4HDBA

Crystal structure of hiv-1 protease mutants d30n complexed with inhibitor grl-0519
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Novel P2 tris-tetrahydrofuran group in antiviral compound 1 (GRL-0519) fills the S2 binding pocket of selected mutants of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords HIV-1 Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4hdbA00
2QD7A 2G1NA 1XN3A 2ER6E 5OZEA 5P1SA 1DAZC 4I11A 4Y47A 1FMXA 5IVSA 1FKNA 5P0MA 1AJXA 5P1YA 5P2XA 5P4SA 5P3YA 4GJ9A 3PB5A 5P5OA 1SDTA 1XL2A 3L59A 1K1UA 2WEAA 4GYEA 3R1GB 2ZDZA 5P56A 5P50A 3LINA 1AXAA 3TKWA 2FDPA 3HZCA 3LPKA 5OZHA 3ZPSA 4I1CA 3U6AA 1ME6A 4FL8A 3VLAA 3KDCA 2WF2A 3QROA 1YTIA 3D1YA 2P3CA 4Y3MA 5P6CA 2VA5A 4XX3A 5P53A 3KDDA 3KYRA 5P8MA 4APEA 4CKUA 1K2BA 4OD9A 3QRSA 3S56A 1GNNA 4DJRA 4CPTA 2OHNA 4HDBA 3UDYA 4FIVA 1MPPA 3KFSA 3GGUA 4CPQA 4A4QA 5P38A 3FSMA 3KT5A 3WZ8A 1HEGE 3OAGA 5OYUA 2AQUA 5P3UA 4FAFA 3O9EA 5P03A 4ER2E 3OGPA 4L1AB 5KOSA 2QI1A 5P7BA 5DGWA 1EPRE 1HIHA 3B7VA 3GGXA 5P8IA 5P4BA 3GGAA 3FNSA 4BEKA 1KJGA 5P4WA 1RNEA 3IN4A 1Z8CA 4LXAA 4K4PA 1LF4A 4B1CA 5P5QA 1ODWA 3Q5HA 4Q1WA 4Y58A 1HVKA 5P5PA 4I0HA 3INDA 3H0BA 3CKRA 3OQAA 1BDQA 4YCYA 4Y4BA 2J9JB 3BUHA 5P4UA 1G35A 3VG1A 2WEBA 4A6CA 3S7MA 1HPOA 4Z50A 3HBOA 4JPEA 4J1FA 1E5OE 3N4LA 1PSAA 2IL2A 1MVPA 2HPFA 3BVBA 3UF3A 5P23A 5OZBA 1AAQA 5P41A 3UPJA 5P5DA 2V11C 3PWRA 2B8VA 2AVMA 4ZSPA 1LYBB 5P04A 3NYGA 1BILA 1A30A 1KJ4A 2FXDA 3VYFA 3TNEA 4CPSA 4QJ9A 1QS8A 2ZJIA 3VEUA 5P8JA 4Y44A 1RL8A 3KFRA 4FRSA 5P3DA 2QMGA 3MSLA 4I8ZA 5P7LA 2IENA 5OZSA 5P2OA 4I8WA 4Z4XA 5P5AA 3ZKNA 1DMPA 3SKFA 1QBRA 1F34A 2WF0A 3FKTA 2V0ZC 4I10A 2G20A 1LF2A 1TZSA 5P71A 4Y3DA 2QAKA 2QZWA 3IVHA 2NNPA 5P2UA 5P5FA 3LZYA 5P3JA 3UQUA 1XL5A 4YBFA 5P45A 5P8EA 5P31A 1GVWA 1OD1A 1M43A 1XS7D 2I0AA 3ZKXA 3EKYA 1HRNA 1KZKA 3PEPA 5HE5A 1J71A 4M8XA 1APVE 3OADB 2PK6A 1KJHA 3Q3TA 4Y4GA 2ZHUA 5P3XA 5P2NA 3O9FA 1Q9PA 5P8VA 4DH6A 2UPJA 3ST5A 1KJFA 3D20A 5P6YA 3WB5A 1BVEA 1BWAA 5P6DA 1GNMA 4X2LA 5F00A 1MT8A 5P09A 2ZHTA 2NPHA 3BRAA 5P0CA 5P8TA 5HCOA 3QAAA 4D88A 1MT9A 1FEJC 2BKTA 5P4LA 3PSGA 5P62A 2QD6A 5P40A 3TTPA 3OK9A 7UPJA 4J17A 4XKXA 1HPVA 4D85A 4F74A 3QBHA 1ZBGA 2QK5A 4MC1A 5HDUA 5P5RA 5DQ2A 3ZOVA 1SMEA 5P3QA 1T7IA 3UQWA 4OBZA 3OQDA 3OGQA 5P1XA 4OBJA 4FRKA 3NWQA 3VYEA 4RVIA 2BPVA 1MIQA 1T3RA 4RZ1A 2OHLA 5P4IA 2IDWA 1META 1YTHA 1E82E 4LXMA 1HVRA 5P70A 4Y5AA 4H3JA 5P1LA 1ZPAA 3IGBA 4LC7A 1T7KA 2NTRA 5KAOA 2Q15A 3OQ7A 1U8GA 1E80E 3LIQA 1C6ZA 3KF0A 4YD6A 3TL9A 2SAMA 5HU0A 2FGUA 3QRMA 4H1EA 2PSVA 1TSQA 5DR3A 3UDMA 1QDMA 5DR4A 5P3IA 4LXKA 3R2FA 1HTEA 5OZ8A 4HLAA 1W5VA 4EXHA 2VNMA 3TLHA 3NXEA 1LS5A 3IXJA 4DV9A 2BBBA 5ER2E 1FQ5A 3OQKA 6APRE 5P82A 5OYQA 5OZKA 5P16A 3S85A 5P6HA 1B6JA 5P52A 2P3AA 1LYWA 4COEA 3LZVA 1C6XA 4DQHA 3NU9A 5P8QA 3UDKA 5P79A 4Y5KA 3T7QA 4Y4AA 3PWMA 4Y45A 3NU5A 1TQFA 5P39A 3SO9A 1QBTA 2ZHRA 1FQ8A 1W6IA 5P0WA 4GJBA 5P7EA 4HE9A 1GVUA 4DJUA 5P1FA 2F80A 1W5YA 4R92A 4R95A 5OYTA 1JLDA 4U8WA 3OWNA 3T7PA 5P5SA 4Y5GA 1VIJA 3L5DA 5OZTA 4RVJA 4IVSA 4ZPFA 3S45A 3RU1A 4DJQA 1YG9A 5I70A 2OHSA 5HU1A 4D8CA 2XFIA 1ER8E 4RCDA 3VUCA 2PWRA 1M4HA 4D83A 5P0UA 5P8UA 3IA9A 5P1IA 1XDHA 1HXWA 1EPME 3OUDA 2R8NA 1FFIC 5DR7A 1C70A 2WHHA 2QHYA 5P5GA 4RLDA 1RV7A 3SA6A 5P0TA 1PPKE 2ZE1A 4Y3EA 2G1YA 3TOGA 2PWCA 1HSHA 5COPA 1GVTA 5P7KA 5OZFA 3O9LA 2HB3A 2XFKA 5P20A 3BUGA 2R3TA 3HVGA 4YHQA 5P18A 2F8GA 2O4LA 5UPJA 5P3CA 3DCKA 3KA2A 5FIVA 3ZL7A 4GZFA 5P0SA 5P2YA 5P1WA 1T6GA 5HDXA 4CPXA 3S43B 3PBDA 4QLHA 4LHHA 3IXKA 5P86A 4OC6B 5P7AA 1D4JA 5P1OA 1GVXA 3DM6A 3Q70A 3EKWA 4F73A 4Y56A 5P0HA 2FNTA 5ENMA 3LZUA 4TVHA 3UFLA 3SKGA 4NPUA 5P28A 3EXOA 5KR8A 3LIVA 1W6HA 3SLZA 1W5XA 5P5EA 3QRVA 3DUYA 3NR6A 1F7AA 5P4JA 3PVKA 1HTFA 2IKUA 3INEA 5P8DA 4FLGA 1FIVA 4B77A 4BFBA 2R5PA 5P1QA 3BXRA 2AODA 3UQPA 3K5GA 3PCWA 5P5NA 3UDRA 4APRE 5P3LA 4LAPA 4Y3XA 3TKGA 5COKA 5P01A 1G2KA 5P5BA 5P1JA 2VA6A 1BDRA 4YD5A 2IGXA 8HVPA 1MEUA 1YTGA 1TSUA 2WF3A 4LP9A 4Y5BA 5OZCA 5P6SA 3SABA 2OHMA 3OUAA 1NPVA 1WKRA 3SA5A 5P7HA 5P49A 2NR6A 2XFJA 3OUCA 3OY4A 5P3GA 5P2QA 4AA9A 3FX5A 4XXSA 2O40A 4AMTA 5DQ1A 4Y5CA 2Q64A 3TH9A 3T6IA 1HVCA 1K6CA 1FG6C 2AOHA 3I7EA 5P2WA 1C6YA 2RSPA 2VS2A 5P7UA 5EZXA 2QI5A 5OZ4A 1A94A 5P8RA 4EWOA 5P5VA 4YD7A 2VIZA 1IVPA 5C9BA 4KE1A 1HSIA 4Y48A 4M8YA 3L58A 3EL0A 5AH8A 4I0GA 1EC2A 2P3BA 4EJDA 3PRSA 2FXEA 5IS4A 2G1RA 5P5YA 2G26A 5P1RA 3VSWA 5P0JA 2V10C 4GMIA 1D4HA 4AA8A 2PYNA 3SACA 5P78A 2NMYA 5DGUA 1T7JA 4EYRA 1VIKA 4J1KA 2I4XA 3O9AA 5ER1E 5P7WA 3C9XA 1Z1HA 1ZSFA 2Q55A 2V13A 4BFDA 3JVWA 2QZLA 5P7SA 4DPFA 4PYVA 3IXOA 2PC0A 4Y4DA 5P83A 3SA4A 5P6ZA 2QMDA 4Y36A 5BRYA 2WEZA 2NXMA 6UPJA 5P4NA 5P89A 5P2CA 3O9DA 4YD4A 3NDTA 4N00A 2FGVA 4DQEA 3NDXA 3SM1A 1D4YA 4OBGA 2O4NA 2QI6A 4HVPA 5IVQA 4GJ8A 5P77A 5P8AA 3EKVA 3O9CA 1TW7A 5P4GA 5P1NA 3ZKGA 3L5CA 4K9HA 1NH0A 5P13A 3VFBA 4CPUA 3MSJA 1APUE 4PZWA 3OOTA 5P8LA 4JP9A 4GJDA 3PLDA 5P22A 4R93A 5KOQA 5P5CA 4Q1YA 5P8KA 3O9BA 5OZRA 4E43A 4J1EA 3EL4A 3QP0A 3WZ6A 1SBGA 2BJUA 3D1ZA 3FV3A 1IBQA 5P2MA 1XN2A 1K6PA 2G69A 4QJ2A 4R8YA 1GKTA 3OHFA 2I4QA 5P5IA 1MT7A 5P0DA 4B0QA 5P1DA 1FF0C 3DV5A 5TOLA 3L5EA 3UDJA 1B5FB 5P61A 3AIDA 1YX9A 1FG8C 1LYAB 5P26A 3OUBA 5I3XA 1RPIA 3VV8A 2G94A 5P3KA 5P2ZA 5P4TA 3LIZA 1A8GA 5P25A 5P3RA 4B05A 3JVYA 5P10A 5P2TA 5EZZA 2JXRA 3PMUA 5P7DA 3DJKA 1MESA 2QHZA 2OHPA 1KJ7A 2G1OA 1UPJA 5IVRA 3UTLA 5CLMA 4ZE6A 2NMZA 4D89A 2ER0E 2ZYEA 3OU4B 3GI0A 1YT9A 3G6ZA 2WKZA 2J9KA 1HWRA 1PSNA 4EJ8A 5AHBA 4Y4UA 4L6BA 3NUJA 5AHAA 5ENKA 5P74A 1HHPA 4DQGA 3A2OA 3S2OA 3BXSA 3EMYA 5OZXA 2RKGA 5P0BA 3PI5A 1BXOA 2Q63A 4EXGA 5C9DA 2FNSA 5JFPA 4J0TA 4U7QA 5P76A 1MUIA 2QP8A 4R91A 1SDVA 5CONA 4J54A 4YDGA 2QI3A 3D3TA 4Y5PA 1G0VA 5HCTA 3K4VA 3FIVA 5OZOA 2QNQA 4Y3QA 4B1EA 4FSEA 4Y53A 1MRWA 1M0BA 3OTSA 3NDWA 2AVOA 4FM8A 1UH9A 4X7IA 4RGHA 5OZ2A 5JG1A 5P0KA 4ER4E 1UH8A 2CEJA 3UQRA 2JJJA 3HDKA 2HB4A 4Y38A 1DP5A 1NPAA 1N49A 2VKMA 4Y3GA 3S8IA 3SQFA 5B18A 1APWE 4Y3LA 5P6AA 3T11A 4EP2A 1QBSA 3U71A 2OHUA 3ZKIA 3OQFA 4Y43A 2IS0A 1HPXA 3CIDA 3HLOA 5P3MA 5P29A 5KR2A 3NUOA 5SXNA 3RSVA 3R0WA 3SAAA 1SIVA 4RVXA 5P47A 4ZSMA 3CMSA 4OBFA 5P02A 5P0OA 3EKQA 5P72A 5I3VA 2QHCA 4I12A 1SGZA 4QJAA 5P69A 3NDUA 1D4KA 3VFAA 1RQ9A 5P3VA 5DQ4A 5P80A 1D4IA 3VF3A 5PEPA 1IZIA 3EKTA 5P6RA 2QI0A 3IAWA 1DIFA 3UFNA 2ZJLA 3FNTA 1OHRA 2VIJA 5P8NA 2O4KA 3EKXA 1T6EX 1IVQA 3HAUA 3OXVA 3HW1A 5OZGA 5P60A 3KN0A 2AOEA 3TOFA 4NJSA 4Y35A 4HZTA 5P7YA 3SM2A 4L7HA 2AOJA 5P1MA 4OD9B 2QMPA 3K4VC 5OYYA 3S7LA 2AOIA 4B1DA 4DFGA 2BQVA 4Y54A 4ER1E 4DQBA 1WBMA 2H6TA 3OU1A 5OZ6A 2I4VA 2R38A 4HDFA 5P33A 5HE7A 5P88A 5P4VA 2R5QA 4RYCA 5P75A 5P2KA 3EKPA 4OBDA 3OAGB 5OZ7A 3OTYA 4TRYA 2QZXA 3I8WA 4DI2A 1W51A 4Q1NA 5P5WA 2UY0A 5P00A 3OXWA 1YM2A 3HD8A 4H3FA 4YCKA 3MSKA 2UXZA 4GIDA 1SIPA 5OYZA 3AUPA 3G72A 4PEPA 3LPIA 5HDVA 3TPLA 3K5FA 5P1GA 4Y3TA 3RTNA 1ZPKA 4CPRA 1FQXA 5P3TA 3GGVA 2PMAA 1HSGA 2P8HA 5I3YA 5P8CA 4NJTA 5DQCA 2QMFA 1E81E 2VIEA 5OZVA 2BPWA 2ZJJA 4ZIPA 2F3EA 5P4EA 1SH9A 5DPZA 1B11A 4I0EA 5DR8A 1B6MA 2PQZA 1XE6A 2I1AA 5P3SA 1IIQA 3NU6A 3UQXA 5P2GA 2HS2A 3PSYA 5P3HA 4A6BA 1SMRA 4YE3A 3K5DA 1HEFE 3SA3A 5P2AA 3GI4A 2ASIA 3KT2A 4Y4WA 1TCWA 4OBKA 3I2LA 5P0IA 1IDBA 5P4ZA 3MWSA 2QZKA 5P05A 4B00A 4JOOA 4L1AA 2R3WA 5P2VA 3PWWA 4DVFA 2WECA 5OYWA 1HTRB 3SA8A 3ER5E 5COOA 5P6OA 5P6WA 3LHGA 1FMBA 3R0YA 2AZBA 3PMYA 5C9FA 4FM6A 3INFA 2AOFA 5P57A 2JE4A 3CYXA 4S1GA 5E5KA 5APRE 1MSNA 5P11A 3B80A 2Q3KA 2WF1A 2J9JA 5P4HA 5KR0A 3PJ6A 5P2SA 4KB9A 2IGYA 4Y3JA 5ISJA 3QBFA 1ZAPA 2MIPA 3URJA 5P0XA 2QNPA 1HTGA 5P44A 2AVVA 5OZJA 3M9FA 1WBKA 3GI5A 5P2JA 1PROA 4RRNA 2I4WA 3UDPA 3VYDA 4F75A 3TPRA 4FRJA 2Q11A 2IQGA 5P0EA 3BUFA 5DR1A 2Q5KA 3O9IA 5P2HA 3KMYA 5J25A 2WEDA 5OZLA 1LYBA 5P6QA 2AZ9A 2ER7E 2OHRA 3TPJA 1MSMA 1FQ7A 2G27A 4DUSA 3UDNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QD7 A;  2G1N A;  1XN3 A;  2ER6 E;  5OZE A;  5P1S A;  1DAZ C;  4I11 A;  4Y47 A;  1FMX A;  5IVS A;  1FKN A;  5P0M A;  1AJX A;  5P1Y A;  5P2X A;  5P4S A;  5P3Y A;  4GJ9 A;  3PB5 A;  5P5O A;  1SDT A;  1XL2 A;  3L59 A;  1K1U A;  2WEA A;  4GYE A;  3R1G B;  2ZDZ A;  5P56 A;  5P50 A;  3LIN A;  1AXA A;  3TKW A;  2FDP A;  3HZC A;  3LPK A;  5OZH A;  3ZPS A;  4I1C A;  3U6A A;  1ME6 A;  4FL8 A;  3VLA A;  3KDC A;  2WF2 A;  3QRO A;  1YTI A;  3D1Y A;  2P3C A;  4Y3M A;  5P6C A;  2VA5 A;  4XX3 A;  5P53 A;  3KDD A;  3KYR A;  5P8M A;  4APE A;  4CKU A;  1K2B A;  4OD9 A;  3QRS A;  3S56 A;  1GNN A;  4DJR A;  4CPT A;  2OHN A;  4HDB A;  3UDY A;  4FIV A;  1MPP A;  3KFS A;  3GGU A;  4CPQ A;  4A4Q A;  5P38 A;  3FSM A;  3KT5 A;  3WZ8 A;  1HEG E;  3OAG A;  5OYU A;  2AQU A;  5P3U A;  4FAF A;  3O9E A;  5P03 A;  4ER2 E;  3OGP A;  4L1A B;  5KOS A;  2QI1 A;  5P7B A;  5DGW A;  1EPR E;  1HIH A;  3B7V A;  3GGX A;  5P8I A;  5P4B A;  3GGA A;  3FNS A;  4BEK A;  1KJG A;  5P4W A;  1RNE A;  3IN4 A;  1Z8C A;  4LXA A;  4K4P A;  1LF4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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