4I10A

Structure-based design of novel dihydroisoquinoline bace-1 inhibitors that do not engage the catalytic aspartates
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
400
structure length
390
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based design of novel dihydroisoquinoline BACE-1 inhibitors that do not engage the catalytic aspartates.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 101
structure length 390
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-11-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i10A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i10A02
1FEJC 3O9AA 5P38A 2PK5A 4FGXA 1BIMA 4TVGA 5P0TA 2WF1A 3TPJA 2I4XA 4Y4TA 4OBFA 1PSOE 3LZUA 4Y5NA 5P6WA 1NH0A 5AH9A 5P7IA 1NPVA 1MPPA 3K5DA 1GVWA 3HBOA 1TCWA 4AA8A 3D3TA 1TQFA 3BUFA 3HDKA 3VEUA 3PMUA 4JPEA 4Y44A 4Q5MA 5P4YA 4RGHA 3EKPA 4J1CA 5DQ4A 5P29A 2HAHA 2AVMA 2P8HA 4L7JA 5P88A 4ZPGA 3L5FA 2XFJA 5OZMA 4X2LA 4L7HA 3PLDA 4FAEA 4Y36A 3EMYA 3BXRA 3ST5A 5P1SA 1EC1A 5APRE 3PEPA 5P6ZA 1SP5A 4AA9A 4I0GA 3PSGA 1PROA 4Y3LA 5P2SA 5P6AA 5P4EA 4MC2A 3G6ZA 5OZ8A 4XX3A 3HVGA 1SH9A 5P49A 1HVCA 2ZJJA 4J55A 3SKFA 4RYCA 3GI4A 5P0WA 3M9FA 3WZ7A 1HSHA 2Z4OA 1MEUA 2OHQA 5KR8A 3S7LA 2I0AA 5P30A 1LV1A 1SBGA 5OZKA 3INHA 1XE6A 5P0LA 5P0YA 2BPXA 1LYBA 3ZPSA 1EC3A 1PPME 1W51A 4Y3EA 1A8GA 5P3XA 3OQKA 3LIXA 1K6VA 5P83A 4RROA 1CMSA 1PPKE 3VSWA 3ZKGA 5P03A 3DOXA 1QBUA 4YDFA 5FIVA 4YD5A 2XFKA 5P0CA 1BVEA 1OD1A 4LHHA 2R43A 3HLOA 5BS4A 4J1IA 3ZKXA 3SABA 3OGQA 4B1EA 4LXMA 4YOAA 2VIEA 3WB5A 5OZ1A 5IVTA 4M8XA 5P61A 5ENMA 1T3RA 2OHSA 5P4GA 5P5ZA 4RRSA 2QI4A 2Q64A 4HA5A 3HVPA 4BFDA 2I4DA 3IXKA 5KR2A 4EJ8A 3CKTA 4HLAA 4HDPA 5P1GA 4B0QA 3SO9A 5P0NA 3EBZA 5P41A 5HU1A 5P0DA 5OYVA 4RZ1A 4Y4ZA 4DJYA 4H3GA 4KE0A 5P8NA 3LZSA 4ACUA 2FDEA 5P1OA 3IXJA 5P2GA 4Y5KA 5AHBA 5CONA 5P2MA 9HVPA 5P44A 2OHMA 2QK5A 3ZKSA 1MT9A 3TTPA 5P3YA 3JVWA 3QI1A 5P64A 4ZSMA 5DGWA 1LYWB 5P1FA 1A9MA 3FNTA 3ZOVA 1RPIA 2FXDA 1APVE 4EYRA 5DPZA 5HVPA 7UPJA 1RNEA 3UDJA 4I11A 1SIPA 4XX4A 1HXBA 5P7NA 1EPLE 3APPA 3NDXA 3T11A 5P32A 1BVGA 2BJUA 2HS1A 5P4RA 5HU0A 5P60A 2JXRA 1SGZA 4L6BA 1BDLA 5OYUA 1BWAA 3IN4A 5OZIA 5P8VA 1M0BA 3ZMGA 4Y48A 1GKTA 3KFPA 2F80A 2VIZA 3G72A 5P0XA 5P31A 3I8WA 3LIQA 5P3UA 4DJRA 5P8SA 5P8CA 4K4PA 2RKFA 1HVKA 3VF3A 1HSIA 3DJKA 5P3PA 4J54A 3KMXA 4ZSQA 1D4HA 3T7QA 4Y35A 5KOSA 5P6RA 5C9DA 4L1AB 4RYGA 3VCMA 4F74A 4DJPA 2ZJLA 1DIFA 3PLLA 5JFUA 5P7WA 2R5PA 5P5WA 3B80A 4CPTA 3U71A 3SPKA 4GJ6A 4F75A 4R91A 5COOA 4FLGA 3AUPA 5P0IA 3F9QA 1LYAB 1TCXA 2IS0A 5P1TA 5P6EA 2QZWA 3LPKA 4NJTA 3T6IA 4MC6A 5HCOA 5P7TA 3INFA 4B1CA 2V12C 5P8EA 2NPHA 4Y3MA 2QHZA 3OWNA 2EWYA 5P4DA 5P0PA 1LYWA 1BDQA 2IKOA 5DR8A 1XL2A 5P0KA 3CIBA 3UDNA 3CICA 5P4ZA 1EPNE 3QAAA 5P1XA 5P6KA 3WSJA 2ZYEA 4RVXA 5P5VA 3O9LB 4N00A 5P48A 3NUJA 1W5VA 3WZ8A 3NWXA 3K5FA 5P0HA 5JFPA 4CPXA 2MIPA 5P09A 4QJ9A 5DQCA 1C6ZA 3RSVA 4Y4BA 4QJ6A 5HE5A 1RV7A 2VJ7A 4Y4DA 3NXNA 5P2LA 5OZEA 1QRPE 1PSNA 2CENA 3OUBA 5P2VA 3GGUA 4D85A 3PCWA 1PSAA 4QJ7A 1SDVA 3SKGA 5P4CA 1EBKC 1MSMA 3OUCA 3NU6A 5HE4A 3CKRA 3LPJA 4PZXA 4QLHA 1APTE 3EM4A 4B70A 3DCKA 2ZJHA 4LL3A 3ZKIA 3TKGA 5P2UA 3FKTA 5C9BA 4RCDA 2QZXA 4L1AA 2Q15A 2UY0A 2FMBA 5P5UA 1YTJA 2G1SA 2WEAA 1PFZA 4YD7A 5P71A 5P6OA 4FCOA 3L59A 5P5DA 1FFFC 2G69A 2A4FA 4YD6A 3K4VA 4Y3GA 2Q11A 3L5DA 3L5EA 5P7CA 4A4QA 3OXXA 2I0DA 5P1BA 2APRA 2QZLA 4WY1A 4F73A 2QZKA 3DCRA 2P3BB 3KDCA 3QBHA 3ZPUA 5EZXA 3RVIA 1K6CA 2FIVA 2WEBA 2WHHA 4JECA 4Y5PA 3TL9A 3L3AA 2HPFA 2G1YA 4J17A 3KDBA 3NYGA 5F01A 2OHNA 2QMGA 5P5JA 1IBQA 5P3KA 3PWWA 5P5SA 4YBFA 5P2JA 4HZTA 2VIJA 2JJJA 3HW1A 3OK9A 5P20A 5P6UA 5OZDA 5P5MA 1SDUA 5P5YA 2IRZA 2HPEA 3RTMA 5AH6A 4M8YA 1FB7A 3RTHA 5ENKA 4GJBA 4EJLA 3KF0A 1UPJA 5CLMA 3H0BA 1YX9A 3GI5A 1BXOA 1HVSA 1EPPE 2VS2A 3ZPTA 1ZLFA 5DQ2A 2Q3KA 3NR6A 3QVCA 1HBVA 5P3BA 5OZJA 5COPA 1TSQA 1B6KA 3RU1A 1QBRA 1MERA 2FDPA 5ER1E 3LNKA 4YE3A 3LZYA 4CPRA 5P79A 3OXVA 3G70A 3SA4A 1E5OE 1W5YA 4OBZB 4DV9A 5P0VA 5OYTA 1YT9A 2WEZA 4YOBA 3O9EA 2PYMA 5OZFA 5P8RA 2PC0A 5P62A 4HVPA 3UDRA 3OAGA 4JPCA 4Z50A 4Y53A 4APEA 2HS2A 3TOGA 4DJUA 5P1EA 4FS4A 1RQ9A 4FSEA 2B42A 5KR0A 5P3RA 5DR0A 5P26A 5P2AA 3EKTA 4Y3HA 4J0PA 3R0YA 2QP8A 3Q3TA 3VUCA 2BPWA 1F34A 3AIDA 5UPJA 1G6LA 3S7MA 4TVHA 3VF5A 4DQBA 5P76A 2Z54A 3EXOA 2RMPA 1T6GA 5P6FA 1D4YA 3BGBA 5P3NA 3QVIA 3UHLA 3EKQA 5P2EA 5P7JA 1Z1HA 1XS7D 3PVKA 4Y39A 1A30A 1MTRA 4Y45A 2WL0A 4YCYA 2NMYA 3BHEA 5P0OA 1MUIA 5P4KA 2R38A 4UPJA 2NXDA 5P2NA 5BRYA 3MSJA 1CPIA 1ZAPA 4QJ8A 2IL2A 1E81E 5P33A 3ER3E 1K6PA 3PMYA 1JLDA 5P14A 5P3FA 3EKVA 2QMDA 4ER1E 2NMZA 5I3YA 1J71A 3NUOA 4Y3YA 2QHCA 1ZPKA 4IVTA 4Y3AA 3A2OA 1W5XA 1N49A 2Q55A 4RVJA 1B6JA 4OBZA 2ASIA 4QGIA 4RVIA 5P24A 4A6CA 5E5JA 4HEGA 1GVVA 5OZPA 2QAKA 2VNMA 5P6HA 2ER9E 2I4UA 3D20A 5P3ZA 5HDUA 5P06A 5F00A 5I3VA 2ZE1A 3TKWA 2QI3A 1U8GA 2ZJNA 1NPWA 3OU4A 5P84A 4BELA 2V00A 5HDZA 1ZSFA 2PH8A 3GI6A 5P1KA 3I7EA 2B7FA 2V10C 5OZUA 2J9JB 2R5QA 6FIVA 4D83A 3GW5A 5P2HA 5OYZA 2PSVA 5P13A 3K4VC 4OBGA 5P1ZA 1ZSRA 4Y3RA 2QNPA 2ZJIA 3L5BA 4B77A 5P00A 2XFIA 1AZ5A 2JYSA 1HHPA 1RL8A 1EC2A 5P8PA 3TLHA 2F81A 5P56A 2QD8A 3MXEA 4Y3FA 4J0TA 4GJCA 1GNMA 4Y58A 3OOZA 3KDDA 3OU1B 3UQXA 3UPJA 1FQ7A 3UQUA 2PH6A 5P40A 4TRWA 1W6HA 1AJVA 1LZQA 5P8UA 5P39A 2P3AA 1KJHA 5P0AA 3SM2A 4I0DA 4COEA 4QJ2A 2ZHTA 4YBIA 4DPIA 5P5FA 5P53A 5P4AA 1QBTA 2QI5A 5OZAA 1Z1RA 5I70A 3SFCA 3LPIA 3D1XA 5OYRA 2O4PA 3SA3A 2WF3A 1KJGA 5P55A 2B60A 5KQZA 5OZHA 5P47A 3OADB 1BAIA 1K6TA 3DV5A 1AM5A 5P35A 4Y5BA 2AOHA 3O9CA 2PSGA 5P6GA 5P54A 5OYYA 2BBBA 5OYQA 5P2WA 5P50A 3FNUA 5P16A 1LF4A 2IKUA 5P4VA 1AXAA 5OZ3A 2WF2A 4R8YA 1ENTE 2QCIA 5P3TA 5P46A 4Y4WA 5P3HA 5P34A 3HAUA 5P4QA 5SZ9A 5COKA 5P8TA 3EL1A 4XXSA 5HD0A 3U7SA 2HB3A 5P3LA 4PEPA 5P5TA 1B6LA 1LF2A 2G20A 3FIVA 3QIHA 5P6VA 4Y4UA 4EWOA 5OZBA 2V0ZC 5P8HA 3TPLA 3S2OA 5OZVA 4GJ5A 5P4IA 5P12A 2QI1A 1TSUA 5P4HA 4I0HA 5P0EA 5P1YA 5P4OA 2WKZA 2BKTA 2G1NA 4DQEA 4DPFA 4X7IA 5P36A 4J1EA 4HDFA 4B72A 1GNOA 2IENA 4J1HA 1HTFA 4Y5MA 1CZIE 4MC9A 3EC0A 2PYNA 4YHQA 2H6TA 5P3SA 1BWBA 1QBSA 1FQ8A 5OZGA 5P4TA 4FM7A 3CMSA 2QU2A 3SM1A 2ZHVA 5C9FA 5P3DA 2FXEA 3BVBA 2QD6A 3KYRA 2B7ZA 1B6MA 3UDYA 3H5BA 5P5AA 5P82A 3ZKMA 5P27A 4Z2ZA 5P6DA 5P7BA 3GGVA 1ODWA 5DGUA 4FRSA 5P66A 2QMFA 5HCTA 1T7KA 1KJ4A 2P83A 3UQRA 3OADA 3LIVA 4EXGA 1FQ5A 5SY3A 5OZWA 4Y6MA 5P10A 1HWRA 2BKSA 3OUAA 4Y3JA 3OHHA 5OZ9A 5P0JA 4YCKA 1Q9PA 1QS8A 4Y4XA 1K1TA 2VA5A 2VJ9A 3PSYA 4RLDA 5HTZA 4DQHA 4DFGA 3GI0A 2V16C 2OHPA 3OOTA 5P58A 4DJXA 4FM8A 4RRNA 5HDXA 3PI5A 4WY6A 2QD7A 1LF3A 5P51A 1IZHA 5P15A 1MT7A 3MSKA 5J25A 4ZEAA 5P28A 1HIHA 3PBZA 1WKRA 2AVVA 3KT5A 3QBFA 5P1CA 5P3MA 3Q70A 4HDBA 3ZKNA 3S85A 5P05A 4DQFA 4I12A 4J1KA 4BEKA 3SA8A 2PSUA 4GB2A 3BVAA 1M43A 8HVPA 5SXNA 1XN2A 3EL4A 5P7ZA 5P4MA 5P65A 3BC4A 3OQFA 2Q5KA 1IDAA 1FQ6A 3S53A 5P6SA 4FRKA 4OBJA 3S8IA 1ZP8A 1NPAA 1UH7A 5P7OA 3NU4A 4NJSA 1FG6C 4DI2A 2VIYA 5P08A 5P7VA 4YDGA 3DM6A 5KQYA 4F76A 3URLA 4K9HA 3NU5A 2G1RA 2AOJA 5P5NA 1KJFA 3S43B 3C9XA 2HIZA 3QPJA 4Y50A 3PI0A 3NDUA 5P2XA 5OZSA 4Y4AA 5P70A 4B78A 5P5LA 1SDTA 3QROA 1LS5A 1C6YA 1GVXA 3EL5A 3KN0A 5P8DA 1T7IA 3LINA 3NXEA 1LYAA 1YG9A 2VNNA 3PGIA 3K1WA 3B7VA 2OHTA 5P6CA 5P6IA 4I0FA 1IDBA 2FNSA 1MTBA 4YCTA 1ZJ7A 5P81A 5P7QA 3APRE 2UPJA 3O9IA 2OHRA 5DR7A 2G94A 2FLEA 3SACA 5DR3A 5OZLA 5P2YA 4Y3TA 4LBTA 1EPME 1G0VA 2BPYA 2I4QA 5P8LA 2Q63A 3EM6A 5OZ7A 1HEGE 2F3EA 4DJVA 3O9LA 3Q5HA 3EKYA 1UH9A 2VKMA 5P72A 5P2OA 4LXKA 5OZXA 4Y9WA 4CKUA 2P3CA 4R93A 1KZKA 3VYEA 4NKKA 5E5KA 3OTSA 3UDQA 2R3TA 5P0ZA 5AH7A 5P6QA 3R1GB 4S1GA 5KOQA 4Q1NA 5P8GA 3OGPA 2P4JA 2PWCA 5P5OA 1TZSA 1OHRA 3IA9A 5P02A 1IVQA 4LC7A 3L38A 5P4LA 1IZIA 1G35A 1HIIA 3I6OA 3T7PA 1YTGA 5I3WA 2NNKA 3R0WA 5P3EA 5OZ5A 4EJKA 3DV1A 3R2FA 1HPVA 4H1EA 5HE7A 1FMXA 4Y54A 2AOEA 1IVPA 2VJ6A 3PB5A 1M4HA 4EP3A 2QNNA 1E82E 5P7GA 1K1UA 1ZPAA 2IEOA 2RENA 4FIVA 4H3FA 3IGBA 5P78A 2AOIA 5OZ6A 2WJOA 4WTUA 2OAHA 5P1IA 4BFBA 2RKGA 2H6SA 4XKXA 5P45A 1META 1XN3A 4RCFA 4Y3SA 5P23A 1Z8CA 5P7UA 1D4LA 2P3BA 4FM6A 2O4NA 3D1ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FEJ C;  3O9A A;  5P38 A;  2PK5 A;  4FGX A;  1BIM A;  4TVG A;  5P0T A;  2WF1 A;  3TPJ A;  2I4X A;  4Y4T A;  4OBF A;  1PSO E;  3LZU A;  4Y5N A;  5P6W A;  1NH0 A;  5AH9 A;  5P7I A;  1NPV A;  1MPP A;  3K5D A;  1GVW A;  3HBO A;  1TCW A;  4AA8 A;  3D3T A;  1TQF A;  3BUF A;  3HDK A;  3VEU A;  3PMU A;  4JPE A;  4Y44 A;  4Q5M A;  5P4Y A;  4RGH A;  3EKP A;  4J1C A;  5DQ4 A;  5P29 A;  2HAH A;  2AVM A;  2P8H A;  4L7J A;  5P88 A;  4ZPG A;  3L5F A;  2XFJ A;  5OZM A;  4X2L A;  4L7H A;  3PLD A;  4FAE A;  4Y36 A;  3EMY A;  3BXR A;  3ST5 A;  5P1S A;  1EC1 A;  5APR E;  3PEP A;  5P6Z A;  1SP5 A;  4AA9 A;  4I0G A;  3PSG A;  1PRO A;  4Y3L A;  5P2S A;  5P6A A;  5P4E A;  4MC2 A;  3G6Z A;  5OZ8 A;  4XX3 A;  3HVG A;  1SH9 A;  5P49 A;  1HVC A;  2ZJJ A;  4J55 A;  3SKF A;  4RYC A;  3GI4 A;  5P0W A;  3M9F A;  3WZ7 A;  1HSH A;  2Z4O A;  1MEU A;  2OHQ A;  5KR8 A;  3S7L A;  2I0A A;  5P30 A;  1LV1 A;  1SBG A;  5OZK A;  3INH A;  1XE6 A;  5P0L A;  5P0Y A;  2BPX A;  1LYB A;  3ZPS A;  1EC3 A;  1PPM E;  1W51 A;  4Y3E A;  1A8G A; 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 1EPL E;  3APP A;  3NDX A;  3T11 A;  5P32 A;  1BVG A;  2BJU A;  2HS1 A;  5P4R A;  5HU0 A;  5P60 A;  2JXR A;  1SGZ A;  4L6B A;  1BDL A;  5OYU A;  1BWA A;  3IN4 A;  5OZI A;  5P8V A;  1M0B A;  3ZMG A;  4Y48 A;  1GKT A;  3KFP A;  2F80 A;  2VIZ A;  3G72 A;  5P0X A;  5P31 A;  3I8W A;  3LIQ A;  5P3U A;  4DJR A;  5P8S A;  5P8C A;  4K4P A;  2RKF A;  1HVK A;  3VF3 A;  1HSI A;  3DJK A;  5P3P A;  4J54 A;  3KMX A;  4ZSQ A;  1D4H A;  3T7Q A;  4Y35 A;  5KOS A;  5P6R A;  5C9D A;  4L1A B;  4RYG A;  3VCM A;  4F74 A;  4DJP A;  2ZJL A;  1DIF A;  3PLL A;  5JFU A;  5P7W A;  2R5P A;  5P5W A;  3B80 A;  4CPT A;  3U71 A;  3SPK A;  4GJ6 A;  4F75 A;  4R91 A;  5COO A;  4FLG A;  3AUP A;  5P0I A;  3F9Q A;  1LYA B;  1TCX A;  2IS0 A;  5P1T A;  5P6E A;  2QZW A;  3LPK A;  4NJT A;  3T6I A;  4MC6 A;  5HCO A;  5P7T A;  3INF A;  4B1C A;  2V12 C;  5P8E A;  2NPH A;  4Y3M A;  2QHZ A;  3OWN A;  2EWY A;  5P4D A;  5P0P A;  1LYW A;  1BDQ A;  2IKO A;  5DR8 A;  1XL2 A;  5P0K A;  3CIB A;  3UDN A;  3CIC A;  5P4Z A;  1EPN E;  3QAA A;  5P1X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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