4HDFA

Crystal structure of hiv-1 protease mutants v82a complexed with inhibitor grl-0519
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Novel P2 tris-tetrahydrofuran group in antiviral compound 1 (GRL-0519) fills the S2 binding pocket of selected mutants of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4hdfA00
1SP5A 5P5NA 3JVWA 1FMUA 5P5WA 5OZPA 1T6GA 4Z4XA 2HM1A 2I0AA 3L58A 3K4VC 3UQPA 3VLAA 4Y4GA 2B7FA 5P50A 5P1CA 3WZ7A 5P34A 5P4MA 2FIVA 1BDLA 4LC7A 1NPAA 1YG9A 3DK1A 2WJOA 4FIVA 4FLGA 1GVTA 5P8MA 2QMFA 5P4SA 4EJKA 5P4DA 3SLZA 4Q1NA 3NSHA 2AOJA 4EQ0A 1FFFC 5P0HA 4B72A 1ER8E 2Q5KA 5J25A 3FX5A 3RSXA 5P3RA 1LF4A 2HC0A 1XS7D 3LNKA 3DCKA 1AJVA 4AA8A 1M43A 5OZZA 2BPYA 3EL9A 3K5FA 4DH6A 1AM5A 2H6SA 4IVTA 2OHNA 2F8GA 1RV7A 5P3MA 5I3YA 5P8NA 1GVVA 5C9FA 5P4JA 2G26A 4Y3GA 1MVPA 4DQGA 5OZMA 4GJBA 5P1VA 4B78A 1D4SA 2Q55A 2R38A 3L5BA 4JOOA 1XL2A 2VIYA 2WF2A 1XN2A 4NJVA 2V10C 4Y37A 3TKWA 3EC0A 4CPRA 5P7JA 1EPQE 1GVXA 3BUHA 1FQXA 5P56A 3NDUA 1KJ7A 5P5SA 5P2XA 5P65A 1XL5A 5P2AA 4R5NA 5SXNA 1FB7A 1HEGE 5P1PA 4JPEA 1C6XA 1APWE 5KOSA 3URJA 3OU1A 2HIZA 2AVOA 4ZPGA 5KR1A 5P2ZA 1M4HA 4RCEA 5F00A 5UPJA 4I0ZA 3GGVA 4AUCA 3MXEA 5P2CA 2PSVA 4EYRA 4R91A 1MT9A 2IDWA 5P4IA 2IEOA 5OZ3A 5P3TA 5AH7A 2ZGAA 1C70A 5P87A 1SMRA 2QNNA 3FSMA 3HAUA 1PSNA 3OHHA 5P7AA 4HVPA 3LITA 2P4JA 1EBWA 1XN3A 3VCMA 2HB2A 4HE9A 4J54A 3UDQA 5P43A 3QPJA 4IVSA 4CPQA 2XYEA 4J1FA 1AAQA 3QP0A 2G24A 3N3IA 2RMPA 5KR0A 4F73A 2H6TA 4B1DA 5P6ZA 4LL3A 5IE1A 3INFA 1T7JA 3TOGA 3VSWA 5P0EA 1XDHA 2R8NA 4AZYA 5P75A 3L5DA 3PMUA 2QI1A 5P1GA 4Y48A 5P7MA 5P3IA 4FAEA 3OHFA 5OZXA 2XFIA 1PPLE 1SDTA 3O9EA 5P5ZA 1AJXA 4I8ZA 1K1UA 1K6CA 5P54A 3SQFA 4DFGA 5P8DA 4KE1A 2IKOA 4RVIA 5P2GA 1W6HA 2ZJLA 3DM6A 3RTNA 5P1WA 1B6MA 5P3LA 4FM6A 3UDHA 2FGVA 2NXMA 4RYCA 4DJVA 1B6JA 2ZJMA 1BDQA 4GZFA 3GI5A 1EBKC 5P6QA 5P51A 1HSGA 1LYAA 2HS1A 2O4KA 5P2KA 5P7YA 1HVRA 1RL8A 5P5BA 5P79A 2OF0A 2NMYA 5OZ1A 3EL4A 1W5YA 1MTRA 2AVQA 3UHLA 3TPJA 3JW2A 2PC0A 4OBKA 2XFJA 5HDXA 5P5GA 4L7JA 4QJAA 3OQ7A 4Y3ZA 3VV8A 4Q1WA 3KDDA 2O4LA 5P7UA 4Y3WA 5P5RA 1HOSA 3O9HA 5P74A 5P7WA 5P1SA 3OU4A 3NYGA 4BEKA 5P8TA 3WB5A 3FNSA 1IDBA 1E82E 2WF3A 2Q11A 5P31A 3AUPA 5T4SA 5P62A 2F80A 5JFPA 4OD9A 5P0SA 5P8FA 4Y4DA 3SO9A 2PYMA 1B11A 4HZTA 5P1EA 3OADA 3UDRA 1ME6A 3ER3E 1B6PA 1FQ4A 1D4IA 5ER1E 2ER6E 5OYYA 1BVGA 4YD6A 4U7QA 5AH6A 1IIQA 4LXKA 5P55A 1HTFA 3VYEA 2PK5A 1TSQA 1IZEA 1TSUA 3OUAA 3LZUA 5P7TA 3R1GB 3TL9A 5P2QA 5P69A 5P6RA 9HVPA 4J1IA 2O4PA 3DUYA 3Q3TA 5P3HA 4Y5BA 3NDWA 5AHCA 2HPFA 4EP2A 2OAHA 1D4KA 1UPJA 2ZHTA 5P0BA 3BGBA 1B5FA 3KFSA 3ER5E 5P8PA 2ER9E 2QI4A 5P39A 1EPME 1SDUA 2F3EA 1NH0A 2QZKA 5P7NA 4NPTA 2WHHA 5P02A 5P5LA 5AHAA 5P7KA 4Y57A 1ZTZA 3PWRA 2JJIA 5P6PA 3KMYA 5P3QA 2ER0E 2P3CA 1HVKA 3GGUA 5DR7A 4FRIA 4BFBA 1KZKA 5OYVA 5P0JA 2QU2A 5P27A 3ZLQA 3R0YA 1MT7A 4Y3FA 5P5QA 3UDPA 4CPXA 3OXVA 1IBQA 5P37A 1TCXA 3APRE 3VYFA 4J17A 4QJ6A 3L59A 2BJUA 1HEFE 3HBOA 5P19A 5P0PA 5DR8A 2O4NA 2VA5A 4FS4A 5P5CA 5KR2A 1W50A 1WBKA 4B05A 1LF2A 1TZSA 3MXDA 5P3DA 4MC9A 4FGXA 4XKXA 3KDCA 4CP7A 1QDMA 2AZBA 2CEMA 5OYTA 1IDAA 3GW5A 4Y4TA 3NU9A 5P1AA 5P63A 1FMXA 3PLDA 3VF7A 4L6BA 5P0VA 1HVSA 5P4NA 1APUE 1LV1A 4F74A 1HPSA 1NPVA 3IVIA 4TRYA 4RCDA 5P3JA 1EPPE 3UDKA 4APEA 2VIEA 2AVSA 5P8OA 2G20A 4NJUA 2IQGA 1AVFA 2Q3KA 4TRZA 2OHRA 1GVUA 3TPLA 1HXWA 2J9JB 2QD7A 2FDEA 3NXNA 3QN8A 3QI1A 1SGUA 2R43A 3I8WA 3LPIA 4Y3TA 2ZJJA 1ZAPA 3I2LA 5P0NA 1CZIE 4Y3AA 4U7VA 3HLOA 1IVQA 5P77A 1WBMA 5P16A 5P8AA 3PHVA 2JYSA 5P0LA 1ZP8A 5P1XA 3HDKA 2V12C 5P88A 5P33A 3KT5A 3ZKSA 3NDXA 2R5QA 4GJ5A 3OTSA 3QRSA 4Y5CA 1GNMA 1GNNA 1PPME 4X2LA 3SA4A 5ISJA 1BV9A 1TCWA 5P7EA 5P1TA 1RQ9A 1ZPAA 3KFNA 5OZ2A 4Y3HA 4B1EA 5P0CA 3T11A 5P71A 4DUSA 3S7MA 3OWNA 3ZPTA 4YBFA 3ECGA 1LYBB 4RZ1A 3TPRA 4Y4UA 4LHHA 4H3JA 4YHQA 5P00A 1HPXA 5P1RA 3PSUA 5OZAA 5P04A 3VV7A 1HHPA 4DQBA 5P22A 4ACXA 1NPWA 3QVIA 4Z50A 2V0ZC 3WSJA 1UH7A 1BV7A 4CMSA 2G1NA 4NKKA 5P4FA 1MEUA 2P3DA 4Q1XA 5OYQA 4OBHA 4GJ9A 4E43A 1BAIA 2IRZA 5P72A 2UPJA 3OQKA 3IN4A 3O9FA 5P0DA 3OQFA 1HXBA 3G6ZA 3O9CA 5P01A 5P8QA 5DQ1A 4S1GA 1DPJA 3EL0A 5OZOA 2IENA 5DQ4A 4K4RA 3OUCA 5COPA 2UXZA 4DJRA 3QBFA 2Q15A 5P2OA 5P41A 3OUBA 2WECA 5AHBA 3Q70A 5P8BA 4Y9WA 3IXOA 4I10A 1EEDP 3Q4BA 4Y58A 1Z1HA 3ZKNA 5OYZA 5IVQA 4I0DA 1HIVA 5P42A 1G35A 1W5VA 3FKTA 5P5MA 2AOIA 2I4QA 5P6AA 5OZGA 2NPHA 3H0BA 2CEJA 1KJGA 5P8VA 3D1YA 3T3CA 4Y5PA 3K5DA 5P80A 4BFDA 3T6IA 1FLHA 4L7HA 3PCWA 1YTGA 2QMPA 4ER4E 2FXDA 5P1HA 3OTYA 3RTMA 3M9FA 3BXRA 4N00A 1WKRA 5OZ4A 3INHA 5JFUA 1AIDA 4I8WA 4Y47A 4Y4EA 3RVIA 3URLA 1EBYA 3S43A 5P7XA 4YOAA 2QMDA 1IZDA 2VIJA 4NJSA 5P6NA 5P52A 1HIHA 1EC0A 5P12A 1J71A 3DJKA 2I4VA 1HVJA 4NPUA 2OHMA 4MC2A 2AODA 2O40A 3ZKQA 5P4VA 3SFCA 5HVPA 2I0DA 1BWBA 5COKA 2BPXA 4ZIPA 3TOFA 2QI6A 3FV3A 4R93A 4LAPA 3D1XA 5P68A 2VA6A 1OD1A 5P09A 1A9MA 5OYRA 4YCKA 3NR6A 2F81A 5P67A 3OU1B 3KM4A 2QI5A 5P4TA 3Q5HA 1F7AA 2O4SA 3OGQA 2PSUA 3UFLA 2P3BA 5SY3A 3U7SA 4XX3A 4HDFA 4PYVA 3FNTA 2P3BB 4YD3A 1LS5A 2AVVA 1SGZA 1SIVA 4F75A 4I0HA 5P3EA 5IVRA 5P6XA 1HTGA 4D89A 5P45A 3SM2A 5OZJA 5DQCA 3KYRA 5KQYA 5P0FA 1FIVA 3IN3A 3LHGA 1EC2A 1K2CA 4KUPA 2QI7A 3EKPA 5P5TA 2ZHUA 2QI0A 5DQ2A 1MERA 3LIQA 4Y5GA 4Z2ZA 5OZ0A 5P4WA 4I11A 5P7RA 5P7VA 4XXSA 4D8CA 2XFKA 4Q1YA 3GI6A 3WZ8A 4ER2E 5P2TA 4DJXA 5OZWA 1BILA 4Y53A 2B42A 1ZJ7A 5P3GA 3EMYA 1ODWA 3F9QA 5P8KA 2IKUA 3EKYA 1T6EX 4B0QA 3JVYA 3QAAA 4I0FA 2PH6A 5P76A 4HDBA 4KB9A 5JG1A 1DW6C 4QJ8A 1DIFA 2OHUA 3ZPSA 4J0YA 3PBZA 1BIMA 4Y5KA 4Y4XA 1ENTE 3CKTA 1PFZA 4FM8A 5I70A 4OC6A 5P0KA 4R92A 1E81E 2BB9A 4OC6B 2Z54A 4EJDA 2G27A 5CONA 5P7DA 1UH9A 3D1ZA 3K5GA 3U6AA 3EM4A 5P0ZA 3SPKA 2QP8A 2G1RA 4COEA 1A8KA 2WKZA 2R3WA 3BVAA 4ZPFA 4EQJA 2QI3A 3TPPA 1IZIA 2R3TA 3T7XA 4ZSMA 1LYAB 4H1EA 3BXSA 3OUDA 4WY1A 3LPKA 4Y3EA 5P2NA 5OYWA 4Y3YA 3PCZA 1BXQA 4Y4AA 5P20A 1G6LA 5DR4A 1MT8A 4FSLA 3PWWA 4B70A 5P26A 5P4LA 3U71A 5P8UA 5P78A 3TNEA 4EP3A 4Z22A 1HVLA 1LEEA 4EXGA 3INDA 5KAOA 4Y3JA 5P7QA 5P70A 3INEA 5P5DA 1CPIA 1FMBA 3ZMGA 3SAAA 3IVHA 3OU4B 3CYXA 4R8YA 5P7PA 1OHRA 4Y4BA 3RU1A 2ZHVA 5SZ9A 5PEPA 1BBSA 5P6OA 2HS2A 2PWCA 3R0WA 1B6LA 3NUOA 4ER1E 3UF3A 3BC4A 4J1HA 4OD9B 5P13A 5OYXA 2PWRA 4Y3SA 5P40A 2IGYA 3NXEA 4J0TA 5P2HA 3VEUA 1E80E 5P05A 3OADB 2Q63A 5P7CA 2ZHRA 4Y56A 4DI2A 1RPIA 3EKTA 3TKGA 3UDNA 2NNPA 5P2IA 4OBFA 5APRE 5DPZA 3ZKMA 3NU4A 3VFBA 2G94A 1PSAA 4Y4WA 3VSXA 1LYWA 5C9BA 3I25A 3CICA 5DR3A 5P4RA 4J1CA 3FIVA 3O9DA 5C9DA 1T3RA 1DMPA 4J0ZA 1CMSA 5P2LA 1EC1A 5KOQA 1META 5P61A 2NR6A 1G0VA 4QJ2A 5OZLA 5P1BA 4D85A 4GYEA 3GGAA 5P1NA 2QHZA 5BS4A 4K9HA 1EBZA 3DV1A 5P82A 3PRSA 1ZLFA 5P6CA 5P8EA 5P1ZA 1B5FB 2QHYA 4FAFA 4OBDA 4I0JA 2J9KA 3D91A 3OY4A 4L1AA 4YDFA 5P17A 2XYFA 5P4XA 2B60A 4DPFA 4FRSA 5P81A 5P89A 1PROA 3GGXA 4ZEAA 2NXDA 1OEWA 1HTRB 5P5OA 5P83A 4H3FA 4RGHA 5P7HA 4GJ7A 5P6LA 1EPOE 5P8CA 4LP9A 2WEDA 1PPKE 5P7GA 2FDPA 6UPJA 2I1AA 3WB4A 3LIXA 5IS4A 5P1YA 5P18A 5P6FA 2PYNA 2FDDA 4PEPA 5IVSA 3ST5A 5OZSA 4HEGA 1PSOE 5P8IA 4I0GA 3UQUA 3CMSA 2QMGA 1EC3A 1HIIA 5P0QA 3URIA 4CPSA 2V11C 3NU5A 2FNTA 2ANLA 2R5PA 2I4DA 5AH9A 1HSIA 5HE5A 5HDUA 3UQRA 3O99A 5P4YA 3WZ6A 2Q64A 3B7VA 4I12A 5OZIA 3KA2A 1YT9A 5P84A 2AZCA 2WF0A 5COOA 3OK9A 3QRMA 1W51A 2AVMA 5KQFA 3SABA 3SACA 2P3AA 2WEAA 1QS8A 2FGUA 3O9IA 2F3KA 1EPRE 1FGCC 3UDMA 5P0RA 2HB4A 5P0UA 1M0BA 5OZ7A 5P0OA 5P5YA 3EKXA 4EWOA 5P7SA 3OU3A 3BVBA 5HCOA 1C6YA 1BXOA 1SDVA 2QD6A 5AGZA 5ISKA 3HVPA 5P8HA 5ER2E 5OZDA 3KMXA 3OAGA 3TOHA 5OZTA 2FLEA 3NU6A 4FRJA 3TH9A 1HSHA 4GJCA 5P0WA 5TOLA 4CPWA 5E5KA 1FG8C 1K2BA 2QD8A 4Y3DA 3AIDA 1DP5A 4U8WA 4ZPEA 4DQFA 3EXOA 5P8RA 3IGBA 4Y5NA 2QCIA 3PI0A 4PZWA 4FSEA 5P3ZA 3PVKA 1U8GA 2VJ6A 5P4KA 1KJ4A 3S7LA 5P25A 4UPJA 3CIDA 5P6TA 4CPUA 4DJUA 2G1OA 2WEBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SP5 A;  5P5N A;  3JVW A;  1FMU A;  5P5W A;  5OZP A;  1T6G A;  4Z4X A;  2HM1 A;  2I0A A;  3L58 A;  3K4V C;  3UQP A;  3VLA A;  4Y4G A;  2B7F A;  5P50 A;  5P1C A;  3WZ7 A;  5P34 A;  5P4M A;  2FIV A;  1BDL A;  4LC7 A;  1NPA A;  1YG9 A;  3DK1 A;  2WJO A;  4FIV A;  4FLG A;  1GVT A;  5P8M A;  2QMF A;  5P4S A;  4EJK A;  5P4D A;  3SLZ A;  4Q1N A;  3NSH A;  2AOJ A;  4EQ0 A;  1FFF C;  5P0H A;  4B72 A;  1ER8 E;  2Q5K A;  5J25 A;  3FX5 A;  3RSX A;  5P3R A;  1LF4 A;  2HC0 A;  1XS7 D;  3LNK A;  3DCK A;  1AJV A;  4AA8 A;  1M43 A;  5OZZ A;  2BPY A;  3EL9 A;  3K5F A;  4DH6 A;  1AM5 A;  2H6S A;  4IVT A;  2OHN A;  2F8G A;  1RV7 A;  5P3M A;  5I3Y A;  5P8N A;  1GVV A;  5C9F A;  5P4J A;  2G26 A;  4Y3G A;  1MVP A;  4DQG A;  5OZM A;  4GJB A;  5P1V A;  4B78 A;  1D4S A;  2Q55 A;  2R38 A;  3L5B A;  4JOO A;  1XL2 A;  2VIY A;  2WF2 A;  1XN2 A;  4NJV A;  2V10 C;  4Y37 A;  3TKW A;  3EC0 A;  4CPR A;  5P7J A;  1EPQ E;  1GVX A;  3BUH A;  1FQX A;  5P56 A;  3NDU A;  1KJ7 A;  5P5S A;  5P2X A;  5P65 A;  1XL5 A;  5P2A A;  4R5N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2ASI A;  4OBJ A;  1TQF A;  3TTP A;  1XE6 A;  4J1E A;  1G2K A;  3PSY A;  2BPZ A;  5OZE A;  4YCY A;  4RRN A;  3PSG A;  1N49 A;  2NTR A;  4QJ9 A;  3S54 A;  2AID A;  3O9B A;  1FG6 C;  3RTH A;  2B8L A;  5OYS A;  1C6Z A;  4Y3L A;  5P32 A;  1SH9 A;  4QLH A;  5P66 A;  2AOC A;  1NSO A;  4EHC A;  5P59 A;  2NMZ A;  4OBG A;  3OXX A;  3OQD A;  4A4Q A;  2F3F A;  2AZ8 A;  5P2Y A;  4DV9 A;  5P1L A;  5HU1 A;  1QBT A;  5P7Z A;  1LF3 A;  3VF3 A;  3A2O A;  4J0P A;  3G72 A;  1HWR A;  3EKQ A;  4Y3N A;  3C9X A;  3H5B A;  4Y3R A;  1FEJ C;  3VUC A;  3BHE A;  5P85 A;  3UDJ A;  4OBZ A;  3PGI A;  4DJQ A;  2G69 A;  4OBZ B;  5I3W A;  4I0E A;  3R2F A;  4DQH A;  3NU3 A;  5P0M A;  1MSM A;  1QRP E;  4GJA A;  3OAG B;  5P3N A;  5P3V A;  2I4X A;  6APR E;  2ER7 E;  3HAW A;  5P11 A;  2V13 A;  5HCT A;  5P1I A;  5P5I A;  4DJW A;  2J9J A;  3TLH A;  4B77 A;  4Y4Z A;  3QIH A;  5HD0 A;  2BKS A;  4FL8 A;  5P03 A;  4APR E;  5P4A A;  4Y6M A;  5P5U A;  4QGI A;  1B6K A;  3D20 A;  7HVP A;  3ZKG A;  5P2S A;  2G22 A;  3BRA A;  3OOZ A;  1SBG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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