4J0ZA

Crystal structure of bace-1 in complex with 5-cyano-pyridine-2-carboxylic acid [3-((4s,5r)-2-amino-5-fluoro-4-fluoromethyl-5,6-dihydro-4h-[1,3]oxazin-4-yl)-4-fluoro-phenyl]-amide
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
381
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title beta-Secretase (BACE1) Inhibitors with High In Vivo Efficacy Suitable for Clinical Evaluation in Alzheimer s Disease
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 104
structure length 381
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j0zA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j0zA02
5P4CA 2WF1A 2I4VA 5P1QA 3EL5A 5JFUA 3I25A 3HAUA 3L5CA 5P7QA 4Y3YA 4LXAA 4TRYA 4OC6B 1AM5A 1GVVA 2AZ8A 2QNPA 5P4UA 5P5AA 5P7KA 4Y50A 5P61A 2I4DA 1SBGA 4S1GA 5P4WA 5P8VA 5P6CA 4OD9A 1SDTA 4EWOA 2RKGA 4Y4UA 1AZ5A 5P3DA 3CYWA 5P4VA 2ZDZA 1MIQA 5BWYA 1HVRA 5P75A 5OZ1A 2UY0A 1C6XA 2WF2A 4I0HA 3HVPA 3BXSA 2BKSA 3OWNA 4Y4GA 4PZXA 5P7MA 1D4YA 1HVHA 4EJ8A 3O9IA 3HW1A 3KM4A 3OUDB 3WZ6A 5IVRA 4M8XA 3HDKA 5P6QA 1B11A 2FLEA 5P6GA 1RPIA 2PSVA 1UH8A 5P35A 5P1XA 5UPJA 5P6VA 5P2OA 4Y54A 1GVTA 3TNEA 3GGAA 4FRIA 5JG1A 5OZYA 5P12A 3OU4B 3EKPA 4L1AB 5P3MA 3D91A 5AHBA 3DCKA 3R2FA 1W5YA 1YTHA 2CEMA 4ZSPA 5P5FA 5BS4A 1Z1HA 2I4QA 4L7HA 1KJFA 3UTLA 4RRSA 5P2WA 2PH6A 5AH8A 5E5KA 2OHRA 3ZPSA 2ZE1A 2O4KA 4Y3PA 4Y3JA 4H3IA 3G72A 2QNQA 5P7FA 2VJ6A 5DR3A 1GVXA 5P2KA 3LPIA 5P59A 5P23A 2A1EA 4RVXA 1GNOA 3M9FA 4L7GA 4AUCA 1QBRA 4GMIA 3TPLA 3KFNA 4F73A 2HPFA 5P6UA 3LIQA 5P1TA 4XKXA 5SXNA 1HEGE 4Q1NA 5OZ9A 5AGZA 1ODXA 1K2CA 4MC9A 2P8HA 1HVLA 2CENA 3NLSA 4Y38A 3QRVA 2VKMA 5DGWA 5HDXA 1IZIA 5JFPA 2QI4A 3A2OA 5OYTA 3K4VC 3UQRA 5P13A 5P1DA 4B1DA 5OYXA 5P6NA 1UH9A 4RVIA 3O9EA 5KR0A 3UQXA 2XYEA 3K5DA 4RGHA 5P2XA 3KMXA 1QBUA 2UPJA 4TVHA 4ACUA 5P7DA 5P55A 4GJ7A 5P11A 1HWRA 3LITA 4AA8A 2R9BA 1GNNA 2ER9E 4APEA 1FQ7A 1T6EX 5P2NA 5ISJA 5P81A 2BBBA 3R4BA 1G6LA 4Y3SA 2I0AA 2NMZA 4QLHA 5P5BA 1DW6C 3BRAA 5P6XA 5P1UA 5P0CA 2ZGAA 4DQFA 1LYBB 5P19A 3OADB 5P6JA 1RNEA 5P8BA 5P1RA 1HSGA 4YOAA 3PMUA 4R95A 4YCTA 3SACA 1SH9A 1BDRA 2FS4A 5OZ2A 1G35A 3EC0A 2ZHUA 4FRJA 4FRSA 3K1WA 1PSAA 1SDUA 1IZDA 5P8SA 3NU5A 1EPQE 4RYCA 3CIDA 1D4JA 5OZ7A 3UDYA 1YM4A 2I4UA 4Y56A 5P6PA 3NDUA 4OBZB 5P3XA 2J9JB 5P82A 5P8HA 1RL8A 3HAWA 3HZCA 2AODA 4RCFA 4R8YA 2FGVA 2B7ZA 3LINA 1BXOA 2BJUA 3PLDA 4B77A 3EL0A 3SA6A 1MRXA 4LXMA 2FMBA 2AOJA 1FQ5A 4YHQA 2WL0A 4JP9A 2JYSA 2IGXA 2Q5KA 5P4SA 3S85A 4FM6A 1GVWA 5OYYA 3OXWA 3FIVA 3OU1A 4YA8A 4YOBA 5P6KA 5ENMA 5HCTA 1HTGA 1MT9A 5P3UA 3WB5A 4Y53A 2QCIA 1YG9A 5P5NA 4I12A 5P7YA 2QZKA 5P2YA 1AAQA 1KJ4A 4Y9WA 1E5OE 2B42A 4N00A 5P7CA 3AIDA 5P2BA 5P07A 2NXLA 4TVGA 4CPUA 5P8FA 5DQ1A 1APUE 4K4QA 5P3FA 5I3XA 3SA8A 2G1RA 4YCYA 5P46A 4DJWA 1SP5A 5P26A 4AA9A 3WB4A 4R93A 3QBFA 5SZ9A 5P3ZA 3LZSA 5P5IA 3GI5A 4CPWA 1N49A 3PBZA 5P8DA 1KZKA 3KT5A 4J0PA 5P3VA 5F01A 3ZPTA 5P5RA 2XYFA 1IZEA 2PC0A 5P8MA 4HEGA 4Q1XA 3UDHA 3NDWA 2V13A 1MERA 5P74A 5SY3A 2G94A 2IDWA 1LYWB 2G20A 4R5NA 4PZWA 3QVIA 5P0PA 5P7TA 4Y44A 1FQXA 2FNSA 1U8GA 5OZAA 1MTRA 3BUGA 1MSNA 2BKTA 1EPOE 5P1IA 5P5DA 2XFJA 4GJ8A 2ZJJA 5OZRA 4B72A 3PMYA 7UPJA 4J1FA 3ZPUA 5P3NA 3Q5HA 5DR7A 5P8IA 3EKVA 5P3OA 1LF2A 3URIA 3S45A 5P48A 3VLBA 2PWCA 4Y5GA 1FKNA 3KDCA 1KJ7A 3QS1A 5P4ZA 3T7QA 2AOFA 2B60A 5P25A 3NXEA 5P5LA 4EP2A 4EQ0A 1HSHA 1ZTZA 4TRWA 1K6CA 3G70A 1HVSA 3QPJA 4DJXA 2VJ7A 3ZKMA 1NPVA 1T7KA 5P6EA 2HS2A 3GGXA 1DIFA 2WEBA 4EXHA 4J0VA 5HE7A 3EBZA 3RSXA 5EZZA 4DQGA 2Q64A 3I8WA 1DPJA 3VV7A 6FIVA 5KQFA 4Y4EA 1EAGA 5P71A 1QS8A 2R38A 5P1PA 3EM3A 1LS5A 3INDA 5APRE 2A4FA 5P54A 4DJRA 5P7SA 1FQ4A 2P3CA 4YD3A 2QNNA 5OZKA 3EM4A 5P0FA 5P7OA 2Q63A 1B6LA 3T6IA 5P52A 4LBTA 3UPJA 5P0YA 2O4SA 3DCRA 4JPCA 3TOHA 3SM1A 5F00A 3KA2A 3DOXA 1TSUA 2IEOA 2WEDA 4IVSA 5ENKA 2ER7E 3L5EA 5P15A 5P68A 3ZL7A 4HDPA 3LPJA 3QN8A 3OQKA 5OZJA 5P5JA 1MESA 4D85A 3OQAA 5P4EA 8HVPA 5P4TA 1MTBA 5P17A 3L5DA 2ZJHA 5P0KA 5P2JA 4GYEA 5P29A 2OHTA 4L7JA 5AHCA 1KJHA 4A4QA 5OZDA 5P7IA 1XE5A 3APPA 4XXSA 3U71A 4DVFA 2VIZA 2PQZA 5P0IA 1HTEA 3OOZA 1EBZA 2IL2A 4FCOA 5P5KA 1IDBA 4RCDA 3QRMA 4Z2ZA 3BGCA 4Y41A 5P7LA 5P7HA 3HBOA 3H5BA 5OYZA 3ECGA 4U7QA 3Q4BA 4Y36A 4RVJA 5P73A 3LHGA 3MSJA 3R0WA 2ZYEA 1LYAB 2NNKA 5P32A 2SAMA 5P3IA 3PSYA 4F75A 3OUCA 5P8PA 2IGYA 4CKUA 4Y6MA 3EKTA 4J0YA 2HB2A 3IVIA 1FFIC 5P44A 1MEUA 4FGXA 3GGVA 5OYRA 2OF0A 2G1OA 4D89A 2G27A 3VLAA 4AZYA 4Y37A 1PPLE 5P34A 2O4NA 4Q5MA 5OZ0A 1EPME 5P8AA 5P80A 5P3YA 4I0ZA 4OBGA 5P4MA 1CZIE 3T3CA 4EYRA 4U7VA 5OZUA 5P4FA 4NJTA 3JVWA 4CP7A 5DR0A 2F3EA 4JOOA 5P39A 3BHEA 5P2SA 1MSMA 5DR1A 2ANLA 5P1ZA 5P6TA 4DJVA 3HD8A 3NUOA 4DUSA 3UF3A 1B6KA 2AQUA 2OHUA 5OYWA 4Q1YA 4HDBA 2APRA 5DR8A 5P8LA 5P5HA 5P0GA 5COOA 4B1CA 4RLDA 5P5QA 5P7NA 3K5CA 1IVPA 2G69A 2R3TA 1GNMA 3S56A 5P79A 1E81E 3VYFA 5P3BA 3EKQA 5JODA 3BGBA 3O9GA 4YBIA 3BVBA 2VS2A 5P4QA 1META 4J1HA 4X2LA 3KN0A 1XL2A 5P72A 3TL9A 4DI2A 5P45A 2AOGA 5P0MA 2QZLA 5P64A 1RV7A 4I0DA 5P40A 3IN4A 2FIVA 4XX4A 3SA7A 3FNTA 2F3FA 3LNKA 2AOIA 2XFIA 3OGPA 1APWE 5P2RA 4I0GA 2QI0A 3ST5A 3PCWA 1MT8A 2V0ZC 5OZVA 1DP5A 3NU6A 3NYGA 4Y4ZA 5P67A 2I1AA 2F8GA 5P6RA 3OY4A 2QZXA 5P7PA 3PHVA 2HS1A 2B8LA 5P69A 4OC6A 5OZGA 4K9HA 1BWAA 5ER2E 4Y4WA 3OOTA 5P83A 4CPSA 4FL8A 1UPJA 3VYEA 5P03A 4QGIA 1HIHA 4Y43A 1FMXA 3VEUA 3CKTA 3KDDA 5OZZA 3S43B 4PEPA 4EHCA 1YTIA 3TKGA 3IXKA 5P47A 2NMYA 3NDXA 3O9LB 4I1CA 3NR6A 5DR4A 1ZSFA 3UDRA 4DV9A 5P4LA 3OTYA 3L3AA 1MT7A 2PK6A 4FSLA 3OQFA 4U8WA 4FSEA 5P1CA 5P49A 4JECA 3LZVA 5P0UA 3OUDA 2QI5A 1HXWA 4ZSQA 5P2AA 3FV3A 1BILA 3PLLA 5P58A 1BVGA 4NJVA 2QZWA 5P2QA 4UPJA 1B5FB 4B05A 4ZIPA 3SFCA 5HDZA 5P6BA 2AVMA 3VFBA 5P6HA 4BEKA 4ZE6A 5P0QA 1BV7A 1W5XA 5P0WA 3LIXA 1LF3A 4DH6A 2B7FA 2CEJA 2V00A 2AOCA 3OAGB 1UH7A 5OZEA 5P16A 3VUCA 2FDEA 5P7WA 1DAZC 3VV6A 4B78A 5DQ2A 1ZLFA 3MWSA 4Y3GA 5P8RA 3L38A 1Z1RA 2FXEA 2Q11A 3EKWA 5P0LA 4YD4A 3L5FA 1SMEA 2R3WA 4J1IA 4QJ8A 1G2KA 4LC7A 3SA3A 2H6TA 3RTNA 4Y3NA 5FIVA 4FS4A 3LPKA 1EPNE 3QP0A 5P8QA 2P4JA 5P6LA 3O9CA 5KAOA 5HE5A 2ZHTA 1F7AA 5P3HA 2JJIA 2PH8A 4PYVA 4R91A 1PPKE 3T7PA 4GB2A 5E5JA 4COEA 2XFKA 5P4HA 1MVPA 4BFBA 2AZCA 4DJQA 1AXAA 1HPOA 4LP9A 4NPTA 4DJPA 2R43A 3NU3A 3ER3E 1BVEA 4BELA 1OEWA 4WY6A 3NU9A 1K1UA 3GI4A 3KDBA 5P4AA 3NWXA 4D83A 3PEPA 3G6ZA 5SY2A 2ASIA 3SO9A 5OZ8A 3GI0A 4K8SA 4Y5NA 1AIDA 2G1SA 5DQ5A 5P0VA 5OZSA 5P1FA 4OBJA 5P09A 5P5ZA 5P42A 4EP3A 1WKRA 4FM8A 5P0TA 4Y5CA 2NTRA 5P66A 3QAAA 3RSVA 2WHHA 4GIDA 2Z4OA 2FGUA 3WZ8A 1BIMA 1HTFA 1LZQA 3S8IA 2AOEA 4I8WA 3K4VA 4YDGA 4E43A 3OADA 1W6IA 5P7BA 1ER8E 4H3GA 3PB5A 4GJCA 4Y3AA 3PI5A 2NPHA 2QI3A 1BV9A 2R5QA 3QVCA 4D88A 3CMSA 3ER5E 3FNUA 4CPQA 5P4NA 4F74A 5P5XA 5P6WA 2HC0A 5OZNA 5P7RA 5P1VA 2HM1A 2OHMA 1AJVA 1W50A 3OTSA 1B6MA 2WJOA 2G21A 5I70A 5P84A 1BDQA 4ACXA 3WSJA 3IAWA 5KQXA 2J9JA 5P50A 4A6CA 1Q9PA 2IQGA 4BFDA 4Y4BA 5P56A 4RRNA 5HU1A 1BDLA 1QDMA 4Y3EA 3APRE 4H3JA 1HIIA 4EPJA 2Q55A 3PCZA 5KR8A 3EXOA 3PSGA 5HDVA 1W5VA 2RSPA 2WKZA 5OYVA 2P3BB 5P6AA 3QI1A 5OZWA 5P0JA 4Y3ZA 5P65A 1EEDP 3WZ7A 1HRNA 4Y5MA 5P27A 4EXGA 1BBSA 3PWWA 3S54A 1FQ8A 2HIZA 4LHHA 4M8YA 3SKFA 1ZP8A 4CMSA 5P89A 3PRSA 1HBVA 2VA6A 1WBMA 3PWMA 3H0BA 3SPKA 5P7EA 5P2LA 1MPPA 3IGBA 2QK5A 1BWBA 1LF4A 3DV1A 4YE3A 5P1EA 4K4RA 1C70A 4DJYA 2BPZA 5HD0A 2HPEA 2Z54A 5P53A 4TRZA 2JE4A 3GGUA 3TKWA 4EJDA 5IS4A 1MUIA 4Y4XA 2F80A 5OZ6A 5OYUA 5P0EA 1W51A 5ISKA 1SMRA 2ZHRA 5KQZA 1HSIA 1K6VA 1W5WA 2AIDA 4F76A 1ZPKA 4DQHA 5P7XA 4B0QA 5P28A 1FG6C 5P5WA 5P7AA 2AVSA 4Y51A 4MC2A 4J1EA 4J54A 4Y3RA 3QBHA 5P3LA 1LYWA 1XN3A 4Y35A 4B00A 5P1OA 3TPRA 5P3CA 5OZFA 6UPJA 1HVJA 1SGUA 4FE6A 3OHHA 4J1KA 1FMBA 3TTPA 4QJAA 2AOHA 5T4SA 5P4GA 3Q3TA 1M4HA 2IENA 3NXNA 1D4HA 1RQ9A 2V11C 1SIPA 5I3VA 4QJ2A 5P3PA 5P4XA 4GJBA 2QMDA 3T11A 5P1WA 2HB4A 3DJKA 3IXJA 3LZYA 5IVQA 2P3AA 3K5GA 4X7IA 5HU0A 4PPHA 3S53A 1GKTA 5P4RA 1F34A 5CONA 2ZJLA 1TZSA 3ZMGA 3UDJA 3CKPA 2J9KA 3OHFA 1IZHA 3TOGA 3NDTA 4QJ9A 4ZSMA 5P3WA 3BXRA 4GJ6A 3UQUA 5P7JA 4J0TA 2O4LA 3BUFA 1K1TA 3SLZA 5KOSA 1FF0C 5P1BA 4GJ9A 1C6YA 4HE9A 2OHQA 5P14A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4C A;  2WF1 A;  2I4V A;  5P1Q A;  3EL5 A;  5JFU A;  3I25 A;  3HAU A;  3L5C A;  5P7Q A;  4Y3Y A;  4LXA A;  4TRY A;  4OC6 B;  1AM5 A;  1GVV A;  2AZ8 A;  2QNP A;  5P4U A;  5P5A A;  5P7K A;  4Y50 A;  5P61 A;  2I4D A;  1SBG A;  4S1G A;  5P4W A;  5P8V A;  5P6C A;  4OD9 A;  1SDT A;  4EWO A;  2RKG A;  4Y4U A;  1AZ5 A;  5P3D A;  3CYW A;  5P4V A;  2ZDZ A;  1MIQ A;  5BWY A;  1HVR A;  5P75 A;  5OZ1 A;  2UY0 A;  1C6X A;  2WF2 A;  4I0H A;  3HVP A;  3BXS A;  2BKS A;  3OWN A;  4Y4G A;  4PZX A;  5P7M A;  1D4Y A;  1HVH A;  4EJ8 A;  3O9I A;  3HW1 A;  3KM4 A;  3OUD B;  3WZ6 A;  5IVR A;  4M8X A;  3HDK A;  5P6Q A;  1B11 A;  2FLE A;  5P6G A;  1RPI A;  2PSV A;  1UH8 A;  5P35 A;  5P1X A;  5UPJ A;  5P6V A;  5P2O A;  4Y54 A;  1GVT A;  3TNE A;  3GGA A;  4FRI A;  5JG1 A;  5OZY A;  5P12 A;  3OU4 B;  3EKP A;  4L1A B;  5P3M A;  3D91 A;  5AHB A;  3DCK A;  3R2F A;  1W5Y A;  1YTH A;  2CEM A;  4ZSP A;  5P5F A;  5BS4 A;  1Z1H A;  2I4Q A;  4L7H A;  1KJF A;  3UTL A;  4RRS A;  5P2W A;  2PH6 A;  5AH8 A;  5E5K A;  2OHR A;  3ZPS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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