4I8WA

Crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with non-peptidic inhibitor, grl007
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title P2' benzene carboxylic acid moiety is associated with decrease in cellular uptake: evaluation of novel non-peptidic HIV-1 protease inhibitors containing P2 bis-tetrahydrofuran moiety.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i8wA00
4M8XA 5P0GA 2BKTA 4R92A 2WF4A 2HIZA 3FNSA 1MIQA 4H3FA 4QJ9A 5P5RA 5P0IA 5P24A 5P6ZA 3LZYA 3S56A 3IXKA 5P8EA 3OAGA 3Q5HA 4ZEAA 1B6KA 3RSXA 3NU5A 4YD6A 5OYYA 5I70A 2QZXA 4YD5A 5P7NA 1EPOE 3PM4A 4R95A 4H3JA 3EL0A 3HBOA 3IXJA 5P6XA 3NYGA 3ZPSA 4BEKA 2Q5KA 2ZJMA 4RGHA 3R0YA 1XL5A 4LC7A 2IENA 2R3WA 4HDFA 5C9FA 5KQXA 5P8HA 5P26A 2BQVA 2WEDA 5P7IA 2IS0A 4FAEA 5P5KA 1FMXA 5AH6A 1MT7A 4RLDA 5P4LA 1ZJ7A 5P3WA 5AH8A 1YM4A 2ZHRA 3VLAA 2AOEA 5KQYA 4D85A 5P06A 2HB2A 1BV9A 3INFA 5P08A 4Y36A 1XL2A 5P7QA 4A6BA 3BVBA 3AIDA 3OXXA 4CPQA 1HEFE 1SDUA 2VKMA 5P16A 3VLBA 5OZNA 4DQCA 5P8QA 3D1ZA 4EQ0A 4DQFA 1MVPA 4Y50A 1IZDA 5P60A 2QMPA 2F3EA 4I0ZA 1W50A 3OQDA 5P7JA 3FSMA 4Y3JA 5DQ1A 4F74A 5OZWA 4Y35A 5P2JA 4DPFA 4GIDA 4OBFA 4Y3QA 5P0CA 4WY1A 4Q1XA 5P7EA 3TNEA 3LINA 4RYCA 5P7RA 3TH9A 3ZMGA 5P86A 2I4WA 3SLZA 3LIXA 1APVE 2QHYA 5P6WA 5HVPA 1HSGA 4K4QA 1ZSFA 2G94A 5FIVA 1HVLA 2PH6A 5P32A 4NPTA 5P2YA 3RTHA 1IZEA 3O9BA 4Y3MA 2RSPA 4Y3RA 3UDPA 3UF3A 3MXEA 5AHCA 3PVKA 1F34A 1LZQA 3DOXA 3LZSA 5P0OA 5P4YA 3ZKGA 5BRYA 4JPEA 4Y4AA 5P2LA 1ZAPA 2F3FA 1KZKA 3QS1A 4D8CA 2QCIA 3FKTA 4RVIA 3NU6A 2QI1A 1K1UA 4EXHA 3QRVA 2R43A 3Q6YA 3KFPA 5P1QA 4ZPEA 5ER2E 1XE5A 1AAQA 1KJGA 2NXMA 2P3DA 5HE5A 2IKUA 2G69A 3O9EA 2QD8A 4Y4GA 3C9XA 2P3BA 3KF0A 5P4MA 5SY3A 4EP2A 5P7BA 5OZEA 3BGBA 4YDGA 1DP5A 4Y58A 3QBFA 3DJKA 1HVRA 4DJRA 4DVFA 1APWE 1QBRA 2R3TA 2OF0A 4EJLA 2CEJA 1HVIA 1RNEA 3ZPTA 2V0ZC 3BVAA 2B8VA 3RSVA 3D20A 4Y56A 5P5XA 3L38A 5P20A 4EXGA 1FQ4A 1FQ7A 4I12A 4FM6A 5AH9A 3GI5A 2AOCA 1ODWA 4Y3NA 1AXAA 1IVQA 4CPTA 1PSOE 1HVJA 2NMYA 2XFJA 4B77A 3ZKXA 5P2QA 5P5DA 5P4OA 5OZXA 2ANLA 2QZWA 4Y3TA 4I0HA 5P61A 2F80A 5P6AA 4B78A 1HSHA 5P7KA 2UPJA 3S43B 5P01A 5HU1A 2B8LA 1META 3VFBA 3K1WA 3S45A 2IGYA 4HE9A 3DV1A 1RL8A 2WKZA 4RROA 2RKFA 5P2CA 2ASIA 5P2AA 3PBDA 5P8GA 1IIQA 4R5NA 4J17A 1EPNE 5P6GA 4GJ9A 3ZKSA 3ZKMA 3OUDA 4Y38A 4GJCA 3O9HA 5P75A 3KA2A 1CZIE 2BJUA 3UDYA 1YTJA 5SY2A 3NLSA 5P4CA 3QBHA 3S85A 4YCYA 3GGAA 3KM4A 4TVGA 2OHSA 1RQ9A 4D88A 5P87A 5P52A 1HPOA 5P38A 3D1YA 3QP0A 3O9DA 5DR4A 3IA9A 5P4ZA 5P8SA 4Y3GA 4EP3A 1AIDA 5B18A 1DW6C 3VF5A 5IVRA 5P7PA 5P6YA 1DPJA 2QZLA 3A2OA 3FX5A 3VYFA 1YX9A 2PYNA 1GVXA 3TL9A 2PSUA 5HE7A 3NDTA 2BB9A 3NR6A 1LYAB 4PZXA 4Y3AA 1EBZA 5P4RA 1MEUA 4DJYA 3WB5A 3NXEA 5P5EA 5IVTA 1LS5A 2FDPA 1FLHA 4JPCA 3UDJA 1UH8A 5P7SA 1QDMA 1IDBA 3URJA 1A30A 3M9FA 4U8WA 3RU1A 5P1HA 2NXLA 3NWXA 1MRXA 4Y47A 2IEOA 4TRZA 3GGVA 4Y4DA 3G70A 2G27A 3OQFA 2ER0E 2VIYA 2APRA 5P4XA 4I8WA 1LYBB 1J71A 3LNKA 5OZYA 5PEPA 3SABA 1YT9A 3VUCA 1PPLE 2P8HA 4Y3ZA 4HDBA 4HVPA 4B72A 4ER1E 4YD3A 4I10A 2VNMA 5P2ZA 5P6JA 5P4PA 1E5OE 4LHHA 3TPRA 4J1HA 5P41A 3ECGA 1XE6A 1XN2A 1KJHA 3VYEA 3SAAA 1FFIC 5BS4A 2R5PA 4DH6A 3VSWA 4HEGA 4OBZB 5P7CA 2HS1A 4PYVA 5OZAA 3UQRA 5OYRA 2Q64A 5P3BA 1Z1RA 5P2SA 4K4RA 5P8LA 2V16C 5I3VA 3VV8A 2NNPA 4ZLSA 1SDVA 5P5YA 1QBTA 3EKWA 4R91A 1M0BA 4CPWA 5P66A 4I0FA 5DR8A 1BWBA 4X7IA 5P5CA 3T6IA 3HLOA 5P1FA 1HVCA 1HPXA 3D91A 5HU0A 4FIVA 4Q1YA 2BPYA 3MSKA 3R4BA 5P8TA 5I3WA 1ER8E 1EPME 5P58A 3LIYA 5P2HA 5ER1E 4ZPFA 2G1OA 4MC9A 5P1WA 4OBGA 4Q5MA 3EKXA 4ZE6A 1BILA 2AZCA 4DJPA 2NMZA 5P57A 4Y57A 4OC6B 3OU3A 4L7GA 2FNSA 3URIA 4HZTA 5OZTA 4I11A 4FRIA 1WKRA 3T11A 3QI1A 3UFNA 3U71A 3CKPA 3PWRA 2R38A 1MESA 5P2GA 5P05A 4ZSQA 4KUPA 5P6CA 5P2OA 1BIMA 1W5VA 4GJ7A 5OZUA 5P46A 5P1PA 4CMSA 4DPIA 1HIHA 2QHZA 3OWNA 5P49A 1A94A 5P8CA 3KMXA 3OHFA 1IZHA 1K6VA 4J1KA 4Y4JA 4CPSA 2ER7E 5P5GA 3OTSA 5J25A 2SAMA 4Y6MA 1A9MA 5P1OA 4FRSA 2OHRA 3QPJA 2HB4A 2VNNA 5P3NA 4M8YA 5IVSA 3BUGA 1TSUA 3PI0A 5COPA 3K5GA 2WEAA 4NKKA 2BPVA 4L1AB 5BWYA 2XYFA 3TKWA 4J1EA 1NPVA 5P19A 5P4VA 3KFSA 5P8MA 5P78A 1TSQA 3S8IA 5P6FA 5P79A 5P4TA 5OZIA 4X2LA 3ZPUA 1LF2A 2CENA 4GJAA 5P3EA 5P6PA 5P5TA 4D89A 5DR0A 3N3IA 3O9LB 2F8GA 2IDWA 5P5PA 3UQWA 5P3QA 3BHEA 4MC6A 1U8GA 2VIJA 3OK9A 4YCKA 1XS7D 3S7LA 1LF4A 4NJSA 3CICA 3DCRA 4Y4BA 4TVHA 4AZYA 5P8UA 3EKQA 1IBQA 5OZZA 2BPWA 4YCTA 5P51A 2AZ8A 5P3OA 3JVWA 1GNMA 2WEZA 3PWMA 1W5WA 3OQ7A 5P74A 7UPJA 5P6DA 4Y5AA 2IL2A 3PGIA 2VA6A 5IS4A 3O9CA 5P7WA 2AODA 5P0HA 2WECA 3DM6A 6APRE 3IN4A 8HVPA 3PSYA 1B6MA 5P4FA 5P3MA 2I4UA 1D4SA 4U7QA 4GJBA 1GNOA 2JE4A 5P2IA 5P0AA 1LYWB 3S54A 4Y4ZA 2JXRA 1PROA 5P54A 4Y4XA 1C6ZA 5F00A 4GB2A 5P2NA 5TOLA 2RKGA 1FQ5A 1PSNA 3KT2A 1K2CA 3IAWA 2H6SA 4LBTA 1AJVA 3QROA 5JFPA 1BWAA 4ZSRA 1ME6A 3T7PA 3OOTA 5P42A 4I0IA 5P02A 4GZFA 4QJ8A 2IQGA 4QGIA 2HAHA 1W6HA 3OU1B 5P0PA 2O4PA 5P5MA 4GJ5A 2VJ9A 1SIPA 5P5UA 5P72A 4F73A 5KR8A 1FB7A 5E5JA 2OHUA 5P1BA 4FGXA 5P5LA 3K4VC 4EQJA 1GVVA 1HXBA 3L5EA 5P1YA 3T7QA 2ZE1A 5P5OA 1HTEA 5OZ9A 3KYRA 3RTNA 2FNTA 5P35A 2PWCA 5E5KA 3OGQA 2WJOA 2G22A 1ZTZA 3EMYA 3BUHA 3SA9A 1HIIA 2PH8A 5P7TA 3S53A 4H1EA 2I0AA 2WF2A 5P23A 3BC4A 4IVSA 5P5JA 3SA8A 5P1SA 1FEJC 3HAUA 1MRWA 5P2FA 2QI3A 1RV7A 5COOA 5P3GA 4QLHA 2R5QA 5P1JA 3OTYA 4Y41A 2BPXA 1B5FB 1TCWA 5P4AA 4U7VA 3UDHA 4TRYA 4OBDA 2VA7A 4YBIA 4YOBA 3G72A 3I8WA 2ZGAA 2XFIA 3PEPA 5P4JA 2PC0A 4Y9WA 4ER2E 3QRSA 5P1NA 4CKUA 1GNNA 3TPLA 4KE0A 4YD4A 4FRJA 2UY0A 4Y3YA 4DQEA 2G1YA 2PYMA 4Y51A 4J0VA 4L6BA 1Z1HA 2QMDA 3OOZA 5P65A 5HD0A 4E43A 4BFBA 2PSGA 4I0DA 1OHRA 4AUCA 4Y3FA 3LIVA 3HD8A 5P3VA 3SA7A 1QRPE 5P0WA 3SQFA 3R1GB 1B6JA 1FQ6A 2AVQA 3GI6A 1APUE 5CLMA 5P8JA 1FG6C 3VF3A 3OU4A 3PMYA 5DQ5A 3WB4A 5P70A 4J55A 4QJ6A 1K1TA 5P40A 5AHAA 3R2FA 5P15A 3SKGA 5P6UA 5P6TA 5P34A 4APEA 2ZJIA 4RVJA 4LXAA 1OEXA 2F81A 4EHCA 5P3HA 4GYEA 5P5IA 1HVSA 3SA4A 5P2TA 5OZVA 1HWRA 3UQUA 3L5BA 1CPIA 3PI5A 5P6NA 3WZ6A 5P1AA 1JLDA 1BAIA 5HDZA 4QJAA 1E80E 1T3RA 5P0SA 3T3CA 1LEEA 2UXZA 5P8KA 3UDRA 4Y5BA 1XDHA 4Y39A 2QZKA 2QNPA 5OYZA 5OZMA 4B00A 2XYEA 3EM6A 4KB9A 5P0ZA 5P2KA 4OBZA 2Q3KA 4Y5MA 1YTHA 5P0QA 5P5NA 5OZCA 1HTRB 2QMFA 2RMPA 2Q55A 2WF3A 1HHPA 4DJUA 2WHHA 5P53A 3OUAA 5P1UA 2AOFA 1W5XA 4ER4E 2G1NA 2OAHA 4DI2A 3DCKA 3Q3TA 3CIBA 5P1EA 5ENKA 1T7IA 4OBJA 3ER3E 5P89A 2BPZA 2PWRA 5P44A 5P5FA 2Q54A 2QHCA 3DV5A 5P6LA 2OHQA 5ENMA 2IGXA 3EC0A 1FGCC 4A4QA 5P8DA 4YHQA 2ZHVA 5T4SA 2J9JB 3L3AA 3LIZA 3WSJA 3UDNA 2OHLA 2PQZA 4GJ8A 2NNKA 4J0YA 5P82A 3TPPA 2O4SA 3LPJA 5P2UA 3PLDA 1SGZA 1B6PA 1LF3A 2OHNA 3VCMA 4Y4UA 5P7DA 5OZKA 1T6GA 3N4LA 3F9QA 1K2BA 2V00A 4YBFA 3EM3A 2AIDA 5AGZA 5OZ0A 5P0BA 5OZLA 1SP5A 1NPAA 4ZSMA 5P5WA 1DAZC 5KOSA 3FNTA 2QAKA 5P0VA 4EYRA 5P1IA 2FGVA 5P45A 3UQXA 1TQFA 3PCZA 4AA9A 2B60A 2AOHA 5P33A 2QU2A 5P0TA 1WBMA 3SACA 5DQ4A 2BKSA 2ZJNA 5P8AA 4FLGA 3EBZA 5HCOA 2I4DA 1UH9A 5P3PA 3JW2A 2QMGA 3K5FA 5EZXA 4DJXA 5P7LA 5P8OA 3KFRA 1G2KA 3LIQA 3S7MA 4L1AA 3TOHA 4DFGA 2R9BA 3IXOA 3I7EA 3HZCA 1D4IA 4R8YA 4JOOA 3KDDA 1SDTA 4RZ1A 5KR0A 4FCOA 5P6EA 3UDMA 5OZBA 4DQBA 4QJ7A 3TOGA 4Y5LA 5P0KA 3PSGA 5HCTA 3OADA 2AQUA 1FMUA 1K6PA 5OZDA 1YTIA 3GGXA 3H0BA 5P7ZA 5P71A 4Y48A 3UCBA 1HPVA 3NWQA 5P6QA 1MT9A 2QI5A 5HDXA 4ACXA 2G21A 5P2RA 5JODA 5P4SA 2AVVA 5P7VA 1HRNA 3OUDB 4CPUA 3IVHA 3L59A 1HIVA 3VV6A 4EWOA 4WY6A 3G6ZA 3SA5A 5OYXA 5I3XA 1PPME 4Y3LA 5P0EA 2G26A 1D4YA 1ZBGA 4I8ZA 5P4DA 1SMRA 1HSIA 2R8NA 3KDBA 3KDCA 1FF0C 5OZ4A 4Y4TA 1C70A 1ZP8A 4NJVA 1HTGA 3UQPA 3OXWA 2AVOA 2OHKA 3B80A 3LPIA 5KAOA 5P31A 5P10A 4NJUA 2FLEA 3QIHA 3DUYA 4EJ8A 3GW5A 4Y3HA 5P1GA 5P6KA 5SZ9A 2MIPA 1TCXA 2A4FA 4B0QA 3EL1A 1NH0A 1EBKC 3PMUA 3CMSA 2NPHA 4AA8A 4OD9B 1QS8A 2O40A 3PRSA 2QI4A 2AOJA 5P6BA 1YM2A 3ER5E 1CMSA 3APPA 2V10C 4NJTA 1GVUA 5P11A 5AH7A 1VIJA 5P2DA 4DJVA 3VV7A 1M4HA 3OY4A 1ODYA 2I1AA 1PSAA 2NXDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4M8X A;  5P0G A;  2BKT A;  4R92 A;  2WF4 A;  2HIZ A;  3FNS A;  1MIQ A;  4H3F A;  4QJ9 A;  5P5R A;  5P0I A;  5P24 A;  5P6Z A;  3LZY A;  3S56 A;  3IXK A;  5P8E A;  3OAG A;  3Q5H A;  4ZEA A;  1B6K A;  3RSX A;  3NU5 A;  4YD6 A;  5OYY A;  5I70 A;  2QZX A;  4YD5 A;  5P7N A;  1EPO E;  3PM4 A;  4R95 A;  4H3J A;  3EL0 A;  3HBO A;  3IXJ A;  5P6X A;  3NYG A;  3ZPS A;  4BEK A;  2Q5K A;  2ZJM A;  4RGH A;  3R0Y A;  1XL5 A;  4LC7 A;  2IEN A;  2R3W A;  4HDF A;  5C9F A;  5KQX A;  5P8H A;  5P26 A;  2BQV A;  2WED A;  5P7I A;  2IS0 A;  4FAE A;  5P5K A;  1FMX A;  5AH6 A;  1MT7 A;  4RLD A;  5P4L A;  1ZJ7 A;  5P3W A;  5AH8 A;  1YM4 A;  2ZHR A;  3VLA A;  2AOE A;  5KQY A;  4D85 A;  5P06 A;  2HB2 A;  1BV9 A;  3INF A;  5P08 A;  4Y36 A;  1XL2 A;  5P7Q A;  4A6B A;  3BVB A;  3AID A;  3OXX A;  4CPQ A;  1HEF E;  1SDU A;  2VKM A;  5P16 A;  3VLB A;  5OZN A;  4DQC A;  5P8Q A;  3D1Z A;  4EQ0 A;  4DQF A;  1MVP A;  4Y50 A;  1IZD A;  5P60 A;  2QMP A;  2F3E A;  4I0Z A;  1W50 A;  3OQD A;  5P7J A;  3FSM A;  4Y3J A;  5DQ1 A;  4F74 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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