4I0JA

Spr and structural analysis yield insight towards mechanism of inhibition of bace inhibitors
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
403
structure length
388
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title SPR and structural analysis yield insight towards mechanism of inhibition of BACE inhibitors
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 101
structure length 388
sequence length 403
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i0jA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i0jA02
5HDZA 4COEA 5P1BA 5P5SA 5P8DA 5P11A 5P2OA 5P3IA 5P5CA 4L7HA 1W5YA 3GI4A 2OHPA 5P73A 4B1CA 4I0DA 2WEDA 2IL2A 5P3LA 1LYWB 3Q6YA 2O4NA 3OQAA 1ODXA 5P1KA 3UQRA 5P6NA 1ODYA 3S85A 3QVCA 3R0YA 2ZDZA 5P1FA 4FIVA 3LIXA 2IKOA 3EMYA 3O9HA 5DQ1A 5P0DA 1HWRA 4B1DA 5P6CA 5P65A 1SH9A 3APPA 3MWSA 1QBTA 4R93A 4QJAA 3OU1B 4PYVA 5P19A 2AZ9A 3LNKA 5P57A 5P5GA 3CMSA 4JPCA 5P6BA 2I4UA 4Y3FA 2FDEA 4DJVA 3U6AA 4ZPEA 1IIQA 5P8FA 2QK5A 5P4KA 4Y48A 3MXEA 4MC6A 3TOFA 2QU2A 1E80E 5P40A 3O9GA 3KFSA 2OF0A 3K5DA 3PCWA 4ZPFA 3K1WA 4OD9A 1DP5A 3BVBA 2NPHA 2QHZA 3O9IA 1CZIE 3NXEA 5P22A 5P3ZA 5P6DA 4CPQA 1KJHA 4GJ7A 6FIVA 3LZVA 5P4PA 5P6VA 3OGPA 4RZ1A 2OHKA 4Y45A 5OYQA 4I0EA 3IGBA 2IS0A 5P7IA 3VF5A 5I3YA 5P0ZA 4FM7A 3OK9A 3D1XA 5P29A 2AOCA 3VCMA 5P02A 3UDMA 1AVFA 5P82A 4I11A 2VKMA 1GVUA 3VFAA 5P4NA 3IXKA 1ZJ7A 3NU3A 5P2MA 3SA4A 2WL0A 2AOHA 3OAGB 5P27A 5P0QA 3ZPSA 1GKTA 2BKSA 5P0HA 3O9EA 1FB7A 2JJJA 2P3BB 4BELA 3UDHA 4I8ZA 2F3KA 4MC9A 2PC0A 2QMDA 2NMYA 3H5BA 1EPPE 1SBGA 5ISKA 2WECA 4XX3A 3ZKNA 5OZ1A 5P0NA 1YM2A 3IN3A 5P80A 2AVQA 1YTHA 4FSLA 2CEJA 5P1UA 5OZTA 1BV9A 1RV7A 4Y3JA 2G1YA 5P4UA 4BEKA 5P7GA 4Y3GA 1HIHA 4Y3QA 3ER3E 4I10A 4CPWA 2SAMA 4N00A 4I12A 4Y9WA 5BRYA 3T6IA 4J1FA 3OQ7A 5P7FA 3O9CA 4PZWA 2PYMA 3MSLA 1BIMA 2FGVA 4H3JA 1MT9A 5P2TA 5P3PA 3ST5A 1HVJA 2OHTA 4YD7A 1BILA 5P4WA 5P8RA 3PSGA 1HPSA 1ENTE 2BPWA 4RROA 4EYRA 2IEOA 5JODA 4Y35A 5CLMA 2VJ9A 4GYEA 5P43A 1KJ7A 4Y5GA 4DJOA 3VFBA 5AHBA 2G26A 1AM5A 3BXSA 1E81E 2FDPA 3UFNA 1BWAA 4KUPA 5P5TA 4Y50A 3N3IA 5P6JA 4FRKA 3OQDA 4K4PA 1HTRB 5P20A 5P71A 5P4XA 3HW1A 4DQFA 1K1TA 5P48A 2R38A 5P8UA 1HOSA 2HAHA 3HDKA 4RYGA 3ZKIA 5OYRA 1GVTA 4YOBA 5P69A 4E43A 3SA9A 4J1HA 4LP9A 3QP0A 5JFPA 3S45A 5P6QA 5P0TA 3O9BA 1GNNA 5I3XA 5OZKA 2BPVA 1YTJA 4EHCA 1EC1A 2QAKA 3NDXA 5OZEA 1GNMA 2NNKA 2IDWA 3OOTA 2Q11A 4YCTA 4J0VA 1QBRA 3BRAA 5P08A 5P4VA 3I8WA 4OBDA 1APUE 4Y57A 3WZ6A 2OHNA 5P74A 1TSQA 4Z2ZA 3OGQA 3QRVA 3PHVA 1MT8A 5OZGA 5P0UA 2QI4A 2ZJKA 5EZZA 2I0DA 1Z1RA 1AXAA 5SZ9A 5OZ2A 2NXDA 3ZKSA 4R95A 5AHCA 4Y4TA 2ZJJA 5AH6A 5HE5A 5SXNA 2QZXA 2XFKA 5OZJA 3ZMGA 1DW6C 1FFIC 3RTHA 5HCOA 2ZJLA 5P0VA 5EZXA 5HDXA 3TOGA 1HPOA 5P25A 1IDBA 3I7EA 4CP7A 4D8CA 1SDVA 1NPWA 2WEBA 1UH8A 5P52A 4D85A 3FX5A 5OZIA 1HIVA 2R3WA 1EC3A 4ZEAA 4IVTA 4QJ7A 2BBBA 1LZQA 5JG1A 1ZTZA 5OZZA 1IZEA 5P39A 1XE6A 2A4FA 2VNMA 5P5VA 5P7XA 4B05A 1A8KA 5P5AA 5P0FA 1D4KA 5IVQA 4U8WA 5C9DA 3CIDA 3K5FA 2ZJMA 3EL9A 3OADA 5P1VA 2PYNA 4FRIA 2PK5A 3UQUA 1B5FA 2R5QA 2B7ZA 5P6RA 1MESA 3O9FA 4Y3MA 4GMIA 4Y4AA 4AA8A 5P5ZA 3VSXA 2FS4A 1ZPAA 5AH7A 2I4QA 1HSIA 3RU1A 2Q5KA 1C70A 3ZPUA 2AOIA 1BDQA 1W5VA 5P5NA 3S8IA 7HVPA 3PCZA 3ZPTA 4FAEA 3PVKA 2AIDA 1TZSA 1K1UA 1E5OE 4Y56A 2FNTA 4ER1E 3NWXA 4Y37A 1HTEA 2HM1A 4ZE6A 4Q1XA 5P68A 3RTNA 1HTGA 2VIJA 3INDA 3O9LB 3UDKA 4DFGA 1XN2A 5P79A 4GJBA 5P4MA 4RLDA 2O4PA 3APRE 4J55A 1HHPA 5OZYA 5P7PA 1FQ6A 3TPJA 4J1IA 2R3TA 2IRZA 3HVGA 3G72A 5P6XA 3G70A 4APEA 1WBKA 2QI6A 5DPZA 3TLHA 3CYXA 2EWYA 3VF3A 5P5BA 5HU1A 4YA8A 5HD0A 3A2OA 1B6KA 2PSGA 5P8TA 5P78A 3S43A 3LPJA 4DQEA 5P3UA 3QIHA 4OC6B 5P8NA 3EL4A 1UPJA 1VIKA 2Q55A 3OXCA 1SDTA 1YTIA 4FM8A 5P63A 5P35A 4JOOA 1EPQE 5P8CA 5HCTA 5P2SA 4PEPA 5OZ0A 5P1YA 1EBKC 2ZJNA 2PWRA 2ER7E 2F3EA 5DQCA 2ZHTA 3L5BA 4RVJA 1W6HA 2QI1A 3U71A 4Y4WA 4I0JA 3DCKA 1QDMA 3NU9A 2RSPA 4BFDA 3CYWA 4NPTA 4ZSRA 3UDPA 2JXRA 1QS8A 3PBZA 1NSOA 4JECA 5IVRA 3SM1A 4QJ8A 2AZ8A 4LXMA 3NDTA 5P2BA 5P1PA 1GVWA 5P7HA 4DJRA 5KR8A 1W50A 5DQ5A 3CKTA 5OYXA 5P5PA 4RCFA 6APRE 5OZ7A 1HVSA 3S7LA 5P0RA 3TNEA 5OZ8A 3F9QA 5UPJA 4DVFA 7UPJA 1HEGE 3ECGA 3GI0A 5P36A 3VLBA 4F74A 3FIVA 5P88A 4D88A 5P4JA 3UDYA 5JFUA 1FG6C 1MSMA 3IXOA 5P1MA 1G0VA 5P2XA 2G1NA 1SIPA 5P13A 2RMPA 3IN4A 3EC0A 3HAUA 3KFNA 5P8KA 3I25A 4YE3A 1FMUA 1G2KA 2QMFA 4FL8A 3ZKQA 2PSVA 3G6ZA 4ZPGA 1G35A 2HS1A 2AQUA 1PSOE 5KR1A 4TRZA 4B00A 5P1QA 4OBZB 5P4BA 5DR0A 4Y5CA 5DQ4A 1FF0C 4ACXA 4FRJA 4GJ9A 5OZLA 2I0AA 5OZ9A 1AJXA 3OUDB 5P7OA 4CPRA 4DQBA 5P7AA 5P3HA 5P3QA 1LEEA 5P5OA 5OZCA 1NH0A 5OZMA 1K6VA 1ZP8A 5P4SA 2G22A 4X2LA 3O99A 5P7KA 5OYUA 2QD6A 2V0ZC 5P41A 2HC0A 2BKTA 5OZBA 4Z4XA 3D1YA 5P10A 3BGBA 1F34A 1MSNA 3ER5E 5I3WA 5P58A 1IVQA 1PSAA 1LYBA 5P14A 5OZOA 3WB5A 5E5KA 5P2HA 4M8XA 4ZSQA 5AH9A 3QI1A 1TSUA 4NJVA 5P4TA 2B42A 3VYFA 1EPLE 2I4VA 3OY4A 3ZLQA 2AOJA 5P8HA 4Y3WA 3EBZA 5E5JA 3KN0A 3RSXA 4TRWA 3OU4A 5P6KA 2FXDA 1W5WA 5P2ZA 4XKXA 3DV5A 4DQCA 5P2IA 4A6BA 4Q1YA 3Q3TA 4S1GA 5P3NA 3INFA 5P03A 4FAFA 3NU4A 5APRE 1YTGA 3TKGA 5OYYA 5P6PA 4I0ZA 4U7QA 5P5UA 5P3MA 5HE7A 3QROA 4A6CA 5P8LA 4DJXA 4GJ5A 5DR7A 1EC0A 1HVKA 3U7SA 3L59A 2JJIA 4OBFA 5P44A 3EM4A 1DPJA 5OYSA 3L5CA 3FV3A 1FQ7A 2QD8A 3B7VA 3KT5A 5P1ZA 2BPXA 2F81A 4J5JA 5ENKA 4ZSPA 5P8MA 3DUYA 5J25A 1E82E 4EP3A 3LPKA 3SM2A 4LXAA 2I4WA 1PPME 2B8VA 1BXQA 3NUJA 3TTPA 5AHAA 4OD9B 5P7LA 4QGIA 3GI6A 5KQYA 1XDHA 3IAWA 4Y3ZA 3ZKMA 2BPZA 2OHRA 2B7FA 1IZHA 5P2KA 5P6WA 5OZXA 1HRNA 5P3AA 3TH9A 5KOQA 4EP2A 3JVYA 1FQ5A 1HSGA 4FS4A 5P00A 1SMRA 3OUCA 5P6TA 5P8QA 5P7BA 5P0MA 4J1EA 2ANLA 2AVOA 2ZHVA 4YDGA 5P76A 2RKGA 4HDBA 2OHLA 5FIVA 2IGXA 5P1HA 5P4RA 3O9DA 5P4ZA 1SDUA 5P45A 4B72A 2QI7A 4GB2A 5P3VA 5P15A 4J0PA 3BXRA 5C9FA 4IVSA 3UPJA 1ZSFA 3UDJA 2XFIA 3LINA 3T11A 1W6IA 3JVWA 3EM3A 5OZQA 3UQWA 2OHQA 4D83A 5P4GA 5P7TA 5P4FA 3WSJA 1UH7A 5P5KA 5P2UA 1BDRA 5P81A 5SY3A 1ZBGA 3PMYA 5P3OA 1TQFA 3DV1A 5P5QA 2G24A 5HVPA 1IBQA 5P5DA 1N49A 5KR0A 2J9JA 5TOLA 4DI2A 1RPIA 5KAOA 5P1XA 2PMAA 5P0AA 3L5DA 3SA3A 1SGZA 4L7JA 3S7MA 4JP9A 5P7JA 1BAIA 3HBOA 1HXBA 2UY0A 3ZL7A 2RENA 5P0IA 3VEUA 1LF4A 5P59A 1LS5A 4Y4UA 3L5FA 1EPOE 5OZRA 3KM4A 2IKUA 1IDAA 4EPJA 2BPYA 5COKA 5P6AA 1FKNA 4EXGA 2VNNA 5P5JA 5P1LA 1BWBA 4R5NA 3GI5A 1G6LA 5P0PA 2WF3A 3MXDA 3UDRA 4Q5MA 5P1SA 5P3KA 5P1NA 5P56A 3R1GB 4Y44A 5OYWA 5COOA 4J54A 4NJTA 5OZ5A 2O40A 5P85A 4DJWA 3GGUA 5DR8A 5P7YA 4EJ8A 5P2YA 5P53A 4EJDA 4Y4ZA 2FMBA 5P6GA 4HE9A 3LZSA 3KFPA 4Y4JA 4AUCA 5T4SA 3LIVA 3UTLA 1T7IA 2AVSA 5IVSA 5ER1E 2AOEA 4YBIA 2G94A 4Y3TA 5P89A 5IS4A 2QD7A 3OWNA 4FGXA 2P3DA 3BUGA 1XE5A 4EXHA 5P2FA 4Y4EA 2QMPA 5P8SA 3PMUA 4Y53A 3OTYA 4HVPA 3NR6A 1MTRA 3OHFA 4OBHA 2NXMA 5P66A 1APWE 1EPRE 5IE1A 1K2CA 2Q3KA 3DOXA 1D4YA 5DR3A 1OHRA 4Y4GA 6UPJA 1ZPKA 3NXNA 2FIVA 3PM4A 1EBZA 1RQ9A 2QU3A 1HEFE 4YBFA 3JW2A 1A9MA 4GIDA 5P31A 4HDFA 3SA7A 3SKGA 2P83A 3PWMA 4GJ8A 4L6BA 4F73A 1Z8CA 5P07A 5HDUA 4L1AA 5HTZA 3UCBA 2O4KA 4KE0A 5P7DA 1HXWA 5P4LA 5P7QA 5P28A 3S56A 1ME6A 3I6OA 4H3IA 1A30A 2QZKA 4X7IA 3R4BA 1AAQA 4FSEA 5P12A 2PWCA 2V12C 1MRWA 3C9XA 1T7JA 4FCOA 3NUOA 5P5RA 2WEAA 4QJ9A 5OZ3A 5P6MA 2HB2A 4K4RA 1T3RA 5P2EA 2QZLA 4Y3XA 4DJYA 1HBVA 4I0HA 5P2WA 5P8PA 3OOZA 4TVHA 1SIVA 3PI0A 3INHA 2IQGA 3OADB 5P5LA 1B5FB 1AJVA 3EL5A 4Y51A 4R91A 3VG1A 3KDDA 3OUBA 1QBUA 3BUHA 3HVPA 1M0BA 4ACUA 2ZYEA 2O4LA 2QI0A 5P5HA 1KJ4A 1PSNA 4YD6A 3OTSA 5P5XA 4NPUA 2ZHSA 5KQXA 5OZAA 5P0LA 3SO9A 3MSJA 3FNUA 3WZ8A 5P8BA 1T6EX 3SAAA 2R8NA 3SLZA 2HB4A 4ZLSA 2WF2A 3KMXA 3QPJA 3T7PA 2XFJA 4YHQA 5P3BA 5P7VA 5P7ZA 1WKRA 1PPKE 2VIZA 5P3RA 2V11C 4M8YA 1DAZC 3KDBA 3M9FA 5P7WA 4CPSA 4DQGA 1LYAA 4J1CA 5P37A 5DGWA 3PBDA 2QI3A 5P2JA 2JE4A 5P18A 5P0YA 5OZSA 3N4LA 2R5PA 3WZ7A 4J0TA 2BB9A 2G20A 2VJ7A 3PLDA 4HZTA 1D4LA 8HVPA 5P0BA 5P24A 5P3WA 4GJCA 5P26A 4NJSA 3S43B 4Y5KA 4HLAA 1EBWA 2VIEA 5P0WA 1ZSRA 3PI5A 1YG9A 4Y3NA 5I70A 4Y3RA 4Q1WA 4RCDA 1EPNE 1IZIA 3QBHA 5P42A 5P0EA 3D20A 4WY6A 4ER2E 5P4YA 2AOGA 5P32A 5OYVA 3QN8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HDZ A;  4COE A;  5P1B A;  5P5S A;  5P8D A;  5P11 A;  5P2O A;  5P3I A;  5P5C A;  4L7H A;  1W5Y A;  3GI4 A;  2OHP A;  5P73 A;  4B1C A;  4I0D A;  2WED A;  2IL2 A;  5P3L A;  1LYW B;  3Q6Y A;  2O4N A;  3OQA A;  1ODX A;  5P1K A;  3UQR A;  5P6N A;  1ODY A;  3S85 A;  3QVC A;  3R0Y A;  2ZDZ A;  5P1F A;  4FIV A;  3LIX A;  2IKO A;  3EMY A;  3O9H A;  5DQ1 A;  5P0D A;  1HWR A;  4B1D A;  5P6C A;  5P65 A;  1SH9 A;  3APP A;  3MWS A;  1QBT A;  4R93 A;  4QJA A;  3OU1 B;  4PYV A;  5P19 A;  2AZ9 A;  3LNK A;  5P57 A;  5P5G A;  3CMS A;  4JPC A;  5P6B A;  2I4U A;  4Y3F A;  2FDE A;  4DJV A;  3U6A A;  4ZPE A;  1IIQ A;  5P8F A;  2QK5 A;  5P4K A;  4Y48 A;  3MXE A;  4MC6 A;  3TOF A;  2QU2 A;  1E80 E;  5P40 A;  3O9G A;  3KFS A;  2OF0 A;  3K5D A;  3PCW A;  4ZPF A;  3K1W A;  4OD9 A;  1DP5 A;  3BVB A;  2NPH A;  2QHZ A;  3O9I A;  1CZI E;  3NXE A;  5P22 A;  5P3Z A;  5P6D A;  4CPQ A;  1KJH A;  4GJ7 A;  6FIV A;  3LZV A;  5P4P A;  5P6V A;  3OGP A;  4RZ1 A;  2OHK A;  4Y45 A;  5OYQ A;  4I0E A;  3IGB A;  2IS0 A;  5P7I A;  3VF5 A;  5I3Y A;  5P0Z A;  4FM7 A;  3OK9 A;  3D1X A;  5P29 A;  2AOC A;  3VCM A;  5P02 A;  3UDM A;  1AVF A;  5P82 A;  4I11 A;  2VKM A;  1GVU A;  3VFA A;  5P4N A;  3IXK A;  1ZJ7 A;  3NU3 A;  5P2M A;  3SA4 A;  2WL0 A;  2AOH A;  3OAG B;  5P27 A;  5P0Q A;  3ZPS A;  1GKT A;  2BKS A;  5P0H A;  3O9E A;  1FB7 A;  2JJJ A;  2P3B B;  4BEL A;  3UDH A;  4I8Z A;  2F3K A;  4MC9 A;  2PC0 A;  2QMD A;  2NMY A;  3H5B A;  1EPP E;  1SBG A;  5ISK A;  2WEC A;  4XX3 A;  3ZKN A;  5OZ1 A;  5P0N A;  1YM2 A;  3IN3 A;  5P80 A;  2AVQ A;  1YTH A;  4FSL A;  2CEJ A;  5P1U A;  5OZT A;  1BV9 A;  1RV7 A;  4Y3J A;  2G1Y A;  5P4U A;  4BEK A;  5P7G A;  4Y3G A;  1HIH A;  4Y3Q A;  3ER3 E;  4I10 A;  4CPW A;  2SAM A;  4N00 A;  4I12 A;  4Y9W A;  5BRY A;  3T6I A;  4J1F A;  3OQ7 A;  5P7F A;  3O9C A;  4PZW A;  2PYM A;  3MSL A;  1BIM A;  2FGV A;  4H3J A;  1MT9 A;  5P2T A;  5P3P A;  3ST5 A;  1HVJ A;  2OHT A;  4YD7 A;  1BIL A;  5P4W A;  5P8R A;  3PSG A;  1HPS A;  1ENT E;  2BPW A;  4RRO A;  4EYR A;  2IEO A;  5JOD A;  4Y35 A;  5CLM A;  2VJ9 A;  4GYE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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