A;  5P3R A;  1APV E;  3EL4 A;  5P71 A;  3WSJ A;  2O4S A;  5P7H A;  1CPI A;  1B6M A;  5P40 A;  4BEL A;  3ECG A;  1PPK E;  2FDP A;  3VLB A;  5OYR A;  3VEU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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