4I8WA

Crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with non-peptidic inhibitor, grl007
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title P2' benzene carboxylic acid moiety is associated with decrease in cellular uptake: evaluation of novel non-peptidic HIV-1 protease inhibitors containing P2 bis-tetrahydrofuran moiety.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i8wA00
5KR0A 2J9JB 6FIVA 3OUAA 3EM3A 4DH6A 2QU3A 4B1CA 1FMXA 2NNKA 3OXVA 5OYXA 4EPJA 1HRNA 3OUCA 3EKWA 4Y39A 4ZPEA 3RTMA 1LS5A 3BUHA 2QNPA 4J0PA 2G69A 5P3PA 3ZKSA 1D4KA 1ODXA 3CKTA 5OZYA 1OEWA 3TOGA 5P7BA 5P87A 1MT7A 3Q6YA 1NPWA 5AHBA 3LHGA 5I3WA 1KZKA 2R9BA 5P3IA 5P73A 2QP8A 4Y5MA 2A1EA 4EXGA 2P3BA 5OZAA 4Y36A 3VV6A 3VV8A 2G20A 2FNSA 5P6QA 1EEDP 1K1TA 5HE5A 1ZPKA 5P6HA 1HPXA 2P3CA 1SIVA 5C9FA 2OF0A 4J0YA 4TVHA 5P7WA 3CICA 4A6CA 2G26A 1T7JA 3OXWA 4Z4XA 3DV5A 3QAAA 3OUDA 5P19A 3OAGA 3S7MA 5P5LA 3UTLA 3URLA 5P7UA 2HS2A 4FM7A 4Q1YA 1OHRA 2ANLA 5T4SA 3WZ8A 2PSGA 1KJ4A 4L7JA 2G21A 1GVVA 2Q54A 1QBUA 1UH9A 1D4YA 4Q5MA 5P4WA 4GJ5A 2AVOA 1MRXA 5P08A 4DJQA 2I4WA 4YOAA 4Y3SA 4Y3QA 4YD6A 2VJ6A 3PLDA 4XKXA 5P4GA 3EM6A 4J0ZA 1HVRA 3LITA 2QMDA 3VEUA 2RMPA 5C9BA 2VA7A 5P1OA 5P5NA 5P33A 4DFGA 4YD3A 2I4QA 4GJCA 5DR0A 5P6ZA 2G22A 4RRNA 1IIQA 4Y3WA 3PSUA 2XFJA 4Y3JA 5OYZA 5P7KA 4EQJA 1META 5HDXA 1YG9A 3TPPA 3UQUA 3EKTA 1ER8E 3VFAA 5ENKA 4KE1A 5OZQA 2BPVA 4GJAA 1M43A 4CMSA 5P5CA 3DOXA 5P0JA 3K1WA 3LIYA 5P5ZA 5P2IA 5OZJA 3MSJA 2PSUA 1M0BA 5P3WA 4X2LA 5P0YA 1VIKA 1APUE 4DQCA 5C9DA 1EBKC 2ZYEA 4FIVA 3GI5A 3PBDA 3UQRA 5SY2A 5P07A 3UFLA 1A9MA 4F73A 2P8HA 3MSKA 3OK9A 4F76A 3VF7A 4I8WA 1F34A 2B7ZA 1RQ9A 2QZLA 1MPPA 4Y37A 5KR8A 1XDHA 1LF2A 2FS4A 3NDTA 1AXAA 3ZPTA 4H3IA 1AJXA 4FRIA 4GJ8A 3GI0A 4EJ8A 3R4BA 2O4KA 1HXBA 2B8VA 2I1AA 5P2CA 3T7XA 3IXOA 3EM4A 3UDRA 5P6FA 5P6IA 1HVHA 2R8NA 3NDXA 4CPSA 5P4BA 3IVHA 2VJ7A 3GGUA 4Y5PA 5DQCA 1HOSA 1BWAA 2R43A 4RYCA 1GNMA 1IDBA 3UQWA 4MC9A 2CENA 4R5NA 4Y50A 2UXZA 4D88A 4M8YA 1FGCC 5P0DA 2BPYA 4FAEA 2F3FA 3TH9A 4OBHA 5HE4A 5P2AA 5P7PA 3S43B 1B11A 4GJ7A 3OXCA 1HVSA 1BAIA 1LYWB 1PSNA 5OZLA 4CPTA 5DQ2A 4Y45A 3KFSA 1LYAB 1ZP8A 3L5FA 2O4PA 3LPKA 3L5CA 2IL2A 5P5RA 5P7YA 5P7XA 5ISKA 1AVFA 2RKFA 4OBFA 3GGAA 5AGZA 1DIFA 3INDA 4Q1NA 4Y57A 3WB5A 2F81A 4EP3A 3T3CA 2V13A 4MC1A 3I7EA 5P3GA 3QN8A 2AVSA 3QRVA 5IVSA 4Y6MA 3OU4B 4FRSA 4J0VA 5P00A 4Y3AA 3SA3A 4Y3MA 4R91A 4LXAA 1KJ7A 3OU1B 2WEBA 2NXDA 4CPRA 5OYRA 1SBGA 2ZHRA 1BVGA 4FE6A 1HIVA 5P4AA 5P01A 3QS1A 5OYUA 4J1CA 3PM4A 5BS4A 3VYEA 4RGHA 1HIHA 2P83A 5P8TA 1NPVA 5P1UA 5DQ1A 4DUSA 1CPIA 1B5FB 4Y41A 4CPUA 3CMSA 1D4JA 1ZSFA 2FXDA 4K9HA 3EL5A 4JPEA 3VUCA 2VIJA 4B05A 3VLBA 2FNTA 2OHNA 1ZJ7A 5P79A 3UQPA 4FGXA 4B00A 1D4SA 4Y3DA 3EKVA 3ZKIA 2CEJA 2NXLA 3G72A 3O9LA 3UDHA 5P4ZA 4B70A 2Z54A 4RCDA 4RYGA 4EP2A 2UY0A 5UPJA 3L59A 3EC0A 5P83A 4OD9B 4ZPGA 4RCEA 1HPOA 1RNEA 2PYMA 4GJ9A 4Y5NA 3OADB 5P5DA 2HB2A 5P3KA 2OAHA 3T6IA 4Z22A 4BELA 2WF2A 5P74A 3U7SA 4B0QA 5P0SA 5P2NA 2OHPA 4PZWA 4F74A 1FQ4A 4FL8A 4NJTA 1IZDA 3QVCA 4L7HA 2QI6A 5P5EA 3ER3E 2PMAA 5P6PA 5P6XA 3INFA 1FF0C 4OBZB 1FLHA 2XYEA 3BXSA 4ACXA 4D85A 3O9EA 3QRSA 5P1GA 4LP9A 5P3TA 5P54A 3KA2A 5P6NA 5I3XA 4Y4GA 4L1AA 5OZXA 3T7PA 3KDDA 1W6HA 4I8ZA 1E82E 2AVVA 3HDKA 5E5JA 3PCWA 1T7IA 4RVJA 5P4LA 5OYTA 4FS4A 4K4QA 1MT9A 1A94A 5P3CA 3O9IA 2WECA 2SAMA 3PSYA 4AMTA 4UPJA 5P81A 1HVJA 1NPAA 4ER4E 5P8JA 2HC0A 3H5BA 5SXNA 2V10C 2Z4OA 4J55A 3U6AA 1ZPAA 3K4VC 3EXOA 4ZEAA 3WZ6A 2AZCA 4EJKA 2QCIA 5P2RA 5P1IA 3T7QA 5P3SA 3OGPA 4JECA 2I4VA 3ZKGA 4DJWA 5P77A 5DR3A 6APRE 3C9XA 5KQYA 1HTFA 5P3XA 3D1ZA 5P0TA 5P24A 2AZ9A 5P6MA 3DV1A 4Y5GA 3BUFA 4YDFA 2ZJNA 3UFNA 1KJGA 5OZ9A 4H3FA 4I0ZA 4RCFA 5P0CA 5P2OA 4LXKA 5OZ0A 2O4SA 4HZTA 3FIVA 5P52A 2R38A 4ZE6A 4YCKA 3ZLQA 1IVPA 3NYGA 2H6SA 3UDKA 2QHYA 4QJ6A 4CPWA 3SM1A 4GIDA 4R92A 4ER2E 5P63A 5OZ3A 5P8RA 2QD6A 1MESA 2NMYA 2IDWA 1MTRA 4Y4JA 5HCTA 5OZ1A 1SMRA 1W5XA 4B1EA 1IZEA 2HIZA 1Z1RA 4I0GA 5P5IA 2F80A 3SO9A 3UPJA 3I6OA 5OZVA 3L5DA 2PSVA 3ECGA 2BB9A 3ZPSA 1MVPA 5P2GA 5F00A 5P0PA 4YE3A 5I3YA 5OZSA 5P4PA 3TPLA 1FKNA 4FSEA 1HTGA 2ZHUA 2ZHSA 4HE9A 3TOHA 1UPJA 3KDCA 5P34A 1NSOA 3OWNA 3OQDA 4FRJA 5P8HA 2XYFA 5P5XA 4F75A 1SDTA 3L3AA 2G1NA 5P86A 4RRSA 5P6CA 4BEKA 4Y51A 4BFBA 5APRE 5P1HA 4Y3RA 5COPA 3TNEA 5OZGA 4Y3LA 1TZSA 3TKWA 3B80A 1AIDA 1K1UA 2AVQA 2JXRA 1IBQA 1B6MA 2F3KA 1RL8A 4NJVA 4Y3TA 5ER1E 1KJHA 5P3UA 3OXXA 4Q1XA 4Y54A 4HDPA 5P0EA 3FV3A 4B77A 1W5WA 3SA7A 3BGBA 5I3VA 5P4FA 2QI3A 3JVWA 3KMXA 1ENTE 4J1EA 5DR8A 5P18A 3NUJA 3OHFA 3SPKA 5SZ9A 5P75A 1XL2A 2BQVA 2ZJKA 5OZHA 3UQXA 1HVCA 1MT8A 2G94A 3D3TA 5JFPA 5P20A 4LAPA 4QJ7A 5P3OA 3UDNA 4HDBA 1APWE 5P62A 5P13A 1FMUA 5P15A 1ZBGA 2Q5KA 5P8IA 3S53A 1UH8A 5P8DA 2AZBA 5P6DA 5P32A 5OZFA 3GGVA 2VIEA 1BXQA 5P8SA 5P03A 5P5MA 4RZ1A 2MIPA 3NU6A 2AOCA 1XN3A 5P48A 4ZSPA 4Y4AA 5SY3A 4HLAA 5P2BA 4RLDA 5P0QA 2EWYA 2ZHTA 4Y38A 5P2QA 4TRZA 1OEXA 4YBFA 1BWBA 3L5EA 3NSHA 1YT9A 5P7IA 3BVAA 4Y5EA 5P7HA 2B7FA 1APTE 4H1EA 3DUYA 3ZKNA 1FB7A 5P72A 5P2XA 3WSJA 3LIZA 1K6PA 5P09A 4A4QA 3QPJA 4FM6A 1LYBB 2B8LA 3LPJA 2ZHVA 4Y3FA 1IZIA 1EPQE 5OYVA 5P5GA 1IZHA 5P76A 5OYWA 3VG1A 5P50A 3R1GB 1M4HA 3U71A 4XX4A 1FQ6A 3PB5A 5P2SA 1AM5A 4Y4BA 2G27A 5P11A 5P16A 4YCYA 4KUPA 1MTBA 3LPIA 2FDPA 1IVQA 3NWXA 2HB3A 3OTSA 1HBVA 2R5PA 3BXRA 5P8KA 3I2LA 4ER1E 4GYEA 5ENMA 2WEAA 4DJPA 1PSOE 5P7AA 1XN2A 5IS4A 5P4YA 1ZSRA 4DJRA 4JPCA 3VCMA 2IS0A 3CYWA 4Y5AA 1FMBA 2G1OA 1MRWA 1DPJA 3BUGA 3L5BA 3TLHA 2QI4A 2AVMA 5DR7A 1BILA 4Y3NA 5P0XA 5P68A 5E5KA 3SM2A 2JJIA 3UDJA 3Q5HA 4QJ2A 2V0ZC 5P1JA 4FSLA 2QU2A 2WF3A 3NXNA 1MIQA 4KB9A 3GW5A 1HVLA 4HEGA 5OZDA 4Y47A 1BV9A 5OZ2A 1W51A 5P1EA 3EMYA 3INEA 1GVWA 4YDGA 4PEPA 3FNSA 3R2FA 4HVPA 5HTZA 1PPKE 2PYNA 2Q3KA 5P6SA 5P6OA 4NKKA 5P0FA 5P8QA 5OZEA 3APPA 1EBZA 2P4JA 1WKRA 4TVGA 5P7FA 5P64A 3MXDA 5OYQA 1YTGA 1HVIA 5DR4A 3UHLA 1HPSA 3PJ6A 2BBBA 3KMYA 3AIDA 2AOGA 1GVXA 2FGUA 2Q63A 5P22A 5P8VA 4J54A 5IVTA 2WF4A 4I0EA 2QI1A 5OZIA 5HDUA 4Y53A 3UCBA 2G24A 3NU3A 5HU1A 5P7GA 3O9BA 4ZLSA 2IENA 2V16C 1K6TA 3OTYA 5P4IA 5ER2E 3SACA 1CZIE 3QROA 3L58A 1HXWA 2HB4A 4L7GA 1QBRA 2BPWA 5OZCA 1AAQA 4FM8A 3PI5A 5P0OA 2V11C 1TCXA 3BGCA 4AZYA 3LINA 2WL0A 4EJDA 1A8KA 3IXKA 2OHLA 4Y4UA 3ZL7A 2WHHA 4U7VA 4Y3XA 5P0KA 2FMBA 5P58A 1HEFE 5P5QA 3SQFA 4OC6A 5P59A 4M8XA 5P2MA 3BRAA 3EBZA 3EL1A 5HE7A 3URIA 1LF3A 2BPXA 2OHTA 4PHVA 1BV7A 3PMUA 1HSGA 3PGIA 2QK5A 6UPJA 5P5JA 5P0AA 3HLOA 1XS7D 1D4HA 5P5WA 2Q55A 3KN0A 2J9JA 3LNKA 5OZ4A 1T6EX 5P7OA 4EJLA 4Y5BA 2IGXA 1K2BA 2ZE1A 5I70A 1LZQA 2O4NA 1ME6A 4DPFA 4J1HA 2IKOA 3NU4A 4XXSA 3SFCA 2WF1A 5P1RA 1QRPE 5P51A 3CIBA 3O9AA 5P0WA 3O9DA 4OBKA 2FDEA 4WY1A 1HEGE 4YOBA 2VKMA 5DQ5A 2P3BB 4D8CA 4I10A 2HAHA 2FGVA 3PMYA 4U8WA 3ER5E 3KDBA 2PWCA 4JP9A 3GI4A 2VIYA 1HWRA 5JODA 3OUDB 7HVPA 4LL3A 3OAGB 3PVKA 5P8BA 1B6LA 4GJBA 5P57A 5P8GA 5P5SA 1QS8A 2P3AA 4CKUA 3HAUA 2Q64A 1C6XA 5BRYA 1E81E 1KJFA 1FG6C 4GJ6A 4PPHA 5P30A 1G0VA 5P0GA 4R93A 5P27A 4DQBA 1BBSA 2V00A 4I0JA 1GVUA 2OHUA 3OQFA 4DQHA 3CKPA 2R5QA 4AA8A 5P39A 2ZJHA 2XFKA 2IRZA 4Y44A 1J71A 3NDUA 7UPJA 1DW6C 5P49A 3Q3TA 1Z1HA 4Y3GA 5P12A 2ZJMA 5P71A 5HD0A 3EKQA 3ZMGA 3IN3A 3T11A 5P41A 3TOFA 3VF3A 3PWWA 4HDFA 2NNPA 3EKYA 1FIVA 8HVPA 3D1XA 3CIDA 5P0BA 3OHHA 4OBDA 3PSGA 5B18A 5IVRA 1AZ5A 3LIXA 5P7EA 2VNNA 3IVIA 4I0DA 2OHMA 2F8GA 2VNMA 2WEZA 5P1XA 3VF5A 3SABA 4Y4EA 5P25A 5P7DA 5P8NA 3I8WA 1B6KA 2FDDA 4A6BA 5P70A 3S2OA 1ZTZA 2PK5A 3QBFA 5P6YA 3URJA 4TRYA 4ZSRA 4R95A 3OUBA 2ZDZA 3UDMA 3K5CA 5OZKA 3KFPA 4DQEA 3F9QA 5P8EA 1CMSA 5CLMA 5AH9A 4DJXA 4FLGA 5P1FA 4B72A 4EYRA 4X7IA 5P1KA 4DPIA 4ZPFA 3IGBA 5P17A 2AOIA 2IKUA 3FSMA 2R3WA 4DJVA 3QP0A 5P31A 5P2YA 5KR1A 5OZUA 4DV9A 2PK6A 3G6ZA 3VYDA 3KF0A 4NPUA 4HA5A 5P8AA 5P78A 2Q15A 4K8SA 4Y5LA 4LC7A 1HTEA 1EPLE 4QGIA 3SA6A 5P61A 4I12A 1BVEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KR0 A;  2J9J B;  6FIV A;  3OUA A;  3EM3 A;  4DH6 A;  2QU3 A;  4B1C A;  1FMX A;  2NNK A;  3OXV A;  5OYX A;  4EPJ A;  1HRN A;  3OUC A;  3EKW A;  4Y39 A;  4ZPE A;  3RTM A;  1LS5 A;  3BUH A;  2QNP A;  4J0P A;  2G69 A;  5P3P A;  3ZKS A;  1D4K A;  1ODX A;  3CKT A;  5OZY A;  1OEW A;  3TOG A;  5P7B A;  5P87 A;  1MT7 A;  3Q6Y A;  1NPW A;  5AHB A;  3LHG A;  5I3W A;  1KZK A;  2R9B A;  5P3I A;  5P73 A;  2QP8 A;  4Y5M A;  2A1E A;  4EXG A;  2P3B A;  5OZA A;  4Y36 A;  3VV6 A;  3VV8 A;  2G20 A;  2FNS A;  5P6Q A;  1EED P;  1K1T A;  5HE5 A;  1ZPK A;  5P6H A;  1HPX A;  2P3C A;  1SIV A;  5C9F A;  2OF0 A;  4J0Y A;  4TVH A;  5P7W A;  3CIC A;  4A6C A;  2G26 A;  1T7J A;  3OXW A;  4Z4X A;  3DV5 A;  3QAA A;  3OUD A;  5P19 A;  3OAG A;  3S7M A;  5P5L A;  3UTL A;  3URL A;  5P7U A;  2HS2 A;  4FM7 A;  4Q1Y A;  1OHR A;  2ANL A;  5T4S A;  3WZ8 A;  2PSG A;  1KJ4 A;  4L7J A;  2G21 A;  1GVV A;  2Q54 A;  1QBU A;  1UH9 A;  1D4Y A;  4Q5M A;  5P4W A;  4GJ5 A;  2AVO A;  1MRX A;  5P08 A;  4DJQ A;  2I4W A;  4YOA A;  4Y3S A;  4Y3Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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