4J0TA

Crystal structure of bace-1 in complex with 5-ethoxy-pyridine-2-carboxylic acid [3-((r)-2-amino-5,5-difluoro-4-methyl-5,6-dihydro-4h-[1,3]oxazin-4-yl)-4-fluoro-phenyl]-amide
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
390
structure length
381
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGALASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title beta-Secretase (BACE1) Inhibitors with High In Vivo Efficacy Suitable for Clinical Evaluation in Alzheimer s Disease
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 100
structure length 381
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j0tA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j0tA02
1A8KA 5P2GA 5OZNA 5I3WA 2G1SA 3EMYA 3PSYA 2XFIA 3CIBA 3NU3A 5P74A 2FLEA 2AZ8A 1HPSA 1OHRA 4U8WA 3UDPA 1TCXA 2ZHUA 4S1GA 1GNMA 5P4KA 3MXDA 4Y5CA 5P5AA 1LEEA 5P3AA 5P19A 3TL9A 3PHVA 4Y3AA 4RZ1A 4B00A 5P54A 5P3BA 3OY4A 5P44A 3O9BA 3EKPA 4Y4UA 2ER7E 3T11A 3S43A 3KMYA 5OYRA 4Y3RA 4Y5LA 5P5TA 2UY0A 3OQ7A 4CP7A 1B11A 5P2EA 3SA8A 2V00A 4FM6A 5P3UA 3CIDA 1K2CA 2ZE1A 4Y3WA 4COEA 3PMUA 5P05A 4OD9B 4I0GA 3BGCA 3EL4A 3NDUA 4PZXA 4HE9A 1EPRE 2BKTA 5P7AA 4U7QA 4YD7A 5P14A 3LZYA 3FIVA 3KT2A 5P73A 1HTRB 4FM7A 4QJ7A 4RROA 1BBSA 3U6AA 3IGBA 4GJ6A 4DQGA 3D1ZA 1MEUA 2WECA 5P5GA 4Y36A 5P0DA 5OYYA 3LPIA 5P40A 4Y38A 5P4OA 3N4LA 1D4KA 5P3EA 4Y4TA 1LYWA 3APRE 1ZAPA 5OZEA 4GMIA 3VEUA 4EXHA 2AVVA 1TSQA 1BV7A 5DGWA 5HDVA 2A4FA 5P0SA 2FXEA 1M0BA 2G1YA 2VA5A 4H3JA 1VIKA 3OU4A 2P83A 3VF3A 3DCRA 2AOGA 5P1SA 3GGVA 1IZDA 1APUE 1T3RA 1XE5A 2AZ9A 1SDUA 1EC1A 1T6EX 4DQCA 4ZSQA 2PK5A 4ER4E 1BAIA 5P1ZA 2AZBA 1E80E 3K4VA 4QGIA 3NDXA 1SIPA 3IN4A 2J9JB 3VYEA 4APEA 1APVE 3BVBA 5P4RA 4CKUA 1GVXA 4NJUA 4H3IA 4Y3EA 2ZJIA 3BUFA 3O9HA 4Y45A 2PSVA 5P7GA 4RRSA 3PB5A 2NNPA 1K6VA 5P8AA 4Z4XA 1YM2A 4R8YA 3EKYA 2G22A 3OUAA 4R92A 3WB4A 4L7HA 1ZSFA 4Y3GA 3FV3A 5P3WA 2V11C 4EP3A 1DAZC 2IRZA 4EYRA 1MTBA 3PM4A 4B78A 1ZJ7A 3OU1B 5COOA 3TKGA 5P84A 3OAGB 3SKGA 5ER2E 1DIFA 5P4FA 2I0AA 1WKRA 3OHFA 3QRMA 2VS2A 3OK9A 5P42A 2QMPA 3ST5A 3S54A 4Y3LA 1RL8A 4I10A 1FG6C 3GI5A 1W5YA 3ER5E 3KMXA 3I25A 5DR1A 3R0YA 3VV6A 4CPTA 3ZKXA 1Z8CA 2ZHRA 1EC3A 5P8SA 2OHQA 5P0KA 4K4PA 1AJXA 5P3GA 3UTLA 2MIPA 3ZKQA 5P8OA 5P6WA 5P8VA 3C9XA 5P6RA 3S45A 4UPJA 4B1DA 3KFNA 2VIJA 4Q1WA 4FRSA 1XE6A 3WZ8A 3WZ7A 3O9IA 5ER1E 4H1EA 4H3GA 1D4HA 1RV7A 5P2ZA 1M43A 4I0EA 3PWMA 2WF4A 5IVSA 4CPRA 3QS1A 3NDTA 1FMXA 5P0GA 1HSHA 1OEWA 2QZLA 4K4RA 2FNTA 3A2OA 1EBYA 3ZOVA 3DCKA 1FFIC 4YCTA 3O9DA 3WZ6A 1KJFA 1LYAA 5P6SA 2FDEA 4AA8A 1FQ4A 3SFCA 1IBQA 3TOFA 1E81E 4MC1A 1QBTA 3LIXA 5EZZA 4RCEA 2HAHA 3BXRA 4J54A 2AQUA 5P1XA 4Y3XA 3VFBA 5P7SA 1LF3A 1MRXA 4R5NA 1MUIA 4J1EA 3QBHA 2HC0A 4GIDA 3NYGA 5P5UA 2AVMA 5C9DA 1HIHA 4K9HA 5P4XA 3O9LA 4LL3A 4EQ0A 3RTHA 5OZIA 5P26A 4Y4DA 3PRSA 5P67A 5P8GA 3PSUA 2BKSA 3QRSA 2G21A 5P2HA 5HE4A 4A4QA 4Y35A 3DV5A 5P6GA 3HDKA 2OHMA 4Z22A 3TOHA 5P8NA 5OZLA 4WY6A 1EPOE 3UDMA 5P5JA 2P3BB 4BFDA 3Q6YA 4TRZA 3ZKMA 4FRJA 3NR6A 5P2WA 1HOSA 5KOSA 1HIVA 3HVPA 3URJA 2F3KA 1BWBA 5I3YA 2Q3KA 2Z54A 3PI5A 3K5FA 3UPJA 1EC0A 1APWE 5OZKA 1DP5A 2OHTA 4CPUA 3JVYA 2AOJA 3LHGA 1GVWA 1EPME 4LXAA 3O9AA 2WF0A 5OZRA 1SMEA 1EBWA 5P6FA 4ZLSA 4Y3HA 4X2LA 3HAUA 1HVRA 4Y5GA 4D88A 3MSKA 1LS5A 2ER9E 5P7XA 4F75A 2ASIA 2IS0A 5P3JA 3K5CA 5P29A 3DV1A 3K1WA 2PH6A 5P5FA 5P61A 2BB9A 1SBGA 3Q3TA 1HTEA 3EL9A 5P83A 3H5BA 3D20A 1YTGA 4QJ9A 1D4LA 3KM4A 2ZJLA 5P3ZA 1K1TA 3MXEA 2QI4A 5P1AA 5OZDA 2QZKA 4ZPGA 3U7SA 4KUPA 3TPPA 3NLSA 4Y3QA 1MPPA 1HEFE 3Q5HA 3HZCA 4GZFA 4DJVA 5P5ZA 2AOIA 5IVTA 3L5CA 3R2FA 3ZMGA 3LZSA 5DR8A 1W6IA 1FIVA 4I1CA 2V0ZC 5KR2A 5OZHA 4Y48A 1SIVA 5OZ4A 1HTGA 3NWXA 4FM8A 3SA5A 3OADA 3OOTA 7HVPA 3PSGA 5P3KA 1NPWA 2Z4OA 5P1WA 5P3RA 5P7LA 5JFPA 2R8NA 2HS1A 3NDWA 4TVGA 3OWNA 2P4JA 2WEZA 3URIA 4AMTA 2G24A 4N00A 3UDQA 3TOGA 4OC6A 1AZ5A 2QI3A 4QJ2A 5P0VA 4DQHA 4B1CA 5P78A 5OYXA 5HDZA 4DJQA 4OBKA 4F73A 3UHLA 2RENA 5P11A 2AZCA 2QU2A 5C9FA 5P5BA 4DJUA 4ER2E 4J1IA 2VIEA 1T7KA 3KF0A 2G20A 5P6NA 4Q1XA 4Y41A 2I4QA 3OUDA 5P1QA 3VUCA 5P0LA 2R43A 3CKPA 5P5KA 5P2IA 3OQKA 4J1CA 5KQZA 5P2FA 4DH6A 1Q9PA 1RPIA 5P62A 3EM3A 2SAMA 1EBKC 2O4PA 3IXKA 5P1FA 2FS4A 2G26A 2O40A 2HPFA 4FAFA 3INFA 3QAAA 5DQ2A 5P7FA 3GGAA 5ISKA 4R95A 4RLDA 2O4NA 4Y3SA 4OBHA 1K6CA 5P6KA 3UQWA 2AVQA 2I0DA 2HB3A 5P7DA 4WY1A 5HU0A 5P8DA 5HD0A 5P4DA 2IEOA 1HXBA 1HHPA 1FQ7A 5P6EA 5P6JA 1F7AA 2FDPA 5P75A 5P6VA 5P79A 5P1LA 1BDRA 1ENTE 5P1HA 5P89A 5P1OA 5P0ZA 1GNNA 1D4JA 5P6CA 4EJKA 5P36A 3G70A 1UPJA 3OXCA 4EP2A 1ZSRA 2VNMA 1RQ9A 4I0FA 3OUCA 2HIZA 5P8HA 3S8IA 5P59A 5P1DA 1D4IA 3L5BA 5P08A 5P0JA 2OHPA 2JJJA 4GJ5A 5P5IA 3HLOA 3TPLA 2Q64A 1GVVA 2QI0A 4F76A 5P4WA 2QHZA 3L5EA 5P34A 5P5MA 2FIVA 3O9FA 3SLZA 1MESA 2QZXA 3G6ZA 3PLLA 4L1AB 2I4DA 5OZ9A 2XFJA 1LYBB 3OQDA 2QHCA 5OYWA 1MERA 4L7GA 3I6OA 4NPTA 2G1OA 5P2QA 5P0AA 4I12A 5P0MA 1U8GA 2JJIA 5P35A 5P4GA 2BQVA 5ISJA 5BWYA 5P4NA 2O4LA 5OZBA 1WBKA 1B5FA 3QN8A 1EBZA 3NXEA 4RRNA 5I3XA 4DI2A 1YT9A 2R38A 3WB5A 3SA7A 5P4MA 4B72A 4M8YA 4OBGA 2IENA 4FAEA 2WHHA 1HVLA 4EJLA 1HPOA 1HRNA 2QI5A 2PWCA 2BJUA 2O4KA 5P3FA 1HPVA 5P8EA 3PGIA 3TPJA 1Z1HA 2R5QA 2PC0A 4J1HA 2AVOA 4GB2A 1YTJA 1K6TA 5P58A 2BPVA 3QVCA 3EM4A 4CPQA 5P68A 1ZP8A 5P1VA 3LPJA 3T7PA 2IDWA 3UQRA 5DPZA 1NPVA 2QMFA 4OBJA 4ACUA 1B6JA 5AGZA 5OZYA 5OYUA 3Q4BA 1PROA 1NPAA 4AA9A 5HDUA 5P8UA 5P5WA 5P7EA 4DQFA 1T7JA 4A6CA 5AH7A 3VFAA 5P6QA 1C6YA 5OZPA 3T7XA 2WEDA 5P2SA 4K8SA 5P5HA 5IVRA 4PEPA 1YTIA 2JXRA 2AIDA 5DR0A 1QBRA 3S7LA 3OHHA 1EEDP 4OD9A 5P2XA 4KE0A 5P2JA 1AXAA 2OAHA 4LP9A 5P18A 4HA5A 3BRAA 5P6XA 1YG9A 4DPFA 4DJXA 4MC9A 5P5NA 4FE6A 5KQXA 4JPCA 5P6HA 3LIVA 3AUPA 3ZPTA 4YCKA 5P7HA 3FKTA 1XDHA 2V13A 5TOLA 5P7OA 4D83A 4A6BA 1META 5P4SA 2HM1A 3G72A 5P3PA 3HAWA 1BWAA 3UDRA 2QI1A 2QD6A 5OZUA 4YDGA 4K4QA 5P3HA 2H6SA 5SY3A 1ER8E 2ER0E 2IKOA 5IVQA 4RVXA 3BVAA 5P70A 3S53A 5P8LA 7UPJA 2ZJKA 4TRYA 3I8WA 5SZ9A 3GW5A 3UQXA 2CENA 1KJ4A 3L58A 5P2BA 1XN2A 4HZTA 4EJ8A 2FGVA 3ECGA 2QU3A 5HE5A 3IVHA 5P4QA 5OZCA 4Y4XA 4I0DA 3CYWA 3VSWA 1FMUA 5AHCA 2J9JA 5P5PA 3RVIA 1Z1RA 4YD5A 5P31A 6UPJA 1OD1A 3OTSA 3UFLA 5P0NA 1TSUA 9HVPA 4OBFA 3DOXA 5P7RA 5KR1A 1K2BA 4DV9A 3N3IA 4Y4WA 1FF0C 3R4BA 4RCDA 3URLA 3NWQA 4QJ6A 4Y3JA 5APRE 1HSGA 1C6XA 4OBDA 1BVEA 1WBMA 3M9FA 3ZKNA 3O9CA 4Q1NA 5AHAA 5P1JA 3UQPA 1FKNA 3EKXA 5FIVA 3RU1A 5OZJA 4ZSRA 5P00A 1UH9A 1AVFA 3OTYA 3R1GB 5P64A 3OU1A 3OAGA 3Q70A 2V10C 5P0HA 5OZSA 5P10A 1DW6C 2WF1A 4XXSA 4FSEA 3EM6A 4Q5MA 3PMYA 4H3FA 5P7BA 5P7YA 4Y3ZA 1W6HA 2OHRA 1TQFA 2I4XA 1EPNE 1ME6A 1QBSA 2NNKA 1BVGA 2BPXA 4YDFA 2UXZA 2QI7A 3FNTA 4I8ZA 1W5XA 5P6DA 1DPJA 1SDTA 5P4TA 5P1BA 1APTE 3U71A 5P41A 4FS4A 5P1RA 4J1KA 3L38A 5DQ1A 5P6YA 3VG1A 3UDJA 5P76A 3RSXA 1T6GA 2ZHTA 2VKMA 1HVHA 4Y53A 5HCOA 4AZYA 4FL8A 2I4UA 4Y3TA 3TLHA 3LPKA 5P5LA 5OZ7A 3OU3A 2ZHSA 5P2KA 4Y5BA 3BC4A 4Y5KA 1ZLFA 2V16C 3BXSA 3PBDA 1BILA 1FGCC 1MRWA 5KQYA 5P80A 4B1EA 3PEPA 2QAKA 4XX4A 2OHNA 1IIQA 2B42A 5P63A 5P0UA 1NSOA 4Y3MA 4R93A 5P0BA 3SM2A 1KJ7A 4JP9A 1FFFC 2G27A 5JG1A 1T7IA 5P7NA 3IAWA 2F3EA 4HDFA 3R0WA 2Q5KA 3BGBA 1A30A 1SDVA 3EL1A 4LXKA 5P2OA 1HSIA 5P45A 2Q54A 3EC0A 3SPKA 4LHHA 5P2DA 3NU4A 5P0EA 2QMGA 2IGXA 4Y5AA 1DMPA 2P3BA 2R3WA 1A8GA 4HDBA 4ZIPA 3ER3E 2NXDA 4YHQA 1FEJC 1XL2A 3MSJA 1IDAA 4NKKA 1ZBGA 2Q11A 3EKVA 3TPRA 1LF4A 5EZXA 5P0RA 2NR6A 2PYMA 5P1UA 3EKWA 5P86A 2F8GA 2NMYA 2WF3A 5P4UA 2QCIA 4TVHA 2IQGA 3L5DA 3QROA 4B70A 5P5YA 2F80A 1B6KA 3UDKA 4OBZB 5P4JA 1M4HA 4FSLA 5P3QA 3NXNA 5CONA 5P2TA 4D8CA 1K1UA 5P4LA 1PSNA 3QPJA 5P2CA 2RMPA 4CPXA 2XFKA 5HDXA 4B05A 1E82E 4DJOA 5P0WA 4PYVA 5OZXA 2V12C 4LXMA 2JE4A 5P4IA 1IZEA 2VJ7A 3TTPA 2NPHA 3RTMA 4J55A 3DM6A 4Z50A 1PPKE 2P3AA 1BV9A 5P5QA 1HVKA 4J0PA 4HDPA 2OHLA 3NUJA 5P6PA 5DQ5A 3ZL7A 2R5PA 5P7CA 4YOBA 2FMBA 4DJPA 4WTUA 2WKZA 2HPEA 2R3TA 3PWRA 1HPXA 1TZSA 4I0ZA 5COKA 3GI6A 3DJKA 3LITA 2B7ZA 5IS4A 5P3SA 1AIDA 3EXOA 3VLAA 1BDQA 5P1MA 5P3XA 3QVIA 3S43B 4TRWA 5P30A 5P3NA 3RSVA 5P65A 2G94A 5P2LA 4BELA 4BEKA 5P6TA 2OHUA 2IL2A 1HEGE 2FGUA 3K5GA 1G35A 4Y6MA 4LAPA 5P7PA 5P02A 3ZKGA 1JLDA 2RSPA 4Y58A 5BRYA 3ZPUA 1ODYA 5P55A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1A8K A;  5P2G A;  5OZN A;  5I3W A;  2G1S A;  3EMY A;  3PSY A;  2XFI A;  3CIB A;  3NU3 A;  5P74 A;  2FLE A;  2AZ8 A;  1HPS A;  1OHR A;  4U8W A;  3UDP A;  1TCX A;  2ZHU A;  4S1G A;  1GNM A;  5P4K A;  3MXD A;  4Y5C A;  5P5A A;  1LEE A;  5P3A A;  5P19 A;  3TL9 A;  3PHV A;  4Y3A A;  4RZ1 A;  4B00 A;  5P54 A;  5P3B A;  3OY4 A;  5P44 A;  3O9B A;  3EKP A;  4Y4U A;  2ER7 E;  3T11 A;  3S43 A;  3KMY A;  5OYR A;  4Y3R A;  4Y5L A;  5P5T A;  2UY0 A;  3OQ7 A;  4CP7 A;  1B11 A;  5P2E A;  3SA8 A;  2V00 A;  4FM6 A;  5P3U A;  3CID A;  1K2C A;  2ZE1 A;  4Y3W A;  4COE A;  3PMU A;  5P05 A;  4OD9 B;  4I0G A;  3BGC A;  3EL4 A;  3NDU A;  4PZX A;  4HE9 A;  1EPR E;  2BKT A;  5P7A A;  4U7Q A;  4YD7 A;  5P14 A;  3LZY A;  3FIV A;  3KT2 A;  5P73 A;  1HTR B;  4FM7 A;  4QJ7 A;  4RRO A;  1BBS A;  3U6A A;  3IGB A;  4GJ6 A;  4DQG A;  3D1Z A;  1MEU A;  2WEC A;  5P5G A;  4Y36 A;  5P0D A;  5OYY A;  3LPI A;  5P40 A;  4Y38 A;  5P4O A;  3N4L A;  1D4K A;  5P3E A;  4Y4T A;  1LYW A;  3APR E;  1ZAP A;  5OZE A;  4GMI A;  3VEU A;  4EXH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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