4HE9A

Crystal structure of hiv-1 protease mutants i54m complexed with inhibitor grl-0519
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFMKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Novel P2 tris-tetrahydrofuran group in antiviral compound 1 (GRL-0519) fills the S2 binding pocket of selected mutants of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4he9A00
5P7KA 2OHPA 3ZPSA 1DP5A 3RTMA 2BKSA 3VYDA 3EM3A 5P5VA 1BDLA 1K6PA 2QD7A 5OZVA 5P8AA 5P8FA 3SLZA 2OHNA 5P7RA 5OZQA 2IQGA 1EPOE 1IZEA 2QI6A 3KM4A 4YBIA 5HDXA 5P00A 3VLBA 2ZJMA 3APRE 2HPFA 1BXQA 5OYRA 1HSIA 5P3MA 1ME6A 5OZ1A 2ZJKA 3L5BA 5P82A 4I8ZA 3OAGA 2HM1A 1A8KA 5P5GA 5ENMA 2G69A 4EJLA 5P48A 5P6ZA 3LZUA 3L38A 1KZKA 3IN3A 1MVPA 3MWSA 3OQ7A 3LNKA 1BV7A 2XYFA 2WL0A 2P3AA 4Y4ZA 2G1YA 2ZHSA 4MC2A 4RCEA 1HXBA 4J0ZA 5P20A 2QNNA 4K4QA 1MESA 1SMRA 2NNPA 4RVJA 2F8GA 4IVSA 1CZIE 1LF3A 2BBBA 3IGBA 2G22A 3GGVA 1HPOA 4R95A 1IVQA 2NXDA 4OC6B 2FNSA 3ST5A 4EHCA 5F01A 4ER2E 1W5XA 4Y38A 5P8MA 3PMUA 4JOOA 3EL9A 5P38A 3VYEA 1YTIA 5P2HA 4FAFA 4Y5AA 5P5MA 3L3AA 8HVPA 1NPVA 3OQKA 4ZE6A 3OTYA 3QI1A 4DQBA 3ZKQA 4DI2A 3OY4A 4HDBA 4FRJA 5P6GA 1C6ZA 2VA5A 2PH6A 2ZJHA 4Y5EA 3EKTA 1AJVA 1HTEA 4I0EA 5ER1E 1FB7A 4Y3YA 5P3YA 4Y3RA 3O9DA 5P2EA 4Q1YA 4Y3PA 4Y5GA 2HAHA 5AH6A 4ER1E 5P3OA 3PGIA 2AVQA 4Z4XA 4X2LA 3OU4A 2QHCA 5KQFA 1PROA 5P14A 3PM4A 4Q5MA 5P19A 2IGXA 4OBFA 2OHUA 1EC0A 4PZWA 3INFA 4YCKA 5OZPA 5P43A 4FM7A 2G94A 2IKOA 5OZ5A 4R8YA 5P5DA 4U7VA 5P0EA 2VKMA 5P1XA 5P47A 4DUSA 5P4JA 2BJUA 1U8GA 3DJKA 3OAGB 5OYWA 2HS2A 2R3WA 5P8UA 5P4RA 1GVTA 2QI4A 4QJ6A 5P4BA 4R5NA 5DQCA 1FQ5A 2AODA 1G35A 4EP2A 3OU3A 4DJXA 3BGBA 5P33A 5P8VA 5P1AA 3OQAA 2PK6A 3LIZA 5P6RA 3O9BA 4RVXA 2FGVA 3I2LA 4J0YA 2QMGA 1YTGA 5P3DA 4Y48A 4I0ZA 2RSPA 2AZCA 5P51A 1BWAA 4HE9A 2G1OA 2ER9E 2I4DA 1BWBA 4R92A 3PSGA 1LYWA 3RSVA 2VA6A 3OGQA 1EPRE 4B1EA 5P5CA 1IZHA 4Y3ZA 3HD8A 5OZDA 4CPWA 4GMIA 5P1PA 5COOA 3DK1A 1E81E 5HU1A 5I3YA 4KE0A 5P5XA 5IE1A 1RPIA 3INEA 5P4OA 2PSGA 3DM6A 3A2OA 5DQ1A 1LF2A 4DJOA 5P5TA 3QVCA 5P5FA 1PPKE 1B11A 2PWCA 4YBFA 3CYWA 3T7QA 3EXOA 3T11A 3UDJA 2P3CA 1FQXA 3L5FA 4GZFA 4Y58A 3OU1A 5HE4A 1HPVA 5KQYA 1FQ7A 5COKA 5P0AA 5P8GA 5P8HA 2QHZA 5KQXA 4CPUA 5P2KA 1FG8C 3I7EA 4ZLSA 4L7JA 5DGWA 1ZJ7A 3PMYA 3UDQA 2AVOA 5OZ3A 2R9BA 4A4QA 1IZDA 2IKUA 4PHVA 5P54A 4ZIPA 1T6EX 5DPZA 3QPJA 5P2DA 1HVRA 4TRYA 1NPAA 1K1UA 5P8KA 4LP9A 3OUAA 1QBRA 1SGZA 5OZZA 2FDPA 3L5EA 3CIDA 3NSHA 1W6IA 2PYMA 3VSWA 3RVIA 2BPXA 3EC0A 4B1CA 4Y5BA 5I3VA 3B80A 4GB2A 4GJ6A 2WEZA 4WTUA 4KB9A 5P3ZA 2R38A 1APTE 2BPWA 1HVCA 1Z8CA 4A6CA 5P67A 3NYGA 2Z4OA 3DUYA 3EL4A 1AJXA 3N4LA 4PPHA 3VV6A 5P6MA 1HBVA 3CKRA 1YG9A 1EC1A 3L5CA 5OZTA 2AIDA 3SA7A 3DV1A 1SDUA 4TRWA 5P42A 2P3BA 5AH8A 5HTZA 5P6XA 5DGUA 1ZP8A 3LIYA 5HCTA 5P7HA 2R5QA 4GIDA 1MERA 1W5VA 5OZ2A 5SZ9A 4JP9A 1IDBA 4J0TA 1XL2A 3U6AA 5P1GA 1W50A 3O9IA 2JE4A 4H3IA 5P0DA 2QD6A 2WEAA 4CPQA 3L5DA 1FFIC 4D88A 5P1YA 6APRE 2FXDA 5P3NA 3OUBA 5P15A 3VEUA 3SAAA 1GNMA 3HDKA 4Y39A 5P4AA 3PLLA 2PWRA 2Q3KA 3UDHA 5P62A 3SKGA 2VNMA 3ZLQA 3OOTA 1BVGA 5P3PA 1ZSFA 3PB5A 1LEEA 2QHYA 3PRSA 4ZSMA 2G1RA 4TRZA 5P46A 4F75A 3UDRA 3PSYA 3PWRA 5AH9A 5P1ZA 4J1IA 2P83A 4DV9A 1HVHA 3SA8A 5P0FA 5P6HA 3DV5A 4Y3TA 1D4JA 5OZBA 4CPXA 1K2BA 4ACUA 5OZGA 4B78A 3VV8A 4QGIA 5P75A 2ASIA 1C6XA 1XDHA 2Z54A 5P5UA 1XL5A 1FQ6A 1HTRB 5OYUA 1LS5A 3SA4A 5BRYA 5P2CA 4FSEA 3D1XA 3TH9A 4J0PA 1FF0C 2QI3A 4GJBA 3VF5A 1Z1HA 5P1HA 2QMFA 3HVPA 4J1CA 1C6YA 3FNTA 3LZYA 2QI7A 5P7FA 4Y3XA 1GVUA 5P01A 5P17A 5P4YA 5P5IA 4APRE 4Y9WA 1KJ7A 5P28A 1NPWA 3DCKA 4GYEA 1K6VA 2P8HA 4I0FA 4Y3SA 2P3BB 2WECA 3ER3E 5AHCA 5KR8A 4PYVA 1A9MA 4AA9A 2MIPA 4YOBA 3B7VA 3TKWA 2FXEA 4XX3A 4Y3JA 3GGXA 4FM8A 5P1MA 1EPPE 1NH0A 3O9FA 1CPIA 5P1BA 5P1CA 5P44A 3OHFA 4Z2ZA 3IAWA 1BXOA 5P1RA 1A8GA 3VYFA 4DQHA 4EJDA 5P2MA 1W5YA 2AOEA 2QZKA 1FMUA 3KF0A 5P3BA 2G1SA 3OXCA 5P5SA 5P6QA 5IVQA 3G6ZA 3KFSA 1DW6C 4J0VA 4OC6A 3SM1A 4Y4JA 3VCMA 4FCOA 1Q9PA 4B00A 5OZKA 2QU2A 5HE5A 3UQXA 3UDNA 3TNEA 2JJIA 2ZHTA 4AZYA 1WBMA 3JVWA 1XN2A 1UH8A 4YD5A 1EPME 3QROA 1OEWA 5KAOA 4Y6MA 6FIVA 4B0QA 3VV7A 1ZLFA 4Y3WA 1LYBB 1B5FB 1T7JA 1GVXA 4L7GA 2VJ9A 3PHVA 3LPIA 2NR6A 5P4SA 5P7AA 2Q5KA 5T4SA 5P40A 2IGYA 1BBSA 2H6TA 3IXOA 4FIVA 5KOSA 3F9QA 5BWYA 4Y3AA 5DR4A 5P2AA 1EBZA 3OXVA 1YM2A 5EZXA 4MC1A 5P45A 2BPVA 4RGHA 4M8XA 4HDPA 3PI0A 1MT9A 3EKQA 3R4BA 4JPEA 3UPJA 1HVSA 4YDFA 5P7XA 2AOIA 4K4PA 4U7QA 5E5KA 3KMXA 2AOHA 1E80E 3OWNA 1IZIA 2H6SA 1BIMA 2QNPA 3ECGA 3Q3TA 5P8BA 5OZAA 5P64A 3H0BA 5P7BA 5P06A 1QBSA 4YDGA 4FRSA 1ZSRA 3PI5A 5P58A 1G0VA 3IA9A 2HS1A 4Y4BA 2WJOA 4IVTA 3MXDA 5P3FA 2FGUA 2ZYEA 3BVBA 4I1CA 1NSOA 1GVVA 3G70A 3TPJA 5P5LA 4BFBA 4DFGA 5P12A 4OBDA 5P1KA 1LF4A 4LBTA 3NUOA 4EQJA 3K5CA 5P3LA 5P3AA 3R0WA 1MT7A 1RNEA 4GJAA 5P6NA 3RU1A 4LC7A 2IENA 4H3FA 5P1FA 3QP0A 3QAAA 1T3RA 2AOGA 5P86A 4LHHA 4D83A 5OZLA 2AOJA 1HVJA 5P7OA 2RMPA 2ER7E 5P6FA 1MTBA 4FS4A 2I4UA 3NU5A 5P56A 3FX5A 2AVVA 5P7QA 2ZHRA 1AM5A 5HDVA 3APPA 1ODYA 1KJFA 3BUHA 5ENKA 2WEDA 5P5EA 2NXMA 3PEPA 5P8QA 4LXKA 5P2FA 5TOLA 1D4HA 5DR1A 1KJGA 5P5KA 4WY1A 2JXRA 1EBKC 4HDFA 2QI1A 1GKTA 3BXSA 5P24A 5P34A 2ZJNA 2V12C 3GI6A 2AZ9A 5P4XA 4BFDA 2V00A 1HSGA 4J5JA 5KR2A 5P4QA 3SACA 1PSAA 4EWOA 1FG6C 2OHMA 2ZJIA 5P53A 1ZPAA 2QZXA 1HVKA 2XFKA 5OZ6A 3VFBA 4A6BA 1FKNA 3SKFA 5OZ7A 2ZDZA 5P6EA 2FDDA 3R1GB 1ZAPA 5P63A 5C9FA 1HRNA 1UH7A 5P2WA 3EKVA 2PC0A 1OHRA 3O9LB 3Q6YA 4L7HA 1MRXA 3KA2A 5P84A 2P4JA 5P05A 3KFPA 5P76A 1HEFE 3I8WA 5P7SA 3AUPA 3NU3A 1MIQA 5P3RA 1BDRA 4QLHA 3URJA 4LXMA 5PEPA 5P0HA 2UXZA 5P37A 3VLAA 4GJCA 5P02A 4XX4A 4J1HA 5P79A 3I6OA 5P6JA 3NR6A 1SP5A 4HA5A 1T7IA 3NLSA 5P71A 3NUJA 5CLMA 2I0AA 5OYTA 5KR1A 4DQFA 3OQFA 5IVTA 1E82E 3R0YA 3GI5A 2VIYA 4EQ0A 2AOFA 1OEXA 1G2KA 5P6DA 5P04A 2V10C 4DJRA 3PVKA 4YD6A 2WF1A 1CMSA 1MPPA 4Y5PA 4B05A 5P3QA 1OD1A 4KE1A 1TZSA 5P1DA 3UF3A 3KDBA 2CEJA 5P4FA 2RENA 5P0ZA 1RL8A 4RRNA 4J17A 3VG1A 4DPFA 5I3WA 5P4TA 3IVHA 1YM4A 5J25A 3EKYA 3FNSA 1TCWA 5P3JA 3BHEA 3K5DA 4OD9B 2AVMA 1EEDP 2BQVA 2FIVA 4H3GA 4LL3A 5IVRA 3O9EA 3URLA 4PEPA 1QBUA 5P6CA 5P5OA 4GJ7A 4Y3LA 2VIEA 4B77A 2NXLA 5P0WA 4NKKA 3QRMA 2OAHA 4QJ8A 5P4EA 4HZTA 2OHLA 3UQRA 1T6GA 5P1NA 5P18A 3ZKXA 2VIJA 2QNQA 5OZSA 5P7DA 1MUIA 5P5HA 4ER4E 5OZNA 4FAEA 1Z1RA 4GJ9A 3KT2A 4RYCA 2IL2A 5ISJA 2RKFA 5P3EA 2VIZA 5OZ4A 2I4WA 3C9XA 3UDYA 3HVGA 4EP3A 4B70A 4CMSA 1APWE 5AHBA 3G72A 2ZGAA 3S45A 5P52A 3T6IA 4K9HA 4AA8A 2QU3A 2PSVA 3EKPA 4YCTA 4YCYA 2ER6E 3NDXA 4I0GA 5P2VA 1FGCC 2QMDA 1YT9A 4EXGA 3S54A 2F3KA 5JFUA 5P8CA 4AUCA 5P6PA 4EJ8A 1EC2A 3PCWA 5P87A 5OZEA 5OZXA 4Y4TA 3M9FA 2O4NA 5P0MA 5P3TA 2QP8A 3LINA 5P85A 4Y47A 4I12A 1B6MA 5P8EA 3BRAA 3TKGA 5DR0A 2B8LA 5OZWA 3ZL7A 5P2RA 3CIBA 3CICA 3U71A 2QD8A 5KQZA 4MC9A 3GGUA 4I0DA 5P4ZA 3BUGA 5DQ2A 5P7VA 3VFAA 1HTGA 5P3KA 2V11C 5P3IA 3SA6A 3IXJA 3O9AA 4Q1XA 3SM2A 4FL8A 2HC0A 2G21A 2V16C 5P0QA 2NPHA 5AGZA 3LITA 6UPJA 3NDUA 3NU4A 4F73A 1AXAA 1HPXA 5P7WA 2IDWA 4Y5KA 3UQPA 5P4LA 3S8IA 5P66A 3Q4BA 2I1AA 5P41A 5OZ8A 4RYGA 5P2JA 4ZPGA 5P4CA 5P1OA 3JW2A 4I0HA 5P1WA 1W6HA 3MSKA 2PH8A 5OYSA 7UPJA 4Y3FA 5P1QA 5P83A 1APUE 5AH7A 3DOXA 1LYBA 3CKPA 5P49A 4CPSA 4Y57A 4FM6A 5P6VA 3CMSA 1B5FA 2PMAA 1XE5A 4JECA 5P61A 2WHHA 1HPSA 1XE6A 1W51A 5P0LA 3HW1A 5P0NA 3K5GA 1HOSA 5P50A 3NDTA 1ODWA 1GVWA 5P70A 2HB3A 2F3FA 1EC3A 4ZEAA 3EL0A 1RV7A 3H5BA 2JYSA 5P6KA 1WBKA 3FKTA 3BVAA 3ZKGA 2PK5A 5P5BA 2J9JA 3KDDA 4OBZA 1TSQA 5DQ4A 1PPME 1FMBA 1HVLA 2OHSA 2R8NA 5IVSA 1W5WA 2ANLA 1HTFA 2B8VA 4EPJA 3KT5A 4OBGA 1PSOE 2RKGA 5P1EA 1HWRA 1AVFA 5OYYA 4Y54A 2BPZA 3LIQA 5P69A 3S43B 5OZRA 4I8WA 4Z50A 3NU6A 2PSUA 4Y53A 4Y3DA 4DVFA 5P29A 5P8LA 4NJUA 5P3CA 4GJ8A 5P7EA 3SA5A 3PJ6A 4QJ9A 3S85A 1QBTA 4Y35A 5P0OA 3IN4A 1VIKA 3HAUA 2O4LA 5P5WA 3NWQA 3UCBA 2FMBA 2Q64A 3QBHA 1TCXA 3NXNA 2G26A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7K A;  2OHP A;  3ZPS A;  1DP5 A;  3RTM A;  2BKS A;  3VYD A;  3EM3 A;  5P5V A;  1BDL A;  1K6P A;  2QD7 A;  5OZV A;  5P8A A;  5P8F A;  3SLZ A;  2OHN A;  5P7R A;  5OZQ A;  2IQG A;  1EPO E;  1IZE A;  2QI6 A;  3KM4 A;  4YBI A;  5HDX A;  5P00 A;  3VLB A;  2ZJM A;  3APR E;  2HPF A;  1BXQ A;  5OYR A;  1HSI A;  5P3M A;  1ME6 A;  5OZ1 A;  2ZJK A;  3L5B A;  5P82 A;  4I8Z A;  3OAG A;  2HM1 A;  1A8K A;  5P5G A;  5ENM A;  2G69 A;  4EJL A;  5P48 A;  5P6Z A;  3LZU A;  3L38 A;  1KZK A;  3IN3 A;  1MVP A;  3MWS A;  3OQ7 A;  3LNK A;  1BV7 A;  2XYF A;  2WL0 A;  2P3A A;  4Y4Z A;  2G1Y A;  2ZHS A;  4MC2 A;  4RCE A;  1HXB A;  4J0Z A;  5P20 A;  2QNN A;  4K4Q A;  1MES A;  1SMR A;  2NNP A;  4RVJ A;  2F8G A;  4IVS A;  1CZI E;  1LF3 A;  2BBB A;  3IGB A;  2G22 A;  3GGV A;  1HPO A;  4R95 A;  1IVQ A;  2NXD A;  4OC6 B;  2FNS A;  3ST5 A;  4EHC A;  5F01 A;  4ER2 E;  1W5X A;  4Y38 A;  5P8M A;  3PMU A;  4JOO A;  3EL9 A;  5P38 A;  3VYE A;  1YTI A;  5P2H A;  4FAF A;  4Y5A A;  5P5M A;  3L3A A;  8HVP A;  1NPV A;  3OQK A;  4ZE6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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