4J0PA

Crystal structure of bace-1 in complex with 5-cyano-pyridine-2-carboxylic acid [3-((s)-2-amino-4-methyl-5,6-dihydro-4h-[1,3]oxazin-4-yl)-4-fluoro-phenyl]-amide
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
390
structure length
376
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title beta-Secretase (BACE1) inhibitors with high in vivo efficacy suitable for clinical evaluation in Alzheimer's disease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 95
structure length 376
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j0pA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j0pA02
3RTHA 1DAZC 2VA5A 5P28A 4CPWA 3WB4A 1PSNA 4LBTA 4CPXA 5OZ8A 4LXMA 3CIDA 5ENKA 4RCDA 5P00A 4ZE6A 4B1DA 2OHRA 3SPKA 4CPUA 1MESA 2AOCA 1J71A 2AVOA 5DR1A 5KQXA 5P6SA 1HIHA 1RNEA 5P0FA 5P02A 5B18A 5DQ1A 2V10C 2A1EA 5P4GA 5P77A 2IL2A 2G21A 3QI1A 3D1ZA 4Y9WA 4FRSA 3Q3TA 3IVIA 5P5KA 3S45A 5P81A 5P78A 5P1DA 5F00A 2HS2A 3AIDA 1XE5A 4OBFA 4DJYA 3T7PA 4B72A 4NJUA 4Y45A 1IZEA 2FXEA 4Y5NA 5P7KA 5OZNA 1HXWA 5P6UA 4FS4A 4L6BA 5OZOA 5P7IA 3DV5A 4DUSA 2OHQA 5P0IA 4OBHA 3DJKA 4H3FA 5P8DA 1PSAA 4KE1A 1LYBB 3OU1B 5P59A 4LHHA 5P0DA 1MIQA 1FMUA 3CKPA 2V00A 5KAOA 3NU5A 2QZWA 3PCWA 1XE6A 3KM4A 3S53A 2R3WA 3CYXA 3IGBA 5SXNA 1CZIE 1G35A 5P0KA 2NTRA 5P6WA 3QRSA 1QDMA 4FM7A 2NNPA 3RTMA 1U8GA 5OYXA 1BVEA 3PM4A 1OEWA 1MT8A 1HVIA 5P2GA 3VYFA 2I1AA 5P0UA 1ZSFA 4B1CA 1LF2A 3BUFA 5P7YA 2IKOA 1HVCA 1HRNA 4RVXA 5P06A 4EJDA 4I12A 1HSHA 5P7BA 5P7XA 4RROA 2AVSA 5P62A 3MSLA 5P2NA 4I0EA 1LYWB 5P0TA 5P5DA 3URLA 4FSEA 1FQ6A 4MC9A 3PCZA 3OGPA 5P74A 5P07A 4TRYA 4YCYA 4Y50A 2QNPA 4K9HA 5P2UA 2BKSA 1FB7A 2IKUA 1FQ8A 3SM1A 1HOSA 1FF0C 5P85A 1EBZA 3K4VC 1GNOA 5P2VA 4K4QA 5BWYA 5P66A 2VA6A 4OD9A 5HE5A 1MEUA 3ZLQA 3KMYA 3BGCA 4J17A 5P83A 1DPJA 1N49A 3O9HA 2AIDA 1BWAA 4RYGA 5P5UA 2IDWA 3IAWA 5P6MA 3UQWA 4Q1XA 3PLLA 4JPEA 1YM4A 4Y4AA 4J5JA 1A30A 2BPYA 2R3TA 4Y4BA 5APRE 2B60A 5P7PA 4I0HA 1F7AA 4CPRA 2VA7A 5P2RA 4DJQA 4ZPGA 5P11A 4L7GA 1A9MA 1FIVA 5OZJA 3QN8A 4Y4EA 3VF7A 1KJHA 2WF3A 1B6MA 3B80A 1AAQA 5P8PA 3SA9A 3PSYA 4ZPEA 1FQ4A 1OEXA 5HU1A 4Y3EA 2J9JB 2BQVA 5I3WA 3PWMA 1MVPA 3EC0A 2O40A 3BC4A 4QJ7A 3TPLA 2P3CA 1QBSA 3KDBA 5OZLA 5P15A 2ZJMA 3SKFA 3OHHA 2UXZA 1LF3A 3VV6A 2Z4OA 3Q5HA 3EKPA 2IGXA 4U8WA 3UDHA 4Y3RA 5P1QA 5P18A 1Q9PA 2J9KA 4R92A 5P4AA 4EQ0A 4DPFA 3OTSA 1HVSA 5P1VA 4R91A 5P7VA 1GVXA 3U7SA 3ZL7A 1ZBGA 1BAIA 4PYVA 1JLDA 4Y5PA 1W5XA 1GVWA 2FXDA 4K4RA 5KR1A 4Y5AA 4AA8A 2Q11A 3LIQA 5P2TA 1GNNA 4Z4XA 3G72A 5P2DA 5P33A 4RCEA 4B00A 1W6HA 3O9BA 3LITA 4I0IA 4M8XA 4N00A 4CMSA 5P5CA 3O9CA 3SABA 1EBYA 3CKTA 5P1CA 3NR6A 5P26A 2FIVA 4J1IA 2I0DA 1MRXA 5P03A 4Y5EA 5P3VA 5P51A 2Q15A 3VUCA 4Y5LA 4Y38A 2V16C 3QVCA 1ZAPA 5P6XA 3VYDA 3NDXA 5P4SA 4DJRA 5P3LA 2O4SA 4JPCA 1C70A 3APPA 2WL0A 5P4FA 2FS4A 5P2EA 1Z8CA 4Y4GA 5P5BA 4FAFA 3H5BA 3FIVA 1FG6C 5OZ2A 3Q70A 1MT9A 5P4IA 3QBFA 1VIJA 4Y3LA 3ZKMA 1ZP8A 5P30A 2AVVA 3K5FA 1UH9A 2QMPA 1KJ7A 1BV9A 2I4QA 1IVPA 4YA8A 1EEDP 5P1LA 5P1XA 4ZSQA 2NXMA 3KFPA 5P5ZA 1APWE 5P3MA 5P5VA 4Y3WA 4FRJA 3MXDA 3TOHA 2AOGA 2IENA 3UF3A 4FL8A 3CKRA 4DQFA 2HIZA 2FMBA 5EZXA 7HVPA 5P2XA 4OC6A 3PBZA 5P65A 3WB5A 5OYVA 3K5GA 3OQFA 2AOFA 4LL3A 5OYRA 3OUDA 3ZKNA 1TQFA 4Y3PA 2ER9E 3G6ZA 5P23A 2HAHA 5P68A 5P1OA 1QS8A 3IVHA 4NPUA 3NU4A 4EQJA 3I2LA 3S43A 5P22A 5F01A 2UPJA 5P80A 1EBWA 4Y4DA 1EC0A 5P5WA 5E5KA 5P09A 5P3OA 3TOGA 3SAAA 3VYEA 4RRSA 2WHHA 3JW2A 5P41A 4DVFA 2I4DA 3KT2A 3B7VA 2R9BA 5P8GA 2F3EA 5ISKA 4TVGA 5OZ4A 2JE4A 5P3JA 4GJ7A 2HB2A 1B6JA 5OZKA 3DCRA 3NSHA 5P53A 5P6QA 1LEEA 2VIZA 4Y3HA 3QP0A 5P2AA 1W51A 2G1SA 3OQKA 3URJA 4NJTA 3DCKA 4I1CA 1NPVA 1HVLA 1TSQA 4Y44A 2VJ9A 5P6YA 1FG8C 3S54A 5P3QA 1FFFC 4B05A 2QD8A 2HC0A 3UQRA 1FMXA 3ZKIA 5P64A 3VFAA 5P7WA 4ZLSA 3UDMA 1SP5A 4EJ8A 2IEOA 3I6OA 4PEPA 1ZTZA 3KDCA 5P3TA 5I3VA 1Z1RA 1APTE 5P4DA 3CICA 4Y37A 3NU3A 3TPJA 5P8EA 1HVRA 1FMBA 3HLOA 3O9EA 5OZSA 3N4LA 3QRVA 1HXBA 1D4JA 3K5CA 2B7FA 3TPPA 3SKGA 2PYNA 1YG9A 4ZEAA 4Y5KA 5DGWA 1BWBA 5P14A 3D1XA 3S8IA 3PRSA 3OUCA 4Y47A 3EKYA 4Z2ZA 5P4TA 3VLAA 4DJXA 5P4KA 3EL0A 5IE1A 1ZPAA 3OU1A 5P20A 3L5CA 2HS1A 2SAMA 4RLDA 5P8TA 5OYWA 4J1CA 5P1JA 5P45A 4FLGA 5P1AA 3SLZA 5P48A 4A4QA 9HVPA 1K2BA 5AH7A 5P6NA 1APVE 1K1TA 5AHAA 3I7EA 7UPJA 3SM2A 4EYRA 3ZOVA 4YD5A 2R5QA 3LPJA 4LC7A 3QVIA 3ZPTA 1D4LA 5P5EA 1HSGA 3VSWA 3R0WA 3FV3A 3EL5A 5DR0A 2VIYA 4U7QA 1CMSA 5P6RA 3L5EA 1SDTA 5P4OA 3DK1A 2R8NA 3NDWA 5P13A 4EJKA 3NXEA 4FE6A 5P7LA 4KE0A 1HVKA 4DH6A 4KB9A 1LYWA 1FFIC 5P0AA 3EBZA 2G94A 5P0CA 5SZ9A 3UDKA 2AZBA 4OBZB 4J55A 5P6EA 5P8RA 5OYQA 4AZYA 5P2IA 5P0WA 1ER8E 5P4YA 5P3BA 1RL8A 4H3IA 1UH7A 1PSOE 2G1OA 5IVRA 2V12C 5P82A 2FGVA 4D88A 1D4IA 3PEPA 4K4PA 4RGHA 1EAGA 1SMEA 3PB5A 4HDBA 3OU4B 3HZCA 3L58A 5P5XA 2FLEA 2AVMA 1GVVA 1MTBA 3HW1A 4B0QA 3PBDA 5P39A 5OZAA 2ZHRA 4Z22A 5P7TA 3S56A 3EKQA 3GI4A 5P88A 2UY0A 4A6CA 3OADB 3KYRA 5ENMA 1HHPA 5OZ7A 3EL9A 5P7ZA 3N3IA 5OZ5A 4AA9A 1E82E 2G1YA 3OXCA 3MWSA 5P60A 2BB9A 1E81E 5P3CA 4Y51A 1AJVA 2Q5KA 3WZ7A 3U71A 4ER4E 4QJAA 4HZTA 1DMPA 4TRWA 5P79A 4D89A 4FCOA 8HVPA 5P5LA 5DR4A 3TLHA 2J9JA 3ER5E 3LIYA 3R4BA 3DM6A 5JFUA 4Y35A 5P1WA 4EP3A 5P8QA 5P75A 2NMYA 3OQAA 1SDVA 2CENA 2O4PA 3URIA 5P2HA 2P3DA 4R93A 3VSXA 5OZGA 4X7IA 1MRWA 4L1AB 5P01A 3FX5A 1B6LA 3ZKSA 4K8SA 5P1YA 5P1EA 5HDUA 5P1PA 4RVIA 5P61A 2B42A 2P4JA 5P46A 2WECA 2BPWA 3KF0A 4YD6A 4Y5BA 2R38A 3PSUA 2PSUA 4BELA 3T6IA 5P4JA 4PZWA 4EHCA 3SA5A 3LIZA 5P6KA 1HPSA 3RTNA 1HVJA 4Y4ZA 4GB2A 2NXLA 1A8GA 2OHLA 5OZDA 3QPJA 4H1EA 3RVIA 2WEDA 4Y4JA 2VJ7A 1GVTA 1HTGA 3BXSA 4KUPA 5P0ZA 1FGCC 2I4XA 3SFCA 3SA8A 4ZIPA 3CYWA 3S7MA 4TRZA 1TW7A 3BGBA 1IZDA 2P83A 3RSXA 1AXAA 5P5FA 2Q3KA 2XFJA 2FDDA 5OYSA 4J0ZA 4AUCA 4Y3JA 1LYAB 5AH6A 2OF0A 3O9LB 5OZMA 2O4KA 5EZZA 1DP5A 5P63A 1A94A 1IDBA 3LNKA 3NXNA 5P6GA 4I8WA 4Y4UA 2ZHSA 3QBHA 3UCBA 2Q54A 4IVSA 2ZJHA 4NJVA 4QJ8A 5P3NA 5P0GA 5P0NA 5JG1A 5P84A 4OBKA 4S1GA 2ANLA 1MERA 3TTPA 4ER1E 1QRPE 4WY6A 4ER2E 1EPRE 1HTFA 2G27A 5CONA 4Y3TA 3SA4A 3GI5A 5P7UA 2P3AA 5OZHA 1APUE 3NU6A 4FRIA 5P70A 2QHYA 2PQZA 5P5GA 4Y4TA 5P29A 3NWQA 2QMDA 3LZUA 3KFNA 5P7NA 5HU0A 4YBIA 4JP9A 5P4RA 3INDA 1FQ7A 4Y3MA 3DOXA 4I0GA 3GI0A 4QJ6A 5P8JA 5P5JA 3HDKA 2AZCA 1YTGA 5P4CA 2QI4A 3PJ6A 4PPHA 3K5DA 3NYGA 1HPVA 5P4PA 1AZ5A 1ZPKA 3UDRA 2APRA 1K6CA 3ZKQA 5P3XA 5P5MA 2HPEA 6UPJA 4RYCA 1ZJ7A 2G26A 3EM3A 4H3JA 4DPIA 5P71A 4F74A 5P55A 1SGZA 1HEFE 2RENA 4DI2A 5P3KA 5P0SA 1QBRA 2B7ZA 4MC6A 3FNTA 5P4EA 5P58A 1HWRA 4J1KA 2O4NA 5AHBA 5P8LA 2QI7A 3OQDA 4QJ2A 2QI0A 5COKA 5BRYA 4J1HA 3JVYA 1M4HA 1EPPE 3ER3E 1BIMA 5P1HA 1IZIA 2NNKA 5P37A 3BVAA 4DQEA 5P73A 1T6EX 1DIFA 2ZHVA 2RKFA 5P8BA 2WF1A 3D91A 4D83A 4J0PA 4OD9B 3S2OA 2FGUA 1IBQA 4AMTA 2AOHA 4Y3XA 1HEGE 3NDTA 3OU3A 1A8KA 4MC2A 3PMUA 1BVGA 4CKUA 2AZ8A 3MXEA 4Y3NA 5P1NA 5P6ZA 5P1IA 5P2CA 5P86A 2ER6E 2NMZA 3VF5A 4XX3A 4Y3DA 5P3SA 1W5VA 3L38A 1EPLE 4ZPFA 1D4YA 3MSJA 2HM1A 1EPNE 3LPIA 4Q1WA 1CPIA 5P72A 3I8WA 5P2WA 1B5FB 5P5HA 4RRNA 3OXWA 2XYFA 5P0EA 2QZLA 2ZJIA 2ZJKA 2F8GA 2P3BB 5P7HA 2QMFA 4EWOA 5P08A 5P6PA 3GGUA 3TKWA 2Q64A 3OUAA 3QRMA 5P2OA 4DQBA 4HVPA 5P7AA 5P12A 2XFIA 5P6AA 1SBGA 4CP7A 1ODYA 1F34A 1HBVA 5CLMA 3OOZA 5P5OA 3LZYA 5P8HA 2PH8A 1SMRA 5P6LA 5DPZA 4Y36A 4ACUA 2OHUA 1MTRA 2QU3A 2AQUA 4YE3A 1PPLE 2QZXA 1D4SA 2B8VA 3SACA 2WF4A 5IVSA 3ECGA 3NWXA 3GW5A 5P50A 1PFZA 5ISJA 4Q1YA 5P67A 3UQUA 3UDNA 2I0AA 4Q5MA 4F76A 4OBZA 4EJLA 2ASIA 2QI1A 4PZXA 3APRE 5P31A 1T7IA 3GGVA 3LPKA 4I0JA 2H6TA 2FNSA 1Z1HA 3PVKA 5P56A 3GGXA 3K1WA 4YD7A 5I70A 3SA3A 1BILA 2ZDZA 1G6LA 5P7EA 5P44A 1C6XA 4LXAA 1IVQA 4RCFA 3OU4A 4Y5MA 5JODA 3F9QA 4YD4A 1SIVA 4FM6A 4A6BA 3HVGA 5P7DA 2A4FA 2VNMA 3CMSA 3OOTA 4Y3SA 1PROA 1E5OE 3SA7A 4CPTA 5P24A 5P7CA 3KFSA 3OAGB 5P8OA 2ZHTA 1EC2A 1B6PA 1T6GA 4J1FA 4GJAA 3OADA 2FDEA 3PSGA 3JVWA 3Q4BA 5P3HA 1NH0A 3T7XA 2NXDA 3KA2A 1AJXA 2Z54A 4Y3AA 5P6IA 4DFGA 3T3CA 5C9FA 1FQ5A 1VIKA 4YD3A 2QHZA 2QNNA 4B77A 1LS5A 2QD6A 1GVUA 5P3DA 5P5SA 2HB3A 2G24A 5HE7A 4DV9A 4HEGA 1LYBA 5DGUA 3PGIA 4YCTA 5HDVA 1ZLFA 2PSVA 3I25A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RTH A;  1DAZ C;  2VA5 A;  5P28 A;  4CPW A;  3WB4 A;  1PSN A;  4LBT A;  4CPX A;  5OZ8 A;  4LXM A;  3CID A;  5ENK A;  4RCD A;  5P00 A;  4ZE6 A;  4B1D A;  2OHR A;  3SPK A;  4CPU A;  1MES A;  2AOC A;  1J71 A;  2AVO A;  5DR1 A;  5KQX A;  5P6S A;  1HIH A;  1RNE A;  5P0F A;  5P02 A;  5B18 A;  5DQ1 A;  2V10 C;  2A1E A;  5P4G A;  5P77 A;  2IL2 A;  2G21 A;  3QI1 A;  3D1Z A;  4Y9W A;  4FRS A;  3Q3T A;  3IVI A;  5P5K A;  3S45 A;  5P81 A;  5P78 A;  5P1D A;  5F00 A;  2HS2 A;  3AID A;  1XE5 A;  4OBF A;  4DJY A;  3T7P A;  4B72 A;  4NJU A;  4Y45 A;  1IZE A;  2FXE A;  4Y5N A;  5P7K A;  5OZN A;  1HXW A;  5P6U A;  4FS4 A;  4L6B A;  5OZO A;  5P7I A;  3DV5 A;  4DUS A;  2OHQ A;  5P0I A;  4OBH A;  3DJK A;  4H3F A;  5P8D A;  1PSA A;  4KE1 A;  1LYB B;  3OU1 B;  5P59 A;  4LHH A;  5P0D A;  1MIQ A;  1FMU A;  3CKP A;  2V00 A;  5KAO A;  3NU5 A;  2QZW A;  3PCW A;  1XE6 A;  3KM4 A;  3S53 A;  2R3W A;  3CYX A;  3IGB A;  5SXN A;  1CZI E;  1G35 A;  5P0K A;  2NTR A;  5P6W A;  3QRS A;  1QDM A;  4FM7 A;  2NNP A;  3RTM A;  1U8G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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