4HE9A

Crystal structure of hiv-1 protease mutants i54m complexed with inhibitor grl-0519
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFMKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Novel P2 tris-tetrahydrofuran group in antiviral compound 1 (GRL-0519) fills the S2 binding pocket of selected mutants of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4he9A00
1HRNA 5P67A 2NXDA 2V0ZC 1LZQA 3G72A 3H5BA 5I70A 4EHCA 1K6PA 3QVIA 3ZPUA 4I0DA 5OYRA 1OD1A 3ECGA 5P29A 1HTRB 4Y45A 4L7JA 2R5PA 3INHA 2RKFA 4Y5MA 3MSJA 4RYCA 5P88A 1HTFA 5P4OA 2P83A 1W50A 5F00A 1FMBA 5DR7A 3IVIA 5P1GA 5P42A 2NMZA 1RNEA 4FSLA 3UDHA 5P5JA 3NWXA 2WF3A 2QZXA 2ASIA 4D85A 1NH0A 4GJBA 5OYTA 5F01A 2F80A 5P7TA 3VF5A 2IQGA 3K4VC 3O9EA 2V11C 1EPOE 2BQVA 5P30A 3LPIA 4H3FA 2VA7A 2AOHA 6APRE 5P2JA 4EWOA 4OBFA 5KR1A 3BRAA 2IGYA 2HM1A 3NUOA 1ODWA 4YCKA 3UDYA 2HAHA 4JPEA 4WY6A 3KFSA 4QJAA 5P1TA 3TOHA 5P4UA 4X7IA 5P1WA 5P37A 4Q1XA 3T6IA 3NR6A 4D88A 5P6IA 5P8TA 2CENA 3VYFA 4DJQA 2JYSA 4Y3LA 4J1CA 1AVFA 1TSQA 4GJCA 4J1HA 3LZUA 3R1GB 5P0DA 5KQFA 5P68A 4XX3A 5P39A 1IZDA 5P2DA 3NDWA 5P6UA 4K4PA 1C70A 5C9BA 1EC2A 2Z54A 4I8WA 1T6EX 5P6WA 5P16A 3CKPA 1HEFE 5P19A 3CYXA 5P0EA 5P55A 1MTRA 2AODA 3KM4A 3LITA 4Y3XA 3IN3A 3OU4B 1BXQA 4I1CA 5P5FA 1IIQA 1WBKA 5P7YA 4Y36A 1FQ8A 5P24A 5P1HA 4GMIA 1W5WA 1ZTZA 4MC2A 5P6KA 5P05A 1AJXA 4Z50A 5OZ9A 4HEGA 1IDBA 3FKTA 4Y3ZA 1BWBA 5OYSA 4TRYA 1BILA 3PRSA 4Y5KA 1AAQA 5P2UA 4HVPA 5P84A 1DAZC 5OZWA 5P8NA 5DQ1A 4Y47A 2Q3KA 5P6JA 4LXKA 4QJ7A 3HW1A 2AVVA 1JLDA 4Y3EA 4K4QA 5P8LA 2QNNA 3OK9A 3PCZA 4NJVA 3O9CA 3NWQA 5COKA 5JFUA 4Y5GA 1D4JA 3K5DA 3EKVA 4FM7A 4U7QA 5HE4A 3EM3A 4YOAA 5P7MA 3HAWA 5P7VA 5P5GA 5P5HA 4DJVA 1B6LA 3I25A 3BXSA 1HVJA 5OZHA 1F34A 1BDRA 5P85A 3OU1B 5P76A 3S8IA 3KN0A 4Y58A 3QP0A 1LYAA 5P5XA 4HDBA 3GI6A 1SIPA 1META 3PLLA 4DFGA 5OZYA 1EBWA 1BBSA 4PPHA 4RRNA 5OZGA 5P7BA 1HXWA 2V10C 2WEZA 3MSLA 5P75A 5P7XA 4YDFA 5P1OA 2B7ZA 1E80E 3QRVA 1DPJA 5P74A 1KJGA 4OBZA 5P22A 2FGUA 4DJRA 5P1BA 5P3GA 1YTIA 4Y4ZA 2QD6A 4EQJA 5SZ9A 3OQFA 3UF3A 4DH6A 4ZSQA 5P0LA 3O9IA 1BVGA 5ISJA 3TNEA 1EPME 1HVLA 2QMGA 1K6CA 1LS5A 3CKRA 3KDCA 3PWWA 2ZHUA 3Q3TA 1K6TA 1B5FA 5P2AA 5IVTA 5P5BA 5P1XA 4Y53A 4HE9A 5P5SA 3SM1A 4Y3PA 3PMUA 1BIMA 5P0YA 5P8VA 4A6BA 1HHPA 4YBFA 1MSMA 2FXEA 2BKSA 1K1TA 2WECA 4AZYA 2ZHSA 4BFBA 3VFAA 3OUDB 2ZJMA 3TH9A 2F3KA 5P03A 4B0QA 1XDHA 4GIDA 2FDDA 4Y3YA 5P34A 5P6SA 5P4ZA 5P78A 3NU9A 2CEJA 5P8EA 5P04A 3S2OA 1PPKE 3VYDA 3RTMA 1HPXA 3U7SA 1FG8C 1D4IA 4J54A 3OQKA 4K8SA 2AVMA 5P6QA 2FDPA 5P6XA 1UPJA 1SDUA 3OXVA 1FQ6A 3SA5A 5P0VA 5P64A 2ZJHA 5P25A 2V00A 3OHFA 3CIBA 4EJDA 5P5WA 3AIDA 4Y4XA 3PHVA 1Z1HA 4FIVA 5P7QA 1MT8A 5P7NA 1FQ7A 3D20A 2AVQA 3L5BA 1J71A 5OZIA 5P8KA 2OAHA 5P4BA 1Q9PA 3T7PA 3UFNA 3INDA 3QRSA 2QI1A 5P7DA 3SA6A 5P5RA 1TCWA 2B7FA 4DPFA 2AIDA 1BV7A 5P1IA 4Z4XA 4I10A 4XKXA 1TW7A 5OZPA 3NDXA 4GYEA 5P26A 4Y3NA 3VSWA 2QNQA 2XFJA 1LV1A 4Y4EA 5BS4A 1NPVA 2IRZA 2Q55A 5P44A 5P52A 4JECA 1A30A 5P00A 5P3SA 1QBSA 4OBDA 4J55A 2APRA 5P6LA 3NU6A 4ZPGA 2FS4A 4FS4A 5P82A 2FNTA 5P08A 5P15A 5P8GA 4ER4E 4HZTA 2CEMA 4H3GA 5P59A 4B00A 1HEGE 7HVPA 3NXNA 2ZJJA 1SBGA 2OHMA 3KDDA 5P8DA 3VCMA 1T3RA 1K2BA 2A1EA 5P3BA 3NU3A 5P27A 5P50A 1GVWA 5P6BA 2AZ8A 2PWRA 4DVFA 2ER0E 4OC6B 1HIHA 1SDTA 5P4VA 1DMPA 4Y3JA 2Q15A 2I0DA 4CPQA 1ODXA 3UPJA 1ENTE 3VSXA 3UTLA 4KE1A 5P6AA 4FRSA 1YT9A 3FNSA 5P3XA 4Y3SA 5KOQA 2ER7E 4FAEA 1W6HA 2WEAA 4DJUA 3TPLA 5P7GA 5P6EA 5AHCA 4Y56A 2XFKA 3QI1A 1W5YA 4I8ZA 3S56A 2B42A 5P0ZA 3CIDA 5SY2A 5J25A 5P3EA 4Y43A 1FMUA 5P7ZA 1YTHA 3SO9A 3QVCA 5HDVA 3ZKSA 3TPRA 4ZSPA 2ZJIA 2FMBA 5HDUA 3OGPA 3O9AA 2OHKA 5P8AA 5E5JA 5HDZA 5EZZA 4B70A 4ER2E 5P7CA 2NNPA 4Y5AA 5P17A 5P43A 5P5YA 4NJSA 4Y35A 1HSGA 4ZSMA 4CPWA 5P01A 5P8QA 4N00A 3I7EA 4GJ7A 5P5EA 5P8OA 3I2LA 5OZQA 2AOJA 1MUIA 3OQ7A 3CKTA 3D3TA 5OZFA 1B6JA 1YG9A 5P1NA 3KT2A 5IVRA 1PSOE 3UDRA 4BFDA 2I4DA 2R3WA 2HB4A 2IDWA 2I4QA 5DQCA 3VG1A 3KT5A 2FXDA 5P3VA 2QU2A 1EBYA 2Q54A 1NSOA 1K1UA 1LYWA 5DQ5A 4BELA 5IS4A 5P6CA 2G26A 2IGXA 1EAGA 5P0SA 4WY1A 1KZKA 3DM6A 3T7QA 1TCXA 3U71A 1APVE 3PI0A 5P4SA 4J5JA 5P6HA 3UQWA 5P7OA 5P5AA 5P6VA 1FFFC 3OUCA 2PYNA 5P4PA 1ME6A 5OYYA 4HDPA 2ZHRA 4Y3DA 5P66A 2PMAA 5P3NA 4L1AA 5P0OA 3L5CA 1QDMA 4Y3HA 1E82E 4Y54A 1DP5A 5ENKA 2ANLA 3D1ZA 5P0JA 2VJ7A 1GNMA 4ZLSA 5P8MA 1IZHA 1W51A 5P7IA 3KMYA 4CKUA 2G24A 1ZPKA 4U7VA 4I0HA 1HIVA 5ISKA 2R5QA 3GGUA 5P86A 4L7GA 1YM4A 5OZ6A 4RZ1A 4YBIA 8HVPA 1D4LA 3LPKA 5P83A 4QLHA 3DJKA 5P4CA 2J9JB 5OYVA 3OUAA 2G20A 5P0NA 5P2TA 3QS1A 5DR3A 4Y4UA 3KFPA 4FM6A 5P73A 4OBGA 4PYVA 1IDAA 1FQXA 3Q6YA 5C9FA 4BEKA 3CYWA 2SAMA 1GKTA 4LHHA 3WB4A 1LYAB 5P71A 1BAIA 5P8BA 2QI5A 1APWE 5DR0A 3RU1A 2P3CA 2PSGA 1OEXA 4Y57A 1Z8CA 3LHGA 4RYGA 3ZKXA 3O9BA 3WZ6A 2R8NA 5P38A 5P89A 1EC1A 4QJ6A 1E81E 1FGCC 1B6KA 4I0IA 3PSGA 4OBZB 2I4VA 2OHTA 5P5UA 3FSMA 2BKTA 1T7IA 2IEOA 1W5VA 5P1LA 3SKGA 5P1FA 5OZRA 1D4KA 1T6GA 1ODYA 5P4XA 3EXOA 3L59A 3S43A 3T3CA 4Y37A 3N4LA 1AZ5A 3ZKGA 1B5FB 1HSHA 3ER3E 1HWRA 2FNSA 4CP7A 3ZKQA 3SA9A 2PH6A 4FM8A 2ZE1A 3SAAA 1MIQA 2G22A 5P6NA 3OHHA 3O9LA 2IENA 3S53A 2OHRA 5P1CA 1QS8A 2VIZA 4Y4AA 5P13A 5OYUA 5HCTA 5FIVA 3UDNA 4R5NA 5P6ZA 4Y5CA 5P0TA 5P5IA 3EL4A 5P2FA 4EQ0A 2HS2A 2OHNA 4LXAA 5I3WA 5HTZA 3PGIA 1A8GA 4OBKA 4PEPA 1KJHA 5HCOA 5P60A 4Y4DA 4L7HA 5P4NA 5EZXA 3QAAA 1HSIA 3OTYA 1PPLE 5BRYA 5P3IA 5DQ4A 2VIJA 5OZ8A 5P09A 2QI0A 3NLSA 3EMYA 4Y4BA 1M0BA 4FCOA 1AIDA 4I0GA 2WF2A 3EKTA 5P51A 2I0AA 4ZEAA 4QJ2A 1SIVA 2QMDA 4Y39A 4DQGA 5P6DA 5P48A 4Y3RA 1MRWA 3R2FA 1HOSA 1HVCA 4DJXA 5KOSA 4YD7A 5P3ZA 5DR4A 4GB2A 2VJ9A 4DV9A 3BXRA 2I1AA 2AOGA 2OHLA 2FDEA 4Y5BA 2BPXA 4Y5EA 3PM4A 2PWCA 3WZ8A 4R92A 5IVQA 1YX9A 5P5LA 2F3FA 5OZAA 3K5GA 2QHZA 4PZWA 4B1CA 4QJ8A 2ZJLA 2QI4A 5P1KA 2R38A 4AMTA 5KAOA 4CPRA 3LZSA 5DGWA 3NYGA 5B18A 5P3QA 4NKKA 2O4LA 1PSAA 4DPIA 3SLZA 3Q5HA 5P0XA 2QK5A 1NPWA 1K2CA 1ZPAA 5P3MA 3GI5A 2AZ9A 4Y38A 4GZFA 3JW2A 5P32A 3QRMA 1SMEA 2BJUA 4EP3A 4K4RA 2V13A 3SM2A 2QI7A 5P0FA 1ER8E 1GVXA 4H3JA 1APTE 4Y5LA 1HVRA 5OZKA 1EBZA 5P2KA 2AQUA 1BXOA 2ZJNA 5P4DA 5P0QA 4YD6A 3UQPA 4GJAA 2BPWA 3UDQA 1RPIA 3UFLA 1T7JA 4DJWA 5C9DA 5P3OA 5P1VA 3FNTA 4H1EA 1FKNA 5P28A 5P4AA 3BUGA 2F8GA 4R93A 5P4LA 3OOZA 3OUBA 4DQEA 5I3VA 1BDLA 4Y3FA 3B7VA 5P5PA 2IKOA 1KJFA 5P61A 2QZWA 5COOA 5P45A 1GVTA 1AJVA 3BUHA 3BHEA 4F74A 3EC0A 2P8HA 4Y3AA 1CMSA 1XL2A 5P77A 2PK6A 5ER2E 3O9GA 1FQ5A 4Q5MA 1E5OE 3HVGA 1YM2A 4FRKA 4DJPA 5SXNA 3OOTA 3F9QA 3HVPA 4ACUA 3ZMGA 2ZYEA 2G1NA 2NMYA 5ER1E 5P79A 3KF0A 5OZ7A 1MVPA 2A4FA 3FV3A 3Q70A 1FQ4A 2H6TA 3OU4A 1FLHA 5P3RA 4I0JA 2HB3A 4Y4WA 4GJDA 4Y4GA 5P0MA 3I6OA 4NJUA 2BPYA 2QHYA 5OZUA 4CPXA 1QBTA 5DR8A 5OZMA 3RVIA 3T7XA 3RTNA 2QHCA 2QMFA 2OHQA 4R95A 5P5ZA 1SP5A 4YD3A 2RKGA 3G6ZA 4Y51A 4IVTA 1MT7A 1LYWB 5P18A 5P3WA 5P2OA 5P11A 4D8CA 3MSKA 4FRIA 1CPIA 1MEUA 3DUYA 2O4PA 5KQZA 5P3LA 4OBHA 1KJ7A 5AH6A 1VIKA 5P8FA 5P33A 5P3JA 5P4IA 5P4QA 1GNOA 3OTSA 3LZYA 3EM4A 2J9KA 3IXOA 5P5VA 3EKWA 3LIYA 1NPAA 5P0HA 2FGVA 5P3AA 4GJ6A 4Y3QA 3SA7A 4JPCA 3VEUA 3K5CA 3OADA 4H3IA 4L1AB 3PB5A 3L3AA 3QIHA 2AOCA 3N3IA 2WHHA 3URJA 5P4JA 4MC1A 5OZLA 1LF2A 3ER5E 3QROA 3S85A 2QMPA 5P81A 1XL5A 3TL9A 4J0TA 2VIEA 5OZ4A 4D83A 2QAKA 1OHRA 1C6ZA 1DIFA 4YOBA 1XN2A 3WSJA 3CICA 1IVQA 4J0YA 5AHBA 5P12A 3M9FA 4CMSA 4MC9A 3VLBA 5OZZA 3HAUA 4XX4A 3SACA 2QI3A 2HPEA 3IN4A 3EKQA 1B6PA 5P36A 3L5FA 5P1ZA 1MRXA 2G69A 2F3EA 2WF4A 4AA9A 2AOIA 1D4HA 4U8WA 5P0IA 3ZKIA 1KJ4A 6FIVA 1B11A 5P3FA 1W5XA 2ZGAA 2QI6A 3GGXA 3TTPA 5OZTA 3UDKA 2G1RA 5I3YA 4A6CA 4DQHA 5OZ0A 4Y41A 4FLGA 4J17A 3GGVA 2NPHA 4AA8A 5P1EA 4NPTA 2VNMA 5P8JA 3ZL7A 1RV7A 3SA8A 4MC6A 2ER9E 3KDBA 5P2XA 3DK1A 3LNKA 1EPRE 2P3DA 3S45A 3S43B 2NXLA 1M4HA 1DW6C 4DQBA 2IS0A 3S7LA 4KUPA 5OZ2A 4K9HA 5P3KA 2AOFA 5P2BA 5P87A 3GI4A 5P5OA 5HD0A 4NPUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HRN A;  5P67 A;  2NXD A;  2V0Z C;  1LZQ A;  3G72 A;  3H5B A;  5I70 A;  4EHC A;  1K6P A;  3QVI A;  3ZPU A;  4I0D A;  5OYR A;  1OD1 A;  3ECG A;  5P29 A;  1HTR B;  4Y45 A;  4L7J A;  2R5P A;  3INH A;  2RKF A;  4Y5M A;  3MSJ A;  4RYC A;  5P88 A;  1HTF A;  5P4O A;  2P83 A;  1W50 A;  5F00 A;  1FMB A;  5DR7 A;  3IVI A;  5P1G A;  5P42 A;  2NMZ A;  1RNE A;  4FSL A;  3UDH A;  5P5J A;  3NWX A;  2WF3 A;  2QZX A;  2ASI A;  4D85 A;  1NH0 A;  4GJB A;  5OYT A;  5F01 A;  2F80 A;  5P7T A;  3VF5 A;  2IQG A;  3K4V C;  3O9E A;  2V11 C;  1EPO E;  2BQV A;  5P30 A;  3LPI A;  4H3F A;  2VA7 A;  2AOH A;  6APR E;  5P2J A;  4EWO A;  4OBF A;  5KR1 A;  3BRA A;  2IGY A;  2HM1 A;  3NUO A;  1ODW A;  4YCK A;  3UDY A;  2HAH A;  4JPE A;  4WY6 A;  3KFS A;  4QJA A;  5P1T A;  3TOH A;  5P4U A;  4X7I A;  5P1W A;  5P37 A;  4Q1X A;  3T6I A;  3NR6 A;  4D88 A;  5P6I A;  5P8T A;  2CEN A;  3VYF A;  4DJQ A;  2JYS A;  4Y3L A;  4J1C A;  1AVF A;  1TSQ A;  4GJC A;  4J1H A;  3LZU A;  3R1G B;  5P0D A;  5KQF A;  5P68 A;  4XX3 A;  5P39 A;  1IZD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1HPS A;  3PLD A;  3RSV A;  2B60 A;  6UPJ A;  4Z2Z A;  3VYE A;  4QJ9 A;  5CLM A;  4ZIP A;  3FNU A;  1HTG A;  2G1Y A;  1PSN A;  5P53 A;  1RL8 A;  3R4B A;  1G6L A;  4M8Y A;  5HE7 A;  4S1G A;  2BPZ A;  1C6X A;  4Y3T A;  5P65 A;  3VFB A;  2AOE A;  5P20 A;  5P1P A;  2QU3 A;  3OUD A;  4B77 A;  2WEB A;  3UQX A;  1GNN A;  3ZPT A;  4YE3 A;  3BGB A;  1FIV A;  5OZJ A;  4TRZ A;  1FMX A;  1YTJ A;  4B1E A;  3GW5 A;  2Q64 A;  5P7P A;  3EL0 A;  1RQ9 A;  1LYB B;  2PC0 A;  1N49 A;  3INF A;  4Y9W A;  1XE6 A;  2BBB A;  5P2S A;  2QNP A;  4J1I A;  2R3T A;  5P2R A;  4ZE6 A;  2ZHT A;  3EKY A;  3LIQ A;  3UQU A;  5TOL A;  2RMP A;  4RRO A;  5ENM A;  1HVS A;  3NSH A;  4FRJ A;  2JE4 A;  2WED A;  5HU1 A;  2QD8 A;  3EL1 A;  3O99 A;  3DOX A;  3SA3 A;  2PQZ A;  2G21 A;  1BWA A;  3UDP A;  3UHL A;  1K6V A;  3IAW A;  4B05 A;  5P57 A;  3PCW A;  4F76 A;  1AXA A;  3QN8 A;  3RSX A;  5DPZ A;  3VUC A;  1QBU A;  5DR1 A;  5P1J A;  7UPJ A;  2XYF A;  3EKP A;  3OY4 A;  5OYW A;  2QZL A;  4UPJ A;  5P58 A;  3BVB A;  2WJO A;  3KFR A;  5OYZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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