4J1EA

Crystal structure of bace-1 in complex with 5-cyano-pyridine-2-carboxylic acid [3-((4s,6s)-2-amino-4-fluoromethyl-6-trifluoromethyl-5,6-dihydro-4h-[1,3]oxazin-4-yl)-4-fluoro-phenyl]-amide
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
390
structure length
379
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title beta-Secretase (BACE1) Inhibitors with High In Vivo Efficacy Suitable for Clinical Evaluation in Alzheimer s Disease
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 103
structure length 379
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j1eA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j1eA02
3BVBA 3VFBA 1GVVA 1LS5A 5P5MA 1BVGA 5ENMA 5P1DA 2QCIA 1RPIA 4R95A 4QJ6A 3GGAA 1EPPE 4YD6A 4BEKA 3LIXA 5P6IA 4I8WA 2V13A 3TPJA 1HEFE 2FXEA 2R5PA 2NTRA 5P2IA 2HAHA 3KFPA 5P57A 3SA6A 5P85A 2QNNA 4MC6A 4UPJA 5P19A 5P8MA 1FGCC 3RTNA 5IVQA 3KMYA 3D3TA 4ZIPA 2OHUA 3DM6A 6FIVA 4K9HA 1ZSRA 5KR2A 5P25A 5P8TA 1HTRB 5P75A 2G1YA 4HZTA 3BUFA 2WHHA 5P2WA 3TTPA 4Y3TA 4A6CA 3N3IA 3PLLA 3I2LA 4B70A 1W51A 4CPQA 1YTHA 4HE9A 2F3EA 3EMYA 5P50A 4Y4TA 3UQWA 5P5ZA 3MXDA 2FGUA 1B6LA 3SAAA 3OXVA 5P84A 2R9BA 2NMZA 4EJKA 5P3WA 5P4UA 5P65A 5OZQA 3TL9A 2J9KA 1T7IA 4I1CA 5P8EA 4X7IA 5P46A 4YDGA 1K2CA 4PYVA 5AH6A 3LIVA 5P7IA 2NR6A 1APUE 3SFCA 4Y36A 5OZBA 4RRNA 5P6GA 5OZYA 5P4OA 3QRSA 5P0QA 3HD8A 4ZPGA 5P7JA 3SA3A 3MSJA 4Y3MA 2ZHRA 5P0ZA 2JJIA 5P68A 3EBZA 2I0DA 4GIDA 3ZKSA 3VYFA 3UDQA 3OUDB 4ZE6A 2QI3A 1BV7A 4J17A 5P2KA 3PBZA 3EL9A 5P7FA 5P0AA 3T3CA 2P3BA 2WEAA 2AODA 1OHRA 2QD8A 5P5TA 1B5FA 1XN2A 1G0VA 3SA5A 2HB4A 3O99A 2QI6A 2OHKA 2PWCA 3R1GB 4Y57A 4DPIA 3LPJA 5P40A 3T6IA 3VF3A 5P8JA 4ZPEA 3VV7A 3D91A 3PJ6A 5P1HA 5HVPA 3BUHA 5IVRA 4RGHA 1EPLE 3GI4A 3TPRA 4CPXA 2QZXA 1XS7D 1BDLA 4GJDA 2XFKA 5P35A 5P4DA 3OXCA 4Y3WA 5P5DA 4NPUA 1LYBA 5P80A 1EPNE 3FIVA 4R92A 4Y41A 3VFAA 1HIIA 2WJOA 3VLBA 2F3KA 4TRYA 3ECGA 2V0ZC 5HE5A 5DR0A 1XL5A 2MIPA 5P6UA 1W5YA 5I3XA 3KT5A 5P1WA 2IGXA 3EKQA 5P26A 2EWYA 2FGVA 5IVSA 5P5BA 4AZYA 2F81A 1TZSA 4Y43A 5P5SA 4J0YA 5AH9A 3EXOA 1YTJA 4FM7A 3PMYA 1W5VA 4Y5NA 4YD4A 2QHCA 3GGUA 1LZQA 5P3PA 5OZRA 4NKKA 4EP3A 3FKTA 1C6XA 5P1VA 4YHQA 5KOSA 2AZCA 1HVRA 5P3AA 1FQ6A 4Y45A 1MT7A 4J0TA 2PYMA 5P5KA 1W5WA 1EPQE 4OBJA 5P44A 3OU4B 1BILA 3EKWA 1APWE 5HCTA 3LZSA 1C70A 4ZPFA 3NDUA 5P1LA 4DQFA 2WL0A 1HIHA 2QU3A 1NPVA 4Y6MA 5OZAA 5F00A 1GVXA 1FB7A 2G22A 2IRZA 4EQ0A 3ZOVA 4K8SA 1U8GA 2PH6A 3QVIA 1XDHA 4DJWA 1TCWA 1WBKA 2QAKA 5KOQA 4JPEA 5OZHA 3GGXA 2AVSA 2HB3A 3IXOA 2H6SA 4GJBA 2V12C 3TH9A 1BWBA 5SY2A 3HVGA 4NJVA 5OZXA 5P5QA 5P7MA 2BKTA 5OZGA 2BPVA 4RZ1A 3ZKXA 2VIZA 3PBDA 4OBHA 3ZPTA 4QJ8A 1LYAB 2ZDZA 4DJOA 5SZ9A 3O9HA 5P7NA 1HPVA 3UDMA 3OAGB 5OZ5A 3JVWA 4Y5CA 4H3IA 4R91A 1Z8CA 2OHQA 2F3FA 1MTBA 5EZZA 5OZ9A 3EM4A 4L7HA 3KN0A 5P6BA 5KAOA 2ZJMA 2O4KA 3EL4A 3KDBA 4LHHA 4Y3JA 2QZKA 4YD7A 2NPHA 2ZHSA 5P6MA 4D8CA 3HAUA 5P3DA 5OYSA 4R93A 3VSWA 5P8IA 1W6IA 4ZEAA 4YBIA 4Y4WA 5KQZA 5P0CA 4FRKA 4JOOA 4JPCA 4I12A 1TW7A 4Y3HA 2AVMA 3S43A 2G27A 3QP0A 4EXHA 4Q1XA 3KFSA 3QBFA 3H0BA 1AIDA 3R0WA 2I0AA 5P5WA 1MRXA 5HTZA 3NDXA 4EQJA 5P6WA 5P60A 3LIQA 5P55A 1D4LA 4XX4A 5P4PA 2BPYA 2I4VA 5P7GA 3O9FA 5P6JA 1EBYA 4D83A 4R5NA 2SAMA 5P1XA 2G69A 4Y35A 3EM3A 4AMTA 4WY6A 5P3IA 5P06A 2ER0E 5JG1A 2AZBA 5P5XA 5P6VA 3SA4A 2XFIA 2AOJA 3UDNA 4FLGA 1RNEA 3SM1A 5P6LA 1HTEA 5P3BA 1BAIA 4B0QA 4LP9A 4RROA 1DMPA 4CP7A 4Y9WA 3K4VC 4FAEA 3UDHA 5P76A 3NDWA 3JW2A 4GJ6A 3CYXA 3IN3A 3VUCA 5P6QA 1XE5A 1FQXA 4Y3NA 2CEJA 3NU6A 3OUBA 5P4MA 2IEOA 3I6OA 5P69A 3PWMA 4RRSA 1EC3A 5P7QA 1PSAA 4Y37A 5P5JA 3L5EA 5P39A 3HW1A 4Z2ZA 5P64A 1CZIE 1MSMA 5P0FA 5P1YA 5P70A 3OQKA 3RU1A 3SLZA 5OZUA 4N00A 5HD0A 4HVPA 1MEUA 4PZXA 5P41A 2PH8A 4LXAA 3FNSA 3LITA 2B42A 3FNUA 5I3YA 1FKNA 4H3JA 1PPKE 4ZSQA 5P0UA 3DK1A 1HTGA 3S43B 3BXSA 2Q63A 2V10C 3KDCA 2RKFA 2UPJA 1PPME 4EWOA 3LZVA 5P10A 3ZKMA 1EBWA 3NWXA 4WTUA 1VIKA 5P3XA 1FQ8A 2V00A 2VA6A 3K5CA 2QD6A 5BWYA 1MESA 5P2QA 3ZKQA 2BB9A 5P51A 3K5FA 5P7ZA 1ZLFA 2B7ZA 5P42A 3EKPA 2J9JB 5P5YA 5P5LA 4I0JA 3KYRA 2V11C 5OZ6A 5P7YA 5P77A 3APRE 3VF5A 1MRWA 3NWQA 1BIMA 1IIQA 4DPFA 2NNPA 5OZ2A 5P4FA 3U7SA 5P28A 4FM8A 1EPRE 3CIDA 1UH8A 1IVQA 3WZ7A 1XN3A 3AIDA 3D1YA 1F34A 3Q5HA 3L3AA 3VV6A 5P5PA 5COKA 4R8YA 1FIVA 2AOIA 5KR1A 1BWAA 2APRA 2IQGA 2I4QA 5P07A 3LINA 4K4RA 4GJ5A 4OBGA 5OYUA 5FIVA 4Y4GA 2HC0A 3UFLA 5P1KA 5P00A 5P54A 5DQCA 4FRJA 4KE1A 5P78A 4DJVA 1HVKA 5OZZA 2PSUA 5P4JA 1DW6C 5OZWA 5P1ZA 4DJXA 1G6LA 1PSOE 3OUDA 4J1IA 2ZJNA 1K1UA 3PM4A 4DQGA 3PHVA 2AOHA 4D85A 5P1RA 5P7VA 4FE6A 3Q3TA 4EYRA 3SACA 5P3YA 1EC1A 2B7FA 3B7VA 4RLDA 4RVXA 5P52A 3PCWA 5P6KA 3UDJA 4MC2A 5P48A 4Y5AA 5BRYA 1RQ9A 3PI0A 2O40A 4Y5LA 5P4IA 5OZLA 1IZIA 3QI1A 2QHZA 4LXKA 2G1NA 1SGUA 3O9LB 3VYDA 3UDKA 1G2KA 5P81A 4A6BA 4Q1WA 2IL2A 3PI5A 4EJ8A 3NU9A 3DJKA 1T6EX 2QI4A 2HM1A 4Y4BA 1AM5A 5P0GA 5P4HA 3INDA 4FL8A 4XXSA 5P7EA 3UPJA 3VLAA 1EEDP 3Q6YA 4DJYA 5P09A 2OHNA 5OYZA 2QZLA 5P08A 1KJ4A 3HDKA 1AZ5A 2FLEA 4Y3FA 5P58A 5OZVA 9HVPA 4Y3DA 4DVFA 5P72A 5DR8A 2OHPA 5P6NA 4GJCA 5P5GA 4TRWA 1HIVA 4DQHA 2FIVA 3UFNA 3LHGA 4ZSRA 5OZMA 1ZPAA 5J25A 2ER7E 2QK5A 4ZSPA 3NUOA 3TNEA 2PMAA 4CPUA 2FDPA 3L58A 5B18A 2OF0A 5HE4A 3S2OA 4I0GA 3RVIA 3BXRA 3EC0A 4RCFA 1ZAPA 5P5OA 5P8PA 4Y5MA 5CLMA 5OZSA 4H3GA 3HZCA 4F76A 5P4ZA 4BFDA 3T7QA 3BUGA 1FQ5A 5P31A 4RCDA 1TQFA 4OBZB 3OU4A 1EC0A 3L38A 5P3FA 3MSLA 3UQUA 3L5DA 5OZTA 3VG1A 5P1NA 1B6PA 5UPJA 5IS4A 3PSGA 1WBMA 2AOGA 3OUCA 1QBRA 5HDVA 2HS1A 8HVPA 4ACUA 2NXMA 5P5RA 3FSMA 1HVSA 3EL0A 5JFUA 2FDEA 1T7KA 4OBFA 5P3LA 3I7EA 5OZ4A 1HVCA 5P0WA 5OZ7A 3DCRA 5P3SA 5EZXA 4QJAA 2R3TA 4DJQA 1BV9A 1FLHA 3IGBA 4DFGA 5P36A 5P22A 2G26A 3OHFA 3KT2A 4F75A 3OQAA 5DGWA 3PMUA 1M43A 5P1FA 5P5VA 2P3DA 2ZYEA 5P04A 1YTGA 3UDYA 5P83A 1SMRA 1ZSFA 3L59A 1E82E 2I4DA 5P56A 5P8OA 1QBUA 2AOEA 4CPRA 2UXZA 1CMSA 5P4AA 2WF0A 3UDRA 1LYAA 3S8IA 2B8VA 2FMBA 3O9DA 3S7LA 3OGPA 5P0XA 1KZKA 2OHMA 5P79A 3OAGA 5OZOA 4Y3SA 1W50A 1LYWB 3DUYA 3KFRA 3RSVA 3INFA 5P2HA 3K1WA 1IVPA 1LF3A 2VIEA 2G20A 4Y4JA 1HXWA 5P6RA 3SM2A 3UQRA 3QVCA 4EXGA 5P11A 2PSGA 5P86A 5P7HA 4YE3A 4DUSA 5P3UA 3RTHA 5DR1A 1XL2A 2NMYA 5IE1A 4Y4XA 2XYFA 2UY0A 4H3FA 3O9IA 5P03A 3BGCA 3KMXA 1APVE 3TPPA 1HSHA 3OGQA 2IKOA 5P8GA 2RENA 5OZ8A 3SPKA 5P1TA 1BXQA 5P27A 5P38A 5ISKA 3UQXA 5OZPA 2ER6E 3OU3A 3APPA 5P3GA 3RSXA 4YCKA 7HVPA 3URJA 1EBKC 1JLDA 3KA2A 3OU1B 5DQ2A 4DJRA 3OQFA 5P7LA 5OZKA 2WF1A 3NU3A 5P4WA 4CPTA 5APRE 1EBZA 1E80E 1K6PA 1G35A 1MVPA 3Q4BA 4OC6B 1FG6C 4Z22A 5P7SA 4M8XA 1M4HA 1K6TA 1SDVA 2Q3KA 4U7QA 4I0IA 4LC7A 4DH6A 5HDXA 2IS0A 1B11A 5P4NA 1SMEA 5P6EA 5P3HA 3LZYA 5P0RA 5P62A 4GMIA 4OD9B 5P89A 2ZJLA 5P16A 3D1ZA 3OQ7A 4U7VA 5DGUA 3QRVA 1HVLA 4Y53A 5P1JA 5P2UA 1YTIA 5P4GA 2ASIA 3B80A 4B05A 4B72A 3EM6A 5P8BA 1D4IA 4Y3GA 1HVHA 3UTLA 4PEPA 3G70A 1A8KA 4IVSA 4GYEA 4H1EA 5P3VA 5E5JA 2FNTA 5P7BA 3MWSA 1EC2A 2Q15A 2ZHUA 2NXLA 5P7KA 6UPJA 1QBTA 1DIFA 1A94A 3LPIA 2VJ7A 2IDWA 4Y4AA 1UH9A 3S56A 1T6GA 1K6VA 2QMPA 4B1CA 5P2LA 4J0VA 1APTE 1WKRA 3URIA 5P29A 3CMSA 1OEWA 2VJ9A 5P4QA 2QU2A 3SA7A 2AVOA 3K4VA 5P6DA 1ZTZA 3EKTA 3HVPA 1DAZC 2NNKA 2QP8A 4M8YA 3A2OA 1MT8A 4K4PA 2BKSA 3R4BA 5KQFA 1D4HA 5P7UA 2QI5A 2RMPA 5HDZA 5JFPA 1GNNA 5OYVA 4YOBA 3CKTA 4I0HA 1SGZA 2OHLA 1HWRA 2J9JA 2AZ8A 5P1BA 5P6AA 5OYWA 3OY4A 4Y54A 5DR7A 3SKGA 1KJHA 5P4RA 3D20A 1TSQA 1FEJC 5P18A 3TOFA 5P6CA 4YBFA 4GZFA 4APEA 1BDQA 1SDTA 3PRSA 5P8VA 1HRNA 4FIVA 5OZCA 2I4WA 4YOAA 5P3ZA 4B77A 5COOA 4FAFA 5P0YA 5OZFA 4MC1A 3LIZA 1IZHA 1B6KA 3FV3A 3TOHA 5P67A 5P5EA 4LBTA 2B8LA 3OK9A 5P74A 1YM4A 4QJ7A 2XYEA 5P6YA 3TKGA 4A4QA 2R43A 3PSUA 3O9CA 2QI7A 1GVTA 5P0EA 3RTMA 4DV9A 2AOFA 5P2FA 3PWRA 2OHSA 5P59A 3EL1A 4GB2A 5P53A 1HSIA 1ZP8A 5I3VA 1C6YA 2R5QA 1MIQA 5P0LA 4HA5A 5DQ5A 4YD5A 4RYGA 5P47A 3PLDA 2PWRA 5P23A 4D88A 3URLA 1W5XA 1KJFA 1FQ4A 5P2AA 4Y3AA 5T4SA 3SABA 3UF3A 4GJ8A 3VCMA 4L7JA 1AVFA 5P0TA 1W6HA 5P4TA 1A8GA 3NU5A 2QI0A 5OYYA 5P8FA 4L1AB 1GNOA 5P6XA 3SO9A 1ODXA 3TLHA 4Y5PA 5P2VA 5P8QA 1IDAA 4HDFA 5ER1E 3O9LA 5P7XA 5P34A 3NDTA 2CEMA 3WB4A 5OZDA 2G94A 2VIJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BVB A;  3VFB A;  1GVV A;  1LS5 A;  5P5M A;  1BVG A;  5ENM A;  5P1D A;  2QCI A;  1RPI A;  4R95 A;  4QJ6 A;  3GGA A;  1EPP E;  4YD6 A;  4BEK A;  3LIX A;  5P6I A;  4I8W A;  2V13 A;  3TPJ A;  1HEF E;  2FXE A;  2R5P A;  2NTR A;  5P2I A;  2HAH A;  3KFP A;  5P57 A;  3SA6 A;  5P85 A;  2QNN A;  4MC6 A;  4UPJ A;  5P19 A;  5P8M A;  1FGC C;  3RTN A;  5IVQ A;  3KMY A;  3D3T A;  4ZIP A;  2OHU A;  3DM6 A;  6FIV A;  4K9H A;  1ZSR A;  5KR2 A;  5P25 A;  5P8T A;  1HTR B;  5P75 A;  2G1Y A;  4HZT A;  3BUF A;  2WHH A;  5P2W A;  3TTP A;  4Y3T A;  4A6C A;  3N3I A;  3PLL A;  3I2L A;  4B70 A;  1W51 A;  4CPQ A;  1YTH A;  4HE9 A;  2F3E A;  3EMY A;  5P50 A;  4Y4T A;  3UQW A;  5P5Z A;  3MXD A;  2FGU A;  1B6L A;  3SAA A;  3OXV A;  5P84 A;  2R9B A;  2NMZ A;  4EJK A;  5P3W A;  5P4U A;  5P65 A;  5OZQ A;  3TL9 A;  2J9K A;  1T7I A;  4I1C A;  5P8E A;  4X7I A;  5P46 A;  4YDG A;  1K2C A;  4PYV A;  5AH6 A;  3LIV A;  5P7I A;  2NR6 A;  1APU E;  3SFC A;  4Y36 A;  5OZB A;  4RRN A;  5P6G A;  5OZY A;  5P4O A;  3QRS A;  5P0Q A;  3HD8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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