4HDBA

Crystal structure of hiv-1 protease mutants d30n complexed with inhibitor grl-0519
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Novel P2 tris-tetrahydrofuran group in antiviral compound 1 (GRL-0519) fills the S2 binding pocket of selected mutants of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4hdbA00
4R93A 3D1YA 2Q54A 4HVPA 1MT8A 4Y3DA 1XL2A 4DUSA 3Q5HA 2ZHSA 1FG8C 2IDWA 3TPLA 5P51A 3S85A 5P7UA 4TRYA 5OZZA 7UPJA 5P0HA 1T7JA 1HPSA 1EEDP 2PSVA 1K2CA 1K6PA 3N4LA 1G6LA 5P4SA 3APRE 5OYRA 2ER9E 4K9HA 2EWYA 3ZKQA 5P14A 5P64A 4GJCA 4DJVA 3D3TA 1XN3A 3KDDA 5OZ8A 1HHPA 5P4AA 4I1CA 4S1GA 5P17A 3MXDA 4Y5MA 1KJGA 5ER2E 5P6PA 4RVJA 2OHPA 2HB4A 4QJ6A 2VJ6A 3VF3A 5P3SA 3ER5E 1IZIA 4GJ9A 1AM5A 2VJ7A 3SM1A 4NJVA 3BXRA 5HDXA 4OBZB 5HDZA 4A6CA 1ME6A 5AHAA 2JE4A 5OZJA 5P6WA 3SA8A 3QAAA 4Q1XA 2BPVA 1GNOA 4AA8A 5P84A 4YDGA 4BFDA 3EKPA 4Y5CA 2QI6A 1B6JA 4Y3SA 2FMBA 4NJSA 3VUCA 4EXGA 4GJ5A 3TOFA 1HVSA 4OC6B 1J71A 5P04A 5OZGA 5P4EA 5P3JA 2FDPA 5P6XA 4J1HA 1MUIA 5P4LA 2Q63A 3UDQA 5P7SA 3PWWA 5P75A 2ZJMA 4K8SA 3QBHA 5OZUA 5P0LA 3T7XA 3UDKA 1E5OE 1T7KA 5AHBA 5P62A 4DJQA 5SZ9A 1AXAA 3QVCA 2FXDA 4I0FA 5P6EA 5P50A 1FEJC 5P23A 2I4WA 3FKTA 1META 2XYFA 5P80A 4Y54A 2AZ9A 5P60A 2AZBA 5P1QA 4FS4A 3T7PA 2F3FA 3LZVA 2Z4OA 2QMDA 4EP2A 2BPWA 5P69A 4F73A 4Y37A 1IDAA 4ZSQA 4J0TA 1CZIE 3EKQA 4ZE6A 4ZPFA 3FNSA 1K6CA 4QJ2A 2F80A 5P34A 2UPJA 5P3IA 2WEDA 2NNPA 4J17A 1G35A 5HU1A 2HM1A 3O9EA 5P7EA 1MESA 1OEXA 3MSLA 5OYUA 5P6FA 5P8KA 1LYBB 2Q5KA 4PZWA 1FLHA 5SXNA 2ANLA 3FV3A 4YE3A 5KR2A 4YOBA 4QJ9A 2OHQA 2B42A 2IRZA 4ACXA 3DUYA 1HVLA 3RU1A 2H6SA 4J0PA 5P1SA 2BKSA 2I0AA 2IENA 1EBZA 4H3IA 2IGXA 2QI1A 4Y3MA 3OQFA 1LYWB 4DV9A 1CMSA 4Y4TA 4Q5MA 4ZLSA 1F34A 3PSUA 2JXRA 4J0ZA 2WF0A 5P1MA 2FNSA 2VA5A 1C6XA 5P1XA 4BEKA 3BGBA 4DPFA 5P2QA 3B80A 1M43A 2NTRA 2QZXA 3OQKA 3G6ZA 4J5JA 4Y5BA 2Q11A 3O9FA 5P26A 2NPHA 1IZHA 5P29A 2VIEA 3UFLA 4A6BA 5OZ1A 4PZXA 3OK9A 1B6KA 3LITA 5P6KA 3SFCA 1K2BA 2I4XA 3CYWA 3ZPUA 2B60A 2G20A 3GGUA 5P20A 5P52A 5P73A 2QK5A 1FQ7A 4GJBA 2R43A 5P45A 5OZQA 3PSYA 4ER2E 5P42A 1C6YA 3SA3A 2HS2A 5P08A 5P7DA 3PLLA 3Q6YA 5P1PA 1FMUA 5P7WA 5P48A 1XE6A 2P3BA 3I2LA 3VV6A 3BRAA 5OZWA 3SABA 5IVRA 1FGCC 5DR4A 3KFRA 5DR0A 2QI7A 2RSPA 5P2EA 4CPQA 1Z1HA 4I0JA 3OY4A 4Z50A 2O4NA 3MWSA 4XKXA 3ZLQA 2BB9A 3ST5A 3OUBA 1QBUA 3UDHA 1PROA 4DJUA 4APRE 1HIVA 2OAHA 5P59A 3SA7A 2PQZA 1FMXA 1DIFA 2PK5A 4Y58A 1T6EX 3HW1A 3KT5A 3PCZA 4RCEA 1HSIA 2QD6A 3SKGA 5P4QA 1GNMA 3OHFA 4J1EA 5P8NA 4JPEA 1N49A 3U7SA 4R91A 3NU3A 2ZJJA 1MTRA 4B00A 3R4BA 4EPJA 5OZOA 1D4IA 1HPVA 4I11A 2HB2A 2IQGA 5OZ7A 5P40A 3EKXA 4F74A 4EWOA 2WF2A 1DW6C 1VIJA 3T7QA 1APVE 5P8VA 3D1ZA 1MRXA 5OZHA 2NXLA 4Y5NA 5P1UA 5P0RA 5DQ2A 3EKWA 5P5TA 1MRWA 2FLEA 5P2RA 2P4JA 5OZPA 1OHRA 5P1HA 1W50A 5P7MA 4MC9A 3SM2A 5P39A 5P7OA 1ZLFA 5P0QA 4N00A 2BKTA 5HE7A 1EPLE 1Z8CA 5P5PA 3FNUA 5P19A 3DCKA 7HVPA 2P3BB 4Q1YA 3L3AA 4B1CA 5P41A 1E81E 3ZKIA 5OZMA 4ZEAA 1HVIA 1YTGA 5P86A 5P1ZA 2VIYA 1TZSA 1DP5A 3LIVA 1XE5A 4QJAA 4I0EA 3GI5A 5P1EA 1ZP8A 5DPZA 5P1IA 1HEFE 4FAFA 4PYVA 1HVJA 3FIVA 5DR1A 4CP7A 5P28A 3OXVA 2J9JA 4LBTA 4CPWA 4JPCA 2PH6A 4LHHA 1ZTZA 5KQYA 5ENKA 5P2GA 5P1OA 5P5UA 5P0FA 3MSJA 4FSEA 3KDCA 3KT2A 2AOGA 4H1EA 3UQXA 1FMBA 3SO9A 3O9CA 4J1CA 2WJOA 5P57A 1W5XA 4KUPA 1HXWA 6APRE 4EJ8A 1HSHA 5P4TA 4RVXA 3OAGA 4MC6A 4RZ1A 1W6IA 5P0XA 1C6ZA 5P5IA 4Y3JA 2AZCA 4DJWA 2IKUA 1RNEA 3OGPA 1FFFC 5P58A 3EL5A 5P8QA 2VS2A 5OZ4A 3KMXA 4I12A 3OQ7A 2FGUA 5P7ZA 4DQEA 2QNPA 3S2OA 2ZDZA 5P6IA 2ER7E 3LIXA 3RTNA 3O9HA 3R0WA 2FIVA 3ZPTA 4D83A 4DJYA 2A4FA 5P2BA 5P5FA 2Q55A 3UQUA 3OWNA 2NXMA 4MC1A 4Y35A 2I0DA 2R8NA 3LZUA 5BS4A 5AGZA 5P10A 4PPHA 3QN8A 1QS8A 3I8WA 5EZXA 3PWMA 4YDFA 5P2FA 3OQDA 5P68A 3IGBA 5I70A 4U8WA 4YD6A 3F9QA 4FGXA 5P1JA 1SBGA 4FRKA 4EQJA 3NDTA 2VIJA 2QHCA 4GJAA 5P1FA 1OD1A 2CENA 4RLDA 2HPFA 1EC0A 2HAHA 1TCXA 1QBSA 2AODA 3S56A 5P2JA 4Q1WA 5P1TA 1UH7A 2V16C 1HVCA 5P0WA 2G26A 1D4LA 3INFA 3OUAA 4OC6A 3VSWA 2AOJA 3DV5A 4DFGA 4CPUA 3K5DA 3L5DA 3VYEA 1EC2A 5P6TA 1A94A 5P6GA 2JYSA 3KDBA 1PSOE 4XX3A 1LF3A 2PYNA 1FQXA 3PRSA 5P05A 5P00A 3OU1B 4WY6A 1IDBA 2QHZA 5P2UA 2PC0A 5OZVA 4Y3RA 3LPJA 1U8GA 3OU3A 4JECA 4RYCA 5P01A 1LEEA 5P0VA 2BBBA 1SIVA 3OAGB 5KR8A 4IVSA 2WHHA 4Y4EA 2CEMA 5UPJA 2QMFA 3NDUA 4YD5A 4HDPA 5P3HA 4KE1A 2G94A 5P3KA 4Y3ZA 1EPRE 4OD9B 3S45A 3L59A 3VG1A 4COEA 1PFZA 3KFNA 3O9AA 1A30A 3LZYA 4Z4XA 3BHEA 2QMPA 1SIPA 4GB2A 2G1NA 5P1NA 5I3VA 2BPYA 5P7VA 3EL9A 3RSVA 1EPOE 3I25A 1HRNA 1T6GA 1IVQA 5P33A 1SDUA 3TTPA 4I0GA 1BWBA 5OYTA 4JOOA 5P25A 2B7FA 3T11A 3UQRA 2OHTA 3O9BA 5P3RA 4GJ7A 4QJ8A 1PPKE 1WBKA 5P4ZA 1HEGE 4EP3A 3U6AA 3UDNA 1LYBA 1HTRB 1HSGA 5P2VA 3L5EA 3FNTA 5AH8A 5P32A 2OHLA 5HE5A 3SA6A 2F3KA 5P6SA 5P8TA 4Y9WA 3Q3TA 3NDXA 5P7PA 2HS1A 4Y5PA 2P3AA 4Q1NA 3EL0A 4FLGA 4GJ6A 1SMEA 5P2SA 1WBMA 2QNQA 5P5DA 2R3WA 2OF0A 5P82A 1ENTE 3QPJA 3PBDA 5P8PA 2ZHVA 1LYWA 1APWE 4NKKA 5P8RA 1QBTA 3O9DA 5P4XA 4L7GA 6UPJA 4EYRA 4Y5AA 5P6UA 5P5MA 3PI5A 5P8DA 3TL9A 5P27A 3LIYA 5OZ3A 3LIZA 4Y36A 5P6YA 1MT9A 5FIVA 2ZJHA 1D4YA 3OXCA 3KM4A 3QRSA 4RCDA 3R2FA 1BILA 3QS1A 5P49A 4LXMA 1XDHA 4GYEA 5P6ZA 3CKPA 4U7QA 4Y4AA 5P0NA 4KB9A 2ZHRA 5P5VA 3UHLA 1DMPA 4AA9A 4OBDA 4B0QA 3PBZA 2BQVA 4OBKA 3UDMA 1B11A 4Y3EA 1KZKA 5DQ1A 3IVIA 3KFPA 4Y5GA 2H6TA 2G1RA 1EBWA 1ODYA 5P5EA 4Y3TA 3LNKA 5P43A 5P53A 3DK1A 3DJKA 1XL5A 2QD7A 3NYGA 5P5RA 2AVOA 5DGWA 5P8GA 4GMIA 3RSXA 3EM6A 4DPIA 5P0MA 2OHSA 2RENA 2QD8A 1GVTA 3TKWA 4M8XA 1YG9A 3KYRA 5P7JA 4RRNA 3OOTA 2ZJLA 5P3LA 3GGVA 5I3XA 3FSMA 5P3GA 1K1TA 1UH8A 2QCIA 1NPAA 5P7YA 3JW2A 5P0AA 3EM4A 5P6BA 4DQCA 4Y3QA 5P6QA 3G72A 4DJRA 4Y4XA 5P72A 3URIA 5P2OA 5I3WA 5OZEA 3URJA 4FRSA 3SQFA 3CMSA 1ZAPA 5P3TA 2J9KA 2IEOA 1EC3A 2IGYA 3CIBA 2F3EA 5P4JA 3C9XA 1NSOA 5SY2A 3K5FA 1BWAA 4Y39A 4NJTA 5P4OA 2I4DA 2B8VA 3GW5A 3INHA 5P1CA 5P1LA 3K5CA 4Y44A 5P7CA 5P4HA 3IN3A 1BV7A 5P5KA 2PSUA 5P3MA 1HVRA 5C9DA 5P6NA 2AVVA 4DQGA 1E82E 5CLMA 1NPVA 3L5CA 5DQCA 2OHMA 5P4YA 5HU0A 1BVGA 3BUFA 3BXSA 3K4VA 5OZDA 1EPME 5P2CA 4PHVA 4DQBA 2RKGA 4NJUA 5P15A 2G21A 3VFAA 5P2ZA 2B7ZA 5P8HA 4E43A 3HD8A 4QGIA 5P4BA 4ZIPA 1HPXA 3ZKNA 1W5YA 3EC0A 1K1UA 5OZBA 1MVPA 4Y56A 4ACUA 3DM6A 4OBJA 1HPOA 1KJ4A 1D4JA 4HE9A 9HVPA 1AAQA 1YTIA 2VNNA 2AOCA 3L5FA 5OZKA 5P1VA 3EXOA 1B6PA 4Y3XA 5P2YA 1W6HA 5P6RA 5IVSA 1YM4A 2O4SA 3SACA 5P1KA 3WSJA 1B6LA 3EMYA 5P8SA 2NMZA 3SKFA 5P4UA 4EQ0A 2V13A 5P7RA 2QU2A 4JP9A 1NPWA 5DQ4A 1LF2A 4YD4A 4TVGA 2WEBA 1FB7A 3NU9A 5P44A 2O40A 5HDUA 5JFUA 3H0BA 1RQ9A 1BDLA 1K6TA 3S43B 5P5AA 1KJFA 1ODWA 2ZGAA 3PJ6A 4LL3A 4B78A 4I8ZA 2QZWA 3NU6A 3UDRA 1UH9A 3BGCA 5HCTA 5P31A 5OZ5A 4Y3AA 1OEWA 4Y3YA 5P3FA 1QDMA 2FDEA 5P4GA 3ER3E 2ZYEA 5P1RA 4Y4ZA 5P0SA 4J1IA 3LINA 3R1GB 3CKTA 4XXSA 5P02A 2Q3KA 5OYYA 5P5WA 4FM6A 3GI0A 3VYFA 1VIKA 1FQ6A 4D88A 4Y50A 4FM7A 2P3CA 5P7KA 2ZHUA 2R38A 2QZKA 2NXDA 4OBFA 5OYXA 6FIVA 3NUJA 5P0YA 2PMAA 5P6LA 5P0PA 1B6MA 4Y3WA 3MXEA 2IL2A 3OU4B 1HVHA 5ENMA 3GI4A 2VNMA 1IIQA 5P5GA 5P2AA 3QVIA 5P1GA 3Q4BA 2APRA 3PEPA 1C70A 5P8IA 3OHHA 3UTLA 5P24A 4I0IA 4J1KA 4R5NA 5P6AA 2QHYA 5P8JA 5SY3A 2VKMA 2ZJNA 5J25A 4EJKA 4RROA 4X7IA 2ZJIA 1M0BA 3NUOA 5P8LA 3AUPA 4PEPA 3RTHA 1FG6C 2O4PA 2G1OA 2OHUA 1CPIA 3WB4A 3TPJA 5P76A 5P8CA 1QRPE 2F81A 4LAPA 3PWRA 3TLHA 1MIQA 3OADB 2V00A 3OU1A 1MEUA 3KMYA 3WZ6A 2QP8A 2G22A 2O4LA 3A2OA 4A4QA 4DVFA 3DV1A 3NU5A 3NWXA 5P70A 1BXOA 3L38A 5COOA 5P5YA 5E5KA 3VF5A 4OD9A 3VEUA 2MIPA 5P3PA 3EL4A 3K5GA 2HC0A 3O99A 3VV8A 5P8FA 2QNNA 3VF7A 5P55A 3EKYA 3U71A 3ZKXA 1BDRA 5ER1E 4RGHA 5HE4A 3HZCA 5ISJA 1PSNA 4YOAA 5P3QA 5KQFA 1GVXA 1SGZA 3TNEA 3D91A 5P3YA 3ZKMA 5DR8A 1TW7A 3INEA 3D1XA 4H3FA 3CICA 5P4VA 5CONA 4L1AB 5P79A 1A9MA 4B70A 1BVEA 4OBGA 4FM8A 5P4DA 5P3BA 5OZYA 5P7GA 5P7QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4R93 A;  3D1Y A;  2Q54 A;  4HVP A;  1MT8 A;  4Y3D A;  1XL2 A;  4DUS A;  3Q5H A;  2ZHS A;  1FG8 C;  2IDW A;  3TPL A;  5P51 A;  3S85 A;  5P7U A;  4TRY A;  5OZZ A;  7UPJ A;  5P0H A;  1T7J A;  1HPS A;  1EED P;  2PSV A;  1K2C A;  1K6P A;  3N4L A;  1G6L A;  5P4S A;  3APR E;  5OYR A;  2ER9 E;  4K9H A;  2EWY A;  3ZKQ A;  5P14 A;  5P64 A;  4GJC A;  4DJV A;  3D3T A;  1XN3 A;  3KDD A;  5OZ8 A;  1HHP A;  5P4A A;  4I1C A;  4S1G A;  5P17 A;  3MXD A;  4Y5M A;  1KJG A;  5ER2 E;  5P6P A;  4RVJ A;  2OHP A;  2HB4 A;  4QJ6 A;  2VJ6 A;  3VF3 A;  5P3S A;  3ER5 E;  1IZI A;  4GJ9 A;  1AM5 A;  2VJ7 A;  3SM1 A;  4NJV A;  3BXR A;  5HDX A;  4OBZ B;  5HDZ A;  4A6C A;  1ME6 A;  5AHA A;  2JE4 A;  5OZJ A;  5P6W A;  3SA8 A;  3QAA A;  4Q1X A;  2BPV A;  1GNO A;  4AA8 A;  5P84 A;  4YDG A;  4BFD A;  3EKP A;  4Y5C A;  2QI6 A;  1B6J A;  4Y3S A;  2FMB A;  4NJS A;  3VUC A;  4EXG A;  4GJ5 A;  3TOF A;  1HVS A;  4OC6 B;  1J71 A;  5P04 A;  5OZG A;  5P4E A;  5P3J A;  2FDP A;  5P6X A;  4J1H A;  1MUI A;  5P4L A;  2Q63 A;  3UDQ A;  5P7S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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