4HDPA

Crystal structure of hiv-1 protease mutants i50v complexed with inhibitor grl-0519
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Novel P2 tris-tetrahydrofuran group in antiviral compound 1 (GRL-0519) fills the S2 binding pocket of selected mutants of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords HIV-1 Protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4hdpA00
2QNPA 4OBDA 5P4VA 3GI4A 2A4FA 1B5FA 3PI5A 4YOAA 2RKGA 3RTMA 3LZYA 3O9LA 3EKYA 5P6MA 5P1UA 3NWQA 4Y35A 4EPJA 1ZJ7A 5P3IA 4PEPA 2AZBA 2UY0A 5P7CA 5P19A 4LHHA 1F7AA 2QZKA 1LF3A 2QI3A 1IZEA 4Z50A 4YBIA 2WKZA 3CIBA 4LL3A 1GVWA 3PSYA 4FM7A 3TH9A 5P4HA 4Q1WA 5OYZA 5TOLA 2UPJA 2AIDA 4DH6A 3HAWA 3BGBA 3ZPTA 3TOHA 3HW1A 5P7FA 4RYCA 4PZXA 5P3GA 5KR2A 1FQXA 5P31A 2FNTA 2G1RA 1MERA 4APEA 2AVMA 5P3BA 1LYBA 3S7LA 5P73A 1F34A 4H3IA 4Y4GA 3SAAA 1IZHA 4Y5CA 4FE6A 5P7RA 4JECA 5P2HA 1QDMA 4A6BA 4Y3TA 5OZ6A 2AOGA 3ZLQA 2PSVA 2I4XA 1W6HA 2VJ6A 3EKPA 4U8WA 5P3UA 5P5PA 1FEJC 2QHZA 1ODYA 1K6PA 3PMUA 3TL9A 3L5EA 4J1IA 2ER9E 5P8RA 5OZ5A 4OC6B 5P7SA 1MUIA 3UDMA 1HHPA 1G2KA 4EQJA 5OZ3A 4FM8A 3QS1A 4GYEA 4YOBA 2VNMA 3OQFA 4RVIA 5KR1A 1SIPA 3LPKA 5P2IA 1RPIA 5P3VA 5P6TA 3NU6A 3LIQA 3HD8A 3OUCA 2NTRA 2NNKA 1BIMA 5P60A 4GIDA 4K4PA 4FLGA 5SXNA 4B0QA 1PPLE 5P0BA 4ER1E 5P1XA 2IDWA 3DV5A 3PSUA 4Y3SA 2WF3A 2QMPA 4AUCA 2Q5KA 3NWXA 5P4JA 3G70A 4I10A 3K5CA 4I0EA 4ZPFA 5P6QA 4Y4DA 4FS4A 4J1CA 2AZ9A 3OU1B 4A6CA 3O9LB 4TVGA 5OZVA 2PH6A 3HVGA 1MTBA 4DUSA 5P7YA 1FG6C 2HC0A 5OZUA 3NLSA 3NUOA 4Y5GA 2SAMA 3G72A 1BV9A 3O9IA 4Y4AA 3OQAA 2V00A 5OZCA 1TW7A 5ISJA 5P6VA 3VCMA 4H3GA 2VJ9A 2NXMA 3D3TA 1BV7A 5OYQA 2P3BA 4HVPA 4AMTA 1W50A 3F9QA 4M8XA 3O9AA 3UDNA 4CPTA 1FQ5A 4FSLA 1MVPA 4FL8A 3UQRA 5P6HA 3SA3A 3IXOA 1IZIA 5OZOA 2FXEA 1HTFA 5DQ1A 3AUPA 3GI6A 4J1FA 4M8YA 2PSGA 2PWRA 5P54A 3L5BA 4MC2A 5P0MA 3PWRA 3KDCA 3OU4B 3EL0A 3R0WA 4Y3EA 5P29A 5P1AA 2J9JB 5P6EA 3VV6A 5KOQA 5P5OA 4Y3NA 3OHFA 1QBUA 3KN0A 1ENTE 3LINA 3QBHA 3GGVA 3VF7A 5P0IA 2G24A 2CEMA 1FMUA 3L58A 3OAGA 3TLHA 1HVIA 2O4NA 3OADA 5P2EA 4GJCA 3VV8A 1N49A 4XX4A 3INEA 3UDQA 3O9HA 3PI0A 4Y41A 5P2YA 3EL1A 3PSGA 5P3SA 7UPJA 5P5MA 1D4YA 5P8MA 3O9GA 5KR0A 5P7QA 4GJ5A 5P4NA 1A9MA 2P3CA 4JPEA 5P66A 4F73A 3S45A 3KM4A 1QBTA 2ZJMA 5P8PA 2Q11A 2FXDA 1T6GA 4GMIA 5P1DA 2VIYA 3N3IA 4KE1A 1HPOA 1YTJA 3LITA 3O9BA 2G1YA 3RVIA 1EPPE 3OWNA 3OQDA 3HBOA 5P42A 2PC0A 5P1TA 1EBWA 2G22A 3CMSA 5P48A 1FB7A 5P2DA 1RQ9A 3R4BA 3LZVA 2QZLA 1JLDA 5P4UA 1BDQA 4J0PA 2QU2A 5OZ9A 4DJRA 2NMYA 5P51A 4L7HA 4I0FA 4KUPA 4Y4XA 5AH8A 4F74A 2R5QA 3T7PA 5P3ZA 1BILA 4DQGA 4I8WA 4Y5BA 5P16A 3IGBA 5P1HA 1APWE 4EXGA 2A1EA 3UDKA 3MSJA 3SA5A 5UPJA 5P5CA 3PWWA 2CENA 3SLZA 4I8ZA 5P6GA 5P1YA 2IKUA 1EPNE 5OZIA 5IVTA 3K5DA 1BBSA 5P10A 5P6KA 5P3RA 4YHQA 5P70A 5P75A 5ENMA 2JE4A 5PEPA 2OHLA 4J17A 4DVFA 2JXRA 3UHLA 1TQFA 1MESA 2G1NA 2O4LA 4OBHA 5P3XA 5OZNA 2AVSA 5F00A 3IVHA 1NH0A 3SFCA 2EWYA 3QRVA 1EC0A 3NDTA 1G35A 2BPVA 1LZQA 4B00A 4EWOA 3OU3A 4L1AA 4OBZA 1EC1A 4OBKA 3UDHA 3OXVA 5OYSA 5DR0A 5P83A 3VSXA 1DMPA 3GI5A 3I6OA 2P83A 4GJ8A 3Q5HA 5APRE 3TPPA 5AHCA 5P47A 3QVIA 4GJBA 3Q4BA 4B05A 3NDWA 4KB9A 1DIFA 3APRE 2WJOA 4RLDA 5HCOA 1KJFA 4S1GA 3VEUA 5DR1A 5KQFA 4BEKA 1FF0C 1W5YA 1RNEA 1YTHA 5P56A 3UCBA 4OD9B 4Y50A 5P6LA 3JW2A 2AOHA 2B7FA 4DJQA 5P4MA 3DOXA 1D4KA 5P0EA 3KF0A 4EJDA 5P22A 4DQCA 1W5XA 1ME6A 1ZAPA 1B6KA 3O9DA 5P85A 1PPKE 5P8DA 5P4DA 2OHNA 5P4GA 4YD7A 5P45A 4ACXA 4X2LA 3D1YA 3VFBA 1APVE 5OZSA 2QI1A 4Z4XA 4DI2A 5P7VA 5P3QA 4ZPEA 3VUCA 4Y3RA 5AHBA 4Q1NA 4NPUA 1K6TA 5P28A 5P1EA 2AOEA 3L5CA 5HE7A 5P5AA 4Y58A 1M4HA 5P7GA 4YDFA 1NPWA 2ZYEA 3LNKA 3S43B 4GJAA 5P1NA 4NJUA 3GGXA 4TVHA 2VA5A 5P12A 7HVPA 3EL9A 1HVHA 2J9KA 2V10C 3L3AA 5BRYA 2QI0A 3B80A 1NPAA 5I3YA 2QK5A 4Y3JA 1HWRA 3EL5A 3U6AA 2NXLA 1FQ4A 1EBZA 5P2LA 3OTSA 3TPRA 5OZKA 4FSEA 3IXJA 4CPXA 2AOJA 5OZTA 5P0CA 3ZOVA 1AVFA 2NXDA 2FDPA 2QZWA 3DM6A 3DK1A 3VV7A 4DJUA 3UTLA 3WB4A 1BDRA 5DR8A 4DJPA 1HVKA 1GNOA 4ZEAA 3T7XA 5OYYA 2V11C 5P3EA 3HDKA 2WL0A 1D4LA 5P11A 5P4FA 5P1BA 4EQ0A 1K6CA 2NPHA 1GVXA 1MT8A 2OAHA 4APRE 3MXDA 1YM2A 5P49A 3HAUA 1ZPAA 4I12A 5P3WA 5P4EA 1HEGE 2G69A 4NKKA 4HDPA 3OUBA 5P6IA 2V12C 4RZ1A 5OZ7A 1HTGA 2WF4A 3TNEA 4Y3XA 3BGCA 4QJ8A 1LS5A 5P0QA 3NU4A 5P5YA 1E82E 5P5ZA 5OZMA 2V16C 3OU1A 2OHQA 2XYFA 1KJHA 2B8LA 4BFDA 1D4HA 3EC0A 1M0BA 4FAEA 5P15A 2AVOA 5P0VA 1MRXA 3INDA 5P4KA 3MSKA 5ISKA 4J0YA 3NU3A 5P0GA 3AIDA 2OHMA 4PZWA 1T7KA 5P0FA 3JVYA 5P2VA 4I0HA 2IGYA 1FQ6A 4FGXA 5P5RA 3S54A 5DR3A 3HVPA 3OUDB 3ER3E 2B8VA 2F80A 1YM4A 5P7ZA 1AXAA 3EKVA 1B6JA 2VA6A 3TOFA 4HLAA 4RCEA 4J0TA 4FRSA 4I0JA 1DPJA 3ZKXA 3D1ZA 2IGXA 2I4DA 4B78A 2WEDA 5P8KA 3PCZA 4JOOA 2IL2A 5KQZA 5P2AA 5P1GA 5KOSA 3ZKSA 3PB5A 4ZPGA 4HE9A 2HB3A 1AAQA 3PVKA 4CPQA 3OU4A 4Y3MA 2J9JA 3LIZA 3ECGA 5OZWA 4EXHA 2ZHUA 5P1ZA 3ZKMA 5DR7A 1HIVA 1QBRA 1W5WA 5DQ2A 1SMEA 1E5OE 3FV3A 4YD5A 3FX5A 5P23A 4B70A 4GB2A 3BXRA 4FCOA 4CP7A 4Y3YA 5OZJA 3FNUA 1FGCC 4YDGA 5OYXA 3ZL7A 4QGIA 5OZQA 3INFA 2ER6E 5P3KA 5P5SA 5P7XA 3RSVA 3SKGA 3QROA 5P06A 3SABA 5I3XA 5P0LA 5P7DA 1FG8C 3HZCA 3CICA 5P5IA 4Q5MA 5P50A 5P8SA 4Y54A 1D4JA 1OHRA 2F8GA 1EC3A 1ZP8A 3PWMA 2QI4A 5P5VA 4Y45A 4BFBA 4QJ2A 4FM6A 5OYRA 5P6YA 5P0WA 1BXOA 3OXXA 5JFUA 5P1QA 5P5XA 1TSQA 3KYRA 3VLAA 1C70A 5P2MA 5P6CA 2P4JA 3PLLA 5P6SA 3BC4A 3OXCA 4RVJA 1EAGA 3VG1A 3SA9A 3K1WA 4J1EA 1YT9A 3VF5A 1HIHA 4LBTA 4RRSA 5OZ1A 5P8IA 4J0ZA 4Y57A 3CYWA 2ZJIA 3DJKA 5OZGA 4QJ9A 1QBSA 5P8FA 3URLA 5P5WA 4XXSA 2HS1A 5P77A 4B1DA 4YA8A 2ZJHA 1XE5A 4DQEA 2P3AA 3EKXA 1ODXA 5P2BA 5ER2E 4JP9A 3Q3TA 3UF3A 1OEWA 2ZGAA 1AIDA 5P2QA 6UPJA 5P37A 4BELA 3EMYA 2QI5A 2F3EA 2QNQA 5ENKA 5P0YA 3EKTA 5P78A 1DP5A 3RTHA 4Y51A 3ZKNA 3INHA 5P2OA 1J71A 5KR8A 3SO9A 1XE6A 1XN2A 2G27A 3OGPA 4F75A 5E5KA 1BDLA 4Y3QA 4D85A 4LXMA 2PWCA 5C9BA 4RGHA 1HSGA 3H0BA 5OYTA 1ZLFA 5P55A 2FLEA 3URIA 1Z1RA 3QP0A 5I3VA 3SQFA 3MXEA 4Y39A 5P7UA 4COEA 4R91A 2QMGA 3PCWA 2AODA 2G94A 4B1CA 5IVRA 2WEBA 4Y5LA 1CPIA 4EJLA 2PYMA 1U8GA 5P3DA 5IS4A 9HVPA 5P1FA 2QU3A 5P04A 1ODWA 2XFIA 4Y5AA 2BPXA 4JPCA 3O9EA 4OD9A 2BB9A 3JVWA 4Y3WA 1K2BA 2FMBA 1IDBA 1NPVA 1FQ8A 2FS4A 2PMAA 3O9FA 2BKTA 1YG9A 3L5DA 1FQ7A 3T7QA 4FRIA 4Y5KA 4F76A 5P74A 2VKMA 1HTEA 2Z54A 5CONA 2R5PA 5P5QA 1GVTA 5P6RA 4KE0A 1G6LA 4I0ZA 5P2JA 5P8OA 3S53A 4DFGA 5BWYA 3CKRA 3NU5A 5DQ4A 1XL2A 4DJVA 4WY6A 5P7OA 3QAAA 4Y47A 2G20A 5P6JA 5P82A 5P7PA 5P5TA 1CMSA 5KQYA 3K4VA 3OHHA 5P4PA 3TKWA 3VYEA 4EHCA 1E81E 5P71A 2WHHA 1HIIA 2OHTA 5AH9A 2P3DA 1BVEA 5KQXA 4K9HA 1GNNA 1SH9A 5P01A 1PSNA 3S43A 4FIVA 5DPZA 5P17A 1EPLE 2ZJNA 5P7HA 3BVAA 1WBKA 2Q55A 1AZ5A 4ZE6A 1OEXA 3S2OA 1SDTA 3K5FA 5P1PA 3IN3A 5P5LA 3T11A 1QRPE 4ER2E 2RMPA 1EBKC 4J1HA 5EZXA 4D89A 4J1KA 2Q3KA 5P0UA 1GNMA 1KJ4A 4Y5PA 3OXWA 3KMYA 3PRSA 5P08A 4DJOA 1YX9A 5P3YA 2HM1A 1BWBA 3EL4A 5P64A 3LPJA 1MIQA 3QRSA 4TRZA 4Y3AA 1KJ7A 1HVCA 5P87A 1LF2A 3APPA 2OHRA 2VIZA 3ZKGA 5JFPA 5P2TA 5P05A 5P8NA 2AZCA 1SGUA 1QS8A 4Q1YA 1TSUA 3ZPUA 5OZRA 2H6SA 4J0VA 3SA7A 6APRE 4J55A 1PPME 5P62A 3PJ6A 5HDUA 4QLHA 4Y48A 2HAHA 1EEDP 5AH6A 5P3LA 3C9XA 4AZYA 1UH9A 1HSIA 5P2SA 3RSXA 3SA4A 5P7JA 2O4PA 5FIVA 1ZTZA 5P0DA 4HA5A 2WEZA 5P2CA 5HDXA 5P4OA 3ZMGA 4ACUA 1NSOA 1KJGA 4FRJA 5P03A 3EBZA 5P3HA 5JODA 3I25A 5P1VA 1MT9A 1G0VA 3IA9A 5OZZA 2BPWA 3T6IA 1BAIA 2OHSA 4CPUA 3OQ7A 5P39A 4ZSMA 3UQWA 2ER7E 3PHVA 1M43A 4CMSA 1MTRA 3QBFA 5OZAA 1META 5P8JA 3OUDA 1E80E 5OYUA 2OF0A 3BUGA 5P3NA 4HDFA 5P5HA 1A8KA 1FIVA 5P8GA 3BRAA 4R8YA 4RVXA 2FDEA 3NSHA 4OBJA 2BQVA 5COKA 3QIHA 2HPEA 1APUE 2Q63A 1XS7D 5P3MA 4LXAA 3WZ6A 5P1IA 2I4VA 4CPWA 2G1OA 5DQCA 3NUJA 5OZPA 1BWAA 5HU1A 2ZJKA 5P6FA 1ZSFA 3KFSA 1EBYA 1HOSA 1MEUA 3PMYA 3SPKA 1EPME 2V13A 2FGUA 3UQUA 1VIJA 3QRMA 2Q54A 5P0NA 5P5GA 4FRKA 3EXOA 1B6LA 3PGIA 3ZPSA 4R95A 4NPTA 3HLOA 2XFKA 1EPQE 5P26A 4TRYA 5OZ2A 3SM2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QNP A;  4OBD A;  5P4V A;  3GI4 A;  2A4F A;  1B5F A;  3PI5 A;  4YOA A;  2RKG A;  3RTM A;  3LZY A;  3O9L A;  3EKY A;  5P6M A;  5P1U A;  3NWQ A;  4Y35 A;  4EPJ A;  1ZJ7 A;  5P3I A;  4PEP A;  2AZB A;  2UY0 A;  5P7C A;  5P19 A;  4LHH A;  1F7A A;  2QZK A;  1LF3 A;  2QI3 A;  1IZE A;  4Z50 A;  4YBI A;  2WKZ A;  3CIB A;  4LL3 A;  1GVW A;  3PSY A;  4FM7 A;  3TH9 A;  5P4H A;  4Q1W A;  5OYZ A;  5TOL A;  2UPJ A;  2AID A;  4DH6 A;  3HAW A;  3BGB A;  3ZPT A;  3TOH A;  3HW1 A;  5P7F A;  4RYC A;  4PZX A;  5P3G A;  5KR2 A;  1FQX A;  5P31 A;  2FNT A;  2G1R A;  1MER A;  4APE A;  2AVM A;  5P3B A;  1LYB A;  3S7L A;  5P73 A;  1F34 A;  4H3I A;  4Y4G A;  3SAA A;  1IZH A;  4Y5C A;  4FE6 A;  5P7R A;  4JEC A;  5P2H A;  1QDM A;  4A6B A;  4Y3T A;  5OZ6 A;  2AOG A;  3ZLQ A;  2PSV A;  2I4X A;  1W6H A;  2VJ6 A;  3EKP A;  4U8W A;  5P3U A;  5P5P A;  1FEJ C;  2QHZ A;  1ODY A;  1K6P A;  3PMU A;  3TL9 A;  3L5E A;  4J1I A;  2ER9 E;  5P8R A;  5OZ5 A;  4OC6 B;  5P7S A;  1MUI A;  3UDM A;  1HHP A;  1G2K A;  4EQJ A;  5OZ3 A;  4FM8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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