4I8ZA

Crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with non-peptidic inhibitor, grl008
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title P2' benzene carboxylic acid moiety is associated with decrease in cellular uptake: evaluation of novel non-peptidic HIV-1 protease inhibitors containing P2 bis-tetrahydrofuran moiety.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i8zA00
3INFA 5P7CA 2FXDA 1HVHA 5P0OA 1MSNA 3L5EA 4TVGA 4IVTA 5OZ5A 5P8IA 3G6ZA 1D4SA 4Y3NA 2ZHRA 1MTBA 5AHCA 1MRXA 3RVIA 4B00A 1GVWA 4GZFA 2FNSA 5P30A 3BUFA 2G27A 2WJOA 1ZBGA 2APRA 4KUPA 2VS2A 5P8DA 2H6SA 1C6XA 1M43A 4Y3PA 3OY4A 5P6MA 3PSYA 1QRPE 3OXVA 4Y4GA 4YCYA 1BVEA 1LYAB 1LYBB 3Q3TA 1QBUA 4OD9B 2ER9E 3ZKMA 3ZL7A 2VJ6A 2QI0A 3F9QA 5P5FA 3NDTA 2ZHTA 4ZPEA 1ODWA 3EMYA 2ZJIA 5P16A 1HXWA 2XYEA 5I3YA 4RYCA 1A94A 4B1DA 4S1GA 5HDZA 4ZIPA 5P2JA 1EC2A 3SFCA 1MTRA 5P64A 5P6HA 3S43B 5P11A 3SA7A 1IDAA 3LINA 1SGUA 4Y5NA 1HPSA 2HS2A 5P10A 1SDTA 3SO9A 4D88A 5P5LA 5EZXA 1FF0C 3IAWA 2PK6A 2QHCA 5TOLA 4GJ8A 4Y41A 4Y9WA 4GB2A 2WKZA 3D1XA 5P60A 4A4QA 4J0TA 4Y3EA 2HAHA 2IQGA 4TRWA 5P0GA 3OADB 3QP0A 5P3YA 3OOZA 2P3AA 4PEPA 5P81A 2Z4OA 3EM3A 3PWMA 4QGIA 4RVJA 3PI0A 3UQUA 4J0PA 2PYNA 1FMBA 2OHPA 3OOTA 4YBIA 4YCKA 3RTMA 1PFZA 1XDHA 5OZRA 4QJ8A 2F81A 2I0AA 1TZSA 4I12A 1KJ4A 1LZQA 1A8KA 5P6WA 3Q70A 2FNTA 4M8YA 3FNSA 7UPJA 5P3MA 3TPJA 4A6BA 5I70A 5UPJA 1PPME 5P5WA 4EYRA 2R3TA 2BKTA 1XN2A 3DJKA 3K5CA 5P72A 1QS8A 2OHLA 4GJDA 5KQZA 5P7GA 2FIVA 4DQCA 5OZBA 5P34A 2PWCA 5P6OA 1HVIA 2QD7A 4WY1A 1D4KA 5OYYA 2ZJNA 1SGZA 2I4UA 2R3WA 3L58A 3DV5A 4DJXA 4Y5BA 2NMYA 4Y5MA 3LIQA 3OU4A 3Q6YA 3I25A 3SA8A 5P88A 2QNQA 5P7VA 1EC0A 4B78A 5P7WA 2OF0A 5P1SA 5P7HA 4I0ZA 4GJ5A 2R38A 5OZUA 3IVIA 3LPIA 4QLHA 1AJXA 2G1YA 3OHFA 3N4LA 5P5UA 5P2AA 1J71A 1BDLA 2ER0E 2EWYA 3TNEA 2F80A 1F34A 5ENKA 5P6XA 3TKWA 3U71A 1E81E 5P0KA 1BDRA 1FB7A 1MPPA 2ZDZA 2WF4A 1FQ8A 5P2ZA 5SXNA 4X7IA 5P1VA 1GVVA 2HB3A 1KJ7A 3KM4A 1W6HA 4R95A 3L38A 1RQ9A 2P83A 4B72A 2B7ZA 4ACXA 1OHRA 1VIJA 4J55A 5P22A 5COOA 5KQXA 5P8VA 5PEPA 1BWAA 3LZUA 5P5EA 5P1MA 3ZMGA 5P0DA 4EQ0A 1W5VA 3NWXA 4GYEA 2QU2A 5P3LA 1N49A 3SQFA 2I1AA 1HSGA 3UQXA 3FNTA 3UFLA 4XX4A 1FQ7A 4XX3A 1F7AA 1T3RA 5P36A 1EBWA 2G1RA 4YD6A 2FGVA 1IIQA 2AOEA 5P0TA 5DQCA 4ZSRA 3PMUA 3ZKQA 1SDVA 2NMZA 1LV1A 3SKGA 3C9XA 5P6UA 3HBOA 3VSWA 5HD0A 2Q63A 3S56A 4CPXA 4YOAA 4OBGA 4D85A 3OGPA 2V0ZC 1EC1A 4RVIA 1RV7A 5P62A 2QMGA 2B60A 3NDXA 4HLAA 1SBGA 5P55A 2FDDA 2B8VA 6FIVA 4NJSA 3UDJA 4L1AB 5P4TA 1YTJA 3VCMA 5P3TA 1EBKC 5P1DA 4GJCA 2Q5KA 4K4QA 5P73A 2F3FA 1QBRA 5P5TA 4Y4UA 3OHHA 1NPVA 4DV9A 5P8PA 4EJKA 3T3CA 4BFBA 2XYFA 4EXHA 4WY6A 1BV9A 4JP9A 1E80E 3OUDA 3DK1A 4LHHA 2WF0A 3L59A 1OEXA 4DPIA 3TTPA 1W51A 4I11A 3EXOA 1EPRE 5P1CA 5P82A 5P33A 5P08A 2VJ7A 2BPWA 2V00A 3UQRA 5P79A 3KA2A 4DJUA 3I6OA 3RTNA 4D83A 2AZBA 1FKNA 4DJQA 3CKPA 3OTSA 3WSJA 4DQHA 3QIHA 2WF2A 5P2QA 4JPEA 5P5DA 1AAQA 2ZJLA 4HZTA 5P0IA 5P4MA 4MC6A 2IS0A 3FKTA 4KE0A 5P3VA 3U7SA 3O9LB 4D89A 1FIVA 5P1LA 4H3GA 5P8NA 5P8GA 3TOFA 1YT9A 1TQFA 5P1AA 5P5HA 1GNOA 2IRZA 2MIPA 4APRE 3OK9A 3WB5A 1BAIA 2PWRA 5P4OA 1T7JA 5P7UA 5F01A 5OZ9A 4I10A 3H5BA 5P5QA 5CONA 5P48A 1QBSA 5P1FA 3VV8A 4QJAA 5P7RA 3NXNA 4DQEA 4RGHA 1EPNE 1VIKA 4FLGA 1D4YA 5P7NA 5DQ4A 4YOBA 5P6VA 1TSUA 3SAAA 1B6KA 1EBZA 3NLSA 2QI7A 1SP5A 5P63A 3R1GB 2WEAA 3WZ7A 5OZSA 2QI5A 5OZCA 5P6ZA 3CIBA 2PH6A 5P8CA 3ZPUA 2P3BA 3ZKXA 4I0GA 3BVAA 3ER3E 3NDUA 3HVGA 2NNKA 4KB9A 1HVCA 5P05A 2PSUA 1T6GA 3NDWA 1A8GA 1AVFA 3OUBA 1B6JA 3DV1A 3LZSA 3K5GA 2QZLA 5P43A 1C6ZA 3VF7A 2I0DA 2QI4A 5P0JA 3OUAA 1YX9A 1MT9A 5P4DA 2QD6A 3VF5A 3S85A 2OHTA 5P15A 3VYEA 2QAKA 1FQ4A 4CPRA 4DQBA 4FS4A 2R5QA 1C6YA 5P0QA 2BPZA 1HVSA 1IZHA 5P58A 1B6MA 4HA5A 5P6NA 1PPKE 1PSOE 2CENA 5P8TA 5P3CA 2OHMA 1NPAA 5P4WA 5DGWA 4EJDA 4Y48A 1BIMA 2V16C 5HVPA 3PVKA 2ZJJA 3CKTA 3TOHA 4DJVA 5P0FA 2AOCA 2AOIA 2VA6A 1PPLE 3KMXA 4NPTA 4CP7A 4Y4AA 3O9FA 6UPJA 3QBHA 1A30A 3OGQA 4J1FA 5P1IA 1GVTA 3T11A 5P2NA 2P3DA 2PMAA 5P1KA 2QU3A 3KT2A 3S2OA 3EBZA 4I0DA 3HLOA 5P3GA 5P4IA 4A6CA 5P2GA 4R91A 5P4VA 3K4VA 5P4RA 5P1RA 4ER2E 2ASIA 3LIVA 3BHEA 4YE3A 4NJVA 1E5OE 4L6BA 1DMPA 2ZGAA 3ZKNA 3QVIA 5HU0A 5DR3A 2G21A 4NKKA 5DR1A 2V10C 5P0HA 5AH9A 1XL5A 1W6IA 5P6QA 3NYGA 1NPWA 2VNNA 2F3EA 3LNKA 1HXBA 5JFPA 5AGZA 4OBZA 5DR7A 5P49A 1D4JA 4DJRA 4Y5LA 2G20A 2HC0A 5J25A 1RPIA 4KE1A 4OC6A 3K5DA 5P6LA 3RTHA 5P37A 1APWE 3EM6A 3KDBA 1FFIC 5P7AA 3HAUA 4ZSQA 4DJYA 5P3UA 4J5JA 5P3BA 3S8IA 5DGUA 3R0WA 5P85A 1HPOA 2XFIA 4TVHA 4Y4EA 4R8YA 5AH7A 1UH9A 3VLBA 1DW6C 3R4BA 2BQVA 5P31A 5P8OA 3BGCA 5OZPA 5P7SA 3VG1A 3KDCA 3D20A 2H6TA 4Y6MA 1CPIA 3OAGA 2PH8A 5P26A 4DI2A 3LITA 2BB9A 4N00A 3IXKA 2G1SA 2QI1A 4HE9A 1HOSA 4Y36A 5JODA 5HCTA 5P8JA 5P2XA 4Y35A 3GI5A 4Y4WA 5P0RA 1EEDP 5OZQA 1YM2A 4H1EA 2ZJMA 3T7QA 3Q4BA 1B6LA 4YA8A 2RSPA 4DJOA 3UDPA 4CPSA 5P5MA 4K4PA 4Y3MA 5P4BA 4PYVA 4Y43A 5P83A 2OHSA 3PSUA 5KOSA 1IBQA 2CEJA 3T6IA 5P4ZA 5P1OA 4RLDA 3PJ6A 1WBMA 1ZPAA 5HCOA 5P3SA 5P68A 5P4YA 5OZLA 1OD1A 2QD8A 1W50A 5P89A 5P1WA 1Q9PA 5P7YA 1HEFE 5P0LA 5P5IA 5COKA 3NR6A 5KQFA 5P78A 1LYWA 4FE6A 5T4SA 2IKOA 3ER5E 1HIIA 4B70A 1C70A 5P44A 3UCBA 2WEBA 2AVSA 2OHUA 4CMSA 2WECA 1HRNA 5CLMA 3S7LA 2P8HA 4PPHA 3LZVA 3IN3A 2WL0A 2NXLA 5P7IA 1K6CA 4Y4TA 1B6PA 2IGYA 1XE6A 3U6AA 3QROA 5P35A 5OZMA 1AJVA 3QRMA 3O9CA 3NXEA 4F75A 5ER2E 5P2FA 1RNEA 5I3WA 5OZDA 2I4VA 5P4PA 5P6AA 3UDRA 3R2FA 5P6YA 4AA8A 4DQFA 1GVXA 1HTGA 4YCTA 5DPZA 1SIVA 5P1XA 4Z22A 4X2LA 5OZYA 5P3IA 5P56A 2IKUA 4DJWA 2RKFA 2WF3A 5JG1A 1MERA 4APEA 5OZ8A 4EWOA 5OZ1A 2HPFA 3QAAA 4J1CA 5P45A 1MESA 5P5OA 3KMYA 4Y50A 5P8MA 3UTLA 3NWQA 5P8RA 4E43A 1W5WA 7HVPA 4H3JA 4M8XA 3OTYA 2VIJA 2PSVA 1AXAA 5SZ9A 2WEDA 3QRSA 5OZ3A 2JXRA 3O9DA 2QMPA 4Y3SA 2A4FA 1APVE 1QBTA 1K2CA 4L7JA 3ZLQA 4K9HA 5P00A 3UDHA 5OZZA 3I8WA 3PMYA 3TH9A 3VV7A 2VA5A 5P7BA 2VIYA 5DR4A 5P1YA 4EHCA 5P2SA 1FG8C 2V12C 3UQPA 5P66A 2UXZA 3S45A 1G6LA 5P4HA 4B05A 1META 1K2BA 2FDEA 1D4HA 4Y3GA 2B42A 5P5JA 2QHYA 4PZXA 5KQYA 1CZIE 5P01A 3K4VC 5P39A 5P42A 4ZE6A 1CMSA 3PLDA 2O4PA 2RMPA 4Y38A 2A1EA 1T7IA 4OBDA 2O40A 4U8WA 3INHA 1M0BA 4TRZA 3FNUA 3CIDA 1MVPA 3I7EA 5OZHA 5P0EA 5P80A 3FX5A 3SA4A 5DR8A 4RZ1A 4U7VA 5OZXA 4PHVA 3D1ZA 5I3VA 2IENA 1IVQA 3OXWA 2QK5A 5OZNA 3D3TA 4HVPA 2WF1A 5OZ2A 5P20A 4YD4A 5P6SA 5P5BA 3NUOA 5DQ5A 5P2VA 3MWSA 1LF3A 5P8FA 1BBSA 1FMUA 5FIVA 4Y4BA 2QI6A 3R0YA 5I3XA 2NNPA 4XXSA 2BPXA 1PROA 5P04A 4ER4E 2OAHA 5HDXA 4Y3YA 4I8WA 5P6FA 1SIPA 5OYXA 5KOQA 2I4QA 3TL9A 1T7KA 4CPQA 2Q54A 2R43A 4Y53A 5P86A 5P4KA 2QMFA 5P77A 2HS1A 3SABA 3O9AA 4DJPA 4GJ7A 1XS7D 3WZ6A 1HIVA 5P0UA 3JVWA 4ZSMA 2Q15A 1FGCC 4J1EA 5P3DA 2QZKA 5P4JA 1AIDA 3MXDA 2JJJA 5P3PA 2Q55A 2QI3A 1D4LA 1EC3A 3IXOA 1LF4A 2BBBA 3SLZA 1ZSFA 3L5CA 3DCKA 3IVHA 2BKSA 5P32A 3HAWA 3NU3A 3LIZA 4LXMA 2PQZA 3OU4B 2HPEA 1KJGA 4OBKA 1IZIA 3MXEA 4Q1WA 2ZJHA 5IVTA 2J9KA 3O9GA 3OQKA 2IL2A 1APTE 5P2KA 1YM4A 3QBFA 5P4XA 5P4NA 1WBKA 4Y3TA 3OU1A 1K6TA 1TSQA 3K5FA 4YDFA 1HVLA 3H0BA 1G35A 3EL9A 4YBFA 5P0WA 3JW2A 3TPLA 3T7XA 4XKXA 5P5GA 1HSHA 1YG9A 5APRE 2VIZA 5P1ZA 1FG6C 2ZHSA 4LXAA 4FM7A 4I0IA 5P54A 5OYWA 3UDQA 1LF2A 3EL5A 1FQ6A 4J54A 5P2LA 1G0VA 1LYBA 4NJTA 4OD9A 2P3CA 5ENMA 2V13A 2AVMA 5P25A 4Z2ZA 5P4GA 5EZZA 2FS4A 3EL4A 4Q1NA 4CPTA 3VUCA 3IN4A 3S7MA 2I4WA 4J1IA 3OU3A 1B5FA 5P6DA 4D8CA 1HBVA 2AQUA 5P14A 5P2UA 4YHQA 4DUSA 4YDGA 2BJUA 3QVCA 3KFPA 3CKRA 3FIVA 3KN0A 1OEWA 1TCXA 3CICA 5OYTA 3ZKIA 1Z1RA 1IZEA 3HDKA 4R93A 1FMXA 4GJAA 5P3XA 3PI5A 5AH8A 3KT5A 5P3AA 3DOXA 3FSMA 5AHAA 5HDVA 4L7GA 1TCWA 1GNNA 5P5NA 3EKWA 5P3OA 5P2EA 1LS5A 3OQ7A 1GKTA 4YD5A 1DAZC 3QPJA 5P69A 5P4QA 3ZKSA 4HDPA 3OADA 1ME6A 3MSKA 1EPOE 1HIHA 5P0ZA 5P7KA 3G70A 5BS4A 1APUE 1DP5A 1JLDA 1MIQA 2UY0A 5OZOA 1MT7A 3RSXA 4FRIA 5P8QA 1W5XA 3LZYA 1HHPA 3EC0A 4J1HA 3BXSA 4Y47A 5P5KA 5P13A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3INF A;  5P7C A;  2FXD A;  1HVH A;  5P0O A;  1MSN A;  3L5E A;  4TVG A;  4IVT A;  5OZ5 A;  5P8I A;  3G6Z A;  1D4S A;  4Y3N A;  2ZHR A;  1MTB A;  5AHC A;  1MRX A;  3RVI A;  4B00 A;  1GVW A;  4GZF A;  2FNS A;  5P30 A;  3BUF A;  2G27 A;  2WJO A;  1ZBG A;  2APR A;  4KUP A;  2VS2 A;  5P8D A;  2H6S A;  1C6X A;  1M43 A;  4Y3P A;  3OY4 A;  5P6M A;  3PSY A;  1QRP E;  3OXV A;  4Y4G A;  4YCY A;  1BVE A;  1LYA B;  1LYB B;  3Q3T A;  1QBU A;  4OD9 B;  2ER9 E;  3ZKM A;  3ZL7 A;  2VJ6 A;  2QI0 A;  3F9Q A;  5P5F A;  3NDT A;  2ZHT A;  4ZPE A;  1ODW A;  3EMY A;  2ZJI A;  5P16 A;  1HXW A;  2XYE A;  5I3Y A;  4RYC A;  1A94 A;  4B1D A;  4S1G A;  5HDZ A;  4ZIP A;  5P2J A;  1EC2 A;  3SFC A;  1MTR A;  5P64 A;  5P6H A;  3S43 B;  5P11 A;  3SA7 A;  1IDA A;  3LIN A;  1SGU A;  4Y5N A;  1HPS A;  2HS2 A;  5P10 A;  1SDT A;  3SO9 A;  4D88 A;  5P5L A;  5EZX A;  1FF0 C;  3IAW A;  2PK6 A;  2QHC A;  5TOL A;  4GJ8 A;  4Y41 A;  4Y9W A;  4GB2 A;  2WKZ A;  3D1X A;  5P60 A;  4A4Q A;  4J0T A;  4Y3E A;  2HAH A;  2IQG A;  4TRW A;  5P0G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1SME A;  3ZOV A;  1ZP8 A;  1MEU A;  5P7Q A;  3UDK A;  2OHR A;  2XFJ A;  3GGV A;  3OQD A;  1XE5 A;  4MC2 A;  3HW1 A;  5HTZ A;  3NU9 A;  3KF0 A;  1MSM A;  2PYM A;  2J9J B;  5P8H A;  5OZE A;  5KR1 A;  3SKF A;  3CYX A;  5P41 A;  6APR E;  3ZKG A;  4Y54 A;  2QCI A;  1U8G A;  4H3F A;  5OZF A;  2P4J A;  4Y3L A;  3RSV A;  4CPW A;  3B7V A;  4FSE A;  9HVP A;  2B7F A;  3SA9 A;  1HVK A;  1BVG A;  3EKY A;  5P65 A;  3GI4 A;  5OZ4 A;  1ODX A;  5P4A A;  3QS1 A;  3GGX A;  5P6E A;  5P0M A;  5P6K A;  1XN3 A;  2UPJ A;  5OZ0 A;  3I2L A;  4I0E A;  3VLA A;  2FLE A;  5P1U A;  5P6B A;  1E82 E;  4Y5E A;  1RL8 A;  3GI6 A;  4K4R A;  3PHV A;  5P4E A;  4Y3H A;  2SAM A;  1IVP A;  2AID A;  5P5S A;  4AUC A;  5P1H A;  5HDU A;  5P09 A;  3URJ A;  2AVO A;  5P40 A;  5P3E A;  3SA5 A;  3DCR A;  5P7T A;  2HM1 A;  1ZAP A;  3PGI A;  1A9M A;  4B0Q A;  2R9B A;  5P0B A;  1BDQ A;  5SY2 A;  3KFN A;  4OBH A;  4B77 A;  3AID A;  4R5N A;  4Q1Y A;  5DQ2 A;  3OUC A;  3TKG A;  5P46 A;  4QJ2 A;  3AUP A;  1KJH A;  3EKV A;  4Y3F A;  5P5R A;  1LYA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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