4HDFA

Crystal structure of hiv-1 protease mutants v82a complexed with inhibitor grl-0519
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Novel P2 tris-tetrahydrofuran group in antiviral compound 1 (GRL-0519) fills the S2 binding pocket of selected mutants of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4hdfA00
4CPQA 2G22A 1T6EX 1HVRA 1MRWA 5P47A 5P80A 4Y4XA 1ODXA 5P7SA 2V00A 1G6LA 2QHCA 5OZEA 5F00A 4WY6A 3OADB 5P8UA 3PI0A 4Y3HA 1B6MA 3QROA 4KB9A 3DV5A 3S43B 1LF3A 1ODYA 5P8LA 5HU1A 3DCKA 2HIZA 3NDUA 4LL3A 4QJ2A 5P6CA 2XFKA 3TH9A 2XFIA 5P5QA 4JOOA 5I3WA 1YG9A 5DR7A 2ZHSA 2WKZA 1EEDP 5P7MA 1K6PA 2AVMA 3EKPA 5P70A 2VS2A 1A8KA 3INEA 3TOGA 3QBFA 4J1HA 1W5VA 4FCOA 2WF3A 5P2OA 4Y58A 3PEPA 3DJKA 1YTIA 2PYNA 3RSXA 4QJ8A 1TZSA 5P10A 3T7QA 3OTYA 1D4HA 4I12A 4DI2A 5OYVA 2OF0A 3PMYA 3EL9A 1C70A 5P6MA 3S45A 1MIQA 5DGUA 3L58A 5COPA 2QMDA 3TPRA 4EJLA 1QBUA 3Q6YA 5P2HA 4J1FA 3KMXA 5DQ4A 5P5LA 3ZKNA 2AOGA 1SBGA 5P4DA 5P1SA 3GGAA 5P4PA 3S56A 4K4RA 2RMPA 3OXXA 3OWNA 4PHVA 4XKXA 3IN4A 1BXQA 5P5OA 4NJSA 1C6ZA 5P2FA 2BKSA 5KR2A 5P6BA 4RVXA 1PPME 1LF4A 2FXDA 5P0JA 3CIBA 4GYEA 5P5GA 2OHMA 4DJQA 1A8GA 2A4FA 1BWAA 4FM6A 1HIVA 5P1NA 1GNMA 3VSXA 3NU4A 4DQFA 3QBHA 5P8SA 1VIKA 4J0ZA 5P3FA 5P8HA 5SY3A 5P63A 1WKRA 2PC0A 2O4PA 2QMFA 4CPXA 5P3YA 4R92A 3UPJA 1W6IA 3UDQA 3OHFA 2H6SA 3Q3TA 5P33A 2R3TA 2P3BB 5P46A 2Q11A 5JODA 1D4SA 5P0PA 5IE1A 3SQFA 2HB4A 1YTGA 1FQ7A 5P4UA 1HPSA 3PSUA 4NPUA 5P8IA 5OZKA 3INDA 3WZ8A 1ZPKA 2QCIA 3LIYA 3WB5A 3PGIA 5FIVA 5COOA 4J0YA 1UPJA 3M9FA 5P8NA 5P2XA 1XS7D 4X2LA 4BFDA 5P2IA 1MSNA 4ZPEA 5P1CA 5P3CA 1E80E 3UTLA 5P8QA 2O4KA 3SA8A 5P7EA 1RV7A 3R0WA 5DGWA 3K4VA 4L1AA 5P1IA 3CIDA 3KN0A 2NPHA 1UH7A 2P83A 4EQ0A 5HE4A 4Y5AA 1QS8A 3EM6A 4R93A 5P1ZA 4Y48A 4HDFA 5P37A 5P6WA 2B60A 3LHGA 5P7NA 4Y3FA 3SKGA 3SA4A 1D4KA 5P6TA 3L5EA 3T3CA 1MPPA 5P12A 5P0MA 5HE5A 5OYSA 3BUFA 3SABA 4FSLA 5P3EA 1WBMA 1E81E 4B70A 4Y3NA 1RNEA 2QI0A 1BXOA 5P5SA 1EPME 1G0VA 4RYGA 5P6EA 1D4JA 2O4SA 5P0YA 5P3OA 5P1QA 2FMBA 4TRZA 4AZYA 2XYFA 1MTBA 1IZDA 5OZWA 5OZZA 3PWRA 1RQ9A 1Z8CA 5ER1E 1T7KA 3OXVA 4KUPA 1PSAA 5P6FA 4Y3ZA 2UXZA 5P5ZA 4XXSA 5P7RA 3UQPA 5HDUA 4J1EA 5P77A 3O9CA 5ER2E 5P58A 5P3MA 3HLOA 3OU3A 3EKTA 1B6JA 2NTRA 5P2RA 5P4JA 4NJUA 3VFAA 3Q5HA 3LITA 1MT9A 1W50A 4K9HA 3L5CA 5P3JA 3ZKMA 1K6TA 3S2OA 3ZKXA 3OU4A 1HVCA 4N00A 4ZSPA 3OXCA 3BXSA 3IGBA 5P1JA 2OHUA 5P3WA 5P04A 8HVPA 5P6LA 3PJ6A 2HB3A 4NPTA 5P4KA 2APRA 4YOBA 2QI3A 4R5NA 1EAGA 5P31A 1EC0A 1HEGE 2QNQA 1APUE 5P4HA 5P85A 5P3TA 1KJGA 1EC1A 5P89A 5IS4A 4H3IA 5P6JA 2RENA 1HSIA 4I1CA 4Q5MA 1HWRA 4F73A 2WECA 4HDBA 4I8ZA 3BHEA 2P3DA 4Y57A 3OU1B 2OAHA 4KE0A 2RKGA 3DV1A 5P8DA 5P2WA 5P4CA 5HCOA 1PPKE 3GI5A 1ODWA 5HVPA 5EZZA 3KFPA 4ZIPA 5P60A 3O9AA 5P49A 5P6DA 1ZPAA 2AQUA 5JFUA 3RTHA 4IVTA 5HD0A 5P2UA 3KYRA 2HM1A 3ZPUA 1GKTA 2VNMA 1F7AA 1TCXA 4Y4AA 4JP9A 2WEAA 1GVXA 3O9GA 1GNOA 5BRYA 2PSUA 3PM4A 2AZ9A 5B18A 3KDDA 2EWYA 1VIJA 5OZ0A 3BUHA 2QI6A 3R4BA 4CP7A 5P7WA 4GJDA 3I6OA 3S53A 5P3AA 3TOFA 2PSGA 5P4OA 2QI1A 4HE9A 5P6QA 5P1HA 5P1GA 4HEGA 2HB2A 3GGXA 4DJYA 4NJVA 3OQKA 5SY2A 4Y4GA 2G24A 5DQCA 5IVTA 5P03A 3QI1A 2JJJA 3KFNA 5P87A 2HAHA 2G1YA 1GVTA 4DPFA 5P24A 2PH8A 4Y5LA 4Y35A 3TNEA 2WF2A 3SLZA 3C9XA 5UPJA 4FM8A 5P53A 1KZKA 5P2JA 4ZSQA 5P2LA 2OHNA 3EKQA 5P4BA 5P2KA 2ZJIA 4J17A 5P3PA 4YCYA 4OC6B 5IVQA 5P34A 5P64A 2FXEA 5OZDA 5KQXA 5BS4A 1ME6A 3LZYA 5P3ZA 4DJXA 1B5FA 1NPAA 2R3WA 1T3RA 5P0TA 2WEDA 3VCMA 2ZHRA 1ZSFA 3KDBA 4CPUA 3WB4A 5OZ7A 4J54A 2WF0A 4CPSA 5P7DA 2QD6A 2FDDA 5P59A 3UHLA 1HEFE 4PEPA 5P3VA 4D85A 4LBTA 2A1EA 5P0NA 3U6AA 1A30A 4RYCA 5P8GA 1Q9PA 4D88A 5P7HA 5IVSA 1U8GA 5KAOA 2ZGAA 2IKOA 5P13A 5P18A 3TKWA 5P86A 2I4UA 3K1WA 3MXEA 3TPLA 3VF3A 4APRE 3KF0A 3RTMA 5P7LA 1HTGA 4GJ7A 4HVPA 4B1DA 3BRAA 1D4LA 2CEJA 5OZAA 5C9BA 5P4LA 5P57A 1MT7A 3EL1A 2PK6A 5OZUA 1XN2A 4ZPGA 5ENMA 1EBKC 4GMIA 5P2MA 4QGIA 1T7JA 1W5XA 3ER5E 1T6GA 4WTUA 5P8JA 5P2AA 5JFPA 4YBIA 4DUSA 2QI5A 1KJHA 4PPHA 4A6CA 4Y38A 5AH9A 2R5QA 1BV9A 3LZVA 5P66A 3HZCA 4Q1WA 4OD9B 2OHQA 5P79A 4EPJA 3IVHA 2PYMA 4DH6A 4FM7A 2VIZA 5P19A 3SM1A 1K1UA 5P2DA 5DR4A 5OZQA 1IBQA 3OQ7A 3UDPA 5P4MA 3S7LA 2QNNA 2BB9A 1FLHA 5P6UA 5P7VA 2I4DA 5AHBA 5AGZA 2QZXA 2WL0A 3IXJA 5OZJA 4DQGA 3GI0A 3BGCA 5P56A 5P1MA 3I2LA 3RVIA 3URIA 1LYWB 3UFLA 5OZFA 5P6IA 5P3XA 3VLBA 4MC1A 4Y3LA 5CLMA 3OADA 2R43A 4FRKA 5HCTA 4DQCA 3QN8A 4Y37A 1B6KA 3HW1A 1IDAA 3S43A 2F3EA 4RZ1A 1SDVA 3EBZA 3ER3E 5P01A 5P7PA 1FG6C 2IGYA 3OUCA 3WZ7A 2V16C 3EMYA 4Q1XA 3FNUA 3QVIA 1D4IA 5P3NA 5HDXA 5P6YA 3OAGA 2ZHTA 5P88A 1K6VA 4I10A 2NMYA 4I0IA 4EWOA 4B77A 2J9JB 1MERA 2VA6A 3LPIA 1XE5A 3EKVA 5P52A 1G35A 5P2ZA 4I0ZA 5P02A 1RL8A 3CYWA 5P09A 3TKGA 3EXOA 5P7AA 1ENTE 1SDTA 3QIHA 5P7QA 1FKNA 3PB5A 4Y5CA 5KOQA 2V10C 4DV9A 3QAAA 4J0VA 2AOFA 5P5BA 4Y3EA 4X7IA 3R0YA 1HBVA 5P48A 2QU2A 3CKRA 4HA5A 3LNKA 4LAPA 4Y4EA 3DM6A 1WBKA 1DP5A 4GJ5A 4CMSA 4OBHA 3TPJA 2AVQA 2Q5KA 4QJ9A 2FDEA 7HVPA 1DPJA 4B0QA 2WEZA 1UH8A 3T7PA 1NPVA 5P7XA 1OHRA 5P43A 2H6TA 5P6PA 1BBSA 4DJVA 3LINA 4FLGA 1HHPA 2Z4OA 2ZJLA 1HOSA 4E43A 5P3IA 4DFGA 2IS0A 1B6LA 3GW5A 4A6BA 5KOSA 5P8VA 2BKTA 3PBDA 4Y5NA 2QAKA 4Y4DA 4JECA 4Y3JA 5T4SA 4TVHA 5OZLA 5P7FA 5P5KA 5DQ1A 1FIVA 1E82E 1HSGA 2QZWA 4Y4BA 2P3BA 3OY4A 3OUDA 3TL9A 2BPXA 3G70A 1D4YA 5P4EA 4Y54A 5P8MA 4R95A 1MUIA 3LIZA 3OQAA 1YM2A 3IVIA 3RU1A 3UQUA 5P3BA 3FV3A 3VG1A 5AHAA 5P4ZA 2F80A 2FGUA 1GVWA 3K5CA 3KT2A 1XL2A 5P0HA 5P2TA 3MSJA 1EPQE 4RCDA 3EKWA 4PZWA 3SPKA 5P0RA 4GB2A 1AJXA 4RRSA 4DPIA 5P1FA 5P1VA 1JLDA 2OHPA 1M43A 2AOJA 4I0GA 4U7VA 4Y3WA 4YA8A 4Y3DA 1FQ6A 3I8WA 5TOLA 1IZEA 4EXGA 4Y3PA 4D89A 1J71A 4RGHA 5P62A 3VSWA 3R1GB 3NU6A 4AUCA 3OXWA 5P5VA 4A4QA 3NWXA 4L1AB 5P5HA 3L59A 1KJFA 2AZ8A 4YCTA 1PROA 4QJ7A 2QP8A 5P17A 2ER6E 1HXBA 5P4QA 3ZPTA 3EKYA 3BXRA 5P8CA 5P06A 2FDPA 2R8NA 1HVSA 2I4QA 3KFRA 5OYWA 4ER4E 1HSHA 4UPJA 3FNTA 5P35A 5P3HA 4AMTA 5AH6A 2P3CA 5P32A 4L7GA 4I0FA 1LYBB 2I4XA 3AIDA 3SO9A 1PPLE 3QPJA 4F75A 2HS1A 4DVFA 5AHCA 1C6YA 4HLAA 3CKTA 3IAWA 3EM4A 5P26A 5HDZA 4Z50A 4GJCA 3VYDA 3EL4A 5KQFA 4OBZA 5OZPA 1AIDA 4FIVA 4Y47A 3URJA 1EPPE 5P72A 3A2OA 4EP2A 3ZOVA 5OZOA 4Y41A 4Y3MA 2G21A 5P00A 1BIMA 4Y36A 2VKMA 2AOEA 5P05A 1M4HA 4TRWA 4Y6MA 2OHSA 2IGXA 5P6ZA 2HPEA 4Y5MA 4ER1E 1EPNE 1Z1RA 5P5UA 4Y3YA 3I25A 3RSVA 4MC2A 5P30A 1HVJA 3UDJA 2I4WA 1Z1HA 5P5AA 4I0HA 4IVSA 4FAFA 5DPZA 2I0AA 3PWMA 3ST5A 4PZXA 3H0BA 4QJ6A 1NH0A 5P15A 4LXKA 3ZKGA 1MTRA 5P83A 1LV1A 5OZRA 5ISJA 5P8FA 3OU1A 5P6XA 2QI7A 1HPXA 3PSGA 2F8GA 3B7VA 1ER8E 3D1YA 1NPWA 3QVCA 5P0FA 4YCKA 5P2VA 4ZSRA 4I0DA 4Y9WA 4L7JA 3VLAA 1TSUA 2QZLA 1E5OE 5P0VA 3HDKA 4DQHA 4OBGA 5P0UA 2AVSA 3ZL7A 5C9FA 3WZ6A 2G20A 5P2NA 1CMSA 2AZBA 3OQDA 2VJ9A 1DW6C 4CPRA 5P50A 2PH6A 2PK5A 5AH7A 1SMRA 3OOZA 4RLDA 5P0XA 4Y3XA 3BVBA 3RTNA 4U7QA 7UPJA 5EZXA 1W5YA 1BDRA 1FB7A 5P23A 5P5CA 5P7GA 1QRPE 4Y53A 3O9LB 4JPCA 5OZ2A 1AJVA 4Y56A 5J25A 1TSQA 1RPIA 5P2CA 5P0EA 5P4IA 1APTE 5P7KA 2O40A 4ZEAA 5P6SA 4FRJA 3L5BA 5P27A 5P36A 1HIIA 4Y50A 2QHYA 4Q1YA 1FQ4A 2QD7A 4H3FA 3NDTA 5OZMA 4Z4XA 4B72A 2AZCA 3NLSA 5APRE 2PSVA 3SKFA 1UH9A 5P2GA 3ZKSA 4I8WA 3HVGA 4RROA 5P16A 1LS5A 3QRMA 1EPRE 5P2BA 2NNPA 4OC6A 4Y4TA 3CYXA 4COEA 4CKUA 4GJAA 3L5FA 5P8AA 4Y5KA 3KM4A 3KDCA 5SXNA 3OK9A 4Y5GA 1XL5A 4LP9A 6FIVA 3APRE 3LIVA 5P54A 4LXMA 2PWRA 4YBFA 3K5DA 5P8BA 3LPJA 4YE3A 4Z2ZA 5P71A 4EQJA 5P5JA 2FS4A 2OHRA 3KT5A 3O9HA 3UDHA 3PSYA 5P7OA 1EPOE 2I1AA 2BPVA 5P7IA 1K2CA 5OZYA 5P0WA 5KR1A 3ZLQA 5KQZA 4AA9A 3ECGA 3D91A 3UQXA 5OZCA 1HVKA 2WF1A 5DR8A 2BJUA 2J9KA 4B78A 2P3AA 4Y5BA 5P39A 4RCEA 1HPVA 4YD5A 5P0IA 2P8HA 5P0LA 4EJDA 4J0TA 3O9EA 1FEJC 4GJ6A 3UQWA 4J0PA 2BPWA 1A9MA 4FSEA 4DJWA 4H3JA 3UQRA 4J1CA 2CEMA 1BVGA 3SA9A 4S1GA 1ZBGA 1MESA 1DAZC 1GNNA 1KJ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CPQ A;  2G22 A;  1T6E X;  1HVR A;  1MRW A;  5P47 A;  5P80 A;  4Y4X A;  1ODX A;  5P7S A;  2V00 A;  1G6L A;  2QHC A;  5OZE A;  5F00 A;  4WY6 A;  3OAD B;  5P8U A;  3PI0 A;  4Y3H A;  1B6M A;  3QRO A;  4KB9 A;  3DV5 A;  3S43 B;  1LF3 A;  1ODY A;  5P8L A;  5HU1 A;  3DCK A;  2HIZ A;  3NDU A;  4LL3 A;  4QJ2 A;  5P6C A;  2XFK A;  3TH9 A;  2XFI A;  5P5Q A;  4JOO A;  5I3W A;  1YG9 A;  5DR7 A;  2ZHS A;  2WKZ A;  1EED P;  5P7M A;  1K6P A;  2AVM A;  3EKP A;  5P70 A;  2VS2 A;  1A8K A;  3INE A;  3TOG A;  3QBF A;  4J1H A;  1W5V A;  4FCO A;  2WF3 A;  5P2O A;  4Y58 A;  3PEP A;  3DJK A;  1YTI A;  2PYN A;  3RSX A;  4QJ8 A;  1TZS A;  5P10 A;  3T7Q A;  3OTY A;  1D4H A;  4I12 A;  4DI2 A;  5OYV A;  2OF0 A;  3PMY A;  3EL9 A;  1C70 A;  5P6M A;  3S45 A;  1MIQ A;  5DGU A;  3L58 A;  5COP A;  2QMD A;  3TPR A;  4EJL A;  1QBU A;  3Q6Y A;  5P2H A;  4J1F A;  3KMX A;  5DQ4 A;  5P5L A;  3ZKN A;  2AOG A;  1SBG A;  5P4D A;  5P1S A;  3GGA A;  5P4P A;  3S56 A;  4K4R A;  2RMP A;  3OXX A;  3OWN A;  4PHV A;  4XKX A;  3IN4 A;  1BXQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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