4HDPA

Crystal structure of hiv-1 protease mutants i50v complexed with inhibitor grl-0519
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Novel P2 tris-tetrahydrofuran group in antiviral compound 1 (GRL-0519) fills the S2 binding pocket of selected mutants of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4hdpA00
1ZTZA 5P26A 3GI4A 5P2WA 2B7FA 2FDPA 2VIJA 3OQFA 4ZPFA 4MC1A 1FG8C 3NWQA 5DQ5A 5HE7A 4K4QA 3DCRA 4Y3TA 3WZ7A 5P0FA 1XL5A 2FS4A 1KZKA 4TRYA 4DQFA 4D89A 5OZSA 4B77A 2JXRA 1HIVA 2ZJLA 2CEMA 4TVGA 4ZPGA 1WBKA 4EWOA 4Y57A 2I0AA 2F81A 5P30A 5OYZA 1B5FB 1UH8A 1GVWA 2WHHA 3EL4A 2I4XA 3OQDA 5P2GA 5P7CA 3SO9A 3HVPA 2PSVA 2O40A 5P7BA 3O9LB 5P0BA 5P2DA 3TOHA 5P5YA 1TSQA 3RTNA 4NPUA 2HS2A 5P8IA 3LIYA 2WEDA 2FNSA 1LYAB 3GGVA 2QI3A 5P4EA 4JP9A 4XXSA 5P4NA 5P2AA 5P5ZA 1GVVA 4R8YA 4Y3AA 4CPTA 3NXNA 5P24A 1IZIA 5P3IA 1XE5A 5P8JA 5P7IA 4RROA 5P5KA 5OZ8A 3OHFA 4DJOA 4J1KA 3SABA 5P03A 3QS1A 1HBVA 5P3JA 2PWCA 3UDMA 5P6QA 2AVOA 3KFPA 3TL9A 2VIEA 4X2LA 4HZTA 5OZ4A 3BRAA 4COEA 5P4GA 2QK5A 5P4OA 5P2HA 4D8CA 2IEOA 1LF2A 3GGAA 4R91A 5P7SA 1FMBA 2V00A 1F34A 5AGZA 1HEGE 2UXZA 1MT9A 2PC0A 1NPVA 5P2OA 3TOGA 5P1VA 4GJBA 4Y3XA 5P4AA 2ZE1A 3INFA 3IN4A 4Y4XA 2G24A 1SIVA 1EBKC 2PK5A 5P2VA 1SP5A 5DQ4A 2R43A 2WEAA 2G1RA 3URLA 5P1DA 5P4XA 3L58A 3KMYA 4PPHA 4FS4A 1GVTA 4ZEAA 2F3FA 4Z22A 1T6GA 2QD7A 2QZLA 5SXNA 4Y3FA 5OZKA 4GJAA 3NR6A 1G0VA 1E5OE 2ZHUA 1QBRA 2CEJA 3Q70A 5OZBA 4CKUA 3UQPA 1QBUA 1W5XA 4DQHA 3HAUA 3TH9A 2AZ9A 5OZJA 1MTRA 5EZZA 3TKWA 3O9AA 4FM6A 3EM3A 5P3HA 5P0IA 5P22A 1WBMA 1BWBA 1OHRA 4QJ7A 3ER3E 1EC3A 3UDNA 3PSYA 4RLDA 1ZAPA 4Q5MA 3SA4A 3G6ZA 1HRNA 2NPHA 3O99A 6FIVA 2FDEA 4NPTA 5P09A 4Y3SA 5P5JA 1EC2A 5IVSA 5P56A 1YTJA 5P1HA 2OHKA 3D1ZA 5P7HA 3K1WA 5OZ2A 3T7QA 3O9HA 4QJ6A 5P89A 1HXBA 1YG9A 3NXEA 1NPWA 5OZ1A 5P0NA 5P37A 3FKTA 1G35A 5KQZA 1SDVA 1XN2A 1G6LA 2R9BA 3SA3A 4EJDA 4OBFA 2R5PA 4Y53A 1CZIE 5P2EA 2AODA 4Y3GA 3UDYA 5I3YA 3DV5A 4HDPA 4YD6A 2QHCA 3KT2A 2ER6E 3VYEA 5OZ6A 3PM4A 1META 4Y5KA 2OHSA 1RNEA 4JECA 2F80A 5P6KA 5P6IA 4R93A 5P7PA 3R0WA 3HD8A 5HE5A 2A1EA 4J0PA 5P5UA 4R92A 4Y47A 4H1EA 1HVJA 1ZSRA 1LS5A 1FKNA 1HVIA 2ZHTA 1FQ7A 3KA2A 1IVQA 4H3JA 1AIDA 1HIIA 3WB5A 2ER7E 3PVKA 3QI1A 4GMIA 6APRE 3L5FA 3QN8A 2Q54A 5P0RA 4L7JA 2R8NA 2QU3A 2VNMA 5P68A 5P7FA 1SGUA 4DJRA 5P32A 1SDUA 4DVFA 5P8PA 5AH9A 3UQRA 3GI0A 4QJ9A 5P7UA 5P0HA 1LF4A 4D85A 1HHPA 4HEGA 5P64A 3CYWA 3EL9A 5I70A 4J1CA 2BPWA 3SM2A 4Y5PA 2AOHA 5P29A 2AOGA 4APEA 2B8VA 1LF3A 4Y5BA 5ER2E 1DP5A 1BVEA 5P2JA 5P1QA 5P0EA 5P8QA 2ZDZA 2O4NA 5P1FA 5P4TA 5P6EA 3OXWA 2O4SA 5KR1A 1HSIA 3FX5A 1APWE 4Y3MA 2XYFA 2QI0A 5DR8A 2A4FA 5P0JA 3RTMA 2P83A 5OZ9A 2FDDA 5P6GA 4Y3JA 3EKYA 5P01A 3KFNA 4I0IA 5P6HA 5P4LA 5AH8A 5HTZA 3OUDA 4HLAA 4Y5GA 5P36A 1TCXA 2QU2A 3QROA 4DJXA 4EXGA 1ME6A 4U8WA 3ST5A 5E5JA 2HB4A 3ZKNA 5ER1E 4M8XA 4OBDA 2XYEA 5P0TA 5P35A 1B6MA 5KR8A 3UF3A 2AOCA 2P3BA 2WEZA 8HVPA 2B7ZA 4EJKA 5P2UA 5P13A 5P4KA 1HTRB 4CP7A 2APRA 3I8WA 5FIVA 5P70A 5P23A 5P86A 1FQ5A 1FGCC 1G2KA 1Q9PA 2VA6A 4HVPA 1KJ4A 3AUPA 5P1KA 3UCBA 2Q11A 3UDPA 5P6RA 1D4IA 4B05A 5P3MA 3C9XA 4QGIA 2I4QA 3R0YA 2IL2A 4CPUA 3LPKA 1JLDA 4LC7A 1SBGA 5P50A 5P0SA 5OYWA 1D4YA 3BUGA 5ISJA 2WKZA 4LP9A 1K2BA 3TPLA 5P87A 5COKA 1KJ7A 1OEWA 3FNSA 3ZKGA 2Z54A 4Y4ZA 4J1EA 1XS7D 2J9KA 5J25A 1EC1A 2AZBA 3LZYA 1RQ9A 5P3WA 5P59A 3LZSA 5T4SA 1T3RA 4AZYA 5P63A 3VF3A 1HXWA 4FL8A 4Y3LA 3KM4A 2VS2A 4B1DA 5P3RA 4Y3DA 2Q5KA 2NNPA 2ZHSA 5C9BA 4K8SA 1C6YA 3GW5A 3K5CA 4S1GA 3EKQA 3Q4BA 4DJWA 3OUDB 3VCMA 5P7ZA 4Y5EA 4GJ9A 4YOBA 1IVPA 4NJVA 3UPJA 3INDA 5P42A 2QMDA 3JVYA 2AZCA 2R38A 5OZUA 4K4RA 2P3BB 5P4ZA 1F7AA 1ZPKA 3VLBA 4Y45A 2H6SA 1YM2A 5P65A 3G70A 1T7KA 2B60A 2QHYA 2P3AA 4MC6A 1TQFA 2B8LA 4EYRA 3VV8A 5P71A 5P3YA 3VFBA 2IQGA 2BPXA 1PPME 4LHHA 4FRSA 1U8GA 4I0ZA 1BIMA 4YCYA 1ZP8A 2QMGA 2MIPA 4DJVA 4LXKA 2QZKA 3H5BA 2JE4A 5P0KA 3NU3A 3S45A 3BXSA 5P7YA 5P3NA 2AZ8A 1ZSFA 3PSUA 5P47A 3OHHA 5P33A 1N49A 3VV6A 1CPIA 5P0MA 1MPPA 4CPSA 3JW2A 4ZSMA 1PPKE 3BVAA 4M8YA 4L7GA 4GJ6A 1DPJA 5F01A 3SA7A 5DR0A 5P8OA 1PSAA 4RVXA 4Y4EA 4I11A 1LV1A 3IXJA 3IGBA 1PSNA 3DUYA 3FNTA 4GB2A 1FG6C 2FGVA 5AH6A 4DQGA 5IE1A 1HOSA 5P8UA 5P4JA 4RVJA 1T7JA 1CMSA 1BWAA 3PI0A 1IZEA 2OHLA 5P4UA 1C70A 2QZXA 5AHCA 3K4VA 5OZIA 3ZKQA 5P0GA 4GJ5A 5P61A 1HVSA 4Y3RA 3A2OA 3EL5A 3QRMA 5OZRA 5P00A 4TRWA 1MEUA 1ZJ7A 2IRZA 5P4FA 4FM7A 2QMPA 5DQ2A 4Y3ZA 4Y5LA 7HVPA 2FXEA 2QP8A 3SQFA 4ER2E 5P2BA 4YDFA 5P5DA 2RKFA 5P0XA 1AJXA 5P1SA 5P8LA 2XFJA 5P73A 2Z4OA 4I0EA 5P7WA 4BELA 5HDZA 3IXOA 1HWRA 5KAOA 5P0UA 5C9FA 1EEDP 1HVHA 3PRSA 3ZMGA 3HVGA 4AA8A 4X7IA 4DUSA 3CIDA 2JJIA 4RZ1A 4A6BA 5OZAA 2OF0A 2OAHA 3OQKA 3UTLA 3B7VA 4HDFA 4I12A 5P75A 1C6XA 4DPFA 3S7MA 4EP2A 5P3UA 5DR7A 3OADA 3OQ7A 4L1AA 5P6TA 4TRZA 2XFKA 5I3XA 3QRSA 3OOTA 5P0LA 3VSWA 1B6PA 3T11A 5P2RA 4ACXA 4Z2ZA 2IENA 3N3IA 2QI1A 5P6BA 4RCFA 2PQZA 2F3KA 1WKRA 1BV7A 1KJHA 5KR0A 1FMXA 5P41A 4J0VA 2QAKA 3EM6A 1ODWA 5HVPA 3PGIA 1HVRA 4A6CA 1GKTA 2VJ7A 5P7OA 5P2IA 4OBHA 5DQCA 1ER8E 3SFCA 5P44A 1MIQA 3NLSA 4FIVA 3PLLA 3R2FA 3QVCA 5P54A 3L5CA 1T6EX 4LXAA 5P5CA 2BJUA 3CICA 3MSKA 1IZHA 5P77A 4QJAA 4B1EA 4RRNA 1AAQA 3ZLQA 4Y3QA 1SMEA 4YHQA 2PYMA 3LIZA 1EBZA 5P2MA 3O9EA 1BVGA 1E80E 3OXCA 3WB4A 2I4DA 1EPRE 3DM6A 5P6YA 5P6PA 3URJA 4DV9A 1A9MA 1D4HA 1LEEA 4ZE6A 2FNTA 4FE6A 4ZSRA 5CLMA 2PH6A 5P7QA 3TOFA 5P3LA 5P20A 3LIXA 3H0BA 3I7EA 1M0BA 5HCTA 1ENTE 3OU3A 4L7HA 4Y5AA 1MRWA 5JFUA 2I4VA 3OADB 3LZVA 5OZTA 4L1AB 5P8FA 4NKKA 2QD8A 2G26A 2JJJA 2FXDA 1OD1A 3SA5A 3EKTA 5P72A 3ER5E 1HTGA 5P82A 4CMSA 1VIKA 5OZYA 5P76A 4HE9A 5P5OA 3O9IA 2HAHA 4EP3A 5OZQA 5P5VA 5IVTA 4DQEA 1TSUA 1XN3A 2QI4A 4Q1XA 2NXMA 1VIJA 5P8AA 4ZIPA 1UPJA 3DV1A 3NU5A 3NYGA 4FRJA 5P7XA 3SKFA 3OOZA 5P3ZA 5P5BA 1IIQA 3EBZA 4U7VA 1J71A 1YTIA 5KR2A 3UFNA 5OZXA 5P4CA 2OHNA 4Y56A 1BDRA 2BPVA 2QD6A 1LZQA 4FM8A 1EPOE 4NJUA 3BVBA 5P5RA 3UFLA 1APUE 1A30A 1OEXA 2HM1A 2QNNA 4Y35A 2IDWA 3L59A 4FAFA 5P10A 5P4DA 2OHRA 1ZLFA 2AOEA 5P8MA 1HSGA 2ER0E 2V13A 4ZSPA 4EPJA 4YCTA 5P7RA 4Y4WA 5OZPA 1YX9A 5P1PA 5P08A 3HLOA 1FEJC 3OGPA 5P3AA 3S56A 5P0QA 4K4PA 2BPZA 5P62A 3S54A 3T7XA 2F8GA 3SA6A 5P0DA 5P16A 3SM1A 3BUFA 3G72A 1HVLA 5P3EA 1W6IA 1PROA 4PHVA 5OZ3A 3TKGA 2WF0A 2ZHRA 4Y6MA 1A8GA 4B0QA 4D88A 4YBFA 2BQVA 2I1AA 5P1IA 5P78A 5P6DA 1PFZA 4LXMA 3URIA 5I3WA 4D83A 5OZGA 2ZJMA 2QNPA 1NSOA 2V10C 4XX4A 5P8CA 1AZ5A 3NWXA 2I0DA 1XDHA 2IGYA 4J1IA 3EXOA 1EAGA 1HPOA 5SY2A 1D4SA 3QBFA 4MC9A 4JPEA 3VSXA 5BRYA 5P1AA 3HDKA 3NUOA 4Y3YA 1K2CA 3IAWA 5P81A 1K1TA 3U6AA 5C9DA 4CPXA 5P1GA 4DJUA 1NPAA 5P6UA 4GIDA 5P17A 5P4PA 5P7MA 2NXDA 5P8RA 2WJOA 3ZKSA 2WF3A 4YE3A 5P57A 4Q1WA 3LITA 2AVSA 2QMFA 4PYVA 1MVPA 5OYRA 3UQXA 2PWRA 5P7KA 2HPFA 4APRE 3DJKA 4YD4A 3UDJA 3PWRA 4I0HA 4Y36A 1FB7A 2SAMA 5EZXA 4FRIA 4KB9A 3VF5A 3EMYA 3SAAA 3OY4A 5P45A 5P31A 5BWYA 5IS4A 5P4WA 5P0ZA 1E82E 1K6PA 3KF0A 3UDKA 2AQUA 4J5JA 4OC6A 3PJ6A 1FF0C 1W5YA 2RKGA 2WF2A 5TOLA 3IVHA 4YDGA 5P6JA 1K6VA 3KMXA 1BDQA 3OU1A 1RV7A 4KE0A 4FAEA 5ENMA 2HB3A 4LBTA 5P3XA 3K5GA 5SY3A 3QRVA 2NTRA 3GGUA 3OWNA 1MUIA 2FGUA 4Y4DA 2ASIA 1M4HA 1LYWA 3HW1A 5OZHA 4I8ZA 1GVXA 1M43A 5E5KA 5P8VA 3LNKA 5OYQA 1MSMA 5P2ZA 2PSUA 5P6LA 3PI5A 5OZDA 5P7DA 4Y37A 4WY1A 3L5BA 2I4WA 1HPSA 1MERA 5P5AA 3NDTA 3B80A 3ZKIA 5KQFA 4Z4XA 4DPIA 5P88A 1XE6A 2ZJNA 4JPCA 5P02A 4EHCA 4PZXA 5P6OA 5OZMA 2NNKA 5P80A 4Y5MA 4RYCA 4B72A 2O4PA 4ZPEA 1TW7A 2IS0A 3VV7A 5P12A 5P04A 3KDBA 2FLEA 5P5FA 5P6FA 3VUCA 5AHAA 5P28A 3LHGA 4Y43A 3TNEA 3VG1A 4J55A 2P3CA 2AOIA 4KE1A 3SACA 4LAPA 3CKPA 1YTGA 3O9GA 2QHZA 2WECA 5OZ5A 5P2QA 5P1EA 2AIDA 1HVCA 4OC6B 3PB5A 5P52A 2G94A 1BILA 3S8IA 3SPKA 1IZDA 5P27A 3GGXA 3OTSA 3OU1B 2O4LA 2OHMA 5P4IA 4QLHA 1A8KA 1KJFA 2QCIA 1HTFA 5P3PA 2G1YA 3CYXA 5P4VA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZTZ A;  5P26 A;  3GI4 A;  5P2W A;  2B7F A;  2FDP A;  2VIJ A;  3OQF A;  4ZPF A;  4MC1 A;  1FG8 C;  3NWQ A;  5DQ5 A;  5HE7 A;  4K4Q A;  3DCR A;  4Y3T A;  3WZ7 A;  5P0F A;  1XL5 A;  2FS4 A;  1KZK A;  4TRY A;  4DQF A;  4D89 A;  5OZS A;  4B77 A;  2JXR A;  1HIV A;  2ZJL A;  2CEM A;  4TVG A;  4ZPG A;  1WBK A;  4EWO A;  4Y57 A;  2I0A A;  2F81 A;  5P30 A;  5OYZ A;  1B5F B;  1UH8 A;  1GVW A;  2WHH A;  3EL4 A;  2I4X A;  3OQD A;  5P2G A;  5P7C A;  3SO9 A;  3HVP A;  2PSV A;  2O40 A;  5P7B A;  3O9L B;  5P0B A;  5P2D A;  3TOH A;  5P5Y A;  1TSQ A;  3RTN A;  4NPU A;  2HS2 A;  5P8I A;  3LIY A;  2WED A;  2FNS A;  1LYA B;  3GGV A;  2QI3 A;  5P4E A;  4JP9 A;  4XXS A;  5P4N A;  5P2A A;  5P5Z A;  1GVV A;  4R8Y A;  4Y3A A;  4CPT A;  3NXN A;  5P24 A;  1IZI A;  5P3I A;  1XE5 A;  5P8J A;  5P7I A;  4RRO A;  5P5K A;  5OZ8 A;  3OHF A;  4DJO A;  4J1K A;  3SAB A;  5P03 A;  3QS1 A;  1HBV A;  5P3J A;  2PWC A;  3UDM A;  5P6Q A;  2AVO A;  3KFP A;  3TL9 A;  2VIE A;  4X2L A;  4HZT A;  5OZ4 A;  3BRA A;  4COE A;  5P4G A;  2QK5 A;  5P4O A;  5P2H A;  4D8C A;  2IEO A;  1LF2 A;  3GGA A;  4R91 A;  5P7S A;  1FMB A;  2V00 A;  1F34 A;  5AGZ A;  1HEG E;  2UXZ A;  1MT9 A;  2PC0 A;  1NPV A;  5P2O A;  3TOG A;  5P1V A;  4GJB A;  4Y3X A;  5P4A A;  2ZE1 A;  3INF A;  3IN4 A;  4Y4X A;  2G24 A;  1SIV A;  1EBK C;  2PK5 A;  5P2V A;  1SP5 A;  5DQ4 A;  2R43 A;  2WEA A;  2G1R A;  3URL A;  5P1D A;  5P4X A;  3L58 A;  3KMY A;  4PPH A;  4FS4 A;  1GVT A;  4ZEA A;  2F3F A;  4Z22 A;  1T6G A;  2QD7 A;  2QZL A;  5SXN A;  4Y3F A;  5OZK A;  4GJA A;  3NR6 A;  1G0V A;  1E5O E;  2ZHU A;  1QBR A;  2CEJ A;  3Q70 A;  5OZB A;  4CKU A;  3UQP A;  1QBU A;  1W5X A;  4DQH A;  3HAU A;  3TH9 A;  2AZ9 A;  5OZJ A;  1MTR A;  5EZZ A;  3TKW A;  3O9A A;  4FM6 A;  3EM3 A;  5P3H A;  5P0I A;  5P22 A;  1WBM A;  1BWB A;  1OHR A;  4QJ7 A;  3ER3 E;  1EC3 A;  3UDN A;  3PSY A;  4RLD A;  1ZAP A;  4Q5M A;  3SA4 A;  3G6Z A;  1HRN A;  2NPH A;  3O99 A;  6FIV A;  2FDE A;  4NPT A;  5P09 A;  4Y3S A;  5P5J A;  1EC2 A;  5IVS A;  5P56 A;  1YTJ A;  5P1H A;  2OHK A;  3D1Z A;  5P7H A;  3K1W A; 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 3CID A;  2JJI A;  4RZ1 A;  4A6B A;  5OZA A;  2OF0 A;  2OAH A;  3OQK A;  3UTL A;  3B7V A;  4HDF A;  4I12 A;  5P75 A;  1C6X A;  4DPF A;  3S7M A;  4EP2 A;  5P3U A;  5DR7 A;  3OAD A;  3OQ7 A;  4L1A A;  5P6T A;  4TRZ A;  2XFK A;  5I3X A;  3QRS A;  3OOT A;  5P0L A;  3VSW A;  1B6P A;  3T11 A;  5P2R A;  4ACX A;  4Z2Z A;  2IEN A;  3N3I A;  2QI1 A;  5P6B A;  4RCF A;  2PQZ A;  2F3K A;  1WKR A;  1BV7 A;  1KJH A;  5KR0 A;  1FMX A;  5P41 A;  4J0V A;  2QAK A;  3EM6 A;  1ODW A;  5HVP A;  3PGI A;  1HVR A;  4A6C A;  1GKT A;  2VJ7 A;  5P7O A;  5P2I A;  4OBH A;  5DQC A;  1ER8 E;  3SFC A;  5P44 A;  1MIQ A;  3NLS A;  4FIV A;  3PLL A;  3R2F A;  3QVC A;  5P54 A;  3L5C A;  1T6E X;  4LXA A;  5P5C A;  2BJU A;  3CIC A;  3MSK A;  1IZH A;  5P77 A;  4QJA A;  4B1E A;  4RRN A;  1AAQ A;  3ZLQ A;  4Y3Q A;  1SME A;  4YHQ A;  2PYM A;  3LIZ A;  1EBZ A;  5P2M A;  3O9E A;  1BVG A;  1E80 E;  3OXC A;  3WB4 A;  2I4D A;  1EPR E;  3DM6 A;  5P6Y A;  5P6P A;  3URJ A;  4DV9 A;  1A9M A;  1D4H A;  1LEE A;  4ZE6 A;  2FNT A;  4FE6 A;  4ZSR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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