4HEGA

Crystal structure of hiv-1 protease mutants r8q complexed with inhibitor grl-0519
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKQPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Novel P2 tris-tetrahydrofuran group in antiviral compound 1 (GRL-0519) fills the S2 binding pocket of selected mutants of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4hegA00
1MERA 4Y3EA 1D4KA 2BPVA 1BV9A 5P6TA 2WKZA 4Y47A 5P02A 1ODWA 5P4FA 5P2XA 5P11A 5JFPA 5P66A 3NLSA 5P8IA 4Y36A 5P43A 4KE1A 2ZJNA 5P1IA 4B77A 2R38A 3B7VA 1QBSA 1RPIA 4J0PA 5P86A 5P1WA 4ZEAA 4J0VA 5P51A 3NR6A 2V12C 4WTUA 2QI3A 3PMUA 5P4QA 5P6HA 5OZLA 4RLDA 1IZIA 2QMFA 2I0AA 3FKTA 5P7MA 5IVQA 4DJPA 1TCWA 1DPJA 3OQ7A 5KR1A 1G2KA 3I25A 3H0BA 5P4KA 3ZL7A 1C6YA 2QP8A 5P8HA 3VG1A 1ER8E 5DR1A 2IDWA 1B6MA 4RCFA 3APPA 2AZ9A 3S8IA 3DV1A 5P06A 5TOLA 1LS5A 5OYUA 1B6KA 5HDUA 4Y4AA 5KAOA 2WEZA 1FEJC 2ZHVA 1B6JA 5P6VA 5P47A 3EKWA 3EL1A 3ST5A 1TCXA 2IL2A 4Y3SA 3KT2A 3OAGB 5P26A 3O9LA 3T11A 5P4HA 5IE1A 1MSMA 2NMYA 4QJ2A 3CIBA 5P37A 1F7AA 5OZCA 3OUAA 5P3TA 5P8OA 5HTZA 3ZKXA 1EEDP 5UPJA 3APRE 4DI2A 3G70A 5P4WA 4A4QA 1AVFA 1BAIA 3GI6A 5P7TA 3RVIA 3HD8A 1NPAA 2I4DA 5ENKA 1BWBA 3CICA 4J1EA 5P6CA 4TVHA 1IZDA 1LV1A 1OEWA 3UDPA 4BFDA 1FFFC 3WSJA 1EC0A 4CPUA 4QLHA 2XFKA 2WEAA 3LIYA 1EC1A 3KMYA 1LYAA 2QI5A 4Y5GA 2P3CA 4TRZA 1UH8A 1LYBB 2NNKA 5P5TA 1MVPA 2AVQA 1K1UA 3ZPSA 2WECA 3VV8A 2UPJA 3MXEA 5P19A 2G22A 4Y4XA 2QZWA 4YD6A 1VIJA 5HE5A 1K6VA 5DGUA 3D1YA 5P5HA 2J9KA 5OZNA 4U7QA 1ZAPA 3TPLA 5P1RA 5P4AA 1UH9A 2F81A 2O4PA 3FSMA 1B6LA 3L5BA 2AVSA 2ER9E 1LZQA 5P75A 5P4UA 1GNMA 1IZHA 1XDHA 5P0AA 5P6GA 1EBKC 5P14A 4ZLSA 4B70A 2R3TA 5P7KA 5P7YA 4MC6A 1YM2A 5AHCA 5APRE 3SLZA 3OQDA 4I12A 5P3XA 4L6BA 2OHRA 2VIJA 2PC0A 2ZJJA 4LXMA 1AJVA 4Z4XA 4AA9A 2J9JB 3HLOA 1ZTZA 1T6EX 5P64A 1SDVA 2HIZA 2Q63A 5P68A 2PWCA 5P1LA 5DPZA 2H6SA 2P8HA 3G6ZA 4EJLA 4BELA 2ZJIA 3KDCA 1APTE 2G20A 5P4DA 2ZYEA 3S45A 3LZVA 4AMTA 2HM1A 5P55A 1HXWA 4NJVA 3SKGA 3UQWA 3O99A 4ZPFA 1SP5A 5P12A 2V10C 5P8FA 1KZKA 3NU9A 5P4NA 1SIVA 3NDXA 5P7RA 3TOGA 1MIQA 4GJCA 2PSVA 3OOTA 5P07A 3OQKA 3M9FA 1D4IA 3SA5A 4ACXA 2R5PA 3HVPA 4GIDA 4YDFA 4Y38A 3DUYA 3D91A 2CEJA 1A8KA 4Y4UA 3EL5A 3KMXA 4R93A 1G6LA 1CMSA 3EKVA 3NXEA 2QU2A 1META 4Y5CA 5KR2A 3K5GA 3Q3TA 1GVUA 3FIVA 4Y48A 3VF3A 5EZXA 5P58A 2VIEA 4Y3QA 2I0DA 4Y3GA 2FMBA 5P1BA 3NUJA 3ER3E 4YD3A 3MSKA 5P7CA 3VEUA 3UQRA 4R8YA 3GI5A 2BPXA 3S85A 1AM5A 1YM4A 1B5FA 3OOZA 1VIKA 4DJRA 2HS2A 4YCTA 4RVXA 4DFGA 4NPUA 5P41A 3QVIA 2ZHRA 2O4NA 3B80A 2JXRA 1D4SA 1OHRA 4Y4DA 1HIVA 4TVGA 4B1EA 5P4SA 4YE3A 5P8BA 2PH8A 4Y44A 2ZDZA 1CZIE 3JW2A 3TNEA 2NPHA 2WHHA 3QBHA 5P05A 4EP2A 5P1VA 3OY4A 4RRNA 5J25A 1HVRA 5AH9A 2V16C 3S43B 4UPJA 1HVKA 3T3CA 3OXXA 5P4CA 1SMRA 5P00A 5P84A 1EBYA 5P16A 3PWRA 4K9HA 3KN0A 1PSOE 2QI1A 3URJA 1HRNA 5P7WA 2B42A 1HHPA 2QMDA 2NXDA 5P48A 1D4LA 2HB4A 2Q3KA 3ZMGA 1YX9A 1DMPA 4EYRA 4Y3TA 1LYBA 4H3JA 5P8AA 5P0PA 5P1NA 3OXWA 1BWAA 3LPKA 2VJ7A 2VJ9A 7HVPA 3HBOA 5ISJA 5OZ7A 3URLA 2QHZA 1MTBA 1YTGA 3PM4A 1QBRA 2QZXA 5P30A 2FGVA 3EKXA 4Q5MA 3OWNA 3PCWA 5P6YA 2QNQA 5OZTA 3ZKSA 3RSXA 2FNTA 4X2LA 3SA4A 1BDQA 3SM1A 4R5NA 2QMGA 5DR7A 1APWE 5P5RA 5P04A 3UDHA 5P8JA 8HVPA 2HC0A 4I0JA 3UQPA 2J9JA 3VYEA 1GVTA 1T7JA 5KQFA 4LXKA 3QN8A 5CLMA 1XN3A 3BUHA 3RTNA 3OUCA 4GJ5A 5P0WA 3OU1B 1AJXA 4NJSA 5P60A 5P27A 2IQGA 1W51A 5OZ6A 2I4UA 5P1MA 5COOA 5P3GA 2VIZA 2I4WA 3QPJA 5KOSA 1IZEA 2PSGA 5OZFA 1IIQA 2FLEA 1BXQA 3VUCA 3QIHA 4FRKA 3O9LB 3UQXA 3INEA 4Y5MA 5P4IA 5P5CA 3K4VC 3LPJA 3NU6A 5P6UA 3GI4A 2AOEA 1C6XA 5P3WA 1HBVA 5P7SA 3PWMA 2VS2A 5P5SA 3LIXA 3NU4A 5P0GA 1HXBA 4Y6MA 5COKA 1A30A 2VJ6A 5P8KA 5P28A 4S1GA 3O9DA 5AH6A 4Y3NA 1UPJA 4RRSA 5P1HA 1XE6A 4Y3FA 2AOIA 1LYAB 2QU3A 3UHLA 2FS4A 3IA9A 5DQ2A 3OHFA 2AODA 2FGUA 4DQCA 2ASIA 4I0EA 2AOCA 1EC2A 2B8LA 3LZYA 4CPXA 1EPPE 4QJ6A 5P8SA 3L58A 5P89A 1MPPA 3TPJA 5KQXA 4B1DA 5P3MA 3R1GB 4DQEA 2QHYA 3KDDA 3VFAA 3S43A 3OU4B 4Y56A 5OZ5A 5OZGA 4R91A 1BVGA 1YTIA 2FDEA 5P36A 4YBIA 5P0KA 5P6OA 4LXAA 4COEA 1BVEA 3DCKA 4PPHA 3LNKA 3L3AA 3ZOVA 2PK5A 3GI0A 5OZRA 5P3ZA 1RV7A 3MWSA 1YG9A 5P3JA 3OTSA 2V0ZC 5HU0A 5E5JA 5P0DA 5P53A 5P2ZA 4I0IA 2ZHUA 3BC4A 4J0ZA 2BPZA 2O4SA 2NXLA 5P6LA 4Y4JA 3O9IA 4J1KA 4FM7A 3KFPA 3OXCA 3TLHA 5OYSA 2BPYA 2B8VA 2I4XA 4XKXA 5P5JA 1Q9PA 4Y4WA 5P6SA 5P5KA 4Y53A 3TL9A 5EZZA 3SABA 1BDLA 1IBQA 2G1NA 3KM4A 3LITA 2G1SA 3PEPA 1M43A 2A1EA 2OHNA 1ZSRA 2AZ8A 4DH6A 1EBWA 5P42A 2EWYA 1G0VA 4ER2E 4ZE6A 2BKTA 3BRAA 4OBZA 5P35A 2G1RA 4WY6A 3FNUA 4FSEA 4QGIA 1KJ7A 3IXOA 5P8TA 4K4QA 2OHMA 1Z8CA 4PHVA 5OZUA 2OAHA 3O9BA 5BS4A 4NKKA 1W6IA 3OU1A 3VYFA 4AUCA 4B78A 5F01A 1KJHA 4OBFA 4AA8A 1B5FB 3BGBA 2XFIA 4Y3AA 2G94A 5P17A 5P5XA 5P81A 3PI5A 1D4HA 5IVRA 4LHHA 4J1IA 2P4JA 3PB5A 2JJIA 5OZJA 3ZKNA 5P8MA 1U8GA 4J1HA 3QBFA 5P0JA 2OHKA 3O9FA 3FV3A 3O9GA 3L59A 2QI6A 3BVAA 5HDZA 2V11C 5P6FA 4R92A 2I4QA 4H3IA 3VV7A 5OZZA 3CKTA 5P1CA 1NPVA 3JVYA 3BHEA 3UDRA 5P0YA 1JLDA 3URIA 1NSOA 2FXEA 5P22A 5P4BA 1APVE 3LIQA 4K8SA 1MEUA 5OZAA 1XN2A 5P8CA 5P6DA 4DV9A 4U8WA 2ER7E 1GKTA 5P3CA 5HE4A 5P0ZA 5P1XA 5P8DA 2VKMA 5P76A 4DQFA 4PEPA 5P15A 2PH6A 1TSUA 1E82E 1D4JA 1KJ4A 2IENA 2G1YA 5P2MA 3EXOA 1EBZA 3EL0A 4DPFA 5P2DA 4Y45A 1XL2A 1LF3A 4FM6A 3FNSA 1HVJA 4L1AA 5P2AA 4Y5NA 4Y4GA 3DK1A 5P0HA 3N3IA 4RGHA 5P3AA 5P2GA 1EPME 5P29A 4QJAA 2JYSA 3OU4A 4M8XA 5P3VA 5P7DA 5C9FA 4Y4BA 3IAWA 4GYEA 4CP7A 1MT8A 2NR6A 1MT9A 3PCZA 5P5NA 4I8WA 1CPIA 4OBHA 2HS1A 5P2WA 2OHPA 2G26A 3IVHA 3OTYA 4I10A 4WY1A 5P1GA 3K4VA 2IS0A 3HW1A 4Z50A 4X7IA 5OZSA 3L5DA 3PWWA 5P8RA 3Q6YA 3SM2A 4PZXA 4KE0A 3ECGA 4Y58A 3HZCA 2XYEA 5OZQA 5OZBA 2G24A 4YHQA 5P20A 2B60A 4JPEA 5OZOA 1TSQA 4K4PA 2AQUA 3S53A 4Y5AA 5P1YA 1IDBA 4HVPA 1K6PA 5I3XA 5P88A 4PZWA 5P3IA 4YD5A 5P6MA 1FFIC 3EM4A 3VF5A 1HPXA 2AVMA 1GNNA 3S7MA 4EP3A 4FS4A 5P40A 1HWRA 3FNTA 3OK9A 3D3TA 2QHCA 5P72A 1FQ5A 4Y50A 2ZJKA 4B0QA 3PSYA 5P4ZA 1WBMA 3LPIA 3EBZA 5P7OA 5P38A 5P4VA 3G72A 5OYZA 3OXVA 4FRIA 1SH9A 2AZCA 2QAKA 1FQ4A 2AOHA 3BUFA 5P59A 5P2CA 3VLAA 1LYWB 4FRSA 2G21A 3AUPA 3I7EA 3VFBA 2WEBA 4TRYA 4CPQA 4Y3XA 3UF3A 1FMBA 2AVOA 1K2CA 1HSIA 3QRMA 3IVIA 5P70A 1PPME 2P3BB 2AOFA 3T7XA 5P6QA 3NDTA 3SO9A 5P4LA 2HAHA 4DPIA 5DR8A 3WB4A 2VA7A 3IN4A 1MT7A 3I2LA 3KFNA 1SDUA 5P03A 4ZSMA 2IGXA 5JG1A 5HCOA 4H3GA 3UDQA 1UH7A 3D20A 3OADA 4FRJA 4DJUA 2IEOA 4YD4A 1HSGA 4I11A 2ER0E 1QBTA 5P5QA 5OZXA 4Y5EA 1GNOA 5P5VA 1GVWA 3TPPA 2VNMA 1EPLE 5P18A 5P2EA 5P3LA 1PSNA 4DJYA 4F73A 1BDRA 3QP0A 5P1SA 5P6XA 4Y54A 5P0CA 5P2BA 4ZPEA 5P4TA 3NWQA 4GJ9A 5P4XA 2QZKA 1HTGA 5P61A 2APRA 1W6HA 5OYWA 1TW7A 4Y51A 1YTHA 5P1ZA 4DJQA 2AOJA 5OZVA 1DW6C 3CYWA 4D88A 4IVSA 4FL8A 4HEGA 3SACA 1M0BA 5JFUA 4Q1WA 5P78A 2WF4A 2VA6A 4A6BA 5P0IA 3RSVA 5ENMA 5P1PA 3UFNA 2QNNA 4RVIA 4OBZB 4Y3LA 5P5PA 5P3PA 5P82A 1QS8A 3SA8A 3PJ6A 2WJOA 4J54A 3VSWA 4GB2A 5P5FA 4GJ8A 2O4LA 4BEKA 5P24A 3NU5A 5P1OA 4D8CA 3SA7A 1MTRA 5OYQA 2WF0A 1XE5A 3EL9A 2Z4OA 5P77A 5P7GA 4ACUA 5P4RA 5HDXA 1FB7A 4RYGA 3NDWA 5KQZA 1G35A 3RU1A 5IVSA 5P2VA 3UQUA 5OZEA 1PFZA 3HAWA 4FIVA 1HIHA 5P2TA 1HEGE 1E80E 3PI0A 5P1KA 5P5YA 4A6CA 5P08A 4Y3DA 5P0SA 5P3SA 2QI0A 3WZ6A 4Y4TA 4CKUA 4ER4E 5P4GA 2R5QA 1HOSA 3T6IA 5OZKA 1K2BA 1D4YA 1HVSA 3EMYA 4D89A 5P6RA 2IKUA 4BFBA 5P49A 1N49A 1AIDA 3S54A 3IGBA 4Y4ZA 5P7PA 5ER2E 4FAEA 1WBKA 3HVGA 4FSLA 1T6GA 5P8VA 1IDAA 1IVPA 3S2OA 3O9HA 3KDBA 4TRWA 3DJKA 5P8LA 4DUSA 5ISKA 3LHGA 1B11A 2QCIA 2HPFA 1HTEA 2AOGA 2AVVA 5P8EA 5SY3A 4Y3YA 2ER6E 3MXDA 3IN3A 4RVJA 4HLAA 1MESA 4GJDA 2BQVA 5DR4A 1RQ9A 5AH8A 3RTHA 5OYVA 4CPTA 1LYWA 4I8ZA 5P6ZA 4B00A 5HD0A 4RROA 3LIVA 3O9CA 5DQ1A 4H3FA 5SXNA 3SA9A 2XYFA 1LEEA 2IRZA 5P83A 4ZSQA 5P5IA 2O40A 4YOBA 2P3BA 1MSNA 2RENA 4JOOA 3GGUA 5BRYA 1QDMA 1ME6A 1ODYA 5P57A 1F34A 1KJFA 1PSAA 3L5EA 1BIMA 3C9XA 4MC2A 1A9MA 4L1AB 4HDBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MER A;  4Y3E A;  1D4K A;  2BPV A;  1BV9 A;  5P6T A;  2WKZ A;  4Y47 A;  5P02 A;  1ODW A;  5P4F A;  5P2X A;  5P11 A;  5JFP A;  5P66 A;  3NLS A;  5P8I A;  4Y36 A;  5P43 A;  4KE1 A;  2ZJN A;  5P1I A;  4B77 A;  2R38 A;  3B7V A;  1QBS A;  1RPI A;  4J0P A;  5P86 A;  5P1W A;  4ZEA A;  4J0V A;  5P51 A;  3NR6 A;  2V12 C;  4WTU A;  2QI3 A;  3PMU A;  5P4Q A;  5P6H A;  5OZL A;  4RLD A;  1IZI A;  2QMF A;  2I0A A;  3FKT A;  5P7M A;  5IVQ A;  4DJP A;  1TCW A;  1DPJ A;  3OQ7 A;  5KR1 A;  1G2K A;  3I25 A;  3H0B A;  5P4K A;  3ZL7 A;  1C6Y A;  2QP8 A;  5P8H A;  3VG1 A;  1ER8 E;  5DR1 A;  2IDW A;  1B6M A;  4RCF A;  3APP A;  2AZ9 A;  3S8I A;  3DV1 A;  5P06 A;  5TOL A;  1LS5 A;  5OYU A;  1B6K A;  5HDU A;  4Y4A A;  5KAO A;  2WEZ A;  1FEJ C;  2ZHV A;  1B6J A;  5P6V A;  5P47 A;  3EKW A;  3EL1 A;  3ST5 A;  1TCX A;  2IL2 A;  4Y3S A;  3KT2 A;  3OAG B;  5P26 A;  3O9L A;  3T11 A;  5P4H A;  5IE1 A;  1MSM A;  2NMY A;  4QJ2 A;  3CIB A;  5P37 A;  1F7A A;  5OZC A;  3OUA A;  5P3T A;  5P8O A;  5HTZ A;  3ZKX A;  1EED P;  5UPJ A;  3APR E;  4DI2 A;  3G70 A;  5P4W A;  4A4Q A;  1AVF A;  1BAI A;  3GI6 A;  5P7T A;  3RVI A;  3HD8 A;  1NPA A;  2I4D A;  5ENK A;  1BWB A;  3CIC A;  4J1E A;  5P6C A;  4TVH A;  1IZD A;  1LV1 A;  1OEW A;  3UDP A;  4BFD A;  1FFF C;  3WSJ A;  1EC0 A;  4CPU A;  4QLH A;  2XFK A;  2WEA A;  3LIY A;  1EC1 A;  3KMY A;  1LYA A;  2QI5 A;  4Y5G A;  2P3C A;  4TRZ A;  1UH8 A;  1LYB B;  2NNK A;  5P5T A;  1MVP A;  2AVQ A;  1K1U A;  3ZPS A;  2WEC A;  3VV8 A;  2UPJ A;  3MXE A;  5P19 A;  2G22 A;  4Y4X A;  2QZW A;  4YD6 A;  1VIJ A;  5HE5 A;  1K6V A;  5DGU A;  3D1Y A;  5P5H A;  2J9K A;  5OZN A;  4U7Q A;  1ZAP A;  3TPL A;  5P1R A;  5P4A A;  1UH9 A;  2F81 A;  2O4P A;  3FSM A;  1B6L A;  3L5B A;  2AVS A;  2ER9 E;  1LZQ A;  5P75 A;  5P4U A;  1GNM A;  1IZH A;  1XDH A;  5P0A A;  5P6G A;  1EBK C;  5P14 A;  4ZLS A;  4B70 A;  2R3T A;  5P7K A;  5P7Y A;  4MC6 A;  1YM2 A;  5AHC A;  5APR E;  3SLZ A;  3OQD A;  4I12 A;  5P3X A;  4L6B A;  2OHR A;  2VIJ A;  2PC0 A;  2ZJJ A;  4LXM A;  1AJV A;  4Z4X A;  4AA9 A;  2J9J B;  3HLO A;  1ZTZ A;  1T6E X;  5P64 A;  1SDV A;  2HIZ A;  2Q63 A;  5P68 A;  2PWC A;  5P1L A;  5DPZ A;  2H6S A;  2P8H A;  3G6Z A;  4EJL A;  4BEL A;  2ZJI A;  3KDC A;  1APT E;  2G20 A;  5P4D A;  2ZYE A;  3S45 A;  3LZV A;  4AMT A;  2HM1 A;  5P55 A;  1HXW A;  4NJV A;  3SKG A;  3UQW A;  3O99 A;  4ZPF A;  1SP5 A;  5P12 A;  2V10 C;  5P8F A;  1KZK A;  3NU9 A;  5P4N A;  1SIV A;  3NDX A;  5P7R A;  3TOG A;  1MIQ A;  4GJC A;  2PSV A;  3OOT A;  5P07 A;  3OQK A;  3M9F A;  1D4I A;  3SA5 A;  4ACX A;  2R5P A;  3HVP A;  4GID A;  4YDF A;  4Y38 A;  3DUY A;  3D91 A;  2CEJ A;  1A8K A;  4Y4U A;  3EL5 A;  3KMX A;  4R93 A;  1G6L A;  1CMS A;  3EKV A;  3NXE A;  2QU2 A;  1MET A;  4Y5C A;  5KR2 A;  3K5G A;  3Q3T A;  1GVU A;  3FIV A;  4Y48 A;  3VF3 A;  5EZX A;  5P58 A;  2VIE A;  4Y3Q A;  2I0D A;  4Y3G A;  2FMB A;  5P1B A;  3NUJ A;  3ER3 E;  4YD3 A;  3MSK A;  5P7C A;  3VEU A;  3UQR A;  4R8Y A;  3GI5 A;  2BPX A;  3S85 A;  1AM5 A;  1YM4 A;  1B5F A;  3OOZ A;  1VIK A;  4DJR A;  2HS2 A;  4YCT A;  4RVX A;  4DFG A;  4NPU A;  5P41 A;  3QVI A;  2ZHR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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