4HVPA

Structure of complex of synthetic hiv-1 protease with a substrate-based inhibitor at 2.3 angstroms resolution
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of complex of synthetic HIV-1 protease with a substrate-based inhibitor at 2.3 A resolution.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 15
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1989-08-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4hvpA00
2B7FA 3BC4A 3O9LB 2ZHUA 3L3AA 4Y3HA 3UQWA 5P1YA 5FIVA 5I70A 2QAKA 3BUFA 1GVWA 1ZPAA 1HVLA 5JG1A 2NTRA 3SM2A 3INHA 3KDDA 5OZMA 1HHPA 5P1AA 5P55A 2VA5A 2G26A 5P1KA 5IVQA 2OF0A 2QI7A 1APUE 1TZSA 5P67A 2Z4OA 3SKFA 1FKNA 4K4PA 4TRYA 1E81E 3H0BA 2P8HA 3NU3A 4J55A 5P3AA 3PLLA 5P2RA 5KOSA 5OZ7A 3L5BA 5P6HA 3HW1A 5KQZA 3ST5A 1OEWA 4KB9A 1EPME 3M9FA 2HIZA 3K5DA 3I25A 1WBMA 3UHLA 1MUIA 4GJ5A 5P7VA 3QPJA 4RZ1A 1RPIA 3MWSA 1EEDP 5PEPA 2EWYA 3OUDB 1EBZA 5P66A 3N4LA 2APRA 3NWXA 2I0AA 3HLOA 4Z2ZA 2QD7A 5P42A 3OXVA 5P5SA 3BRAA 5APRE 2ER6E 2NXMA 3R4BA 4LXKA 4Y43A 2QI1A 5HU1A 5P8KA 5DQ2A 1M4HA 1MEUA 4XX4A 5OZ4A 1XS7D 5P5FA 5P5CA 4L1AA 2WL0A 2FDPA 4OD9B 1QBRA 3PMUA 1HVCA 3TH9A 5P4AA 3BHEA 4I0HA 1HXBA 1B11A 5CONA 4H3JA 1SGUA 3H5BA 3EKXA 3TOFA 2HPFA 2QMFA 5EZZA 5P2WA 2FIVA 5P61A 2H6SA 5P4CA 4TRZA 2B60A 5P89A 2OHRA 3EKWA 5P31A 1GVUA 3VV8A 3TLHA 1FQXA 1QBTA 3U6AA 5P29A 4QJ9A 1FMXA 1META 3KFPA 3OADA 5P84A 5KQYA 5P26A 5ENMA 5P77A 4EPJA 1HSIA 4QJ8A 5P6EA 3D1XA 4FRIA 3BVBA 3TOGA 5P70A 5JFUA 3U7SA 2OHTA 5P37A 5P64A 5P6NA 2FGUA 4NJTA 4NPTA 5P3MA 4D85A 4Y44A 3URJA 5P0JA 3GI4A 2I4VA 5P2DA 4APEA 3INFA 3QRVA 1C6YA 1KJGA 2FMBA 1MRWA 3KYRA 3SA9A 1K6PA 2XFKA 5P8CA 4Y6MA 5P08A 1FLHA 5P83A 1T6GA 3OUBA 5I3XA 5P6TA 4PPHA 2QZWA 5P85A 1E82E 3LZVA 5P4XA 3PCZA 5KOQA 5P1HA 4DVFA 5P3PA 3GGVA 4B05A 4Y5PA 2J9JB 4E43A 1IZDA 5P7KA 3UDPA 4BEKA 5OZBA 3T7XA 1W50A 3Q4BA 5P5NA 1SDUA 5P0VA 4HDFA 1HOSA 3VCMA 2BKTA 5OZDA 5P8VA 2WHHA 2IKUA 1UPJA 4J0VA 3LPJA 1EC2A 4OBHA 5P78A 3CYXA 5P5RA 1TCWA 4YD6A 1K2CA 3GGAA 4GJ6A 3SA6A 5P2IA 5AHBA 5P3UA 1UH8A 2G1SA 1N49A 5P4VA 5P5EA 1W51A 4I0GA 4OBKA 4QJ7A 2BPZA 2ZJJA 1ZP8A 2V0ZC 3K5CA 1LV1A 4Z22A 5P0WA 5F01A 5P71A 4WTUA 5P7UA 2H6TA 1FQ8A 4J1FA 2I4WA 3DCKA 5P5PA 5P7NA 2PWRA 4HLAA 3UQRA 2G69A 2OHNA 1PROA 5P8RA 5DR8A 2WEAA 4FRSA 2G1OA 3PBZA 5OZ0A 3TPJA 3UCBA 1NPVA 2ZJLA 5P2AA 2ZJMA 2JYSA 3IA9A 3VG1A 4LXAA 5HDUA 2FNSA 1B6PA 3IVIA 4IVTA 4LHHA 4UPJA 4J1HA 1AM5A 4Y4DA 5P6VA 1EAGA 1D4SA 5P18A 5P2OA 3SA4A 2R5PA 5P3LA 1EPPE 4Y51A 2NMYA 3TTPA 1B5FB 2VKMA 3ZKIA 3LIVA 2G21A 3CYWA 1MT9A 3O99A 3NWQA 4YBFA 3LITA 4B78A 2I4DA 5P1DA 4Y4ZA 1BIMA 4U7QA 4GYEA 5ISKA 2I4UA 1D4IA 1SMRA 4RCFA 5P6UA 4AMTA 5P3GA 4HVPA 5HVPA 2F8GA 5P4BA 2B7ZA 5P1SA 4B72A 7UPJA 1MTBA 1HWRA 2O4LA 2I1AA 3DM6A 3BGCA 1W5WA 1ZLFA 3GGXA 5HDZA 3LIQA 3RTHA 1UH7A 1A8KA 3UPJA 4Y3XA 2FGVA 5P4UA 3SQFA 3WB5A 5P8DA 3K4VA 3ZKMA 5P5GA 3LIYA 4Y3PA 5P74A 1NSOA 5P4NA 3T7PA 5P3WA 1XN2A 1ME6A 5IE1A 4DJYA 3EKPA 4B1DA 5OZJA 5OYTA 5P4TA 5P7JA 2RKFA 1HVIA 2R3TA 5P4GA 2F81A 2VNNA 1T7IA 3APRE 3Q5HA 4EP2A 5P2LA 4DPFA 4DJUA 4WY6A 5J25A 5P3FA 5OZZA 4R95A 5P0KA 2Q55A 5DQ4A 4J0ZA 3NYGA 1B6KA 1IVPA 3VF3A 2QD6A 5P3EA 3OUAA 1BDQA 5P2GA 5P24A 5AGZA 5P3SA 1IVQA 3ECGA 4M8XA 1NH0A 3RU1A 3SA8A 4Y4XA 5P88A 5P0UA 1EPNE 4Q5MA 1D4KA 2NNKA 5P0IA 5DR0A 1C70A 2PSVA 4ZPFA 2AZBA 3PSYA 1BV7A 1GNNA 3KDCA 3EL4A 2Q3KA 3OTSA 2OHMA 2FXEA 5P5TA 3ZKSA 1IDAA 3PWWA 2SAMA 2AVOA 3OWNA 5KR0A 3VYFA 5DR1A 2O4NA 4KE0A 2PSUA 2VJ7A 1DPJA 3T7QA 1YTIA 4L1AB 3WZ8A 4FGXA 5DPZA 3VV7A 5P0LA 1AAQA 4RVXA 5P0CA 2VA6A 5OZGA 2JXRA 1M0BA 5P6PA 4Y37A 5P16A 3S45A 1MIQA 3INDA 5P23A 4GJ8A 3IXOA 2UY0A 5P7HA 3PB5A 1JLDA 2QP8A 4YOAA 4RYCA 4DQHA 4BFBA 1FQ4A 1EBKC 2G1NA 3VFAA 4HZTA 3IGBA 1UH9A 5P34A 3VF7A 5P6CA 4Y48A 3R0WA 4Y4AA 5P8MA 3QROA 5P00A 3OK9A 2P3CA 4I0FA 5HCOA 5IVSA 5E5KA 5P2QA 5HTZA 1GVVA 3SFCA 2PWCA 1ZAPA 4OBJA 1HSGA 4PYVA 4CKUA 2FDEA 1MSNA 5P4DA 5P6KA 5KR2A 5P87A 5OZFA 4CMSA 4DFGA 5OYXA 4DPIA 2IENA 4Y3GA 3UDKA 4Q1WA 2V10C 2BQVA 5OZPA 1DIFA 3GI5A 4GJAA 4FIVA 5P6MA 5P0FA 1QRPE 4RCDA 2QHZA 2QNNA 4Y47A 3OOTA 4YA8A 4GZFA 5P0XA 4RROA 5P6RA 2NMZA 2PYNA 5COOA 3L58A 2G1RA 2BPWA 4Y5BA 5C9FA 4YBIA 4Z4XA 2ZE1A 1HTGA 5P27A 4J1EA 4OBZA 1ODWA 5P4JA 1BV9A 3TPPA 3EKQA 2ZHTA 4JPCA 4LC7A 4GB2A 5P13A 4PHVA 4DJWA 1FB7A 5P6QA 5P8BA 5EZXA 1OHRA 1Q9PA 5P4LA 1XDHA 4GJ7A 3DJKA 1FQ6A 3CKPA 5OZ3A 2P4JA 3VLBA 2AOHA 2P3BB 2ASIA 5HU0A 3K5FA 5P1PA 5P4FA 5IVTA 5P5ZA 1E5OE 3HD8A 1BDRA 5OZ5A 3BGBA 3NU9A 3EKTA 1AJVA 2NXLA 5OZ1A 5P2KA 5P2ZA 5P3IA 4DUSA 5P62A 4IVSA 2R5QA 3KDBA 3NSHA 4FM8A 1Z1RA 3UFLA 2R9BA 3KMYA 5OZTA 2QI3A 2A4FA 5KR1A 3I2LA 4CPTA 4YD5A 2BJUA 1K1TA 2BPVA 4K4RA 4I0IA 5P4IA 4Y5KA 4Y5NA 5P2YA 1BDLA 5P8HA 3SO9A 2RMPA 3OQFA 1NPAA 2RKGA 3ZOVA 4Y5MA 5OZLA 1FQ5A 2ZDZA 3NDTA 3S7MA 5P01A 3URLA 4B70A 2OHLA 5P4KA 5P7TA 5P2BA 2O40A 1TSQA 3UTLA 2ZYEA 3OXCA 3HAUA 4Y3LA 4ZLSA 3KN0A 4Q1NA 4Y3FA 3QI1A 1KJ7A 5P3QA 4Y5AA 3KA2A 4YE3A 2G22A 2FLEA 3WB4A 1YT9A 4FLGA 4RVJA 1AVFA 2ZHSA 5P5WA 3LNKA 4X7IA 3ZPUA 3EM4A 3D3TA 2WF0A 1ER8E 1D4JA 4DJPA 5KR8A 3QS1A 3O9GA 3LHGA 1IDBA 2AZ8A 3CICA 5P2SA 3VLAA 5P14A 5P72A 5P7OA 3RVIA 5JFPA 1MESA 5P76A 2V00A 5P1TA 5P1MA 3NDUA 3L5EA 5P5MA 4Y53A 3PM4A 4Y39A 3L59A 2ZJNA 2ZGAA 5OZYA 3CKTA 2FXDA 5P4PA 1IZEA 5DQ5A 1IIQA 3OHFA 3UF3A 5P56A 5P7LA 3EL0A 4COEA 5P0QA 3Q70A 2XFIA 3RTNA 3EC0A 1AZ5A 1EPRE 3FNUA 2JE4A 2WEDA 2VIZA 4DQGA 2HAHA 3PWRA 3PSGA 2PQZA 4DV9A 4ZIPA 3DV5A 5P2UA 5P69A 5P07A 1HEFE 2OAHA 4J54A 2WJOA 5P49A 3LINA 3HBOA 3ER5E 1EPQE 1W5VA 1CZIE 3F9QA 1B6MA 5P0TA 1DMPA 1HTEA 2HB3A 3GGUA 4GJBA 2VS2A 3PWMA 5F00A 4CPWA 4CPSA 3O9HA 4A6BA 1LZQA 5OZVA 5P79A 5P03A 1FF0C 1QDMA 2A1EA 3SAAA 4DJOA 5P12A 5I3VA 5P6BA 1AJXA 5P1CA 5P2JA 1TSUA 1FFFC 4D88A 3MXDA 5P6AA 5P1IA 2AVVA 4EJLA 2P3BA 5P5IA 2AOCA 2PK6A 2WF1A 3I6OA 3GI6A 1XL2A 1XN3A 3G72A 3WZ6A 2VNMA 5P8TA 1LYWA 3ER3E 4EXGA 3S8IA 1ODXA 4Y57A 1HVSA 3HVGA 3CIBA 5OYSA 4MC1A 4Y41A 3PI5A 4Y4UA 5P1GA 5DQ1A 5P7WA 1YM2A 3DOXA 2Z54A 3ZPSA 3O9CA 1BXQA 2PK5A 5KQXA 5P2HA 5P6WA 4Z50A 5P2XA 4Y5EA 4D89A 5P4HA 3TKGA 5I3WA 3WZ7A 4RRSA 5P75A 3TL9A 5P3BA 5OZUA 5BRYA 2IGYA 1IBQA 5P15A 4I8WA 5P86A 5OZ6A 5P6LA 2G20A 1SDTA 5P0DA 4YOBA 1EBWA 1WBKA 1YM4A 2AVSA 3KT2A 1OEXA 2FNTA 1CMSA 3R1GB 4Y3ZA 4J0PA 4U7VA 5P8LA 2P83A 4APRE 2HPEA 1QS8A 2OHUA 5P5HA 2QD8A 3EMYA 4A6CA 3O9AA 2P3AA 4Y4WA 4GMIA 5P7AA 3OGPA 2QNPA 4F74A 2J9KA 4ER4E 2F3FA 2F80A 4XKXA 1A30A 3B7VA 1FEJC 5P6FA 1D4LA 3UDMA 5P0OA 3OAGA 4S1GA 1D4HA 1K6CA 2AOIA 3S54A 1MT8A 5P30A 4PZWA 5P2NA 4N00A 3FNSA 5P0ZA 4OBZB 1YTJA 4MC9A 2ER9E 4J5JA 5P5DA 2I4QA 4J1CA 3VF5A 3SLZA 1MSMA 5P6JA 4DQBA 3NU4A 4JOOA 2Q15A 4U8WA 5P7MA 4J0TA 4B1EA 5OYZA 1EPOE 4OC6B 5COPA 1SGZA 1T7KA 3VYEA 1PPME 2O4SA 5CLMA 5OZEA 5P3ZA 2IDWA 3OQDA 1AXAA 1GVXA 3PMYA 3L38A 3NUJA 2JJJA 5P5YA 3VSXA 1FFIC 5OZ8A 5P0AA 4B77A 2MIPA 3TOHA 5P4EA 5AH7A 1HVJA 1W6IA 3S85A 3PRSA 5P3OA 3NU5A 3QN8A 5AH8A 1FG6C 1FGCC 1IZIA 6FIVA 3EKVA 4OBFA 5P6ZA 5P5OA 5P60A 4FE6A 1TW7A 2QI5A 5SY3A 4DI2A 2BB9A 5P5XA 3PGIA 2I4XA 2F3KA 3IXJA 3QBFA 1XE6A 5P82A 3SPKA 3QRMA 4Y3NA 2R43A 2IL2A 5OZWA 3MXEA 4I12A 3OU4A 5HDVA 5I3YA 5E5JA 4NKKA 2ER7E 4ZSMA 1KZKA 1T6EX 5P0PA 2Q63A 5C9BA 5P7EA 4H3FA 1BWAA 2AOJA 3T6IA 5P5VA 3DUYA 5P1EA 5P8OA 5P02A 4HDBA 2QMDA 2R38A 4Y4TA 1SP5A 5P5UA 1HRNA 1FMBA 3GI0A 2V13A 3TPRA 1HVHA 3OQKA 2OHPA 2AQUA 1RQ9A 1BWBA 5P6XA 4DJVA 5P4YA 2Q54A 5P5BA 3PI0A 3K4VC 3EL1A 3URIA 3LPIA 4TRWA 5P4WA 3CIDA 4QLHA 1HTFA 3IXKA 4K9HA 3T3CA 5SZ9A 3SKGA 4YCKA 5AH9A 3C9XA 4EXHA 1EC0A 3I7EA 2QCIA 3D91A 2QHCA 4Y54A 5P11A 4QGIA 4I8ZA 1RV7A 4GIDA 1F34A 1LF4A 3L5DA 4L7JA 1MTRA 4H3GA 1HPXA 5DGUA 3QRSA 4Y3YA 5P1OA 1ZPKA 3O9EA 4ER1E 2QK5A 1MT7A 3R2FA 4J17A 4I10A 2QMGA 4Y3QA 4AA9A 5P1JA 4KE1A 1KJ4A 5OYWA 3QIHA 5P4QA 5P58A 5P7DA 1BBSA 3VEUA 5P6GA 3EXOA 3BUHA 5P51A 4F75A 4DQCA 3LZYA 2FDDA 2AVMA 2V12C 3RSVA 2F3EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2B7F A;  3BC4 A;  3O9L B;  2ZHU A;  3L3A A;  4Y3H A;  3UQW A;  5P1Y A;  5FIV A;  5I70 A;  2QAK A;  3BUF A;  1GVW A;  1ZPA A;  1HVL A;  5JG1 A;  2NTR A;  3SM2 A;  3INH A;  3KDD A;  5OZM A;  1HHP A;  5P1A A;  5P55 A;  2VA5 A;  2G26 A;  5P1K A;  5IVQ A;  2OF0 A;  2QI7 A;  1APU E;  1TZS A;  5P67 A;  2Z4O A;  3SKF A;  1FKN A;  4K4P A;  4TRY A;  1E81 E;  3H0B A;  2P8H A;  3NU3 A;  4J55 A;  5P3A A;  3PLL A;  5P2R A;  5KOS A;  5OZ7 A;  3L5B A;  5P6H A;  3HW1 A;  5KQZ A;  3ST5 A;  1OEW A;  4KB9 A;  1EPM E;  3M9F A;  2HIZ A;  3K5D A;  3I25 A;  1WBM A;  3UHL A;  1MUI A;  4GJ5 A;  5P7V A;  3QPJ A;  4RZ1 A;  1RPI A;  3MWS A;  1EED P;  5PEP A;  2EWY A;  3OUD B;  1EBZ A;  5P66 A;  3N4L A;  2APR A;  3NWX A;  2I0A A;  3HLO A;  4Z2Z A;  2QD7 A;  5P42 A;  3OXV A;  5P5S A;  3BRA A;  5APR E;  2ER6 E;  2NXM A;  3R4B A;  4LXK A;  4Y43 A;  2QI1 A;  5HU1 A;  5P8K A;  5DQ2 A;  1M4H A;  1MEU A;  4XX4 A;  5OZ4 A;  1XS7 D;  5P5F A;  5P5C A;  4L1A A;  2WL0 A;  2FDP A;  4OD9 B;  1QBR A;  3PMU A;  1HVC A;  3TH9 A;  5P4A A;  3BHE A;  4I0H A;  1HXB A;  1B11 A;  5CON A;  4H3J A;  1SGU A;  3H5B A;  3EKX A;  3TOF A;  2HPF A;  2QMF A;  5EZZ A;  5P2W A;  2FIV A;  5P61 A;  2H6S A;  5P4C A;  4TRZ A;  2B60 A;  5P89 A;  2OHR A;  3EKW A;  5P31 A;  1GVU A;  3VV8 A;  3TLH A;  1FQX A;  1QBT A;  3U6A A;  5P29 A;  4QJ9 A;  1FMX A;  1MET A;  3KFP A;  3OAD A;  5P84 A;  5KQY A;  5P26 A;  5ENM A;  5P77 A;  4EPJ A;  1HSI A;  4QJ8 A;  5P6E A;  3D1X A;  4FRI A;  3BVB A;  3TOG A;  5P70 A;  5JFU A;  3U7S A;  2OHT A;  5P37 A;  5P64 A;  5P6N A;  2FGU A;  4NJT A;  4NPT A;  5P3M A;  4D85 A;  4Y44 A;  3URJ A;  5P0J A;  3GI4 A;  2I4V A;  5P2D A;  4APE A;  3INF A;  3QRV A;  1C6Y A;  1KJG A;  2FMB A;  1MRW A;  3KYR A;  3SA9 A;  1K6P A;  2XFK A;  5P8C A;  4Y6M A;  5P08 A;  1FLH A;  5P83 A;  1T6G A;  3OUB A;  5I3X A;  5P6T A;  4PPH A;  2QZW A;  5P85 A;  1E82 E;  3LZV A;  5P4X A;  3PCZ A;  5KOQ A;  5P1H A;  4DVF A;  5P3P A;  3GGV A;  4B05 A;  4Y5P A;  2J9J B;  4E43 A;  1IZD A;  5P7K A;  3UDP A;  4BEK A;  5OZB A;  3T7X A;  1W50 A;  3Q4B A;  5P5N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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