4J54A

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20 with the potent antiviral inhibitor grl-0519a
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLDTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Extreme Multidrug Resistant HIV-1 Protease with 20 Mutations Is Resistant to Novel Protease Inhibitors with P1'-Pyrrolidinone or P2-Tris-tetrahydrofuran.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j54A00
5P0SA 5HCOA 4JOOA 4FRKA 3OAGA 5P5IA 4KUPA 3LZVA 1T7KA 1EC2A 2V10C 5P87A 5P0YA 4ZIPA 4J54A 4R92A 5P3LA 3MWSA 1W6HA 2R5QA 1W50A 5P7IA 3HDKA 1PSNA 5OZEA 3L5CA 2R9BA 3I8WA 5P60A 2ANLA 4PZWA 1SBGA 4Y5AA 3L5FA 1HTRB 5P4XA 2NXMA 3SKFA 1D4HA 3FIVA 1IIQA 3QAAA 5P2VA 4A6BA 4YCKA 1XN3A 2ER7E 4I0FA 5P42A 5P5VA 5UPJA 5P13A 2WEAA 2SAMA 1J71A 4D8CA 3UHLA 5P67A 3NUJA 3S43B 4Q1YA 5P56A 1W51A 2BPWA 3ZPSA 3UDQA 3Q5HA 4I12A 4I10A 5OYWA 1UH7A 1ME6A 4ZSPA 4I0IA 3SA8A 4Y5CA 1JLDA 3OWNA 3HZCA 3EKXA 4D83A 4L1AB 4L7JA 1BVEA 2O4NA 4AZYA 1EC3A 4AUCA 1HSHA 4CMSA 5P6EA 1K2CA 1RV7A 2VNMA 1WKRA 2FGVA 1B5FA 2I0DA 4JP9A 1T3RA 2VIEA 5P1KA 5P54A 3TL9A 3BVBA 4TRYA 5P1UA 3O9EA 4GJ8A 1SDUA 5P7AA 3PCZA 4YHQA 1MERA 5P1SA 4J55A 1QBSA 4EJLA 3NDXA 5P01A 2NPHA 3GI6A 4B72A 2ER9E 2NNPA 1K6VA 3FNTA 3MSKA 5OZFA 2G20A 3EL5A 3HAUA 1MUIA 5P62A 4HDPA 5P3PA 5P1AA 5P33A 4K8SA 2R5PA 3PB5A 5P76A 5KQZA 3S85A 1GVVA 4J0TA 2PWCA 3EM4A 4ACXA 3UF3A 3S8IA 4RVXA 5P89A 2P3AA 4Y4TA 1SDTA 3IA9A 5P0OA 3L3AA 2AODA 2R8NA 2VA6A 5P0LA 4LXMA 2H6SA 5P48A 2F3KA 5P7HA 5HDXA 1LF4A 3MXDA 5JG1A 4B70A 4YD6A 5P2QA 2BB9A 5P6ZA 1MT8A 2J9KA 4I0EA 5ER1E 5JFPA 1BXOA 4Y4BA 5P4EA 5P1MA 4RVJA 2HPFA 3GI0A 2ZJIA 3OUDA 5P4WA 2ER6E 5P6HA 4ZLSA 4QJ2A 5KR8A 4TVHA 1SH9A 4YCYA 1D4YA 2G1YA 1MRXA 4R91A 5JODA 5P5QA 4XX4A 4I0JA 1W6IA 3DJKA 4XKXA 4B05A 1YTIA 1MPPA 2BPVA 1AXAA 3GGUA 5OZQA 3EKVA 1A8KA 5P6WA 1FMBA 3HAWA 4Y3AA 2PC0A 4U7VA 2FDPA 5DQ4A 4ZEAA 1ER8E 1PROA 3SA7A 2NTRA 2FS4A 4N00A 3TNEA 4DFGA 2VIYA 5OZ4A 4RVIA 1DAZC 4Y4GA 5P4ZA 4K9HA 1META 5P3VA 3SA5A 4Y43A 3SPKA 2VKMA 3NXEA 5P2ZA 1UH9A 1NPVA 1FQ6A 4RRSA 4IVSA 4RROA 5P75A 3OK9A 3AUPA 2AOCA 2VJ6A 3DOXA 2V11C 3OAGB 4M8YA 4A6CA 5AH8A 4GIDA 2FDDA 1TZSA 2PH6A 4L6BA 5P4GA 4HEGA 2XFKA 2ZJHA 2WEBA 2ZJKA 5OYVA 1UPJA 3CICA 3GGXA 5IVRA 5P65A 5DPZA 2G1OA 3IVIA 5P6CA 5P04A 4NJSA 2G1SA 1MTBA 2VNNA 4LL3A 5P7ZA 5P85A 1APUE 3U6AA 5P17A 3SA3A 2ZHUA 4J1FA 4BELA 3VFAA 1D4LA 1K2BA 1HWRA 1HSGA 2FNSA 1HXWA 5P59A 3UDKA 1BDQA 3U7SA 4DQFA 4GZFA 5P7MA 5P53A 3DCRA 5OYXA 5P5TA 5P78A 1MSNA 2IDWA 5F01A 5P0NA 1PSAA 3S7LA 2ZJLA 1IDAA 5OZ7A 4QJAA 3B80A 4EWOA 3NDTA 5P4IA 3ZKQA 5P3AA 3VF7A 3L59A 2G1NA 4Y4JA 3G6ZA 4NKKA 5P8RA 4YBFA 4FM6A 4FSEA 2OAHA 4EJKA 4K4RA 1FG6C 5OZCA 1Z1RA 4B1DA 4F76A 5P03A 1KZKA 5P2RA 5P6LA 2OF0A 2QK5A 1B5FB 2VA5A 3SABA 2P3CA 4EXHA 3UFLA 1Z1HA 3S2OA 5P19A 2HB2A 3IN4A 1RL8A 5P2XA 5ENMA 2R3TA 1FQXA 3QBFA 2QNNA 4DJPA 5P32A 3ZKGA 5OZGA 1BV9A 5P4LA 2P3BA 4K4QA 1MRWA 3ZOVA 5P7SA 1YTHA 2O4PA 2PH8A 5P41A 3EKTA 2O40A 4QJ7A 4Y4EA 2JXRA 5P6IA 3C9XA 4Y3XA 2CEMA 3TTPA 3PLLA 3EKYA 3R1GB 3IXOA 3SKGA 4Z4XA 3Q70A 2J9JA 5OZMA 2ZHVA 4A4QA 2AOEA 3NDUA 1G0VA 1XS7D 2P8HA 2AVQA 5P00A 4X7IA 2ZHRA 3UQPA 4FM7A 4PZXA 3OADA 5P0EA 5J25A 1FEJC 2AOFA 4RCEA 3NU3A 3OOTA 3OUDB 3VYEA 2XFIA 3ST5A 3EBZA 2JYSA 1HEFE 1D4KA 3ZKSA 1SIVA 5P44A 4Q1XA 3MXEA 5COPA 3I6OA 1HBVA 5AH6A 3TPJA 2NR6A 1OD1A 2G26A 5P0CA 5ISKA 2A4FA 2Q11A 1E82E 3KDDA 4I8ZA 1ZAPA 3OY4A 5P45A 5P4DA 4J1EA 1XN2A 4CPXA 3NXNA 5P58A 3RTNA 1YX9A 4B78A 1FQ5A 1BIMA 1HVHA 4QLHA 3URJA 2V13A 4I11A 4EQ0A 4QGIA 3WB5A 5I3YA 2HB3A 5AGZA 5P5SA 5P0BA 2Q64A 5OZ5A 2PYMA 3VLBA 3LINA 4M8XA 2I4XA 1AIDA 3QP0A 5P7JA 2QCIA 2XYFA 1APWE 2V00A 5P74A 5P26A 2VJ9A 5KR1A 5P8DA 1SMRA 5DQ5A 2IENA 1W5YA 2FLEA 1ZLFA 2WF3A 1HPXA 2FMBA 3NDWA 5SY2A 3O9LB 4ER1E 4Y53A 1T6GA 1SMEA 4Y4WA 4DJOA 5P1CA 1FG8C 1APVE 2I1AA 2JJIA 5P2CA 3UDRA 2ZJJA 3NR6A 4F74A 1HVJA 4DJYA 1EEDP 5P0UA 4YD7A 5I70A 5P0MA 5P8NA 8HVPA 1LYWA 3D1YA 3PRSA 2HM1A 1LF3A 3IGBA 5P2IA 1NH0A 2BQVA 3OHHA 5C9BA 5P5CA 5P08A 2IKOA 5OZKA 3NYGA 5OZSA 5I3XA 1SDVA 2QP8A 1TW7A 1WBKA 3O99A 4J0YA 1BWAA 4MC1A 3NU9A 2HS1A 3UDHA 3IXKA 4D88A 3O9CA 1APTE 2WF4A 5P55A 3NU6A 4LXKA 3ZKXA 3RTMA 4DQBA 4Y54A 1HHPA 1FQ4A 5P1WA 2QI0A 2FXDA 1HPOA 1PFZA 2NMYA 3GI4A 3OOZA 2QI5A 5P3DA 2QZXA 4Y3GA 3NWQA 4I0HA 1IDBA 2PSGA 3VFBA 3PI5A 4Y4ZA 5P2FA 5P24A 5OZUA 3LZYA 5OZAA 5BRYA 3O9GA 3Q6YA 1IBQA 5P6QA 1CMSA 5CLMA 1AJVA 5P73A 2NXLA 1ZSFA 4Y3MA 4YCTA 3TKGA 2AVMA 4CPUA 3WZ7A 3OUBA 1LYBA 2AVVA 1HIIA 1B11A 3OUAA 4B00A 4Y51A 2RKFA 4Y5GA 2P3BB 2AVSA 5P1EA 5P64A 3LIXA 5ENKA 4KE1A 2WKZA 1CPIA 1MEUA 2AZ8A 1K6CA 3INEA 2AZ9A 3BRAA 1HVRA 3L5BA 1C70A 1HOSA 1AAQA 5P4HA 3VF5A 1PPLE 3CIDA 5HDVA 4R8YA 3QROA 1FQ7A 3S53A 3QVIA 4UPJA 1ZTZA 2J9JB 5P5AA 2I4QA 3QBHA 5HCTA 1LZQA 5P37A 5P1VA 4GYEA 5AH7A 2PMAA 5P3CA 4Y4XA 4OC6A 5APRE 1T7JA 5HE5A 5B18A 3OADB 3INHA 3ER5E 2BKTA 5P7OA 3PEPA 5P0AA 3VYFA 1OHRA 5P7YA 2G24A 1EPNE 5IS4A 3KF0A 2JJJA 2JE4A 1DIFA 5P3IA 4ZSRA 5P8VA 5OZYA 5P4NA 5P6OA 5P8EA 3UDJA 5DR7A 5DGUA 1EPME 3BUHA 5P14A 5P3NA 4YD3A 2BPXA 2QHYA 4F75A 5P23A 2I4UA 3ER3E 3SAAA 5P5KA 2Q55A 3O9IA 4HDBA 3UQRA 3R0YA 2ZDZA 1EPPE 3QVCA 1XDHA 5T4SA 3UQXA 5P5GA 5P66A 5IVTA 5P1PA 5P2OA 5P2EA 4F73A 4BEKA 3A2OA 5P8BA 4Y3EA 1D4IA 3MSJA 4PEPA 3VV7A 3OQ7A 3BUGA 5DR4A 5P3TA 5P5OA 5OZZA 3UQUA 1NSOA 3LPKA 3VCMA 4J17A 4RGHA 2QD6A 2HAHA 4Y4UA 5OZHA 3LIYA 5P86A 2AVOA 1DMPA 3NUOA 1FMXA 4H1EA 3ZMGA 2OHNA 3KMYA 5P4CA 5E5KA 5P5PA 2IRZA 3SM2A 2HPEA 1IVPA 4Y41A 1EBZA 1G35A 5P88A 3H5BA 2XYEA 2NXDA 4FE6A 1GKTA 4J0VA 5P0TA 3LPJA 4AA8A 2QHZA 5P36A 5P3GA 4B77A 4Y3WA 3ZL7A 3INDA 3KT5A 4YOBA 3QRSA 5P0WA 1LYWB 2ZHTA 3ZKIA 3U71A 4E43A 3FNUA 5P5BA 3OU1A 4Z50A 2AZBA 3UFNA 1D4JA 1FIVA 3KN0A 1GVXA 4OBJA 4OBGA 3L38A 5KAOA 4NPTA 3ZKNA 4J0ZA 2EWYA 3UDNA 1OEXA 1YM4A 2OHLA 3PMYA 4MC9A 3UDPA 3N4LA 1YTGA 1YG9A 3BVAA 4Y4AA 4QJ9A 4WTUA 2IQGA 2UPJA 4EPJA 4MC2A 5OZTA 9HVPA 5I3WA 2B7ZA 1LV1A 3EC0A 5P84A 4CPSA 2VJ7A 4PPHA 3UTLA 5P1IA 5P3YA 5P1OA 1TSUA 1YTJA 4WY1A 4JPEA 2Z4OA 1B6MA 3UPJA 1FKNA 3EKPA 2B60A 4RLDA 3CIBA 2WF2A 4GJ5A 4EJDA 3OXVA 3R4BA 5P6SA 4YBIA 5P8IA 5P79A 4Y5LA 1LYBB 2BPYA 3T11A 5P0FA 3PWWA 4Y50A 1XL5A 1F7AA 3BXRA 1BDLA 1D4SA 4DVFA 2IKUA 1TSQA 4Y3YA 4Y5KA 1DPJA 1ZPAA 5DQCA 3KDBA 5P49A 4Y45A 5OZIA 1SGZA 1EC0A 5P46A 4IVTA 4JECA 4KE0A 5P40A 1LS5A 5HU0A 4DJUA 1BVGA 1K1TA 5KR2A 5P4RA 1TCWA 1M4HA 4LXAA 3VF3A 2PSUA 4Y3FA 5P8MA 4OC6B 2H6TA 4J1CA 5P5LA 3VEUA 3K5DA 4RZ1A 2Q5KA 3K5CA 5P1JA 2ER0E 5OZ3A 4TRWA 5P6KA 3EXOA 1EC1A 3PSYA 1LF2A 5P2LA 3K1WA 1FGCC 4OBZA 1QS8A 5P1HA 3NSHA 1ODXA 1GVTA 4RYCA 5P5NA 1BILA 5P4YA 5P2TA 2B8LA 5P8SA 3SA6A 2WJOA 3CKRA 5P5DA 2P3DA 2I4DA 1B6LA 5OZWA 5OZJA 5OZ9A 4Y3JA 4DV9A 2F3EA 2VIJA 6UPJA 3IN3A 2AZCA 1HSIA 1QBRA 2QD8A 3T7PA 2HC0A 3QPJA 1ODWA 5CONA 2V12C 5P61A 5P72A 4H3IA 1MVPA 4RYGA 1EPQE 1G2KA 3JW2A 2FDEA 5P1FA 2OHRA 3PVKA 5OZOA 4XXSA 1HVCA 3LHGA 1HPSA 3S56A 5P3XA 1QDMA 4Y3QA 1EPLE 3DCKA 4DPFA 4ACUA 1SGUA 1TQFA 5P5MA 3HVPA 2RMPA 5F00A 5P4UA 4NJVA 4CPQA 3S45A 5P35A 3IXJA 3R2FA 4PHVA 3LIVA 5P57A 4RRNA 4I0ZA 5KQFA 1BAIA 5P3ZA 2ASIA 3FV3A 5P7NA 5P77A 5P8HA 1K6TA 1W5XA 5P5WA 4DI2A 3PLDA 1G6LA 1MSMA 5P6PA 4WY6A 5P4QA 2OHTA 1A30A 4J0PA 3KYRA 5P31A 3DV1A 1MIQA 4FAFA 3PWRA 1PSOE 5P2UA 3DUYA 4Y38A 4Y6MA 3OU1B 3D1ZA 4ZPFA 2IGYA 3GGAA 5P80A 1K1UA 5OYTA 4ZE6A 5KOSA 1IZEA 3OU4A 2WEDA 3VLAA 4FL8A 2VS2A 2QZWA 2IEOA 5P8PA 1EAGA 3BXSA 3OQAA 4Y3PA 5P2JA 3BHEA 3EL0A 4I8WA 2B42A 1YT9A 5P6UA 3RTHA 4APEA 3SFCA 2WEZA 3LNKA 3FKTA 3TLHA 2P4JA 2ZJNA 5P8GA 1AM5A 3G70A 4NJUA 3NLSA 5HDUA 2V0ZC 3URLA 1M43A 4YA8A 1HVLA 5P4KA 4Y56A 2BBBA 3EMYA 5P7UA 1GVWA 2HIZA 1KJHA 5P3UA 4HDFA 5OZ0A 5HD0A 1E80E 1EBYA 3M9FA 3CMSA 3ZPUA 3RSVA 3PBDA 1IZIA 1FQ8A 5P3BA 2Q54A 4YD4A 3G72A 1LYAA 4B1EA 2VIZA 3K4VA 5P0KA 3DV5A 1OEWA 5OZ1A 2AQUA 3OHFA 4Y3SA 5P2AA 5P5RA 2O4LA 1WBMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0S A;  5HCO A;  4JOO A;  4FRK A;  3OAG A;  5P5I A;  4KUP A;  3LZV A;  1T7K A;  1EC2 A;  2V10 C;  5P87 A;  5P0Y A;  4ZIP A;  4J54 A;  4R92 A;  5P3L A;  3MWS A;  1W6H A;  2R5Q A;  1W50 A;  5P7I A;  3HDK A;  1PSN A;  5OZE A;  3L5C A;  2R9B A;  3I8W A;  5P60 A;  2ANL A;  4PZW A;  1SBG A;  4Y5A A;  3L5F A;  1HTR B;  5P4X A;  2NXM A;  3SKF A;  1D4H A;  3FIV A;  1IIQ A;  3QAA A;  5P2V A;  4A6B A;  4YCK A;  1XN3 A;  2ER7 E;  4I0F A;  5P42 A;  5P5V A;  5UPJ A;  5P13 A;  2WEA A;  2SAM A;  1J71 A;  4D8C A;  3UHL A;  5P67 A;  3NUJ A;  3S43 B;  4Q1Y A;  5P56 A;  1W51 A;  2BPW A;  3ZPS A;  3UDQ A;  3Q5H A;  4I12 A;  4I10 A;  5OYW A;  1UH7 A;  1ME6 A;  4ZSP A;  4I0I A;  3SA8 A;  4Y5C A;  1JLD A;  3OWN A;  3HZC A;  3EKX A;  4D83 A;  4L1A B;  4L7J A;  1BVE A;  2O4N A;  4AZY A;  1EC3 A;  4AUC A;  1HSH A;  4CMS A;  5P6E A;  1K2C A;  1RV7 A;  2VNM A;  1WKR A;  2FGV A;  1B5F A;  2I0D A;  4JP9 A;  1T3R A;  2VIE A;  5P1K A;  5P54 A;  3TL9 A;  3BVB A;  4TRY A;  5P1U A;  3O9E A;  4GJ8 A;  1SDU A;  5P7A A;  3PCZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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