4HVPA

Structure of complex of synthetic hiv-1 protease with a substrate-based inhibitor at 2.3 angstroms resolution
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Structure of complex of synthetic HIV-1 protease with a substrate-based inhibitor at 2.3 A resolution.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1989-08-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4hvpA00
1EC0A 5P3DA 3NXEA 1SDTA 3LNKA 3O9BA 4HDBA 1QBUA 5P65A 3TL9A 3IXKA 4YDGA 2QMDA 3NDUA 1MT7A 2UPJA 2JYSA 4I0IA 4LBTA 4ZE6A 2R5PA 5P1MA 4RROA 5P3LA 4CPTA 5JODA 3LZSA 3VEUA 1SGUA 2VIZA 3EM6A 3O9IA 1B6JA 1EC1A 3QROA 1TSUA 3JW2A 5P7AA 1SDUA 2G27A 5P3IA 1ER8E 1ENTE 5BS4A 3O9EA 5P0UA 5P6YA 4OBKA 2PH8A 3SA3A 5P6WA 2VIJA 2F3FA 2BPWA 4Y5LA 3S54A 3O9FA 5P4AA 3KM4A 3RU1A 5P20A 2HB2A 4Y4JA 5P6RA 6FIVA 5B18A 5P3QA 3DJKA 5P7MA 1FMBA 2P4JA 1QRPE 3NWXA 2IS0A 4QJ2A 3S85A 2R8NA 1EPNE 3BUFA 3TKWA 5HU0A 5P8VA 1FFIC 2AOHA 4YOAA 2XYEA 5P2ZA 4ZPGA 1OEXA 2WF3A 4IVSA 1YM2A 5P83A 3TNEA 2G26A 3D91A 4I8WA 5P52A 1BVEA 2JJIA 5P51A 4Y4EA 1LYWA 5P0SA 5HVPA 4Y5NA 1WBKA 4JOOA 5P7OA 5AH7A 4Y3HA 3QIHA 3I25A 3ST5A 1K1TA 2QHYA 3KDCA 4Y5KA 3S56A 4HDFA 4R95A 3QPJA 4HVPA 5P0ZA 5P7FA 2AOJA 4X7IA 4MC1A 5P6CA 5P6TA 4QJ8A 1PPME 3SA8A 2PMAA 3GW5A 1FQ5A 1E5OE 4EQJA 4ZSRA 4Y3NA 5P22A 2VIYA 3OADA 1HPXA 1G0VA 4EXGA 5OZMA 5P2RA 5P8MA 2RKGA 4Y36A 5P8RA 5P09A 3UDRA 4COEA 2OHTA 1EBKC 2Q11A 3B80A 1CPIA 7HVPA 4J0PA 1MTRA 5OZ1A 4Y4XA 1W51A 4UPJA 3EKPA 3DK1A 5P08A 5P6FA 5P4IA 2QZWA 5P5WA 3SO9A 3EKTA 4FIVA 4Y3YA 5P0CA 4HE9A 5P1HA 4XX3A 1LF2A 4GJ6A 5P8JA 4NJUA 2BBBA 4GJBA 1SIVA 5P5EA 4B72A 5OZ8A 3BXSA 3U6AA 3RSXA 4Q1WA 5P5QA 3CYWA 1AJVA 3VG1A 3ZKXA 3QI1A 5P19A 5DGUA 1BDRA 2PSGA 1FF0C 1LZQA 1QBTA 2HC0A 5F00A 5P89A 5P2AA 4DUSA 5OZOA 4YD3A 5JG1A 2VJ6A 2QU3A 4R5NA 4Y58A 4K8SA 5P0MA 5P6NA 2QI1A 3OU1A 1GVTA 5AHCA 2AOEA 5P1BA 5P6DA 2AOFA 3KT2A 4Y5GA 5FIVA 3CKTA 4B78A 7UPJA 3QAAA 3TH9A 5P0XA 3OTYA 4NPTA 5P6OA 3OK9A 4I0JA 1BVGA 4EJDA 3L5FA 5P46A 1GVWA 3KA2A 2FDDA 4R93A 4KE0A 2NPHA 5P8QA 3I6OA 5P45A 3GI4A 4H3FA 5P3VA 5P2BA 3TPPA 1HVSA 5P8GA 2FGVA 1FKNA 5P4JA 2IRZA 1ZPAA 2HIZA 4X2LA 3SABA 5P7GA 3NU5A 1YTHA 2UXZA 5P5IA 1EPRE 3EM3A 1FFFC 3KF0A 5HDZA 4ZPEA 4Y5EA 2G1OA 3QRVA 5P1CA 4RVXA 1NPVA 1VIJA 1MPPA 2QHCA 5P3GA 1HHPA 3IVHA 3QBFA 5OZ9A 4I0ZA 4XX4A 1K2BA 4APEA 4N00A 5P30A 5P0HA 3PCWA 2BKTA 3T3CA 4PEPA 4GJDA 2QNPA 3B7VA 1EBZA 3O9HA 4YD4A 5IVTA 5P23A 1A8KA 5P2WA 5P62A 1BAIA 4H3JA 2QD6A 4QJ9A 4I12A 3L38A 5KQYA 4B77A 2AOIA 4DJUA 5P0DA 4FM8A 4Y41A 4Y3EA 1BV9A 2NNKA 2ZJJA 2PK6A 1Z1HA 4DH6A 3ZKSA 2WECA 2ZHRA 2AZ8A 4K4RA 5P49A 4GYEA 3O99A 1HBVA 1BBSA 3SQFA 5P0PA 5AH8A 2WL0A 3NLSA 2JE4A 4Y4WA 3K5GA 5P61A 4Y6MA 4Q5MA 3OUCA 4PHVA 1ODXA 1GVUA 3QVCA 3OHHA 5HDVA 2I0DA 5P2IA 5P7RA 5P6XA 1G6LA 1OHRA 2A4FA 2CEJA 5T4SA 1NH0A 5P4FA 1U8GA 5P34A 4Y3RA 1YTJA 5P64A 4JECA 3EKVA 3DV5A 5APRE 2IENA 3ZPSA 2OHMA 2ZHTA 5P6VA 5OZEA 5P12A 5P7IA 4BEKA 1HVRA 4FRSA 4DI2A 4DPIA 1FQ7A 5OZRA 3NUJA 3UDKA 1META 1ZPKA 3KDBA 4HLAA 3OQFA 5P5UA 1BWAA 4QLHA 5P59A 2G1SA 2JJJA 2OHLA 5P43A 4Y3DA 5P4CA 2WEBA 4Y3PA 4RRSA 4ZEAA 1FQ4A 2Q54A 5P28A 5P8OA 3ZOVA 3WZ8A 3NU6A 2IKUA 3VF3A 4FCOA 5P2TA 5P3ZA 5P7PA 1MEUA 2PC0A 5KAOA 3KDDA 1M43A 5P6AA 5C9FA 5P0WA 3D3TA 5AHAA 3HDKA 5P6LA 3K1WA 3OAGA 3UDJA 1JLDA 5P10A 3BHEA 5UPJA 1BXQA 5SY2A 4KB9A 4Y4ZA 4Z2ZA 5P81A 3UDHA 1ZLFA 4EP2A 5P57A 5OYWA 4ZSPA 3O9LA 4QGIA 3I7EA 4H1EA 3VSWA 4DJXA 4FL8A 5I3XA 5P86A 3Q6YA 4DPFA 3T6IA 1QS8A 2F81A 3IN3A 2IL2A 4Y45A 1HPOA 2AVVA 2HAHA 4RRNA 2PSVA 5P6EA 4DJOA 2FNSA 1K1UA 3OOTA 4K4QA 2Z4OA 4J1KA 1F34A 4QJAA 3NXNA 5P1VA 2JXRA 3K4VC 1HTFA 1SMEA 1E80E 3L5EA 4RGHA 5P1AA 5JFUA 2BKSA 3OGPA 3EBZA 4QJ7A 5P8LA 3GI5A 2Q15A 5DR4A 1IZIA 3LPJA 4LHHA 5P3MA 4ER4E 4OBFA 2F3KA 5P5LA 3HVGA 3UCBA 1GNOA 5OZCA 5P5PA 5P1XA 2PK5A 4J0TA 2Q3KA 4Y3FA 5P06A 5P0YA 5P73A 4CP7A 4Q1NA 5OZTA 1HVLA 1CMSA 2PYNA 5P3KA 4LC7A 2FGUA 5OZJA 2PYMA 3HZCA 4LAPA 5PEPA 4B0QA 1RL8A 3S43B 5HTZA 4FAEA 5P0OA 1W5WA 3OU4A 3PBDA 3TPLA 4FM6A 3OGQA 4B70A 5OZ5A 1BIMA 6UPJA 1KJFA 1HVKA 3UQUA 3VYDA 3VLBA 4LXKA 5P3HA 3OOZA 2UY0A 3TOHA 1LF3A 1PSAA 2OF0A 5DQ5A 3LIZA 5P8PA 2QMPA 2Q5KA 2FLEA 1HEGE 2F8GA 3PLLA 9HVPA 2P3BA 5P6MA 5P85A 5I70A 4DQBA 4GJ8A 4H3IA 3KYRA 1UH8A 3PWWA 4OBGA 5P27A 2CENA 5P32A 2G1YA 3VF5A 1W5VA 1PSNA 5P8SA 2SAMA 2VA5A 4Y5MA 5P1JA 4RCFA 1ZJ7A 5P2OA 4EQ0A 8HVPA 3MSLA 5P7TA 1IIQA 2ANLA 5P37A 1W6HA 4PPHA 4YOBA 5P7JA 1XN3A 4I0GA 4PZWA 1IZDA 4RCEA 2V13A 5KR1A 2HB4A 3RTNA 1YTIA 5P2QA 1DMPA 2APRA 5P31A 4GZFA 5P7WA 2IGYA 2RENA 5P5GA 5P1NA 5P8CA 5P04A 1T6EX 2BPVA 1EAGA 1EBWA 5P54A 1DIFA 3PEPA 4Y3XA 1W6IA 1PPLE 1DW6C 1K6VA 5P0TA 1SDVA 3KFPA 5P8IA 3DCKA 2J9KA 4AZYA 4AA9A 5AGZA 4DJRA 3K5CA 3IXOA 5IVQA 2AODA 4FM7A 4EPJA 4WY6A 3ECGA 5P4DA 5P01A 5KQFA 5P4SA 4NPUA 4D8CA 3N4LA 2Q55A 3UF3A 3ZKNA 2G94A 2B60A 3FX5A 2HPFA 5OZXA 4J0VA 3NU3A 3UDPA 5P8NA 4ACUA 1HSHA 1B6LA 1XL5A 4LL3A 1APVE 3HW1A 5OYXA 1GKTA 1AVFA 4RVIA 5OZLA 3HVPA 1T7JA 5OZIA 3MSKA 5HE4A 4EJ8A 2FMBA 4LXAA 3NYGA 1K2CA 4J1HA 1LYBB 5OZAA 4RYGA 3BRAA 5P41A 1LEEA 2PSUA 5P0FA 5P4KA 2AOGA 2I4QA 4Y3GA 5P0VA 3PHVA 5P3WA 3WZ7A 4CMSA 3DM6A 3OXCA 2B7FA 2ER9E 2I4DA 3RVIA 4EJLA 2FDEA 1SH9A 5KQZA 5P5YA 3UDNA 4Y3TA 3QN8A 5EZZA 5P66A 3U71A 1D4LA 5OZDA 4A4QA 3OXVA 1XS7D 4DQEA 5KOQA 3Q3TA 2ZJMA 1C6YA 3OQKA 4Y47A 3PMYA 5P4TA 2QK5A 3GGUA 5P55A 5DR3A 3O9AA 2WEDA 5ISJA 1NPWA 3SLZA 4M8YA 5P8FA 1QBRA 2AZCA 3UFLA 3NDXA 3GI0A 5KR0A 3IA9A 4DQGA 5P6SA 4D89A 4U7VA 1HSIA 5P4HA 5P0JA 3GGXA 5P0LA 5OYQA 2OHRA 2QI3A 1BDLA 1HVIA 5KOSA 1B6KA 1W5YA 3WSJA 4YD6A 3UDMA 4FSEA 5P42A 3DOXA 5P0RA 4J17A 4K9HA 1EPME 1DPJA 3FSMA 1LF4A 4Y56A 2R43A 5OZSA 2O4PA 5P4VA 3OY4A 5P6HA 1LYWB 5DQ4A 5OZBA 3SM2A 1PFZA 4L7JA 3SKGA 4J1CA 4CPRA 2IGXA 1MERA 3HBOA 3D1YA 2HS1A 5P11A 4EJKA 1KJHA 4Y5CA 3MXEA 3URJA 3LIVA 3INFA 5OZPA 3EL1A 1LV1A 1T7IA 5P39A 1ZAPA 2VNNA 2QD7A 4Y3SA 4F75A 1RPIA 2FDPA 4A6CA 3OXXA 4FE6A 4U7QA 5OZYA 4ZSMA 4DFGA 5P3EA 5P6BA 2R9BA 4DJWA 1DP5A 1BWBA 4BFBA 5P4ZA 3LIQA 5P82A 3O9DA 2FXDA 5P68A 5P87A 3OUDB 3T11A 5P7LA 1EPQE 1N49A 5P8BA 5OZ6A 3SACA 5P74A 2BJUA 4I0EA 1SP5A 4CPWA 5P1TA 1B6PA 4Y3JA 3EM4A 3UDQA 4GJ7A 4ER2E 5P0NA 2V0ZC 2QMFA 5IS4A 5P00A 4BFDA 1SBGA 3T7PA 2A1EA 2EWYA 2NMYA 4JP9A 3NUOA 3EKYA 5P47A 5P02A 4ZLSA 5P75A 1D4HA 3Q70A 1IZHA 2WJOA 3MSJA 3CICA 2R3WA 3OQ7A 3TOFA 3MWSA 3PMUA 4YD7A 4FRIA 5P72A 5OYVA 2XFJA 4J1FA 1A30A 4RYCA 3D20A 3UHLA 2OHNA 3GI6A 5OYSA 5P6ZA 2FXEA 4U8WA 2QI7A 3IGBA 2R5QA 5P5RA 4L1AB 3OUBA 3AUPA 3S8IA 4DJQA 4DV9A 5P5CA 2NTRA 3OU1B 5P5BA 1IDAA 1AIDA 5I3VA 3SA4A 1MRXA 4AUCA 5P3BA 3FNUA 3HD8A 2I0AA 4QJ6A 5P77A 4Y5BA 2BPXA 1Z8CA 2ZHVA 3PGIA 1TZSA 3JVYA 5P5KA 1ODWA 5ER1E 1TCWA 3LZYA 4Y43A 1HIVA 2ER6E 3O9CA 5KQXA 4EYRA 3NR6A 3ZKIA 2F80A 3Q5HA 4RZ1A 5P15A 5P3TA 4AA8A 4RCDA 1QBSA 1RV7A 3ZKMA 5AH6A 3IXJA 3NDWA 2OHPA 2ASIA 5SZ9A 3APPA 4JPEA 5KR8A 1HVCA 4OBDA 4YD5A 5P8KA 5P25A 4Y51A 5P7EA 1YT9A 2V11C 3EL0A 3GGAA 5P88A 3SA6A 1IDBA 4E43A 5P44A 3N3IA 4NJSA 5P0QA 1FGCC 3VV6A 1M0BA 5TOLA 1IVQA 4ER1E 5OZ2A 4ZPFA 2V00A 4Y35A 5P3JA 4Y5PA 5I3WA 4J5JA 5P1WA 3CMSA 5HDXA 4Y3AA 1ME6A 2AQUA 1GNNA 3PSUA 4Q1YA 3OQAA 2Z54A 3SAAA 4Y3WA 4NJTA 1HTGA 3NU4A 5P7XA 2ZHUA 5P4UA 3PSGA 2QZKA 5HDUA 5P4QA 4J54A 4OC6B 5P2NA 5P8UA 2WF4A 3PBZA 5P58A 5EZXA 5P2SA 5OYTA 4K4PA 1EPLE 3TTPA 3UPJA 5P5DA 2O4SA 1AZ5A 2ER7E 5OZKA 3CIBA 3R2FA 5DGWA 3PVKA 3S53A 1HPVA 4FLGA 4TRZA 1XE6A 3UQPA 5P78A 5HCOA 5P4BA 5P76A 1XN2A 2WEZA 5P5NA 5J25A 2QNQA 1UH7A 5P2VA 2VIEA 5P8EA 1HEFE 3KFNA 4B1EA 3F9QA 5P8AA 3VYEA 1LYAB 5HD0A 3ZL7A 5BRYA 2ZHSA 1NPAA 5COKA 1APWE 4JPCA 3URLA 3KMXA 4Y9WA 4I10A 1K6TA 3L3AA 2RKFA 3EXOA 3SA5A 5P69A 1E81E 1B5FA 4PYVA 3SFCA 4Y3MA 2AVOA 5P2XA 3QS1A 5P4GA 4FS4A 1OEWA 3JVWA 2G1NA 1ZSFA 2NXDA 5P26A 3VCMA 1B6MA 4F76A 3KN0A 2OHQA 5P7QA 3L5CA 5P3AA 5P2LA 2B7ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EC0 A;  5P3D A;  3NXE A;  1SDT A;  3LNK A;  3O9B A;  4HDB A;  1QBU A;  5P65 A;  3TL9 A;  3IXK A;  4YDG A;  2QMD A;  3NDU A;  1MT7 A;  2UPJ A;  2JYS A;  4I0I A;  4LBT A;  4ZE6 A;  2R5P A;  5P1M A;  4RRO A;  5P3L A;  4CPT A;  5JOD A;  3LZS A;  3VEU A;  1SGU A;  2VIZ A;  3EM6 A;  3O9I A;  1B6J A;  1EC1 A;  3QRO A;  1TSU A;  3JW2 A;  5P7A A;  1SDU A;  2G27 A;  5P3I A;  1ER8 E;  1ENT E;  5BS4 A;  3O9E A;  5P0U A;  5P6Y A;  4OBK A;  2PH8 A;  3SA3 A;  5P6W A;  2VIJ A;  2F3F A;  2BPW A;  4Y5L A;  3S54 A;  3O9F A;  5P4A A;  3KM4 A;  3RU1 A;  5P20 A;  2HB2 A;  4Y4J A;  5P6R A;  6FIV A;  5B18 A;  5P3Q A;  3DJK A;  5P7M A;  1FMB A;  2P4J A;  1QRP E;  3NWX A;  2IS0 A;  4QJ2 A;  3S85 A;  2R8N A;  1EPN E;  3BUF A;  3TKW A;  5HU0 A;  5P8V A;  1FFI C;  2AOH A;  4YOA A;  2XYE A;  5P2Z A;  4ZPG A;  1OEX A;  2WF3 A;  4IVS A;  1YM2 A;  5P83 A;  3TNE A;  2G26 A;  3D91 A;  4I8W A;  5P52 A;  1BVE A;  2JJI A;  5P51 A;  4Y4E A;  1LYW A;  5P0S A;  5HVP A;  4Y5N A;  1WBK A;  4JOO A;  5P7O A;  5AH7 A;  4Y3H A;  3QIH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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